Result of FASTA (omim) for pF1KSDA1963
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA1963, 323 aa
  1>>>pF1KSDA1963 323 - 323 aa - 323 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4581+/-0.000312; mu= 12.0066+/- 0.020
 mean_var=117.8236+/-23.629, 0's: 0 Z-trim(119.0): 13  B-trim: 30 in 1/54
 Lambda= 0.118157
 statistics sampled from 32539 (32552) to 32539 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.729), E-opt: 0.2 (0.382), width:  16
 Scan time:  5.970

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_542780 (OMIM: 607497) galactosylgalactosylxylos ( 323) 2195 384.7 1.4e-106
NP_473366 (OMIM: 151290) galactosylgalactosylxylos ( 334)  985 178.4 1.8e-44
XP_016873039 (OMIM: 151290) PREDICTED: galactosylg ( 334)  985 178.4 1.8e-44
NP_061114 (OMIM: 151290) galactosylgalactosylxylos ( 334)  985 178.4 1.8e-44
XP_011541053 (OMIM: 151290) PREDICTED: galactosylg ( 347)  985 178.4 1.9e-44
XP_005271563 (OMIM: 151290) PREDICTED: galactosylg ( 347)  985 178.4 1.9e-44
XP_011541055 (OMIM: 151290) PREDICTED: galactosylg ( 347)  985 178.4 1.9e-44
XP_016873040 (OMIM: 151290) PREDICTED: galactosylg ( 347)  985 178.4 1.9e-44
XP_016873041 (OMIM: 151290) PREDICTED: galactosylg ( 230)  843 154.1 2.6e-37
NP_001275650 (OMIM: 245600,606374) galactosylgalac ( 328)  578 109.0 1.4e-23
NP_036332 (OMIM: 245600,606374) galactosylgalactos ( 335)  578 109.0 1.4e-23
NP_001275651 (OMIM: 245600,606374) galactosylgalac ( 319)  513 97.9 2.9e-20
NP_001275652 (OMIM: 245600,606374) galactosylgalac ( 315)  503 96.2 9.4e-20


>>NP_542780 (OMIM: 607497) galactosylgalactosylxylosylpr  (323 aa)
 initn: 2195 init1: 2195 opt: 2195  Z-score: 2034.2  bits: 384.7 E(85289): 1.4e-106
Smith-Waterman score: 2195; 100.0% identity (100.0% similar) in 323 aa overlap (1-323:1-323)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MKSALFTRFFILLPWILIVIIMLDVDTRRPVPPLTPRPYFSPYAVGRGGARLPLRRGGPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 MKSALFTRFFILLPWILIVIIMLDVDTRRPVPPLTPRPYFSPYAVGRGGARLPLRRGGPA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD HGTQKRNQSRPQPQPEPQLPTIYAITPTYSRPVQKAELTRLANTFRQVAQLHWILVEDAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 HGTQKRNQSRPQPQPEPQLPTIYAITPTYSRPVQKAELTRLANTFRQVAQLHWILVEDAA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD ARSELVSRFLARAGLPSTHLHVPTPRRYKRPGLPRATEQRNAGLAWLRQRHQHQRAQPGV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 ARSELVSRFLARAGLPSTHLHVPTPRRYKRPGLPRATEQRNAGLAWLRQRHQHQRAQPGV
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD LFFADDDNTYSLELFQEMRTTRKVSVWPVGLVGGRRYERPLVENGKVVGWYTGWRADRPF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 LFFADDDNTYSLELFQEMRTTRKVSVWPVGLVGGRRYERPLVENGKVVGWYTGWRADRPF
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD AIDMAGFAVSLQVILSNPKAVFKRRGSQPGMQESDFLKQITTVEELEPKANNCTKVLVWH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 AIDMAGFAVSLQVILSNPKAVFKRRGSQPGMQESDFLKQITTVEELEPKANNCTKVLVWH
              250       260       270       280       290       300

              310       320   
pF1KSD TRTEKVNLANEPKYHLDTVKIEV
       :::::::::::::::::::::::
NP_542 TRTEKVNLANEPKYHLDTVKIEV
              310       320   

>>NP_473366 (OMIM: 151290) galactosylgalactosylxylosylpr  (334 aa)
 initn: 1022 init1: 363 opt: 985  Z-score: 919.3  bits: 178.4 E(85289): 1.8e-44
Smith-Waterman score: 997; 50.3% identity (70.5% similar) in 336 aa overlap (10-323:12-334)

