seq1 = pF1KB1325.tfa, 2262 bp
seq2 = pF1KB1325/gi568815597r_21119958.tfa (gi568815597r:21119958_21390157), 270200 bp

>pF1KB1325 2262
>gi568815597r:21119958_21390157 (Chr1)

(complement)

1-87  (100000-100084)   97% ->
88-232  (110823-110967)   100% ->
233-445  (117247-117459)   99% ->
446-567  (129766-129887)   100% ->
568-714  (131319-131465)   100% ->
715-780  (132568-132633)   100% ->
781-972  (134020-134211)   100% ->
973-1115  (142795-142937)   99% ->
1116-1230  (145055-145169)   100% ->
1231-1341  (151914-152024)   100% ->
1342-1440  (153314-153412)   100% ->
1441-1518  (154231-154308)   100% ->
1519-1622  (156497-156600)   100% ->
1623-1733  (162117-162227)   100% ->
1734-1801  (162932-162999)   100% ->
1802-1992  (164718-164908)   100% ->
1993-2088  (168316-168411)   100% ->
2089-2262  (170027-170200)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGTCGACGTACAAGCGGGCCACGCTGGACGAGGAGGACCTGGTGGA
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GATGTCGACGTACAAGCGGGCCACGCTGGACGAGGAGGACCTGGTGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCGCTCTCCGAGGGCGACGCATACCCCAACGGCCTG         CAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||->>>...>>>||||
 100049 CTCGCTCTCCGAGGGCGACGCATACCCCAACGGCCT GCA...CTGCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGAACTTCCACAGCCCCCGGAGTGGCCAGAGGTGCTGGGCTGCACGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110827 TGAACTTCCACAGCCCCCGGAGTGGCCAGAGGTGCTGGGCTGCACGGACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGGTGGAGAAGCGGCTGGTGGTGTTGGTGGTACTTCTGGCGGCAGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110877 CAGGTGGAGAAGCGGCTGGTGGTGTTGGTGGTACTTCTGGCGGCAGGACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTGGCCTGCTTGGCAGCACTGGGCATCCAGTACCAGACAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 110927 GGTGGCCTGCTTGGCAGCACTGGGCATCCAGTACCAGACAAGTA...CAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GATCCCCTTCTGTGTGCCTGAGCGAAGCTTGTGTCTCAGTGACCAGCTCC
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117247 GATCCCCCTCTGTGTGCCTGAGCGAAGCTTGTGTCTCAGTGACCAGCTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATCTTGAGCTCCATGGACCCCACAGTGGACCCCTGCCATGACTTCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117297 ATCTTGAGCTCCATGGACCCCACAGTGGACCCCTGCCATGACTTCTTCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTACGCCTGTGGGGGCTGGATCAAGGCCAACCCAGTCCCTGATGGCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117347 CTACGCCTGTGGGGGCTGGATCAAGGCCAACCCAGTCCCTGATGGCCACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CACGCTGGGGGACCTTCAGCAACCTCTGGGAACACAACCAAGCAATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117397 CACGCTGGGGGACCTTCAGCAACCTCTGGGAACACAACCAAGCAATCATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAGCACCTCCTCG         AAAACTCCACGGCCAGCGTGAGCGAGGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 117447 AAGCACCTCCTCGGTA...CAGAAAACTCCACGGCCAGCGTGAGCGAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGAGAGAAAGGCGCAAGTATACTACCGTGCGTGCATGAACGAGACCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129794 AGAGAGAAAGGCGCAAGTATACTACCGTGCGTGCATGAACGAGACCAGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCGAGGAGCTCAGGGCCAAACCTCTAATGGAGTTGATTGAGAGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 129844 TCGAGGAGCTCAGGGCCAAACCTCTAATGGAGTTGATTGAGAGGGTG...

