Result of FASTA (omim) for pF1KSDA1341
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA1341, 600 aa
  1>>>pF1KSDA1341 600 - 600 aa - 600 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5658+/-0.000462; mu= 18.2798+/- 0.029
 mean_var=308.4265+/-66.470, 0's: 0 Z-trim(119.3): 192  B-trim: 240 in 1/51
 Lambda= 0.073030
 statistics sampled from 33024 (33249) to 33024 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.721), E-opt: 0.2 (0.39), width:  16
 Scan time:  9.840

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_005959 (OMIM: 160994) heterogeneous nuclear rib ( 730) 1512 173.7 1.9e-42
XP_005272536 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneo ( 712) 1491 171.5 8.5e-42
XP_016882312 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneo ( 697) 1471 169.4 3.6e-41
XP_005272535 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneo ( 715) 1423 164.4 1.2e-39
XP_005272538 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneo ( 610) 1235 144.4   1e-33
XP_016882315 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneo ( 592) 1214 142.2 4.7e-33
XP_016882316 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneo ( 577) 1194 140.1   2e-32
NP_001284347 (OMIM: 160994) heterogeneous nuclear  ( 595) 1146 135.0 6.8e-31
XP_005272540 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneo ( 571)  938 113.1 2.6e-24
NP_112480 (OMIM: 160994) heterogeneous nuclear rib ( 691)  938 113.2 2.9e-24
XP_016882318 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneo ( 553)  917 110.9 1.2e-23
XP_016882313 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneo ( 673)  917 111.0 1.3e-23
XP_016882319 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneo ( 538)  897 108.7 5.1e-23
XP_016882314 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneo ( 658)  897 108.9 5.7e-23
XP_016882317 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneo ( 556)  849 103.7 1.7e-21
XP_005272537 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneo ( 676)  849 103.8 1.9e-21
XP_016882321 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneo ( 453)  581 75.3   5e-13
XP_016882320 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneo ( 468)  581 75.3 5.1e-13
NP_001317177 (OMIM: 605372) heterogeneous nuclear  ( 356)  278 43.2  0.0018
NP_001317176 (OMIM: 605372) heterogeneous nuclear  ( 356)  278 43.2  0.0018
NP_001317178 (OMIM: 605372) heterogeneous nuclear  ( 378)  278 43.2  0.0019
NP_919223 (OMIM: 605372) heterogeneous nuclear rib ( 378)  278 43.2  0.0019
XP_011518157 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 487)  275 43.1  0.0026
XP_016872610 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 487)  275 43.1  0.0026
XP_016872605 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 487)  275 43.1  0.0026
XP_016872607 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 487)  275 43.1  0.0026
XP_011518150 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 487)  275 43.1  0.0026
XP_016872612 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 487)  275 43.1  0.0026
XP_016872609 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 487)  275 43.1  0.0026
XP_011518158 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 487)  275 43.1  0.0026
XP_011518156 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 487)  275 43.1  0.0026
XP_011518160 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 487)  275 43.1  0.0026
XP_016872611 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 487)  275 43.1  0.0026
XP_016872604 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 487)  275 43.1  0.0026
XP_011518159 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 487)  275 43.1  0.0026
XP_016872608 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 487)  275 43.1  0.0026
XP_016872606 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 487)  275 43.1  0.0026
XP_016872590 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 514)  275 43.2  0.0027
XP_011518154 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 514)  275 43.2  0.0027
NP_001317201 (OMIM: 601074) CUGBP Elav-like family ( 514)  275 43.2  0.0027
XP_016872592 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 514)  275 43.2  0.0027
XP_016872593 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 514)  275 43.2  0.0027
NP_001313267 (OMIM: 602538) CUGBP Elav-like family ( 397)  273 42.8  0.0027
XP_016871051 (OMIM: 602538) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 397)  273 42.8  0.0027
XP_016871052 (OMIM: 602538) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 397)  273 42.8  0.0027
XP_016872623 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 483)  274 43.0  0.0028
XP_011518161 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 483)  274 43.0  0.0028
XP_016872622 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 483)  274 43.0  0.0028
NP_941989 (OMIM: 601074) CUGBP Elav-like family me ( 483)  274 43.0  0.0028
XP_016872597 (OMIM: 601074) PREDICTED: CUGBP Elav- ( 510)  274 43.0  0.0029


>>NP_005959 (OMIM: 160994) heterogeneous nuclear ribonuc  (730 aa)
 initn: 1944 init1: 1074 opt: 1512  Z-score: 883.2  bits: 173.7 E(85289): 1.9e-42
Smith-Waterman score: 1550; 53.4% identity (75.4% similar) in 491 aa overlap (37-520:19-481)

         10        20        30        40        50          60    
pF1KSD AEVPGATGGDSPHLQPAEPPGEPRREPHPAEAEKQQPQHSSSSN--GVKMENDESAKEEK
                                     : :.  :   :...  : : :... :..::
NP_005             MAAGVEAAAEVAATEIKMEEESGAPGVPSGNGAPGPKGEGERPAQNEK
                           10        20        30        40        

           70        80        90       100       110       120    
pF1KSD SDLKEKSTGSKKANRFHPYSKDKNSGTGEKKGPNRNRVFISNIPYDMKWQAIKDLMREKV
          :::.  .. .:::.::..            .: :.::.:::.:.:::..:::..:::
NP_005 R--KEKNI-KRGGNRFEPYANP----------TKRYRAFITNIPFDVKWQSLKDLVKEKV
         50         60                  70        80        90     

          130       140       150       160       170       180    
pF1KSD GEVTYVELFKDAEGKSRGCGVVEFKDEEFVKKALETMNKYDLSGRPLNIKEDPDGENARR
       ::::::::. :::::::::.::::: :: .::: :..::..::::::..:::::::.:::
NP_005 GEVTYVELLMDAEGKSRGCAVVEFKMEESMKKAAEVLNKHSLSGRPLKVKEDPDGEHARR
         100       110       120       130       140       150     

          190       200       210       220       230       240    
pF1KSD ALQRTGGSFPGGHVPDMGSGLMNLPPSILNNPNIPPEVISNLQAGRLGSTIFVANLDFKV
       :.:.. ..  :  .   : :....::::::::::: :.:  :::::::::.::::::.::
NP_005 AMQKVMATTGGMGMGPGGPGMITIPPSILNNPNIPNEIIHALQAGRLGSTVFVANLDYKV
         160       170       180       190       200       210     

          250       260       270       280       290       300    
pF1KSD GWKKLKEVFSIAGTVKRADIKEDKDGKSRGMGTVTFEQAIEAVQAISMFNGQFLFDRPMH
       ::::::::::.::.: :::: :::::::::.:::::::.:::::::::::::.:::::::
NP_005 GWKKLKEVFSMAGVVVRADILEDKDGKSRGIGTVTFEQSIEAVQAISMFNGQLLFDRPMH
         220       230       240       250       260       270     

          310       320       330       340       350       360    
pF1KSD VKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNLGPGGM
       ::::....:. ..   . .  :::.::::::::::::::::.:..:: :  :::.::.::
NP_005 VKMDERALPKGDFFPPE-RPQQLPHGLGGIGMGLGPGGQPIDANHLNKGIGMGNIGPAGM
         280       290        300       310       320       330    

          370       380        390          400       410       420
pF1KSD GMDGPGFGGMNRIGGGIG-FGGLEAMNSMGGFGG---VGRMGELYRGAMTSSMERDFGRG
       ::.: ::: .:..::  : :::  .:..:: ::.   .::..:.  .:.         ::
NP_005 GMEGIGFG-INKMGGMEGPFGG--GMENMGRFGSGMNMGRINEILSNALK--------RG
          340        350         360       370       380           

              430        440       450       460       470         
pF1KSD DIGINRGFGDSFGRL-GSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGGMGMGLDR
       .:  ..: : . : . :   .:    :.:...:  .:.:.. ::  ..:    ::. .::
NP_005 EIIAKQGGGGGGGSVPGIERMGPGIDRLGGAGMERMGAGLGHGMDRVGSEIERMGLVMDR
           390       400       410       420       430       440   

