Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDB0036
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDB0036, 645 aa
1>>>pF1KSDB0036 645 - 645 aa - 645 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.1158+/-0.00114; mu= 6.8442+/- 0.068
mean_var=149.7902+/-29.959, 0's: 0 Z-trim(108.1): 27 B-trim: 268 in 1/50
Lambda= 0.104793
statistics sampled from 9957 (9967) to 9957 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.658), E-opt: 0.2 (0.306), width: 16
Scan time: 3.960
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS55784.1 PICALM gene_id:8301|Hs108|chr11 ( 645) 4169 642.5 5.2e-184
CCDS8272.1 PICALM gene_id:8301|Hs108|chr11 ( 652) 4145 638.9 6.4e-183
CCDS31653.1 PICALM gene_id:8301|Hs108|chr11 ( 610) 2663 414.8 1.7e-115
CCDS55783.1 PICALM gene_id:8301|Hs108|chr11 ( 551) 2333 364.9 1.6e-100
CCDS56438.1 SNAP91 gene_id:9892|Hs108|chr6 ( 877) 1633 259.2 1.7e-68
CCDS47455.1 SNAP91 gene_id:9892|Hs108|chr6 ( 907) 1622 257.5 5.7e-68
CCDS56437.1 SNAP91 gene_id:9892|Hs108|chr6 ( 600) 1421 227.1 5.6e-59
>>CCDS55784.1 PICALM gene_id:8301|Hs108|chr11 (645 aa)
initn: 4169 init1: 4169 opt: 4169 Z-score: 3417.1 bits: 642.5 E(32554): 5.2e-184
Smith-Waterman score: 4169; 100.0% identity (100.0% similar) in 645 aa overlap (1-645:1-645)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSGQSLTDRITAAQHSVTGSAVSKTVCKATTHEIMGPKKKHLDYLIQCTNEMNVNIPQLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MSGQSLTDRITAAQHSVTGSAVSKTVCKATTHEIMGPKKKHLDYLIQCTNEMNVNIPQLA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD DSLFERTTNSSWVVVFKSLITTHHLMVYGNERFIQYLASRNTLFNLSNFLDKSGLQGYDM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 DSLFERTTNSSWVVVFKSLITTHHLMVYGNERFIQYLASRNTLFNLSNFLDKSGLQGYDM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD STFIRRYSRYLNEKAVSYRQVAFDFTKVKRGADGVMRTMNTEKLLKTVPIIQNQMDALLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 STFIRRYSRYLNEKAVSYRQVAFDFTKVKRGADGVMRTMNTEKLLKTVPIIQNQMDALLD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD FNVNSNELTNGVINAAFMLLFKDAIRLFAAYNEGIINLLEKYFDMKKNQCKEGLDIYKKF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 FNVNSNELTNGVINAAFMLLFKDAIRLFAAYNEGIINLLEKYFDMKKNQCKEGLDIYKKF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LTRMTRISEFLKVAEQVGIDRGDIPDLSQAPSSLLDALEQHLASLEGKKIKDSTAASRAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LTRMTRISEFLKVAEQVGIDRGDIPDLSQAPSSLLDALEQHLASLEGKKIKDSTAASRAT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD TLSNAVSSLASTGLSLTKVDEREKQAALEEEQARLKALKEQRLKELAKKPHTSLTTAASP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 TLSNAVSSLASTGLSLTKVDEREKQAALEEEQARLKALKEQRLKELAKKPHTSLTTAASP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD VSTSAGGIMTAPAIDIFSTPSSSNSTSKLPNDLLDLQQPTFHPSVHPMSTASQVASTWGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VSTSAGGIMTAPAIDIFSTPSSSNSTSKLPNDLLDLQQPTFHPSVHPMSTASQVASTWGD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD