Result of FASTA (ccds) for pF1KSDA1470
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA1470, 522 aa
  1>>>pF1KSDA1470 522 - 522 aa - 522 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8937+/-0.000915; mu= 11.8882+/- 0.055
 mean_var=124.2099+/-25.115, 0's: 0 Z-trim(109.9): 36  B-trim: 0 in 0/50
 Lambda= 0.115079
 statistics sampled from 11196 (11230) to 11196 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.695), E-opt: 0.2 (0.345), width:  16
 Scan time:  3.040

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS181.1 RCC2 gene_id:55920|Hs108|chr1            ( 522) 3555 601.5 7.5e-172
CCDS323.1 RCC1 gene_id:1104|Hs108|chr1             ( 421)  394 76.6 6.1e-14
CCDS41295.1 RCC1 gene_id:1104|Hs108|chr1           ( 452)  394 76.7 6.4e-14
CCDS45277.1 HERC1 gene_id:8925|Hs108|chr15         (4861)  365 72.6 1.2e-11
CCDS82939.1 HERC3 gene_id:8916|Hs108|chr4          ( 368)  346 68.6 1.4e-11
CCDS34028.1 HERC3 gene_id:8916|Hs108|chr4          (1050)  346 68.9 3.1e-11


>>CCDS181.1 RCC2 gene_id:55920|Hs108|chr1                 (522 aa)
 initn: 3555 init1: 3555 opt: 3555  Z-score: 3198.7  bits: 601.5 E(32554): 7.5e-172
Smith-Waterman score: 3555; 100.0% identity (100.0% similar) in 522 aa overlap (1-522:1-522)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MPRKKAAAAAWEEPSSGNGTARAGPRKRGGPAGRKRERPERCSSSSGGGSSGDEDGLELD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 MPRKKAAAAAWEEPSSGNGTARAGPRKRGGPAGRKRERPERCSSSSGGGSSGDEDGLELD
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD GAPGGGKRAARPATAGKAGGAAVVITEPEHTKERVKLEGSKCKGQLLIFGATNWDLIGRK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 GAPGGGKRAARPATAGKAGGAAVVITEPEHTKERVKLEGSKCKGQLLIFGATNWDLIGRK
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD EVPKQQAAYRNLGQNLWGPHRYGCLAGVRVRTVVSGSCAAHSLLITTEGKLWSWGRNEKG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 EVPKQQAAYRNLGQNLWGPHRYGCLAGVRVRTVVSGSCAAHSLLITTEGKLWSWGRNEKG
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD QLGHGDTKRVEAPRLIEGLSHEVIVSAACGRNHTLALTETGSVFAFGENKMGQLGLGNQT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 QLGHGDTKRVEAPRLIEGLSHEVIVSAACGRNHTLALTETGSVFAFGENKMGQLGLGNQT
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD DAVPSPAQIMYNGQPITKMACGAEFSMIMDCKGNLYSFGCPEYGQLGHNSDGKFIARAQR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 DAVPSPAQIMYNGQPITKMACGAEFSMIMDCKGNLYSFGCPEYGQLGHNSDGKFIARAQR
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD IEYDCELVPRRVAIFIEKTKDGQILPVPNVVVRDVACGANHTLVLDSQKRVFSWGFGGYG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 IEYDCELVPRRVAIFIEKTKDGQILPVPNVVVRDVACGANHTLVLDSQKRVFSWGFGGYG
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD RLGHAEQKDEMVPRLVKLFDFPGRGASQIYAGYTCSFAVSEVGGLFFWGATNTSRESTMY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 RLGHAEQKDEMVPRLVKLFDFPGRGASQIYAGYTCSFAVSEVGGLFFWGATNTSRESTMY
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD PKAVQDLCGWRIRSLACGKSSIIVAADESTISWGPSPTFGELGYGDHKPKSSTAAQEVKT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 PKAVQDLCGWRIRSLACGKSSIIVAADESTISWGPSPTFGELGYGDHKPKSSTAAQEVKT
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520  
pF1KSD LDGIFSEQVAMGYSHSLVIARDESETEKEKIKKLPEYNPRTL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 LDGIFSEQVAMGYSHSLVIARDESETEKEKIKKLPEYNPRTL
              490       500       510       520  

