Result of FASTA (ccds) for pF1KSDA1341
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA1341, 600 aa
  1>>>pF1KSDA1341 600 - 600 aa - 600 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.2548+/-0.00103; mu= 13.5874+/- 0.063
 mean_var=242.5673+/-50.837, 0's: 0 Z-trim(112.0): 82  B-trim: 16 in 1/50
 Lambda= 0.082349
 statistics sampled from 12764 (12838) to 12764 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.726), E-opt: 0.2 (0.394), width:  16
 Scan time:  2.880

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS32230.1 MYEF2 gene_id:50804|Hs108|chr15        ( 600) 4083 498.6 9.6e-141
CCDS73722.1 MYEF2 gene_id:50804|Hs108|chr15        ( 576) 3015 371.7 1.5e-102
CCDS12203.1 HNRNPM gene_id:4670|Hs108|chr19        ( 730) 1512 193.3 9.5e-49
CCDS12204.1 HNRNPM gene_id:4670|Hs108|chr19        ( 691)  938 125.0 3.1e-28


>>CCDS32230.1 MYEF2 gene_id:50804|Hs108|chr15             (600 aa)
 initn: 4083 init1: 4083 opt: 4083  Z-score: 2640.3  bits: 498.6 E(32554): 9.6e-141
Smith-Waterman score: 4083; 99.8% identity (100.0% similar) in 600 aa overlap (1-600:1-600)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MADANKAEVPGATGGDSPHLQPAEPPGEPRREPHPAEAEKQQPQHSSSSNGVKMENDESA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MADANKAEVPGATGGDSPHLQPAEPPGEPRREPHPAEAEKQQPQHSSSSNGVKMENDESA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD KEEKSDLKEKSTGSKKANRFHPYSKDKNSGTGEKKGPNRNRVFISNIPYDMKWQAIKDLM
       ::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 KEEKSDLKEKSTGSKKANRFHPYSKDKNSGAGEKKGPNRNRVFISNIPYDMKWQAIKDLM
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD REKVGEVTYVELFKDAEGKSRGCGVVEFKDEEFVKKALETMNKYDLSGRPLNIKEDPDGE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 REKVGEVTYVELFKDAEGKSRGCGVVEFKDEEFVKKALETMNKYDLSGRPLNIKEDPDGE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD NARRALQRTGGSFPGGHVPDMGSGLMNLPPSILNNPNIPPEVISNLQAGRLGSTIFVANL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 NARRALQRTGGSFPGGHVPDMGSGLMNLPPSILNNPNIPPEVISNLQAGRLGSTIFVANL
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD DFKVGWKKLKEVFSIAGTVKRADIKEDKDGKSRGMGTVTFEQAIEAVQAISMFNGQFLFD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 DFKVGWKKLKEVFSIAGTVKRADIKEDKDGKSRGMGTVTFEQAIEAVQAISMFNGQFLFD
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD RPMHVKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNLG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 RPMHVKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNLG
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD PGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIGFGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTSSMERDFGRG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 PGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIGFGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTSSMERDFGRG
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD DIGINRGFGDSFGRLGSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGGMGMGLDRM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 DIGINRGFGDSFGRLGSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGGMGMGLDRM
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD SSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPMGSGMRERIGSKGNQIFVRNLPFDLTWQKLK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPMGSGMRERIGSKGNQIFVRNLPFDLTWQKLK
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD EKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIKISGREIDVRLDRNA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 EKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIKISGREIDVRLDRNA
              550       560       570       580       590       600

