Result of FASTA (ccds) for pF1KSDA1259
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA1259, 1556 aa
  1>>>pF1KSDA1259 1556 - 1556 aa - 1556 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.1275+/-0.00124; mu= 7.0489+/- 0.074
 mean_var=218.7409+/-44.367, 0's: 0 Z-trim(108.8): 73  B-trim: 0 in 0/52
 Lambda= 0.086718
 statistics sampled from 10368 (10437) to 10368 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.648), E-opt: 0.2 (0.321), width:  16
 Scan time:  6.540

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS10071.1 INO80 gene_id:54617|Hs108|chr15        (1556) 10246 1296.3       0
CCDS34978.1 SMARCA2 gene_id:6595|Hs108|chr9        (1572)  902 127.3 3.9e-28
CCDS34977.1 SMARCA2 gene_id:6595|Hs108|chr9        (1590)  902 127.3   4e-28
CCDS54218.1 SMARCA4 gene_id:6597|Hs108|chr19       (1613)  897 126.6 6.2e-28
CCDS54217.1 SMARCA4 gene_id:6597|Hs108|chr19       (1614)  897 126.6 6.2e-28
CCDS45973.1 SMARCA4 gene_id:6597|Hs108|chr19       (1616)  897 126.6 6.2e-28
CCDS45972.1 SMARCA4 gene_id:6597|Hs108|chr19       (1617)  897 126.6 6.2e-28
CCDS12253.1 SMARCA4 gene_id:6597|Hs108|chr19       (1647)  897 126.6 6.3e-28
CCDS10689.2 SRCAP gene_id:10847|Hs108|chr16        (3230)  692 101.2 5.6e-20
CCDS3761.1 SMARCA5 gene_id:8467|Hs108|chr4         (1052)  606 90.1   4e-17
CCDS73164.1 HELLS gene_id:3070|Hs108|chr10         ( 700)  600 89.2 4.9e-17
CCDS73165.1 HELLS gene_id:3070|Hs108|chr10         ( 714)  600 89.2   5e-17
CCDS73163.1 HELLS gene_id:3070|Hs108|chr10         ( 740)  600 89.2 5.1e-17
CCDS7434.1 HELLS gene_id:3070|Hs108|chr10          ( 838)  600 89.3 5.6e-17
CCDS73162.1 HELLS gene_id:3070|Hs108|chr10         ( 884)  600 89.3 5.9e-17
CCDS76018.1 SMARCA1 gene_id:6594|Hs108|chrX        (1058)  601 89.5 6.2e-17
CCDS34204.1 CHD1 gene_id:1105|Hs108|chr5           (1710)  591 88.4 2.2e-16
CCDS58022.1 CHD1L gene_id:9557|Hs108|chr1          ( 616)  563 84.6 1.1e-15
CCDS58021.1 CHD1L gene_id:9557|Hs108|chr1          ( 693)  563 84.6 1.2e-15
CCDS10374.2 CHD2 gene_id:1106|Hs108|chr15          (1828)  571 85.9 1.3e-15
CCDS72882.1 CHD1L gene_id:9557|Hs108|chr1          ( 797)  563 84.6 1.3e-15
CCDS927.1 CHD1L gene_id:9557|Hs108|chr1            ( 897)  563 84.7 1.5e-15
CCDS57.1 CHD5 gene_id:26038|Hs108|chr1             (1954)  545 82.7 1.3e-14
CCDS32555.1 CHD3 gene_id:1107|Hs108|chr17          (1966)  545 82.7 1.3e-14
CCDS32554.1 CHD3 gene_id:1107|Hs108|chr17          (2000)  545 82.7 1.3e-14
CCDS32553.2 CHD3 gene_id:1107|Hs108|chr17          (2059)  545 82.7 1.4e-14
CCDS83338.1 SMARCA2 gene_id:6595|Hs108|chr9        (1514)  539 81.8 1.8e-14
CCDS76510.1 CHD4 gene_id:1108|Hs108|chr12          (1905)  538 81.8 2.3e-14
CCDS8552.1 CHD4 gene_id:1108|Hs108|chr12           (1912)  538 81.8 2.3e-14
CCDS58914.1 SMARCAD1 gene_id:56916|Hs108|chr4      ( 596)  521 79.3 4.1e-14
CCDS3639.1 SMARCAD1 gene_id:56916|Hs108|chr4       (1026)  521 79.5 6.2e-14
CCDS47101.1 SMARCAD1 gene_id:56916|Hs108|chr4      (1028)  521 79.5 6.3e-14
CCDS45485.1 CHD9 gene_id:80205|Hs108|chr16         (2881)  515 79.0 2.4e-13
CCDS76865.1 CHD9 gene_id:80205|Hs108|chr16         (2897)  515 79.0 2.4e-13
CCDS13317.1 CHD6 gene_id:84181|Hs108|chr20         (2715)  511 78.5 3.2e-13
CCDS45081.1 CHD8 gene_id:57680|Hs108|chr14         (2302)  508 78.1 3.7e-13
CCDS47865.1 CHD7 gene_id:55636|Hs108|chr8          (2997)  510 78.4 3.8e-13
CCDS53885.1 CHD8 gene_id:57680|Hs108|chr14         (2581)  508 78.1   4e-13
CCDS7229.1 ERCC6 gene_id:2074|Hs108|chr10          (1493)  493 76.1 9.5e-13
CCDS7419.1 BTAF1 gene_id:9044|Hs108|chr10          (1849)  444 70.0 7.9e-11


>>CCDS10071.1 INO80 gene_id:54617|Hs108|chr15             (1556 aa)
 initn: 10246 init1: 10246 opt: 10246  Z-score: 6936.4  bits: 1296.3 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 10246; 100.0% identity (100.0% similar) in 1556 aa overlap (1-1556:1-1556)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MASELGARDDGGCTELAKPLYLQYLERALRLDHFLRQTSAIFNRNISSDDSEDGLDDSNP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MASELGARDDGGCTELAKPLYLQYLERALRLDHFLRQTSAIFNRNISSDDSEDGLDDSNP
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD LLPQSGDPLIQVKEEPPNSLLGETSGAGSSGMLNTYSLNGVLQSESKCDKGNLYNFSKLK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LLPQSGDPLIQVKEEPPNSLLGETSGAGSSGMLNTYSLNGVLQSESKCDKGNLYNFSKLK
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD KSRKWLKSILLSDESSEADSQSEDDDEEELNLSREELHNMLRLHKYKKLHQNKYSKDKEL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 KSRKWLKSILLSDESSEADSQSEDDDEEELNLSREELHNMLRLHKYKKLHQNKYSKDKEL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD QQYQYYSAGLLSTYDPFYEQQRHLLGPKKKKFKEEKKLKAKLKKVKKKRRRDEELSSEES
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 QQYQYYSAGLLSTYDPFYEQQRHLLGPKKKKFKEEKKLKAKLKKVKKKRRRDEELSSEES
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD PRRHHHQTKVFAKFSHDAPPPGTKKKHLSIEQLNARRRKVWLSIVKKELPKANKQKASAR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PRRHHHQTKVFAKFSHDAPPPGTKKKHLSIEQLNARRRKVWLSIVKKELPKANKQKASAR
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD NLFLTNSRKLAHQCMKEVRRAALQAQKNCKETLPRARRLTKEMLLYWKKYEKVEKEHRKR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 NLFLTNSRKLAHQCMKEVRRAALQAQKNCKETLPRARRLTKEMLLYWKKYEKVEKEHRKR
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD AEKEALEQRKLDEEMREAKRQQRKLNFLITQTELYAHFMSRKRDMGHDGIQEEILRKLED
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 AEKEALEQRKLDEEMREAKRQQRKLNFLITQTELYAHFMSRKRDMGHDGIQEEILRKLED
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD SSTQRQIDIGGGVVVNITQEDYDSNHFKAQALKNAENAYHIHQARTRSFDEDAKESRAAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SSTQRQIDIGGGVVVNITQEDYDSNHFKAQALKNAENAYHIHQARTRSFDEDAKESRAAA
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD LRAANKSGTGFGESYSLANPSIRAGEDIPQPTIFNGKLKGYQLKGMNWLANLYEQGINGI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LRAANKSGTGFGESYSLANPSIRAGEDIPQPTIFNGKLKGYQLKGMNWLANLYEQGINGI
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD LADEMGLGKTVQSIALLAHLAERENIWGPFLIISPASTLNNWHQEFTRFVPKFKVLPYWG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LADEMGLGKTVQSIALLAHLAERENIWGPFLIISPASTLNNWHQEFTRFVPKFKVLPYWG
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD NPHDRKVIRRFWSQKTLYTQDAPFHVVITSYQLVVQDVKYFQRVKWQYMVLDEAQALKSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 NPHDRKVIRRFWSQKTLYTQDAPFHVVITSYQLVVQDVKYFQRVKWQYMVLDEAQALKSS
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD SSVRWKILLQFQCRNRLLLTGTPIQNTMAELWALLHFIMPTLFDSHEEFNEWFSKDIESH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SSVRWKILLQFQCRNRLLLTGTPIQNTMAELWALLHFIMPTLFDSHEEFNEWFSKDIESH
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD AENKSAIDENQLSRLHMILKPFMLRRIKKDVENELSDKIEILMYCQLTSRQKLLYQALKN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 AENKSAIDENQLSRLHMILKPFMLRRIKKDVENELSDKIEILMYCQLTSRQKLLYQALKN
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KSD KISIEDLLQSSMGSTQQAQNTTSSLMNLVMQFRKVCNHPELFERQETWSPFHISLKPYHI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 KISIEDLLQSSMGSTQQAQNTTSSLMNLVMQFRKVCNHPELFERQETWSPFHISLKPYHI
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KSD SKFIYRHGQIRVFNHSRDRWLRVLSPFAPDYIQRSLFHRKGINEESCFSFLRFIDISPAE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SKFIYRHGQIRVFNHSRDRWLRVLSPFAPDYIQRSLFHRKGINEESCFSFLRFIDISPAE
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KSD MANLMLQGLLARWLALFLSLKASYRLHQLRSWGAPEGESHQRYLRNKDFLLGVNFPLSFP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MANLMLQGLLARWLALFLSLKASYRLHQLRSWGAPEGESHQRYLRNKDFLLGVNFPLSFP
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KSD NLCSCPLLKSLVFSSHCKAVSGYSDQVVHQRRSATSSLRRCLLTELPSFLCVASPRVTAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 NLCSCPLLKSLVFSSHCKAVSGYSDQVVHQRRSATSSLRRCLLTELPSFLCVASPRVTAV
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KSD PLDSYCNDRSAEYERRVLKEGGSLAAKQCLLNGAPELAADWLNRRSQFFPEPAGGLWSIR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PLDSYCNDRSAEYERRVLKEGGSLAAKQCLLNGAPELAADWLNRRSQFFPEPAGGLWSIR
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KSD PQNGWSFIRIPGKESLITDSGKLYALDVLLTRLKSQGHRVLIYSQMTRMIDLLEEYMVYR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PQNGWSFIRIPGKESLITDSGKLYALDVLLTRLKSQGHRVLIYSQMTRMIDLLEEYMVYR
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150      1160      1170      1180      1190      1200
pF1KSD KHTYMRLDGSSKISERRDMVADFQNRNDIFVFLLSTRAGGLGINLTAADTVIFYDSDWNP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 KHTYMRLDGSSKISERRDMVADFQNRNDIFVFLLSTRAGGLGINLTAADTVIFYDSDWNP
             1150      1160      1170      1180      1190      1200