     480       490       500       510       520       530         
pF1KSD MSSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPMGSGMRERIGSKGNQIFVRNLPFDLTWQKL
       :.:  .::: ::  .   ..:   . .   ::. : :::::                   
NP_005 MGS-VERMGSGIERMGPLGLDHMASSIER-MGQTM-ERIGSGVERMGAGMGFGLERMAAP
            450       460       470         480       490       500

     540       550       560       570       580       590         
pF1KSD KEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIKISGREIDVRLDRN
                                                                   
NP_005 IDRVGQTIERMGSGVERMGPAIERMGLSMERMVPAGMGAGLERMGPVMDRMATGLERMGA
              510       520       530       540       550       560

>--
 initn: 592 init1: 454 opt: 578  Z-score: 351.4  bits: 75.3 E(85289): 7.8e-13
Smith-Waterman score: 600; 41.1% identity (66.4% similar) in 280 aa overlap (330-600:482-730)

     300       310       320       330       340       350         
pF1KSD DRPMHVKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNL
                                     :.  .: :.: : . ..:    .: ..  .
NP_005 SGIERMGPLGLDHMASSIERMGQTMERIGSGVERMGAGMGFGLERMAAPIDRVGQTIERM
             460       470       480       490       500       510 

     360       370       380       390       400       410         
pF1KSD GPGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIGFGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTSSMERDFGR
       : :   : ::.   ..:.: .     .: :   :  .:. ::: ..   :....:: .: 
NP_005 GSGVERM-GPA---IERMGLS-----MERMVPAGMGAGLERMGPVM-DRMATGLER-MGA
              520               530       540        550        560

     420          430       440       450       460       470      
pF1KSD GDI---GINRGFGDSFGRLGSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGGMGMG
       ...   :..:  ..:. :.:   .:  :. .    :::.       ::       ..: :
NP_005 NNLERMGLERMGANSLERMGLERMG--ANSL--ERMGPA-------MGP------ALGAG
              570       580           590                    600   

        480       490       500       510             520       530
pF1KSD LDRMSSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPM-GS-----GMRERIGSKGNQIFVRNL
       ..::. .   :: : :: ..:.:.:.:: ..: . ::     :    .. :. :::::::
NP_005 IERMGLA---MGGGGGASFDRAIEMERGNFGGSFAGSFGGAGGHAPGVARKACQIFVRNL
           610          620       630       640       650       660

              540       550       560       570       580       590
pF1KSD PFDLTWQKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIKISGR
       :::.::. ::.::..::::..:.::::::::::::.:.:.::: ::.:::.:::.:.:::
NP_005 PFDFTWKMLKDKFNECGHVLYADIKMENGKSKGCGVVKFESPEVAERACRMMNGMKLSGR
              670       680       690       700       710       720

              600
pF1KSD EIDVRLDRNA
       :::::.::::
NP_005 EIDVRIDRNA
              730

>>XP_005272536 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneous n  (712 aa)
 initn: 1923 init1: 1074 opt: 1491  Z-score: 871.4  bits: 171.5 E(85289): 8.5e-42
Smith-Waterman score: 1562; 53.9% identity (75.0% similar) in 503 aa overlap (37-519:19-501)

         10        20        30        40        50          60    
pF1KSD AEVPGATGGDSPHLQPAEPPGEPRREPHPAEAEKQQPQHSSSSN--GVKMENDESAKEEK
                                     : :.  :   :...  : : :... :..::
XP_005             MAAGVEAAAEVAATEIKMEEESGAPGVPSGNGAPGPKGEGERPAQNEK
                           10        20        30        40        

           70        80        90       100       110       120    
pF1KSD SDLKEKSTGSKKANRFHPYSKDKNSGTGEKKGPNRNRVFISNIPYDMKWQAIKDLMREKV
          :::.  .. .:::.::..            .: :.::.:::.:.:::..:::..:::
XP_005 R--KEKNI-KRGGNRFEPYANP----------TKRYRAFITNIPFDVKWQSLKDLVKEKV
         50         60                  70        80        90     

          130       140       150       160       170       180    
pF1KSD GEVTYVELFKDAEGKSRGCGVVEFKDEEFVKKALETMNKYDLSGRPLNIKEDPDGENARR
       ::::::::. :::::::::.::::: :: .::: :..::..::::::..:::::::.:::
XP_005 GEVTYVELLMDAEGKSRGCAVVEFKMEESMKKAAEVLNKHSLSGRPLKVKEDPDGEHARR
         100       110       120       130       140       150     

          190       200       210       220       230       240    
pF1KSD ALQRTGGSFPGGHVPDMGSGLMNLPPSILNNPNIPPEVISNLQAGRLGSTIFVANLDFKV
       :.:.. ..  :  .   : :....::::::::::: :.:  :::::::::.::::::.::
XP_005 AMQKVMATTGGMGMGPGGPGMITIPPSILNNPNIPNEIIHALQAGRLGSTVFVANLDYKV
         160       170       180       190       200       210     

          250       260       270       280       290       300    
pF1KSD GWKKLKEVFSIAGTVKRADIKEDKDGKSRGMGTVTFEQAIEAVQAISMFNGQFLFDRPMH
       ::::::::::.::.: :::: :::::::::.:::::::.:::::::::::::.:::::::
XP_005 GWKKLKEVFSMAGVVVRADILEDKDGKSRGIGTVTFEQSIEAVQAISMFNGQLLFDRPMH
         220       230       240       250       260       270     

          310       320       330       340       350       360    
pF1KSD VKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNLGPGGM
       ::::....:. ..   . .  :::.::::::::::::::::.:..:: :  :::.::.::
XP_005 VKMDERALPKGDFFPPE-RPQQLPHGLGGIGMGLGPGGQPIDANHLNKGIGMGNIGPAGM
         280       290        300       310       320       330    

          370       380        390       400       410             
pF1KSD GMDGPGFGGMNRIGGGIG-FGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTS--SMER---DFG
       ::.: ::: .:..::  : :::  .:..:: ::.   ::..  :.  :  ..::    . 
XP_005 GMEGIGFG-INKMGGMEGPFGG--GMENMGRFGSGMNMGRINGGGGGSVPGIERMGPGID
          340        350         360       370       380       390 

       420          430         440       450       460            
pF1KSD R-GDIGINR---GFGDSFGRLGSAM--IGGFAGRIGSSNMGPVGSGIS--G--GMGSMNS
       : :  :..:   :.: .. :.:: .  .:    :.:: .   .::::   :  :.  : :
XP_005 RLGGAGMERMGAGLGHGMDRVGSEIERMGLVMDRMGSVER--MGSGIERMGPLGLDHMAS
             400       410       420       430         440         

      470       480       490        500        510       520      
pF1KSD VTGGMGMGLDRMSSSFDRMGPGIGAILER-SIDMDR-GFLSGPMGSGMRERIGSKGNQIF
           ::. ..:..:. .::: :.:  ::: .  .:: :     ::::. ::.:       
XP_005 SIERMGQTMERIGSGVERMGAGMGFGLERMAAPIDRVGQTIERMGSGV-ERMGPAIERMG
     450       460       470       480       490        500        

        530       540       550       560       570       580      
pF1KSD VRNLPFDLTWQKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIK
                                                                   
XP_005 LSMERMVPAGMGAGLERMGPVMDRMATGLERMGANNLERMGLERMGANSLERMGLERMGA
      510       520       530       540       550       560        

>--
 initn: 519 init1: 454 opt: 562  Z-score: 342.4  bits: 73.6 E(85289): 2.5e-12
Smith-Waterman score: 562; 45.1% identity (70.1% similar) in 224 aa overlap (386-600:511-712)

