Result of FASTA (ccds) for pF1KSDA1963
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA1963, 323 aa
  1>>>pF1KSDA1963 323 - 323 aa - 323 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4350+/-0.000803; mu= 12.1630+/- 0.049
 mean_var=113.0160+/-22.322, 0's: 0 Z-trim(111.7): 5  B-trim: 0 in 0/52
 Lambda= 0.120644
 statistics sampled from 12597 (12602) to 12597 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.739), E-opt: 0.2 (0.387), width:  16
 Scan time:  2.840

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS4974.1 B3GAT2 gene_id:135152|Hs108|chr6        ( 323) 2195 392.3 2.7e-109
CCDS8500.1 B3GAT1 gene_id:27087|Hs108|chr11        ( 334)  985 181.7 6.9e-46
CCDS8025.1 B3GAT3 gene_id:26229|Hs108|chr11        ( 335)  578 110.9 1.5e-24
CCDS76417.1 B3GAT3 gene_id:26229|Hs108|chr11       ( 319)  513 99.6 3.6e-21
CCDS76418.1 B3GAT3 gene_id:26229|Hs108|chr11       ( 315)  503 97.8 1.2e-20


>>CCDS4974.1 B3GAT2 gene_id:135152|Hs108|chr6             (323 aa)
 initn: 2195 init1: 2195 opt: 2195  Z-score: 2075.7  bits: 392.3 E(32554): 2.7e-109
Smith-Waterman score: 2195; 100.0% identity (100.0% similar) in 323 aa overlap (1-323:1-323)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MKSALFTRFFILLPWILIVIIMLDVDTRRPVPPLTPRPYFSPYAVGRGGARLPLRRGGPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 MKSALFTRFFILLPWILIVIIMLDVDTRRPVPPLTPRPYFSPYAVGRGGARLPLRRGGPA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD HGTQKRNQSRPQPQPEPQLPTIYAITPTYSRPVQKAELTRLANTFRQVAQLHWILVEDAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 HGTQKRNQSRPQPQPEPQLPTIYAITPTYSRPVQKAELTRLANTFRQVAQLHWILVEDAA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD ARSELVSRFLARAGLPSTHLHVPTPRRYKRPGLPRATEQRNAGLAWLRQRHQHQRAQPGV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 ARSELVSRFLARAGLPSTHLHVPTPRRYKRPGLPRATEQRNAGLAWLRQRHQHQRAQPGV
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD LFFADDDNTYSLELFQEMRTTRKVSVWPVGLVGGRRYERPLVENGKVVGWYTGWRADRPF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 LFFADDDNTYSLELFQEMRTTRKVSVWPVGLVGGRRYERPLVENGKVVGWYTGWRADRPF
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD AIDMAGFAVSLQVILSNPKAVFKRRGSQPGMQESDFLKQITTVEELEPKANNCTKVLVWH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 AIDMAGFAVSLQVILSNPKAVFKRRGSQPGMQESDFLKQITTVEELEPKANNCTKVLVWH
              250       260       270       280       290       300

              310       320   
pF1KSD TRTEKVNLANEPKYHLDTVKIEV
       :::::::::::::::::::::::
CCDS49 TRTEKVNLANEPKYHLDTVKIEV
              310       320   

>>CCDS8500.1 B3GAT1 gene_id:27087|Hs108|chr11             (334 aa)
 initn: 1022 init1: 363 opt: 985  Z-score: 937.3  bits: 181.7 E(32554): 6.9e-46
Smith-Waterman score: 997; 50.3% identity (70.5% similar) in 336 aa overlap (10-323:12-334)

                 10        20                      30         40   
pF1KSD   MKSALFTRFFILLPWILIVII--------MLDV------DTRRPVPP-LTPRPYFSPY
                  .:.::: :.. .        .: :      : :: .::   :: : .  
CCDS85 MPKRRDILAIVLIVLPWTLLITVWHQSTLAPLLAVHKDEGSDPRRETPPGADPREYCTS-
               10        20        30        40        50          

            50        60        70        80        90       100   
pF1KSD AVGRGGARLPLRRGGPAHGTQKRNQSRPQPQPEPQLPTIYAITPTYSRPVQKAELTRLAN
          :  ... .:         .   .:: :  .  ::::...:::::::::::::::.::
CCDS85 --DRDIVEV-VRT--------EYVYTRPPPWSDT-LPTIHVVTPTYSRPVQKAELTRMAN
        60                 70        80         90       100       

           110       120       130       140             150       
pF1KSD TFRQVAQLHWILVEDAAARSELVSRFLARAGLPSTHLHVPTPRRYK------RPGLPRAT
       :. .: .:::..::::  :. :..:.:  .::  ::::: ::: ::       : .::.:
CCDS85 TLLHVPNLHWLVVEDAPRRTPLTARLLRDTGLNYTHLHVETPRNYKLRGDARDPRIPRGT
       110       120       130       140       150       160       

