Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA1831
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1831, 628 aa
1>>>pF1KSDA1831 628 - 628 aa - 628 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.9464+/-0.000335; mu= 0.3641+/- 0.021
mean_var=302.7255+/-61.358, 0's: 0 Z-trim(124.3): 15 B-trim: 43 in 1/58
Lambda= 0.073714
statistics sampled from 45813 (45845) to 45813 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.806), E-opt: 0.2 (0.538), width: 16
Scan time: 14.720
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_065706 (OMIM: 605268,606438) junctophilin-3 iso ( 748) 1544 177.7 1.3e-43
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XP_005251331 (OMIM: 605266,607831) PREDICTED: junc ( 661) 1492 172.2 5.3e-42
NP_001304759 (OMIM: 605266,607831) junctophilin-1 ( 661) 1492 172.2 5.3e-42
NP_065698 (OMIM: 605266,607831) junctophilin-1 [Ho ( 661) 1492 172.2 5.3e-42
NP_065166 (OMIM: 605267,613873) junctophilin-2 iso ( 696) 1164 137.3 1.7e-31
XP_016878973 (OMIM: 605268,606438) PREDICTED: junc ( 148) 656 82.7 1e-15
NP_001258534 (OMIM: 605268,606438) junctophilin-3 ( 150) 654 82.5 1.2e-15
XP_016878972 (OMIM: 605268,606438) PREDICTED: junc ( 176) 646 81.7 2.4e-15
NP_001258533 (OMIM: 605268,606438) junctophilin-3 ( 186) 646 81.7 2.5e-15
NP_787109 (OMIM: 605267,613873) junctophilin-2 iso ( 129) 634 80.3 4.7e-15
XP_006723896 (OMIM: 605267,613873) PREDICTED: junc ( 147) 631 80.0 6.5e-15
>>NP_065706 (OMIM: 605268,606438) junctophilin-3 isoform (748 aa)
initn: 1416 init1: 525 opt: 1544 Z-score: 904.2 bits: 177.7 E(85289): 1.3e-43
Smith-Waterman score: 1630; 47.4% identity (68.8% similar) in 625 aa overlap (1-591:1-605)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSPGGKFDFDDGGCYVGGWEAGRAHGYGVCTGPGAQGEYSGCWAHGFESLGVFTGPGGHS
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10 20 30 40 50 60
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70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD TETYSDGGTYQGQWQAGKRHGYGVRQSVPYHQAALLRSPRRTSLDSGHSDPP--TPPPPL
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NP_065 TETYSDGGTYQGQWVGGMRQGYGVRQSVPYGMAAVIRSPLRTSINSLRSEHTNGTALHPD
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KSD PLPGDEGGSPASGSRGGFVLAGPGDADGASSRKRTPAAGGFFRRSLLLSGL--RAGGRRS
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NP_065 ASPA-VAGSPAV-SRGGFVLVAHSDSEILKSKKK-----GLFRRSLL-SGLKLRKSESKS
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pF1KSD SLGSKRG---SLRSEVS-SEVGSTGPP-GSEASGPPAAAPPALIE----GSATEVYAGEW
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290 300 310 320 330 340
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NP_065 KNDKRSGFGVSQRSDGLKYEGEWASNRRHGYGCMTFPDGTKEEGKYKQNILV-GGKRKNL
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350 360 370 380 390 400
pF1KSD LPLALRRGKVKEKVDRAVEGARRAVSAARQRQEIAAARAADALLKAVAASSVAEKAVEAA
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NP_065 IP--LRASKIREKVDRAVEAAERAATIAKQKAEIAASRTSHSRAKAEAALTAAQKAQEEA
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pF1KSD RMAKLIAQDLQPMLE--APG---RRPRQDSEGSDTE------PLDEDSPGVYENGLTPSE
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NP_065 RIARITAKEFSPSFQHRENGLEYQRPKRQTSCDDIEVLSTGTPLQQESPELYRKGTTPSD
410 420 430 440 450 460
460 470 480 490 500 510
pF1KSD GSPELPSSPASSRQPWRPPACRSPLPPGGDQ-GPFSSPKAWPEEWGG-AGAQAEELAGYE
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NP_065 LTPD--DSPLQSF-PTSPAATPPPAPAARNKVAHFSRQVSVDEERGGDIQMLLEGRAGDC
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pF1KSD AEDEAGMQGPGPRDG---SPLLGG--CSD--SSGSLREEEGEDEEPLPPLRAPAGTEPEP
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NP_065 ARSSWGEEQAGGSRGVRSGALRGGLLVDDFRTRGSGRKQPGN---PKPRERR---TESPP
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570 580 590 600 610 620
pF1KSD IAMLVLRGSSSRGPDAGCLTEELGEPAATERPAQPGAANPLVVGAVALLDLSLAFLFSQL
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NP_065 VFTWTSHHRASNHSPGGSRLLELQEEKLSNYRMEMKPLLRMETHPQKRRYSKGGACRGLG
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>>XP_005251332 (OMIM: 605266,607831) PREDICTED: junctoph (661 aa)
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Smith-Waterman score: 1517; 41.8% identity (64.8% similar) in 679 aa overlap (4-623:3-656)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSPGGKFDFDDGGCYVGGWEAGRAHGYGVCTGPGAQGEYSGCWAHGFESLGVFTGPGGHS
