Result of FASTA (ccds) for pF1KSDA1441
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA1441, 1237 aa
  1>>>pF1KSDA1441 1237 - 1237 aa - 1237 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.5799+/-0.00105; mu= -13.6192+/- 0.062
 mean_var=622.5431+/-144.916, 0's: 0 Z-trim(117.1): 73  B-trim: 854 in 1/52
 Lambda= 0.051403
 statistics sampled from 17710 (17773) to 17710 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.805), E-opt: 0.2 (0.546), width:  16
 Scan time:  5.380

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS992.1 ZNF687 gene_id:57592|Hs108|chr1          (1237) 8587 652.9 1.4e-186
CCDS11969.1 ZNF532 gene_id:55205|Hs108|chr18       (1301) 1729 144.3 1.9e-33


>>CCDS992.1 ZNF687 gene_id:57592|Hs108|chr1               (1237 aa)
 initn: 8587 init1: 8587 opt: 8587  Z-score: 3463.0  bits: 652.9 E(32554): 1.4e-186
Smith-Waterman score: 8587; 100.0% identity (100.0% similar) in 1237 aa overlap (1-1237:1-1237)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MGDMKTPDFDDLLAAFDIPDIDANEAIHSGPEENEGPGGPGKPEPGVGSESEDTAAASAG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 MGDMKTPDFDDLLAAFDIPDIDANEAIHSGPEENEGPGGPGKPEPGVGSESEDTAAASAG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD DGPGVPAQASDHGLPPPDISVVSVIVKNTVCPEQSEALAGGSAGDGAQAAGVTKEGPVGP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 DGPGVPAQASDHGLPPPDISVVSVIVKNTVCPEQSEALAGGSAGDGAQAAGVTKEGPVGP
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD HRMQNGFGSPEPSLPGTPHSPAPPSGGTWKEKGMEGKTPLDLFAHFGPEPGDHSDPLPPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 HRMQNGFGSPEPSLPGTPHSPAPPSGGTWKEKGMEGKTPLDLFAHFGPEPGDHSDPLPPS
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD APSPTREGALTPPPFPSSFELAQENGPGMQPPVSSPPLGALKQESCSPHHPQVLAQQGSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 APSPTREGALTPPPFPSSFELAQENGPGMQPPVSSPPLGALKQESCSPHHPQVLAQQGSG
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD SSPKATDIPASASPPPVAGVPFFKQSPGHQSPLASPKVPVCQPLKEEDDDEGPVDKSSPG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 SSPKATDIPASASPPPVAGVPFFKQSPGHQSPLASPKVPVCQPLKEEDDDEGPVDKSSPG
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD SPQSPSSGAEAADEDSNDSPASSSSRPLKVRIKTIKTSCGNITRTVTQVPSDPDPPAPLA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 SPQSPSSGAEAADEDSNDSPASSSSRPLKVRIKTIKTSCGNITRTVTQVPSDPDPPAPLA
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD EGAFLAEASLLKLSPATPTSEGPKVVSVQLGDGTRLKGTVLPVATIQNASTAMLMAASVA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 EGAFLAEASLLKLSPATPTSEGPKVVSVQLGDGTRLKGTVLPVATIQNASTAMLMAASVA
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD RKAVVLPGGTATSPKMIAKNVLGLVPQALPKADGRAGLGTGGQKVNGASVVMVQPSKTAT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 RKAVVLPGGTATSPKMIAKNVLGLVPQALPKADGRAGLGTGGQKVNGASVVMVQPSKTAT
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD GPSTGGGTVISRTQSSLVEAFNKILNSKNLLPAYRPNLSPPAEAGLALPPTGYRCLECGD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 GPSTGGGTVISRTQSSLVEAFNKILNSKNLLPAYRPNLSPPAEAGLALPPTGYRCLECGD
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD AFSLEKSLARHYDRRSMRIEVTCNHCARRLVFFNKCSLLLHAREHKDKGLVMQCSHLVMR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 AFSLEKSLARHYDRRSMRIEVTCNHCARRLVFFNKCSLLLHAREHKDKGLVMQCSHLVMR
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD PVALDQMVGQPDITPLLPVAVPPVSGPLALPALGKGEGAITSSAITTVAAEAPVLPLSTE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 PVALDQMVGQPDITPLLPVAVPPVSGPLALPALGKGEGAITSSAITTVAAEAPVLPLSTE
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD PPAAPATSAYTCFRCLECKEQCRDKAGMAAHFQQLGPPAPGATSNVCPTCPMMLPNRCSF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 PPAAPATSAYTCFRCLECKEQCRDKAGMAAHFQQLGPPAPGATSNVCPTCPMMLPNRCSF
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD SAHQRMHKNRPPHVCPECGGNFLQANFQTHLREACLHVSRRVGYRCPSCSVVFGGVNSIK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 SAHQRMHKNRPPHVCPECGGNFLQANFQTHLREACLHVSRRVGYRCPSCSVVFGGVNSIK
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KSD SHIQTSHCEVFHKCPICPMAFKSGPSAHAHLYSQHPSFQTQQAKLIYKCAMCDTVFTHKP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 SHIQTSHCEVFHKCPICPMAFKSGPSAHAHLYSQHPSFQTQQAKLIYKCAMCDTVFTHKP
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KSD LLSSHFDQHLLPQRVSVFKCPSCPLLFAQKRTMLEHLKNTHQSGRLEETAGKGAGGALLT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 LLSSHFDQHLLPQRVSVFKCPSCPLLFAQKRTMLEHLKNTHQSGRLEETAGKGAGGALLT
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KSD PKTEPEELAVSQGGAAPATEESSSSSEEEEVPSSPEPPRPAKRPRRELGSKGLKGGGGGP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 PKTEPEELAVSQGGAAPATEESSSSSEEEEVPSSPEPPRPAKRPRRELGSKGLKGGGGGP
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KSD GGWTCGLCHSWFPERDEYVAHMKKEHGKSVKKFPCRLCERSFCSAPSLRRHVRVNHEGIK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 GGWTCGLCHSWFPERDEYVAHMKKEHGKSVKKFPCRLCERSFCSAPSLRRHVRVNHEGIK
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KSD RVYPCRYCTEGKRTFSSRLILEKHVQVRHGLQLGAQSPGRGTTLARGSSARAQGPGRKRR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 RVYPCRYCTEGKRTFSSRLILEKHVQVRHGLQLGAQSPGRGTTLARGSSARAQGPGRKRR
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KSD QSSDSCSEEPDSTTPPAKSPRGGPGSGGHGPLRYRSSSSTEQSLMMGLRVEDGAQQCLDC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 QSSDSCSEEPDSTTPPAKSPRGGPGSGGHGPLRYRSSSSTEQSLMMGLRVEDGAQQCLDC
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150      1160      1170      1180      1190      1200
pF1KSD GLCFASPGSLSRHRFISHKKRRGVGKASALGLGDGEEEAPPSRSDPDGGDSPLPASGGPL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 GLCFASPGSLSRHRFISHKKRRGVGKASALGLGDGEEEAPPSRSDPDGGDSPLPASGGPL
             1150      1160      1170      1180      1190      1200

