FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KSDA1711, 1031 aa 1>>>pF1KSDA1711 1031 - 1031 aa - 1031 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.5257+/-0.00118; mu= 7.1213+/- 0.071 mean_var=188.1893+/-36.995, 0's: 0 Z-trim(108.5): 43 B-trim: 67 in 1/51 Lambda= 0.093493 statistics sampled from 10224 (10249) to 10224 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.658), E-opt: 0.2 (0.315), width: 16 Scan time: 4.410 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS35057.1 ZCCHC6 gene_id:79670|Hs108|chr9 (1495) 6936 949.2 0 CCDS83383.1 ZCCHC6 gene_id:79670|Hs108|chr9 ( 784) 5313 730.1 4.3e-210 CCDS55323.1 ZCCHC6 gene_id:79670|Hs108|chr9 (1259) 3119 434.3 7.6e-121 CCDS30716.1 ZCCHC11 gene_id:23318|Hs108|chr1 (1644) 2037 288.5 8e-77 CCDS30715.1 ZCCHC11 gene_id:23318|Hs108|chr1 (1645) 2025 286.9 2.5e-76 CCDS75266.1 PAPD4 gene_id:167153|Hs108|chr5 ( 480) 549 87.4 7.9e-17 CCDS4048.1 PAPD4 gene_id:167153|Hs108|chr5 ( 484) 548 87.3 8.7e-17 >>CCDS35057.1 ZCCHC6 gene_id:79670|Hs108|chr9 (1495 aa) initn: 6936 init1: 6936 opt: 6936 Z-score: 5064.4 bits: 949.2 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 6936; 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43.7% identity (64.2% similar) in 1026 aa overlap (1-1006:525-1376) 10 20 30 pF1KSD MAIFFLQQRKEPLLPVYLGSWIEGFSLSKL :..::::::: :::: ::::::::. ... CCDS30 PLVLAFRYWAKLCYIDSQTDGGIPSYCFALMVMFFLQQRKPPLLPCLLGSWIEGFDPKRM 500 510 520 530 540 550 40 50 60 70 80 pF1KSD GNFNLQDI-EKDVVIWEHTDSAAGDTGITKEE--APRETP---IKRGQV---SLILDVKH .:.:. : :. : :: ..:.: . . :: : . : :. .. : . :: CCDS30 DDFQLKGIVEEKFVKWECNSSSATEKNSIAEENKAKADQPKDDTKKTETDNQSNAMKEKH 560 570 580 590 600 610 90 100 110 120 130 pF1KSD QPS---------VPVGQLWVELLRFYALEFNLADLVISIRVKELVSRELKDWPKKRIAIE : : .::::.:::.::.:.: : . :: .:......:: :.:::.::::: CCDS30 GKSPLALETPNRVSLGQLWLELLKFYTLDFALEEYVICVRIQDILTRENKNWPKRRIAIE 620 630 640 650 660 670 140 150 160 170 180 190 pF1KSD DPYSVKRNVARTLNSQPVFEYILHCLRTTYKYFALPHKITKSSLLKPLNAITCISEHSKE ::.::::::::.:::: :.::... .:..:.::: :. ::.. .: CCDS30 DPFSVKRNVARSLNSQLVYEYVVERFRAAYRYFACPQ--TKGG--------------NKS 680 690 700 710 200 210 220 230 240 250 pF1KSD VINHHPDVQTKDDKLKNSVLAQGPGATSS-AANTCKVQPLTLKETAESFGSPPKEEMGNE .. : . .. :... . : ... :.: : . : ::.:.... .:. CCDS30 TV----DFKKRE---KGKISNKKPVKSNNMATNGC----ILLGETTEKINAE-REQ---- 720 730 740 750 760 260 270 280 290 300 310 pF1KSD HISVHPENSDCIQADVNSDDYKGDKVYHPETGRKNEKEKVGRKGKHLLTVDQKRGEHVVC :. .. :: ..:. : CCDS30 --PVQCDEMDC--------------------------------------TSQR------C 770 320 330 340 350 360 370 pF1KSD GSTRNNESESTLDLEGFQNPTAKECEGLATLDNKADLDGESTEGTEELEDSLNHFTHSVQ :: . ::. :. : .. :: . :.: .:.. CCDS30 IIDNNNLLVNELDFA----------------DHGQDSSSLSTSKSSEIEPKLDK------ 780 790 800 810 380 390 400 410 420 430 pF1KSD GQTSEMIPSDEEEEDDEEEEEEEEPRLTINQREDEDGMANEDELDNTYTGSGDEDALSEE . ... :: : ..: . . ... : : .. : .: : :. ... .. CCDS30 -KQDDLAPS----ETCLKKELSQCNCIDLSKSPDPDKSTGTDCRSNLETESSHQSVCTDT 820 830 840 850 860 440 450 460 470 480 490 pF1KSD DDELGEAAKYEDVKECGKHVERALLVELNKISLKEENVCEEKNSPVDQSDFFYEFSKLIF . . ::... :: .. : :... ..: :.:.:. CCDS30 SATSCNCKATEDASD------------LN----------DDDNLPTQE--LYYVFDKFIL 870 880 890 900 500 510 520 530 540 550 pF1KSD TKGKSPTVVCSLCKREGHLKKDCPEDFKRIQLEPLPPLTPKFLNILDQVCIQCYKDFSPT :.:: ::.:::.::..:: :.::::::..:.:.::::.: .: .::: :: .:. ..:: CCDS30 TSGKPPTIVCSICKKDGHSKNDCPEDFRKIDLKPLPPMTNRFREILDLVCKRCFDELSPP 910 920 930 940 950 960 560 570 580 590 600 610 pF1KSD IIEDQAREHIRQNLESFIRQDFP-GTKLSLFGSSKNGFGFKQSDLDVCMTINGLETAEGL :.. ::.: .::.::.... ..: :::::::::::..::::.:::..: :.:: : CCDS30 CSEQHNREQILIGLEKFIQKEYDEKARLCLFGSSKNGFGFRDSDLDICMTLEGHENAEKL 970 980 990 1000 1010 1020 620 630 640 650 660 670 pF1KSD DCVRTIEELARVLRKHSGLRNILPITTAKVPIVKFFHLRSGLEVDISLYNTLALHNTRLL .: . ::.::..:..: :::::::::::::::::: : ::::: ::::::::: ::::.: CCDS30 NCKEIIENLAKILKRHPGLRNILPITTAKVPIVKFEHRRSGLEGDISLYNTLAQHNTRML 1030 1040 1050 1060 1070 1080 680 690 700 710 720 730 pF1KSD SAYSAIDPRVKYLCYTMKVFTKMCDIGDASRGSLSSYAYTLMVLYFLQQRNPPVIPVLQE ..:.::::::.:: ::::::.: :::::::::::::::: ::::::::::.::::::::: CCDS30 ATYAAIDPRVQYLGYTMKVFAKRCDIGDASRGSLSSYAYILMVLYFLQQRKPPVIPVLQE 1090 1100 1110 1120 1130 1140 740 750 760 770 780 790 pF1KSD IYKGEKKPEIFVDGWNIYFFDQIDELPTYWSECGKNTESVGQLWLGLLRFYTEEFDFKEH :. :.. :. .::::: .:::. .:: ::::::.:.:::::::::::::::::. CCDS30 IFDGKQIPQRMVDGWNAFFFDKTEELKKRLPSLGKNTESLGELWLGLLRFYTEEFDFKEY 1150 1160 1170 1180 1190 1200 800 810 820 830 840 850 pF1KSD VISIRRKSLLTTFKKQWTSKYIVIEDPFDLNHNLGAGLSRKMTNFIMKAFINGRRVFGIP :::::.:.:::::.:::::: :.::::::::::::::.::::::::::::::::..:: : CCDS30 VISIRQKKLLTTFEKQWTSKCIAIEDPFDLNHNLGAGVSRKMTNFIMKAFINGRKLFGTP 1210 1220 1230 1240 1250 1260 860 870 880 890 900 910 pF1KSD VKGFPKDYPSKMEYFFDPDVLTEGELAPNDRCCRICGKIGHFMKDCPMRRKVRRRRDQED .: . ::::: :::.:::::::::::.::::::.::::: :... : CCDS30 F--YPL-IGREAEYFFDSRVLTDGELAPNDRCCRVCGKIGHYMKDCPKRKSLLFRL---- 1270 1280 1290 1300 1310 920 930 940 950 960 970 pF1KSD ALNQRYPENKEKRSKEDKEIHNKYTEREVSTKEDKPIQCTPQKAKPMRAAADLGREKILR :.: :.:.:: ...:.: : . : CCDS30 ---------KKKDSEEEKE----------GNEEEKD----------SRDVLD-------- 1320 1330 1340 980 990 1000 1010 1020 1030 pF1KSD PPVEKWKRQDDKDLREKRCFICGREGHIKKECPQFKGSSGSLSSKYMTQGKASAKRTQQE : . .: .: :. :::::: ::...:::. : CCDS30 -PRDLHDTRDFRDPRDLRCFICGDAGHVRRECPEVKLARQRNSSVAAAQLVRNLVNAQQV 1350 1360 1370 1380 1390 1400 pF1KSD S CCDS30 AGSAQQQGDQSIRTRQSSECSESPSYSPQPQPFPQNSSQSAAITQPSSQPGSQPKLGPPQ 1410 1420 1430 1440 1450 1460 >>CCDS30715.1 ZCCHC11 gene_id:23318|Hs108|chr1 (1645 aa) initn: 2465 init1: 1400 opt: 2025 Z-score: 1483.9 bits: 286.9 E(32554): 2.5e-76 Smith-Waterman score: 2439; 43.8% identity (64.3% similar) in 1026 aa overlap (1-1006:525-1377) 10 20 30 pF1KSD MAIFFLQQRKEPLLPVYLGSWIEGFSLSKL :..::::::: :::: ::::::::. ... CCDS30 PLVLAFRYWAKLCYIDSQTDGGIPSYCFALMVMFFLQQRKPPLLPCLLGSWIEGFDPKRM 500 510 520 530 540 550 40 50 60 70 80 pF1KSD GNFNLQDI-EKDVVIWEHTDSAAGDTGITKEE--APRETP---IKRGQV---SLILDVKH .:.:. : :. : :: ..:.: . . :: : . : :. .. : . :: CCDS30 DDFQLKGIVEEKFVKWECNSSSATEKNSIAEENKAKADQPKDDTKKTETDNQSNAMKEKH 560 570 580 590 600 610 90 100 110 120 130 pF1KSD QPS---------VPVGQLWVELLRFYALEFNLADLVISIRVKELVSRELKDWPKKRIAIE : : .::::.:::.::.:.: : . :: .:......:: :.:::.::::: CCDS30 GKSPLALETPNRVSLGQLWLELLKFYTLDFALEEYVICVRIQDILTRENKNWPKRRIAIE 620 630 640 650 660 670 140 150 160 170 180 190 pF1KSD DPYSVKRNVARTLNSQPVFEYILHCLRTTYKYFALPHKITKSSLLKPLNAITCISEHSKE ::.::::::::.:::: :.::... .:..:.::: :. ::.. .: CCDS30 DPFSVKRNVARSLNSQLVYEYVVERFRAAYRYFACPQ--TKGG--------------NKS 680 690 700 710 200 210 220 230 240 250 pF1KSD VINHHPDVQTKDDKLKNSVLAQGPGATSS-AANTCKVQPLTLKETAESFGSPPKEEMGNE .. : . .. :... . : ... :.: : . : ::.:.... .:. CCDS30 TV----DFKKRE---KGKISNKKPVKSNNMATNGC----ILLGETTEKINAE-REQ---- 720 730 740 750 760 260 270 280 290 300 310 pF1KSD