Result of FASTA (omim) for pF1KB3279
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB3279, 950 aa
  1>>>pF1KB3279 950 - 950 aa - 950 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.3232+/-0.000427; mu= 6.7964+/- 0.026
 mean_var=149.6451+/-30.429, 0's: 0 Z-trim(115.3): 406  B-trim: 120 in 1/53
 Lambda= 0.104844
 statistics sampled from 25215 (25641) to 25215 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.643), E-opt: 0.2 (0.301), width:  16
 Scan time: 13.480

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_114063 (OMIM: 606315) protocadherin alpha-9 iso ( 950) 6201 950.6       0
NP_061730 (OMIM: 606310) protocadherin alpha-4 iso ( 947) 5205 800.0       0
NP_054724 (OMIM: 606315) protocadherin alpha-9 iso ( 842) 5156 792.6       0
NP_061729 (OMIM: 606309) protocadherin alpha-3 iso ( 950) 5120 787.1       0
NP_061727 (OMIM: 606319) protocadherin alpha-13 is ( 950) 5011 770.6       0
NP_061723 (OMIM: 606307) protocadherin alpha-1 iso ( 950) 5006 769.9       0
NP_061732 (OMIM: 606312) protocadherin alpha-6 iso ( 950) 4986 766.9       0
NP_061734 (OMIM: 606314) protocadherin alpha-8 iso ( 950) 4959 762.8       0
NP_061724 (OMIM: 606316) protocadherin alpha-10 is ( 948) 4952 761.7       0
NP_061728 (OMIM: 606308) protocadherin alpha-2 iso ( 948) 4910 755.4 3.1e-217
NP_061725 (OMIM: 606317) protocadherin alpha-11 is ( 949) 4876 750.2 1.1e-215
NP_061733 (OMIM: 606313) protocadherin alpha-7 iso ( 937) 4505 694.1 8.6e-199
NP_114040 (OMIM: 606313) protocadherin alpha-7 iso ( 789) 4477 689.8 1.4e-197
NP_113688 (OMIM: 606310) protocadherin alpha-4 iso ( 798) 4160 641.9 3.8e-183
NP_113685 (OMIM: 606309) protocadherin alpha-3 iso ( 824) 4075 629.0 2.9e-179
NP_114071 (OMIM: 606319) protocadherin alpha-13 is ( 807) 3969 613.0 1.9e-174
NP_113598 (OMIM: 606307) protocadherin alpha-1 iso ( 807) 3961 611.8 4.4e-174
NP_114036 (OMIM: 606312) protocadherin alpha-6 iso ( 803) 3943 609.1 2.9e-173
NP_114062 (OMIM: 606314) protocadherin alpha-8 iso ( 814) 3915 604.8 5.6e-172
NP_061731 (OMIM: 606311) protocadherin alpha-5 iso ( 936) 3916 605.0 5.7e-172
NP_114065 (OMIM: 606316) protocadherin alpha-10 is ( 844) 3907 603.6 1.3e-171
NP_113689 (OMIM: 606311) protocadherin alpha-5 iso ( 816) 3888 600.8 9.5e-171
NP_113684 (OMIM: 606308) protocadherin alpha-2 iso ( 808) 3865 597.3  1e-169
NP_113683 (OMIM: 606308) protocadherin alpha-2 iso ( 824) 3865 597.3 1.1e-169
NP_114067 (OMIM: 606317) protocadherin alpha-11 is ( 810) 3831 592.1 3.7e-168
NP_061726 (OMIM: 606318) protocadherin alpha-12 is ( 941) 3823 590.9 9.8e-168
NP_114070 (OMIM: 606318) protocadherin alpha-12 is ( 792) 3803 587.9 6.8e-167
NP_114066 (OMIM: 606316) protocadherin alpha-10 is ( 685) 2614 408.0 8.3e-113
NP_113599 (OMIM: 606307) protocadherin alpha-1 iso ( 686) 2605 406.7 2.1e-112
NP_114037 (OMIM: 606312) protocadherin alpha-6 iso ( 686) 2575 402.1  5e-111
NP_002579 (OMIM: 603627) protocadherin gamma-C3 is ( 934) 2031 319.9 3.8e-86
NP_115778 (OMIM: 603627) protocadherin gamma-C3 is ( 863) 1993 314.1 1.9e-84
NP_115783 (OMIM: 606306) protocadherin gamma-C5 is ( 878) 1953 308.1 1.3e-82
NP_003727 (OMIM: 603058) protocadherin gamma-B4 is ( 923) 1947 307.2 2.5e-82
NP_061752 (OMIM: 606306) protocadherin gamma-C5 is ( 944) 1947 307.2 2.6e-82
NP_061736 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 i ( 936) 1938 305.8 6.6e-82
NP_114479 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 i ( 850) 1937 305.7 6.7e-82
NP_114476 (OMIM: 606294) protocadherin gamma-A7 is ( 817) 1925 303.8 2.3e-81
NP_061743 (OMIM: 606294) protocadherin gamma-A7 is ( 932) 1925 303.9 2.6e-81
NP_115265 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 i ( 820) 1912 301.9 8.9e-81
NP_114442 (OMIM: 606291) protocadherin gamma-A4 is ( 851) 1912 301.9 9.2e-81
NP_003726 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 i ( 932) 1912 301.9   1e-80
NP_061747 (OMIM: 606301) protocadherin gamma-B3 is ( 929) 1907 301.1 1.7e-80
NP_061740 (OMIM: 606291) protocadherin gamma-A4 is ( 962) 1904 300.7 2.4e-80
NP_061745 (OMIM: 606299) protocadherin gamma-B1 is ( 927) 1896 299.5 5.3e-80
NP_115266 (OMIM: 606299) protocadherin gamma-B1 is ( 810) 1892 298.8 7.2e-80
NP_114089 (OMIM: 606321) protocadherin alpha-C2 is ( 884) 1889 298.4 1.1e-79
NP_061738 (OMIM: 606289) protocadherin gamma-A2 is ( 932) 1889 298.4 1.1e-79
NP_061737 (OMIM: 606298) protocadherin gamma-A11 i ( 935) 1888 298.3 1.2e-79
NP_114398 (OMIM: 606289) protocadherin gamma-A2 is ( 823) 1882 297.3 2.1e-79