AVDDAIPSLNPFLTKSSGDVHLSISSDVSTFTTRTPTHEMFVGFTPSPVAQPHPSAGLNV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 AVDDAIPSLNPFLTKSSGDVHLSISSDVSTFTTRTPTHEMFVGFTPSPVAQPHPSAGLNV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD DFESVFGNKSTNVIVDSGGFDELGGLLKPTVASQNQNLPVAKLPPSKLVSDDLDSSLANL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 DFESVFGNKSTNVIVDSGGFDELGGLLKPTVASQNQNLPVAKLPPSKLVSDDLDSSLANL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD VGNLGIGNGTTKNDVNWSQPGEKKLTGGSNWQPKVAPTTAWNAATMAPPVMAYPATTPTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VGNLGIGNGTTKNDVNWSQPGEKKLTGGSNWQPKVAPTTAWNAATMAPPVMAYPATTPTG
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640
pF1KSD MIGYGIPPQMGSVPVMTQPTLIYSQPVMRPPNPFGPVSGAQIQFM
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MIGYGIPPQMGSVPVMTQPTLIYSQPVMRPPNPFGPVSGAQIQFM
610 620 630 640
>>CCDS8272.1 PICALM gene_id:8301|Hs108|chr11 (652 aa)
initn: 2654 init1: 2654 opt: 4145 Z-score: 3397.4 bits: 638.9 E(32554): 6.4e-183
Smith-Waterman score: 4145; 98.9% identity (98.9% similar) in 652 aa overlap (1-645:1-652)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSGQSLTDRITAAQHSVTGSAVSKTVCKATTHEIMGPKKKHLDYLIQCTNEMNVNIPQLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 MSGQSLTDRITAAQHSVTGSAVSKTVCKATTHEIMGPKKKHLDYLIQCTNEMNVNIPQLA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD DSLFERTTNSSWVVVFKSLITTHHLMVYGNERFIQYLASRNTLFNLSNFLDKSGLQGYDM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 DSLFERTTNSSWVVVFKSLITTHHLMVYGNERFIQYLASRNTLFNLSNFLDKSGLQGYDM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD STFIRRYSRYLNEKAVSYRQVAFDFTKVKRGADGVMRTMNTEKLLKTVPIIQNQMDALLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 STFIRRYSRYLNEKAVSYRQVAFDFTKVKRGADGVMRTMNTEKLLKTVPIIQNQMDALLD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD FNVNSNELTNGVINAAFMLLFKDAIRLFAAYNEGIINLLEKYFDMKKNQCKEGLDIYKKF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 FNVNSNELTNGVINAAFMLLFKDAIRLFAAYNEGIINLLEKYFDMKKNQCKEGLDIYKKF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LTRMTRISEFLKVAEQVGIDRGDIPDLSQAPSSLLDALEQHLASLEGKKIKDSTAASRAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 LTRMTRISEFLKVAEQVGIDRGDIPDLSQAPSSLLDALEQHLASLEGKKIKDSTAASRAT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD TLSNAVSSLASTGLSLTKVDEREKQAALEEEQARLKALKEQRLKELAKKPHTSLTTAASP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 TLSNAVSSLASTGLSLTKVDEREKQAALEEEQARLKALKEQRLKELAKKPHTSLTTAASP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD VSTSAGGIMTAPAIDIFSTPSSSNSTSKLPNDLLDLQQPTFHPSVHPMSTASQVASTWGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 VSTSAGGIMTAPAIDIFSTPSSSNSTSKLPNDLLDLQQPTFHPSVHPMSTASQVASTWGD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KSD -------AVDDAIPSLNPFLTKSSGDVHLSISSDVSTFTTRTPTHEMFVGFTPSPVAQPH
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 PFSATVDAVDDAIPSLNPFLTKSSGDVHLSISSDVSTFTTRTPTHEMFVGFTPSPVAQPH
