Result of FASTA (ccds) for pF1KSDA1562
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA1562, 1135 aa
  1>>>pF1KSDA1562 1135 - 1135 aa - 1135 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7677+/-0.00121; mu= 15.5683+/- 0.073
 mean_var=102.4150+/-20.103, 0's: 0 Z-trim(104.2): 189  B-trim: 0 in 0/51
 Lambda= 0.126734
 statistics sampled from 7578 (7768) to 7578 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.586), E-opt: 0.2 (0.239), width:  16
 Scan time:  4.230

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS34064.1 PCDH18 gene_id:54510|Hs108|chr4        (1135) 7455 1374.7       0
CCDS75193.1 PCDH18 gene_id:54510|Hs108|chr4        (1134) 7436 1371.2       0
CCDS48141.1 PCDH19 gene_id:57526|Hs108|chrX        (1100) 2003 377.9 7.3e-104
CCDS43976.1 PCDH19 gene_id:57526|Hs108|chrX        (1101) 1996 376.6 1.8e-103
CCDS55462.1 PCDH19 gene_id:57526|Hs108|chrX        (1148) 1805 341.7 5.9e-93
CCDS54913.1 PCDHA1 gene_id:56147|Hs108|chr5        ( 950) 1600 304.2 9.7e-82
CCDS54915.1 PCDHA3 gene_id:56145|Hs108|chr5        ( 950) 1594 303.1 2.1e-81
CCDS4242.1 PCDHAC2 gene_id:56134|Hs108|chr5        (1007) 1571 298.9   4e-80
CCDS54917.1 PCDHA5 gene_id:56143|Hs108|chr5        ( 936) 1568 298.3 5.5e-80
CCDS54916.1 PCDHA4 gene_id:56144|Hs108|chr5        ( 947) 1558 296.5   2e-79
CCDS54919.1 PCDHA8 gene_id:56140|Hs108|chr5        ( 950) 1554 295.7 3.3e-79
CCDS64269.1 PCDHA2 gene_id:56146|Hs108|chr5        ( 808) 1550 295.0 4.8e-79
CCDS54914.1 PCDHA2 gene_id:56146|Hs108|chr5        ( 948) 1550 295.0 5.5e-79
CCDS75349.1 PCDHGC4 gene_id:56098|Hs108|chr5       ( 871) 1539 293.0 2.1e-78
CCDS4262.1 PCDHGC4 gene_id:56098|Hs108|chr5        ( 938) 1539 293.0 2.2e-78
CCDS75325.1 PCDHA10 gene_id:56139|Hs108|chr5       ( 844) 1537 292.6 2.6e-78
CCDS54921.1 PCDHA10 gene_id:56139|Hs108|chr5       ( 948) 1537 292.6 2.8e-78
CCDS4240.1 PCDHA13 gene_id:56136|Hs108|chr5        ( 950) 1528 291.0 8.9e-78
CCDS75350.1 PCDHGC5 gene_id:56097|Hs108|chr5       ( 878) 1527 290.8 9.4e-78
CCDS4263.1 PCDHGC5 gene_id:56097|Hs108|chr5        ( 944) 1527 290.8   1e-77
CCDS54920.1 PCDHA9 gene_id:9752|Hs108|chr5         ( 950) 1527 290.8   1e-77
CCDS75348.1 PCDHGC3 gene_id:5098|Hs108|chr5        ( 863) 1519 289.3 2.6e-77
CCDS4269.1 PCDH12 gene_id:51294|Hs108|chr5         (1184) 1521 289.8 2.6e-77
CCDS4261.1 PCDHGC3 gene_id:5098|Hs108|chr5         ( 934) 1519 289.3 2.7e-77
CCDS75327.1 PCDHA12 gene_id:56137|Hs108|chr5       ( 792) 1506 286.9 1.2e-76
CCDS54918.1 PCDHA7 gene_id:56141|Hs108|chr5        ( 937) 1507 287.1 1.3e-76
CCDS47285.1 PCDHA12 gene_id:56137|Hs108|chr5       ( 941) 1506 287.0 1.4e-76
CCDS47281.1 PCDHA6 gene_id:56142|Hs108|chr5        ( 950) 1496 285.1 5.1e-76
CCDS75192.1 PCDH10 gene_id:57575|Hs108|chr4        ( 896) 1431 273.2 1.8e-72
CCDS34063.1 PCDH10 gene_id:57575|Hs108|chr4        (1040) 1431 273.3 2.1e-72
CCDS75326.1 PCDHA11 gene_id:56138|Hs108|chr5       ( 810) 1323 253.5 1.5e-66
CCDS47284.1 PCDHA11 gene_id:56138|Hs108|chr5       ( 949) 1323 253.5 1.7e-66
CCDS54912.1 PCDHA1 gene_id:56147|Hs108|chr5        ( 686) 1311 251.2 5.9e-66
CCDS34255.1 PCDHA10 gene_id:56139|Hs108|chr5       ( 685) 1277 245.0 4.4e-64
CCDS4241.1 PCDHAC1 gene_id:56135|Hs108|chr5        ( 963) 1257 241.4 7.4e-63
CCDS47282.1 PCDHA6 gene_id:56142|Hs108|chr5        ( 686) 1227 235.9 2.5e-61
CCDS81769.1 PCDH9 gene_id:5101|Hs108|chr13         (1032) 1228 236.2 3.1e-61
CCDS81770.1 PCDH9 gene_id:5101|Hs108|chr13         (1195) 1228 236.2 3.5e-61
CCDS9443.1 PCDH9 gene_id:5101|Hs108|chr13          (1203) 1228 236.2 3.5e-61
CCDS9444.1 PCDH9 gene_id:5101|Hs108|chr13          (1237) 1228 236.2 3.6e-61
CCDS14776.1 PCDH11Y gene_id:83259|Hs108|chrY       (1037) 1192 229.6   3e-59
CCDS14777.1 PCDH11Y gene_id:83259|Hs108|chrY       (1048) 1192 229.6   3e-59
CCDS55458.1 PCDH11X gene_id:27328|Hs108|chrX       (1065) 1191 229.4 3.5e-59
CCDS76066.1 PCDH11Y gene_id:83259|Hs108|chrY       (1340) 1192 229.6 3.7e-59
CCDS55461.1 PCDH11X gene_id:27328|Hs108|chrX       (1310) 1191 229.4 4.1e-59
CCDS55460.1 PCDH11X gene_id:27328|Hs108|chrX       (1329) 1191 229.4 4.2e-59
CCDS14462.1 PCDH11X gene_id:27328|Hs108|chrX       (1337) 1191 229.4 4.2e-59
CCDS55459.1 PCDH11X gene_id:27328|Hs108|chrX       (1339) 1191 229.4 4.2e-59
CCDS14461.1 PCDH11X gene_id:27328|Hs108|chrX       (1347) 1191 229.4 4.2e-59
CCDS75343.1 PCDHGA10 gene_id:56106|Hs108|chr5      ( 850)  995 193.5 1.8e-48