             1210      1220      1230      1240      1250      1260
pF1KSD TVDQQAMDRAHRLGQTKQVTVYRLICKGTIEERILQRAKEKSEIQRMVISGGNFKPDTLK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TVDQQAMDRAHRLGQTKQVTVYRLICKGTIEERILQRAKEKSEIQRMVISGGNFKPDTLK
             1210      1220      1230      1240      1250      1260

             1270      1280      1290      1300      1310      1320
pF1KSD PKEVVSLLLDDEELEKKLRLRQEEKRQQEETNRVKERKRKREKYAEKKKKEDELDGKRRK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PKEVVSLLLDDEELEKKLRLRQEEKRQQEETNRVKERKRKREKYAEKKKKEDELDGKRRK
             1270      1280      1290      1300      1310      1320

             1330      1340      1350      1360      1370      1380
pF1KSD EGVNLVIPFVPSADNSNLSADGDDSFISVDSAMPSPFSEISISSELHTGSIPLDESSSDM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 EGVNLVIPFVPSADNSNLSADGDDSFISVDSAMPSPFSEISISSELHTGSIPLDESSSDM
             1330      1340      1350      1360      1370      1380

             1390      1400      1410      1420      1430      1440
pF1KSD LVIVDDPASSAPQSRATNSPASITGSVSDTVNGISIQEMPAAGRGHSARSRGRPKGSGST
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LVIVDDPASSAPQSRATNSPASITGSVSDTVNGISIQEMPAAGRGHSARSRGRPKGSGST
             1390      1400      1410      1420      1430      1440

             1450      1460      1470      1480      1490      1500
pF1KSD AKGAGKGRSRKSTAGSAAAMAGAKAGAAAASAAAYAAYGYNVSKGISASSPLQTSLVRPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 AKGAGKGRSRKSTAGSAAAMAGAKAGAAAASAAAYAAYGYNVSKGISASSPLQTSLVRPA
             1450      1460      1470      1480      1490      1500

             1510      1520      1530      1540      1550      
pF1KSD GLADFGPSSASSPLSSPLSKGNNVPGNPKNLHMTSSLAPDSLVRKQGKGTNPSGGR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GLADFGPSSASSPLSSPLSKGNNVPGNPKNLHMTSSLAPDSLVRKQGKGTNPSGGR
             1510      1520      1530      1540      1550      

>>CCDS34978.1 SMARCA2 gene_id:6595|Hs108|chr9             (1572 aa)
 initn: 1232 init1: 344 opt: 902  Z-score: 618.6  bits: 127.3 E(32554): 3.9e-28
Smith-Waterman score: 966; 25.1% identity (49.3% similar) in 1143 aa overlap (210-1319:413-1271)

     180       190       200       210       220       230         
pF1KSD LQQYQYYSAGLLSTYDPFYEQQRHLLGPKKKKFKEEKKLKAKLKKVKKKRRRDEELSSEE
                                     : .:. :.   .  .. .: ......  .:
CCDS34 LRLLNFQRQLRQEVVACMRRDTTLETALNSKAYKRSKRQTLREARMTEKLEKQQKIE-QE
            390       400       410       420       430        440 

     240       250       260       270          280       290      
pF1KSD SPRRHHHQTKVFAKFSHDAPPPGTKKKHLSIE---QLNARRRKVWLSIVKKELPKANK--
         ::..::  . . ..:       :. : :.    :  ..   .: . ...:  : ..  
CCDS34 RKRRQKHQEYLNSILQH---AKDFKEYHRSVAGKIQKLSKAVATWHANTEREQKKETERI
             450          460       470       480       490        

          300          310       320       330       340       350 
pF1KSD QKASARNLFLTNS---RKLAHQCMKEVRRAALQAQKNCKETLPRARRLTKEMLLYWKKYE
       .:   : :.  .    :::  :  :. :: :   :..  : .     :. :        :
CCDS34 EKERMRRLMAEDEEGYRKLIDQ--KKDRRLAYLLQQT-DEYVANLTNLVWEHKQAQAAKE
      500       510       520         530        540       550     

             360         370         380       390           400   
pF1KSD KVEKEHRKRAEKEALE--QRKL--DEEMREAKRQQRKLNFLITQTE----LYAHFMSRKR
       : ....::.  .:  :  .  :  : :  . . :.  :   .:.::    :..    .  
CCDS34 KKKRRRRKKKAEENAEGGESALGPDGEPIDESSQMSDLPVKVTHTETGKVLFGPEAPKAS
         560       570       580       590       600       610     

                410       420       430       440       450        
pF1KSD DMG-----HDGIQEEILRKLEDSSTQRQIDIGGGVVVNITQEDYDSNHFKAQALKNAENA
       ..      . : .       :.:... . .          .:. .: .   . .    :.
CCDS34 QLDAWLEMNPGYEVAPRSDSEESDSDYEEE---------DEEEESSRQETEEKILLDPNS
         620       630       640                650       660      

      460       470       480       490       500       510        
pF1KSD YHIHQARTRSFDEDAKESRAAALRAANKSGTGFGESYSLANPSIRAGEDIPQPTIFNGKL
        .. .  .... : ::.. .    . . :. : ..::  .  .:    .  .  ..:: :
CCDS34 EEVSEKDAKQIIETAKQD-VDDEYSMQYSARG-SQSYYTVAHAISERVEKQSALLINGTL
        670       680        690        700       710       720    

      520       530       540       550       560       570        
pF1KSD KGYQLKGMNWLANLYEQGINGILADEMGLGKTVQSIALLAHLAERENIWGPFLIISPAST
       : :::.:..:...::....:::::::::::::.:.:::...: :.. . ::.::: : ::
CCDS34 KHYQLQGLEWMVSLYNNNLNGILADEMGLGKTIQTIALITYLMEHKRLNGPYLIIVPLST
          730       740       750       760       770       780    

      580       590       600        610       620       630       
pF1KSD LNNWHQEFTRFVPKFKVLPYWGNPHDRK-VIRRFWSQKTLYTQDAPFHVVITSYQLVVQD
       :.::  :: ...:.   . : :.:  :. .. .. : :        :.:..:.:. ...:
CCDS34 LSNWTYEFDKWAPSVVKISYKGTPAMRRSLVPQLRSGK--------FNVLLTTYEYIIKD
          790       800       810       820               830      

       640       650       660        670       680       690      
pF1KSD VKYFQRVKWQYMVLDEAQALKSSSSVRWKIL-LQFQCRNRLLLTGTPIQNTMAELWALLH
        . . ...:.::..::.. .:.      ..:  ..    :.::::::.:: . ::::::.
CCDS34 KHILAKIRWKYMIVDEGHRMKNHHCKLTQVLNTHYVAPRRILLTGTPLQNKLPELWALLN
        840       850       860       870       880       890      

        700       710       720       730          740       750   
pF1KSD FIMPTLFDSHEEFNEWFSKDIESHAENKSAIDENQL---SRLHMILKPFMLRRIKKDVEN
       :..::.: :   :..::.  .   .:  .  .:. .    ::: .:.::.:::.::.::.
CCDS34 FLLPTIFKSCSTFEQWFNAPFAMTGERVDLNEEETILIIRRLHKVLRPFLLRRLKKEVES
        900       910       920       930       940       950      

           760       770       780       790       800       810   
pF1KSD ELSDKIEILMYCQLTSRQKLLYQALKNKISIEDLLQSSMGSTQQAQNTTSSLMNLVMQFR
       .: .:.: .. :.... ::.::. .. : .:  :: ..  . ..... ...::: .::.:
CCDS34 QLPEKVEYVIKCDMSALQKILYRHMQAK-GI--LLTDGSEKDKKGKGGAKTLMNTIMQLR
        960       970       980          990      1000      1010   

           820       830       840       850       860       870   
pF1KSD KVCNHPELFERQETWSPFHISLKPYHISKFIYRHGQIRVFNHSRDRWLRVLSPFAPDYIQ
       :.:::: .:.        ::                                        
CCDS34 KICNHPYMFQ--------HI----------------------------------------
          1020                                                     

           880       890       900       910       920       930   
pF1KSD RSLFHRKGINEESCFSFLRFIDISPAEMANLMLQGLLARWLALFLSLKASYRLHQLRSWG
                 :::                                               
CCDS34 ----------EES-----------------------------------------------
                                                                   

           940       950       960       970       980       990   
pF1KSD APEGESHQRYLRNKDFLLGVNFPLSFPNLCSCPLLKSLVFSSHCKAVSGYSDQVVHQRRS
                                              :. :     :::. :.     
CCDS34 ---------------------------------------FAEHL----GYSNGVI-----
                                            1030          1040     

          1000      1010      1020      1030      1040      1050   
pF1KSD ATSSLRRCLLTELPSFLCVASPRVTAVPLDSYCNDRSAEYERRVLKEGGSLAAKQCLLNG
                                                                 ::
CCDS34 ----------------------------------------------------------NG
                                                                   

          1060      1070      1080      1090      1100      1110   
pF1KSD APELAADWLNRRSQFFPEPAGGLWSIRPQNGWSFIRIPGKESLITDSGKLYALDVLLTRL
       :                                         :   :::.  :: .: .:
CCDS34 AE----------------------------------------LYRASGKFELLDRILPKL
                                                   1050      1060  

          1120      1130      1140      1150      1160       1170  
pF1KSD KSQGHRVLIYSQMTRMIDLLEEYMVYRKHTYMRLDGSSKISERRDMVADFQNR-NDIFVF
       .. .::::.. ::: .. ..:.:...:.  :.::::..:  .:  ..  :..  .. :.:
CCDS34 RATNHRVLLFCQMTSLMTIMEDYFAFRNFLYLRLDGTTKSEDRAALLKKFNEPGSQYFIF
           1070      1080      1090      1100      1110      1120  

           1180      1190      1200      1210      1220      1230  
pF1KSD LLSTRAGGLGINLTAADTVIFYDSDWNPTVDQQAMDRAHRLGQTKQVTVYRLICKGTIEE
       ::::::::::.:: :::::...::::::  : ::.:::::.:: ..: : ::   ...::
CCDS34 LLSTRAGGLGLNLQAADTVVIFDSDWNPHQDLQAQDRAHRIGQQNEVRVLRLCTVNSVEE
           1130      1140      1150      1160      1170      1180  

           1240      1250        1260      1270      1280      1290
pF1KSD RILQRAKEKSEIQRMVISGGNF--KPDTLKPKEVVSLLLDDEELEKKLRLRQEEKRQQEE
       .::  :: : .... ::..: :  : .. . .  .. .:. :: ...    ..:  ..: 
CCDS34 KILAAAKYKLNVDQKVIQAGMFDQKSSSHERRAFLQAILEHEEENEE----EDEVPDDET
           1190      1200      1210      1220          1230        

             1300          1310      1320      1330      1340      
pF1KSD TNRVKERKRKR----EKYAEKKKKEDELDGKRRKEGVNLVIPFVPSADNSNLSADGDDSF
        :..  :....     ..   ...::  . ::.                           
CCDS34 LNQMIARREEEFDLFMRMDMDRRREDARNPKRKPRLMEEDELPSWIIKDDAEVERLTCEE
     1240      1250      1260      1270      1280      1290        