                 10        20                      30         40   
pF1KSD   MKSALFTRFFILLPWILIVII--------MLDV------DTRRPVPP-LTPRPYFSPY
                  .:.::: :.. .        .: :      : :: .::   :: : .  
NP_473 MPKRRDILAIVLIVLPWTLLITVWHQSTLAPLLAVHKDEGSDPRRETPPGADPREYCTS-
               10        20        30        40        50          

            50        60        70        80        90       100   
pF1KSD AVGRGGARLPLRRGGPAHGTQKRNQSRPQPQPEPQLPTIYAITPTYSRPVQKAELTRLAN
          :  ... .:         .   .:: :  .  ::::...:::::::::::::::.::
NP_473 --DRDIVEV-VRT--------EYVYTRPPPWSDT-LPTIHVVTPTYSRPVQKAELTRMAN
        60                 70        80         90       100       

           110       120       130       140             150       
pF1KSD TFRQVAQLHWILVEDAAARSELVSRFLARAGLPSTHLHVPTPRRYK------RPGLPRAT
       :. .: .:::..::::  :. :..:.:  .::  ::::: ::: ::       : .::.:
NP_473 TLLHVPNLHWLVVEDAPRRTPLTARLLRDTGLNYTHLHVETPRNYKLRGDARDPRIPRGT
       110       120       130       140       150       160       

       160       170       180       190       200       210       
pF1KSD EQRNAGLAWLRQRHQHQRAQPGVLFFADDDNTYSLELFQEMRTTRKVSVWPVGLVGGRRY
        ::: .: :::.   .. .::::..:::::::::::::.:::.::.::::::..::: ::
NP_473 MQRNLALRWLRETFPRNSSQPGVVYFADDDNTYSLELFEEMRSTRRVSVWPVAFVGGLRY
       170       180       190       200       210       220       

       220        230       240       250       260       270      
pF1KSD ERPLVEN-GKVVGWYTGWRADRPFAIDMAGFAVSLQVILSNPKAVFKRRGSQPGMQESDF
       : : :.. :::::: : .   ::::::::::::.:..::.  .: :: :: . :.:::..
NP_473 EAPRVNGAGKVVGWKTVFDPHRPFAIDMAGFAVNLRLILQRSQAYFKLRGVKGGYQESSL
       230       240       250       260       270       280       

        280       290       300       310       320   
pF1KSD LKQITTVEELEPKANNCTKVLVWHTRTEKVNLANEPKYHLDTVKIEV
       :....:...::::: ::::.:::::::::  :.:: :  .   ..:.
NP_473 LRELVTLNDLEPKAANCTKILVWHTRTEKPVLVNEGKKGFTDPSVEI
       290       300       310       320       330    

>>XP_016873039 (OMIM: 151290) PREDICTED: galactosylgalac  (334 aa)
 initn: 1022 init1: 363 opt: 985  Z-score: 919.3  bits: 178.4 E(85289): 1.8e-44
Smith-Waterman score: 997; 50.3% identity (70.5% similar) in 336 aa overlap (10-323:12-334)

                 10        20                      30         40   
pF1KSD   MKSALFTRFFILLPWILIVII--------MLDV------DTRRPVPP-LTPRPYFSPY
                  .:.::: :.. .        .: :      : :: .::   :: : .  
XP_016 MPKRRDILAIVLIVLPWTLLITVWHQSTLAPLLAVHKDEGSDPRRETPPGADPREYCTS-
               10        20        30        40        50          

            50        60        70        80        90       100   
pF1KSD AVGRGGARLPLRRGGPAHGTQKRNQSRPQPQPEPQLPTIYAITPTYSRPVQKAELTRLAN
          :  ... .:         .   .:: :  .  ::::...:::::::::::::::.::
XP_016 --DRDIVEV-VRT--------EYVYTRPPPWSDT-LPTIHVVTPTYSRPVQKAELTRMAN
        60                 70        80         90       100       

           110       120       130       140             150       
pF1KSD TFRQVAQLHWILVEDAAARSELVSRFLARAGLPSTHLHVPTPRRYK------RPGLPRAT
       :. .: .:::..::::  :. :..:.:  .::  ::::: ::: ::       : .::.:
XP_016 TLLHVPNLHWLVVEDAPRRTPLTARLLRDTGLNYTHLHVETPRNYKLRGDARDPRIPRGT
       110       120       130       140       150       160       

