Result of FASTA (ccds) for pF1KSDA1269
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA1269, 530 aa
  1>>>pF1KSDA1269 530 - 530 aa - 530 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.5491+/-0.000875; mu= 4.1345+/- 0.052
 mean_var=181.9305+/-36.739, 0's: 0 Z-trim(112.2): 31  B-trim: 9 in 1/52
 Lambda= 0.095087
 statistics sampled from 12949 (12966) to 12949 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.74), E-opt: 0.2 (0.398), width:  16
 Scan time:  3.130

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS13528.1 GMEB2 gene_id:26205|Hs108|chr20        ( 530) 3426 482.3 5.9e-136
CCDS328.1 GMEB1 gene_id:10691|Hs108|chr1           ( 563)  695 107.7 3.7e-23
CCDS327.1 GMEB1 gene_id:10691|Hs108|chr1           ( 573)  684 106.2 1.1e-22


>>CCDS13528.1 GMEB2 gene_id:26205|Hs108|chr20             (530 aa)
 initn: 3426 init1: 3426 opt: 3426  Z-score: 2554.4  bits: 482.3 E(32554): 5.9e-136
Smith-Waterman score: 3426; 99.6% identity (99.8% similar) in 530 aa overlap (1-530:1-530)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MATPDVSVHMEEVVVVTTPDTAVDGSGVEGVKTVLVTTNLAPHGGDLTEDNMETENAAAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MATPDVSVHMEEVVVVTTPDTAVDGSGVEGVKTVLVTTNLAPHGGDLTEDNMETENAAAA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD AAAAFTASSQLKEAVLVKMAEEGENLEAEIVYPITCGDSRANLIWRKFVCPGINVKCVQY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 AAAAFTASSQLKEAVLVKMAEEGENLEAEIVYPITCGDSRANLIWRKFVCPGINVKCVQY
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD DEHVISPKEFVHLAGKSTLKDWKRAIRMNGIMLRKIMDSGELDFYQHDKVCSNTCRSTKI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DEHVISPKEFVHLAGKSTLKDWKRAIRMNGIMLRKIMDSGELDFYQHDKVCSNTCRSTKI
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD DLSGARVSLSSPTSAEYIPLTPAAADVNGSPATITIETCEDPGDWTAAIGDDTFTFWRGL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DLSGARVSLSSPTSAEYIPLTPAAADVNGSPATITIETCEDPGDWTAAIGDDTFTFWRGL
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD KDAGLLDEVIQEFHQELVETMRGLQQRVQDPPLQLRDAVLLNNIVQNFGMLDLVKKVLAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 KDAGLLDEVIQEFHQELVETMRGLQQRVQDPPLQLRDAVLLNNIVQNFGMLDLVKKVLAS
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD HKCQMDRSREQYARDLAALEQQCDEHRRRAKELKHKSQHLSNVLMTLTPVSLPPPVKRPR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 HKCQMDRSREQYARDLAALEQQCDEHRRRAKELKHKSQHLSNVLMTLTPVSLPPPVKRPR
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD LARATSGPAAMASQVLTQSAPVALGPGVPVPQLTSVPLGKVVSTLPSTVLGKGSLQAPPA
       :::::::::::::::::::: .::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LARATSGPAAMASQVLTQSAQLALGPGVPVPQLTSVPLGKVVSTLPSTVLGKGSLQAPPA
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD SSPASPLLGGYTVLASSGSTYPSTVEIHPDASSLTVLSTAAVQDGSTVFKVVSPLQLLTL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 SSPASPLLGGYTVLASSGSTYPSTVEIHPDASSLTVLSTAAVQDGSTVFKVVSPLQLLTL
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530
pF1KSD PGLGPTLQNVAQASPGSSTIVTVPAGAAPGPEEHTATIEVAAMAEDHERK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PGLGPTLQNVAQASPGSSTIVTVPAGAAPGPEEHTATIEVAAMAEDHERK
              490       500       510       520       530

>>CCDS328.1 GMEB1 gene_id:10691|Hs108|chr1                (563 aa)
 initn: 1232 init1: 602 opt: 695  Z-score: 529.2  bits: 107.7 E(32554): 3.7e-23
Smith-Waterman score: 1269; 41.8% identity (71.0% similar) in 541 aa overlap (1-512:1-521)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MATPDVSVHMEEVVVVTTPDTAVDGSGVEGVKTVLVTTNLAPHGGDLTEDNMETENAAAA
       ::. .::: . .::::  :  . .: . : .:: ..  .: :    . : .  .:: .:.
CCDS32 MANAEVSVPVGDVVVV--PTEGNEGENPEDTKTQVIL-QLQPVQQGIYEAG--SENNTAV
               10          20        30         40          50     