>>CCDS34064.1 PCDH18 gene_id:54510|Hs108|chr4             (1135 aa)
 initn: 7455 init1: 7455 opt: 7455  Z-score: 7365.3  bits: 1374.7 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 7455; 100.0% identity (100.0% similar) in 1135 aa overlap (1-1135:1-1135)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDSN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDSN
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD DNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKID
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 DNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKID
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD SERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININLMS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININLMS
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLILTN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLILTN
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD ATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENNSP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 ATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENNSP
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD ITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEITIPKGAESGFHV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 ITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEITIPKGAESGFHV
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD TRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVIIQD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVIIQD
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSVSQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVLF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSVSQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVLF
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD ATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLVPTINGTLPIRSHHRSSPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 ATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLVPTINGTLPIRSHHRSSPS
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KSD SSPTLERGQMGSRQSHNSHQSLNSLVTISSNHVPENFSLELTHATPAVEQVSQLLSMLHQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SSPTLERGQMGSRQSHNSHQSLNSLVTISSNHVPENFSLELTHATPAVEQVSQLLSMLHQ
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KSD GQYQPRPSFRGNKYSRSYRYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDSDYDLGRDSPIDRLLGEG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 GQYQPRPSFRGNKYSRSYRYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDSDYDLGRDSPIDRLLGEG
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KSD FSDLFLTDGRIPAAMRLCTEECRVLGHSDQCWMPPLPSPSSDYRSNMFIPGEEFPTQPQQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 FSDLFLTDGRIPAAMRLCTEECRVLGHSDQCWMPPLPSPSSDYRSNMFIPGEEFPTQPQQ
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KSD QHPHQSLEDDAQPADSGEKKKSFSTFGKDSPNDEDTGDTSTSSLLSEMSSVFQRLLPPSL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 QHPHQSLEDDAQPADSGEKKKSFSTFGKDSPNDEDTGDTSTSSLLSEMSSVFQRLLPPSL
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KSD DTYSECSEVDRSNSLERRKGPLPAKTVGYPQGVAAWAASTHFQNPTTNCGPPLGTHSSVQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 DTYSECSEVDRSNSLERRKGPLPAKTVGYPQGVAAWAASTHFQNPTTNCGPPLGTHSSVQ
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130     
pF1KSD PSSKWLPAMEEIPENYEEDDFDNVLNHLNDGKHELMDASELVAEINKLLQDVRQS
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PSSKWLPAMEEIPENYEEDDFDNVLNHLNDGKHELMDASELVAEINKLLQDVRQS
             1090      1100      1110      1120      1130     

>>CCDS75193.1 PCDH18 gene_id:54510|Hs108|chr4             (1134 aa)
 initn: 5345 init1: 5345 opt: 7436  Z-score: 7346.6  bits: 1371.2 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 7436; 99.9% identity (99.9% similar) in 1135 aa overlap (1-1135:1-1134)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
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pF1KSD FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
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pF1KSD FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDSN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDSN
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 DNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKID
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININLMS
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLILTN
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pF1KSD ATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENNSP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 ATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENNSP
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pF1KSD GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
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pF1KSD ITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEITIPKGAESGFHV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 ITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEITIPKGAESGFHV
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pF1KSD TRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVIIQD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 TRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVIIQD
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pF1KSD KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSVSQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVLF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSVSQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVLF
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pF1KSD ATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLVPTINGTLPIRSHHRSSPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 ATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLVPTINGTLPIRSHHRSSPS
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pF1KSD SSPTLERGQMGSRQSHNSHQSLNSLVTISSNHVPENFSLELTHATPAVEQVSQLLSMLHQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::
CCDS75 SSPTLERGQMGSRQSHNSHQSLNSLVTISSNHVPENFSLELTHATPAVE-VSQLLSMLHQ
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pF1KSD GQYQPRPSFRGNKYSRSYRYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDSDYDLGRDSPIDRLLGEG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 GQYQPRPSFRGNKYSRSYRYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDSDYDLGRDSPIDRLLGEG
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pF1KSD FSDLFLTDGRIPAAMRLCTEECRVLGHSDQCWMPPLPSPSSDYRSNMFIPGEEFPTQPQQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 FSDLFLTDGRIPAAMRLCTEECRVLGHSDQCWMPPLPSPSSDYRSNMFIPGEEFPTQPQQ
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pF1KSD QHPHQSLEDDAQPADSGEKKKSFSTFGKDSPNDEDTGDTSTSSLLSEMSSVFQRLLPPSL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 QHPHQSLEDDAQPADSGEKKKSFSTFGKDSPNDEDTGDTSTSSLLSEMSSVFQRLLPPSL
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pF1KSD DTYSECSEVDRSNSLERRKGPLPAKTVGYPQGVAAWAASTHFQNPTTNCGPPLGTHSSVQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 DTYSECSEVDRSNSLERRKGPLPAKTVGYPQGVAAWAASTHFQNPTTNCGPPLGTHSSVQ
    1020      1030      1040      1050      1060      1070         

             1090      1100      1110      1120      1130     
pF1KSD PSSKWLPAMEEIPENYEEDDFDNVLNHLNDGKHELMDASELVAEINKLLQDVRQS
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 PSSKWLPAMEEIPENYEEDDFDNVLNHLNDGKHELMDASELVAEINKLLQDVRQS
    1080      1090      1100      1110      1120      1130    

>>CCDS48141.1 PCDH19 gene_id:57526|Hs108|chrX             (1100 aa)
 initn: 1736 init1: 837 opt: 2003  Z-score: 1978.2  bits: 377.9 E(32554): 7.3e-104
Smith-Waterman score: 2211; 37.1% identity (66.9% similar) in 1092 aa overlap (13-1071:8-1057)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
                   :. :: . ... .   :::: . ::::.:.::: ...:. .. . :  
CCDS48      MESLLLPVLLLLAILWTQAAALINLKYSVEEEQRAGTVIANVAKDAREAGFALDP
                    10        20        30        40        50     

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
        ..  ::... .   :. .: ..: .     :::. ::... .: : ..:..     ...
CCDS48 RQASAFRVVSNSAPHLVDINPSSGLLVTKQKIDRDLLCRQSPKCIISLEVMS---SSMEI
          60        70        80        90       100          110  

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
         :.::. :.:::.:.:  . : .::::.:. :::::::::.::: :  ...:: :. :.
CCDS48 CVIKVEIKDLNDNAPSFPAAQIELEISEAASPGTRIPLDSAYDPDSGSFGVQTYELTPNE
            120       130       140       150       160       170  

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDSN
       .:..:..:: ::...:::.: . :::: .: : ...:: : : : : :.  :.:...:::
CCDS48 LFGLEIKTRGDGSRFAELVVEKSLDRETQSHYSFRITALDGGDPPRLGTVGLSIKVTDSN
            180       190       200       210       220       230  

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD DNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKID
       ::.:.: ...: ... :::: .: .. :::.:::::.::..:::: ..:. .  : :.::
CCDS48 DNNPVFSESTYAVSVPENSPPNTPVIRLNASDPDEGTNGQVVYSFYGYVNDRTRELFQID
            240       250       260       270       280       290  

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD SERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININLMS
        . : .:.   .:::  . ::.::::.::::::::::::. ..:.:.::: : :  ::.:
CCDS48 PHSGLVTVTGALDYEEGHVYELDVQAKDLGPNSIPAHCKVTVSVLDTNDNPPVI--NLLS
            300       310       320       330       340         350

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLILTN
        ..: .  . :. :    .:::::.:.::::::.. :.: :.  :.::. ::.   ::..
CCDS48 VNSELVE-VSESAPPGYVIALVRVSDRDSGLNGRVQCRLLGNVPFRLQE-YESFSTILVD
               360       370       380       390        400        