>>NP_114063 (OMIM: 606315) protocadherin alpha-9 isoform  (950 aa)
 initn: 6201 init1: 6201 opt: 6201  Z-score: 5076.3  bits: 950.6 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 6201; 100.0% identity (100.0% similar) in 950 aa overlap (1-950:1-950)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MLYSSRGDPEGQPLLLSLLILAMWVVGSGQLHYSVPEEAEHGTFVGRIAQDLGLELAELV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 MLYSSRGDPEGQPLLLSLLILAMWVVGSGQLHYSVPEEAEHGTFVGRIAQDLGLELAELV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 PRLFQLDSKGRGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 PRLFQLDSKGRGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVD
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 VEVKDINDNPPVFPATQKNLFIAESRPLDSRFPLEGASDADIGENALLTYRLSPNEYFFL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 VEVKDINDNPPVFPATQKNLFIAESRPLDSRFPLEGASDADIGENALLTYRLSPNEYFFL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 DVPTSNQQVKPLGLVLRKLLDREETPELHLLLTATDGGKPELTGTVQLLITVLDNNDNAP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 DVPTSNQQVKPLGLVLRKLLDREETPELHLLLTATDGGKPELTGTVQLLITVLDNNDNAP
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB3 VFDRTLYTVKLPENVSIGTLVIHPNASDLDEGLNGDIIYSFSSDVSPDIKSKFHMDPLSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 VFDRTLYTVKLPENVSIGTLVIHPNASDLDEGLNGDIIYSFSSDVSPDIKSKFHMDPLSG
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB3 AITVIGHMDFEESRAHKIPVEAVDKGFPPLAGHCTLLVEVVDVNDNAPQLTIKTLSVPVK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 AITVIGHMDFEESRAHKIPVEAVDKGFPPLAGHCTLLVEVVDVNDNAPQLTIKTLSVPVK
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB3 EDAQLGTVIALISVIDLDADANGQVTCSLTPHVPFKLVSTYKNYYSLVLDRALDRESVSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 EDAQLGTVIALISVIDLDADANGQVTCSLTPHVPFKLVSTYKNYYSLVLDRALDRESVSA
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB3 YELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQSEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 YELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQSEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB3 DADAQENALVSYSLVERRLGERSLSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 DADAQENALVSYSLVERRLGERSLSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB3 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLTPRMRGTDGAVSEMVLRSVGAGVVVGKVRAVDAD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLTPRMRGTDGAVSEMVLRSVGAGVVVGKVRAVDAD
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB3 SGYNAWLSYELQPETASASIPFRVGLYTGEISTTRALDETDAPRQRLLVLVKDHGEPALT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 SGYNAWLSYELQPETASASIPFRVGLYTGEISTTRALDETDAPRQRLLVLVKDHGEPALT
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB3 ATATVLVSLVESGQAPKSSSRASVGATGPEVTLVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 ATATVLVSLVESGQAPKSSSRASVGATGPEVTLVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTV
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB3 LRCSAMPTEGECAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVCSGEGKQKTDLMAFSPGLSPCA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 LRCSAMPTEGECAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVCSGEGKQKTDLMAFSPGLSPCA
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB3 GSTERTGEPSASSDSTGKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 GSTERTGEPSASSDSTGKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB3 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950
pF1KB3 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_114 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
              910       920       930       940       950