       1350      1360      1370      1380      1390      1400      
pF1KSD ISVDSAMPSPFSEISISSELHTGSIPLDESSSDMLVIVDDPASSAPQSRATNSPASITGS
                                                                   
CCDS34 EEEKIFGRGSRQRRDVDYSDALTEKQWLRAIEDGNLEEMEEEVRLKKRKRRRNVDKDPAK
     1300      1310      1320      1330      1340      1350        

>>CCDS34977.1 SMARCA2 gene_id:6595|Hs108|chr9             (1590 aa)
 initn: 1232 init1: 344 opt: 902  Z-score: 618.5  bits: 127.3 E(32554): 4e-28
Smith-Waterman score: 966; 25.1% identity (49.3% similar) in 1143 aa overlap (210-1319:413-1271)

     180       190       200       210       220       230         
pF1KSD LQQYQYYSAGLLSTYDPFYEQQRHLLGPKKKKFKEEKKLKAKLKKVKKKRRRDEELSSEE
                                     : .:. :.   .  .. .: ......  .:
CCDS34 LRLLNFQRQLRQEVVACMRRDTTLETALNSKAYKRSKRQTLREARMTEKLEKQQKIE-QE
            390       400       410       420       430        440 

     240       250       260       270          280       290      
pF1KSD SPRRHHHQTKVFAKFSHDAPPPGTKKKHLSIE---QLNARRRKVWLSIVKKELPKANK--
         ::..::  . . ..:       :. : :.    :  ..   .: . ...:  : ..  
CCDS34 RKRRQKHQEYLNSILQH---AKDFKEYHRSVAGKIQKLSKAVATWHANTEREQKKETERI
             450          460       470       480       490        

          300          310       320       330       340       350 
pF1KSD QKASARNLFLTNS---RKLAHQCMKEVRRAALQAQKNCKETLPRARRLTKEMLLYWKKYE
       .:   : :.  .    :::  :  :. :: :   :..  : .     :. :        :
CCDS34 EKERMRRLMAEDEEGYRKLIDQ--KKDRRLAYLLQQT-DEYVANLTNLVWEHKQAQAAKE
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pF1KSD KVEKEHRKRAEKEALE--QRKL--DEEMREAKRQQRKLNFLITQTE----LYAHFMSRKR
       : ....::.  .:  :  .  :  : :  . . :.  :   .:.::    :..    .  
CCDS34 KKKRRRRKKKAEENAEGGESALGPDGEPIDESSQMSDLPVKVTHTETGKVLFGPEAPKAS
         560       570       580       590       600       610     

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pF1KSD DMG-----HDGIQEEILRKLEDSSTQRQIDIGGGVVVNITQEDYDSNHFKAQALKNAENA
       ..      . : .       :.:... . .          .:. .: .   . .    :.
CCDS34 QLDAWLEMNPGYEVAPRSDSEESDSDYEEE---------DEEEESSRQETEEKILLDPNS
         620       630       640                650       660      

      460       470       480       490       500       510        
pF1KSD YHIHQARTRSFDEDAKESRAAALRAANKSGTGFGESYSLANPSIRAGEDIPQPTIFNGKL
        .. .  .... : ::.. .    . . :. : ..::  .  .:    .  .  ..:: :
CCDS34 EEVSEKDAKQIIETAKQD-VDDEYSMQYSARG-SQSYYTVAHAISERVEKQSALLINGTL
        670       680        690        700       710       720    

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pF1KSD KGYQLKGMNWLANLYEQGINGILADEMGLGKTVQSIALLAHLAERENIWGPFLIISPAST
       : :::.:..:...::....:::::::::::::.:.:::...: :.. . ::.::: : ::
CCDS34 KHYQLQGLEWMVSLYNNNLNGILADEMGLGKTIQTIALITYLMEHKRLNGPYLIIVPLST
          730       740       750       760       770       780    

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pF1KSD LNNWHQEFTRFVPKFKVLPYWGNPHDRK-VIRRFWSQKTLYTQDAPFHVVITSYQLVVQD
       :.::  :: ...:.   . : :.:  :. .. .. : :        :.:..:.:. ...:
CCDS34 LSNWTYEFDKWAPSVVKISYKGTPAMRRSLVPQLRSGK--------FNVLLTTYEYIIKD
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pF1KSD VKYFQRVKWQYMVLDEAQALKSSSSVRWKIL-LQFQCRNRLLLTGTPIQNTMAELWALLH
        . . ...:.::..::.. .:.      ..:  ..    :.::::::.:: . ::::::.
CCDS34 KHILAKIRWKYMIVDEGHRMKNHHCKLTQVLNTHYVAPRRILLTGTPLQNKLPELWALLN
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pF1KSD FIMPTLFDSHEEFNEWFSKDIESHAENKSAIDENQL---SRLHMILKPFMLRRIKKDVEN
       :..::.: :   :..::.  .   .:  .  .:. .    ::: .:.::.:::.::.::.
CCDS34 FLLPTIFKSCSTFEQWFNAPFAMTGERVDLNEEETILIIRRLHKVLRPFLLRRLKKEVES
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pF1KSD ELSDKIEILMYCQLTSRQKLLYQALKNKISIEDLLQSSMGSTQQAQNTTSSLMNLVMQFR
       .: .:.: .. :.... ::.::. .. : .:  :: ..  . ..... ...::: .::.:
CCDS34 QLPEKVEYVIKCDMSALQKILYRHMQAK-GI--LLTDGSEKDKKGKGGAKTLMNTIMQLR
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pF1KSD KVCNHPELFERQETWSPFHISLKPYHISKFIYRHGQIRVFNHSRDRWLRVLSPFAPDYIQ
       :.:::: .:.        ::                                        
CCDS34 KICNHPYMFQ--------HI----------------------------------------
          1020                                                     

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                 :::                                               
CCDS34 ----------EES-----------------------------------------------
                                                                   

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pF1KSD APEGESHQRYLRNKDFLLGVNFPLSFPNLCSCPLLKSLVFSSHCKAVSGYSDQVVHQRRS
                                              :. :     :::. :.     
CCDS34 ---------------------------------------FAEHL----GYSNGVI-----
                                            1030          1040     

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pF1KSD ATSSLRRCLLTELPSFLCVASPRVTAVPLDSYCNDRSAEYERRVLKEGGSLAAKQCLLNG
                                                                 ::
CCDS34 ----------------------------------------------------------NG
                                                                   

          1060      1070      1080      1090      1100      1110   
pF1KSD APELAADWLNRRSQFFPEPAGGLWSIRPQNGWSFIRIPGKESLITDSGKLYALDVLLTRL
       :                                         :   :::.  :: .: .:
CCDS34 AE----------------------------------------LYRASGKFELLDRILPKL
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pF1KSD KSQGHRVLIYSQMTRMIDLLEEYMVYRKHTYMRLDGSSKISERRDMVADFQNR-NDIFVF
       .. .::::.. ::: .. ..:.:...:.  :.::::..:  .:  ..  :..  .. :.:
CCDS34 RATNHRVLLFCQMTSLMTIMEDYFAFRNFLYLRLDGTTKSEDRAALLKKFNEPGSQYFIF
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pF1KSD LLSTRAGGLGINLTAADTVIFYDSDWNPTVDQQAMDRAHRLGQTKQVTVYRLICKGTIEE
       ::::::::::.:: :::::...::::::  : ::.:::::.:: ..: : ::   ...::
CCDS34 LLSTRAGGLGLNLQAADTVVIFDSDWNPHQDLQAQDRAHRIGQQNEVRVLRLCTVNSVEE
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pF1KSD RILQRAKEKSEIQRMVISGGNF--KPDTLKPKEVVSLLLDDEELEKKLRLRQEEKRQQEE
       .::  :: : .... ::..: :  : .. . .  .. .:. :: ...    ..:  ..: 
CCDS34 KILAAAKYKLNVDQKVIQAGMFDQKSSSHERRAFLQAILEHEEENEE----EDEVPDDET
           1190      1200      1210      1220          1230        

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pF1KSD TNRVKERKRKR----EKYAEKKKKEDELDGKRRKEGVNLVIPFVPSADNSNLSADGDDSF
        :..  :....     ..   ...::  . ::.                           
CCDS34 LNQMIARREEEFDLFMRMDMDRRREDARNPKRKPRLMEEDELPSWIIKDDAEVERLTCEE
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pF1KSD ISVDSAMPSPFSEISISSELHTGSIPLDESSSDMLVIVDDPASSAPQSRATNSPASITGS
                                                                   
CCDS34 EEEKIFGRGSRQRRDVDYSDALTEKQWLRAIEDGNLEEMEEEVRLKKRKRRRNVDKDPAK
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>>CCDS54218.1 SMARCA4 gene_id:6597|Hs108|chr19            (1613 aa)
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CCDS54 LRLLNFQRQLRQEVVVCMRRDTALETALNAKAYKRSKRQSLREARITEKLEKQQKIE-QE
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pF1KSD SPRRHHHQTKVFAKFSHDAPPPGTKKKHLSIE---QLNARRRKVWLSIVKKELPKANK--
         ::..::  . . ..:       :. : :.    :  ..   .. . ...:  : :.  
CCDS54 RKRRQKHQEYLNSILQH---AKDFKEYHRSVTGKIQKLTKAVATYHANTEREQKKENERI
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pF1KSD QKASARNLFLTNS---RKLAHQCMKEVRRAALQAQKNCKETLPRARRLTKEMLLYWKKYE
       .:   : :.  .    :::  :  :. : : :  : .  : .    .:...        :
CCDS54 EKERMRRLMAEDEEGYRKLIDQ-KKDKRLAYLLQQTD--EYVANLTELVRQHKAAQVAKE
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       : .:...:.::.   .   .  : :  .   :.  :   . ..:  .  .    :  . :
CCDS54 KKKKKKKKKAENAEGQTPAIGPDGEPLDETSQMSDLPVKVIHVE--SGKILTGTDAPKAG
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pF1KSD IQEEILRKLEDSSTQRQIDI--GGGVVVNITQEDYDSNHFKAQALKNAE-------NAYH
         :  :.      .  . :   .:.   .  .:. . .  .  .:   :       ..  
CCDS54 QLEAWLEMNPGYEVAPRSDSEESGSEEEEEEEEEEQPQAAQPPTLPVEEKKKIPDPDSDD
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pF1KSD IHQARTRSFDEDAKESRAAALRAANKSGTGFGESYSLANPSIRAGEDIPQPTIFNGKLKG
       . .. .: . :.::..      ...  . :.   :..:. ..    :  .  . :: :: 
CCDS54 VSEVDARHIIENAKQDVDDEYGVSQALARGLQSYYAVAH-AVTERVDKQSALMVNGVLKQ
       700       710       720       730        740       750      