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KSD PSAGLNVDFESVFGNKSTNVIVDSGGFDELGGLLKPTVASQNQNLPVAKLPPSKLVSDDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 PSAGLNVDFESVFGNKSTNVIVDSGGFDELGGLLKPTVASQNQNLPVAKLPPSKLVSDDL
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KSD DSSLANLVGNLGIGNGTTKNDVNWSQPGEKKLTGGSNWQPKVAPTTAWNAATMAPPVMAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 DSSLANLVGNLGIGNGTTKNDVNWSQPGEKKLTGGSNWQPKVAPTTAWNAATMAPPVMAY
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630 640
pF1KSD PATTPTGMIGYGIPPQMGSVPVMTQPTLIYSQPVMRPPNPFGPVSGAQIQFM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 PATTPTGMIGYGIPPQMGSVPVMTQPTLIYSQPVMRPPNPFGPVSGAQIQFM
610 620 630 640 650
>>CCDS31653.1 PICALM gene_id:8301|Hs108|chr11 (610 aa)
initn: 3866 init1: 2643 opt: 2663 Z-score: 2187.0 bits: 414.8 E(32554): 1.7e-115
Smith-Waterman score: 3772; 92.2% identity (92.2% similar) in 653 aa overlap (1-645:1-610)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSGQSLTDRITAAQHSVTGSAVSKTVCKATTHEIMGPKKKHLDYLIQCTNEMNVNIPQLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 MSGQSLTDRITAAQHSVTGSAVSKTVCKATTHEIMGPKKKHLDYLIQCTNEMNVNIPQLA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD DSLFERTTNSSWVVVFKSLITTHHLMVYGNERFIQYLASRNTLFNLSNFLDKSGLQGYDM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 DSLFERTTNSSWVVVFKSLITTHHLMVYGNERFIQYLASRNTLFNLSNFLDKSGLQGYDM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD STFIRRYSRYLNEKAVSYRQVAFDFTKVKRGADGVMRTMNTEKLLKTVPIIQNQMDALLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 STFIRRYSRYLNEKAVSYRQVAFDFTKVKRGADGVMRTMNTEKLLKTVPIIQNQMDALLD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD FNVNSNELTNGVINAAFMLLFKDAIRLFAAYNEGIINLLEKYFDMKKNQCKEGLDIYKKF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 FNVNSNELTNGVINAAFMLLFKDAIRLFAAYNEGIINLLEKYFDMKKNQCKEGLDIYKKF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LTRMTRISEFLKVAEQVGIDRGDIPDLSQAPSSLLDALEQHLASLEGKKIKDSTAASRAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 LTRMTRISEFLKVAEQVGIDRGDIPDLSQAPSSLLDALEQHLASLEGKKIKDSTAASRAT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD TLSNAVSSLASTGLSLTKVDEREKQAALEEEQARLKALKEQRLKELAKKPHTSLTTAASP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 TLSNAVSSLASTGLSLTKVDEREKQAALEEEQARLKALKEQRLKELAKKPHTSLTTAASP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD VSTSAGGIMTAPAIDIFSTPSSSNSTSKLPNDLLDLQQPTFHPSVHPMSTASQVASTWGD
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 VSTSAGGIMTAPAIDIFSTPSSSNSTSKLPNDLLDLQQPTFHPSVHPMSTASQVASTWG-
370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KSD AVDDAIPSLNPFLTKSSGDVHLSISSDVSTFTTRTPTHEMFVGFTPSPVAQPHPSAGLNV
::::::::::::::::::
CCDS31 ------------------------------------------GFTPSPVAQPHPSAGLNV
420 430
490 500 510 520 530 540