>>CCDS73722.1 MYEF2 gene_id:50804|Hs108|chr15             (576 aa)
 initn: 2980 init1: 2980 opt: 3015  Z-score: 1954.8  bits: 371.7 E(32554): 1.5e-102
Smith-Waterman score: 3868; 95.8% identity (96.0% similar) in 600 aa overlap (1-600:1-576)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MADANKAEVPGATGGDSPHLQPAEPPGEPRREPHPAEAEKQQPQHSSSSNGVKMENDESA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 MADANKAEVPGATGGDSPHLQPAEPPGEPRREPHPAEAEKQQPQHSSSSNGVKMENDESA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD KEEKSDLKEKSTGSKKANRFHPYSKDKNSGTGEKKGPNRNRVFISNIPYDMKWQAIKDLM
       ::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 KEEKSDLKEKSTGSKKANRFHPYSKDKNSGAGEKKGPNRNRVFISNIPYDMKWQAIKDLM
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD REKVGEVTYVELFKDAEGKSRGCGVVEFKDEEFVKKALETMNKYDLSGRPLNIKEDPDGE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 REKVGEVTYVELFKDAEGKSRGCGVVEFKDEEFVKKALETMNKYDLSGRPLNIKEDPDGE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD NARRALQRTGGSFPGGHVPDMGSGLMNLPPSILNNPNIPPEVISNLQAGRLGSTIFVANL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 NARRALQRTGGSFPGGHVPDMGSGLMNLPPSILNNPNIPPEVISNLQAGRLGSTIFVANL
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD DFKVGWKKLKEVFSIAGTVKRADIKEDKDGKSRGMGTVTFEQAIEAVQAISMFNGQFLFD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 DFKVGWKKLKEVFSIAGTVKRADIKEDKDGKSRGMGTVTFEQAIEAVQAISMFNGQFLFD
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD RPMHVKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNLG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 RPMHVKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNLG
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD PGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIGFGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTSSMERDFGRG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 PGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIGFGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTSSMERDFGRG
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD DIGINRGFGDSFGRLGSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGGMGMGLDRM
       ::::::::::::::::                        ::::::::::::::::::::
CCDS73 DIGINRGFGDSFGRLG------------------------GGMGSMNSVTGGMGMGLDRM
              430                               440       450      

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD SSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPMGSGMRERIGSKGNQIFVRNLPFDLTWQKLK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 SSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPMGSGMRERIGSKGNQIFVRNLPFDLTWQKLK
        460       470       480       490       500       510      

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD EKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIKISGREIDVRLDRNA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 EKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIKISGREIDVRLDRNA
        520       530       540       550       560       570      

>>CCDS12203.1 HNRNPM gene_id:4670|Hs108|chr19             (730 aa)
 initn: 1944 init1: 1074 opt: 1512  Z-score: 988.6  bits: 193.3 E(32554): 9.5e-49
Smith-Waterman score: 1550; 53.4% identity (75.4% similar) in 491 aa overlap (37-520:19-481)

         10        20        30        40        50          60    
pF1KSD AEVPGATGGDSPHLQPAEPPGEPRREPHPAEAEKQQPQHSSSSN--GVKMENDESAKEEK
                                     : :.  :   :...  : : :... :..::
CCDS12             MAAGVEAAAEVAATEIKMEEESGAPGVPSGNGAPGPKGEGERPAQNEK
                           10        20        30        40        

           70        80        90       100       110       120    
pF1KSD SDLKEKSTGSKKANRFHPYSKDKNSGTGEKKGPNRNRVFISNIPYDMKWQAIKDLMREKV
          :::.  .. .:::.::..            .: :.::.:::.:.:::..:::..:::
CCDS12 R--KEKNI-KRGGNRFEPYANP----------TKRYRAFITNIPFDVKWQSLKDLVKEKV
         50         60                  70        80        90     

          130       140       150       160       170       180    
pF1KSD GEVTYVELFKDAEGKSRGCGVVEFKDEEFVKKALETMNKYDLSGRPLNIKEDPDGENARR
       ::::::::. :::::::::.::::: :: .::: :..::..::::::..:::::::.:::
CCDS12 GEVTYVELLMDAEGKSRGCAVVEFKMEESMKKAAEVLNKHSLSGRPLKVKEDPDGEHARR
         100       110       120       130       140       150     