         360       370       380       390       400       410     
pF1KSD MGNLGPGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIGFGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTSSMER
                                     .: :   :  .:. ::: ..   :....::
XP_005 APIDRVGQTIERMGSGVERMGPAIERMGLSMERMVPAGMGAGLERMGPVM-DRMATGLER
              490       500       510       520       530          

         420          430       440       450       460       470  
pF1KSD DFGRGDI---GINRGFGDSFGRLGSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGG
        .: ...   :..:  ..:. :.:   .:  :. .    :::.       ::       .
XP_005 -MGANNLERMGLERMGANSLERMGLERMG--ANSL--ERMGPA-------MGP------A
      540       550       560         570                580       

            480       490       500       510             520      
pF1KSD MGMGLDRMSSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPM-GS-----GMRERIGSKGNQIF
       .: :..::. .   :: : :: ..:.:.:.:: ..: . ::     :    .. :. :::
XP_005 LGAGIERMGLA---MGGGGGASFDRAIEMERGNFGGSFAGSFGGAGGHAPGVARKACQIF
             590          600       610       620       630        

        530       540       550       560       570       580      
pF1KSD VRNLPFDLTWQKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIK
       :::::::.::. ::.::..::::..:.::::::::::::.:.:.::: ::.:::.:::.:
XP_005 VRNLPFDFTWKMLKDKFNECGHVLYADIKMENGKSKGCGVVKFESPEVAERACRMMNGMK
      640       650       660       670       680       690        

        590       600
pF1KSD ISGREIDVRLDRNA
       .::::::::.::::
XP_005 LSGREIDVRIDRNA
      700       710  

>>XP_016882312 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneous n  (697 aa)
 initn: 1840 init1: 1062 opt: 1471  Z-score: 860.1  bits: 169.4 E(85289): 3.6e-41
Smith-Waterman score: 1508; 52.9% identity (74.0% similar) in 493 aa overlap (37-519:19-486)

         10        20        30        40        50          60    
pF1KSD AEVPGATGGDSPHLQPAEPPGEPRREPHPAEAEKQQPQHSSSSN--GVKMENDESAKEEK
                                     : :.  :   :...  : : :... :..::
XP_016             MAAGVEAAAEVAATEIKMEEESGAPGVPSGNGAPGPKGEGERPAQNEK
                           10        20        30        40        

           70        80        90       100       110       120    
pF1KSD SDLKEKSTGSKKANRFHPYSKDKNSGTGEKKGPNRNRVFISNIPYDMKWQAIKDLMREKV
          :::.  .. .:::.::..            .: :.::.:::.:.:::..:::..:::
XP_016 R--KEKNI-KRGGNRFEPYANP----------TKRYRAFITNIPFDVKWQSLKDLVKEKV
         50         60                  70        80        90     

          130       140       150       160       170       180    
pF1KSD GEVTYVELFKDAEGKSRGCGVVEFKDEEFVKKALETMNKYDLSGRPLNIKEDPDGENARR
       ::::::::. :::::::::.::::: :: .::: :..::..::::::..:::::::.:::
XP_016 GEVTYVELLMDAEGKSRGCAVVEFKMEESMKKAAEVLNKHSLSGRPLKVKEDPDGEHARR
         100       110       120       130       140       150     

          190       200       210       220       230       240    
pF1KSD ALQRTGGSFPGGHVPDMGSGLMNLPPSILNNPNIPPEVISNLQAGRLGSTIFVANLDFKV
       :.:.. ..  :  .   : :....::::::::::: :.:  :::::::::.::::::.::
XP_016 AMQKVMATTGGMGMGPGGPGMITIPPSILNNPNIPNEIIHALQAGRLGSTVFVANLDYKV
         160       170       180       190       200       210     

          250       260       270       280       290       300    
pF1KSD GWKKLKEVFSIAGTVKRADIKEDKDGKSRGMGTVTFEQAIEAVQAISMFNGQFLFDRPMH
       ::::::::::.::.: :::: :::::::::.:::::::.:::::::::::::.:::::::
XP_016 GWKKLKEVFSMAGVVVRADILEDKDGKSRGIGTVTFEQSIEAVQAISMFNGQLLFDRPMH
         220       230       240       250       260       270     

          310       320       330       340       350       360    
pF1KSD VKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNLGPGGM
       ::::....:. ..   . .  :::.::::::::::::::::.:..:: :  :::.::.: 
XP_016 VKMDERALPKGDFFPPE-RPQQLPHGLGGIGMGLGPGGQPIDANHLNKGIGMGNIGPAG-
         280       290        300       310       320       330    

          370       380       390       400       410       420    
pF1KSD GMDGPGFGGMNRIGGGIGFGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTSSMERDFGRGDIGI
        :.::  :::. .:    ::.   :. ..: :: : .  . :  :  ...:  : :   .
XP_016 -MEGPFGGGMENMGR---FGSGMNMGRING-GGGGSVPGIER--MGPGIDRLGGAGMERM
            340          350        360       370         380      

          430         440       450       460           470        
pF1KSD NRGFGDSFGRLGSAM--IGGFAGRIGSSNMGPVGSGIS--G--GMGSMNSVTGGMGMGLD
       . :.: .. :.:: .  .:    :.:: .   .::::   :  :.  : :    ::. ..
XP_016 GAGLGHGMDRVGSEIERMGLVMDRMGSVER--MGSGIERMGPLGLDHMASSIERMGQTME
        390       400       410         420       430       440    

      480       490        500        510       520       530      
pF1KSD RMSSSFDRMGPGIGAILER-SIDMDR-GFLSGPMGSGMRERIGSKGNQIFVRNLPFDLTW
       :..:. .::: :.:  ::: .  .:: :     ::::. ::.:                 
XP_016 RIGSGVERMGAGMGFGLERMAAPIDRVGQTIERMGSGV-ERMGPAIERMGLSMERMVPAG
          450       460       470       480        490       500   

        540       550       560       570       580       590      
pF1KSD QKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIKISGREIDVRL
                                                                   
XP_016 MGAGLERMGPVMDRMATGLERMGANNLERMGLERMGANSLERMGLERMGANSLERMGPAM
           510       520       530       540       550       560   

>--
 initn: 519 init1: 454 opt: 562  Z-score: 342.5  bits: 73.6 E(85289): 2.5e-12
Smith-Waterman score: 562; 45.1% identity (70.1% similar) in 224 aa overlap (386-600:496-697)

         360       370       380       390       400       410     
pF1KSD MGNLGPGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIGFGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTSSMER
                                     .: :   :  .:. ::: ..   :....::
XP_016 APIDRVGQTIERMGSGVERMGPAIERMGLSMERMVPAGMGAGLERMGPVM-DRMATGLER
         470       480       490       500       510        520    

         420          430       440       450       460       470  
pF1KSD DFGRGDI---GINRGFGDSFGRLGSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGG
        .: ...   :..:  ..:. :.:   .:  :. .    :::.       ::       .
XP_016 -MGANNLERMGLERMGANSLERMGLERMG--ANSL--ERMGPA-------MGP------A
           530       540       550           560                   

            480       490       500       510             520      
pF1KSD MGMGLDRMSSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPM-GS-----GMRERIGSKGNQIF
       .: :..::. .   :: : :: ..:.:.:.:: ..: . ::     :    .. :. :::
XP_016 LGAGIERMGLA---MGGGGGASFDRAIEMERGNFGGSFAGSFGGAGGHAPGVARKACQIF
        570          580       590       600       610       620   

        530       540       550       560       570       580      
pF1KSD VRNLPFDLTWQKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIK
       :::::::.::. ::.::..::::..:.::::::::::::.:.:.::: ::.:::.:::.:
XP_016 VRNLPFDFTWKMLKDKFNECGHVLYADIKMENGKSKGCGVVKFESPEVAERACRMMNGMK
           630       640       650       660       670       680   