HISVHPENSDCIQADVNSDDYKGDKVYHPETGRKNEKEKVGRKGKHLLTVDQKRGEHVVC :. .. :: ..:. : CCDS30 --PVQCDEMDC--------------------------------------TSQR------C 770 320 330 340 350 360 370 pF1KSD GSTRNNESESTLDLEGFQNPTAKECEGLATLDNKADLDGESTEGTEELEDSLNHFTHSVQ :: . ::. :. : .. :: . :.: .:.. CCDS30 IIDNNNLLVNELDFA----------------DHGQDSSSLSTSKSSEIEPKLDK------ 780 790 800 810 380 390 400 410 420 430 pF1KSD GQTSEMIPSDEEEEDDEEEEEEEEPRLTINQREDEDGMANEDELDNTYTGSGDEDALSEE . ... :: : ..: . . ... : : .. : .: : :. ... .. CCDS30 -KQDDLAPS----ETCLKKELSQCNCIDLSKSPDPDKSTGTDCRSNLETESSHQSVCTDT 820 830 840 850 860 440 450 460 470 480 490 pF1KSD DDELGEAAKYEDVKECGKHVERALLVELNKISLKEENVCEEKNSPVDQSDFFYEFSKLIF . . ::... :: .. : :... ..: :.:.:. CCDS30 SATSCNCKATEDASD------------LN----------DDDNLPTQE--LYYVFDKFIL 870 880 890 900 500 510 520 530 540 550 pF1KSD TKGKSPTVVCSLCKREGHLKKDCPEDFKRIQLEPLPPLTPKFLNILDQVCIQCYKDFSPT :.:: ::.:::.::..:: :.::::::..:.:.::::.: .: .::: :: .:. ..:: CCDS30 TSGKPPTIVCSICKKDGHSKNDCPEDFRKIDLKPLPPMTNRFREILDLVCKRCFDELSPP 910 920 930 940 950 960 560 570 580 590 600 610 pF1KSD IIEDQAREHIRQNLESFIRQDFP-GTKLSLFGSSKNGFGFKQSDLDVCMTINGLETAEGL :.. ::.: .::.::.... ..: :::::::::::..::::.:::..: :.:: : CCDS30 CSEQHNREQILIGLEKFIQKEYDEKARLCLFGSSKNGFGFRDSDLDICMTLEGHENAEKL 970 980 990 1000 1010 1020 620 630 640 650 660 670 pF1KSD DCVRTIEELARVLRKHSGLRNILPITTAKVPIVKFFHLRSGLEVDISLYNTLALHNTRLL .: . ::.::..:..: :::::::::::::::::: : ::::: ::::::::: ::::.: CCDS30 NCKEIIENLAKILKRHPGLRNILPITTAKVPIVKFEHRRSGLEGDISLYNTLAQHNTRML 1030 1040 1050 1060 1070 1080 680 690 700 710 720 730 pF1KSD SAYSAIDPRVKYLCYTMKVFTKMCDIGDASRGSLSSYAYTLMVLYFLQQRNPPVIPVLQE ..:.::::::.:: ::::::.: :::::::::::::::: ::::::::::.::::::::: CCDS30 ATYAAIDPRVQYLGYTMKVFAKRCDIGDASRGSLSSYAYILMVLYFLQQRKPPVIPVLQE 1090 1100 1110 1120 1130 1140 740 750 760 770 780 790 pF1KSD IYKGEKKPEIFVDGWNIYFFDQIDELPTYWSECGKNTESVGQLWLGLLRFYTEEFDFKEH :. :.. :. .::::: .:::. .:: ::::::.:.:::::::::::::::::. CCDS30 IFDGKQIPQRMVDGWNAFFFDKTEELKKRLPSLGKNTESLGELWLGLLRFYTEEFDFKEY 1150 1160 1170 1180 1190 1200 800 810 820 830 840 850 pF1KSD VISIRRKSLLTTFKKQWTSKYIVIEDPFDLNHNLGAGLSRKMTNFIMKAFINGRRVFGIP :::::.:.:::::.:::::: :.::::::::::::::.::::::::::::::::..:: : CCDS30 VISIRQKKLLTTFEKQWTSKCIAIEDPFDLNHNLGAGVSRKMTNFIMKAFINGRKLFGTP 