       160       170       180       190       200       210       
pF1KSD EQRNAGLAWLRQRHQHQRAQPGVLFFADDDNTYSLELFQEMRTTRKVSVWPVGLVGGRRY
        ::: .: :::.   .. .::::..:::::::::::::.:::.::.::::::..::: ::
XP_016 MQRNLALRWLRETFPRNSSQPGVVYFADDDNTYSLELFEEMRSTRRVSVWPVAFVGGLRY
       170       180       190       200       210       220       

       220        230       240       250       260       270      
pF1KSD ERPLVEN-GKVVGWYTGWRADRPFAIDMAGFAVSLQVILSNPKAVFKRRGSQPGMQESDF
       : : :.. :::::: : .   ::::::::::::.:..::.  .: :: :: . :.:::..
XP_016 EAPRVNGAGKVVGWKTVFDPHRPFAIDMAGFAVNLRLILQRSQAYFKLRGVKGGYQESSL
       230       240       250       260       270       280       

        280       290       300       310       320   
pF1KSD LKQITTVEELEPKANNCTKVLVWHTRTEKVNLANEPKYHLDTVKIEV
       :....:...::::: ::::.:::::::::  :.:: :  .   ..:.
XP_016 LRELVTLNDLEPKAANCTKILVWHTRTEKPVLVNEGKKGFTDPSVEI
       290       300       310       320       330    

>>NP_061114 (OMIM: 151290) galactosylgalactosylxylosylpr  (334 aa)
 initn: 1022 init1: 363 opt: 985  Z-score: 919.3  bits: 178.4 E(85289): 1.8e-44
Smith-Waterman score: 997; 50.3% identity (70.5% similar) in 336 aa overlap (10-323:12-334)

                 10        20                      30         40   
pF1KSD   MKSALFTRFFILLPWILIVII--------MLDV------DTRRPVPP-LTPRPYFSPY
                  .:.::: :.. .        .: :      : :: .::   :: : .  
NP_061 MPKRRDILAIVLIVLPWTLLITVWHQSTLAPLLAVHKDEGSDPRRETPPGADPREYCTS-
               10        20        30        40        50          

            50        60        70        80        90       100   
pF1KSD AVGRGGARLPLRRGGPAHGTQKRNQSRPQPQPEPQLPTIYAITPTYSRPVQKAELTRLAN
          :  ... .:         .   .:: :  .  ::::...:::::::::::::::.::
NP_061 --DRDIVEV-VRT--------EYVYTRPPPWSDT-LPTIHVVTPTYSRPVQKAELTRMAN
        60                 70        80         90       100       

           110       120       130       140             150       
pF1KSD TFRQVAQLHWILVEDAAARSELVSRFLARAGLPSTHLHVPTPRRYK------RPGLPRAT
       :. .: .:::..::::  :. :..:.:  .::  ::::: ::: ::       : .::.:
NP_061 TLLHVPNLHWLVVEDAPRRTPLTARLLRDTGLNYTHLHVETPRNYKLRGDARDPRIPRGT
       110       120       130       140       150       160       

       160       170       180       190       200       210       
pF1KSD EQRNAGLAWLRQRHQHQRAQPGVLFFADDDNTYSLELFQEMRTTRKVSVWPVGLVGGRRY
        ::: .: :::.   .. .::::..:::::::::::::.:::.::.::::::..::: ::
NP_061 MQRNLALRWLRETFPRNSSQPGVVYFADDDNTYSLELFEEMRSTRRVSVWPVAFVGGLRY
       170       180       190       200       210       220       

       220        230       240       250       260       270      
pF1KSD ERPLVEN-GKVVGWYTGWRADRPFAIDMAGFAVSLQVILSNPKAVFKRRGSQPGMQESDF
       : : :.. :::::: : .   ::::::::::::.:..::.  .: :: :: . :.:::..
NP_061 EAPRVNGAGKVVGWKTVFDPHRPFAIDMAGFAVNLRLILQRSQAYFKLRGVKGGYQESSL
       230       240       250       260       270       280       