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       ::.::..::..::....:::::::::::::.:.:::...: :.. : :::::: : :::.
CCDS54 YQIKGLEWLVSLYNNNLNGILADEMGLGKTIQTIALITYLMEHKRINGPFLIIVPLSTLS
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pF1KSD NWHQEFTRFVPKFKVLPYWGNPHDRKVIRRFWSQKTLYTQDAPFHVVITSYQLVVQDVKY
       ::  :: ...:.   . : :.:  :   : :  :     ... :.:..:.:. ...: . 
CCDS54 NWAYEFDKWAPSVVKVSYKGSPAAR---RAFVPQ----LRSGKFNVLLTTYEYIIKDKHI
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pF1KSD FQRVKWQYMVLDEAQALKSSSSVRWKIL-LQFQCRNRLLLTGTPIQNTMAELWALLHFIM
       . ...:.::..::.. .:.      ..:  ..    ::::::::.:: . ::::::.:..
CCDS54 LAKIRWKYMIVDEGHRMKNHHCKLTQVLNTHYVAPRRLLLTGTPLQNKLPELWALLNFLL
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       ::.: :   :..::.  .   .: :  ..:..    . ::: .:.::.:::.::.:: .:
CCDS54 PTIFKSCSTFEQWFNAPFAMTGE-KVDLNEEETILIIRRLHKVLRPFLLRRLKKEVEAQL
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        .:.: .. :.... :..::. .. : ..  :: ..  . ..... :..::: .::.::.
CCDS54 PEKVEYVIKCDMSALQRVLYRHMQAK-GV--LLTDGSEKDKKGKGGTKTLMNTIMQLRKI
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pF1KSD CNHPELFERQETWSPFHISLKPYHISKFIYRHGQIRVFNHSRDRWLRVLSPFAPDYIQRS
       :::: .:.        ::                                          
CCDS54 CNHPYMFQ--------HI------------------------------------------
        1050                                                       

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pF1KSD LFHRKGINEESCFSFLRFIDISPAEMANLMLQGLLARWLALFLSLKASYRLHQLRSWGAP
               :::                                                 
CCDS54 --------EES-------------------------------------------------
                                                                   

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pF1KSD EGESHQRYLRNKDFLLGVNFPLSFPNLCSCPLLKSLVFSSHCKAVSGYSDQVVHQRRSAT
                                            :: :     :..  .:.      
CCDS54 -------------------------------------FSEHL----GFTGGIVQG-----
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pF1KSD SSLRRCLLTELPSFLCVASPRVTAVPLDSYCNDRSAEYERRVLKEGGSLAAKQCLLNGAP
                                 :: :   :.                         
CCDS54 --------------------------LDLY---RA-------------------------
                                                                   

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pF1KSD ELAADWLNRRSQFFPEPAGGLWSIRPQNGWSFIRIPGKESLITDSGKLYALDVLLTRLKS
                                                   :::.  :: .: .:..
CCDS54 --------------------------------------------SGKFELLDRILPKLRA
                                                 1080      1090    

        1120      1130      1140      1150      1160       1170    
pF1KSD QGHRVLIYSQMTRMIDLLEEYMVYRKHTYMRLDGSSKISERRDMVADFQNR-NDIFVFLL
        .:.::.. ::: .. ..:.:..::   :.::::..:  .:  ..  :..  .. :.:::
CCDS54 TNHKVLLFCQMTSLMTIMEDYFAYRGFKYLRLDGTTKAEDRGMLLKTFNEPGSEYFIFLL
         1100      1110      1120      1130      1140      1150    

         1180      1190      1200      1210      1220      1230    
pF1KSD STRAGGLGINLTAADTVIFYDSDWNPTVDQQAMDRAHRLGQTKQVTVYRLICKGTIEERI
       ::::::::.:: .:::::..::::::  : ::.:::::.:: ..: : ::   ...::.:
CCDS54 STRAGGLGLNLQSADTVIIFDSDWNPHQDLQAQDRAHRIGQQNEVRVLRLCTVNSVEEKI
         1160      1170      1180      1190      1200      1210    

         1240      1250        1260      1270             1280     
pF1KSD LQRAKEKSEIQRMVISGGNF--KPDTLKPKEVVSLLLDDEELEKKL-------RLRQEEK
       :  :: : .... ::..: :  : .. . .  .. .:. :: ...         . :   
CCDS54 LAAAKYKLNVDQKVIQAGMFDQKSSSHERRAFLQAILEHEEQDEEEDEVPDDETVNQMIA
         1220      1230      1240      1250      1260      1270    

        1290         1300          1310      1320      1330        
pF1KSD RQQEETN---RVKERKRKREKYAEKKK----KEDELDGKRRKEGVNLVIPFVPSADNSNL
       :..:: .   :.   .:..:    :.:    .::::                        
CCDS54 RHEEEFDLFMRMDLDRRREEARNPKRKPRLMEEDELPSWIIKDDAEVERLTCEEEEEKMF
         1280      1290      1300      1310      1320      1330    

     1340      1350      1360      1370      1380      1390        
pF1KSD SADGDDSFISVDSAMPSPFSEISISSELHTGSIPLDESSSDMLVIVDDPASSAPQSRATN
                                                                   
CCDS54 GRGSRHRKEVDYSDSLTEKQWLKAIEEGTLEEIEEEVRQKKSSRKRKRDSDAGSSTPTTS
         1340      1350      1360      1370      1380      1390    

>>CCDS54217.1 SMARCA4 gene_id:6597|Hs108|chr19            (1614 aa)
 initn: 1247 init1: 357 opt: 897  Z-score: 615.0  bits: 126.6 E(32554): 6.2e-28
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     180       190       200       210       220       230         
pF1KSD LQQYQYYSAGLLSTYDPFYEQQRHLLGPKKKKFKEEKKLKAKLKKVKKKRRRDEELSSEE
                                     : .:. :. . .  .. .: ......  .:
CCDS54 LRLLNFQRQLRQEVVVCMRRDTALETALNAKAYKRSKRQSLREARITEKLEKQQKIE-QE
        410       420       430       440       450       460      

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pF1KSD SPRRHHHQTKVFAKFSHDAPPPGTKKKHLSIE---QLNARRRKVWLSIVKKELPKANK--
         ::..::  . . ..:       :. : :.    :  ..   .. . ...:  : :.  
CCDS54 RKRRQKHQEYLNSILQH---AKDFKEYHRSVTGKIQKLTKAVATYHANTEREQKKENERI
         470       480          490       500       510       520  

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pF1KSD QKASARNLFLTNS---RKLAHQCMKEVRRAALQAQKNCKETLPRARRLTKEMLLYWKKYE
       .:   : :.  .    :::  :  :. : : :  : .  : .    .:...        :
CCDS54 EKERMRRLMAEDEEGYRKLIDQ-KKDKRLAYLLQQTD--EYVANLTELVRQHKAAQVAKE
            530       540        550         560       570         

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pF1KSD KVEKEHRKRAEKEALEQRKL--DEEMREAKRQQRKLNFLITQTELYAHFMSRKRDMGHDG
       : .:...:.::.   .   .  : :  .   :.  :   . ..:  .  .    :  . :
CCDS54 KKKKKKKKKAENAEGQTPAIGPDGEPLDETSQMSDLPVKVIHVE--SGKILTGTDAPKAG
     580       590       600       610       620         630       

     410       420         430       440       450              460
pF1KSD IQEEILRKLEDSSTQRQIDI--GGGVVVNITQEDYDSNHFKAQALKNAE-------NAYH
         :  :.      .  . :   .:.   .  .:. . .  .  .:   :       ..  
CCDS54 QLEAWLEMNPGYEVAPRSDSEESGSEEEEEEEEEEQPQAAQPPTLPVEEKKKIPDPDSDD
       640       650       660       670       680       690       

              470       480       490       500       510       520
pF1KSD IHQARTRSFDEDAKESRAAALRAANKSGTGFGESYSLANPSIRAGEDIPQPTIFNGKLKG
       . .. .: . :.::..      ...  . :.   :..:. ..    :  .  . :: :: 
CCDS54 VSEVDARHIIENAKQDVDDEYGVSQALARGLQSYYAVAH-AVTERVDKQSALMVNGVLKQ
       700       710       720       730        740       750      

              530       540       550       560       570       580
pF1KSD YQLKGMNWLANLYEQGINGILADEMGLGKTVQSIALLAHLAERENIWGPFLIISPASTLN
       ::.::..::..::....:::::::::::::.:.:::...: :.. : :::::: : :::.
CCDS54 YQIKGLEWLVSLYNNNLNGILADEMGLGKTIQTIALITYLMEHKRINGPFLIIVPLSTLS
        760       770       780       790       800       810      

              590       600       610       620       630       640
pF1KSD NWHQEFTRFVPKFKVLPYWGNPHDRKVIRRFWSQKTLYTQDAPFHVVITSYQLVVQDVKY
       ::  :: ...:.   . : :.:  :   : :  :     ... :.:..:.:. ...: . 
CCDS54 NWAYEFDKWAPSVVKVSYKGSPAAR---RAFVPQ----LRSGKFNVLLTTYEYIIKDKHI
        820       830       840              850       860         

              650       660        670       680       690         
pF1KSD FQRVKWQYMVLDEAQALKSSSSVRWKIL-LQFQCRNRLLLTGTPIQNTMAELWALLHFIM
       . ...:.::..::.. .:.      ..:  ..    ::::::::.:: . ::::::.:..
CCDS54 LAKIRWKYMIVDEGHRMKNHHCKLTQVLNTHYVAPRRLLLTGTPLQNKLPELWALLNFLL
     870       880       890       900       910       920         

     700       710       720       730           740       750     
pF1KSD PTLFDSHEEFNEWFSKDIESHAENKSAIDENQ----LSRLHMILKPFMLRRIKKDVENEL
       ::.: :   :..::.  .   .: :  ..:..    . ::: .:.::.:::.::.:: .:
CCDS54 PTIFKSCSTFEQWFNAPFAMTGE-KVDLNEEETILIIRRLHKVLRPFLLRRLKKEVEAQL
     930       940       950        960       970       980        

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pF1KSD SDKIEILMYCQLTSRQKLLYQALKNKISIEDLLQSSMGSTQQAQNTTSSLMNLVMQFRKV
        .:.: .. :.... :..::. .. : ..  :: ..  . ..... :..::: .::.::.
CCDS54 PEKVEYVIKCDMSALQRVLYRHMQAK-GV--LLTDGSEKDKKGKGGTKTLMNTIMQLRKI
      990      1000      1010         1020      1030      1040     

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pF1KSD CNHPELFERQETWSPFHISLKPYHISKFIYRHGQIRVFNHSRDRWLRVLSPFAPDYIQRS
       :::: .:.        ::                                          
CCDS54 CNHPYMFQ--------HI------------------------------------------
        1050                                                       

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pF1KSD LFHRKGINEESCFSFLRFIDISPAEMANLMLQGLLARWLALFLSLKASYRLHQLRSWGAP
               :::                                                 
CCDS54 --------EES-------------------------------------------------
                                                                   

         940       950       960       970       980       990     
pF1KSD EGESHQRYLRNKDFLLGVNFPLSFPNLCSCPLLKSLVFSSHCKAVSGYSDQVVHQRRSAT
                                            :: :     :..  .:.      
CCDS54 -------------------------------------FSEHL----GFTGGIVQG-----
                                          1060          1070       

        1000      1010      1020      1030      1040      1050     
pF1KSD SSLRRCLLTELPSFLCVASPRVTAVPLDSYCNDRSAEYERRVLKEGGSLAAKQCLLNGAP
                                 :: :   :.                         
CCDS54 --------------------------LDLY---RA-------------------------
                                                                   