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD AAAAFTASSQLKEAVLVKMAEEGENLEAEIVYPITCGDSRANLIWRKFVCPGINVKCVQY
       .:.   .  ...:.. .   : .:..  ::.::::::.:.: :.:.::::::::::::..
CCDS32 VAVETHTIHKIEEGIDTGTIEANEDM--EIAYPITCGESKAILLWKKFVCPGINVKCVKF
          60        70        80          90       100       110   

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD DEHVISPKEFVHLAGKSTLKDWKRAIRMNGIMLRKIMDSGELDFYQHDKVCSNTCRSTKI
       ....::::.::::::::::::::::::..::::::.::::..:::::::::::::::::.
CCDS32 NDQLISPKHFVHLAGKSTLKDWKRAIRLGGIMLRKMMDSGQIDFYQHDKVCSNTCRSTKF
           120       130       140       150       160       170   

                190       200       210       220                  
pF1KSD DL--SGARVSLSSPTSAEYIPLTPAAADVNGSPATITIETCEDPG-DWTAA---------
       ::  :.::. .  : .   .  ::..:: . .  .:. :. :. : .:..:         
CCDS32 DLLISSARAPV--PGQQTSVVQTPTSADGSITQIAISEESMEEAGLEWNSALTAAVTMAT
           180         190       200       210       220       230 

                230       240       250       260       270        
pF1KSD ----------IGDDTFTFWRGLKDAGLLDEVIQEFHQELVETMRGLQQRVQDPPLQLRDA
                 :..::. ::.:. :.::..::. ....:. : .::.:::. . :.:. ::
CCDS32 EEGVKKDSEEISEDTLMFWKGIADVGLMEEVVCNIQKEIEELLRGVQQRLIQAPFQVTDA
             240       250       260       270       280       290 

      280       290       300       310       320       330        
pF1KSD VLLNNIVQNFGMLDLVKKVLASHKCQMDRSREQYARDLAALEQQCDEHRRRAKELKHKSQ
       ..:::....::..: ::::: ... :.....::.   :. ::.: .:....... . :::
CCDS32 AVLNNVAHTFGLMDTVKKVLDNRRNQVEQGEEQFLYTLTDLERQLEEQKKQGQDHRLKSQ
             300       310       320       330       340       350 

      340       350       360       370       380       390        
pF1KSD HLSNVLMTLTPVSLPPPVKRPRLARATSGPAAMASQVLTQSAPVALGPGVPVPQLTSVPL
        ..::.  : ::: : : ::::: :    ::.  . ::. : ::     . .  .: .:.
CCDS32 TVQNVV--LMPVSTPKPPKRPRLQR----PAS--TTVLSPSPPVQQPQFTVISPITITPV
               360       370             380       390       400   

      400         410       420       430        440       450     
pF1KSD GKVVS--TLPSTVLGKGSLQAPPASSPASPLLGGY-TVLASSGSTYPSTVEIHPDASSLT
       :.  :  ..: ..:..::  .   . :..: :  : ::..:. :. :.:: ::: .:::.
CCDS32 GQSFSMGNIPVATLSQGSSPVTVHTLPSGPQLFRYATVVSSAKSSSPDTVTIHP-SSSLA
           410       420       430       440       450        460  

         460          470       480        490       500       510 
pF1KSD VLSTAAVQDGSTV---FKVVSPLQLLTLP-GLGPTLQNVAQASPGSSTIVTVPAGAAPGP
       .::..:.:::::.     .:::..:...  ::  ..: : ..:  ..::. .    :: :
CCDS32 LLSSTAMQDGSTLGNMTTMVSPVELVAMESGLTSAIQAVESTSEDGQTIIEID--PAPDP
            470       480       490       500       510         520

             520       530                        
pF1KSD EEHTATIEVAAMAEDHERK                        
       :                                          
CCDS32 EAEDTEGKAVILETELRTEEKVVAEMEEHQHQVHNVEIVVLED
              530       540       550       560   

>>CCDS327.1 GMEB1 gene_id:10691|Hs108|chr1                (573 aa)
 initn: 1232 init1: 602 opt: 684  Z-score: 521.0  bits: 106.2 E(32554): 1.1e-22
Smith-Waterman score: 1258; 41.5% identity (70.7% similar) in 549 aa overlap (1-512:1-531)

