seq1 = pF1KSDA1704.tfa, 1020 bp
seq2 = pF1KSDA1704/gi568815585f_44889655.tfa (gi568815585f:44889655_45128000), 238346 bp

>pF1KSDA1704 1020
>gi568815585f:44889655_45128000 (Chr13)

1-88  (100001-100088)   100% ->
89-221  (114651-114783)   100% ->
222-323  (116548-116649)   100% ->
324-408  (119141-119225)   100% ->
409-540  (125298-125429)   100% ->
541-705  (125778-125942)   100% ->
706-804  (130676-130774)   100% ->
805-1020  (138131-138346)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAAGAGACCTGATCGGACCGGCCCTGCCGCCCGGCTTCAAGGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAAGAGACCTGATCGGACCGGCCCTGCCGCCCGGCTTCAAGGCCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGAACAGCGGAGGACGAAGAGCGGGACCCGAGCCCTG         TTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100051 CGGAACAGCGGAGGACGAAGAGCGGGACCCGAGCCCTGGTA...TAGTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGGACCAGCTCTGCCCCCTAATTATAAAAGCAGTAGTTCAGATTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114654 CAGGACCAGCTCTGCCCCCTAATTATAAAAGCAGTAGTTCAGATTCATCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACAGCGATGAAGACAGTAGTTCTTTGTACGAAGAAGGAAATCAAGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114704 GACAGCGATGAAGACAGTAGTTCTTTGTACGAAGAAGGAAATCAAGAATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAAGAAGATGACAGTGGTCCAACTGCAAG         AAAACAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 114754 TGAAGAAGATGACAGTGGTCCAACTGCAAGGTC...CAGAAAACAGAGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAAATCAGGATGATGACGATGATGATGATGATGGGTTTTTTGGACCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116559 AAAATCAGGATGATGACGATGATGATGATGATGGGTTTTTTGGACCAGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTTCCTCCTGGATTTAAAAAGCAGGATGATTCTCCTCCAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 116609 CTTCCTCCTGGATTTAAAAAGCAGGATGATTCTCCTCCAAGGTG...CAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCCCATAATAGGTCCTGCATTGCCACCTGGTTTCATTAAATCTACACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119141 GCCCATAATAGGTCCTGCATTGCCACCTGGTTTCATTAAATCTACACAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAAGTGACAAGGGCAGAGATGATCCAGGACAACAG         GAAACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 119191 AAAGTGACAAGGGCAGAGATGATCCAGGACAACAGGTA...AAGGAAACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GACAGCAGTGAAGATGAGGATATTATTGGACCAATGCCTGCAAAAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125304 GACAGCAGTGAAGATGAGGATATTATTGGACCAATGCCTGCAAAAGGACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGTTAACTATAATGTAACGACAGAGTTTGAAAAAAGGGCCCAGAGAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125354 AGTTAACTATAATGTAACGACAGAGTTTGAAAAAAGGGCCCAGAGAATGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAGAAAAACTGACCAAAGGAGATGAT         GATTCATCTAAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 125404 AAGAAAAACTGACCAAAGGAGATGATGTA...AAGGATTCATCTAAACCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATTGTAAGAGAGTCATGGATGACTGAACTTCCTCCAGAAATGAAAGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125793 ATTGTAAGAGAGTCATGGATGACTGAACTTCCTCCAGAAATGAAAGACTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGGTCTTGGGCCAAGGACTTTTAAGAGAAGAGCTGATGACACATCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125843 TGGTCTTGGGCCAAGGACTTTTAAGAGAAGAGCTGATGACACATCTGGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATCGATCAATCTGGACAGATACTCCAGCTGATAGGGAAAGGAAAGCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125893 ATCGATCAATCTGGACAGATACTCCAGCTGATAGGGAAAGGAAAGCTAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706          GAAACACAAGAAGCAAGGAAGTCATCCAGTAAGAAAGATGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125943 GTG...CAGGAAACACAAGAAGCAAGGAAGTCATCCAGTAAGAAAGATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGAACATATATTATCAGGAAGAGATAAGAGACTGGCTGAGCAGGTATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130717 AGAACATATATTATCAGGAAGAGATAAGAGACTGGCTGAGCAGGTATCTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CATACAAT         GAATCAAAAAGATCAGAATCTCTTATGGACATA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 130767 CATACAATGTA...CAGGAATCAAAAAGATCAGAATCTCTTATGGACATA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CATCATAAAAAGTTAAAGAGTAAGGCTGCTGAAGACAAAAATAAGCTTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 138164 CATCATAAAAAGTTAAAGAGTAAGGCTGCTGAAGACAAAAATAAGCCTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGAGAGAATACCATTTGACCGTGATAAAGATCTCAAGGTTAATCGGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138214 AGAGAGAATACCATTTGACCGTGATAAAGATCTCAAGGTTAATCGGTTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATGAAGCTCAGAAAAAAGCCCTAATAAAAAAATCTAGAGAACTAAACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138264 ATGAAGCTCAGAAAAAAGCCCTAATAAAAAAATCTAGAGAACTAAACACC

   1050     .    :    .    :    .    :
    988 AGATTTTCACACGGCAAAGGCAATATGTTTTTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 138314 AGATTTTCACACGGCAAAGGCAATATGTTTTTA