        1060      1070      1080      1090      1100      1110     
pF1KSD ELAADWLNRRSQFFPEPAGGLWSIRPQNGWSFIRIPGKESLITDSGKLYALDVLLTRLKS
                                                   :::.  :: .: .:..
CCDS54 --------------------------------------------SGKFELLDRILPKLRA
                                                 1080      1090    

        1120      1130      1140      1150      1160       1170    
pF1KSD QGHRVLIYSQMTRMIDLLEEYMVYRKHTYMRLDGSSKISERRDMVADFQNR-NDIFVFLL
        .:.::.. ::: .. ..:.:..::   :.::::..:  .:  ..  :..  .. :.:::
CCDS54 TNHKVLLFCQMTSLMTIMEDYFAYRGFKYLRLDGTTKAEDRGMLLKTFNEPGSEYFIFLL
         1100      1110      1120      1130      1140      1150    

         1180      1190      1200      1210      1220      1230    
pF1KSD STRAGGLGINLTAADTVIFYDSDWNPTVDQQAMDRAHRLGQTKQVTVYRLICKGTIEERI
       ::::::::.:: .:::::..::::::  : ::.:::::.:: ..: : ::   ...::.:
CCDS54 STRAGGLGLNLQSADTVIIFDSDWNPHQDLQAQDRAHRIGQQNEVRVLRLCTVNSVEEKI
         1160      1170      1180      1190      1200      1210    

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pF1KSD LQRAKEKSEIQRMVISGGNF--KPDTLKPKEVVSLLLDDEELEKKL-------RLRQEEK
       :  :: : .... ::..: :  : .. . .  .. .:. :: ...         . :   
CCDS54 LAAAKYKLNVDQKVIQAGMFDQKSSSHERRAFLQAILEHEEQDEEEDEVPDDETVNQMIA
         1220      1230      1240      1250      1260      1270    

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pF1KSD RQQEETN---RVKERKRKREKYAEKKK----KEDELDGKRRKEGVNLVIPFVPSADNSNL
       :..:: .   :.   .:..:    :.:    .::::                        
CCDS54 RHEEEFDLFMRMDLDRRREEARNPKRKPRLMEEDELPSWIIKDDAEVERLTCEEEEEKMF
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pF1KSD SADGDDSFISVDSAMPSPFSEISISSELHTGSIPLDESSSDMLVIVDDPASSAPQSRATN
                                                                   
CCDS54 GRGSRHRKEVDYSDSLTEKQWLKAIEEGTLEEIEEEVRQKKSSRKRKRDSDAGSSTPTTS
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>>CCDS45973.1 SMARCA4 gene_id:6597|Hs108|chr19            (1616 aa)
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Smith-Waterman score: 964; 25.7% identity (48.8% similar) in 1146 aa overlap (210-1314:437-1310)

     180       190       200       210       220       230         
pF1KSD LQQYQYYSAGLLSTYDPFYEQQRHLLGPKKKKFKEEKKLKAKLKKVKKKRRRDEELSSEE
                                     : .:. :. . .  .. .: ......  .:
CCDS45 LRLLNFQRQLRQEVVVCMRRDTALETALNAKAYKRSKRQSLREARITEKLEKQQKIE-QE
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pF1KSD SPRRHHHQTKVFAKFSHDAPPPGTKKKHLSIE---QLNARRRKVWLSIVKKELPKANK--
         ::..::  . . ..:       :. : :.    :  ..   .. . ...:  : :.  
CCDS45 RKRRQKHQEYLNSILQH---AKDFKEYHRSVTGKIQKLTKAVATYHANTEREQKKENERI
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pF1KSD QKASARNLFLTNS---RKLAHQCMKEVRRAALQAQKNCKETLPRARRLTKEMLLYWKKYE
       .:   : :.  .    :::  :  :. : : :  : .  : .    .:...        :
CCDS45 EKERMRRLMAEDEEGYRKLIDQ-KKDKRLAYLLQQTD--EYVANLTELVRQHKAAQVAKE
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       : .:...:.::.   .   .  : :  .   :.  :   . ..:  .  .    :  . :
CCDS45 KKKKKKKKKAENAEGQTPAIGPDGEPLDETSQMSDLPVKVIHVE--SGKILTGTDAPKAG
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     410       420         430       440       450              460
pF1KSD IQEEILRKLEDSSTQRQIDI--GGGVVVNITQEDYDSNHFKAQALKNAE-------NAYH
         :  :.      .  . :   .:.   .  .:. . .  .  .:   :       ..  
CCDS45 QLEAWLEMNPGYEVAPRSDSEESGSEEEEEEEEEEQPQAAQPPTLPVEEKKKIPDPDSDD
       640       650       660       670       680       690       

              470       480       490       500       510       520
pF1KSD IHQARTRSFDEDAKESRAAALRAANKSGTGFGESYSLANPSIRAGEDIPQPTIFNGKLKG
       . .. .: . :.::..      ...  . :.   :..:. ..    :  .  . :: :: 
CCDS45 VSEVDARHIIENAKQDVDDEYGVSQALARGLQSYYAVAH-AVTERVDKQSALMVNGVLKQ
       700       710       720       730        740       750      

              530       540       550       560       570       580
pF1KSD YQLKGMNWLANLYEQGINGILADEMGLGKTVQSIALLAHLAERENIWGPFLIISPASTLN
       ::.::..::..::....:::::::::::::.:.:::...: :.. : :::::: : :::.
CCDS45 YQIKGLEWLVSLYNNNLNGILADEMGLGKTIQTIALITYLMEHKRINGPFLIIVPLSTLS
        760       770       780       790       800       810      

              590       600       610       620       630       640
pF1KSD NWHQEFTRFVPKFKVLPYWGNPHDRKVIRRFWSQKTLYTQDAPFHVVITSYQLVVQDVKY
       ::  :: ...:.   . : :.:  :   : :  :     ... :.:..:.:. ...: . 
CCDS45 NWAYEFDKWAPSVVKVSYKGSPAAR---RAFVPQ----LRSGKFNVLLTTYEYIIKDKHI
        820       830       840              850       860         

              650       660        670       680       690         
pF1KSD FQRVKWQYMVLDEAQALKSSSSVRWKIL-LQFQCRNRLLLTGTPIQNTMAELWALLHFIM
       . ...:.::..::.. .:.      ..:  ..    ::::::::.:: . ::::::.:..
CCDS45 LAKIRWKYMIVDEGHRMKNHHCKLTQVLNTHYVAPRRLLLTGTPLQNKLPELWALLNFLL
     870       880       890       900       910       920         

     700       710       720       730           740       750     
pF1KSD PTLFDSHEEFNEWFSKDIESHAENKSAIDENQ----LSRLHMILKPFMLRRIKKDVENEL
       ::.: :   :..::.  .   .: :  ..:..    . ::: .:.::.:::.::.:: .:
CCDS45 PTIFKSCSTFEQWFNAPFAMTGE-KVDLNEEETILIIRRLHKVLRPFLLRRLKKEVEAQL
     930       940       950        960       970       980        

         760       770       780       790       800       810     
pF1KSD SDKIEILMYCQLTSRQKLLYQALKNKISIEDLLQSSMGSTQQAQNTTSSLMNLVMQFRKV
        .:.: .. :.... :..::. .. : ..  :: ..  . ..... :..::: .::.::.
CCDS45 PEKVEYVIKCDMSALQRVLYRHMQAK-GV--LLTDGSEKDKKGKGGTKTLMNTIMQLRKI
      990      1000      1010         1020      1030      1040     

         820       830       840       850       860       870     
pF1KSD CNHPELFERQETWSPFHISLKPYHISKFIYRHGQIRVFNHSRDRWLRVLSPFAPDYIQRS
       :::: .:.        ::                                          
CCDS45 CNHPYMFQ--------HI------------------------------------------
        1050                                                       

         880       890       900       910       920       930     
pF1KSD LFHRKGINEESCFSFLRFIDISPAEMANLMLQGLLARWLALFLSLKASYRLHQLRSWGAP
               :::                                                 
CCDS45 --------EES-------------------------------------------------
                                                                   

         940       950       960       970       980       990     
pF1KSD EGESHQRYLRNKDFLLGVNFPLSFPNLCSCPLLKSLVFSSHCKAVSGYSDQVVHQRRSAT
                                            :: :     :..  .:.      
CCDS45 -------------------------------------FSEHL----GFTGGIVQG-----
                                          1060          1070       

        1000      1010      1020      1030      1040      1050     
pF1KSD SSLRRCLLTELPSFLCVASPRVTAVPLDSYCNDRSAEYERRVLKEGGSLAAKQCLLNGAP
                                 :: :   :.                         
CCDS45 --------------------------LDLY---RA-------------------------
                                                                   

        1060      1070      1080      1090      1100      1110     
pF1KSD ELAADWLNRRSQFFPEPAGGLWSIRPQNGWSFIRIPGKESLITDSGKLYALDVLLTRLKS
                                                   :::.  :: .: .:..
CCDS45 --------------------------------------------SGKFELLDRILPKLRA
                                                 1080      1090    

        1120      1130      1140      1150      1160       1170    
pF1KSD QGHRVLIYSQMTRMIDLLEEYMVYRKHTYMRLDGSSKISERRDMVADFQNR-NDIFVFLL
        .:.::.. ::: .. ..:.:..::   :.::::..:  .:  ..  :..  .. :.:::
CCDS45 TNHKVLLFCQMTSLMTIMEDYFAYRGFKYLRLDGTTKAEDRGMLLKTFNEPGSEYFIFLL
         1100      1110      1120      1130      1140      1150    

         1180      1190      1200      1210      1220      1230    
pF1KSD STRAGGLGINLTAADTVIFYDSDWNPTVDQQAMDRAHRLGQTKQVTVYRLICKGTIEERI
       ::::::::.:: .:::::..::::::  : ::.:::::.:: ..: : ::   ...::.:
CCDS45 STRAGGLGLNLQSADTVIIFDSDWNPHQDLQAQDRAHRIGQQNEVRVLRLCTVNSVEEKI
         1160      1170      1180      1190      1200      1210    

         1240      1250        1260      1270             1280     
pF1KSD LQRAKEKSEIQRMVISGGNF--KPDTLKPKEVVSLLLDDEELEKKL-------RLRQEEK
       :  :: : .... ::..: :  : .. . .  .. .:. :: ...         . :   
CCDS45 LAAAKYKLNVDQKVIQAGMFDQKSSSHERRAFLQAILEHEEQDEEEDEVPDDETVNQMIA
         1220      1230      1240      1250      1260      1270    

        1290         1300          1310      1320      1330        
pF1KSD RQQEETN---RVKERKRKREKYAEKKK----KEDELDGKRRKEGVNLVIPFVPSADNSNL
       :..:: .   :.   .:..:    :.:    .::::                        
CCDS45 RHEEEFDLFMRMDLDRRREEARNPKRKPRLMEEDELPSWIIKDDAEVERLTCEEEEEKMF
         1280      1290      1300      1310      1320      1330    

     1340      1350      1360      1370      1380      1390        
pF1KSD SADGDDSFISVDSAMPSPFSEISISSELHTGSIPLDESSSDMLVIVDDPASSAPQSRATN
                                                                   
CCDS45 GRGSRHRKEVDYSDSLTEKQWLKTLKAIEEGTLEEIEEEVRQKKSSRKRKRDSDAGSSTP
         1340      1350      1360      1370      1380      1390    