        590       600
pF1KSD ISGREIDVRLDRNA
       .::::::::.::::
XP_016 LSGREIDVRIDRNA
           690       

>>XP_005272535 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneous n  (715 aa)
 initn: 1852 init1: 1074 opt: 1423  Z-score: 832.6  bits: 164.4 E(85289): 1.2e-39
Smith-Waterman score: 1509; 52.0% identity (73.2% similar) in 508 aa overlap (37-519:19-504)

         10        20        30        40        50          60    
pF1KSD AEVPGATGGDSPHLQPAEPPGEPRREPHPAEAEKQQPQHSSSSN--GVKMENDESAKEEK
                                     : :.  :   :...  : : :... :..::
XP_005             MAAGVEAAAEVAATEIKMEEESGAPGVPSGNGAPGPKGEGERPAQNEK
                           10        20        30        40        

           70        80        90       100       110       120    
pF1KSD SDLKEKSTGSKKANRFHPYSKDKNSGTGEKKGPNRNRVFISNIPYDMKWQAIKDLMREKV
          :::.  .. .:::.::..            .: :.::.:::.:.:::..:::..:::
XP_005 R--KEKNI-KRGGNRFEPYANP----------TKRYRAFITNIPFDVKWQSLKDLVKEKV
         50         60                  70        80        90     

          130       140       150       160       170       180    
pF1KSD GEVTYVELFKDAEGKSRGCGVVEFKDEEFVKKALETMNKYDLSGRPLNIKEDPDGENARR
       ::::::::. :::::::::.::::: :: .::: :..::..::::::..:::::::.:::
XP_005 GEVTYVELLMDAEGKSRGCAVVEFKMEESMKKAAEVLNKHSLSGRPLKVKEDPDGEHARR
         100       110       120       130       140       150     

          190       200       210       220       230       240    
pF1KSD ALQRTGGSFPGGHVPDMGSGLMNLPPSILNNPNIPPEVISNLQAGRLGSTIFVANLDFKV
       :.:.. ..  :  .   : :....::::::::::: :.:  :::::::::.::::::.::
XP_005 AMQKVMATTGGMGMGPGGPGMITIPPSILNNPNIPNEIIHALQAGRLGSTVFVANLDYKV
         160       170       180       190       200       210     

          250       260       270       280       290       300    
pF1KSD GWKKLKEVFSIAGTVKRADIKEDKDGKSRGMGTVTFEQAIEAVQAISMFNGQFLFDRPMH
       ::::::::::.::.: :::: :::::::::.:::::::.:::::::::::::.:::::::
XP_005 GWKKLKEVFSMAGVVVRADILEDKDGKSRGIGTVTFEQSIEAVQAISMFNGQLLFDRPMH
         220       230       240       250       260       270     

          310       320       330       340       350       360    
pF1KSD VKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNLGPGGM
       ::::....:. ..   . .  :::.::::::::::::::::.:..:: :  :::.::.: 
XP_005 VKMDERALPKGDFFPPE-RPQQLPHGLGGIGMGLGPGGQPIDANHLNKGIGMGNIGPAG-
         280       290        300       310       320       330    

          370           380                  390       400         
pF1KSD GMDGPGFGG----MNRIGGGIGFGGL-----------EAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAM
        :.:: :::    :.:.:.:...: .           : . ..:: :: : .  . :  :
XP_005 -MEGP-FGGGMENMGRFGSGMNMGRINEILSNALKRGEIIAKQGGGGGGGSVPGIER--M
             340       350       360       370       380           

     410       420       430         440       450       460       
pF1KSD TSSMERDFGRGDIGINRGFGDSFGRLGSAM--IGGFAGRIGSSNMGPVGSGIS--G--GM
         ...:  : :   .. :.: .. :.:: .  .:    :.:: .   .::::   :  :.
XP_005 GPGIDRLGGAGMERMGAGLGHGMDRVGSEIERMGLVMDRMGSVER--MGSGIERMGPLGL
     390       400       410       420       430         440       

           470       480       490        500        510       520 
pF1KSD GSMNSVTGGMGMGLDRMSSSFDRMGPGIGAILER-SIDMDR-GFLSGPMGSGMRERIGSK
         : :    ::. ..:..:. .::: :.:  ::: .  .:: :     ::::. ::.:  
XP_005 DHMASSIERMGQTMERIGSGVERMGAGMGFGLERMAAPIDRVGQTIERMGSGV-ERMGPA
       450       460       470       480       490       500       

             530       540       550       560       570       580 
pF1KSD GNQIFVRNLPFDLTWQKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRI
                                                                   
XP_005 IERMGLSMERMVPAGMGAGLERMGPVMDRMATGLERMGANNLERMGLERMGANSLERMGL
        510       520       530       540       550       560      

>--
 initn: 519 init1: 454 opt: 562  Z-score: 342.4  bits: 73.6 E(85289): 2.5e-12
Smith-Waterman score: 562; 45.1% identity (70.1% similar) in 224 aa overlap (386-600:514-715)

         360       370       380       390       400       410     
pF1KSD MGNLGPGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIGFGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTSSMER
                                     .: :   :  .:. ::: ..   :....::
XP_005 APIDRVGQTIERMGSGVERMGPAIERMGLSMERMVPAGMGAGLERMGPVM-DRMATGLER
           490       500       510       520       530        540  

         420          430       440       450       460       470  
pF1KSD DFGRGDI---GINRGFGDSFGRLGSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGG
        .: ...   :..:  ..:. :.:   .:  :. .    :::.       ::       .
XP_005 -MGANNLERMGLERMGANSLERMGLERMG--ANSL--ERMGPA-------MGP------A
             550       560       570           580                 

            480       490       500       510             520      
pF1KSD MGMGLDRMSSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPM-GS-----GMRERIGSKGNQIF
       .: :..::. .   :: : :: ..:.:.:.:: ..: . ::     :    .. :. :::
XP_005 LGAGIERMGLA---MGGGGGASFDRAIEMERGNFGGSFAGSFGGAGGHAPGVARKACQIF
          590          600       610       620       630       640 

        530       540       550       560       570       580      
pF1KSD VRNLPFDLTWQKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIK
       :::::::.::. ::.::..::::..:.::::::::::::.:.:.::: ::.:::.:::.:
XP_005 VRNLPFDFTWKMLKDKFNECGHVLYADIKMENGKSKGCGVVKFESPEVAERACRMMNGMK
             650       660       670       680       690       700 

        590       600
pF1KSD ISGREIDVRLDRNA
       .::::::::.::::
XP_005 LSGREIDVRIDRNA
             710     

>>XP_005272538 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneous n  (610 aa)
 initn: 1697 init1: 802 opt: 1235  Z-score: 726.2  bits: 144.4 E(85289): 1e-33
Smith-Waterman score: 1240; 54.7% identity (76.3% similar) in 375 aa overlap (151-520:2-361)

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD REKVGEVTYVELFKDAEGKSRGCGVVEFKDEEFVKKALETMNKYDLSGRPLNIKEDPDGE
                                     :: .::: :..::..::::::..:::::::
XP_005                              MEESMKKAAEVLNKHSLSGRPLKVKEDPDGE
                                            10        20        30 

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD NARRALQRTGGSFPGGHVPDMGSGLMNLPPSILNNPNIPPEVISNLQAGRLGSTIFVANL
       .::::.:.. ..  :  .   : :....::::::::::: :.:  :::::::::.:::::
XP_005 HARRAMQKVMATTGGMGMGPGGPGMITIPPSILNNPNIPNEIIHALQAGRLGSTVFVANL
              40        50        60        70        80        90 

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD DFKVGWKKLKEVFSIAGTVKRADIKEDKDGKSRGMGTVTFEQAIEAVQAISMFNGQFLFD
       :.::::::::::::.::.: :::: :::::::::.:::::::.:::::::::::::.:::
XP_005 DYKVGWKKLKEVFSMAGVVVRADILEDKDGKSRGIGTVTFEQSIEAVQAISMFNGQLLFD
             100       110       120       130       140       150 