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10 20 30 40 50
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pF1KSD YQGHWQQGKREGLGVERKSRWTYRGEWLGGLKGRSGVWESV-SGLRYAGLWKDGFQDGYG
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XP_005 YQGYWAQGKRHGLGVETKGKWMYRGEWSHGFKGRYGVRQSLCTPARYEGTWSNGLQDGYG
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120 130 140 150 160 170
pF1KSD TETYSDGGTYQGQWQAGKRHGYGVRQSVPYHQAALLRSPRRTSLDSGHSDPPTPPPPLPL
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XP_005 VETYGDGGTYQGQWAGGMRHGYGVRQSVPYGMATVIRSPLRTSLASLRSEQ-SNGSVLHD
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD PGDEGGSPASGSRGGFVLAGPGDADGASSRKRTPAAGGFFRRSLLLSG--LRAGGRRSSL
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XP_005 AAAAADSPA-GTRGGFVLNFHADAELAGKKK-----GGLFRRGSLLGSMKLRKSESKSSI
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240 250 260 270 280 290
pF1KSD GSKRGSLRSEVS-SEVGSTGPPGSEASGPPAA--AP-PALIEGSATEVYAGEWRADRRSG
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240 250 260 270 280 290
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pF1KSD FGVSQRSNGLRYEGEWLGNRRHGYGRTTRPDGSREEGKYKRNRLVHGGRVRSLLPLALRR
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pF1KSD GKVKEKVDRAVEGARRAVSAARQRQEIAAARAADALLKAVAASSVAEKAVEAARMAKLIA
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pF1KSD QDLQPMLEAPG-RRPRQD-SEGSDTE-----------PLDEDSPGVYENGLTPS---EGS
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460 470 480
pF1KSD PELPSSPASSRQPWR----------------------------PPACRSPLPPGG---DQ
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pF1KSD EGEDE-EPLPPLRAPAGTEP--EPIAMLV-LRGSSSRGPDAGCLTEELGEPAATERPAQP
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XP_005 PSANKWSPSKSVTKPVAKESKAEPKAKKSELAIPKNPASNDSC-------PA-LEKEANS
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610 620
pF1KSD GAANPLVVGAVALLDLSLAFLFSQLLT
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>>XP_005251331 (OMIM: 605266,607831) PREDICTED: junctoph (661 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSPGGKFDFDDGGCYVGGWEAGRAHGYGVCTGPGAQGEYSGCWAHGFESLGVFTGPGGHS
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XP_005 MTGGRFDFDDGGTYCGGWEEGKAHGHGICTGPKGQGEYSGSWSHGFEVVGGYTWPSGNT
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pF1KSD TETYSDGGTYQGQWQAGKRHGYGVRQSVPYHQAALLRSPRRTSLDSGHSDPPTPPPPLPL
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pF1KSD PGDEGGSPASGSRGGFVLAGPGDADGASSRKRTPAAGGFFRRSLLLSG--LRAGGRRSSL
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pF1KSD GKVKEKVDRAVEGARRAVSAARQRQEIAAARAADALLKAVAASSVAEKAVEAARMAKLIA
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pF1KSD QDLQPMLEAPG-RRPRQD-SEGSDTE-----------PLDEDSPGVYENGLTPS---EGS
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pF1KSD PELPSSPASSRQPWR----------------------------PPACRSPLPPGG---DQ
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pF1KSD GPFSSPKAWPEEWGGAGAQAEELAGYEAEDEAGMQGP-GPRDGSPLLGGCSDSSGSLREE
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pF1KSD EGEDE-EPLPPLRAPAGTEP--EPIAMLV-LRGSSSRGPDAGCLTEELGEPAATERPAQP
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>>NP_001304759 (OMIM: 605266,607831) junctophilin-1 [Hom (661 aa)
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Smith-Waterman score: 1517; 41.8% identity (64.8% similar) in 679 aa overlap (4-623:3-656)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSPGGKFDFDDGGCYVGGWEAGRAHGYGVCTGPGAQGEYSGCWAHGFESLGVFTGPGGHS
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pF1KSD PGDEGGSPASGSRGGFVLAGPGDADGASSRKRTPAAGGFFRRSLLLSG--LRAGGRRSSL
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. .. : . :.. : :: : : .. . . .: :: :. :.
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610 620
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pF1KSD GAANPLVVGAVALLDLSLAFLFSQLLT
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NP_065 GP-NSIMIVLVMLLNIGLAILFVHFLT
640 650 660
>>NP_065166 (OMIM: 605267,613873) junctophilin-2 isoform (696 aa)
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628 residues in 1 query sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]