Result of FASTA (omim) for pF1KB3414
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB3414, 876 aa
  1>>>pF1KB3414 876 - 876 aa - 876 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8305+/-0.000439; mu= 17.9821+/- 0.027
 mean_var=70.4336+/-14.328, 0's: 0 Z-trim(109.0): 77  B-trim: 0 in 0/53
 Lambda= 0.152821
 statistics sampled from 17095 (17167) to 17095 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.558), E-opt: 0.2 (0.201), width:  16
 Scan time: 11.910

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_002256 (OMIM: 602738) importin subunit beta-1 i ( 876) 5713 1269.6       0
NP_001263382 (OMIM: 602738) importin subunit beta- ( 731) 4787 1065.4       0
XP_016864947 (OMIM: 602901) PREDICTED: transportin ( 858)  310 78.4 1.6e-13
XP_005248558 (OMIM: 602901) PREDICTED: transportin ( 866)  310 78.4 1.7e-13
XP_005248557 (OMIM: 602901) PREDICTED: transportin ( 890)  310 78.4 1.7e-13
NP_694858 (OMIM: 602901) transportin-1 isoform 2 [ ( 890)  310 78.4 1.7e-13
NP_002261 (OMIM: 602901) transportin-1 isoform 1 [ ( 898)  310 78.4 1.7e-13
NP_001129667 (OMIM: 603002) transportin-2 isoform  ( 887)  292 74.4 2.7e-12
NP_038461 (OMIM: 603002) transportin-2 isoform 2 [ ( 887)  292 74.4 2.7e-12
NP_001129668 (OMIM: 603002) transportin-2 isoform  ( 897)  292 74.4 2.7e-12
NP_002262 (OMIM: 602008) importin-5 [Homo sapiens] (1115)  194 52.8   1e-05
XP_011519391 (OMIM: 602008) PREDICTED: importin-5  (1115)  194 52.8   1e-05
XP_011519389 (OMIM: 602008) PREDICTED: importin-5  (1115)  194 52.8   1e-05
XP_011519390 (OMIM: 602008) PREDICTED: importin-5  (1115)  194 52.8   1e-05
XP_016876051 (OMIM: 602008) PREDICTED: importin-5  (1115)  194 52.8   1e-05
XP_005254110 (OMIM: 602008) PREDICTED: importin-5  (1115)  194 52.8   1e-05
XP_011519392 (OMIM: 602008) PREDICTED: importin-5  (1115)  194 52.8   1e-05
XP_005254109 (OMIM: 602008) PREDICTED: importin-5  (1115)  194 52.8   1e-05
XP_016867705 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 425)  150 43.0  0.0037
NP_001139187 (OMIM: 614107) importin subunit alpha ( 516)  150 43.0  0.0044
XP_016867701 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 521)  150 43.0  0.0044
XP_016867702 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 521)  150 43.0  0.0044
XP_016867703 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 521)  150 43.0  0.0044
XP_016867700 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 522)  150 43.0  0.0044
XP_016867699 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 537)  150 43.0  0.0045
XP_011514517 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 543)  150 43.0  0.0046
XP_016867697 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 548)  150 43.0  0.0046
XP_016867698 (OMIM: 614107) PREDICTED: importin su ( 544)  145 41.9  0.0098