>>NP_061730 (OMIM: 606310) protocadherin alpha-4 isoform  (947 aa)
 initn: 5204 init1: 4152 opt: 5205  Z-score: 4262.1  bits: 800.0 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 5205; 84.5% identity (92.5% similar) in 950 aa overlap (1-950:1-947)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MLYSSRGDPEGQPLLLSLLILAMWVVGSGQLHYSVPEEAEHGTFVGRIAQDLGLELAELV
       : .:  .  :.. ::: ::.:: : .:.::::::: :::.::::::::::::::::::::
NP_061 MEFSWGSGQESRRLLLLLLLLAAWEAGNGQLHYSVSEEAKHGTFVGRIAQDLGLELAELV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 PRLFQLDSKGRGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVD
       ::::.. ::::: ::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::
NP_061 PRLFRVASKGRGGLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCRRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVD
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 VEVKDINDNPPVFPATQKNLFIAESRPLDSRFPLEGASDADIGENALLTYRLSPNEYFFL
       :::.:::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :
NP_061 VEVRDINDNPPVFPATQKNLSIAESRPLDSRFPLEGASDADIGENALLTYRLSPNEYFSL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 DVPTSNQQVKPLGLVLRKLLDREETPELHLLLTATDGGKPELTGTVQLLITVLDNNDNAP
       . : ... :: :::.::: :::::.::. :.::::::::::::::::::::::: :::::
NP_061 EKPPDDELVKGLGLILRKSLDREEAPEIFLVLTATDGGKPELTGTVQLLITVLDANDNAP
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB3 VFDRTLYTVKLPENVSIGTLVIHPNASDLDEGLNGDIIYSFSSDVSPDIKSKFHMDPLSG
       .::::.: :.: :::  :::::. :::::::::::::.::::.:.::..:::::.::..:
NP_061 AFDRTIYKVRLLENVPNGTLVIKLNASDLDEGLNGDIVYSFSNDISPNVKSKFHIDPITG
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pF1KB3 AITVIGHMDFEESRAHKIPVEAVDKGFPPLAGHCTLLVEVVDVNDNAPQLTIKTLSVPVK
        : : :..:::::....: ::..:::  ::.::: ..::: : :::.:.: .:.::.:..
NP_061 QIIVKGYIDFEESKSYEIIVEGIDKGQLPLSGHCRVIVEVEDNNDNVPDLEFKSLSLPIR
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pF1KB3 EDAQLGTVIALISVIDLDADANGQVTCSLTPHVPFKLVSTYKNYYSLVLDRALDRESVSA
       ::: :::::::::: : :  .:: :::::: :::::::::.::::::::: :::::::::
NP_061 EDAPLGTVIALISVSDKDMGVNGLVTCSLTSHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSALDRESVSA
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       ::::::::::::::::::: ::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::: 
NP_061 YELVVTARDGGSPSLWATASVSVEVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAW
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pF1KB3 DADAQENALVSYSLVERRLGERSLSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
       ::::::::::::::::::.:::.::::::::::::::::::::::::::::::::.::::
NP_061 DADAQENALVSYSLVERRVGERALSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVTARDA
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pF1KB3 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLTPRMRGTDGAVSEMVLRSVGAGVVVGKVRAVDAD
       ::::::::::::::::::::::::::.::  :: :::::.:  :::.: ::.::::::::
NP_061 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLAPRAGGTGGAVSELVPWSVGVGHVVAKVRAVDAD
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       ::::::::::::: :..: :::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::
NP_061 SGYNAWLSYELQPGTGGARIPFRVGLYTGEISTTRALDETDAPRHRLLVLVKDHGEPALT
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pF1KB3 ATATVLVSLVESGQAPKSSSRASVGATGPEVTLVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTV
       :::::::::::::::::.:::: :::.::...:::::::::::::::::::::::::::.
NP_061 ATATVLVSLVESGQAPKASSRALVGAVGPDAALVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTA
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pF1KB3 LRCSAMPTEGECAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVCSGEGKQKTDLMAFSPGLSPCA
       :::::.:::: :::::::::::::::::::::::: :::::::  :::::::::.: :  
NP_061 LRCSALPTEGACAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRPRVCSGEGPPKTDLMAFSPSL-P--
