Result of FASTA (ccds) for pF1KSDA1458
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA1458, 581 aa
  1>>>pF1KSDA1458 581 - 581 aa - 581 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.3307+/-0.000867; mu= -1.5554+/- 0.052
 mean_var=293.3983+/-60.556, 0's: 0 Z-trim(115.7): 8  B-trim: 179 in 1/55
 Lambda= 0.074876
 statistics sampled from 16229 (16237) to 16229 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.789), E-opt: 0.2 (0.499), width:  16
 Scan time:  4.210

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS47051.1 SLAIN2 gene_id:57606|Hs108|chr4        ( 581) 3865 430.8 2.3e-120
CCDS73588.1 SLAIN1 gene_id:122060|Hs108|chr13      ( 590)  674 86.1 1.4e-16
CCDS31995.2 SLAIN1 gene_id:122060|Hs108|chr13      ( 426)  566 74.3 3.4e-13


>>CCDS47051.1 SLAIN2 gene_id:57606|Hs108|chr4             (581 aa)
 initn: 3865 init1: 3865 opt: 3865  Z-score: 2274.4  bits: 430.8 E(32554): 2.3e-120
Smith-Waterman score: 3865; 100.0% identity (100.0% similar) in 581 aa overlap (1-581:1-581)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MEDVNSNVNADQEVRKLQELVKKLEKQNEQLRSRSGAVQGAGSLGPGSPVRAGASIPSSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 MEDVNSNVNADQEVRKLQELVKKLEKQNEQLRSRSGAVQGAGSLGPGSPVRAGASIPSSG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD AASPRGFPLGLSAKSGGGPGSGPRRTSSEELRDATSLLAAGEGGLLDEVEPLRPDELERL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 AASPRGFPLGLSAKSGGGPGSGPRRTSSEELRDATSLLAAGEGGLLDEVEPLRPDELERL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD SGWEEEEESWLYSSPKKKLTPMQKSVSPLVWCRQVLDYPSPDVECAKKSLIHKLDQTMSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SGWEEEEESWLYSSPKKKLTPMQKSVSPLVWCRQVLDYPSPDVECAKKSLIHKLDQTMSA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD LKRQNLYNNPFNSMSYTSPYSPNASSPYSSGFNSPSSTPVRPPIVKQLILPGNSGNLKSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LKRQNLYNNPFNSMSYTSPYSPNASSPYSSGFNSPSSTPVRPPIVKQLILPGNSGNLKSS
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD DRNPPLSPQSSIDSELSASELDEDSIGSNYKLNDVTDVQILARMQEESLRQEYAATTSRR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 DRNPPLSPQSSIDSELSASELDEDSIGSNYKLNDVTDVQILARMQEESLRQEYAATTSRR
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD SSGSSCNSTRRGTFSDQELDAQSLDDEDDNMHHAVYPAVNRFSPSPRNSPRPSPKQSPRN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SSGSSCNSTRRGTFSDQELDAQSLDDEDDNMHHAVYPAVNRFSPSPRNSPRPSPKQSPRN
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD SPRSRSPARGIEYSRVSPQPMISRLQQPRLSLQGHPTDLQTSNVKNEEKLRRSLPNLSRT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SPRSRSPARGIEYSRVSPQPMISRLQQPRLSLQGHPTDLQTSNVKNEEKLRRSLPNLSRT
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD SNTQVDSVKSSRSDSNFQVPNGGIPRMQPQASAIPSPGKFRSPAAPSPLALRQPVKAFSN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SNTQVDSVKSSRSDSNFQVPNGGIPRMQPQASAIPSPGKFRSPAAPSPLALRQPVKAFSN
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD HGSGSPGSQEITQLTQTTSSPGPPMVQSTVSANPPSNINSATLTRPAGTTAMRSGLPRPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 HGSGSPGSQEITQLTQTTSSPGPPMVQSTVSANPPSNINSATLTRPAGTTAMRSGLPRPS
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580 
pF1KSD APSAGGIPVPRSKLAQPVRRSLPAPKTYGSMKDDSWKDGCY
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 APSAGGIPVPRSKLAQPVRRSLPAPKTYGSMKDDSWKDGCY
              550       560       570       580 

>>CCDS73588.1 SLAIN1 gene_id:122060|Hs108|chr13           (590 aa)
 initn: 622 init1: 284 opt: 674  Z-score: 411.3  bits: 86.1 E(32554): 1.4e-16
Smith-Waterman score: 906; 36.0% identity (55.4% similar) in 663 aa overlap (8-581:23-590)