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    568    CTCGGGGGCTGGAACATCACAGGTCCCTGGGCCAAGGACAACTTCCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131316 CAGCTCGGGGGCTGGAACATCACAGGTCCCTGGGCCAAGGACAACTTCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGACACCCTGCAGGTGGTCACCGCCCACTACCGCACCTCACCCTTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131366 GGACACCCTGCAGGTGGTCACCGCCCACTACCGCACCTCACCCTTCTTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CTGTCTATGTCAGTGCCGATTCCAAGAACTCCAACAGCAACGTGATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131416 CTGTCTATGTCAGTGCCGATTCCAAGAACTCCAACAGCAACGTGATCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715          GTGGACCAGTCTGGCCTGGGCTTGCCCTCGAGAGACTATTA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131466 GTG...CAGGTGGACCAGTCTGGCCTGGGCTTGCCCTCGAGAGACTATTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCTGAACAAAACTGAAAACGAGAAG         GTGCTGACCGGATATC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 132609 CCTGAACAAAACTGAAAACGAGAAGGTA...CAGGTGCTGACCGGATATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGAACTACATGGTCCAGCTGGGGAAGCTGCTGGGCGGCGGGGACGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134036 TGAACTACATGGTCCAGCTGGGGAAGCTGCTGGGCGGCGGGGACGAGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCCATCCGGCCCCAGATGCAGCAGATCTTGGACTTTGAGACGGCACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134086 GCCATCCGGCCCCAGATGCAGCAGATCTTGGACTTTGAGACGGCACTGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CAACATCACCATCCCACAGGAGAAGCGCCGTGATGAGGAGCTCATCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134136 CAACATCACCATCCCACAGGAGAAGCGCCGTGATGAGGAGCTCATCTACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ACAAAGTGACGGCAGCCGAGCTGCAG         ACCTTGGCACCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 134186 ACAAAGTGACGGCAGCCGAGCTGCAGGTA...CAGACCTTGGCACCCGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ATCAACTGGTTGCCTTTTCTCAACACCATCTTCTACCCCGTGGAGATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142810 ATCAACTGGTTGCCTTTTCTCAACACCATCTTCTACCCCGTGGAGATCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGAATCCGAGCCTATTGTGGTCTATGACAAGGAATACCTTGAGCAGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142860 TGAATCCGAGCCTATTGTGGTCTATGACAAGGAATACCTTGAGCAGATCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CCACTCTCATCAACACCACTGACAGATG         CCTGCTCAACAAC
        ||||||||||||||||||| ||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 142910 CCACTCTCATCAACACCACCGACAGATGGTA...CAGCCTGCTCAACAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TACATGATCTGGAACCTGGTGCGGAAAACAAGCTCCTTCCTTGACCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145068 TACATGATCTGGAACCTGGTGCGGAAAACAAGCTCCTTCCTTGACCAGCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CTTTCAGGACGCCGATGAGAAGTTCATGGAAGTCATGTACGGGACCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145118 CTTTCAGGACGCCGATGAGAAGTTCATGGAAGTCATGTACGGGACCAAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AG         ACCTGTCTTCCTCGCTGGAAGTTTTGCGTGAGTGACACA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145168 AGGTG...CAGACCTGTCTTCCTCGCTGGAAGTTTTGCGTGAGTGACACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GAAAACAACCTGGGCTTTGCGTTGGGCCCCATGTTTGTCAAAGCAACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151953 GAAAACAACCTGGGCTTTGCGTTGGGCCCCATGTTTGTCAAAGCAACCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CGCCGAGGACAGCAAGAGCATA         GCCACCGAGATCATCCTGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 152003 CGCCGAGGACAGCAAGAGCATAGTA...CAGGCCACCGAGATCATCCTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AGATTAAGAAGGCATTTGAGGAAAGCCTGAGCACCCTGAAGTGGATGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153333 AGATTAAGAAGGCATTTGAGGAAAGCCTGAGCACCCTGAAGTGGATGGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GAGGAAACCCGAAAATCAGCCAAGGAAAAG         GCCGATGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 153383 GAGGAAACCCGAAAATCAGCCAAGGAAAAGGTG...CAGGCCGATGCCAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CTACAACATGATAGGATACCCCAACTTCATCATGGATCCCAAGGAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154242 CTACAACATGATAGGATACCCCAACTTCATCATGGATCCCAAGGAGCTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 ACAAAGTGTTTAATGAC         TACACTGCAGTTCCAGACCTCTAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 154292 ACAAAGTGTTTAATGACGTG...TAGTACACTGCAGTTCCAGACCTCTAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 TTTGAAAATGCCATGCGGTTTTTCAACTTCTCATGGAGGGTCACTGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156521 TTTGAAAATGCCATGCGGTTTTTCAACTTCTCATGGAGGGTCACTGCCGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TCAGCTCAGGAAAGCCCCCAACAGAGATCA         GTGGAGCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 156571 TCAGCTCAGGAAAGCCCCCAACAGAGATCAGTG...CAGGTGGAGCATGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 CCCCGCCCATGGTGAACGCCTACTACTCGCCCACCAAGAATGAGATTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162128 CCCCGCCCATGGTGAACGCCTACTACTCGCCCACCAAGAATGAGATTGTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 TTTCCGGCCGGGATCCTGCAGGCACCATTCTACACACGCTCCTCACCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162178 TTTCCGGCCGGGATCCTGCAGGCACCATTCTACACACGCTCCTCACCCAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734          GGCCTTAAACTTTGGTGGCATAGGTGTCGTCGTGGGCCATG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162228 GTA...CAGGGCCTTAAACTTTGGTGGCATAGGTGTCGTCGTGGGCCATG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 AGCTGACTCATGCTTTTGATGATCAAG         GACGGGAGTATGAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 162973 AGCTGACTCATGCTTTTGATGATCAAGGTA...CAGGACGGGAGTATGAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 AAGGACGGGAACCTCCGGCCATGGTGGAAGAACTCATCCGTGGAGGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164732 AAGGACGGGAACCTCCGGCCATGGTGGAAGAACTCATCCGTGGAGGCCTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 CAAGCGTCAGACCGAGTGCATGGTAGAGCAGTACAGCAACTACAGCGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164782 CAAGCGTCAGACCGAGTGCATGGTAGAGCAGTACAGCAACTACAGCGTGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 ACGGGGAGCCGGTGAACGGGCGGCACACCCTGGGGGAGAACATCGCCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164832 ACGGGGAGCCGGTGAACGGGCGGCACACCCTGGGGGAGAACATCGCCGAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 AACGGGGGTCTCAAGGCGGCCTATCGG         GCTTACCAGAACTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 164882 AACGGGGGTCTCAAGGCGGCCTATCGGGTG...CAGGCTTACCAGAACTG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 GGTGAAGAAGAACGGGGCTGAGCACTCGCTCCCCACCCTGGGCCTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168330 GGTGAAGAAGAACGGGGCTGAGCACTCGCTCCCCACCCTGGGCCTCACCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 ATAACCAGCTCTTCTTCCTGGGCTTTGCACAG         GTCTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 168380 ATAACCAGCTCTTCTTCCTGGGCTTTGCACAGGTG...AAGGTCTGGTGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 TCCGTCCGCACACCTGAGAGCTCCCACGAAGGCCTCATCACCGATCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170036 TCCGTCCGCACACCTGAGAGCTCCCACGAAGGCCTCATCACCGATCCCCA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 CAGCCCCTCTCGCTTCCGGGTCATCGGCTCCCTCTCCAATTCCAAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170086 CAGCCCCTCTCGCTTCCGGGTCATCGGCTCCCTCTCCAATTCCAAGGAGT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 TCTCAGAACACTTCCGCTGCCCACCTGGCTCACCCATGAACCCGCCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170136 TCTCAGAACACTTCCGCTGCCCACCTGGCTCACCCATGAACCCGCCTCAC

   2400     .    :    .
   2248 AAGTGCGAAGTCTGG
        |||||||||||||||
 170186 AAGTGCGAAGTCTGG