pF1KSD DFESVFGNKSTNVIVDSGGFDELGGLLKPTVASQNQNLPVAKLPPSKLVSDDLDSSLANL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 DFESVFGNKSTNVIVDSGGFDELGGLLKPTVASQNQNLPVAKLPPSKLVSDDLDSSLANL
440 450 460 470 480 490
550 560 570 580 590
pF1KSD VGNLGIGNGTTKNDVNWSQPGEKKLTGGSNWQPKVAPTTAWNAATM--------APPVMA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::
CCDS31 VGNLGIGNGTTKNDVNWSQPGEKKLTGGSNWQPKVAPTTAWNAATMNGMHFPQYAPPVMA
500 510 520 530 540 550
600 610 620 630 640
pF1KSD YPATTPTGMIGYGIPPQMGSVPVMTQPTLIYSQPVMRPPNPFGPVSGAQIQFM
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 YPATTPTGMIGYGIPPQMGSVPVMTQPTLIYSQPVMRPPNPFGPVSGAQIQFM
560 570 580 590 600 610
>>CCDS55783.1 PICALM gene_id:8301|Hs108|chr11 (551 aa)
initn: 2317 init1: 2317 opt: 2333 Z-score: 1918.0 bits: 364.9 E(32554): 1.6e-100
Smith-Waterman score: 3468; 92.8% identity (92.8% similar) in 594 aa overlap (52-645:1-551)
30 40 50 60 70 80
pF1KSD VSKTVCKATTHEIMGPKKKHLDYLIQCTNEMNVNIPQLADSLFERTTNSSWVVVFKSLIT
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MNVNIPQLADSLFERTTNSSWVVVFKSLIT
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KSD THHLMVYGNERFIQYLASRNTLFNLSNFLDKSGLQGYDMSTFIRRYSRYLNEKAVSYRQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 THHLMVYGNERFIQYLASRNTLFNLSNFLDKSGLQGYDMSTFIRRYSRYLNEKAVSYRQV
40 50 60 70 80 90
150 160 170 180 190 200
pF1KSD AFDFTKVKRGADGVMRTMNTEKLLKTVPIIQNQMDALLDFNVNSNELTNGVINAAFMLLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 AFDFTKVKRGADGVMRTMNTEKLLKTVPIIQNQMDALLDFNVNSNELTNGVINAAFMLLF
100 110 120 130 140 150
210 220 230 240 250 260
pF1KSD KDAIRLFAAYNEGIINLLEKYFDMKKNQCKEGLDIYKKFLTRMTRISEFLKVAEQVGIDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 KDAIRLFAAYNEGIINLLEKYFDMKKNQCKEGLDIYKKFLTRMTRISEFLKVAEQVGIDR
160 170 180 190 200 210
270 280 290 300 310 320
pF1KSD GDIPDLSQAPSSLLDALEQHLASLEGKKIKDSTAASRATTLSNAVSSLASTGLSLTKVDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 GDIPDLSQAPSSLLDALEQHLASLEGKKIKDSTAASRATTLSNAVSSLASTGLSLTKVDE
220 230 240 250 260 270
330 340 350 360 370 380
pF1KSD REKQAALEEEQARLKALKEQRLKELAKKPHTSLTTAASPVSTSAGGIMTAPAIDIFSTPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 REKQAALEEEQARLKALKEQRLKELAKKPHTSLTTAASPVSTSAGGIMTAPAIDIFSTPS
280 290 300 310 320 330
390 400 410 420 430 440
pF1KSD SSNSTSKLPNDLLDLQQPTFHPSVHPMSTASQVASTWGDAVDDAIPSLNPFLTKSSGDVH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 SSNSTSKLPNDLLDLQQPTFHPSVHPMSTASQVASTWG----------------------
340 350 360
450 460 470 480 490 500
pF1KSD LSISSDVSTFTTRTPTHEMFVGFTPSPVAQPHPSAGLNVDFESVFGNKSTNVIVDSGGFD
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 ---------------------GFTPSPVAQPHPSAGLNVDFESVFGNKSTNVIVDSGGFD
370 380 390 400
510 520 530 540 550 560
pF1KSD ELGGLLKPTVASQNQNLPVAKLPPSKLVSDDLDSSLANLVGNLGIGNGTTKNDVNWSQPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 ELGGLLKPTVASQNQNLPVAKLPPSKLVSDDLDSSLANLVGNLGIGNGTTKNDVNWSQPG
410 420 430 440 450 460
570 580 590 600 610 620