>>CCDS323.1 RCC1 gene_id:1104|Hs108|chr1                  (421 aa)
 initn: 347 init1: 111 opt: 394  Z-score: 363.8  bits: 76.6 E(32554): 6.1e-14
Smith-Waterman score: 394; 24.8% identity (58.1% similar) in 387 aa overlap (132-506:50-421)

             110       120       130       140       150       160 
pF1KSD CKGQLLIFGATNWDLIGRKEVPKQQAAYRNLGQNLWGPHRYGCLAGVRVRTVVSGSCAAH
                                     ::.:.   ..   :...   .: . . . :
CCDS32 SKKVKVSHRSHSTEPGLVLTLGQGDVGQLGLGENVM-ERKKPALVSIPEDVVQAEAGGMH
      20        30        40        50         60        70        

             170       180       190       200         210         
pF1KSD SLLITTEGKLWSWGRNEKGQLGHGDTKRVEAPRLIEGLS--HEVIVSAACGRNHTLALTE
       .. ..  :...:.: :..: ::. ::. ::. ... :    .: .:... : .:: :::.
CCDS32 TVCLSKSGQVYSFGCNDEGALGR-DTS-VEGSEMVPGKVELQEKVVQVSAGDSHTAALTD
       80        90       100         110       120       130      

     220         230       240       250       260       270       
pF1KSD TGSVFAFG--ENKMGQLGLGNQTDAVPSPAQIMYNGQPITKMACGAEFSMIMDCKGNLYS
        : :: .:  ... : .:: .       :.:.. .  :..:.: : .  ...   :.::.
CCDS32 DGRVFLWGSFRDNNGVIGLLEPMKKSMVPVQVQLD-VPVVKVASGNDHLVMLTADGDLYT
        140       150       160       170        180       190     

       280       290       300       310       320       330       
pF1KSD FGCPEYGQLGHNSDGKFIARAQRIEYDCELVPRRVAIFIEKTKDGQILPVPNVVVRDVAC
       .:: : ::::.  .  :  :. :   .  :::. : .   :.. ..     .:  .:. :
CCDS32 LGCGEQGQLGRVPE-LFANRGGRQGLERLLVPKCVML---KSRGSR----GHVRFQDAFC
         200        210       220       230              240       

       340       350       360       370       380       390       
pF1KSD GANHTLVLDSQKRVFSWGFGGYGRLGHAEQKDEMVPRLVKLFDFPGRGASQIYAGYTCSF
       ::  :.... . .:...:...: .::    .. ..:. .  :    ..   . .:   . 
CCDS32 GAYFTFAISHEGHVYGFGLSNYHQLGTPGTESCFIPQNLTSFKNSTKSWVGFSGGQHHTV
       250       260       270       280       290       300       

       400       410              420       430       440          
pF1KSD AVSEVGGLFFWGATNTSR-------ESTMYPKAVQDLCGWRIRSLACGKS-SIIVAADES
        ..  :  .  : .. .:       :    :  .. : .  . :.::: : .  :. :  
CCDS32 CMDSEGKAYSLGRAEYGRLGLGEGAEEKSIPTLISRLPA--VSSVACGASVGYAVTKDGR
       310       320       330       340         350       360     

     450       460       470       480       490       500         
pF1KSD TISWGPSPTFGELGYGDHKPKSSTAAQEVKTLDGIFSEQVAMGYSHSLVIARDESETEKE
       ...:: . .. .:: :. .   : . .  : :..    .:. : .:......:. ..   
CCDS32 VFAWGMGTNY-QLGTGQDEDAWSPVEMMGKQLENRVVLSVSSGGQHTVLLVKDKEQS   
         370        380       390       400       410       420    

     510       520  
pF1KSD KIKKLPEYNPRTL

>>CCDS41295.1 RCC1 gene_id:1104|Hs108|chr1                (452 aa)
 initn: 347 init1: 111 opt: 394  Z-score: 363.3  bits: 76.7 E(32554): 6.4e-14
Smith-Waterman score: 394; 24.8% identity (58.1% similar) in 387 aa overlap (132-506:81-452)

             110       120       130       140       150       160 
pF1KSD CKGQLLIFGATNWDLIGRKEVPKQQAAYRNLGQNLWGPHRYGCLAGVRVRTVVSGSCAAH
                                     ::.:.   ..   :...   .: . . . :
CCDS41 QKTRPVSHRSHSTEPGLVLTLGQGDVGQLGLGENVM-ERKKPALVSIPEDVVQAEAGGMH
               60        70        80         90       100         