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD RPMHVKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNLG
       ::::::::....:. ..   . .  :::.::::::::::::::::.:..:: :  :::.:
XP_005 RPMHVKMDERALPKGDFFPPE-RPQQLPHGLGGIGMGLGPGGQPIDANHLNKGIGMGNIG
             160       170        180       190       200       210

              370       380        390          400       410      
pF1KSD PGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIG-FGGLEAMNSMGGFGG---VGRMGELYRGAMTSSMERD
       :.::::.: ::: .:..::  : :::  .:..:: ::.   .::..:.  .:.       
XP_005 PAGMGMEGIGFG-INKMGGMEGPFGG--GMENMGRFGSGMNMGRINEILSNALK------
              220        230         240       250       260       

        420       430        440       450       460       470     
pF1KSD FGRGDIGINRGFGDSFGRL-GSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGGMGM
         ::.:  ..: : . : . :   .:    :.:...:  .:.:.. ::  ..:    ::.
XP_005 --RGEIIAKQGGGGGGGSVPGIERMGPGIDRLGGAGMERMGAGLGHGMDRVGSEIERMGL
               270       280       290       300       310         

         480       490       500       510       520       530     
pF1KSD GLDRMSSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPMGSGMRERIGSKGNQIFVRNLPFDLT
        .:::.:  .::: ::  .   ..:   . .   ::. : :::::               
XP_005 VMDRMGS-VERMGSGIERMGPLGLDHMASSIER-MGQTM-ERIGSGVERMGAGMGFGLER
     320        330       340       350         360       370      

         540       550       560       570       580       590     
pF1KSD WQKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIKISGREIDVR
                                                                   
XP_005 MAAPIDRVGQTIERMGSGVERMGPAIERMGLSMERMVPAGMGAGLERMGPVMDRMATGLE
        380       390       400       410       420       430      

>--
 initn: 592 init1: 454 opt: 578  Z-score: 352.1  bits: 75.2 E(85289): 7.2e-13
Smith-Waterman score: 600; 41.1% identity (66.4% similar) in 280 aa overlap (330-600:362-610)

     300       310       320       330       340       350         
pF1KSD DRPMHVKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNL
                                     :.  .: :.: : . ..:    .: ..  .
XP_005 SGIERMGPLGLDHMASSIERMGQTMERIGSGVERMGAGMGFGLERMAAPIDRVGQTIERM
             340       350       360       370       380       390 

     360       370       380       390       400       410         
pF1KSD GPGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIGFGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTSSMERDFGR
       : :   : ::.   ..:.: .     .: :   :  .:. ::: ..   :....:: .: 
XP_005 GSGVERM-GPA---IERMGLS-----MERMVPAGMGAGLERMGPVM-DRMATGLER-MGA
              400               410       420        430        440

     420          430       440       450       460       470      
pF1KSD GDI---GINRGFGDSFGRLGSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGGMGMG
       ...   :..:  ..:. :.:   .:  :. .    :::.       ::       ..: :
XP_005 NNLERMGLERMGANSLERMGLERMG--ANSL--ERMGPA-------MGP------ALGAG
              450       460           470                    480   

        480       490       500       510             520       530
pF1KSD LDRMSSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPM-GS-----GMRERIGSKGNQIFVRNL
       ..::. .   :: : :: ..:.:.:.:: ..: . ::     :    .. :. :::::::
XP_005 IERMGLA---MGGGGGASFDRAIEMERGNFGGSFAGSFGGAGGHAPGVARKACQIFVRNL
           490          500       510       520       530       540

              540       550       560       570       580       590
pF1KSD PFDLTWQKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIKISGR
       :::.::. ::.::..::::..:.::::::::::::.:.:.::: ::.:::.:::.:.:::
XP_005 PFDFTWKMLKDKFNECGHVLYADIKMENGKSKGCGVVKFESPEVAERACRMMNGMKLSGR
              550       560       570       580       590       600

              600
pF1KSD EIDVRLDRNA
       :::::.::::
XP_005 EIDVRIDRNA
              610

>>XP_016882315 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneous n  (592 aa)
 initn: 1716 init1: 802 opt: 1214  Z-score: 714.3  bits: 142.2 E(85289): 4.7e-33
Smith-Waterman score: 1252; 55.3% identity (75.7% similar) in 387 aa overlap (151-519:2-381)

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD REKVGEVTYVELFKDAEGKSRGCGVVEFKDEEFVKKALETMNKYDLSGRPLNIKEDPDGE
                                     :: .::: :..::..::::::..:::::::
XP_016                              MEESMKKAAEVLNKHSLSGRPLKVKEDPDGE
                                            10        20        30 

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD NARRALQRTGGSFPGGHVPDMGSGLMNLPPSILNNPNIPPEVISNLQAGRLGSTIFVANL
       .::::.:.. ..  :  .   : :....::::::::::: :.:  :::::::::.:::::
XP_016 HARRAMQKVMATTGGMGMGPGGPGMITIPPSILNNPNIPNEIIHALQAGRLGSTVFVANL
              40        50        60        70        80        90 

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD DFKVGWKKLKEVFSIAGTVKRADIKEDKDGKSRGMGTVTFEQAIEAVQAISMFNGQFLFD
       :.::::::::::::.::.: :::: :::::::::.:::::::.:::::::::::::.:::
XP_016 DYKVGWKKLKEVFSMAGVVVRADILEDKDGKSRGIGTVTFEQSIEAVQAISMFNGQLLFD
             100       110       120       130       140       150 

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD RPMHVKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNLG
       ::::::::....:. ..   . .  :::.::::::::::::::::.:..:: :  :::.:
XP_016 RPMHVKMDERALPKGDFFPPE-RPQQLPHGLGGIGMGLGPGGQPIDANHLNKGIGMGNIG
             160       170        180       190       200       210

              370       380        390       400       410         
pF1KSD PGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIG-FGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTS--SMER--
       :.::::.: ::: .:..::  : :::  .:..:: ::.   ::..  :.  :  ..::  
XP_016 PAGMGMEGIGFG-INKMGGMEGPFGG--GMENMGRFGSGMNMGRINGGGGGSVPGIERMG
              220        230         240       250       260       

           420          430         440       450       460        
pF1KSD -DFGR-GDIGINR---GFGDSFGRLGSAM--IGGFAGRIGSSNMGPVGSGIS--G--GMG
         . : :  :..:   :.: .. :.:: .  .:    :.:: .   .::::   :  :. 
XP_016 PGIDRLGGAGMERMGAGLGHGMDRVGSEIERMGLVMDRMGSVER--MGSGIERMGPLGLD
       270       280       290       300       310         320     

          470       480       490        500        510       520  
pF1KSD SMNSVTGGMGMGLDRMSSSFDRMGPGIGAILER-SIDMDR-GFLSGPMGSGMRERIGSKG
        : :    ::. ..:..:. .::: :.:  ::: .  .:: :     ::::. ::.:   
XP_016 HMASSIERMGQTMERIGSGVERMGAGMGFGLERMAAPIDRVGQTIERMGSGV-ERMGPAI
         330       340       350       360       370        380    

            530       540       550       560       570       580  
pF1KSD NQIFVRNLPFDLTWQKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIM
                                                                   
XP_016 ERMGLSMERMVPAGMGAGLERMGPVMDRMATGLERMGANNLERMGLERMGANSLERMGLE
          390       400       410       420       430       440    

>--
 initn: 519 init1: 454 opt: 562  Z-score: 343.1  bits: 73.5 E(85289): 2.3e-12
Smith-Waterman score: 562; 45.1% identity (70.1% similar) in 224 aa overlap (386-600:391-592)

         360       370       380       390       400       410     
pF1KSD MGNLGPGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIGFGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTSSMER
                                     .: :   :  .:. ::: ..   :....::
XP_016 APIDRVGQTIERMGSGVERMGPAIERMGLSMERMVPAGMGAGLERMGPVM-DRMATGLER
              370       380       390       400       410          