1210 1220 1230 1240 1250 1260 860 870 880 890 900 910 pF1KSD VKGFPKDYPSKMEYFFDPDVLTEGELAPNDRCCRICGKIGHFMKDCPMRRKVRRRRDQED .: . ::::: :::.:::::::::::.::::::.::::: :.. CCDS30 F--YPL-IGREAEYFFDSRVLTDGELAPNDRCCRVCGKIGHYMKDCPKRKS--------- 1270 1280 1290 1300 1310 920 930 940 950 960 970 pF1KSD ALNQRYPENKEKRSKEDKEIHNKYTEREVSTKEDKPIQCTPQKAKPMRAAADLGREKILR .: : :.: :.:.:: ...:.: : . : CCDS30 SLLFRL---KKKDSEEEKE----------GNEEEKD----------SRDVLD-------- 1320 1330 1340 980 990 1000 1010 1020 1030 pF1KSD PPVEKWKRQDDKDLREKRCFICGREGHIKKECPQFKGSSGSLSSKYMTQGKASAKRTQQE : . .: .: :. :::::: ::...:::. : CCDS30 -PRDLHDTRDFRDPRDLRCFICGDAGHVRRECPEVKLARQRNSSVAAAQLVRNLVNAQQV 1350 1360 1370 1380 1390 1400 pF1KSD S CCDS30 AGSAQQQGDQSIRTRQSSECSESPSYSPQPQPFPQNSSQSAAITQPSSQPGSQPKLGPPQ 1410 1420 1430 1440 1450 1460 >>CCDS75266.1 PAPD4 gene_id:167153|Hs108|chr5 (480 aa) initn: 502 init1: 257 opt: 549 Z-score: 415.6 bits: 87.4 E(32554): 7.9e-17 Smith-Waterman score: 549; 32.7% identity (61.6% similar) in 336 aa overlap (514-841:132-455) 490 500 510 520 530 540 pF1KSD YEFSKLIFTKGKSPTVVCSLCKREGHLKKDCPEDFKRIQ-LEPLPPLTPKFLNILDQVCI : :..: ::: :. . :.: . CCDS75 VVNQIVPLSGERRYSMPPLFHTHYVPDIVRCVPPFREIAFLEPREITLPEAKDKLSQQIL 110 120 130 140 150 160 550 560 570 580 590 600 pF1KSD QCYKDFSPTIIEDQAREHIRQNLESFIRQDFPGTKLSLFGSSKNGFGFKQSDLDVCMTIN . .. . : . . .: : .:. :. :: ..: : ::: :::: ..:: :.:.... CCDS75 ELFETCQQQISDLKKKELCRTQLQREIQLLFPQSRLFLVGSSLNGFGTRSSDGDLCLVVK 170 180 190 200 210 220 610 620 630 640 650 pF1KSD GLETAEGLDCVRTIEELARVLRKH-----SGLRNILPITTAKVPIVKFFHLRSGLEVDIS : .. ... ...:: :: . . :::::::: : .: :.. CCDS75 ----EEPVNQKTEARHILTLVHKHFCTRLSGYIERPQLIRAKVPIVKFRDKVSCVEFDLN 230 240 250 260 270 660 670 680 690 700 710 pF1KSD LYNTLALHNTRLLSAYSAIDPRVKYLCYTMKVFTKMCDIGDASRGSLSSYAYTLMVLYFL . : ....:: :: .:. .. ::. : ..: ... .:.:::::.::::. .::::..: CCDS75 VNNIVGIRNTFLLRTYAYLENRVRPLVLVIKKWASHHQINDASRGTLSSYSLVLMVLHYL 280 290 300 310 320 330 720 730 740 750 760 770 pF1KSD QQRNPPVIPVLQEIYKGEKKPEIFVDGWNIYFFDQID-ELPTYWSECGKNTESVGQLWLG : :..: ::.:: :: : . .... : ..: : : :: ..:.: :: CCDS75 QTLPEPILPSLQKIY-----PESFSPAIQLHLVHQAPCNVPPYLS---KNESNLGDLLLG 340 350 360 370 380 780 790 800 810 820 830 pF1KSD LLRFYTEEFDFKEHVISIRR-KSLLTTFKKQWTSKYIVIEDPFDLNHNLGAGLSRKMTNF .:..:. :::.. ..::.:. :.. .: .::: .:.::: ... : .. .. CCDS75 FLKYYATEFDWNSQMISVREAKAIPRPDGIEWRNKYICVEEPFDGTNTARAVHEKQKFDM 390 400 410 420 430 440 840 850 860 870 880 890 pF1KSD IMKAFINGRRVFGIPVKGFPKDYPSKMEYFFDPDVLTEGELAPNDRCCRICGKIGHFMKD : :. CCDS75 IKDQFLKSWHRLKNKRDLNSILPVRAAVLKR 450 460 470 480 >>CCDS4048.1 PAPD4 gene_id:167153|Hs108|chr5 (484 aa) initn: 502 init1: 257 opt: 548 Z-score: 414.9 bits: 87.3 E(32554): 8.7e-17 Smith-Waterman score: 548; 32.4% identity (61.3% similar) in 336 aa overlap (514-841:132-459) 490 500 510 520 530 540 pF1KSD YEFSKLIFTKGKSPTVVCSLCKREGHLKKDCPEDFKRIQ-LEPLPPLTPKFLNILDQVCI : :..: ::: :. . :.: . CCDS40 VVNQIVPLSGERRYSMPPLFHTHYVPDIVRCVPPFREIAFLEPREITLPEAKDKLSQQIL 110 120 130 140 150 160 550 560 570 580 590 600 pF1KSD QCYKDFSPTIIEDQAREHIRQNLESFIRQDFPGTKLSLFGSSKNGFGFKQSDLDVCMTIN . .. . : . . .: : .:. :. :: ..: : ::: :::: ..:: :.:.... CCDS40 ELFETCQQQISDLKKKELCRTQLQREIQLLFPQSRLFLVGSSLNGFGTRSSDGDLCLVVK 170 180 190 200 210 220 610 620 630 640 650 pF1KSD GLETAEGLDCVRTIEELARVLRKH-----SGLRNILPITTAKVPIVKFFHLRSGLEVDIS .. ... ...:: :: . . :::::::: : .: :.. CCDS40 EEPCFFQVNQKTEARHILTLVHKHFCTRLSGYIERPQLIRAKVPIVKFRDKVSCVEFDLN 230 240 250 260 270 280 660 670 680 690 700 710 pF1KSD LYNTLALHNTRLLSAYSAIDPRVKYLCYTMKVFTKMCDIGDASRGSLSSYAYTLMVLYFL . : ....:: :: .:. .. ::. : ..: ... .:.:::::.::::. .::::..: CCDS40 VNNIVGIRNTFLLRTYAYLENRVRPLVLVIKKWASHHQINDASRGTLSSYSLVLMVLHYL 290 300 310 320 330 340 720 730 740 750 760 770 pF1KSD QQRNPPVIPVLQEIYKGEKKPEIFVDGWNIYFFDQID-ELPTYWSECGKNTESVGQLWLG : :..: ::.:: :: : . .... : ..: : : :: ..:.: :: CCDS40 QTLPEPILPSLQKIY-----PESFSPAIQLHLVHQAPCNVPPYLS---KNESNLGDLLLG 350 360 370 380 390 780 790 800 810 820 830 pF1KSD LLRFYTEEFDFKEHVISIRR-KSLLTTFKKQWTSKYIVIEDPFDLNHNLGAGLSRKMTNF .:..:. :::.. ..::.:. :.. .: .::: .:.::: ... : .. .. CCDS40 FLKYYATEFDWNSQMISVREAKAIPRPDGIEWRNKYICVEEPFDGTNTARAVHEKQKFDM 400 410 420 430 440 450 840 850 860 870 880 890 pF1KSD IMKAFINGRRVFGIPVKGFPKDYPSKMEYFFDPDVLTEGELAPNDRCCRICGKIGHFMKD : :. CCDS40 IKDQFLKSWHRLKNKRDLNSILPVRAAVLKR 460 470 480 1031 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Thu Nov 3 07:00:35 2016 done: Thu Nov 3 07:00:36 2016 Total Scan time: 4.410 Total Display time: 0.250 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]