             170       180       190       200         210         
pF1KSD SLLITTEGKLWSWGRNEKGQLGHGDTKRVEAPRLIEGLS--HEVIVSAACGRNHTLALTE
       .. ..  :...:.: :..: ::. ::. ::. ... :    .: .:... : .:: :::.
CCDS41 TVCLSKSGQVYSFGCNDEGALGR-DTS-VEGSEMVPGKVELQEKVVQVSAGDSHTAALTD
     110       120       130         140       150       160       

     220         230       240       250       260       270       
pF1KSD TGSVFAFG--ENKMGQLGLGNQTDAVPSPAQIMYNGQPITKMACGAEFSMIMDCKGNLYS
        : :: .:  ... : .:: .       :.:.. .  :..:.: : .  ...   :.::.
CCDS41 DGRVFLWGSFRDNNGVIGLLEPMKKSMVPVQVQLD-VPVVKVASGNDHLVMLTADGDLYT
       170       180       190       200        210       220      

       280       290       300       310       320       330       
pF1KSD FGCPEYGQLGHNSDGKFIARAQRIEYDCELVPRRVAIFIEKTKDGQILPVPNVVVRDVAC
       .:: : ::::.  .  :  :. :   .  :::. : .   :.. ..     .:  .:. :
CCDS41 LGCGEQGQLGRVPE-LFANRGGRQGLERLLVPKCVML---KSRGSR----GHVRFQDAFC
        230       240        250       260              270        

       340       350       360       370       380       390       
pF1KSD GANHTLVLDSQKRVFSWGFGGYGRLGHAEQKDEMVPRLVKLFDFPGRGASQIYAGYTCSF
       ::  :.... . .:...:...: .::    .. ..:. .  :    ..   . .:   . 
CCDS41 GAYFTFAISHEGHVYGFGLSNYHQLGTPGTESCFIPQNLTSFKNSTKSWVGFSGGQHHTV
      280       290       300       310       320       330        

       400       410              420       430       440          
pF1KSD AVSEVGGLFFWGATNTSR-------ESTMYPKAVQDLCGWRIRSLACGKS-SIIVAADES
        ..  :  .  : .. .:       :    :  .. : .  . :.::: : .  :. :  
CCDS41 CMDSEGKAYSLGRAEYGRLGLGEGAEEKSIPTLISRLPA--VSSVACGASVGYAVTKDGR
      340       350       360       370         380       390      

     450       460       470       480       490       500         
pF1KSD TISWGPSPTFGELGYGDHKPKSSTAAQEVKTLDGIFSEQVAMGYSHSLVIARDESETEKE
       ...:: . .. .:: :. .   : . .  : :..    .:. : .:......:. ..   
CCDS41 VFAWGMGTNY-QLGTGQDEDAWSPVEMMGKQLENRVVLSVSSGGQHTVLLVKDKEQS   
        400        410       420       430       440       450     

     510       520  
pF1KSD KIKKLPEYNPRTL

>>CCDS45277.1 HERC1 gene_id:8925|Hs108|chr15              (4861 aa)
 initn: 431 init1: 286 opt: 365  Z-score: 322.6  bits: 72.6 E(32554): 1.2e-11
Smith-Waterman score: 456; 33.0% identity (60.8% similar) in 288 aa overlap (145-398:4076-4357)

          120       130       140       150       160         170  
pF1KSD DLIGRKEVPKQQAAYRNLGQNLWGPHRYGCLAGVRVRTVVSGSCAA--HSLLITTEGKLW
                                     : :  :  .:. ::..  ::. .:  :...
CCDS45 GTVLACGEGSYGRLGQGNSDDLHVLTVISALQGFVVTQLVT-SCGSDGHSMALTESGEVF
        4050      4060      4070      4080       4090      4100    

            180       190       200       210       220       230  
pF1KSD SWGRNEKGQLGHGDTKRVEAPRLIEGLSHEVIVSAACGRNHTLALTETGSVFAFGENKMG
       ::: .. :.::::.. : . :: ::.:. : .:. .:: .:. ..:  :..:.::.. .:
CCDS45 SWGDGDYGKLGHGNSDRQRRPRQIEALQGEEVVQMSCGFKHSAVVTSDGKLFTFGNGDYG
         4110      4120      4130      4140      4150      4160    