         420          430       440       450       460       470  
pF1KSD DFGRGDI---GINRGFGDSFGRLGSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGG
        .: ...   :..:  ..:. :.:   .:  :. .    :::.       ::       .
XP_016 -MGANNLERMGLERMGANSLERMGLERMG--ANSL--ERMGPA-------MGP------A
      420       430       440         450                460       

            480       490       500       510             520      
pF1KSD MGMGLDRMSSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPM-GS-----GMRERIGSKGNQIF
       .: :..::. .   :: : :: ..:.:.:.:: ..: . ::     :    .. :. :::
XP_016 LGAGIERMGLA---MGGGGGASFDRAIEMERGNFGGSFAGSFGGAGGHAPGVARKACQIF
             470          480       490       500       510        

        530       540       550       560       570       580      
pF1KSD VRNLPFDLTWQKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIK
       :::::::.::. ::.::..::::..:.::::::::::::.:.:.::: ::.:::.:::.:
XP_016 VRNLPFDFTWKMLKDKFNECGHVLYADIKMENGKSKGCGVVKFESPEVAERACRMMNGMK
      520       530       540       550       560       570        

        590       600
pF1KSD ISGREIDVRLDRNA
       .::::::::.::::
XP_016 LSGREIDVRIDRNA
      580       590  

>>XP_016882316 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneous n  (577 aa)
 initn: 1580 init1: 802 opt: 1194  Z-score: 703.0  bits: 140.1 E(85289): 2e-32
Smith-Waterman score: 1198; 54.1% identity (74.5% similar) in 377 aa overlap (151-519:2-366)

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD REKVGEVTYVELFKDAEGKSRGCGVVEFKDEEFVKKALETMNKYDLSGRPLNIKEDPDGE
                                     :: .::: :..::..::::::..:::::::
XP_016                              MEESMKKAAEVLNKHSLSGRPLKVKEDPDGE
                                            10        20        30 

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD NARRALQRTGGSFPGGHVPDMGSGLMNLPPSILNNPNIPPEVISNLQAGRLGSTIFVANL
       .::::.:.. ..  :  .   : :....::::::::::: :.:  :::::::::.:::::
XP_016 HARRAMQKVMATTGGMGMGPGGPGMITIPPSILNNPNIPNEIIHALQAGRLGSTVFVANL
              40        50        60        70        80        90 

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD DFKVGWKKLKEVFSIAGTVKRADIKEDKDGKSRGMGTVTFEQAIEAVQAISMFNGQFLFD
       :.::::::::::::.::.: :::: :::::::::.:::::::.:::::::::::::.:::
XP_016 DYKVGWKKLKEVFSMAGVVVRADILEDKDGKSRGIGTVTFEQSIEAVQAISMFNGQLLFD
             100       110       120       130       140       150 

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD RPMHVKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNLG
       ::::::::....:. ..   . .  :::.::::::::::::::::.:..:: :  :::.:
XP_016 RPMHVKMDERALPKGDFFPPE-RPQQLPHGLGGIGMGLGPGGQPIDANHLNKGIGMGNIG
             160       170        180       190       200       210

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD PGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIGFGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTSSMERDFGRG
       :.::  .::  :::. .:    ::.   :. ..: :: : .  . :  :  ...:  : :
XP_016 PAGM--EGPFGGGMENMGR---FGSGMNMGRINGGGG-GSVPGIER--MGPGIDRLGGAG
                220          230       240        250         260  

              430         440       450       460           470    
pF1KSD DIGINRGFGDSFGRLGSAM--IGGFAGRIGSSNMGPVGSGIS--G--GMGSMNSVTGGMG
          .. :.: .. :.:: .  .:    :.:: .   .::::   :  :.  : :    ::
XP_016 MERMGAGLGHGMDRVGSEIERMGLVMDRMGSVER--MGSGIERMGPLGLDHMASSIERMG
            270       280       290         300       310       320

          480       490        500        510       520       530  
pF1KSD MGLDRMSSSFDRMGPGIGAILER-SIDMDR-GFLSGPMGSGMRERIGSKGNQIFVRNLPF
       . ..:..:. .::: :.:  ::: .  .:: :     ::::. ::.:             
XP_016 QTMERIGSGVERMGAGMGFGLERMAAPIDRVGQTIERMGSGV-ERMGPAIERMGLSMERM
              330       340       350       360        370         

            540       550       560       570       580       590  
pF1KSD DLTWQKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIKISGREI
                                                                   
XP_016 VPAGMGAGLERMGPVMDRMATGLERMGANNLERMGLERMGANSLERMGLERMGANSLERM
     380       390       400       410       420       430         

>--
 initn: 519 init1: 454 opt: 562  Z-score: 343.2  bits: 73.5 E(85289): 2.2e-12
Smith-Waterman score: 562; 45.1% identity (70.1% similar) in 224 aa overlap (386-600:376-577)

         360       370       380       390       400       410     
pF1KSD MGNLGPGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIGFGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTSSMER
                                     .: :   :  .:. ::: ..   :....::
XP_016 APIDRVGQTIERMGSGVERMGPAIERMGLSMERMVPAGMGAGLERMGPVM-DRMATGLER
         350       360       370       380       390        400    

         420          430       440       450       460       470  
pF1KSD DFGRGDI---GINRGFGDSFGRLGSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGG
        .: ...   :..:  ..:. :.:   .:  :. .    :::.       ::       .
XP_016 -MGANNLERMGLERMGANSLERMGLERMG--ANSL--ERMGPA-------MGP------A
           410       420       430           440                   

            480       490       500       510             520      
pF1KSD MGMGLDRMSSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPM-GS-----GMRERIGSKGNQIF
       .: :..::. .   :: : :: ..:.:.:.:: ..: . ::     :    .. :. :::
XP_016 LGAGIERMGLA---MGGGGGASFDRAIEMERGNFGGSFAGSFGGAGGHAPGVARKACQIF
        450          460       470       480       490       500   

        530       540       550       560       570       580      
pF1KSD VRNLPFDLTWQKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIK
       :::::::.::. ::.::..::::..:.::::::::::::.:.:.::: ::.:::.:::.:
XP_016 VRNLPFDFTWKMLKDKFNECGHVLYADIKMENGKSKGCGVVKFESPEVAERACRMMNGMK
           510       520       530       540       550       560   

        590       600
pF1KSD ISGREIDVRLDRNA
       .::::::::.::::
XP_016 LSGREIDVRIDRNA
           570       

>>NP_001284347 (OMIM: 160994) heterogeneous nuclear ribo  (595 aa)
 initn: 1605 init1: 802 opt: 1146  Z-score: 675.6  bits: 135.0 E(85289): 6.8e-31
Smith-Waterman score: 1199; 52.8% identity (73.5% similar) in 392 aa overlap (151-519:2-384)

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD REKVGEVTYVELFKDAEGKSRGCGVVEFKDEEFVKKALETMNKYDLSGRPLNIKEDPDGE
                                     :: .::: :..::..::::::..:::::::
NP_001                              MEESMKKAAEVLNKHSLSGRPLKVKEDPDGE
                                            10        20        30 

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD NARRALQRTGGSFPGGHVPDMGSGLMNLPPSILNNPNIPPEVISNLQAGRLGSTIFVANL
       .::::.:.. ..  :  .   : :....::::::::::: :.:  :::::::::.:::::
NP_001 HARRAMQKVMATTGGMGMGPGGPGMITIPPSILNNPNIPNEIIHALQAGRLGSTVFVANL
              40        50        60        70        80        90 

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD DFKVGWKKLKEVFSIAGTVKRADIKEDKDGKSRGMGTVTFEQAIEAVQAISMFNGQFLFD
       :.::::::::::::.::.: :::: :::::::::.:::::::.:::::::::::::.:::
NP_001 DYKVGWKKLKEVFSMAGVVVRADILEDKDGKSRGIGTVTFEQSIEAVQAISMFNGQLLFD
             100       110       120       130       140       150 