>>NP_002256 (OMIM: 602738) importin subunit beta-1 isofo  (876 aa)
 initn: 5713 init1: 5713 opt: 5713  Z-score: 6801.3  bits: 1269.6 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 5713; 100.0% identity (100.0% similar) in 876 aa overlap (1-876:1-876)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MELITILEKTVSPDRLELEAAQKFLERAAVENLPTFLVELSRVLANPGNSQVARVAAGLQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MELITILEKTVSPDRLELEAAQKFLERAAVENLPTFLVELSRVLANPGNSQVARVAAGLQ
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 IKNSLTSKDPDIKAQYQQRWLAIDANARREVKNYVLQTLGTETYRPSSASQCVAGIACAE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 IKNSLTSKDPDIKAQYQQRWLAIDANARREVKNYVLQTLGTETYRPSSASQCVAGIACAE
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 IPVNQWPELIPQLVANVTNPNSTEHMKESTLEAIGYICQDIDPEQLQDKSNEILTAIIQG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 IPVNQWPELIPQLVANVTNPNSTEHMKESTLEAIGYICQDIDPEQLQDKSNEILTAIIQG
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 MRKEEPSNNVKLAATNALLNSLEFTKANFDKESERHFIMQVVCEATQCPDTRVRVAALQN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MRKEEPSNNVKLAATNALLNSLEFTKANFDKESERHFIMQVVCEATQCPDTRVRVAALQN
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB3 LVKIMSLYYQYMETYMGPALFAITIEAMKSDIDEVALQGIEFWSNVCDEEMDLAIEASEA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LVKIMSLYYQYMETYMGPALFAITIEAMKSDIDEVALQGIEFWSNVCDEEMDLAIEASEA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB3 AEQGRPPEHTSKFYAKGALQYLVPILTQTLTKQDENDDDDDWNPCKAAGVCLMLLATCCE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 AEQGRPPEHTSKFYAKGALQYLVPILTQTLTKQDENDDDDDWNPCKAAGVCLMLLATCCE
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB3 DDIVPHVLPFIKEHIKNPDWRYRDAAVMAFGCILEGPEPSQLKPLVIQAMPTLIELMKDP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 DDIVPHVLPFIKEHIKNPDWRYRDAAVMAFGCILEGPEPSQLKPLVIQAMPTLIELMKDP
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB3 SVVVRDTAAWTVGRICELLPEAAINDVYLAPLLQCLIEGLSAEPRVASNVCWAFSSLAEA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SVVVRDTAAWTVGRICELLPEAAINDVYLAPLLQCLIEGLSAEPRVASNVCWAFSSLAEA
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB3 AYEAADVADDQEEPATYCLSSSFELIVQKLLETTDRPDGHQNNLRSSAYESLMEIVKNSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 AYEAADVADDQEEPATYCLSSSFELIVQKLLETTDRPDGHQNNLRSSAYESLMEIVKNSA
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB3 KDCYPAVQKTTLVIMERLQQVLQMESHIQSTSDRIQFNDLQSLLCATLQNVLRKVQHQDA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KDCYPAVQKTTLVIMERLQQVLQMESHIQSTSDRIQFNDLQSLLCATLQNVLRKVQHQDA
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB3 LQISDVVMASLLRMFQSTAGSGGVQEDALMAVSTLVEVLGGEFLKYMEAFKPFLGIGLKN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LQISDVVMASLLRMFQSTAGSGGVQEDALMAVSTLVEVLGGEFLKYMEAFKPFLGIGLKN
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB3 YAEYQVCLAAVGLVGDLCRALQSNIIPFCDEVMQLLLENLGNENVHRSVKPQILSVFGDI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 YAEYQVCLAAVGLVGDLCRALQSNIIPFCDEVMQLLLENLGNENVHRSVKPQILSVFGDI
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB3 ALAIGGEFKKYLEVVLNTLQQASQAQVDKSDYDMVDYLNELRESCLEAYTGIVQGLKGDQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 ALAIGGEFKKYLEVVLNTLQQASQAQVDKSDYDMVDYLNELRESCLEAYTGIVQGLKGDQ
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB3 ENVHPDVMLVQPRVEFILSFIDHIAGDEDHTDGVVACAAGLIGDLCTAFGKDVLKLVEAR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 ENVHPDVMLVQPRVEFILSFIDHIAGDEDHTDGVVACAAGLIGDLCTAFGKDVLKLVEAR
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870      
pF1KB3 PMIHELLTEGRRSKTNKAKTLATWATKELRKLKNQA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 PMIHELLTEGRRSKTNKAKTLATWATKELRKLKNQA
              850       860       870      

>>NP_001263382 (OMIM: 602738) importin subunit beta-1 is  (731 aa)
 initn: 4787 init1: 4787 opt: 4787  Z-score: 5699.2  bits: 1065.4 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 4787; 100.0% identity (100.0% similar) in 731 aa overlap (146-876:1-731)