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pF1KB3 GSTERTGEPSASSDSTGKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
        : .:  . ... .: .:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 DSRDREDQLQTTEESFAKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
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pF1KB3 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
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pF1KB3 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
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>>NP_054724 (OMIM: 606315) protocadherin alpha-9 isoform  (842 aa)
 initn: 5156 init1: 5156 opt: 5156  Z-score: 4222.8  bits: 792.6 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 5156; 100.0% identity (100.0% similar) in 798 aa overlap (1-798:1-798)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MLYSSRGDPEGQPLLLSLLILAMWVVGSGQLHYSVPEEAEHGTFVGRIAQDLGLELAELV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 MLYSSRGDPEGQPLLLSLLILAMWVVGSGQLHYSVPEEAEHGTFVGRIAQDLGLELAELV
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pF1KB3 PRLFQLDSKGRGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 PRLFQLDSKGRGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVD
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pF1KB3 VEVKDINDNPPVFPATQKNLFIAESRPLDSRFPLEGASDADIGENALLTYRLSPNEYFFL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 VEVKDINDNPPVFPATQKNLFIAESRPLDSRFPLEGASDADIGENALLTYRLSPNEYFFL
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pF1KB3 DVPTSNQQVKPLGLVLRKLLDREETPELHLLLTATDGGKPELTGTVQLLITVLDNNDNAP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 DVPTSNQQVKPLGLVLRKLLDREETPELHLLLTATDGGKPELTGTVQLLITVLDNNDNAP
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NP_054 VFDRTLYTVKLPENVSIGTLVIHPNASDLDEGLNGDIIYSFSSDVSPDIKSKFHMDPLSG
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 YELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQSEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 DADAQENALVSYSLVERRLGERSLSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLTPRMRGTDGAVSEMVLRSVGAGVVVGKVRAVDAD
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pF1KB3 SGYNAWLSYELQPETASASIPFRVGLYTGEISTTRALDETDAPRQRLLVLVKDHGEPALT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 SGYNAWLSYELQPETASASIPFRVGLYTGEISTTRALDETDAPRQRLLVLVKDHGEPALT
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pF1KB3 ATATVLVSLVESGQAPKSSSRASVGATGPEVTLVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 ATATVLVSLVESGQAPKSSSRASVGATGPEVTLVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTV
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pF1KB3 LRCSAMPTEGECAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVCSGEGKQKTDLMAFSPGLSPCA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_054 LRCSAMPTEGECAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVCSGEGKQKTDLMAFSPGLSPCA
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pF1KB3 GSTERTGEPSASSDSTGKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
       ::::::::::::::::::                                          
NP_054 GSTERTGEPSASSDSTGKVGFSSILFIYIIFFLERYYRLLPGAVQIVLFIFLEIQQIFFL
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>>NP_061729 (OMIM: 606309) protocadherin alpha-3 isoform  (950 aa)
 initn: 5120 init1: 5120 opt: 5120  Z-score: 4192.6  bits: 787.1 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 5120; 82.6% identity (92.4% similar) in 950 aa overlap (1-950:1-950)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MLYSSRGDPEGQPLLLSLLILAMWVVGSGQLHYSVPEEAEHGTFVGRIAQDLGLELAELV
       ::.: : :: .: ::::::.::   :::::::::: :::.::::::::::::::::::::
NP_061 MLFSWREDPGAQCLLLSLLLLAASEVGSGQLHYSVSEEAKHGTFVGRIAQDLGLELAELV
               10        20        30        40        50        60