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD ATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENNSP
       . ::::....:.::. :.: :.: :...: ::: :.: ::: :::..  :. ...:::.:
CCDS48 GRLDREQHDQYNLTIQARDGGVPMLQSAKSFTVLITDENDNHPHFSKPYYQVIVQENNTP
      410       420       430       440       450       460        

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
       :::. .:.: ::::: ::.:.: :. : .    . :::.:.:..: ::::: :.::... 
CCDS48 GAYLLSVSARDPDLGLNGSVSYQIVPSQVRDMPVFTYVSINPNSGDIYALRSFNHEQTKA
      470       480       490       500       510       520        

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD ITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEITIPKGAESGFHV
       . : : :.::: :. : ::.:: . :.: :::.::. .: : :.:::. ::...  :. :
CCDS48 FEFKVLAKDGGLPS-LQSNATVRVIILDVNDNTPVITAPPLINGTAEVYIPRNSGIGYLV
      530       540        550       560       570       580       

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD TRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVIIQD
       : ..: : : : :....  .. :.. ..: ::  . ...:. ..     . .:: :. .:
CCDS48 TVVKAEDYDEGENGRVTYDMTEGDR-GFFEIDQVNGEVRTTRTFGESSKSSYELIVVAHD
       590       600       610        620       630       640      

              670       680       690        700       710         
pF1KSD KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSV-SQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVL
       .:. .: ...:.  .:.       : :. .  :..:...:.:.::.::.: ..:.: :..
CCDS48 HGKTSLSASALV--LIY------LSPALDAQESMGSVNLSLIFIIALGSIAGILFVTMIF
        650         660             670       680       690        

     720       730       740       750        760        770       
pF1KSD FATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQ-IHKGDITLVPT-INGTLPIRSHHRS
        : .:.:..:. :.::::.:: .: :. :  ... : :.:: :::  .. :  .     :
CCDS48 VAIKCKRDNKEIRTYNCRIAEYSYGHQKKSSKKKKISKNDIRLVPRDVEETDKMNVVSCS
      700       710       720       730       740       750        

       780            790       800         810       820       830
pF1KSD SPSSSPT-LERGQ----MGSRQSHNSHQSLNSLVT--ISSNHVPENFSLELTHATPAVEQ
       : .:: . ..  :    .: :.:...  ....  :   :.::. .       :.  .  :
CCDS48 SLTSSLNYFDYHQQTLPLGCRRSESTFLNVENQNTRNTSANHIYH-------HSFNS--Q
      760       770       780       790       800                  

              840          850           860       870       880   
pF1KSD VSQLLSMLHQGQYQPRP---SFRGNKY-SRSY---RYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDS
         :  ... .:   :.    :: .:   ::..     ...:..  ::::::. .:.  ::
CCDS48 GPQQPDLIINGVPLPETENYSFDSNYVNSRAHLIKSSTFKDLEGNSLKDSGHEESDQTDS
     810       820       830       840       850       860         

               890       900         910       920       930       
pF1KSD DYDLGR----DSPIDRLLGEGFSDLF--LTDGRIPAAMRLCTEECRVLGHSDQCWMP--P
       ..:. :    :. .. .:. . ...   . :     ... : ::::.:::::.::::  :
CCDS48 EHDVQRSLYCDTAVNDVLNTSVTSMGSQMPDHDQNEGFH-CREECRILGHSDRCWMPRNP
     870       880       890       900        910       920        

           940       950       960       970       980       990   
pF1KSD LP--SPSSDYRSNMFIPGEEFPTQPQQQHPHQSLEDDAQPADSGEKKKSFSTFGKDSPND
       .:  : : ..  :..  . :            .  :     : :  :..:.:::::  .:
CCDS48 MPIRSKSPEHVRNIIALSIE-----------ATAADVEAYDDCGPTKRTFATFGKDV-SD
      930       940                  950       960       970       

          1000      1010      1020           1030      1040        
pF1KSD EDTGDTSTSSLLSEMSSVFQRLLPPSLDTY-----SECSEVDRSNSLERRKGPLPAK-TV
       . . .  :   :.   .:   .  :....      . :  ..  .:  . :. ::.: .:
CCDS48 HPAEERPT---LKGKRTVDVTICSPKVNSVIREAGNGCEAISPVTSPLHLKSSLPTKPSV
        980          990      1000      1010      1020      1030   

      1050      1060      1070      1080      1090      1100       
pF1KSD GYPQGVAAWAASTHFQNPTTNCGPPLGTHSSVQPSSKWLPAMEEIPENYEEDDFDNVLNH
       .:  ..:  : . .    ..: ::                                    
CCDS48 SYTIALAPPARDLEQYVNNVNNGPTRPSEAEPRGADSEKVMHEVSPILKEGRNKESPGVK
          1040      1050      1060      1070      1080      1090   

>>CCDS43976.1 PCDH19 gene_id:57526|Hs108|chrX             (1101 aa)
 initn: 1620 init1: 837 opt: 1996  Z-score: 1971.3  bits: 376.6 E(32554): 1.8e-103
Smith-Waterman score: 2209; 37.1% identity (66.9% similar) in 1093 aa overlap (13-1071:8-1058)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
                   :. :: . ... .   :::: . ::::.:.::: ...:. .. . :  
CCDS43      MESLLLPVLLLLAILWTQAAALINLKYSVEEEQRAGTVIANVAKDAREAGFALDP
                    10        20        30        40        50     

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
        ..  ::... .   :. .: ..: .     :::. ::... .: : ..:..     ...
CCDS43 RQASAFRVVSNSAPHLVDINPSSGLLVTKQKIDRDLLCRQSPKCIISLEVMS---SSMEI
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pF1KSD FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
         :.::. :.:::.:.:  . : .::::.:. :::::::::.::: :  ...:: :. :.
CCDS43 CVIKVEIKDLNDNAPSFPAAQIELEISEAASPGTRIPLDSAYDPDSGSFGVQTYELTPNE
            120       130       140       150       160       170  

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pF1KSD FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDSN
       .:..:..:: ::...:::.: . :::: .: : ...:: : : : : :.  :.:...:::
CCDS43 LFGLEIKTRGDGSRFAELVVEKSLDRETQSHYSFRITALDGGDPPRLGTVGLSIKVTDSN
            180       190       200       210       220       230  

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pF1KSD DNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKID
       ::.:.: ...: ... :::: .: .. :::.:::::.::..:::: ..:. .  : :.::
CCDS43 DNNPVFSESTYAVSVPENSPPNTPVIRLNASDPDEGTNGQVVYSFYGYVNDRTRELFQID
            240       250       260       270       280       290  

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD SERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININLMS
        . : .:.   .:::  . ::.::::.::::::::::::. ..:.:.::: : :  ::.:
CCDS43 PHSGLVTVTGALDYEEGHVYELDVQAKDLGPNSIPAHCKVTVSVLDTNDNPPVI--NLLS
            300       310       320       330       340         350