          190       200       210       220       230       240    
pF1KSD ALQRTGGSFPGGHVPDMGSGLMNLPPSILNNPNIPPEVISNLQAGRLGSTIFVANLDFKV
       :.:.. ..  :  .   : :....::::::::::: :.:  :::::::::.::::::.::
CCDS12 AMQKVMATTGGMGMGPGGPGMITIPPSILNNPNIPNEIIHALQAGRLGSTVFVANLDYKV
         160       170       180       190       200       210     

          250       260       270       280       290       300    
pF1KSD GWKKLKEVFSIAGTVKRADIKEDKDGKSRGMGTVTFEQAIEAVQAISMFNGQFLFDRPMH
       ::::::::::.::.: :::: :::::::::.:::::::.:::::::::::::.:::::::
CCDS12 GWKKLKEVFSMAGVVVRADILEDKDGKSRGIGTVTFEQSIEAVQAISMFNGQLLFDRPMH
         220       230       240       250       260       270     

          310       320       330       340       350       360    
pF1KSD VKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNLGPGGM
       ::::....:. ..   . .  :::.::::::::::::::::.:..:: :  :::.::.::
CCDS12 VKMDERALPKGDFFPPE-RPQQLPHGLGGIGMGLGPGGQPIDANHLNKGIGMGNIGPAGM
         280       290        300       310       320       330    

          370       380        390          400       410       420
pF1KSD GMDGPGFGGMNRIGGGIG-FGGLEAMNSMGGFGG---VGRMGELYRGAMTSSMERDFGRG
       ::.: ::: .:..::  : :::  .:..:: ::.   .::..:.  .:.         ::
CCDS12 GMEGIGFG-INKMGGMEGPFGG--GMENMGRFGSGMNMGRINEILSNALK--------RG
          340        350         360       370       380           

              430        440       450       460       470         
pF1KSD DIGINRGFGDSFGRL-GSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGGMGMGLDR
       .:  ..: : . : . :   .:    :.:...:  .:.:.. ::  ..:    ::. .::
CCDS12 EIIAKQGGGGGGGSVPGIERMGPGIDRLGGAGMERMGAGLGHGMDRVGSEIERMGLVMDR
           390       400       410       420       430       440   

     480       490       500       510       520       530         
pF1KSD MSSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPMGSGMRERIGSKGNQIFVRNLPFDLTWQKL
       :.:  .::: ::  .   ..:   . .   ::. : :::::                   
CCDS12 MGS-VERMGSGIERMGPLGLDHMASSIER-MGQTM-ERIGSGVERMGAGMGFGLERMAAP
            450       460       470         480       490       500

     540       550       560       570       580       590         
pF1KSD KEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIKISGREIDVRLDRN
                                                                   
CCDS12 IDRVGQTIERMGSGVERMGPAIERMGLSMERMVPAGMGAGLERMGPVMDRMATGLERMGA
              510       520       530       540       550       560

>--
 initn: 592 init1: 454 opt: 578  Z-score: 388.9  bits: 82.3 E(32554): 2.4e-15
Smith-Waterman score: 600; 41.1% identity (66.4% similar) in 280 aa overlap (330-600:482-730)

     300       310       320       330       340       350         
pF1KSD DRPMHVKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNL
                                     :.  .: :.: : . ..:    .: ..  .
CCDS12 SGIERMGPLGLDHMASSIERMGQTMERIGSGVERMGAGMGFGLERMAAPIDRVGQTIERM
             460       470       480       490       500       510 

     360       370       380       390       400       410         
pF1KSD GPGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIGFGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTSSMERDFGR
       : :   : ::.   ..:.: .     .: :   :  .:. ::: ..   :....:: .: 
CCDS12 GSGVERM-GPA---IERMGLS-----MERMVPAGMGAGLERMGPVM-DRMATGLER-MGA
              520               530       540        550        560