       160       170       180       190       200       210       
pF1KSD EQRNAGLAWLRQRHQHQRAQPGVLFFADDDNTYSLELFQEMRTTRKVSVWPVGLVGGRRY
        ::: .: :::.   .. .::::..:::::::::::::.:::.::.::::::..::: ::
CCDS85 MQRNLALRWLRETFPRNSSQPGVVYFADDDNTYSLELFEEMRSTRRVSVWPVAFVGGLRY
       170       180       190       200       210       220       

       220        230       240       250       260       270      
pF1KSD ERPLVEN-GKVVGWYTGWRADRPFAIDMAGFAVSLQVILSNPKAVFKRRGSQPGMQESDF
       : : :.. :::::: : .   ::::::::::::.:..::.  .: :: :: . :.:::..
CCDS85 EAPRVNGAGKVVGWKTVFDPHRPFAIDMAGFAVNLRLILQRSQAYFKLRGVKGGYQESSL
       230       240       250       260       270       280       

        280       290       300       310       320   
pF1KSD LKQITTVEELEPKANNCTKVLVWHTRTEKVNLANEPKYHLDTVKIEV
       :....:...::::: ::::.:::::::::  :.:: :  .   ..:.
CCDS85 LRELVTLNDLEPKAANCTKILVWHTRTEKPVLVNEGKKGFTDPSVEI
       290       300       310       320       330    

>>CCDS8025.1 B3GAT3 gene_id:26229|Hs108|chr11             (335 aa)
 initn: 835 init1: 392 opt: 578  Z-score: 554.5  bits: 110.9 E(32554): 1.5e-24
Smith-Waterman score: 837; 52.3% identity (73.9% similar) in 264 aa overlap (65-313:59-321)

           40        50        60        70         80        90   
pF1KSD TPRPYFSPYAVGRGGARLPLRRGGPAHGTQKRNQSRPQPQPEPQ-LPTIYAITPTYSRPV
                                     .:    :   :::. :::::..::::.: :
CCDS80 QPCDCLPPLRAAAEQLRQKDLRISQLQAELRRPPPAPAQPPEPEALPTIYVVTPTYARLV
       30        40        50        60        70        80        

           100       110       120       130       140             
pF1KSD QKAELTRLANTFRQVAQLHWILVEDAAARSELVSRFLARAGLPSTHLHVPTPR----RYK
       :::::.::..:.  : .:::.::::: . . ::: .:: .::  ::: : ::.    :  
CCDS80 QKAELVRLSQTLSLVPRLHWLLVEDAEGPTPLVSGLLAASGLLFTHLVVLTPKAQRLREG
       90       100       110       120       130       140        

     150         160       170               180       190         
pF1KSD RPGL--PRATEQRNAGLAWLRQRHQH---QRAQP-----GVLFFADDDNTYSLELFQEMR
       .::   ::..:::: .: ::: :      ..  :     ::..::::::::: :::.:::
CCDS80 EPGWVHPRGVEQRNKALDWLRGRGGAVGGEKDPPPPGTQGVVYFADDDNTYSRELFEEMR
      150       160       170       180       190       200        

     200       210       220       230       240       250         
pF1KSD TTRKVSVWPVGLVGGRRYERPLVENGKVVGWYTGWRADRPFAIDMAGFAVSLQVILSNPK
        :: ::::::::::: :.: : :..:.:::..:.:. .::: .:::::::.: ..:..:.
CCDS80 WTRGVSVWPVGLVGGLRFEGPQVQDGRVVGFHTAWEPSRPFPVDMAGFAVALPLLLDKPN
      210       220       230       240       250       260        

     260       270       280       290       300       310         
pF1KSD AVFKRRGSQPGMQESDFLKQITTVEELEPKANNCTKVLVWHTRTEKVNLANEPKYHLDTV
       : :   . . :  ::..:....  ..:::.: :::.:::::::::: .. .: .      
CCDS80 AQFDSTAPR-GHLESSLLSHLVDPKDLEPRAANCTRVLVWHTRTEKPKMKQEEQLQRQGR
      270        280       290       300       310       320       

     320       
pF1KSD KIEV    
               
CCDS80 GSDPAIEV
       330     

>>CCDS76417.1 B3GAT3 gene_id:26229|Hs108|chr11            (319 aa)
 initn: 763 init1: 392 opt: 513  Z-score: 493.6  bits: 99.6 E(32554): 3.6e-21
Smith-Waterman score: 772; 51.0% identity (72.2% similar) in 255 aa overlap (65-304:59-312)