>>CCDS45972.1 SMARCA4 gene_id:6597|Hs108|chr19            (1617 aa)
 initn: 1247 init1: 357 opt: 897  Z-score: 615.0  bits: 126.6 E(32554): 6.2e-28
Smith-Waterman score: 964; 25.7% identity (48.8% similar) in 1146 aa overlap (210-1314:437-1310)

     180       190       200       210       220       230         
pF1KSD LQQYQYYSAGLLSTYDPFYEQQRHLLGPKKKKFKEEKKLKAKLKKVKKKRRRDEELSSEE
                                     : .:. :. . .  .. .: ......  .:
CCDS45 LRLLNFQRQLRQEVVVCMRRDTALETALNAKAYKRSKRQSLREARITEKLEKQQKIE-QE
        410       420       430       440       450       460      

     240       250       260       270          280       290      
pF1KSD SPRRHHHQTKVFAKFSHDAPPPGTKKKHLSIE---QLNARRRKVWLSIVKKELPKANK--
         ::..::  . . ..:       :. : :.    :  ..   .. . ...:  : :.  
CCDS45 RKRRQKHQEYLNSILQH---AKDFKEYHRSVTGKIQKLTKAVATYHANTEREQKKENERI
         470       480          490       500       510       520  

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pF1KSD QKASARNLFLTNS---RKLAHQCMKEVRRAALQAQKNCKETLPRARRLTKEMLLYWKKYE
       .:   : :.  .    :::  :  :. : : :  : .  : .    .:...        :
CCDS45 EKERMRRLMAEDEEGYRKLIDQ-KKDKRLAYLLQQTD--EYVANLTELVRQHKAAQVAKE
            530       540        550         560       570         

             360       370         380       390       400         
pF1KSD KVEKEHRKRAEKEALEQRKL--DEEMREAKRQQRKLNFLITQTELYAHFMSRKRDMGHDG
       : .:...:.::.   .   .  : :  .   :.  :   . ..:  .  .    :  . :
CCDS45 KKKKKKKKKAENAEGQTPAIGPDGEPLDETSQMSDLPVKVIHVE--SGKILTGTDAPKAG
     580       590       600       610       620         630       

     410       420         430       440       450              460
pF1KSD IQEEILRKLEDSSTQRQIDI--GGGVVVNITQEDYDSNHFKAQALKNAE-------NAYH
         :  :.      .  . :   .:.   .  .:. . .  .  .:   :       ..  
CCDS45 QLEAWLEMNPGYEVAPRSDSEESGSEEEEEEEEEEQPQAAQPPTLPVEEKKKIPDPDSDD
       640       650       660       670       680       690       

              470       480       490       500       510       520
pF1KSD IHQARTRSFDEDAKESRAAALRAANKSGTGFGESYSLANPSIRAGEDIPQPTIFNGKLKG
       . .. .: . :.::..      ...  . :.   :..:. ..    :  .  . :: :: 
CCDS45 VSEVDARHIIENAKQDVDDEYGVSQALARGLQSYYAVAH-AVTERVDKQSALMVNGVLKQ
       700       710       720       730        740       750      

              530       540       550       560       570       580
pF1KSD YQLKGMNWLANLYEQGINGILADEMGLGKTVQSIALLAHLAERENIWGPFLIISPASTLN
       ::.::..::..::....:::::::::::::.:.:::...: :.. : :::::: : :::.
CCDS45 YQIKGLEWLVSLYNNNLNGILADEMGLGKTIQTIALITYLMEHKRINGPFLIIVPLSTLS
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pF1KSD NWHQEFTRFVPKFKVLPYWGNPHDRKVIRRFWSQKTLYTQDAPFHVVITSYQLVVQDVKY
       ::  :: ...:.   . : :.:  :   : :  :     ... :.:..:.:. ...: . 
CCDS45 NWAYEFDKWAPSVVKVSYKGSPAAR---RAFVPQ----LRSGKFNVLLTTYEYIIKDKHI
        820       830       840              850       860         

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pF1KSD FQRVKWQYMVLDEAQALKSSSSVRWKIL-LQFQCRNRLLLTGTPIQNTMAELWALLHFIM
       . ...:.::..::.. .:.      ..:  ..    ::::::::.:: . ::::::.:..
CCDS45 LAKIRWKYMIVDEGHRMKNHHCKLTQVLNTHYVAPRRLLLTGTPLQNKLPELWALLNFLL
     870       880       890       900       910       920         

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pF1KSD PTLFDSHEEFNEWFSKDIESHAENKSAIDENQ----LSRLHMILKPFMLRRIKKDVENEL
       ::.: :   :..::.  .   .: :  ..:..    . ::: .:.::.:::.::.:: .:
CCDS45 PTIFKSCSTFEQWFNAPFAMTGE-KVDLNEEETILIIRRLHKVLRPFLLRRLKKEVEAQL
     930       940       950        960       970       980        

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pF1KSD SDKIEILMYCQLTSRQKLLYQALKNKISIEDLLQSSMGSTQQAQNTTSSLMNLVMQFRKV
        .:.: .. :.... :..::. .. : ..  :: ..  . ..... :..::: .::.::.
CCDS45 PEKVEYVIKCDMSALQRVLYRHMQAK-GV--LLTDGSEKDKKGKGGTKTLMNTIMQLRKI
      990      1000      1010         1020      1030      1040     

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pF1KSD CNHPELFERQETWSPFHISLKPYHISKFIYRHGQIRVFNHSRDRWLRVLSPFAPDYIQRS
       :::: .:.        ::                                          
CCDS45 CNHPYMFQ--------HI------------------------------------------
        1050                                                       

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pF1KSD LFHRKGINEESCFSFLRFIDISPAEMANLMLQGLLARWLALFLSLKASYRLHQLRSWGAP
               :::                                                 
CCDS45 --------EES-------------------------------------------------
                                                                   

         940       950       960       970       980       990     
pF1KSD EGESHQRYLRNKDFLLGVNFPLSFPNLCSCPLLKSLVFSSHCKAVSGYSDQVVHQRRSAT
                                            :: :     :..  .:.      
CCDS45 -------------------------------------FSEHL----GFTGGIVQG-----
                                          1060          1070       

        1000      1010      1020      1030      1040      1050     
pF1KSD SSLRRCLLTELPSFLCVASPRVTAVPLDSYCNDRSAEYERRVLKEGGSLAAKQCLLNGAP
                                 :: :   :.                         
CCDS45 --------------------------LDLY---RA-------------------------
                                                                   

        1060      1070      1080      1090      1100      1110     
pF1KSD ELAADWLNRRSQFFPEPAGGLWSIRPQNGWSFIRIPGKESLITDSGKLYALDVLLTRLKS
                                                   :::.  :: .: .:..
CCDS45 --------------------------------------------SGKFELLDRILPKLRA
                                                 1080      1090    

        1120      1130      1140      1150      1160       1170    
pF1KSD QGHRVLIYSQMTRMIDLLEEYMVYRKHTYMRLDGSSKISERRDMVADFQNR-NDIFVFLL
        .:.::.. ::: .. ..:.:..::   :.::::..:  .:  ..  :..  .. :.:::
CCDS45 TNHKVLLFCQMTSLMTIMEDYFAYRGFKYLRLDGTTKAEDRGMLLKTFNEPGSEYFIFLL
         1100      1110      1120      1130      1140      1150    

         1180      1190      1200      1210      1220      1230    
pF1KSD STRAGGLGINLTAADTVIFYDSDWNPTVDQQAMDRAHRLGQTKQVTVYRLICKGTIEERI
       ::::::::.:: .:::::..::::::  : ::.:::::.:: ..: : ::   ...::.:
CCDS45 STRAGGLGLNLQSADTVIIFDSDWNPHQDLQAQDRAHRIGQQNEVRVLRLCTVNSVEEKI
         1160      1170      1180      1190      1200      1210    

         1240      1250        1260      1270             1280     
pF1KSD LQRAKEKSEIQRMVISGGNF--KPDTLKPKEVVSLLLDDEELEKKL-------RLRQEEK
       :  :: : .... ::..: :  : .. . .  .. .:. :: ...         . :   
CCDS45 LAAAKYKLNVDQKVIQAGMFDQKSSSHERRAFLQAILEHEEQDEEEDEVPDDETVNQMIA
         1220      1230      1240      1250      1260      1270    

        1290         1300          1310      1320      1330        
pF1KSD RQQEETN---RVKERKRKREKYAEKKK----KEDELDGKRRKEGVNLVIPFVPSADNSNL
       :..:: .   :.   .:..:    :.:    .::::                        
CCDS45 RHEEEFDLFMRMDLDRRREEARNPKRKPRLMEEDELPSWIIKDDAEVERLTCEEEEEKMF
         1280      1290      1300      1310      1320      1330    

     1340      1350      1360      1370      1380      1390        
pF1KSD SADGDDSFISVDSAMPSPFSEISISSELHTGSIPLDESSSDMLVIVDDPASSAPQSRATN
                                                                   
CCDS45 GRGSRHRKEVDYSDSLTEKQWLKTLKAIEEGTLEEIEEEVRQKKSSRKRKRDSDAGSSTP
         1340      1350      1360      1370      1380      1390    

>>CCDS12253.1 SMARCA4 gene_id:6597|Hs108|chr19            (1647 aa)
 initn: 1247 init1: 357 opt: 897  Z-score: 614.9  bits: 126.6 E(32554): 6.3e-28
Smith-Waterman score: 945; 25.7% identity (48.7% similar) in 1094 aa overlap (210-1276:437-1258)

     180       190       200       210       220       230         
pF1KSD LQQYQYYSAGLLSTYDPFYEQQRHLLGPKKKKFKEEKKLKAKLKKVKKKRRRDEELSSEE
                                     : .:. :. . .  .. .: ......  .:
CCDS12 LRLLNFQRQLRQEVVVCMRRDTALETALNAKAYKRSKRQSLREARITEKLEKQQKIE-QE
        410       420       430       440       450       460      

     240       250       260       270          280       290      
pF1KSD SPRRHHHQTKVFAKFSHDAPPPGTKKKHLSIE---QLNARRRKVWLSIVKKELPKANK--
         ::..::  . . ..:       :. : :.    :  ..   .. . ...:  : :.  
CCDS12 RKRRQKHQEYLNSILQH---AKDFKEYHRSVTGKIQKLTKAVATYHANTEREQKKENERI
         470       480          490       500       510       520  

          300          310       320       330       340       350 
pF1KSD QKASARNLFLTNS---RKLAHQCMKEVRRAALQAQKNCKETLPRARRLTKEMLLYWKKYE
       .:   : :.  .    :::  :  :. : : :  : .  : .    .:...        :
CCDS12 EKERMRRLMAEDEEGYRKLIDQ-KKDKRLAYLLQQTD--EYVANLTELVRQHKAAQVAKE
            530       540        550         560       570         

             360       370         380       390       400         
pF1KSD KVEKEHRKRAEKEALEQRKL--DEEMREAKRQQRKLNFLITQTELYAHFMSRKRDMGHDG
       : .:...:.::.   .   .  : :  .   :.  :   . ..:  .  .    :  . :
CCDS12 KKKKKKKKKAENAEGQTPAIGPDGEPLDETSQMSDLPVKVIHVE--SGKILTGTDAPKAG
     580       590       600       610       620         630       