                              10        20        30        40     
pF1KSD                MEDVNSNVNADQEVRKLQELVKKLEKQNEQLRSRSGAVQGAGSL-
                             :::. ::.::::::.::::::::::::.... .:  : 
CCDS73 MMAEQVKCASAGVSSGAGSGPVVNAELEVKKLQELVRKLEKQNEQLRSRAASAAAAPHLL
               10        20        30        40        50        60

                50                60        70        80           
pF1KSD -----GPGSPVRAGA------SIP--SSGAASPRGFPLGLSAKSGGGPGSG---------
             :..:  ::       : :  .. ::.  :. :::.  .::: :::         
CCDS73 LLPPPPPAAPPPAGLQPLGPRSPPAATATAAASGGLGLGLALGAGGGGGSGSGSGGGSSP
               70        80        90       100       110       120

                                  90       100                     
pF1KSD ---------------------PRRTSSEELRDATSLLAAGEGG-----------------
                            : ..    .. :.....:: ::                 
CCDS73 AFPGTFCLPSPAPSLLCSLAQPPEAPFVYFKPAAGFFGAGGGGPEPGGAGTPPGAAAAPP
              130       140       150       160       170       180

               110       120        130       140       150        
pF1KSD -----LLDEVEPLRPDELERLSGWEEEEE-SWLYSSPKKKLTPMQKSVSPLVWCRQVLDY
            :::::: :   .:: ...:..:.. .::: . .: .:  .::..:: :::.::: 
CCDS73 SPPPTLLDEVELL---DLESVAAWRDEDDYTWLYIGSSKTFTSSEKSLTPLQWCRHVLDN
              190          200       210       220       230       

      160       170       180       190       200       210        
pF1KSD PSPDVECAKKSLIHKLDQTMSALKRQNLYNNPFNSMSYTSPYSPNASSPYSSGFNSPSST
       :.:..: :..::  .:.:                  .:::                    
CCDS73 PTPEMEAARRSLCFRLEQ------------------GYTS--------------------
       240       250                                               

      220       230       240       250       260       270        
pF1KSD PVRPPIVKQLILPGNSGNLKSSDRNPPLSPQSSIDSELSASELDEDSIGSNYKLNDVTDV
                              :. :::::::::::::.:::..:::. .:::.:.:::
CCDS73 -----------------------RGSPLSPQSSIDSELSTSELEDDSISMGYKLQDLTDV
                            260       270       280       290      

      280       290          300       310       320       330     
pF1KSD QILARMQEESLRQEYAATT---SRRSSGSSCNSTRRGTFSDQELDAQSLDDEDDNMHHAV
       ::.::.:::::::.::.:.   ::.::. : .: ..:: :::: :  ::.::..  :   
CCDS73 QIMARLQEESLRQDYASTSASVSRHSSSVSLSSGKKGTCSDQEYDQYSLEDEEEFDH---
        300       310       320       330       340       350      

         340       350       360       370           380       390 
pF1KSD YPAVNRFSPSPRNSPRPSPKQSPRNSPRSRSPARGIEYSRVSPQ----PMISRLQQPRLS
        :      :.::  :: :: :  :. :.:.. . .:.  : ::.    :  .  ::   :
CCDS73 LPP-----PQPR-LPRCSPFQ--RGIPHSQTFS-SIRECRRSPSSQYFPSNNYQQQQYYS
                360          370        380       390       400    

             400       410       420               430        440  
pF1KSD LQGHPTDLQTSNVKNEEKLRRSLPNLSRT-SNTQVDS-------VKSSRS-DSNFQVPNG
        :..  : :  :  : .:::::.:::.:  :.: ..:       :..:.: ::...  ..
CCDS73 PQAQTPD-QQPNRTNGDKLRRSMPNLARMPSTTAISSNISSPVTVRNSQSFDSSLHGAGN
          410        420       430       440       450       460   

            450       460          470       480       490         
pF1KSD GIPRMQPQASAIPSPGKFRS---PAAPSPLALRQPVKAFSNHGSGSPGSQEITQLTQTTS
       :: :.:   : :::::...     ..  :...:::.:: .  .    ::...        
CCDS73 GISRIQ---SCIPSPGQLQHRVHSVGHFPVSIRQPLKATAYVSPTVQGSSNMPL------
              470       480       490       500       510          

     500       510       520       530       540       550         
pF1KSD SPGPPMVQSTVSANPPSNINSATLTRPAGTTAMRSGLPRPSAPSAGGIPVPRSKLAQPVR
       : :  . ..:   .:    :.:. .   :    ::.:::::  . .:  .::::.:::::
CCDS73 SNGLQLYSNTGIPTP----NKAAASGIMG----RSALPRPSL-AINGSNLPRSKIAQPVR
          520           530           540        550       560     