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pF1KB3 PRLFQLDSKGRGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVD
       ::::.. :: .::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
NP_061 PRLFRVASKRHGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVE
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pF1KB3 VEVKDINDNPPVFPATQKNLFIAESRPLDSRFPLEGASDADIGENALLTYRLSPNEYFFL
       ::::::::: :::: . :::::.:::   ::: :::::::::: :.:::: :. .::: :
NP_061 VEVKDINDNAPVFPMAVKNLFISESRQPGSRFSLEGASDADIGTNSLLTYSLDSTEYFTL
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pF1KB3 DVPTSNQQVKPLGLVLRKLLDREETPELHLLLTATDGGKPELTGTVQLLITVLDNNDNAP
       ::  .....: :::::.: :.::.::. .::.:: ::::::::::.:: ::::: :::::
NP_061 DVKRNDEEIKSLGLVLKKNLNREDTPKHYLLITAIDGGKPELTGTTQLKITVLDVNDNAP
              190       200       210       220       230       240

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pF1KB3 VFDRTLYTVKLPENVSIGTLVIHPNASDLDEGLNGDIIYSFSSDVSPDIKSKFHMDPLSG
       .:.::.: :.: ::.  ::::.  ::.:::::.: :: :::..:.: :: ::::.::..:
NP_061 AFERTIYKVRLLENAPNGTLVVTVNATDLDEGVNKDIAYSFNTDMSADILSKFHLDPVNG
              250       260       270       280       290       300

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pF1KB3 AITVIGHMDFEESRAHKIPVEAVDKGFPPLAGHCTLLVEVVDVNDNAPQLTIKTLSVPVK
        :.: :..:::::....: :::.::: ::.. :::.:.:.::.:::.:.:.:..::.:: 
NP_061 QISVKGNIDFEESKSYEIQVEATDKGNPPMSDHCTVLLEIVDINDNVPELVIQSLSLPVL
              310       320       330       340       350       360

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pF1KB3 EDAQLGTVIALISVIDLDADANGQVTCSLTPHVPFKLVSTYKNYYSLVLDRALDRESVSA
       ::. :.:::::::: : :. .:::::::::::::::::::.:::::::::  ::::::::
NP_061 EDSPLSTVIALISVSDRDSGVNGQVTCSLTPHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSPLDRESVSA
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pF1KB3 YELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQSEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
       ::::::::::::::::::: :::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::
NP_061 YELVVTARDGGSPSLWATASVSVEVADVNDNAPAFSQSEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
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       ::::::::::::: :..: ::::::::::::::::::::.::::.::::::::::::.::
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NP_061 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
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NP_061 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
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NP_061 YELVVTARDGGSPSLWATASVSVGVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAQ
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NP_061 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
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NP_061 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
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>>NP_061723 (OMIM: 606307) protocadherin alpha-1 isoform  (950 aa)
 initn: 5006 init1: 5006 opt: 5006  Z-score: 4099.4  bits: 769.9 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 5006; 80.6% identity (91.7% similar) in 950 aa overlap (1-950:1-950)