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD RPMHVKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNLG
       ::::::::....:. ..   . .  :::.::::::::::::::::.:..:: :  :::.:
NP_001 RPMHVKMDERALPKGDFFPPE-RPQQLPHGLGGIGMGLGPGGQPIDANHLNKGIGMGNIG
             160       170        180       190       200       210

              370           380                  390       400     
pF1KSD PGGMGMDGPGFGG----MNRIGGGIGFGGL-----------EAMNSMGGFGGVGRMGELY
       :.:  :.:: :::    :.:.:.:...: .           : . ..:: :: : .  . 
NP_001 PAG--MEGP-FGGGMENMGRFGSGMNMGRINEILSNALKRGEIIAKQGGGGGGGSVPGIE
                 220       230       240       250       260       

         410       420       430         440       450       460   
pF1KSD RGAMTSSMERDFGRGDIGINRGFGDSFGRLGSAM--IGGFAGRIGSSNMGPVGSGIS--G
       :  :  ...:  : :   .. :.: .. :.:: .  .:    :.:: .   .::::   :
NP_001 R--MGPGIDRLGGAGMERMGAGLGHGMDRVGSEIERMGLVMDRMGSVER--MGSGIERMG
         270       280       290       300       310         320   

               470       480       490        500        510       
pF1KSD --GMGSMNSVTGGMGMGLDRMSSSFDRMGPGIGAILER-SIDMDR-GFLSGPMGSGMRER
         :.  : :    ::. ..:..:. .::: :.:  ::: .  .:: :     ::::. ::
NP_001 PLGLDHMASSIERMGQTMERIGSGVERMGAGMGFGLERMAAPIDRVGQTIERMGSGV-ER
           330       340       350       360       370       380   

       520       530       540       550       560       570       
pF1KSD IGSKGNQIFVRNLPFDLTWQKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEK
       .:                                                          
NP_001 MGPAIERMGLSMERMVPAGMGAGLERMGPVMDRMATGLERMGANNLERMGLERMGANSLE
            390       400       410       420       430       440  

>--
 initn: 519 init1: 454 opt: 562  Z-score: 343.1  bits: 73.5 E(85289): 2.3e-12
Smith-Waterman score: 562; 45.1% identity (70.1% similar) in 224 aa overlap (386-600:394-595)

         360       370       380       390       400       410     
pF1KSD MGNLGPGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIGFGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTSSMER
                                     .: :   :  .:. ::: ..   :....::
NP_001 APIDRVGQTIERMGSGVERMGPAIERMGLSMERMVPAGMGAGLERMGPVM-DRMATGLER
           370       380       390       400       410        420  

         420          430       440       450       460       470  
pF1KSD DFGRGDI---GINRGFGDSFGRLGSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGG
        .: ...   :..:  ..:. :.:   .:  :. .    :::.       ::       .
NP_001 -MGANNLERMGLERMGANSLERMGLERMG--ANSL--ERMGPA-------MGP------A
             430       440       450           460                 

            480       490       500       510             520      
pF1KSD MGMGLDRMSSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPM-GS-----GMRERIGSKGNQIF
       .: :..::. .   :: : :: ..:.:.:.:: ..: . ::     :    .. :. :::
NP_001 LGAGIERMGLA---MGGGGGASFDRAIEMERGNFGGSFAGSFGGAGGHAPGVARKACQIF
          470          480       490       500       510       520 

        530       540       550       560       570       580      
pF1KSD VRNLPFDLTWQKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIK
       :::::::.::. ::.::..::::..:.::::::::::::.:.:.::: ::.:::.:::.:
NP_001 VRNLPFDFTWKMLKDKFNECGHVLYADIKMENGKSKGCGVVKFESPEVAERACRMMNGMK
             530       540       550       560       570       580 

        590       600
pF1KSD ISGREIDVRLDRNA
       .::::::::.::::
NP_001 LSGREIDVRIDRNA
             590     

>>XP_005272540 (OMIM: 160994) PREDICTED: heterogeneous n  (571 aa)
 initn: 1372 init1: 502 opt: 938  Z-score: 557.3  bits: 113.1 E(85289): 2.6e-24
Smith-Waterman score: 1033; 49.9% identity (69.1% similar) in 375 aa overlap (151-520:2-322)

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD REKVGEVTYVELFKDAEGKSRGCGVVEFKDEEFVKKALETMNKYDLSGRPLNIKEDPDGE
                                     :: .::: :..::..::::::..:::::::
XP_005                              MEESMKKAAEVLNKHSLSGRPLKVKEDPDGE
                                            10        20        30 

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD NARRALQRTGGSFPGGHVPDMGSGLMNLPPSILNNPNIPPEVISNLQAGRLGSTIFVANL
       .::::.:.                                       :::::::.:::::
XP_005 HARRAMQK---------------------------------------AGRLGSTVFVANL
                                                     40        50  

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD DFKVGWKKLKEVFSIAGTVKRADIKEDKDGKSRGMGTVTFEQAIEAVQAISMFNGQFLFD
       :.::::::::::::.::.: :::: :::::::::.:::::::.:::::::::::::.:::
XP_005 DYKVGWKKLKEVFSMAGVVVRADILEDKDGKSRGIGTVTFEQSIEAVQAISMFNGQLLFD
             60        70        80        90       100       110  

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD RPMHVKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNLG
       ::::::::....:. ..   . .  :::.::::::::::::::::.:..:: :  :::.:
XP_005 RPMHVKMDERALPKGDFFPPE-RPQQLPHGLGGIGMGLGPGGQPIDANHLNKGIGMGNIG
            120       130        140       150       160       170 

              370       380        390          400       410      
pF1KSD PGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIG-FGGLEAMNSMGGFGG---VGRMGELYRGAMTSSMERD
       :.::::.: ::: .:..::  : :::  .:..:: ::.   .::..:.  .:.       
XP_005 PAGMGMEGIGFG-INKMGGMEGPFGG--GMENMGRFGSGMNMGRINEILSNALK------
             180        190         200       210       220        

        420       430        440       450       460       470     
pF1KSD FGRGDIGINRGFGDSFGRL-GSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGGMGM
         ::.:  ..: : . : . :   .:    :.:...:  .:.:.. ::  ..:    ::.
XP_005 --RGEIIAKQGGGGGGGSVPGIERMGPGIDRLGGAGMERMGAGLGHGMDRVGSEIERMGL
              230       240       250       260       270       280

         480       490       500       510       520       530     
pF1KSD GLDRMSSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPMGSGMRERIGSKGNQIFVRNLPFDLT
        .:::.:  .::: ::  .   ..:   . .   ::. : :::::               
XP_005 VMDRMGS-VERMGSGIERMGPLGLDHMASSIER-MGQTM-ERIGSGVERMGAGMGFGLER
               290       300       310         320       330       

         540       550       560       570       580       590     
pF1KSD WQKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIKISGREIDVR
                                                                   
XP_005 MAAPIDRVGQTIERMGSGVERMGPAIERMGLSMERMVPAGMGAGLERMGPVMDRMATGLE
       340       350       360       370       380       390       

>--
 initn: 592 init1: 454 opt: 578  Z-score: 352.3  bits: 75.2 E(85289): 6.9e-13
Smith-Waterman score: 600; 41.1% identity (66.4% similar) in 280 aa overlap (330-600:323-571)

     300       310       320       330       340       350         
pF1KSD DRPMHVKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNL
                                     :.  .: :.: : . ..:    .: ..  .
XP_005 SGIERMGPLGLDHMASSIERMGQTMERIGSGVERMGAGMGFGLERMAAPIDRVGQTIERM
            300       310       320       330       340       350  

     360       370       380       390       400       410         
pF1KSD GPGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIGFGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTSSMERDFGR
       : :   : ::.   ..:.: .     .: :   :  .:. ::: ..   :....:: .: 
XP_005 GSGVERM-GPA---IERMGLS-----MERMVPAGMGAGLERMGPVM-DRMATGLER-MGA
             360               370       380        390        400 