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pF1KSD PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLILTN
        ..: .  . :. :    .:::::.:.::::::.. :.: :.  :.::. ::.   ::..
CCDS43 VNSELVE-VSESAPPGYVIALVRVSDRDSGLNGRVQCRLLGNVPFRLQE-YESFSTILVD
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              430       440       450       460       470       480
pF1KSD ATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENNSP
       . ::::....:.::. :.: :.: :...: ::: :.: ::: :::..  :. ...:::.:
CCDS43 GRLDREQHDQYNLTIQARDGGVPMLQSAKSFTVLITDENDNHPHFSKPYYQVIVQENNTP
      410       420       430       440       450       460        

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
       :::. .:.: ::::: ::.:.: :. : .    . :::.:.:..: ::::: :.::... 
CCDS43 GAYLLSVSARDPDLGLNGSVSYQIVPSQVRDMPVFTYVSINPNSGDIYALRSFNHEQTKA
      470       480       490       500       510       520        

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pF1KSD ITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEITIPKGAESGFHV
       . : : :.::: :. : ::.:: . :.: :::.::. .: : :.:::. ::...  :. :
CCDS43 FEFKVLAKDGGLPS-LQSNATVRVIILDVNDNTPVITAPPLINGTAEVYIPRNSGIGYLV
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pF1KSD TRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVIIQD
       : ..: : : : :....  .. :.. ..: ::  . ...:. ..     . .:: :. .:
CCDS43 TVVKAEDYDEGENGRVTYDMTEGDR-GFFEIDQVNGEVRTTRTFGESSKSSYELIVVAHD
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pF1KSD KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSV-SQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVL
       .:. .: ...:.  .:.       : :. .  :..:...:.:.::.::.: ..:.: :..
CCDS43 HGKTSLSASALV--LIY------LSPALDAQESMGSVNLSLIFIIALGSIAGILFVTMIF
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pF1KSD FATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQ-IHKGDITLVPT-INGTLPIRSHHRS
        : .:.:..:. :.::::.:: .: :. :  ... : :.:: :::  .. :  .     :
CCDS43 VAIKCKRDNKEIRTYNCRIAEYSYGHQKKSSKKKKISKNDIRLVPRDVEETDKMNVVSCS
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pF1KSD SPSSSPT-LERGQ----MGSRQSHNSHQSLNSLVT--ISSNHVPENFSLELTHATPAVEQ
       : .:: . ..  :    .: :.:...  ....  :   :.::. .       :.  .  :
CCDS43 SLTSSLNYFDYHQQTLPLGCRRSESTFLNVENQNTRNTSANHIYH-------HSFNS--Q
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pF1KSD VSQLLSMLHQGQYQPRP---SFRGNKY-SRSY----RYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGD
         :  ... .:   :.    :: .:   ::..      ...:..  ::::::. .:.  :
CCDS43 GPQQPDLIINGVPLPETENYSFDSNYVNSRAHLIKSSSTFKDLEGNSLKDSGHEESDQTD
     810       820       830       840       850       860         

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pF1KSD SDYDLGR----DSPIDRLLGEGFSDLF--LTDGRIPAAMRLCTEECRVLGHSDQCWMP--
       :..:. :    :. .. .:. . ...   . :     ... : ::::.:::::.::::  
CCDS43 SEHDVQRSLYCDTAVNDVLNTSVTSMGSQMPDHDQNEGFH-CREECRILGHSDRCWMPRN
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pF1KSD PLP--SPSSDYRSNMFIPGEEFPTQPQQQHPHQSLEDDAQPADSGEKKKSFSTFGKDSPN
       :.:  : : ..  :..  . :            .  :     : :  :..:.:::::  .
CCDS43 PMPIRSKSPEHVRNIIALSIE-----------ATAADVEAYDDCGPTKRTFATFGKDV-S
      930       940                  950       960       970       

           1000      1010      1020           1030      1040       
pF1KSD DEDTGDTSTSSLLSEMSSVFQRLLPPSLDTY-----SECSEVDRSNSLERRKGPLPAK-T
       :. . .  :   :.   .:   .  :....      . :  ..  .:  . :. ::.: .
CCDS43 DHPAEERPT---LKGKRTVDVTICSPKVNSVIREAGNGCEAISPVTSPLHLKSSLPTKPS
        980          990      1000      1010      1020      1030   

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pF1KSD VGYPQGVAAWAASTHFQNPTTNCGPPLGTHSSVQPSSKWLPAMEEIPENYEEDDFDNVLN
       :.:  ..:  : . .    ..: ::                                   
CCDS43 VSYTIALAPPARDLEQYVNNVNNGPTRPSEAEPRGADSEKVMHEVSPILKEGRNKESPGV
          1040      1050      1060      1070      1080      1090   

>>CCDS55462.1 PCDH19 gene_id:57526|Hs108|chrX             (1148 aa)
 initn: 1736 init1: 837 opt: 1805  Z-score: 1782.3  bits: 341.7 E(32554): 5.9e-93
Smith-Waterman score: 2105; 35.5% identity (64.1% similar) in 1140 aa overlap (13-1071:8-1105)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
                   :. :: . ... .   :::: . ::::.:.::: ...:. .. . :  
CCDS55      MESLLLPVLLLLAILWTQAAALINLKYSVEEEQRAGTVIANVAKDAREAGFALDP
                    10        20        30        40        50     

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pF1KSD PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
        ..  ::... .   :. .: ..: .     :::. ::... .: : ..:..     ...
CCDS55 RQASAFRVVSNSAPHLVDINPSSGLLVTKQKIDRDLLCRQSPKCIISLEVMS---SSMEI
          60        70        80        90       100          110  

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
         :.::. :.:::.:.:  . : .::::.:. :::::::::.::: :  ...:: :. :.
CCDS55 CVIKVEIKDLNDNAPSFPAAQIELEISEAASPGTRIPLDSAYDPDSGSFGVQTYELTPNE
            120       130       140       150       160       170  

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pF1KSD FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDSN
       .:..:..:: ::...:::.: . :::: .: : ...:: : : : : :.  :.:...:::
CCDS55 LFGLEIKTRGDGSRFAELVVEKSLDRETQSHYSFRITALDGGDPPRLGTVGLSIKVTDSN
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pF1KSD DNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKID
       ::.:.: ...: ... :::: .: .. :::.:::::.::..:::: ..:. .  : :.::
CCDS55 DNNPVFSESTYAVSVPENSPPNTPVIRLNASDPDEGTNGQVVYSFYGYVNDRTRELFQID
            240       250       260       270       280       290  

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pF1KSD SERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININLMS
        . : .:.   .:::  . ::.::::.::::::::::::. ..:.:.::: : :  ::.:
CCDS55 PHSGLVTVTGALDYEEGHVYELDVQAKDLGPNSIPAHCKVTVSVLDTNDNPPVI--NLLS
            300       310       320       330       340         350

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLILTN
        ..: .  . :. :    .:::::.:.::::::.. :.: :.  :.::. ::.   ::..
CCDS55 VNSELVE-VSESAPPGYVIALVRVSDRDSGLNGRVQCRLLGNVPFRLQE-YESFSTILVD
               360       370       380       390        400        

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD ATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENNSP
       . ::::....:.::. :.: :.: :...: ::: :.: ::: :::..  :. ...:::.:
CCDS55 GRLDREQHDQYNLTIQARDGGVPMLQSAKSFTVLITDENDNHPHFSKPYYQVIVQENNTP
      410       420       430       440       450       460        

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
       :::. .:.: ::::: ::.:.: :. : .    . :::.:.:..: ::::: :.::... 
CCDS55 GAYLLSVSARDPDLGLNGSVSYQIVPSQVRDMPVFTYVSINPNSGDIYALRSFNHEQTKA
      470       480       490       500       510       520        