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pF1KB3 MLYSSRGDPEGQPLLLSLLILAMWVVGSGQLHYSVPEEAEHGTFVGRIAQDLGLELAELV
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pF1KB3 PRLFQLDSKGRGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVD
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NP_061 PRLFRVASKTHRDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCQWSAECSIHLELIADRPLQVFHVE
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pF1KB3 VEVKDINDNPPVFPATQKNLFIAESRPLDSRFPLEGASDADIGENALLTYRLSPNEYFFL
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NP_061 VKVKDINDNPPVFRGREQIIFIPESRLLNSRFPIEGAADADIGANALLTYTLSPSDYFSL
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pF1KB3 DVPTSNQQVKPLGLVLRKLLDREETPELHLLLTATDGGKPELTGTVQLLITVLDNNDNAP
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NP_061 DVEASDELSKSLWLELRKYLDREETPELHLLLTATDGGKPELQGTVELLITVLDVNDNAP
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pF1KB3 VFDRTLYTVKLPENVSIGTLVIHPNASDLDEGLNGDIIYSFSSDVSPDIKSKFHMDPLSG
       .::...: :.: :... ::::   :::: :::.::....::.: .: ::. ::..:  ::
NP_061 LFDQAVYRVHLLETTANGTLVTTLNASDADEGVNGEVVFSFDSGISRDIQEKFKVDSSSG
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pF1KB3 AITVIGHMDFEESRAHKIPVEAVDKGFPPLAGHCTLLVEVVDVNDNAPQLTIKTLSVPVK
        : .: ..:.::.....: :.::::: ::...:: .::.:.:::::::.:.. .: .:..
NP_061 EIRLIDKLDYEETKSYEIQVKAVDKGSPPMSNHCKVLVKVLDVNDNAPELAVTSLYLPIR
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pF1KB3 EDAQLGTVIALISVIDLDADANGQVTCSLTPHVPFKLVSTYKNYYSLVLDRALDRESVSA
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NP_061 EDAPLSTVIALITVSDRDSGANGQVTCSLMPHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSALDRESLSV
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pF1KB3 YELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQSEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::
NP_061 YELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
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pF1KB3 DADAQENALVSYSLVERRLGERSLSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
       ::::::::::::::::::.:::.::.::::::::::::::::::::::::::::::::::
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NP_061 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
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NP_061 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
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>>NP_061734 (OMIM: 606314) protocadherin alpha-8 isoform  (950 aa)
 initn: 4953 init1: 4953 opt: 4959  Z-score: 4061.0  bits: 762.8 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 4959; 80.3% identity (90.5% similar) in 950 aa overlap (1-950:1-950)

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pF1KB3 MLYSSRGDPEGQPLLLSLLILAMWVVGSGQLHYSVPEEAEHGTFVGRIAQDLGLELAELV
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pF1KB3 VEVKDINDNPPVFPATQKNLFIAESRPLDSRFPLEGASDADIGENALLTYRLSPNEYFFL
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pF1KB3 VFDRTLYTVKLPENVSIGTLVIHPNASDLDEGLNGDIIYSFSSDVSPDIKSKFHMDPLSG
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pF1KB3 AITVIGHMDFEESRAHKIPVEAVDKGFPPLAGHCTLLVEVVDVNDNAPQLTIKTLSVPVK
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NP_061 EIVIRGNLDFEQENLYKILIDATDKGHPPMAGHCTVLVRILDKNDNVPEIALTSLSLPVR
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pF1KB3 DADAQENALVSYSLVERRLGERSLSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
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NP_061 DADAQENALVSYSLVERRVGERSLSSYISVHTESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
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pF1KB3 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLTPRMRGTDGAVSEMVLRSVGAGVVVGKVRAVDAD
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NP_061 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLEPRVGGTGGAASKLVPRSVGAGHVVAKVRAVDAD
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pF1KB3 SGYNAWLSYELQPETASASIPFRVGLYTGEISTTRALDETDAPRQRLLVLVKDHGEPALT
       ::::::::::::: ..:  ::::::::::::::::.:::.:.::.:::::::::::::::
NP_061 SGYNAWLSYELQPAASSPRIPFRVGLYTGEISTTRVLDEADSPRHRLLVLVKDHGEPALT
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       :::::::::::::::::.::: :.:. :::..:::::::::::::::::::::::::::.
NP_061 ATATVLVSLVESGQAPKASSRQSAGVLGPEAALVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTA
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       :::::.:::: :  :::::::::::::::::::. ::::::::  ::::::::: : :  
NP_061 LRCSALPTEGGCRAGKPTLVCSSAVGSWSYSQQQPQRVCSGEGPPKTDLMAFSPCLPPDL
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       ::..   : . . :   :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 GSVDVGEEQDLNVDHGLKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
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>>NP_061724 (OMIM: 606316) protocadherin alpha-10 isofor  (948 aa)
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Smith-Waterman score: 4952; 82.2% identity (91.2% similar) in 940 aa overlap (12-950:11-948)