        280       290       300       310       320   
pF1KSD LKQITTVEELEPKANNCTKVLVWHTRTEKVNLANEPKYHLDTVKIEV
       :....:...::::: ::::.:::::::::  :.:: :  .   ..:.
NP_061 LRELVTLNDLEPKAANCTKILVWHTRTEKPVLVNEGKKGFTDPSVEI
       290       300       310       320       330    

>>XP_011541053 (OMIM: 151290) PREDICTED: galactosylgalac  (347 aa)
 initn: 993 init1: 363 opt: 985  Z-score: 919.1  bits: 178.4 E(85289): 1.9e-44
Smith-Waterman score: 997; 50.3% identity (70.5% similar) in 336 aa overlap (10-323:25-347)

                              10        20                      30 
pF1KSD                MKSALFTRFFILLPWILIVII--------MLDV------DTRRPV
                               .:.::: :.. .        .: :      : :: .
XP_011 MGNEEPWVQPALEMPKRRDILAIVLIVLPWTLLITVWHQSTLAPLLAVHKDEGSDPRRET
               10        20        30        40        50        60

               40        50        60        70        80        90
pF1KSD PP-LTPRPYFSPYAVGRGGARLPLRRGGPAHGTQKRNQSRPQPQPEPQLPTIYAITPTYS
       ::   :: : .     :  ... .:         .   .:: :  .  ::::...:::::
XP_011 PPGADPREYCTS---DRDIVEV-VRT--------EYVYTRPPPWSDT-LPTIHVVTPTYS
               70            80                90        100       

              100       110       120       130       140          
pF1KSD RPVQKAELTRLANTFRQVAQLHWILVEDAAARSELVSRFLARAGLPSTHLHVPTPRRYK-
       ::::::::::.:::. .: .:::..::::  :. :..:.:  .::  ::::: ::: :: 
XP_011 RPVQKAELTRMANTLLHVPNLHWLVVEDAPRRTPLTARLLRDTGLNYTHLHVETPRNYKL
       110       120       130       140       150       160       

          150       160       170       180       190       200    
pF1KSD -----RPGLPRATEQRNAGLAWLRQRHQHQRAQPGVLFFADDDNTYSLELFQEMRTTRKV
             : .::.: ::: .: :::.   .. .::::..:::::::::::::.:::.::.:
XP_011 RGDARDPRIPRGTMQRNLALRWLRETFPRNSSQPGVVYFADDDNTYSLELFEEMRSTRRV
       170       180       190       200       210       220       

          210       220        230       240       250       260   
pF1KSD SVWPVGLVGGRRYERPLVEN-GKVVGWYTGWRADRPFAIDMAGFAVSLQVILSNPKAVFK
       :::::..::: ::: : :.. :::::: : .   ::::::::::::.:..::.  .: ::
XP_011 SVWPVAFVGGLRYEAPRVNGAGKVVGWKTVFDPHRPFAIDMAGFAVNLRLILQRSQAYFK
       230       240       250       260       270       280       

           270       280       290       300       310       320   
pF1KSD RRGSQPGMQESDFLKQITTVEELEPKANNCTKVLVWHTRTEKVNLANEPKYHLDTVKIEV
        :: . :.:::..:....:...::::: ::::.:::::::::  :.:: :  .   ..:.
XP_011 LRGVKGGYQESSLLRELVTLNDLEPKAANCTKILVWHTRTEKPVLVNEGKKGFTDPSVEI
       290       300       310       320       330       340       

>>XP_005271563 (OMIM: 151290) PREDICTED: galactosylgalac  (347 aa)
 initn: 993 init1: 363 opt: 985  Z-score: 919.1  bits: 178.4 E(85289): 1.9e-44
Smith-Waterman score: 997; 50.3% identity (70.5% similar) in 336 aa overlap (10-323:25-347)

                              10        20                      30 
pF1KSD                MKSALFTRFFILLPWILIVII--------MLDV------DTRRPV
                               .:.::: :.. .        .: :      : :: .
XP_005 MGNEEPWVQPALEMPKRRDILAIVLIVLPWTLLITVWHQSTLAPLLAVHKDEGSDPRRET
               10        20        30        40        50        60

               40        50        60        70        80        90
pF1KSD PP-LTPRPYFSPYAVGRGGARLPLRRGGPAHGTQKRNQSRPQPQPEPQLPTIYAITPTYS
       ::   :: : .     :  ... .:         .   .:: :  .  ::::...:::::
XP_005 PPGADPREYCTS---DRDIVEV-VRT--------EYVYTRPPPWSDT-LPTIHVVTPTYS
               70            80                90        100       