             1210      1220      1230       
pF1KSD TCKVCGKSCDSPLNLKTHFRTHGMAFIRARQGAVGDN
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 TCKVCGKSCDSPLNLKTHFRTHGMAFIRARQGAVGDN
             1210      1220      1230       

>>CCDS11969.1 ZNF532 gene_id:55205|Hs108|chr18            (1301 aa)
 initn: 2365 init1: 839 opt: 1729  Z-score: 714.1  bits: 144.3 E(32554): 1.9e-33
Smith-Waterman score: 2387; 35.7% identity (61.7% similar) in 1321 aa overlap (3-1231:50-1295)

                                           10        20        30  
pF1KSD                             MGDMKTPDFDDLLAAFDIPDIDANEAIHSGPE
                                     : ..:. .:. ..  . ..   .. ..: .
CCDS11 IPDMVDPKAAIESGHDDHESHMKQNAHGEDDSHAPSSSDVGVSVIVKNVRNIDSSEGGEK
      20        30        40        50        60        70         

             40             50        60        70        80       
pF1KSD ENEGPGGPGKPE-----PGVGSESEDTAAASAGDGPGVPAQASDHGLPPPDISVVSVIVK
       ....: : :  .      .. : :.: : .  :: :.  .  .:  .   ..: .:  ..
CCDS11 DGHNPTGNGLHNGFLTASSLDSYSKDGAKSLKGDVPASEVTLKDSTFS--QFSPISS-AE
      80        90       100       110       120         130       