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                  : ::::::.:: : :::::::::: :::.::::::::::::::::::::
NP_061  MVSRCSCLGVQCLLLSLLLLAAWEVGSGQLHYSVYEEARHGTFVGRIAQDLGLELAELV
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        :::.. :: .::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::
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       ::::::::::: : .:...: : ::: ::::::::::::::.::::::::.::::::: :
NP_061 VEVKDINDNPPRFSVTEQKLSIPESRLLDSRFPLEGASDADVGENALLTYKLSPNEYFVL
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       :. ..... :   :::::::::::.:.:.::::::::::::.::.:.::: ::: :::::
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       .::: .: ::. ::    ::::. :::: :::.: ...::::: : : :. :: ..  .:
NP_061 IFDRPVYEVKMYENQVNQTLVIRLNASDSDEGINKEMMYSFSSLVPPTIRRKFWINERTG
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pF1KB3 AITVIGHMDFEESRAHKIPVEAVDKGFPPLAGHCTLLVEVVDVNDNAPQLTIKTLSVPVK
        : :   .:::.: ...: :...::: ::..::::.:::..: :::.:.. . .::.:::
NP_061 EIKVNDAIDFEDSNTYEIHVDVTDKGNPPMVGHCTVLVELLDENDNSPEVIVTSLSLPVK
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pF1KB3 EDAQLGTVIALISVIDLDADANGQVTCSLTPHVPFKLVSTYKNYYSLVLDRALDRESVSA
       ::::.::::::::: : :. :::::::::::::::::::::::::::::: ::::: :::
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       ::::::::::::: ::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: 
NP_061 YELVVTARDGGSPPLWATASVSVEVADVNDNAPAFAQSEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAW
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       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
NP_061 DADAQENALVSYSLVERRLGERSLSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDG
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       ::::::::.:::::::::::::::::.    .. :::::.::::: :: ::.::::::::
NP_061 GVPPLGSNLTLQVFVLDENDNAPALLASPAGSAGGAVSELVLRSVVAGHVVAKVRAVDAD
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pF1KB3 SGYNAWLSYELQPETASASIPFRVGLYTGEISTTRALDETDAPRQRLLVLVKDHGEPALT
       ::::::::::::  ...: ::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::.::
NP_061 SGYNAWLSYELQSAAVGARIPFRVGLYTGEISTTRALDETDSPRQRLLVLVKDHGEPSLT
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pF1KB3 ATATVLVSLVESGQAPKSSSRASVGATGPEVTLVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTV
       :::::::::::..::::.:::::::.. :::.:::::::::::::::::::::::::::.
NP_061 ATATVLVSLVEGSQAPKASSRASVGVA-PEVALVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTA
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pF1KB3 LRCSAMPTEGECAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVCSGEGKQKTDLMAFSPGLSPCA
       ::::: :::: :.: ::::::::::::::::::::::::::::  :.:::::::.: :: 
NP_061 LRCSAAPTEGACGPVKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVCSGEGLPKADLMAFSPSLPPCP
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pF1KB3 GSTERTGEP-SASSDSTGKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQW
         ..  ::  : ..: . ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 -MVDVDGEDQSIGGDHSRKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQW
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pF1KB3 PTVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PTVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISI
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pF1KB3 RQEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 RQEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
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>>NP_061728 (OMIM: 606308) protocadherin alpha-2 isoform  (948 aa)
 initn: 4913 init1: 3863 opt: 4910  Z-score: 4020.9  bits: 755.4 E(85289): 3.1e-217
Smith-Waterman score: 4910; 80.9% identity (91.8% similar) in 936 aa overlap (15-950:15-948)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MLYSSRGDPEGQPLLLSLLILAMWVVGSGQLHYSVPEEAEHGTFVGRIAQDLGLELAELV
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NP_061 MASSIRRGRGAWTRLLSLLLLAAWEVGSGQLRYSVPEEAKHGTFVGRIAQDLGLELEELV
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pF1KB3 PRLFQLDSKGRGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVD
       ::::.. :: .::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::.
NP_061 PRLFRVASKRHGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHVEVIVDRPLQVFHVE
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pF1KB3 VEVKDINDNPPVFPATQKNLFIAESRPLDSRFPLEGASDADIGENALLTYRLSPNEYFFL
       :::::::::::.:: : :.. . ::: :::::::::::::::: ::::.:.:: .:.:::
NP_061 VEVKDINDNPPIFPMTVKTIRFPESRLLDSRFPLEGASDADIGVNALLSYKLSSSEFFFL
              130       140       150       160       170       180