     420          430       440       450       460       470      
pF1KSD GDI---GINRGFGDSFGRLGSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGGMGMG
       ...   :..:  ..:. :.:   .:  :. .    :::.       ::       ..: :
CCDS12 NNLERMGLERMGANSLERMGLERMG--ANSL--ERMGPA-------MGP------ALGAG
              570       580           590                    600   

        480       490       500       510             520       530
pF1KSD LDRMSSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPM-GS-----GMRERIGSKGNQIFVRNL
       ..::. .   :: : :: ..:.:.:.:: ..: . ::     :    .. :. :::::::
CCDS12 IERMGLA---MGGGGGASFDRAIEMERGNFGGSFAGSFGGAGGHAPGVARKACQIFVRNL
           610          620       630       640       650       660

              540       550       560       570       580       590
pF1KSD PFDLTWQKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIKISGR
       :::.::. ::.::..::::..:.::::::::::::.:.:.::: ::.:::.:::.:.:::
CCDS12 PFDFTWKMLKDKFNECGHVLYADIKMENGKSKGCGVVKFESPEVAERACRMMNGMKLSGR
              670       680       690       700       710       720

              600
pF1KSD EIDVRLDRNA
       :::::.::::
CCDS12 EIDVRIDRNA
              730

>>CCDS12204.1 HNRNPM gene_id:4670|Hs108|chr19             (691 aa)
 initn: 1307 init1: 502 opt: 938  Z-score: 620.3  bits: 125.0 E(32554): 3.1e-28
Smith-Waterman score: 1343; 49.7% identity (69.9% similar) in 491 aa overlap (37-520:19-442)

         10        20        30        40        50          60    
pF1KSD AEVPGATGGDSPHLQPAEPPGEPRREPHPAEAEKQQPQHSSSSN--GVKMENDESAKEEK
                                     : :.  :   :...  : : :... :..::
CCDS12             MAAGVEAAAEVAATEIKMEEESGAPGVPSGNGAPGPKGEGERPAQNEK
                           10        20        30        40        

           70        80        90       100       110       120    
pF1KSD SDLKEKSTGSKKANRFHPYSKDKNSGTGEKKGPNRNRVFISNIPYDMKWQAIKDLMREKV
          :::.  .. .:::.::..            .: :.::.:::.:.:::..:::..:::
CCDS12 R--KEKNI-KRGGNRFEPYANP----------TKRYRAFITNIPFDVKWQSLKDLVKEKV
         50         60                  70        80        90     

          130       140       150       160       170       180    
pF1KSD GEVTYVELFKDAEGKSRGCGVVEFKDEEFVKKALETMNKYDLSGRPLNIKEDPDGENARR
       ::::::::. :::::::::.::::: :: .::: :..::..::::::..:::::::.:::
CCDS12 GEVTYVELLMDAEGKSRGCAVVEFKMEESMKKAAEVLNKHSLSGRPLKVKEDPDGEHARR
         100       110       120       130       140       150     

          190       200       210       220       230       240    
pF1KSD ALQRTGGSFPGGHVPDMGSGLMNLPPSILNNPNIPPEVISNLQAGRLGSTIFVANLDFKV
       :.:.                                       :::::::.::::::.::
CCDS12 AMQK---------------------------------------AGRLGSTVFVANLDYKV
                                                160       170      

          250       260       270       280       290       300    
pF1KSD GWKKLKEVFSIAGTVKRADIKEDKDGKSRGMGTVTFEQAIEAVQAISMFNGQFLFDRPMH
       ::::::::::.::.: :::: :::::::::.:::::::.:::::::::::::.:::::::
CCDS12 GWKKLKEVFSMAGVVVRADILEDKDGKSRGIGTVTFEQSIEAVQAISMFNGQLLFDRPMH
        180       190       200       210       220       230      

          310       320       330       340       350       360    
pF1KSD VKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNLGPGGM
       ::::....:. ..   . .  :::.::::::::::::::::.:..:: :  :::.::.::
CCDS12 VKMDERALPKGDFFPPE-RPQQLPHGLGGIGMGLGPGGQPIDANHLNKGIGMGNIGPAGM
        240       250        260       270       280       290     