              100       110       120       130       140          
pF1KSD RPVQKAELTRLANTFRQVAQLHWILVEDAAARSELVSRFLARAGLPSTHLHVPTPRRYK-
       ::::::::::.:::. .: .:::..::::  :. :..:.:  .::  ::::: ::: :: 
XP_005 RPVQKAELTRMANTLLHVPNLHWLVVEDAPRRTPLTARLLRDTGLNYTHLHVETPRNYKL
       110       120       130       140       150       160       

          150       160       170       180       190       200    
pF1KSD -----RPGLPRATEQRNAGLAWLRQRHQHQRAQPGVLFFADDDNTYSLELFQEMRTTRKV
             : .::.: ::: .: :::.   .. .::::..:::::::::::::.:::.::.:
XP_005 RGDARDPRIPRGTMQRNLALRWLRETFPRNSSQPGVVYFADDDNTYSLELFEEMRSTRRV
       170       180       190       200       210       220       

          210       220        230       240       250       260   
pF1KSD SVWPVGLVGGRRYERPLVEN-GKVVGWYTGWRADRPFAIDMAGFAVSLQVILSNPKAVFK
       :::::..::: ::: : :.. :::::: : .   ::::::::::::.:..::.  .: ::
XP_005 SVWPVAFVGGLRYEAPRVNGAGKVVGWKTVFDPHRPFAIDMAGFAVNLRLILQRSQAYFK
       230       240       250       260       270       280       

           270       280       290       300       310       320   
pF1KSD RRGSQPGMQESDFLKQITTVEELEPKANNCTKVLVWHTRTEKVNLANEPKYHLDTVKIEV
        :: . :.:::..:....:...::::: ::::.:::::::::  :.:: :  .   ..:.
XP_005 LRGVKGGYQESSLLRELVTLNDLEPKAANCTKILVWHTRTEKPVLVNEGKKGFTDPSVEI
       290       300       310       320       330       340       

>>XP_011541055 (OMIM: 151290) PREDICTED: galactosylgalac  (347 aa)
 initn: 993 init1: 363 opt: 985  Z-score: 919.1  bits: 178.4 E(85289): 1.9e-44
Smith-Waterman score: 997; 50.3% identity (70.5% similar) in 336 aa overlap (10-323:25-347)

                              10        20                      30 
pF1KSD                MKSALFTRFFILLPWILIVII--------MLDV------DTRRPV
                               .:.::: :.. .        .: :      : :: .
XP_011 MGNEEPWVQPALEMPKRRDILAIVLIVLPWTLLITVWHQSTLAPLLAVHKDEGSDPRRET
               10        20        30        40        50        60

               40        50        60        70        80        90
pF1KSD PP-LTPRPYFSPYAVGRGGARLPLRRGGPAHGTQKRNQSRPQPQPEPQLPTIYAITPTYS
       ::   :: : .     :  ... .:         .   .:: :  .  ::::...:::::
XP_011 PPGADPREYCTS---DRDIVEV-VRT--------EYVYTRPPPWSDT-LPTIHVVTPTYS
               70            80                90        100       

              100       110       120       130       140          
pF1KSD RPVQKAELTRLANTFRQVAQLHWILVEDAAARSELVSRFLARAGLPSTHLHVPTPRRYK-
       ::::::::::.:::. .: .:::..::::  :. :..:.:  .::  ::::: ::: :: 
XP_011 RPVQKAELTRMANTLLHVPNLHWLVVEDAPRRTPLTARLLRDTGLNYTHLHVETPRNYKL
       110       120       130       140       150       160       

          150       160       170       180       190       200    
pF1KSD -----RPGLPRATEQRNAGLAWLRQRHQHQRAQPGVLFFADDDNTYSLELFQEMRTTRKV
             : .::.: ::: .: :::.   .. .::::..:::::::::::::.:::.::.:
XP_011 RGDARDPRIPRGTMQRNLALRWLRETFPRNSSQPGVVYFADDDNTYSLELFEEMRSTRRV
       170       180       190       200       210       220       