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD ITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEITIPKGAESGFHV
       . : : :.::: :. : ::.:: . :.: :::.::. .: : :.:::. ::...  :. :
CCDS55 FEFKVLAKDGGLPS-LQSNATVRVIILDVNDNTPVITAPPLINGTAEVYIPRNSGIGYLV
      530       540        550       560       570       580       

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD TRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVIIQD
       : ..: : : : :....  .. :.. ..: ::  . ...:. ..     . .:: :. .:
CCDS55 TVVKAEDYDEGENGRVTYDMTEGDR-GFFEIDQVNGEVRTTRTFGESSKSSYELIVVAHD
       590       600       610        620       630       640      

              670       680       690        700       710         
pF1KSD KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSV-SQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVL
       .:. .: ...:.  .:.       : :. .  :..:...:.:.::.::.: ..:.: :..
CCDS55 HGKTSLSASALV--LIY------LSPALDAQESMGSVNLSLIFIIALGSIAGILFVTMIF
        650         660             670       680       690        

     720       730                                                 
pF1KSD FATRCNREKKDTRSYNC-------------------------------------------
        : .:.:..:. :.:::                                           
CCDS55 VAIKCKRDNKEIRTYNCSNCLTITCLLGCFIKGQNSKCLHCISVSPISEEQDKKTEEKVS
      700       710       720       730       740       750        

            740       750        760        770       780          
pF1KSD ----RVAESTYQHHPKRPSRQ-IHKGDITLVPT-INGTLPIRSHHRSSPSSSPT-LERGQ
           :.:: .: :. :  ... : :.:: :::  .. :  .     :: .:: . ..  :
CCDS55 LRGKRIAEYSYGHQKKSSKKKKISKNDIRLVPRDVEETDKMNVVSCSSLTSSLNYFDYHQ
      760       770       780       790       800       810        

         790       800         810       820       830       840   
pF1KSD ----MGSRQSHNSHQSLNSLVT--ISSNHVPENFSLELTHATPAVEQVSQLLSMLHQGQY
           .: :.:...  ....  :   :.::. .       :.  .  :  :  ... .:  
CCDS55 QTLPLGCRRSESTFLNVENQNTRNTSANHIYH-------HSFNS--QGPQQPDLIINGVP
      820       830       840       850                860         

              850            860       870       880           890 
pF1KSD QPRP---SFRGNKY-SRSY----RYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDSDYDLGR----DS
        :.    :: .:   ::..      ...:..  ::::::. .:.  ::..:. :    :.
CCDS55 LPETENYSFDSNYVNSRAHLIKSSSTFKDLEGNSLKDSGHEESDQTDSEHDVQRSLYCDT
     870       880       890       900       910       920         

             900         910       920       930           940     
pF1KSD PIDRLLGEGFSDLF--LTDGRIPAAMRLCTEECRVLGHSDQCWMP--PLP--SPSSDYRS
        .. .:. . ...   . :     ... : ::::.:::::.::::  :.:  : : ..  
CCDS55 AVNDVLNTSVTSMGSQMPDHDQNEGFH-CREECRILGHSDRCWMPRNPMPIRSKSPEHVR
     930       940       950        960       970       980        

         950       960       970       980       990      1000     
pF1KSD NMFIPGEEFPTQPQQQHPHQSLEDDAQPADSGEKKKSFSTFGKDSPNDEDTGDTSTSSLL
       :..  . :            .  :     : :  :..:.:::::  .:. . .  :   :
CCDS55 NIIALSIE-----------ATAADVEAYDDCGPTKRTFATFGKDV-SDHPAEERPT---L
      990                 1000      1010      1020       1030      

        1010      1020           1030      1040       1050         
pF1KSD SEMSSVFQRLLPPSLDTY-----SECSEVDRSNSLERRKGPLPAK-TVGYPQGVAAWAAS
       .   .:   .  :....      . :  ..  .:  . :. ::.: .:.:  ..:  : .
CCDS55 KGKRTVDVTICSPKVNSVIREAGNGCEAISPVTSPLHLKSSLPTKPSVSYTIALAPPARD
          1040      1050      1060      1070      1080      1090   

    1060      1070      1080      1090      1100      1110         
pF1KSD THFQNPTTNCGPPLGTHSSVQPSSKWLPAMEEIPENYEEDDFDNVLNHLNDGKHELMDAS
        .    ..: ::                                                
CCDS55 LEQYVNNVNNGPTRPSEAEPRGADSEKVMHEVSPILKEGRNKESPGVKRLKDIVL     
          1100      1110      1120      1130      1140             

>>CCDS54913.1 PCDHA1 gene_id:56147|Hs108|chr5             (950 aa)
 initn: 1378 init1: 703 opt: 1600  Z-score: 1581.0  bits: 304.2 E(32554): 9.7e-82
Smith-Waterman score: 1600; 37.4% identity (69.1% similar) in 725 aa overlap (12-725:15-724)

                  10        20        30        40        50       
pF1KSD    MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLK
                     ... ::....  .: . .:.: : :: . :. ..:...:..   :.
CCDS54 MVFSRRGGLGARDLLLWLLLLAAW--EVGSGQLHYSIPEEAKHGTFVGRVAQDLG---LE
               10        20          30        40        50        

        60        70        80        90       100       110       
pF1KSD LPNPSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEH
       : .     ::. .. .  :: :: .:: . ... ::::.::: . .:::....:.   . 
CCDS54 LAELVPRLFRVASKTHRDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCQWSAECSIHLELIA--DRP
          60        70        80        90       100       110     

       120       130       140       150       160       170       
pF1KSD LQLFHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLS
       ::.::.::.: ::::: : :      : : ::  ...:.:...: : :.: :.: ::.::
CCDS54 LQVFHVEVKVKDINDNPPVFRGREQIIFIPESRLLNSRFPIEGAADADIGANALLTYTLS
           120       130       140       150       160       170   

       180       190       200       210       220       230       
pF1KSD ANDFFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISIS
        .:.:...:..  . .:   : . . ::::     .: :::.: : :. .:.  : :.. 
CCDS54 PSDYFSLDVEASDELSKSLWLELRKYLDREETPELHLLLTATDGGKPELQGTVELLITVL
           180       190       200       210       220       230   

       240       250       260       270       280       290       
pF1KSD DSNDNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETF
       : :::.: :.:  : ..:::..  :::.  :::.: :::.::..:.::.: .:  :.: :
CCDS54 DVNDNAPLFDQAVYRVHLLETTANGTLVTTLNASDADEGVNGEVVFSFDSGISRDIQEKF
           240       250       260       270       280       290   

       300       310       320       330       340       350       
pF1KSD KIDSERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEINI-
       :.::  :.. :. ..::: ::::::.:.: : :   .  :::...::.::::: ::. . 
CCDS54 KVDSSSGEIRLIDKLDYEETKSYEIQVKAVDKGSPPMSNHCKVLVKVLDVNDNAPELAVT
           300       310       320       330       340       350   

        360       370       380       390       400       410      
pF1KSD NLMSPGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYL
       .:. : .:.        :..: .::. :.:.::: ::...:.:  :  ::: .:..: : 
CCDS54 SLYLPIREDA-------PLSTVIALITVSDRDSGANGQVTCSLMPHVPFKLVSTFKNYYS
           360              370       380       390       400      