pF1KSD EKKLTGGSNWQPKVAPTTAWNAATMAPPVMAYPATTPTGMIGYGIPPQMGSVPVMTQPTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 EKKLTGGSNWQPKVAPTTAWNAATMAPPVMAYPATTPTGMIGYGIPPQMGSVPVMTQPTL
470 480 490 500 510 520
630 640
pF1KSD IYSQPVMRPPNPFGPVSGAQIQFM
::::::::::::::::::::::::
CCDS55 IYSQPVMRPPNPFGPVSGAQIQFM
530 540 550
>>CCDS56438.1 SNAP91 gene_id:9892|Hs108|chr6 (877 aa)
initn: 1917 init1: 1592 opt: 1633 Z-score: 1343.0 bits: 259.2 E(32554): 1.7e-68
Smith-Waterman score: 1659; 50.9% identity (69.6% similar) in 611 aa overlap (1-599:1-522)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSGQSLTDRITAAQHSVTGSAVSKTVCKATTHEIMGPKKKHLDYLIQCTNEMNVNIPQLA
::::.:::::.:::.:::::::...::::::::.::::::::::::: ::: ::::::.:
CCDS56 MSGQTLTDRIAAAQYSVTGSAVARAVCKATTHEVMGPKKKHLDYLIQATNETNVNIPQMA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD DSLFERTTNSSWVVVFKSLITTHHLMVYGNERFIQYLASRNTLFNLSNFLDKSGLQGYDM
:.::::.::::::::::.:.:::::::.:::::::::::::::::::::::::: .::::
CCDS56 DTLFERATNSSWVVVFKALVTTHHLMVHGNERFIQYLASRNTLFNLSNFLDKSGSHGYDM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD STFIRRYSRYLNEKAVSYRQVAFDFTKVKRGADGVMRTMNTEKLLKTVPIIQNQMDALLD
::::::::::::::: ::::.::::..::.::::::::: :::::..::.:.:.::::.
CCDS56 STFIRRYSRYLNEKAFSYRQMAFDFARVKKGADGVMRTMAPEKLLKSMPILQGQIDALLE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD FNVNSNELTNGVINAAFMLLFKDAIRLFAAYNEGIINLLEKYFDMKKNQCKEGLDIYKKF
:.:. :::::::::::::::::: :.::: ::.:.::::::.:.:::.:::..:.:::.:
CCDS56 FDVHPNELTNGVINAAFMLLFKDLIKLFACYNDGVINLLEKFFEMKKGQCKDALEIYKRF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LTRMTRISEFLKVAEQVGIDRGDIPDLSQAPSSLLDALEQHLASLEGKKIKDSTAASRAT
::::::.:::::::::::::.::::::.::::::...::::: .::::: ..
CCDS56 LTRMTRVSEFLKVAEQVGIDKGDIPDLTQAPSSLMETLEQHLNTLEGKKPGNK-------
250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KSD TLSNAVSSLASTGLSLTKVDEREKQAALEEEQARLKALKEQRLKELAKKPHTSLTTAASP
:.: : :.... : :..: ::
CCDS56 --SGAPSPLSKSS------------------------------------PATTVT---SP
300 310
370 380 390 400 410
pF1KSD VSTSAGGIMTAPAIDIFSTPSSSN--STSKLPNDLLDLQQPTFHPSVHPMSTASQVASTW
:: : : :.: .:.:.: :.. :::: .:::::: : :
CCDS56 NSTPAKTIDTSPPVDLFATASAAVPVSTSKPSSDLLDLQ-PDFSS---------------
320 330 340 350
420 430 440 450 460 470
pF1KSD GDAVDDAIPSLNPFLTKSS--GDVHLSISSDVSTFTTRTPTHEMFVG-FTPSPVAQPHPS
: :. : :. : .. ::. .. : . . .:.. .. :.: :. : :.
CCDS56 GGAAAAAAPAPPPPAGGATAWGDL---LGEDSLAALSSVPSEAQISDPFAPEPT--P-PT
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. .. :. .. .:.: . .. : .: . . .::.. :.. : :.
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::. .: .. . : .... . :. .: : .. : :.:: :. ::
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:: :::.:.
CCDS56 PV---PATAPSPAPAVAAAAAATTAATAAATTTTTTSAATATTAPPALDIFGDLFESTPE
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::::: :. : :.:..:. ::::::::.::::::::.: :.:. .
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.::: . :.. : :.:.:: ..:.: : ....::.:::: . : :.:.