     560       570          580 
pF1KSD RSLPAPKTYGSM---KDDSWKDGCY
         :  ::  .:.   .: .:.::::
CCDS73 SFLQPPKPLSSLSTLRDGNWRDGCY
         570       580       590

>>CCDS31995.2 SLAIN1 gene_id:122060|Hs108|chr13           (426 aa)
 initn: 455 init1: 284 opt: 566  Z-score: 350.3  bits: 74.3 E(32554): 3.4e-13
Smith-Waterman score: 731; 37.1% identity (57.0% similar) in 493 aa overlap (120-581:28-426)

      90       100       110       120              130       140  
pF1KSD ELRDATSLLAAGEGGLLDEVEPLRPDELERLSGWEEEEES-------WLYSSPKKKLTPM
                                     : ::... .:        :: . .: .:  
CCDS31    MVGVGLCLRLLLFFRFKRTLDRICVLFLLGWHRKPRSDGSLFIERLYIGSSKTFTSS
                  10        20        30        40        50       

            150       160       170       180       190       200  
pF1KSD QKSVSPLVWCRQVLDYPSPDVECAKKSLIHKLDQTMSALKRQNLYNNPFNSMSYTSPYSP
       .::..:: :::.::: :.:..: :..::  .:.:                  .:::    
CCDS31 EKSLTPLQWCRHVLDNPTPEMEAARRSLCFRLEQ------------------GYTS----
        60        70        80        90                           

            210       220       230       240       250       260  
pF1KSD NASSPYSSGFNSPSSTPVRPPIVKQLILPGNSGNLKSSDRNPPLSPQSSIDSELSASELD
                                              :. :::::::::::::.:::.
CCDS31 ---------------------------------------RGSPLSPQSSIDSELSTSELE
                                                100       110      

            270       280       290          300       310         
pF1KSD EDSIGSNYKLNDVTDVQILARMQEESLRQEYAATT---SRRSSGSSCNSTRRGTFSDQEL
       .:::. .:::.:.:::::.::.:::::::.::.:.   ::.::. : .: ..:: :::: 
CCDS31 DDSISMGYKLQDLTDVQIMARLQEESLRQDYASTSASVSRHSSSVSLSSGKKGTCSDQEY
        120       130       140       150       160       170      

     320       330       340       350       360       370         
pF1KSD DAQSLDDEDDNMHHAVYPAVNRFSPSPRNSPRPSPKQSPRNSPRSRSPARGIEYSRVSPQ
       :  ::.::..  :    :      :.::  :: :: :  :. :.:.. . .:.  : ::.
CCDS31 DQYSLEDEEEFDH---LP-----PPQPR-LPRCSPFQ--RGIPHSQTFS-SIRECRRSPS
        180          190             200         210        220    

         380       390       400       410       420               
pF1KSD ----PMISRLQQPRLSLQGHPTDLQTSNVKNEEKLRRSLPNLSRT-SNTQVDS-------
           :  .  ::   : :..  : :  :  : .:::::.:::.:  :.: ..:       
CCDS31 SQYFPSNNYQQQQYYSPQAQTPD-QQPNRTNGDKLRRSMPNLARMPSTTAISSNISSPVT
          230       240        250       260       270       280   

       430        440       450       460          470       480   
pF1KSD VKSSRS-DSNFQVPNGGIPRMQPQASAIPSPGKFRS---PAAPSPLALRQPVKAFSNHGS
       :..:.: ::...  ..:: :.:   : :::::...     ..  :...:::.:: .  . 
CCDS31 VRNSQSFDSSLHGAGNGISRIQ---SCIPSPGQLQHRVHSVGHFPVSIRQPLKATAYVSP
           290       300          310       320       330       340

           490         500       510       520       530       540 
pF1KSD GSPGSQEI--TQLTQTTSSPGPPMVQSTVSANPPSNINSATLTRPAGTTAMRSGLPRPSA
          ::...  ..  :  :. : :        .:    :.:. .   :    ::.::::: 
CCDS31 TVQGSSNMPLSNGLQLYSNTGIP--------TP----NKAAASGIMG----RSALPRPSL
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pF1KSD PSAGGIPVPRSKLAQPVRRSLPAPKTYGSM---KDDSWKDGCY
        . .:  .::::.:::::  :  ::  .:.   .: .:.::::
CCDS31 -AINGSNLPRSKIAQPVRSFLQPPKPLSSLSTLRDGNWRDGCY
           390       400       410       420      




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