     410       420         430       440       450              460
pF1KSD IQEEILRKLEDSSTQRQIDI--GGGVVVNITQEDYDSNHFKAQALKNAE-------NAYH
         :  :.      .  . :   .:.   .  .:. . .  .  .:   :       ..  
CCDS12 QLEAWLEMNPGYEVAPRSDSEESGSEEEEEEEEEEQPQAAQPPTLPVEEKKKIPDPDSDD
       640       650       660       670       680       690       

              470       480       490       500       510       520
pF1KSD IHQARTRSFDEDAKESRAAALRAANKSGTGFGESYSLANPSIRAGEDIPQPTIFNGKLKG
       . .. .: . :.::..      ...  . :.   :..:. ..    :  .  . :: :: 
CCDS12 VSEVDARHIIENAKQDVDDEYGVSQALARGLQSYYAVAH-AVTERVDKQSALMVNGVLKQ
       700       710       720       730        740       750      

              530       540       550       560       570       580
pF1KSD YQLKGMNWLANLYEQGINGILADEMGLGKTVQSIALLAHLAERENIWGPFLIISPASTLN
       ::.::..::..::....:::::::::::::.:.:::...: :.. : :::::: : :::.
CCDS12 YQIKGLEWLVSLYNNNLNGILADEMGLGKTIQTIALITYLMEHKRINGPFLIIVPLSTLS
        760       770       780       790       800       810      

              590       600       610       620       630       640
pF1KSD NWHQEFTRFVPKFKVLPYWGNPHDRKVIRRFWSQKTLYTQDAPFHVVITSYQLVVQDVKY
       ::  :: ...:.   . : :.:  :   : :  :     ... :.:..:.:. ...: . 
CCDS12 NWAYEFDKWAPSVVKVSYKGSPAAR---RAFVPQ----LRSGKFNVLLTTYEYIIKDKHI
        820       830       840              850       860         

              650       660        670       680       690         
pF1KSD FQRVKWQYMVLDEAQALKSSSSVRWKIL-LQFQCRNRLLLTGTPIQNTMAELWALLHFIM
       . ...:.::..::.. .:.      ..:  ..    ::::::::.:: . ::::::.:..
CCDS12 LAKIRWKYMIVDEGHRMKNHHCKLTQVLNTHYVAPRRLLLTGTPLQNKLPELWALLNFLL
     870       880       890       900       910       920         

     700       710       720       730           740       750     
pF1KSD PTLFDSHEEFNEWFSKDIESHAENKSAIDENQ----LSRLHMILKPFMLRRIKKDVENEL
       ::.: :   :..::.  .   .: :  ..:..    . ::: .:.::.:::.::.:: .:
CCDS12 PTIFKSCSTFEQWFNAPFAMTGE-KVDLNEEETILIIRRLHKVLRPFLLRRLKKEVEAQL
     930       940       950        960       970       980        

         760       770       780       790       800       810     
pF1KSD SDKIEILMYCQLTSRQKLLYQALKNKISIEDLLQSSMGSTQQAQNTTSSLMNLVMQFRKV
        .:.: .. :.... :..::. .. :     :: ..  . ..... :..::: .::.::.
CCDS12 PEKVEYVIKCDMSALQRVLYRHMQAKGV---LLTDGSEKDKKGKGGTKTLMNTIMQLRKI
      990      1000      1010         1020      1030      1040     

         820       830       840       850       860       870     
pF1KSD CNHPELFERQETWSPFHISLKPYHISKFIYRHGQIRVFNHSRDRWLRVLSPFAPDYIQRS
       :::: .:.        ::                                          
CCDS12 CNHPYMFQ--------HI------------------------------------------
        1050                                                       

         880       890       900       910       920       930     
pF1KSD LFHRKGINEESCFSFLRFIDISPAEMANLMLQGLLARWLALFLSLKASYRLHQLRSWGAP
               :::                                                 
CCDS12 --------EES-------------------------------------------------
                                                                   

         940       950       960       970       980       990     
pF1KSD EGESHQRYLRNKDFLLGVNFPLSFPNLCSCPLLKSLVFSSHCKAVSGYSDQVVHQRRSAT
                                            :: :     :..  .:.      
CCDS12 -------------------------------------FSEHL----GFTGGIVQG-----
                                          1060          1070       

        1000      1010      1020      1030      1040      1050     
pF1KSD SSLRRCLLTELPSFLCVASPRVTAVPLDSYCNDRSAEYERRVLKEGGSLAAKQCLLNGAP
                                 :: :   :.                         
CCDS12 --------------------------LDLY---RA-------------------------
                                                                   

        1060      1070      1080      1090      1100      1110     
pF1KSD ELAADWLNRRSQFFPEPAGGLWSIRPQNGWSFIRIPGKESLITDSGKLYALDVLLTRLKS
                                                   :::.  :: .: .:..
CCDS12 --------------------------------------------SGKFELLDRILPKLRA
                                                 1080      1090    

        1120      1130      1140      1150      1160       1170    
pF1KSD QGHRVLIYSQMTRMIDLLEEYMVYRKHTYMRLDGSSKISERRDMVADFQNR-NDIFVFLL
        .:.::.. ::: .. ..:.:..::   :.::::..:  .:  ..  :..  .. :.:::
CCDS12 TNHKVLLFCQMTSLMTIMEDYFAYRGFKYLRLDGTTKAEDRGMLLKTFNEPGSEYFIFLL
         1100      1110      1120      1130      1140      1150    

         1180      1190      1200      1210      1220      1230    
pF1KSD STRAGGLGINLTAADTVIFYDSDWNPTVDQQAMDRAHRLGQTKQVTVYRLICKGTIEERI
       ::::::::.:: .:::::..::::::  : ::.:::::.:: ..: : ::   ...::.:
CCDS12 STRAGGLGLNLQSADTVIIFDSDWNPHQDLQAQDRAHRIGQQNEVRVLRLCTVNSVEEKI
         1160      1170      1180      1190      1200      1210    

         1240      1250        1260      1270      1280      1290  
pF1KSD LQRAKEKSEIQRMVISGGNF--KPDTLKPKEVVSLLLDDEELEKKLRLRQEEKRQQEETN
       :  :: : .... ::..: :  : .. . .  .. .:. :: ..                
CCDS12 LAAAKYKLNVDQKVIQAGMFDQKSSSHERRAFLQAILEHEEQDESRHCSTGSGSASFAHT
         1220      1230      1240      1250      1260      1270    

           1300      1310      1320      1330      1340      1350  
pF1KSD RVKERKRKREKYAEKKKKEDELDGKRRKEGVNLVIPFVPSADNSNLSADGDDSFISVDSA
                                                                   
CCDS12 APPPAGVNPDLEEPPLKEEDEVPDDETVNQMIARHEEEFDLFMRMDLDRRREEARNPKRK
         1280      1290      1300      1310      1320      1330    

>>CCDS10689.2 SRCAP gene_id:10847|Hs108|chr16             (3230 aa)
 initn: 1311 init1: 635 opt: 692  Z-score: 472.1  bits: 101.2 E(32554): 5.6e-20
Smith-Waterman score: 1061; 45.1% identity (75.8% similar) in 339 aa overlap (493-831:597-916)

            470       480       490       500       510       520  
pF1KSD QARTRSFDEDAKESRAAALRAANKSGTGFGESYSLANPSIRAGEDIPQPTIFNGKLKGYQ
                                     ..:.::. ....    : : .. :.:. ::
CCDS10 GSGPPTPGPTTLGPKKEITDIAAAAESLQPKGYTLATTQVKT----PIPLLLRGQLREYQ
        570       580       590       600           610       620  

            530       540       550       560       570       580  
pF1KSD LKGMNWLANLYEQGINGILADEMGLGKTVQSIALLAHLAERENIWGPFLIISPASTLNNW
         :..::...::. .:::::::::::::.:.:.:::::: ... ::: ::: :.:.. ::
CCDS10 HIGLDWLVTMYEKKLNGILADEMGLGKTIQTISLLAHLACEKGNWGPHLIIVPTSVMLNW
            630       640       650       660       670       680  

            590       600       610       620       630       640  
pF1KSD HQEFTRFVPKFKVLPYWGNPHDRKVIRRFWSQKTLYTQDAPFHVVITSYQLVVQDVKYFQ
       ..:. :. :.::.: :.:  ..::. :. :      :.   ::: ::::.::.:: . :.
CCDS10 EMELKRWCPSFKILTYYGAQKERKLKRQGW------TKPNAFHVCITSYKLVLQDHQAFR
            690       700       710             720       730      

            650       660       670       680       690       700  
pF1KSD RVKWQYMVLDEAQALKSSSSVRWKILLQFQCRNRLLLTGTPIQNTMAELWALLHFIMPTL
       : .:.:..::::: .:. .: ::. ::.:. . ::::::::.::.. :::.:.::.:: .
CCDS10 RKNWRYLILDEAQNIKNFKSQRWQSLLNFNSQRRLLLTGTPLQNSLMELWSLMHFLMPHV
        740       750       760       770       780       790      

            710       720       730       740       750       760  
pF1KSD FDSHEEFNEWFSKDIESHAENKSAIDENQLSRLHMILKPFMLRRIKKDVENELSDKIEIL
       :.::.::.::::. . .  :...  .:. ..::: .:.::.:::.: :::...  : : .
CCDS10 FQSHREFKEWFSNPLTGMIEGSQEYNEGLVKRLHKVLRPFLLRRVKVDVEKQMPKKYEHV
        800       810       820       830       840       850      

            770       780       790       800       810       820  
pF1KSD MYCQLTSRQKLLYQALKNKISIEDLLQSSMGSTQQAQNTTSSLMNLVMQFRKVCNHPELF
       . :.:..::. ::         .:.. ..  .   : .   :..:..::.:::::::.::
CCDS10 IRCRLSKRQRCLY---------DDFMAQTTTKETLATGHFMSVINILMQLRKVCNHPNLF
        860                870       880       890       900       

            830       840       850       860       870       880  
pF1KSD ERQETWSPFHISLKPYHISKFIYRHGQIRVFNHSRDRWLRVLSPFAPDYIQRSLFHRKGI
       . . . :::                                                   
CCDS10 DPRPVTSPFITPGICFSTASLVLRATDVHPLQRIDMGRFDLIGLEGRVSRYEADTFLPRH
       910       920       930       940       950       960       

>--
 initn: 1311 init1: 635 opt: 692  Z-score: 472.1  bits: 101.2 E(32554): 5.6e-20
Smith-Waterman score: 692; 31.0% identity (57.5% similar) in 503 aa overlap (1061-1543:1998-2491)

             1040      1050      1060      1070        1080        
pF1KSD AEYERRVLKEGGSLAAKQCLLNGAPELAADWLNRRSQFFPEP-AGGLWS-IRPQNGWSF-
                                     ::  :.  : :  :. ::   :: .     
CCDS10 QLSEIIERFIFVMPPVEAPPPSLHACHPPPWLAPRQAAFQEQLASELWPRARPLHRIVCN
      1970      1980      1990      2000      2010      2020       

        1090      1100      1110      1120      1130      1140     
pF1KSD --IRIPGKESLITDSGKLYALDVLLTRLKSQGHRVLIYSQMTRMIDLLEEYMVYRKHTYM
          ..:  . .  : ::: .: ::: .::..::::::..:::::.:.::....:. : :.
CCDS10 MRTQFPDLRLIQYDCGKLQTLAVLLRQLKAEGHRVLIFTQMTRMLDVLEQFLTYHGHLYL
      2030      2040      2050      2060      2070      2080       