          370       380        390          400       410       420
pF1KSD GMDGPGFGGMNRIGGGIG-FGGLEAMNSMGGFGG---VGRMGELYRGAMTSSMERDFGRG
       ::.: ::: .:..::  : :::  .:..:: ::.   .::..:.  .:.         ::
CCDS12 GMEGIGFG-INKMGGMEGPFGG--GMENMGRFGSGMNMGRINEILSNALK--------RG
         300        310         320       330       340            

              430        440       450       460       470         
pF1KSD DIGINRGFGDSFGRL-GSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGGMGMGLDR
       .:  ..: : . : . :   .:    :.:...:  .:.:.. ::  ..:    ::. .::
CCDS12 EIIAKQGGGGGGGSVPGIERMGPGIDRLGGAGMERMGAGLGHGMDRVGSEIERMGLVMDR
          350       360       370       380       390       400    

     480       490       500       510       520       530         
pF1KSD MSSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPMGSGMRERIGSKGNQIFVRNLPFDLTWQKL
       :.:  .::: ::  .   ..:   . .   ::. : :::::                   
CCDS12 MGS-VERMGSGIERMGPLGLDHMASSIER-MGQTM-ERIGSGVERMGAGMGFGLERMAAP
           410       420       430         440       450       460 

     540       550       560       570       580       590         
pF1KSD KEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIKISGREIDVRLDRN
                                                                   
CCDS12 IDRVGQTIERMGSGVERMGPAIERMGLSMERMVPAGMGAGLERMGPVMDRMATGLERMGA
             470       480       490       500       510       520 

>--
 initn: 592 init1: 454 opt: 578  Z-score: 389.2  bits: 82.3 E(32554): 2.3e-15
Smith-Waterman score: 600; 41.1% identity (66.4% similar) in 280 aa overlap (330-600:443-691)

     300       310       320       330       340       350         
pF1KSD DRPMHVKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNL
                                     :.  .: :.: : . ..:    .: ..  .
CCDS12 SGIERMGPLGLDHMASSIERMGQTMERIGSGVERMGAGMGFGLERMAAPIDRVGQTIERM
            420       430       440       450       460       470  

     360       370       380       390       400       410         
pF1KSD GPGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIGFGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTSSMERDFGR
       : :   : ::.   ..:.: .     .: :   :  .:. ::: ..   :....:: .: 
CCDS12 GSGVERM-GPA---IERMGLS-----MERMVPAGMGAGLERMGPVM-DRMATGLER-MGA
             480               490       500        510        520 

     420          430       440       450       460       470      
pF1KSD GDI---GINRGFGDSFGRLGSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGGMGMG
       ...   :..:  ..:. :.:   .:  :. .    :::.       ::       ..: :
CCDS12 NNLERMGLERMGANSLERMGLERMG--ANSL--ERMGPA-------MGP------ALGAG
             530       540         550                      560    

        480       490       500       510             520       530
pF1KSD LDRMSSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPM-GS-----GMRERIGSKGNQIFVRNL
       ..::. .   :: : :: ..:.:.:.:: ..: . ::     :    .. :. :::::::
CCDS12 IERMGLA---MGGGGGASFDRAIEMERGNFGGSFAGSFGGAGGHAPGVARKACQIFVRNL
          570          580       590       600       610       620 

              540       550       560       570       580       590
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       :::.::. ::.::..::::..:.::::::::::::.:.:.::: ::.:::.:::.:.:::
CCDS12 PFDFTWKMLKDKFNECGHVLYADIKMENGKSKGCGVVKFESPEVAERACRMMNGMKLSGR
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pF1KSD EIDVRLDRNA
       :::::.::::
CCDS12 EIDVRIDRNA
             690 




600 residues in 1 query   sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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