               10        20        30        40              50    
pF1KSD MATPDVSVHMEEVVVVTTPDTAVDGSGVEGVKTVLVTTNLAP--HG----GDLTEDNME-
       ::. .::: . .::::  :  . .: . : .:: ..  .: :  .:    : . .  .: 
CCDS32 MANAEVSVPVGDVVVV--PTEGNEGENPEDTKTQVIL-QLQPVQQGLFIDGHFYNRIYEA
               10          20        30         40        50       

             60        70        80        90       100       110  
pF1KSD -TENAAAAAAAAFTASSQLKEAVLVKMAEEGENLEAEIVYPITCGDSRANLIWRKFVCPG
        .:: .:..:.   .  ...:.. .   : .:..  ::.::::::.:.: :.:.::::::
CCDS32 GSENNTAVVAVETHTIHKIEEGIDTGTIEANEDM--EIAYPITCGESKAILLWKKFVCPG
        60        70        80        90         100       110     

            120       130       140       150       160       170  
pF1KSD INVKCVQYDEHVISPKEFVHLAGKSTLKDWKRAIRMNGIMLRKIMDSGELDFYQHDKVCS
       ::::::......::::.::::::::::::::::::..::::::.::::..::::::::::
CCDS32 INVKCVKFNDQLISPKHFVHLAGKSTLKDWKRAIRLGGIMLRKMMDSGQIDFYQHDKVCS
         120       130       140       150       160       170     

            180         190       200       210       220          
pF1KSD NTCRSTKIDL--SGARVSLSSPTSAEYIPLTPAAADVNGSPATITIETCEDPG-DWTAA-
       :::::::.::  :.::. .  : .   .  ::..:: . .  .:. :. :. : .:..: 
CCDS32 NTCRSTKFDLLISSARAPV--PGQQTSVVQTPTSADGSITQIAISEESMEEAGLEWNSAL
         180       190         200       210       220       230   

                        230       240       250       260       270
pF1KSD ------------------IGDDTFTFWRGLKDAGLLDEVIQEFHQELVETMRGLQQRVQD
                         :..::. ::.:. :.::..::. ....:. : .::.:::. .
CCDS32 TAAVTMATEEGVKKDSEEISEDTLMFWKGIADVGLMEEVVCNIQKEIEELLRGVQQRLIQ
           240       250       260       270       280       290   

              280       290       300       310       320       330
pF1KSD PPLQLRDAVLLNNIVQNFGMLDLVKKVLASHKCQMDRSREQYARDLAALEQQCDEHRRRA
        :.:. ::..:::....::..: ::::: ... :.....::.   :. ::.: .:.....
CCDS32 APFQVTDAAVLNNVAHTFGLMDTVKKVLDNRRNQVEQGEEQFLYTLTDLERQLEEQKKQG
           300       310       320       330       340       350   

              340       350       360       370       380       390
pF1KSD KELKHKSQHLSNVLMTLTPVSLPPPVKRPRLARATSGPAAMASQVLTQSAPVALGPGVPV
       .. . ::: ..::.  : ::: : : ::::: :    ::.  . ::. : ::     . .
CCDS32 QDHRLKSQTVQNVV--LMPVSTPKPPKRPRLQR----PAS--TTVLSPSPPVQQPQFTVI
           360         370       380             390       400     

              400         410       420       430        440       
pF1KSD PQLTSVPLGKVVS--TLPSTVLGKGSLQAPPASSPASPLLGGY-TVLASSGSTYPSTVEI
         .: .:.:.  :  ..: ..:..::  .   . :..: :  : ::..:. :. :.:: :
CCDS32 SPITITPVGQSFSMGNIPVATLSQGSSPVTVHTLPSGPQLFRYATVVSSAKSSSPDTVTI
         410       420       430       440       450       460     

       450       460          470       480        490       500   
pF1KSD HPDASSLTVLSTAAVQDGSTV---FKVVSPLQLLTLP-GLGPTLQNVAQASPGSSTIVTV
       :: .:::..::..:.:::::.     .:::..:...  ::  ..: : ..:  ..::. .
CCDS32 HP-SSSLALLSSTAMQDGSTLGNMTTMVSPVELVAMESGLTSAIQAVESTSEDGQTIIEI
          470       480       490       500       510       520    

           510       520       530                        
pF1KSD PAGAAPGPEEHTATIEVAAMAEDHERK                        
           :: ::                                          
CCDS32 D--PAPDPEAEDTEGKAVILETELRTEEKVVAEMEEHQHQVHNVEIVVLED
            530       540       550       560       570   




530 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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