        1150      1160      1170      1180      1190      1200     
pF1KSD RLDGSSKISERRDMVADFQNRNDIFVFLLSTRAGGLGINLTAADTVIFYDSDWNPTVDQQ
       :::::... .:. ..  :.  . :: :.::::.::.:.:::.::::.:::::::::.: :
CCDS10 RLDGSTRVEQRQALMERFNADKRIFCFILSTRSGGVGVNLTGADTVVFYDSDWNPTMDAQ
      2090      2100      2110      2120      2130      2140       

        1210      1220      1230      1240      1250      1260     
pF1KSD AMDRAHRLGQTKQVTVYRLICKGTIEERILQRAKEKSEIQRMVISGGNFKPDTLKPKEVV
       :.:: ::.:::..: .:::: . :.:: ::..:..:  .  :.: ::::    .: . . 
CCDS10 AQDRCHRIGQTRDVHIYRLISERTVEENILKKANQKRMLGDMAIEGGNFTTAYFKQQTIR
      2150      2160      2170      2180      2190      2200       

        1270      1280      1290      1300      1310      1320     
pF1KSD SLLLDDEELEKKLRLRQEEKRQQEETNRVKERKRKREKYAEKKKKEDELDGKRRKEGVNL
        :.  :  ::.          ..:: . .... .  :.   . . :... .  . .. . 
CCDS10 ELF--DMPLEEPSSSSVPSAPEEEEETVASKQTHILEQALCRAEDEEDIRAATQAKA-EQ
      2210        2220      2230      2240      2250      2260     

        1330      1340         1350      1360      1370      1380  
pF1KSD VIPFVPSADNSNLSA-DGDDSFI--SVDSAMPSPFSEISISSELHTGSIPLDESSSDMLV
       :  ..   .:... : .:...    . :  :    .::.   :  :   :... .  .: 
CCDS10 VAELAEFNENDGFPAGEGEEAGRPGAEDEEMSRAEQEIAALVEQLT---PIERYAMKFLE
         2270      2280      2290      2300      2310         2320 

           1390      1400         1410      1420      1430         
pF1KSD IVDDPASSAPQSRATNSPASITGSVS---DTVNGISIQEMPAAGRGHSARSRGRPKGSGS
          . .:    ..: ..  .   ...   . :  .  .:  . : :  . : :   :.  
CCDS10 ASLEEVSREELKQAEEQVEAARKDLDQAKEEVFRLPQEEEEGPGAGDES-SCGTGGGTHR
            2330      2340      2350      2360      2370       2380

    1440      1450      1460      1470       1480      1490        
pF1KSD TAKGAGKGRSRKSTAGSAAAMAGAKAGAAAAS-AAAYAAYGYNVSKGISASSPLQTSLVR
        .: : :.  : .:  :   . ::.: . .:. . . .:.    .      :: .  . :
CCDS10 RSKKA-KAPERPGTRVSER-LRGARAETQGANHTPVISAHQTRSTTTPPRCSPARERVPR
              2390       2400      2410      2420      2430        

     1500      1510              1520      1530      1540      1550
pF1KSD PAGLADFGPSSASS--------PLSSPLSKGNNVPGNPKNLHMTSSLAPDSLVRKQGKGT
       ::      :.:: .        :.:.:.  .   : .   .:.  :  : : .       
CCDS10 PAPRPRPTPASAPAAIPALVPVPVSAPVPISAPNPITILPVHILPSPPPPSQIPPCSSPA
     2440      2450      2460      2470      2480      2490        

                                                                   
pF1KSD NPSGGR                                                      
                                                                   
CCDS10 CTPPPACTPPPAHTPPPAQTCLVTPSSPLLLGPPSVPISASVTNLPLGLRPEAELCAQAL
     2500      2510      2520      2530      2540      2550        

>>CCDS3761.1 SMARCA5 gene_id:8467|Hs108|chr4              (1052 aa)
 initn: 1433 init1: 369 opt: 606  Z-score: 420.9  bits: 90.1 E(32554): 4e-17
Smith-Waterman score: 934; 27.6% identity (48.6% similar) in 949 aa overlap (404-1344:63-718)

           380       390       400       410       420       430   
pF1KSD EMREAKRQQRKLNFLITQTELYAHFMSRKRDMGHDGIQEEILRKLEDSSTQRQIDIGGGV
                                     : .  : :.:: .       . : : ..  
CCDS37 NKGGPEGVAAQAVASAASAGPADAEMEEIFDDASPGKQKEIQEPDPTYEEKMQTDRANRF
             40        50        60        70        80        90  

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pF1KSD VVNITQEDYDSNHFKAQALKNAENAYHIHQARTRSFDEDAKESRAAALRAANKSGTGFGE
          . : .  .. ..  : :.  .  ... .: : . .: :..  ..    ..  :   :
CCDS37 EYLLKQTELFAHFIQPAAQKTPTSPLKMKPGRPR-IKKDEKQNLLSVGDYRHRR-TEQEE
            100       110       120        130       140        150

           500             510       520       530       540       
pF1KSD SYSLANPSIRAG------EDIPQPTIFNGKLKGYQLKGMNWLANLYEQGINGILADEMGL
       .  : . : .:       :: :. . . :::. ::..:.::: .:::.::::::::::::
CCDS37 DEELLTESSKATNVCTRFEDSPSYVKW-GKLRDYQVRGLNWLISLYENGINGILADEMGL
              160       170        180       190       200         

       550       560       570       580       590       600       
pF1KSD GKTVQSIALLAHLAERENIWGPFLIISPASTLNNWHQEFTRFVPKFKVLPYWGNPHDRKV
       :::.:.:.::... . .:: :: ... : :::.:: .:: :.:: .. .   :. ..: .
CCDS37 GKTLQTISLLGYMKHYRNIPGPHMVLVPKSTLHNWMSEFKRWVPTLRSVCLIGDKEQRAA
     210       220       230       240       250       260         

       610       620       630       640       650       660       
pF1KSD IRRFWSQKTLYTQDAPFHVVITSYQLVVQDVKYFQRVKWQYMVLDEAQALKSSSSVRWKI
       . :     .:   .  . : .:::...... . :.. .:.:.:.:::. .:. .:   .:
CCDS37 FVR----DVLLPGE--WDVCVTSYEMLIKEKSVFKKFNWRYLVIDEAHRIKNEKSKLSEI
     270             280       290       300       310       320   

       670       680       690       700       710       720       
pF1KSD LLQFQCRNRLLLTGTPIQNTMAELWALLHFIMPTLFDSHEEFNEWFSKDIESHAENKSAI
       . .:.  :::::::::.::.. :::.::.:..: .:.: ..:. ::.        :.   
CCDS37 VREFKTTNRLLLTGTPLQNNLHELWSLLNFLLPDVFNSADDFDSWFDT-------NNCLG
           330       340       350       360       370             

       730       740       750       760       770       780       
pF1KSD DENQLSRLHMILKPFMLRRIKKDVENELSDKIEILMYCQLTSRQKLLYQALKNKISIEDL
       :.. . ::::.:.::.::::: :::. :  : :. .:  :.. :.  :    ..: ..:.
CCDS37 DQKLVERLHMVLRPFLLRRIKADVEKSLPPKKEVKIYVGLSKMQREWY----TRILMKDI
        380       390       400       410       420           430  

        790       800       810       820       830       840      
pF1KSD -LQSSMGSTQQAQNTTSSLMNLVMQFRKVCNHPELFERQETWSPFHISLKPYHISKFIYR
        . .: :. .. .     :.:..::.:: :::: ::.  :  .:                
CCDS37 DILNSAGKMDKMR-----LLNILMQLRKCCNHPYLFDGAEP-GP----------------
            440            450       460        470                

        850       860       870       880       890       900      
pF1KSD HGQIRVFNHSRDRWLRVLSPFAPDYIQRSLFHRKGINEESCFSFLRFIDISPAEMANLML
                          :.. :                                    
CCDS37 -------------------PYTTD------------------------------------
                                                                   

        910       920       930       940       950       960      
pF1KSD QGLLARWLALFLSLKASYRLHQLRSWGAPEGESHQRYLRNKDFLLGVNFPLSFPNLCSCP
                          .:                                       
CCDS37 -------------------MH---------------------------------------
                                                                   

        970       980       990      1000      1010      1020      
pF1KSD LLKSLVFSSHCKAVSGYSDQVVHQRRSATSSLRRCLLTELPSFLCVASPRVTAVPLDSYC
                                                                   
CCDS37 ------------------------------------------------------------
                                                                   

       1030      1040      1050      1060      1070      1080      
pF1KSD NDRSAEYERRVLKEGGSLAAKQCLLNGAPELAADWLNRRSQFFPEPAGGLWSIRPQNGWS
                                                                   
CCDS37 ------------------------------------------------------------
                                                                   

       1090      1100      1110      1120      1130      1140      
pF1KSD FIRIPGKESLITDSGKLYALDVLLTRLKSQGHRVLIYSQMTRMIDLLEEYMVYRKHTYMR
                :.:.:::. .:: :: .:: :: ::::.:::::..:.::.: ..:.. : :
CCDS37 ---------LVTNSGKMVVLDKLLPKLKEQGSRVLIFSQMTRVLDILEDYCMWRNYEYCR
                480       490       500       510       520        

       1150      1160       1170      1180      1190      1200     
pF1KSD LDGSSKISERRDMVADFQNRNDI-FVFLLSTRAGGLGINLTAADTVIFYDSDWNPTVDQQ
       :::..  .::.: .  ... :.  :::.::::::::::::..::.::.::::::: :: :
CCDS37 LDGQTPHDERQDSINAYNEPNSTKFVFMLSTRAGGLGINLATADVVILYDSDWNPQVDLQ
      530       540       550       560       570       580        

        1210      1220      1230      1240      1250      1260     
pF1KSD AMDRAHRLGQTKQVTVYRLICKGTIEERILQRAKEKSEIQRMVISGGNFKPDTLKPKEVV
       :::::::.:::: : :.:.:  .:.::::..::. : ... .::. : .  ..:.     
CCDS37 AMDRAHRIGQTKTVRVFRFITDNTVEERIVERAEMKLRLDSIVIQQGRLVDQNLNKIGKD
      590       600       610       620       630       640        

        1270      1280      1290      1300      1310      1320     
pF1KSD SLLLDDEELEKKLRLRQEEKRQQEETNRVKERKRKREKYAEKKKKEDELDGKRRKEGVNL
        .:   ..   ..   .: .  .:. . . ::           ::  :.. :  : : . 
CCDS37 EMLQMIRHGATHVFASKESEITDEDIDGILERG---------AKKTAEMNEKLSKMGESS
      650       660       670       680                690         

        1330      1340      1350      1360      1370      1380     
pF1KSD VIPFVPSADNSNLSADGDDSFISVDSAMPSPFSEISISSELHTGSIPLDESSSDMLVIVD
       .  :. ....:  . .:.:                                         
CCDS37 LRNFTMDTESSVYNFEGEDYREKQKIAFTEWIEPPKRERKANYAVDAYFREALRVSEPKA
     700       710       720       730       740       750         




1556 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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