        420       430       440       450       460       470      
pF1KSD ILTNATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISE
       .. ...::::. : : :.: :.: :.::: .. . .:.. :.::: : : . .:   ..:
CCDS54 LVLDSALDRESLSVYELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKE
        410       420       430       440       450       460      

        480       490       500       510       520       530      
pF1KSD NNSPGAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHE
       :: :: .: ::.: : :  ::. :.:...:  .   ....::..   .: .:::. .:::
CCDS54 NNPPGCHIFTVSARDADAQENALVSYSLVERRVGERALSNYVSVHAESGKVYALQPLDHE
        470       480       490       500       510       520      

        540       550       560       570       580         590    
pF1KSD EVSQITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEIT--IPKGA
       :.  . : : :::.: :  : ::.:. . ..:::::.:....: . .. . ..  .:. .
CCDS54 ELELLQFQVSARDAGVPP-LGSNVTLQVFVLDENDNAPALLAPRVGGTIGAVSELVPRLV
        530       540        550       560       570       580     

          600       610       620         630       640       650  
pF1KSD ESGFHVTRIRAIDRDSGVNAELSCAI--VAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEW
        .:  :...::.: ::: :: ::  .  .::. .  : .   . .: :.  .: .  ...
CCDS54 GAGHVVAKVRAVDADSGYNAWLSYELQPAAGGARIPFRVGLYTGEISTTRVLDEADLSRY
         590       600       610       620       630       640     

            660       670       680       690            700       
pF1KSD ELSVIIQDKGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSVS----QASL-DVSMIIIISLG
       .: :...:.:.: : . . .   . : ...  ... .::.    .:.: ::.. .::.. 
CCDS54 RLLVLVKDHGEPALTATATVLVSLVESGQAPKASSRASVGVAGPEAALVDVNVYLIIAIC
         650       660       670       680       690       700     

       710       720        730       740       750       760      
pF1KSD AICAVLLVIMVLF-ATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLVPTIN
       :. ..:.. ..:. : ::.                                         
CCDS54 AVSSLLVLTLLLYTALRCSVPPTEGAYVPGKPTLVCSSALGSWSNSQQRRQRVCSSEGPP
         710       720       730       740       750       760     

>>CCDS54915.1 PCDHA3 gene_id:56145|Hs108|chr5             (950 aa)
 initn: 1326 init1: 693 opt: 1594  Z-score: 1575.0  bits: 303.1 E(32554): 2.1e-81
Smith-Waterman score: 1594; 36.7% identity (69.2% similar) in 725 aa overlap (12-725:14-724)

                 10        20        30        40        50        
pF1KSD   MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKL
                    ....::... . .: . .:.: . :: . :. ..:...:..   :.:
CCDS54 MLFSWREDPGAQCLLLSLLLLAAS-EVGSGQLHYSVSEEAKHGTFVGRIAQDLG---LEL
               10        20         30        40        50         

       60        70        80        90       100       110        
pF1KSD PNPSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHL
        .     ::. .. .. :: :: .:: . ... ::::.:: .. .:::...::.   . :
CCDS54 AELVPRLFRVASKRHGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIV--DRPL
         60        70        80        90       100       110      

      120       130       140       150       160       170        
pF1KSD QLFHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSA
       :.::.:::: :::::.: :  ..  . ::::   :.:. :..: : :.: ::: ::::..
CCDS54 QVFHVEVEVKDINDNAPVFPMAVKNLFISESRQPGSRFSLEGASDADIGTNSLLTYSLDS
          120       130       140       150       160       170    

      180       190       200       210       220       230        
pF1KSD NDFFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISD
       ...:...:.   .  :   :.. ..:.::   .. : .:: : : :. .:.. :::.. :
CCDS54 TEYFTLDVKRNDEEIKSLGLVLKKNLNREDTPKHYLLITAIDGGKPELTGTTQLKITVLD
          180       190       200       210       220       230    

      240       250       260       270       280       290        
pF1KSD SNDNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFK
        :::.::::.  : ..::::.: :::.. .:::: :::.:  :.:::.. .:  :.  :.
CCDS54 VNDNAPAFERTIYKVRLLENAPNGTLVVTVNATDLDEGVNKDIAYSFNTDMSADILSKFH
          240       250       260       270       280       290    

      300       310       320       330       340       350        
pF1KSD IDSERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININL
       .:   :....  ..:.: .:::::.:.: : :   .  :: .....::.::: ::. :. 
CCDS54 LDPVNGQISVKGNIDFEESKSYEIQVEATDKGNPPMSDHCTVLLEIVDINDNVPELVIQS
          300       310       320       330       340       350    

      360        370       380       390       400       410       
pF1KSD MS-PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLI
       .: :       ..: .:..: .::. :.:.:::.::...:.:  :  ::: .:..: : .
CCDS54 LSLP-------VLEDSPLSTVIALISVSDRDSGVNGQVTCSLTPHVPFKLVSTFKNYYSL
                 360       370       380       390       400       

       420       430       440       450       460       470       
pF1KSD LTNATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISEN
       . .. ::::. : : :.: :.: :.::: ..   .:.. :.::: : :..:.:   ..::
CCDS54 VLDSPLDRESVSAYELVVTARDGGSPSLWATASVSVEVADVNDNAPAFSQSEYTVFVKEN
       410       420       430       440       450       460       

       480       490       500       510       520       530       
pF1KSD NSPGAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEE
       : :: .: ::.: : :  ::. :.:...:  .   ....::..   .: .:::. .::::
CCDS54 NPPGCHIFTVSARDADAQENALVSYSLVERRVGERALSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEE
       470       480       490       500       510       520       

       540       550       560       570       580         590     
pF1KSD VSQITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEIT--IPKGAE
       .  . : : :::.: :  : ::.:. . ..:::::.:... : . .  . ..  .:... 
CCDS54 LELLQFQVSARDAGVPP-LGSNVTLQVFVLDENDNAPALLMPRVGGIGGAVSELVPRSVG
       530       540        550       560       570       580      

         600       610       620         630       640       650   
pF1KSD SGFHVTRIRAIDRDSGVNAELSCAIV--AGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWE
       .:  :...::.: ::: :: ::  .   .:. .  : .   . .: :. ..: :   . .
CCDS54 AGHVVAKVRAVDADSGYNAWLSYELQPGTGGARIPFRVGLYTGEISTTRALDEVDAPRHR
        590       600       610       620       630       640      

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pF1KSD LSVIIQDKGNPQLHTKVLLKCMIFEY-----AESVTSTAMTSVSQASLDVSMIIIISLGA
       : :...:.:.:.: . . .   . :      : : .:.. :.   : .::.. .:... :
CCDS54 LLVLVKDHGEPSLTATATVLVSLVESGQAPKASSQASAGATGPEAALVDVNVYLIVAICA
        650       660       670       680       690       700      

      710       720        730       740       750       760       
pF1KSD ICAVLLVIMVLF-ATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLVPTING
       . ..:.. ..:. : ::.                                          
CCDS54 VSSLLVLTLLLYTALRCSAPPTEGDCGPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRQQRVCSGEGLPK
        710       720       730       740       750       760      