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CCDS56 TPASQSPKKPPAKDPLADLNIKDFL
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:: : : :.: .:.:.: :.. :::: .:::::: : :
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: :. : :. : .. ::. .. : . . .:.. .. :.: :. : :.
CCDS47 GGAAAAAAPAPPPPAGGATAWGDL---LGEDSLAALSSVPSEAQISDPFAPEPT--P-PT
360 370 380 390 400 410
480 490 500 510 520 530
pF1KSD AGLNVDFESVFGNKSTNVIVDSGGFDELGGLLKPT-----VASQNQNLPVAKLPPSKLVS
. .. :. .. .:.: . .. : .: . . .::.. :.. : :.
CCDS47 TTAEIATASASASTTTTVTAVTAEVDLFGDAFAASPGEAPAASEGAAAPATPTP----VA
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pF1KSD DDLDSSLAN--LVGNLGIGNGTTKNDVNWSQPGEKKLTGGSNWQPKVAPTTAWNAATMAP
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CCDS47 AALDACSGNDPFAPSEGSAEAAPELDLFAMKPPETSV-------PVVTPT-----ASTAP
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pF1KSD PVMAYPATTPTGMIGYGIPPQMGSVPVMTQPTLIYSQPVMRPPNPFGPVSGAQIQFM
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CCDS47 PV---PATAPSPAPAVAAAAAATTAATAAATTTTTTSAATATTAPPALDIFGDLFESTPE
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: :. : :.:..:. ::::::::.::::::::.: :.:. . .:::
CCDS47 ISGTTTKKGDLQWNA-GEKKLTGGANWQPKVAPAT-WSAGVPPSAPLQGAVPPTSSVPPV
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CCDS47 AGAPSVGQPGA-GFGMPPAGTGMPMMPQQPVMFAQPMMRPPFGAAAVPGTQLSPSPTPAS
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CCDS47 QSPKKPPAKDPLADLNIKDFL
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CCDS56 MSGQTLTDRIAAAQYSVTGSAVARAVCKATTHEVMGPKKKHLDYLIQATNETNVNIPQMA
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CCDS56 DTLFERATNSSWVVVFKALVTTHHLMVHGNERFIQYLASRNTLFNLSNFLDKSGSHGYDM
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CCDS56 STFIRRYSRYLNEKAFSYRQMAFDFARVKKGADGVMRTMAPEKLLKSMPILQGQIDALLE
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pF1KSD FNVNSNELTNGVINAAFMLLFKDAIRLFAAYNEGIINLLEKYFDMKKNQCKEGLDIYKKF
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CCDS56 FDVHPNELTNGVINAAFMLLFKDLIKLFACYNDGVINLLEKFFEMKKGQCKDALEIYKRF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LTRMTRISEFLKVAEQVGIDRGDIPDLSQAPSSLLDALEQHLASLEGKKIKDSTAASRAT
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CCDS56 LTRMTRVSEFLKVAE--------------APSSLMETLEQHLNTLEGKKPGNK-------
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CCDS56 --SGAPSPLSKSS------------------------------------PATTVT---SP
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CCDS56 NSTPAKTIDTSPPVDLFATASAAVPVSTSKPSSDLLDLQ-PDFSS---------------
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CCDS56 GGAAAAAAPAPPP---PAGG------ATAWGGFGGS------FMAPSPSPVT-PAQNNLL
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CCDS56 QPNFEAAFGTTPSTSSSSSFDPSVFDGLGDLLMPTMAPAGQPAPVSMVPPSPAMAASKAL
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CCDS56 GSDLDSSLASLVGNLGISGTTTKKGDLQWNA-GEKKLTGGANWQPKVAPAT-WSAGVPPS
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pF1KSD ----------TMAPPVMAYPATTPTGMIGYGIPPQMGSVPVMTQPTLIYSQPVMRPPNPF
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CCDS56 APLQGAVPPTSSVPPVAGAPSVGQPGA-GFGMPPAGTGMPMMPQQPVMFAQPMMRPPFGA
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pF1KSD GPVSGAQIQFM
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CCDS56 AAVPGTQLSPSPTPASQSPKKPPAKDPLADLNIKDFL
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645 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]