        90       100          110       120       130       140    
pF1KSD NTVCPEQSEALAGGSAGD---GAQAAGVTKEGPVGPHRMQNGFGSPEPSLPGTPHSPAPP
       .    :. :.    .  :   . ..  .:  .:   .   ...:. . :  :   :    
CCDS11 EFDDDEKIEVDDPPDKEDMRSSFRSNVLTGSAPQQDYDKLKALGGENSSKTGLSTSGNVE
        140       150       160       170       180       190      

          150       160       170       180       190       200    
pF1KSD SGGTWKEKGMEGKTPLDLFAHFGPEPGDHSDPLPPSAPSPTREGALTPPPFPSSFELAQE
       .. . :..   ..  :...  :  . ..  : :  :. .  .. .:         .:..:
CCDS11 KNKAVKRETEASSINLSVYEPFKVRKAE--DKLKESSDKVLENRVLDG-------KLSSE
        200       210       220         230       240              

          210        220       230       240       250       260   
pF1KSD NGPGMQPPVS-SPPLGALKQESCSPHHPQVLAQQGSGSSPKATDIPASASPPPVAGVPFF
       ..    : :. :   .. :  ::      . :......: :    :.. :     . :. 
CCDS11 KNDTSLPSVAPSKTKSSSKLSSCIAAIAALSAKKAASDSCKE---PVANSRE---SSPLP
       250       260       270       280          290          300 

           270       280       290       300       310       320   
pF1KSD KQSPGHQSPLASPKVPVCQPLKEEDDDEGPVDKSSPGSPQSPSSGAEAADEDSNDSPASS
       :.   ..:: :. : :  : :   :  . :  :. : ::.: ::  : ... : .:::.:
CCDS11 KEV--NDSPRAADKSPESQNLI--DGTKKPSLKQ-PDSPRSISS--ENSSKGSPSSPAGS
               310       320         330        340         350    

           330       340                  350                      
pF1KSD SSRPLKVRIKTIKTSCGNITRTVTQV-----------PSD---------------P----
       .    :::::::::: :.: ::::.:           ::.               :    
CCDS11 TPAIPKVRIKTIKTSSGEIKRTVTRVLPEVDLDSGKKPSEQTASVMASVTSLLSSPASAA
          360       370       380       390       400       410    

               360       370                  380           390    
pF1KSD ---DPP-APLAEGAFLAEASLLKLSP--------AT---PTSE----GPKVVSVQLGDGT
          .:: :::  ..    .:  .:.:        ::   :.:     : .:....:...:
CCDS11 VLSSPPRAPLQSAVVTNAVSPAELTPKQVTIKPVATAFLPVSAVKTAGSQVINLKLANNT
          420       430       440       450       460       470    

          400       410        420       430       440             
pF1KSD RLKGTVLPVATIQNASTAMLMAAS-VARKAVVLPGGTATSPKMIAKNV----LGLVPQ-A
        .:.::. .:..:.::.:.. ::. . ...::.:... .. :.. :.:    :.:.:: :
CCDS11 TVKATVISAASVQSASSAIIKAANAIQQQTVVVPASSLANAKLVPKTVHLANLNLLPQGA
          480       490       500       510       520       530    

      450       460       470         480       490       500      
pF1KSD LPKADGRAGLGTGGQKVNGASV--VMVQPSKTATGPSTGGGTVISRTQSSLVEAFNKILN
          .. :  :    :... : .  .  :: : ..  .     :.:  :::.::::::.:.
CCDS11 QATSELRQVLTKPQQQIKQAIINAAASQPPKKVSRVQ-----VVSSLQSSVVEAFNKVLS
          540       550       560       570            580         