            240       250        260       270        280          
pF1KSD QLGLGNQTDAVPSPAQIM-YNGQPITKMACGAEFSMIMDCKGNL-YSFGCPEYGQLG-HN
       .::::: ..    : ..   .:  : ..::: . .. ..  :.. ..::  .::.::  :
CCDS45 RLGLGNTSNK-KLPERVTALEGYQIGQVACGLNHTLAVSADGSMVWAFGDGDYGKLGLGN
         4170       4180      4190      4200      4210      4220   

     290       300       310           320                         
pF1KSD SDGKFIARAQRIEYDCELVPRRVA----IFIEKTKDGQI----------LP---------
       : .:  .  :.:.  : .  ..::    . .  ::::..          ::         
CCDS45 STAK--SSPQKIDVLCGIGIKKVACGTQFSVALTKDGHVYTFGQDRLIGLPEGRARNHNR
            4230      4240      4250      4260      4270      4280 

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pF1KSD ---VP---NVVVRDVACGANHTLVLDSQKRVFSWGFGGYGRLGHAEQKDEMVPRLVKLFD
          .:   .:...::: ::.:::.: :.  :..:: .. :.:: .. .    : ::    
CCDS45 PQQIPVLAGVIIEDVAVGAEHTLALASNGDVYAWGSNSEGQLGLGHTNHVREPTLVT--G
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pF1KSD FPGRGASQIYAGYTCSFAVSEVGGLFFWGATNTSRESTMYPKAVQDLCGWRIRSLACGKS
       . :... :: ::   : :                                          
CCDS45 LQGKNVRQISAGRCHSAAWTAPPVPPRAPGVSVPLQLGLPDTVPPQYGALREVSIHTVRA
    4340      4350      4360      4370      4380      4390         

>>CCDS82939.1 HERC3 gene_id:8916|Hs108|chr4               (368 aa)
 initn: 446 init1: 263 opt: 346  Z-score: 321.5  bits: 68.6 E(32554): 1.4e-11
Smith-Waterman score: 447; 28.6% identity (58.7% similar) in 346 aa overlap (132-465:14-330)

             110       120       130           140       150       
pF1KSD CKGQLLIFGATNWDLIGRKEVPKQQAAYRNLGQNLWG----PHRYGCLAGVRVRTVVSGS
                                     .. :: :    :.  : ..   :. :. : 
CCDS82                  MLCWGYWSLGQPGISTNLQGIVAEPQVCGFISDRSVKEVACG-
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pF1KSD CAAHSLLITTEGKLWSWGRNEKGQLGHGDTKRVEAPRLIEGLSHEVIVSAACGRNHTLAL
        . ::...  .:.... : : ::::::   .. . :. : .:. . :. .:::..:.:::
CCDS82 -GNHSVFLLEDGEVYTCGLNTKGQLGH--EREGNKPEQIGALADQHIIHVACGESHSLAL
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pF1KSD TETGSVFAFGENKMGQLGLGNQTDAVPSPAQIM-YNGQPITKMACGAEFSMIMDCKGNLY
       .. :..:..: .. ::::: .  :.:  :  :.  : : : ...::    . .   :...
CCDS82 SDRGQLFSWGAGSDGQLGLMTTEDSVAVPRLIQKLNQQTILQVSCGNWHCLALAADGQFF
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pF1KSD SFGCPEYGQLGHNSDGKFIARAQRIEYDCELVPRRVAIFIEKTKDGQILPVPNVVVRDVA
       ..:   .::::    ::        :.  .  :.::     .. .:    .:   . .::
CCDS82 TWGKNSHGQLGL---GK--------EFPSQASPQRV-----RSLEG----IP---LAQVA
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pF1KSD CGANHTLVLDSQKRVFSWGFGGYGRLGHAEQKDEMVPRLVKLFDFPGRGASQIYAGYTCS
        :. :...:. .  ::.::... :.:: ...::.  :  :::.    . .  :  :   .
CCDS82 AGGAHSFALSLSGAVFGWGMNNAGQLGLSDEKDRESPCHVKLLR--TQKVVYISCGEEHT
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pF1KSD FAVSEVGGLFFWGATNT------SRESTMYPKAVQDLCGWRIRSLACGKSSIIVAADEST
        .... ::.: .:: .       : .. . :. : .: : .. ..:::..  .. .  : 
CCDS82 AVLTKSGGVFTFGAGSCGQLGHDSMNDEVNPRRVLELMGSEVTQIACGRQHTLAFVPSSG
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pF1KSD ISWG-PSPTFGELGYGDHKPKSSTAAQEVKTLDGIFSEQVAMGYSHSLVIARDESETEKE
       . ..    . :.:: :                                            
CCDS82 LIYAFGCGARGQLGTGHTCNVKCPSPVKGYWAAHSGQLSARAGKNDCLWNLKVF      
          320       330       340       350       360              