         120       130       140       150       160       170     
pF1KB3 IACAEIPVNQWPELIPQLVANVTNPNSTEHMKESTLEAIGYICQDIDPEQLQDKSNEILT
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001                               MKESTLEAIGYICQDIDPEQLQDKSNEILT
                                             10        20        30

         180       190       200       210       220       230     
pF1KB3 AIIQGMRKEEPSNNVKLAATNALLNSLEFTKANFDKESERHFIMQVVCEATQCPDTRVRV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AIIQGMRKEEPSNNVKLAATNALLNSLEFTKANFDKESERHFIMQVVCEATQCPDTRVRV
               40        50        60        70        80        90

         240       250       260       270       280       290     
pF1KB3 AALQNLVKIMSLYYQYMETYMGPALFAITIEAMKSDIDEVALQGIEFWSNVCDEEMDLAI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AALQNLVKIMSLYYQYMETYMGPALFAITIEAMKSDIDEVALQGIEFWSNVCDEEMDLAI
              100       110       120       130       140       150

         300       310       320       330       340       350     
pF1KB3 EASEAAEQGRPPEHTSKFYAKGALQYLVPILTQTLTKQDENDDDDDWNPCKAAGVCLMLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EASEAAEQGRPPEHTSKFYAKGALQYLVPILTQTLTKQDENDDDDDWNPCKAAGVCLMLL
              160       170       180       190       200       210

         360       370       380       390       400       410     
pF1KB3 ATCCEDDIVPHVLPFIKEHIKNPDWRYRDAAVMAFGCILEGPEPSQLKPLVIQAMPTLIE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ATCCEDDIVPHVLPFIKEHIKNPDWRYRDAAVMAFGCILEGPEPSQLKPLVIQAMPTLIE
              220       230       240       250       260       270

         420       430       440       450       460       470     
pF1KB3 LMKDPSVVVRDTAAWTVGRICELLPEAAINDVYLAPLLQCLIEGLSAEPRVASNVCWAFS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LMKDPSVVVRDTAAWTVGRICELLPEAAINDVYLAPLLQCLIEGLSAEPRVASNVCWAFS
              280       290       300       310       320       330

         480       490       500       510       520       530     
pF1KB3 SLAEAAYEAADVADDQEEPATYCLSSSFELIVQKLLETTDRPDGHQNNLRSSAYESLMEI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SLAEAAYEAADVADDQEEPATYCLSSSFELIVQKLLETTDRPDGHQNNLRSSAYESLMEI
              340       350       360       370       380       390

         540       550       560       570       580       590     
pF1KB3 VKNSAKDCYPAVQKTTLVIMERLQQVLQMESHIQSTSDRIQFNDLQSLLCATLQNVLRKV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VKNSAKDCYPAVQKTTLVIMERLQQVLQMESHIQSTSDRIQFNDLQSLLCATLQNVLRKV
              400       410       420       430       440       450

         600       610       620       630       640       650     
pF1KB3 QHQDALQISDVVMASLLRMFQSTAGSGGVQEDALMAVSTLVEVLGGEFLKYMEAFKPFLG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QHQDALQISDVVMASLLRMFQSTAGSGGVQEDALMAVSTLVEVLGGEFLKYMEAFKPFLG
              460       470       480       490       500       510

         660       670       680       690       700       710     
pF1KB3 IGLKNYAEYQVCLAAVGLVGDLCRALQSNIIPFCDEVMQLLLENLGNENVHRSVKPQILS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IGLKNYAEYQVCLAAVGLVGDLCRALQSNIIPFCDEVMQLLLENLGNENVHRSVKPQILS
              520       530       540       550       560       570

         720       730       740       750       760       770     
pF1KB3 VFGDIALAIGGEFKKYLEVVLNTLQQASQAQVDKSDYDMVDYLNELRESCLEAYTGIVQG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VFGDIALAIGGEFKKYLEVVLNTLQQASQAQVDKSDYDMVDYLNELRESCLEAYTGIVQG
              580       590       600       610       620       630