          210       220        230       240       250       260   
pF1KSD SVWPVGLVGGRRYERPLVEN-GKVVGWYTGWRADRPFAIDMAGFAVSLQVILSNPKAVFK
       :::::..::: ::: : :.. :::::: : .   ::::::::::::.:..::.  .: ::
XP_011 SVWPVAFVGGLRYEAPRVNGAGKVVGWKTVFDPHRPFAIDMAGFAVNLRLILQRSQAYFK
       230       240       250       260       270       280       

           270       280       290       300       310       320   
pF1KSD RRGSQPGMQESDFLKQITTVEELEPKANNCTKVLVWHTRTEKVNLANEPKYHLDTVKIEV
        :: . :.:::..:....:...::::: ::::.:::::::::  :.:: :  .   ..:.
XP_011 LRGVKGGYQESSLLRELVTLNDLEPKAANCTKILVWHTRTEKPVLVNEGKKGFTDPSVEI
       290       300       310       320       330       340       

>>XP_016873040 (OMIM: 151290) PREDICTED: galactosylgalac  (347 aa)
 initn: 993 init1: 363 opt: 985  Z-score: 919.1  bits: 178.4 E(85289): 1.9e-44
Smith-Waterman score: 997; 50.3% identity (70.5% similar) in 336 aa overlap (10-323:25-347)

                              10        20                      30 
pF1KSD                MKSALFTRFFILLPWILIVII--------MLDV------DTRRPV
                               .:.::: :.. .        .: :      : :: .
XP_016 MGNEEPWVQPALEMPKRRDILAIVLIVLPWTLLITVWHQSTLAPLLAVHKDEGSDPRRET
               10        20        30        40        50        60

               40        50        60        70        80        90
pF1KSD PP-LTPRPYFSPYAVGRGGARLPLRRGGPAHGTQKRNQSRPQPQPEPQLPTIYAITPTYS
       ::   :: : .     :  ... .:         .   .:: :  .  ::::...:::::
XP_016 PPGADPREYCTS---DRDIVEV-VRT--------EYVYTRPPPWSDT-LPTIHVVTPTYS
               70            80                90        100       

              100       110       120       130       140          
pF1KSD RPVQKAELTRLANTFRQVAQLHWILVEDAAARSELVSRFLARAGLPSTHLHVPTPRRYK-
       ::::::::::.:::. .: .:::..::::  :. :..:.:  .::  ::::: ::: :: 
XP_016 RPVQKAELTRMANTLLHVPNLHWLVVEDAPRRTPLTARLLRDTGLNYTHLHVETPRNYKL
       110       120       130       140       150       160       

          150       160       170       180       190       200    
pF1KSD -----RPGLPRATEQRNAGLAWLRQRHQHQRAQPGVLFFADDDNTYSLELFQEMRTTRKV
             : .::.: ::: .: :::.   .. .::::..:::::::::::::.:::.::.:
XP_016 RGDARDPRIPRGTMQRNLALRWLRETFPRNSSQPGVVYFADDDNTYSLELFEEMRSTRRV
       170       180       190       200       210       220       

          210       220        230       240       250       260   
pF1KSD SVWPVGLVGGRRYERPLVEN-GKVVGWYTGWRADRPFAIDMAGFAVSLQVILSNPKAVFK
       :::::..::: ::: : :.. :::::: : .   ::::::::::::.:..::.  .: ::
XP_016 SVWPVAFVGGLRYEAPRVNGAGKVVGWKTVFDPHRPFAIDMAGFAVNLRLILQRSQAYFK
       230       240       250       260       270       280       

           270       280       290       300       310       320   
pF1KSD RRGSQPGMQESDFLKQITTVEELEPKANNCTKVLVWHTRTEKVNLANEPKYHLDTVKIEV
        :: . :.:::..:....:...::::: ::::.:::::::::  :.:: :  .   ..:.
XP_016 LRGVKGGYQESSLLRELVTLNDLEPKAANCTKILVWHTRTEKPVLVNEGKKGFTDPSVEI
       290       300       310       320       330       340       

>>XP_016873041 (OMIM: 151290) PREDICTED: galactosylgalac  (230 aa)
 initn: 840 init1: 363 opt: 843  Z-score: 790.7  bits: 154.1 E(85289): 2.6e-37
Smith-Waterman score: 843; 56.5% identity (78.3% similar) in 230 aa overlap (101-323:1-230)