>>CCDS4242.1 PCDHAC2 gene_id:56134|Hs108|chr5             (1007 aa)
 initn: 1324 init1: 760 opt: 1571  Z-score: 1551.9  bits: 298.9 E(32554): 4e-80
Smith-Waterman score: 1571; 36.5% identity (69.9% similar) in 702 aa overlap (30-726:44-733)

                10        20        30        40        50         
pF1KSD  MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLP
                                     :.: . :::  :.... ... ..  : .: 
CCDS42 PRLRRPMPWLLLLPLLLLLLLLLPGPAASQLRYSVPEEQAPGALVGNVARALGLELRRL-
            20        30        40        50        60        70   

      60        70        80        90       100       110         
pF1KSD NPSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQ
       .:. .:.  .   .   : ..  .: . ..  :::: ::..   : . ..:  :  . . 
CCDS42 GPGCLRINHLGAPSPRYLELDLTSGALFVNERIDREALCEQRPRCLLSLEV--LAHNPVA
             80        90       100       110       120         130

     120       130       140       150       160       170         
pF1KSD LFHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAN
       .  .:::.::::::::.: :    ...:::.: :.:. ..:: ::::: ::..:: :: .
CCDS42 VSAVEVEILDINDNSPRFPRPNYQLQVSESVAPGARFHIESAQDPDVGANSVQTYELSPS
              140       150       160       170       180       190

     180       190       200       210       220       230         
pF1KSD DFFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDS
       . :.....   ...:  ::.. . ::::  . ..: ::: : :.: :::.. ... . :.
CCDS42 EHFELDLKPLQENSKVLELVLRKGLDREQAALHHLVLTAVDGGIPARSGTAQISVRVLDT
              200       210       220       230       240       250

     240       250       260       270       280       290         
pF1KSD NDNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKI
       :::::::.:..: .:: :.:: :::.. :::.:::::.::.. ::.::..: .  . :.:
CCDS42 NDNSPAFDQSTYRVQLREDSPPGTLVVKLNASDPDEGSNGELRYSLSSYTSDRERQLFSI
              260       270       280       290       300       310

     300       310       320       330       340       350         
pF1KSD DSERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEINI-NL
       :.  :.. ..  .::: ..::.: ::: : ::  . .:::... .:::::: ::. . .:
CCDS42 DASTGEVRVIGGLDYEEASSYQIYVQATDRGPVPMAGHCKVLVDIVDVNDNAPEVVLTDL
              320       330       340       350       360       370

      360       370       380       390       400       410        
pF1KSD MSPGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLIL
       .::  :. .      : .:.::.. :.:.::: : ..   :..   :.:.  . :.: ..
CCDS42 YSPVPENAT------P-NTIVAVLSVNDQDSGPNRKVSLGLEATLPFRLNG-FGNSYTLV
                    380        390       400       410        420  

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pF1KSD TNATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENN
       ... ::::. . :..:: : : : :.:.... . :.:.::::::: : .. : . :.:::
CCDS42 VSGPLDRERVAVYNITVTATDGGIPQLTSLRTLKVEISDINDNPPSFLEDSYSIYIQENN
            430       440       450       460       470       480  

      480       490       500       510       520       530        
pF1KSD SPGAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEV
        ::. . :: :::::  ::..:::..::  : :  .:.::.:. ..:..::.  ::.:. 
CCDS42 LPGVLLCTVQATDPDEKENAEVTYSLLEREIQGLPVTSYVSINSASGSLYAVNSFDYEKF
            490       500       510       520       530       540  

      540       550       560       570       580        590       
pF1KSD SQITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEIT-IPKGAESG
        ..  .:::.: :::  : :..:. . ..: ::..: .. :.  :..: .  .:. : .:
CCDS42 REFFVTVEAQDKGSPP-LSSTVTANVYVVDMNDHAPHILYPTSTNSSAAFEMVPRTAPAG
            550        560       570       580       590       600 

       600       610       620       630       640       650       
pF1KSD FHVTRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVI
       . ::.. :.: ::: :: :   ..  .. ..: .. .. .:.:. .: .   . ..:.:.
CCDS42 YLVTKVIAMDSDSGQNAWLFYHLAQTSDLDLFKVELHTGEIRTTRKMGDESGSTFNLTVV
             610       620       630       640       650       660 

       660       670       680       690         700       710     
pF1KSD IQDKGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSVSQASL--DVSMIIIISLGAICAV-LL
       ..:.:.:.: ..: .   . . . ..   ..  :..     .... .::.:...  . ::
CCDS42 VRDNGEPSLSASVAITVAVVDRVSKILPDTQRHVKSPRTYSEITLYLIIALSTVSFIFLL
             670       680       690       700       710       720 

          720       730       740       750       760       770    
pF1KSD VIMVLFATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLVPTINGTLPIRSH
       .:..:   .: :                                                
CCDS42 TIIILSIIKCYRYTAYGTACCGGFCGVRERSPAELYKQANNNIDARIPHGLKVQPHFIEV
             730       740       750       760       770       780 

>>CCDS54917.1 PCDHA5 gene_id:56143|Hs108|chr5             (936 aa)
 initn: 1297 init1: 667 opt: 1568  Z-score: 1549.4  bits: 298.3 E(32554): 5.5e-80
Smith-Waterman score: 1581; 33.6% identity (65.1% similar) in 870 aa overlap (11-860:12-857)

                10        20        30        40        50         
pF1KSD  MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLP
                  :...  :.... .   :. :.: : :: . :. ..:...:..  : .: 
CCDS54 MVYSRRGSLGSRLLLLWLLLAYWKAGSGQ-LHYSIPEEAKHGTFVGRIAQDLGLELAELV
               10        20         30        40        50         

      60        70        80        90       100       110         
pF1KSD NPSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQ
        :    ::. ..: . :: :: .:: . ... ::::.::..  .:::...::.   . ::
CCDS54 -PRL--FRVASKGRGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCRRRAECSIHLEVIV--DRPLQ
       60          70        80        90       100         110    

     120       130       140       150       160       170         
pF1KSD LFHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAN
       .::.:: : ::::: :.:::.   . : ::    .:.::..: : :.: :.   : :. :
CCDS54 VFHVEVAVKDINDNPPRFSRQEQRLFILESRMPDSRFPLEGASDLDIGANAQLRYRLNPN
          120       130       140       150       160       170    

     180       190       200       210       220       230         
pF1KSD DFFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDS
       ..:...:.:  . ... ::.. . ::::  . ..: . :.: : :. .:.  : :.. :.
CCDS54 EYFDLDVKTNEEETNFLELVLRKSLDREETQEHRLLVIATDGGKPELTGTVQLLINVLDA
          180       190       200       210       220       230    

     240       250       260       270       280       290         
pF1KSD NDNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKI
       :::.: :... : ..::::.: :::.. :::.: ::: : .::: ::. :   .   : :
CCDS54 NDNAPEFDKSIYNVRLLENAPSGTLVIKLNASDADEGINKEIVYFFSNLVLDDVKSKFII
          240       250       260       270       280       290    

     300       310       320       330       340       350         
pF1KSD DSERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININ-L
       .:. :.. .  ..:::  .::::...:.: .   . .:::...:..::::: ::. :. :
CCDS54 NSNTGEIKVNGELDYEDYNSYEINIDAMDKSTFPLSGHCKVVVKLLDVNDNTPEMAITTL
          300       310       320       330       340       350    