           40        50        60        70         80        90   
pF1KSD TPRPYFSPYAVGRGGARLPLRRGGPAHGTQKRNQSRPQPQPEPQ-LPTIYAITPTYSRPV
                                     .:    :   :::. :::::..::::.: :
CCDS76 QPCDCLPPLRAAAEQLRQKDLRISQLQAELRRPPPAPAQPPEPEALPTIYVVTPTYARLV
       30        40        50        60        70        80        

           100       110       120       130       140             
pF1KSD QKAELTRLANTFRQVAQLHWILVEDAAARSELVSRFLARAGLPSTHLHVPTPR----RYK
       :::::.::..:.  : .:::.::::: . . ::: .:: .::  ::: : ::.    :  
CCDS76 QKAELVRLSQTLSLVPRLHWLLVEDAEGPTPLVSGLLAASGLLFTHLVVLTPKAQRLREG
       90       100       110       120       130       140        

     150         160       170               180       190         
pF1KSD RPGL--PRATEQRNAGLAWLRQRHQH---QRAQP-----GVLFFADDDNTYSLELFQEMR
       .::   ::..:::: .: ::: :      ..  :     ::..::::::::: :::.:::
CCDS76 EPGWVHPRGVEQRNKALDWLRGRGGAVGGEKDPPPPGTQGVVYFADDDNTYSRELFEEMR
      150       160       170       180       190       200        

     200       210       220       230       240       250         
pF1KSD TTRKVSVWPVGLVGGRRYERPLVENGKVVGWYTGWRADRPFAIDMAGFAVSLQVILSNPK
        :: ::::::::::: :.: : :..:.:::..:.:. .::: .:::::::.: ..:..:.
CCDS76 WTRGVSVWPVGLVGGLRFEGPQVQDGRVVGFHTAWEPSRPFPVDMAGFAVALPLLLDKPN
      210       220       230       240       250       260        

     260       270       280       290       300       310         
pF1KSD AVFKRRGSQPGMQESDFLKQITTVEELEPKANNCTKVLVWHTRTEKVNLANEPKYHLDTV
       : :   . . :  ::..:....  ..:::.: :::. :.   : :               
CCDS76 AQFDSTAPR-GHLESSLLSHLVDPKDLEPRAANCTRSLAVSPRLECSSAILA        
      270        280       290       300       310                 

     320   
pF1KSD KIEV

>>CCDS76418.1 B3GAT3 gene_id:26229|Hs108|chr11            (315 aa)
 initn: 760 init1: 392 opt: 503  Z-score: 484.3  bits: 97.8 E(32554): 1.2e-20
Smith-Waterman score: 762; 51.6% identity (73.2% similar) in 246 aa overlap (65-295:59-303)

           40        50        60        70         80        90   
pF1KSD TPRPYFSPYAVGRGGARLPLRRGGPAHGTQKRNQSRPQPQPEPQ-LPTIYAITPTYSRPV
                                     .:    :   :::. :::::..::::.: :
CCDS76 QPCDCLPPLRAAAEQLRQKDLRISQLQAELRRPPPAPAQPPEPEALPTIYVVTPTYARLV
       30        40        50        60        70        80        

           100       110       120       130       140             
pF1KSD QKAELTRLANTFRQVAQLHWILVEDAAARSELVSRFLARAGLPSTHLHVPTPR----RYK
       :::::.::..:.  : .:::.::::: . . ::: .:: .::  ::: : ::.    :  
CCDS76 QKAELVRLSQTLSLVPRLHWLLVEDAEGPTPLVSGLLAASGLLFTHLVVLTPKAQRLREG
       90       100       110       120       130       140        

     150         160       170               180       190         
pF1KSD RPGL--PRATEQRNAGLAWLRQRHQH---QRAQP-----GVLFFADDDNTYSLELFQEMR
       .::   ::..:::: .: ::: :      ..  :     ::..::::::::: :::.:::
CCDS76 EPGWVHPRGVEQRNKALDWLRGRGGAVGGEKDPPPPGTQGVVYFADDDNTYSRELFEEMR
      150       160       170       180       190       200        

     200       210       220       230       240       250         
pF1KSD TTRKVSVWPVGLVGGRRYERPLVENGKVVGWYTGWRADRPFAIDMAGFAVSLQVILSNPK
        :: ::::::::::: :.: : :..:.:::..:.:. .::: .:::::::.: ..:..:.
CCDS76 WTRGVSVWPVGLVGGLRFEGPQVQDGRVVGFHTAWEPSRPFPVDMAGFAVALPLLLDKPN
      210       220       230       240       250       260        

     260       270       280       290       300       310         
pF1KSD AVFKRRGSQPGMQESDFLKQITTVEELEPKANNCTKVLVWHTRTEKVNLANEPKYHLDTV
       : :   . . :  ::..:....  ..:::.: :::.                        
CCDS76 AQFDSTAPR-GHLESSLLSHLVDPKDLEPRAANCTRTESRCVTQAGVQ            
      270        280       290       300       310                 

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