        510       520       530       540       550       560      
pF1KSD SKNLLPAYRPNLSPPAEAGLALPPTGYRCLECGDAFSLEKSLARHYDRRSMRIEVTCNHC
       : : .:.: :::::::.::..::  ::.::::::.:.:::::..::::::.:::::::::
CCDS11 SVNPVPVYIPNLSPPANAGITLPTRGYKCLECGDSFALEKSLTQHYDRRSVRIEVTCNHC
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        570       580       590       600       610          620   
pF1KSD ARRLVFFNKCSLLLHAREHKDKGLVMQCSHLVMRPVALDQMVGQPDI---TPLLPVAVPP
       .. :::.:::::: ::: ::.::.:::::::...::  :::. .:.    :    .  : 
CCDS11 TKNLVFYNKCSLLSHARGHKEKGVVMQCSHLILKPVPADQMIVSPSSNTSTSTSTLQSPV
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pF1KSD VSGPLALPALGKG-EGAITSSAITTVAAEAPVLPLSTEPPAAPATSAYTCFRCLECKEQC
        .:  ..  . .:  :.. :.  .:    .:..::. .:      :    ..::::.:  
CCDS11 GAGTHTVTKIQSGITGTVISAPSSTPI--TPAMPLDEDPSKLCRHS----LKCLECNEVF
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pF1KSD RDKAGMAAHFQQLGPPAPGATSNVCPTCPMMLPNRCSFSAHQRMHKNRPPHVCPECGGNF
       .:....:.::::    :  . ...:  : :.:::.::...:::.:... :..:::::.  
CCDS11 QDETSLATHFQQ---AADTSGQKTCTICQMLLPNQCSYASHQRIHQHKSPYTCPECGAIC
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pF1KSD LQANFQTHLREACLHVSRRVGYRCPSCSVVFGGVNSIKSHIQTSHCEVFHKCPICPMAFK
        ...::::. . ::: .::::.::  :.::.. : ..::::: ::::::.::::::::::
CCDS11 RSVHFQTHVTKNCLHYTRRVGFRCVHCNVVYSDVAALKSHIQGSHCEVFYKCPICPMAFK
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pF1KSD SGPSAHAHLYSQHPSFQTQQAKLIYKCAMCDTVFTHKPLLSSHFDQHLLPQRVSVFKCPS
       :.::.:.: :.:::...  . :.::::.::::::: . ::  :::::.  :.:::::::.
CCDS11 SAPSTHSHAYTQHPGIKIGEPKIIYKCSMCDTVFTLQTLLYRHFDQHIENQKVSVFKCPD
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pF1KSD CPLLFAQKRTMLEHLKNTHQSGRLEETAGKGAGGALLTPKTEPEELAVSQGGAAPATEES
       : ::.:::. :..:.:. :  : :.   :    :  :  . .:    ..:..:    :..
CCDS11 CSLLYAQKQLMMDHIKSMH--GTLKSIEGPPNLGINLPLSIKP----ATQNSANQNKEDT
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pF1KSD SSSSEEEEVPSSPEPPRPAKRPRRELGSKGLKGGGGGPGGWTCGLCHSWFPERDEYVAHM
       .: . .:.. .  . : :.:.    . .: .    ..:: :::  :   : .:: :..:.
CCDS11 KSMNGKEKLEK--KSPSPVKK---SMETKKV----ASPG-WTCWECDCLFMQRDVYISHV
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pF1KSD KKEHGKSVKKFPCRLCERSFCSAPSLRRHVRVNHEGIKRVYPCRYCTEGKRTFSSRLILE
       .:::::..:: ::: :..:: :. :: :: :..:.::..:: : .: ...:::..::.::
CCDS11 RKEHGKQMKKHPCRQCDKSFSSSHSLCRHNRIKHKGIRKVYACSHCPDSRRTFTKRLMLE
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pF1KSD KHVQVRHGLQLGAQSPGRGTTLARGSSAR--AQGPGRKRRQSSDSCSEEPDSTTPPAKSP
       ::::. ::..    .    .:  . .  .  .. :. ::.       :::     :   :
CCDS11 KHVQLMHGIKDPDLKEMTDATNEEETEIKEDTKVPSPKRKL------EEPVLEFRP---P
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pF1KSD RGGPGSGGHGPLR------YRSSS------STEQSLMMGLRVE----DGAQ-QCLDCGLC
       ::.  .    ::.      ..  .      .::. :..  ..     ::.. :: .::::
CCDS11 RGAITQ----PLKKLKINVFKVHKCAVCGFTTENLLQFHEHIPQHKSDGSSYQCRECGLC
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       ..:  ::::: :: :: ..    ..  : : :...:  ::. :  :::. :         
CCDS11 YTSHVSLSRHLFIVHKLKEPQPVSKQNGAGEDNQQENKPSHEDESPDGAVSDRK------
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        ::::.:. ..   :.::.::::::::....      
CCDS11 -CKVCAKTFETEAALNTHMRTHGMAFIKSKRMSSAEK
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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