     420          430       440       450       460       470      
pF1KSD GDI---GINRGFGDSFGRLGSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGGMGMG
       ...   :..:  ..:. :.:   .:  :. .    :::.       ::       ..: :
XP_005 NNLERMGLERMGANSLERMGLERMG--ANSL--ERMGPA-------MGP------ALGAG
             410       420         430                      440    

        480       490       500       510             520       530
pF1KSD LDRMSSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPM-GS-----GMRERIGSKGNQIFVRNL
       ..::. .   :: : :: ..:.:.:.:: ..: . ::     :    .. :. :::::::
XP_005 IERMGLA---MGGGGGASFDRAIEMERGNFGGSFAGSFGGAGGHAPGVARKACQIFVRNL
          450          460       470       480       490       500 

              540       550       560       570       580       590
pF1KSD PFDLTWQKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIKISGR
       :::.::. ::.::..::::..:.::::::::::::.:.:.::: ::.:::.:::.:.:::
XP_005 PFDFTWKMLKDKFNECGHVLYADIKMENGKSKGCGVVKFESPEVAERACRMMNGMKLSGR
             510       520       530       540       550       560 

              600
pF1KSD EIDVRLDRNA
       :::::.::::
XP_005 EIDVRIDRNA
             570 

>>NP_112480 (OMIM: 160994) heterogeneous nuclear ribonuc  (691 aa)
 initn: 1307 init1: 502 opt: 938  Z-score: 556.6  bits: 113.2 E(85289): 2.9e-24
Smith-Waterman score: 1343; 49.7% identity (69.9% similar) in 491 aa overlap (37-520:19-442)

         10        20        30        40        50          60    
pF1KSD AEVPGATGGDSPHLQPAEPPGEPRREPHPAEAEKQQPQHSSSSN--GVKMENDESAKEEK
                                     : :.  :   :...  : : :... :..::
NP_112             MAAGVEAAAEVAATEIKMEEESGAPGVPSGNGAPGPKGEGERPAQNEK
                           10        20        30        40        

           70        80        90       100       110       120    
pF1KSD SDLKEKSTGSKKANRFHPYSKDKNSGTGEKKGPNRNRVFISNIPYDMKWQAIKDLMREKV
          :::.  .. .:::.::..            .: :.::.:::.:.:::..:::..:::
NP_112 R--KEKNI-KRGGNRFEPYANP----------TKRYRAFITNIPFDVKWQSLKDLVKEKV
         50         60                  70        80        90     

          130       140       150       160       170       180    
pF1KSD GEVTYVELFKDAEGKSRGCGVVEFKDEEFVKKALETMNKYDLSGRPLNIKEDPDGENARR
       ::::::::. :::::::::.::::: :: .::: :..::..::::::..:::::::.:::
NP_112 GEVTYVELLMDAEGKSRGCAVVEFKMEESMKKAAEVLNKHSLSGRPLKVKEDPDGEHARR
         100       110       120       130       140       150     

          190       200       210       220       230       240    
pF1KSD ALQRTGGSFPGGHVPDMGSGLMNLPPSILNNPNIPPEVISNLQAGRLGSTIFVANLDFKV
       :.:.                                       :::::::.::::::.::
NP_112 AMQK---------------------------------------AGRLGSTVFVANLDYKV
                                                160       170      

          250       260       270       280       290       300    
pF1KSD GWKKLKEVFSIAGTVKRADIKEDKDGKSRGMGTVTFEQAIEAVQAISMFNGQFLFDRPMH
       ::::::::::.::.: :::: :::::::::.:::::::.:::::::::::::.:::::::
NP_112 GWKKLKEVFSMAGVVVRADILEDKDGKSRGIGTVTFEQSIEAVQAISMFNGQLLFDRPMH
        180       190       200       210       220       230      

          310       320       330       340       350       360    
pF1KSD VKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNLGPGGM
       ::::....:. ..   . .  :::.::::::::::::::::.:..:: :  :::.::.::
NP_112 VKMDERALPKGDFFPPE-RPQQLPHGLGGIGMGLGPGGQPIDANHLNKGIGMGNIGPAGM
        240       250        260       270       280       290     

          370       380        390          400       410       420
pF1KSD GMDGPGFGGMNRIGGGIG-FGGLEAMNSMGGFGG---VGRMGELYRGAMTSSMERDFGRG
       ::.: ::: .:..::  : :::  .:..:: ::.   .::..:.  .:.         ::
NP_112 GMEGIGFG-INKMGGMEGPFGG--GMENMGRFGSGMNMGRINEILSNALK--------RG
         300        310         320       330       340            

              430        440       450       460       470         
pF1KSD DIGINRGFGDSFGRL-GSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGGMGMGLDR
       .:  ..: : . : . :   .:    :.:...:  .:.:.. ::  ..:    ::. .::
NP_112 EIIAKQGGGGGGGSVPGIERMGPGIDRLGGAGMERMGAGLGHGMDRVGSEIERMGLVMDR
          350       360       370       380       390       400    

     480       490       500       510       520       530         
pF1KSD MSSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPMGSGMRERIGSKGNQIFVRNLPFDLTWQKL
       :.:  .::: ::  .   ..:   . .   ::. : :::::                   
NP_112 MGS-VERMGSGIERMGPLGLDHMASSIER-MGQTM-ERIGSGVERMGAGMGFGLERMAAP
           410       420       430         440       450       460 

     540       550       560       570       580       590         
pF1KSD KEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIKISGREIDVRLDRN
                                                                   
NP_112 IDRVGQTIERMGSGVERMGPAIERMGLSMERMVPAGMGAGLERMGPVMDRMATGLERMGA
             470       480       490       500       510       520 

>--
 initn: 592 init1: 454 opt: 578  Z-score: 351.6  bits: 75.3 E(85289): 7.6e-13
Smith-Waterman score: 600; 41.1% identity (66.4% similar) in 280 aa overlap (330-600:443-691)

     300       310       320       330       340       350         
pF1KSD DRPMHVKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNL
                                     :.  .: :.: : . ..:    .: ..  .
NP_112 SGIERMGPLGLDHMASSIERMGQTMERIGSGVERMGAGMGFGLERMAAPIDRVGQTIERM
            420       430       440       450       460       470  

     360       370       380       390       400       410         
pF1KSD GPGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIGFGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTSSMERDFGR
       : :   : ::.   ..:.: .     .: :   :  .:. ::: ..   :....:: .: 
NP_112 GSGVERM-GPA---IERMGLS-----MERMVPAGMGAGLERMGPVM-DRMATGLER-MGA
             480               490       500        510        520 

     420          430       440       450       460       470      
pF1KSD GDI---GINRGFGDSFGRLGSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGGMGMG
       ...   :..:  ..:. :.:   .:  :. .    :::.       ::       ..: :
NP_112 NNLERMGLERMGANSLERMGLERMG--ANSL--ERMGPA-------MGP------ALGAG
             530       540         550                      560    

        480       490       500       510             520       530
pF1KSD LDRMSSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPM-GS-----GMRERIGSKGNQIFVRNL
       ..::. .   :: : :: ..:.:.:.:: ..: . ::     :    .. :. :::::::
NP_112 IERMGLA---MGGGGGASFDRAIEMERGNFGGSFAGSFGGAGGHAPGVARKACQIFVRNL
          570          580       590       600       610       620 

              540       550       560       570       580       590
pF1KSD PFDLTWQKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIKISGR
       :::.::. ::.::..::::..:.::::::::::::.:.:.::: ::.:::.:::.:.:::
NP_112 PFDFTWKMLKDKFNECGHVLYADIKMENGKSKGCGVVKFESPEVAERACRMMNGMKLSGR
             630       640       650       660       670       680 

              600
pF1KSD EIDVRLDRNA
       :::::.::::
NP_112 EIDVRIDRNA
             690 




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60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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