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XP_005 M----YQCMQDKMP------------EVRQSSFALLGDLTKACFQHVKPCIADFMPILGT
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NP_694 CPQEVAPMLQQFIRPWCTSLRNIRDNEEKDSAFRGICTMISVNPSGVIQDFIFFCDAVAS
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NP_002 TIPDSE--QDIRPRFHRSRTVAQ---QHDEDGIEEEDDDDDEIDDDDTISDWNLRKCSAA
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NP_002 PEYIQMLMPPLIQKWNMLKDEDKDLFPLLECLSSVATALQSGFLPYCEPVYQRC----VN
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pF1KB3 DPEQLQDKSNEILTAIIQGMRKEEPSNNVKLAATNALLNSLEFTKANFDKESERHFIMQV
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NP_001 DSDALNRPLNIMIPKFLQFFKHCSPK--IRSHAI-ACVNQFIMDRAQALMDNIDTFIEHL
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NP_001 FALAVD-DDPEVRKNVCRALVMLLEVRIDRLIPHMH-SIIQYMLQRTQDHDENVALEACE
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       ::     . .: :                    :.:.      .: .::   .::  .: 
NP_001 FWLTLAEQPICKEVLASHLVQLIPILVNGMKYSEIDIILLKGDVEEDEAVPDSEQDIKPR
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NP_001 FHKSRTV---TLPHEAERPDGSEDAEDDDDDDALSDWNLRKCSAAALDVLANVFREELLP
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pF1KB3 DTAAWTVGRICELLPEAAINDVYLAPLLQCLIEG-LSAEPRVASNVCWAFSSLAEAA-YE
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NP_001 SIACWTLSRYAHWVV-SQPPDMHLKPLMTELLKRILDGNKRVQEAACSAFATLEEEACTE
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pF1KB3 AADVADDQEEPATYCLSSSFE---LIVQKLLETTDRPDGHQNNLRSSAYESLMEIVK--N
        .   .   .  .. ...  .   ::.   . :     ::. :      . .  ...  :
NP_001 LVPYLSYILDTLVFAFGKYQHKNLLILYDAIGTLADSVGHHLNQPEYIQKLMPPLIQKWN
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pF1KB3 SAKDCYPAVQKTTLVIMERLQQV-LQMESHIQSTSDRIQFNDLQSLLCATLQNVLRKVQH
         ::     .:  . ..: :..:   ..: .    . . ..   .:.  :: ...  .::
NP_001 ELKDE----DKDLFPLLECLSSVATALQSGFLPYCEPV-YQRCVTLVQKTLAQAMMYTQH
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pF1KB3 QDALQISDV-VMASLLRMFQSTA-GSGGVQEDALMAVSTLVEVLGGEFLKYMEAFKPFLG
        .  .  :   :   : .... : : :: . . :.: :... .:    .. :.   :   
NP_001 PEQYEAPDKDFMIVALDLLSGLAEGLGG-HVEQLVARSNIMTLL----FQCMQDSMP---
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pF1KB3 IGLKNYAEYQVCLAAVGLVGDLCRALQSNIIPFCDEVMQLLLENLGNENVHRSVKPQILS
                .:  .. .:.::: .:   .. :   : : .:  ::. : .  ::  .   
NP_001 ---------EVRQSSFALLGDLTKACFIHVKPCIAEFMPILGTNLNPEFI--SVCNNATW
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pF1KB3 VFGDIALAIGGEFKKYLEVVLNTLQQASQAQVDKSDYDMVDYLNELRESCLEAYTGIVQG
       ..:.: . .:.:.. :...:::.:                                    
NP_001 AIGEICMQMGAEMQPYVQMVLNNLVEIINRPNTPKTLLENTAITIGRLGYVCPQEVAPML
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>>NP_038461 (OMIM: 603002) transportin-2 isoform 2 [Homo  (887 aa)
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pF1KB3           MELITILEKTVSPDRLELEAAQKFLERAAVENLPTFLVELSRVLAN-PGN
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NP_001 ---------EVRQSSFALLGDLTKACFIHVKPCIAEFMPILGTNLNPEFI--SVCNNATW
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876 residues in 1 query   sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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