      360       370       380       390       400       410        
pF1KSD MSPGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLIL
       . : ::.        :..: .::. :.:.::: ::...:.:  :  ::: .:..: : ..
CCDS54 FLPVKEDA-------PLSTVIALISVSDRDSGANGQVTCSLMPHVPFKLVSTFKNYYSLV
          360              370       380       390       400       

      420       430       440       450       460       470        
pF1KSD TNATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENN
        ...::::. : : :.: :.: :.::: ..   .:.. :.::: : : . .:   ..:::
CCDS54 LDSALDRESVSVYELVVTARDGGSPSLWATASVSVEVADVNDNAPAFAQPQYTVFVKENN
       410       420       430       440       450       460       

      480       490       500       510       520       530        
pF1KSD SPGAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEV
        :: .: ::.: : :  ::. :.:...:  .    ...::..   .: .:::. .:::::
CCDS54 PPGCHIFTVSARDADAQENALVSYSLVERRVGERPLSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEEV
       470       480       490       500       510       520       

      540       550       560       570       580         590      
pF1KSD SQITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEIT--IPKGAES
         . : : :::.: :  : ::.:. . ..:::::.:... : . .. . ..  .:... .
CCDS54 ELLQFQVSARDAGVPP-LGSNVTLQVFVLDENDNAPALLVPRVGGTGGAVSELVPRSVGA
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pF1KSD GFHVTRIRAIDRDSGVNAELSCAI--VAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWEL
       :  :...::.: ::: :: ::  .  . :. .  : .   . .: :. :.: .   . .:
CCDS54 GHVVAKVRAVDPDSGYNAWLSYELQPAPGSARIPFRVGLYTGEISTTRSLDETEAPRHRL
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pF1KSD SVIIQDKGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSVS----QASL-DVSMIIIISLGAI
        :...:.:.: : . . .   . : ...  ... .:..    .:.: ::.. .::.. :.
CCDS54 LVLVKDHGEPPLTATATVLVSLVESGQAPKASSRASAGAVGPEAALVDVNVYLIIAICAV
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pF1KSD CAVLLVIMVLF-ATRCNREKKD---TR---SYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLV
        ..:.. ..:. : ::. .  .   ::   .  :  : .....  .: .: . .:.   .
CCDS54 SSLLVLTLLLYTALRCSAQPTEAVCTRGKPTLLCSSAVGSWSYSQQRRQR-VCSGE---A
        710       720       730       740       750        760     

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pF1KSD PTINGTLPIRSHHRSSPSSSPTLERGQMGSRQSHNSHQSLNSLVTISSNHVPENFSLELT
       :  .  . .     ..:.:. . .. .   : : . . ...: :     :. :   :.  
CCDS54 PPKTDLMAFSPSLPQGPTSTDNPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSV-----HLEEAGILRAG
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pF1KSD HATPAVEQ--VSQLLSMLHQGQYQPRPSFRG-NKYSRSYRYALQDMDKFSLKDSGRGDSE
        . :  .   ::.     . :. .: :   : :. : ...:                   
CCDS54 PGGPDQQWPTVSSATPEPEAGEVSP-PVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFII
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pF1KSD AGDSDYDLGRDSPIDRLLGEGFSDLFLTDGRIPAAMRLCTEECRVLGHSDQCWMPPLPSP
                                                                   
CCDS54 PGSPAIISIRQEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
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>>CCDS54916.1 PCDHA4 gene_id:56144|Hs108|chr5             (947 aa)
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pF1KSD   MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKL
                   :... ::...  .   :. :.: . :: . :. ..:...:..  : .:
CCDS54 MEFSWGSGQESRRLLLLLLLLAAWEAGNGQ-LHYSVSEEAKHGTFVGRIAQDLGLELAEL
               10        20        30         40        50         

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pF1KSD PNPSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHL
         :    ::. ..: . :: :: .:: . ... ::::.::... .:::...::.   . :
CCDS54 V-PRL--FRVASKGRGGLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCRRSAECSIHLEVIV--DRPL
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pF1KSD QLFHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSA
       :.::..::: ::::: : :  .   . :.::  . .:.::..: : :.:::.: :: :: 
CCDS54 QVFHVDVEVRDINDNPPVFPATQKNLSIAESRPLDSRFPLEGASDADIGENALLTYRLSP
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pF1KSD NDFFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISD
       :..:..:     . .:   ::. . ::::      : :::.: : :. .:.  : :.. :
CCDS54 NEYFSLEKPPDDELVKGLGLILRKSLDREEAPEIFLVLTATDGGKPELTGTVQLLITVLD
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pF1KSD SNDNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFK
       .:::.:::..  : ..:::: : :::.. :::.: ::: :: ::::::. .::..   :.
CCDS54 ANDNAPAFDRTIYKVRLLENVPNGTLVIKLNASDLDEGLNGDIVYSFSNDISPNVKSKFH
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pF1KSD IDSERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININL
       ::   :.. .   .:.: .::::: :.. : :   . .::..:..: : ::: :..... 
CCDS54 IDPITGQIIVKGYIDFEESKSYEIIVEGIDKGQLPLSGHCRVIVEVEDNNDNVPDLEFKS
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pF1KSD MS-PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLI
       .: : .:.        :. : .::. :.::: :.:: ..:.: .:  ::: .:..: : .
CCDS54 LSLPIREDA-------PLGTVIALISVSDKDMGVNGLVTCSLTSHVPFKLVSTFKNYYSL
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pF1KSD LTNATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISEN
       . ...::::. : : :.: :.: :.::: ..   .:.. :.::: : : . .:   ..::
CCDS54 VLDSALDRESVSAYELVVTARDGGSPSLWATASVSVEVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKEN
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pF1KSD NSPGAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEE
       : :: .: ::.: : :  ::. :.:...:  .   ....::..   .: .:::. .::::
CCDS54 NPPGCHIFTVSAWDADAQENALVSYSLVERRVGERALSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEE
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       .  . : : :::.: :  : ::.:. . ..:::::.:....:   .. . ..  .: .. 
CCDS54 LELLQFQVTARDAGVPP-LGSNVTLQVFVLDENDNAPALLAPRAGGTGGAVSELVPWSVG
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CCDS54 VGHVVAKVRAVDADSGYNAWLSYELQPGTGGARIPFRVGLYTGEISTTRALDETDAPRHR
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pF1KSD LSVIIQDKGNPQLHTKVLLKCMIFE--YAESVTSTAMTSV---SQASLDVSMIIIISLGA
       : :...:.:.: : . . .   . :   : ...: :....   . : .::.. .::.. :
CCDS54 LLVLVKDHGEPALTATATVLVSLVESGQAPKASSRALVGAVGPDAALVDVNVYLIIAICA
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pF1KSD ICAVLLVIMVLF-ATRCNREKKDTR------SYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITL
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CCDS54 VSSLLVLTLLLYTALRCSALPTEGACAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRPR-VCSGEGPP
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pF1KSD VPTINGTLPIRSHHRSSPSSSPTLERGQMGSRQSHNSHQSLNSLVTI--SSNHVPENFSL
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CCDS54 KTDLMAFSPSLPDSRDREDQLQTTEESFAKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGIL
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CCDS54 RAGPGGPDQQWPTVSSATPEPEAGEVSP-PVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDK
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CCDS54 FIIPGSPAIISIRQEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDN
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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