               80        90       100       110       120       130
pF1KSD PQPQPEPQLPTIYAITPTYSRPVQKAELTRLANTFRQVAQLHWILVEDAAARSELVSRFL
                                     .:::. .: .:::..::::  :. :..:.:
XP_016                               MANTLLHVPNLHWLVVEDAPRRTPLTARLL
                                             10        20        30

              140             150       160       170       180    
pF1KSD ARAGLPSTHLHVPTPRRYK------RPGLPRATEQRNAGLAWLRQRHQHQRAQPGVLFFA
         .::  ::::: ::: ::       : .::.: ::: .: :::.   .. .::::..::
XP_016 RDTGLNYTHLHVETPRNYKLRGDARDPRIPRGTMQRNLALRWLRETFPRNSSQPGVVYFA
               40        50        60        70        80        90

          190       200       210       220        230       240   
pF1KSD DDDNTYSLELFQEMRTTRKVSVWPVGLVGGRRYERPLVEN-GKVVGWYTGWRADRPFAID
       :::::::::::.:::.::.::::::..::: ::: : :.. :::::: : .   ::::::
XP_016 DDDNTYSLELFEEMRSTRRVSVWPVAFVGGLRYEAPRVNGAGKVVGWKTVFDPHRPFAID
              100       110       120       130       140       150

           250       260       270       280       290       300   
pF1KSD MAGFAVSLQVILSNPKAVFKRRGSQPGMQESDFLKQITTVEELEPKANNCTKVLVWHTRT
       ::::::.:..::.  .: :: :: . :.:::..:....:...::::: ::::.:::::::
XP_016 MAGFAVNLRLILQRSQAYFKLRGVKGGYQESSLLRELVTLNDLEPKAANCTKILVWHTRT
              160       170       180       190       200       210

           310       320   
pF1KSD EKVNLANEPKYHLDTVKIEV
       ::  :.:: :  .   ..:.
XP_016 EKPVLVNEGKKGFTDPSVEI
              220       230

>>NP_001275650 (OMIM: 245600,606374) galactosylgalactosy  (328 aa)
 initn: 835 init1: 392 opt: 578  Z-score: 544.5  bits: 109.0 E(85289): 1.4e-23
Smith-Waterman score: 837; 52.3% identity (73.9% similar) in 264 aa overlap (65-313:52-314)

           40        50        60        70         80        90   
pF1KSD TPRPYFSPYAVGRGGARLPLRRGGPAHGTQKRNQSRPQPQPEPQ-LPTIYAITPTYSRPV
                                     .:    :   :::. :::::..::::.: :
NP_001 QPCDCLPPLRAAAEQLRQKDLRISQLQAELRRPPPAPAQPPEPEALPTIYVVTPTYARLV
              30        40        50        60        70        80 

           100       110       120       130       140             
pF1KSD QKAELTRLANTFRQVAQLHWILVEDAAARSELVSRFLARAGLPSTHLHVPTPR----RYK
       :::::.::..:.  : .:::.::::: . . ::: .:: .::  ::: : ::.    :  
NP_001 QKAELVRLSQTLSLVPRLHWLLVEDAEGPTPLVSGLLAASGLLFTHLVVLTPKAQRLREG
              90       100       110       120       130       140 

     150         160       170               180       190         
pF1KSD RPGL--PRATEQRNAGLAWLRQRHQH---QRAQP-----GVLFFADDDNTYSLELFQEMR
       .::   ::..:::: .: ::: :      ..  :     ::..::::::::: :::.:::
NP_001 EPGWVHPRGVEQRNKALDWLRGRGGAVGGEKDPPPPGTQGVVYFADDDNTYSRELFEEMR
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pF1KSD TTRKVSVWPVGLVGGRRYERPLVENGKVVGWYTGWRADRPFAIDMAGFAVSLQVILSNPK
        :: ::::::::::: :.: : :..:.:::..:.:. .::: .:::::::.: ..:..:.
NP_001 WTRGVSVWPVGLVGGLRFEGPQVQDGRVVGFHTAWEPSRPFPVDMAGFAVALPLLLDKPN
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       : :   . . :  ::..:....  ..:::.: :::.:::::::::: .. .: .      
NP_001 AQFDSTAPR-GHLESSLLSHLVDPKDLEPRAANCTRVLVWHTRTEKPKMKQEEQLQRQGR
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     320       
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NP_001 GSDPAIEV
               




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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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