>>CCDS34028.1 HERC3 gene_id:8916|Hs108|chr4               (1050 aa)
 initn: 320 init1: 263 opt: 346  Z-score: 315.1  bits: 68.9 E(32554): 3.1e-11
Smith-Waterman score: 447; 28.6% identity (58.7% similar) in 346 aa overlap (132-465:14-330)

             110       120       130           140       150       
pF1KSD CKGQLLIFGATNWDLIGRKEVPKQQAAYRNLGQNLWG----PHRYGCLAGVRVRTVVSGS
                                     .. :: :    :.  : ..   :. :. : 
CCDS34                  MLCWGYWSLGQPGISTNLQGIVAEPQVCGFISDRSVKEVACG-
                                10        20        30        40   

       160       170       180       190       200       210       
pF1KSD CAAHSLLITTEGKLWSWGRNEKGQLGHGDTKRVEAPRLIEGLSHEVIVSAACGRNHTLAL
        . ::...  .:.... : : ::::::   .. . :. : .:. . :. .:::..:.:::
CCDS34 -GNHSVFLLEDGEVYTCGLNTKGQLGH--EREGNKPEQIGALADQHIIHVACGESHSLAL
              50        60          70        80        90         

       220       230       240       250        260       270      
pF1KSD TETGSVFAFGENKMGQLGLGNQTDAVPSPAQIM-YNGQPITKMACGAEFSMIMDCKGNLY
       .. :..:..: .. ::::: .  :.:  :  :.  : : : ...::    . .   :...
CCDS34 SDRGQLFSWGAGSDGQLGLMTTEDSVAVPRLIQKLNQQTILQVSCGNWHCLALAADGQFF
     100       110       120       130       140       150         

        280       290       300       310       320       330      
pF1KSD SFGCPEYGQLGHNSDGKFIARAQRIEYDCELVPRRVAIFIEKTKDGQILPVPNVVVRDVA
       ..:   .::::    ::        :.  .  :.::     .. .:    .:   . .::
CCDS34 TWGKNSHGQLGL---GK--------EFPSQASPQRV-----RSLEG----IP---LAQVA
     160       170                  180                190         

        340       350       360       370       380       390      
pF1KSD CGANHTLVLDSQKRVFSWGFGGYGRLGHAEQKDEMVPRLVKLFDFPGRGASQIYAGYTCS
        :. :...:. .  ::.::... :.:: ...::.  :  :::.    . .  :  :   .
CCDS34 AGGAHSFALSLSGAVFGWGMNNAGQLGLSDEKDRESPCHVKLLR--TQKVVYISCGEEHT
        200       210       220       230       240         250    

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pF1KSD FAVSEVGGLFFWGATNT------SRESTMYPKAVQDLCGWRIRSLACGKSSIIVAADEST
        .... ::.: .:: .       : .. . :. : .: : .. ..:::..  .. .  : 
CCDS34 AVLTKSGGVFTFGAGSCGQLGHDSMNDEVNPRRVLELMGSEVTQIACGRQHTLAFVPSSG
          260       270       280       290       300       310    

               460       470       480       490       500         
pF1KSD ISWG-PSPTFGELGYGDHKPKSSTAAQEVKTLDGIFSEQVAMGYSHSLVIARDESETEKE
       . ..    . :.:: :                                            
CCDS34 LIYAFGCGARGQLGTGHTCNVKCPSPVKGYWAAHSGQLSARADRFKYHIVKQIFSGGDQT
          320       330       340       350       360       370    




522 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Thu Nov  3 06:24:31 2016 done: Thu Nov  3 06:24:31 2016
 Total Scan time:  3.040 Total Display time:  0.030

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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