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pF1KB3 DVPTSNQQVKPLGLVLRKLLDREETPELHLLLTATDGGKPELTGTVQLLITVLDNNDNAP
       :. ....  . :.::: : :::::: :..:::.::::::::::::::.:: ::: ::: :
NP_061 DIQANDELSESLSLVLGKSLDREETAEVNLLLVATDGGKPELTGTVQILIKVLDVNDNEP
              190       200       210       220       230       240

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pF1KB3 VFDRTLYTVKLPENVSIGTLVIHPNASDLDEGLNGDIIYSFSSDVSPDIKSKFHMDPLSG
       .: ...: ::: ::.. ::::.. :::: ::: :..:.::..::::  :..:: .::.::
NP_061 TFAQSVYKVKLLENTANGTLVVKLNASDADEGPNSEIVYSLGSDVSSTIQTKFTIDPISG
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB3 AITVIGHMDFEESRAHKIPVEAVDKGFPPLAGHCTLLVEVVDVNDNAPQLTIKTLSVPVK
        : . :..:.::.....: : :.::: : ..::: . ...::.:::.:...: .::.:..
NP_061 EIRTKGKLDYEEAKSYEIQVTATDKGTPSMSGHCKISLKLVDINDNTPEVSITSLSLPIS
              310       320       330       340       350       360

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pF1KB3 EDAQLGTVIALISVIDLDADANGQVTCSLTPHVPFKLVSTYKNYYSLVLDRALDRESVSA
       :.:.::::::::.: : :. .::.::::::::::::::::.::::::::: :::::::::
NP_061 ENASLGTVIALITVSDRDSGTNGHVTCSLTPHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSALDRESVSA
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pF1KB3 YELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQSEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
       ::::::::::::::::::. ::.:::::::::::::: ::::::::::::::::::::: 
NP_061 YELVVTARDGGSPSLWATTSVSIEVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAW
              430       440       450       460       470       480

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pF1KB3 DADAQENALVSYSLVERRLGERSLSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
       ::::::::::::::::::.:::.::::::::::::::::::::::::.::::::::::::
NP_061 DADAQENALVSYSLVERRVGERALSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEEVELLQFQVSARDA
              490       500       510       520       530       540

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pF1KB3 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLTPRMRGTDGAVSEMVLRSVGAGVVVGKVRAVDAD
       ::::::::::::::::::::::::::.::   . :::::.:  ::::: ::.::::::::
NP_061 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLAPRAGTAAGAVSELVPWSVGAGHVVAKVRAVDAD
              550       560       570       580       590       600

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pF1KB3 SGYNAWLSYELQPETASASIPFRVGLYTGEISTTRALDETDAPRQRLLVLVKDHGEPALT
       ::::::::::::  :.:: ::::::::::::::::::::.:.::.:::::::::::::::
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