Result of FASTA (omim) for pF1KSDA1246
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA1246, 789 aa
  1>>>pF1KSDA1246 789 - 789 aa - 789 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.0599+/-0.000405; mu= -1.5569+/- 0.025
 mean_var=310.6307+/-65.379, 0's: 0 Z-trim(121.5): 302  B-trim: 33 in 1/58
 Lambda= 0.072770
 statistics sampled from 37893 (38232) to 37893 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.74), E-opt: 0.2 (0.448), width:  16
 Scan time: 15.530

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
XP_016866599 (OMIM: 612808) PREDICTED: leucine-ric ( 789) 5259 566.5 1.6e-160
XP_011513063 (OMIM: 612808) PREDICTED: leucine-ric ( 789) 5259 566.5 1.6e-160
XP_011513064 (OMIM: 612808) PREDICTED: leucine-ric ( 789) 5259 566.5 1.6e-160
NP_065788 (OMIM: 612808) leucine-rich repeat and f ( 789) 5259 566.5 1.6e-160
XP_016866600 (OMIM: 612808) PREDICTED: leucine-ric ( 467) 3123 342.0 3.5e-93
NP_001333102 (OMIM: 612811) leucine-rich repeat an ( 719) 2368 262.9 3.4e-69
XP_016876537 (OMIM: 612811) PREDICTED: leucine-ric ( 719) 2368 262.9 3.4e-69
NP_689660 (OMIM: 612811) leucine-rich repeat and f ( 719) 2368 262.9 3.4e-69
XP_016882791 (OMIM: 612809) PREDICTED: leucine-ric ( 628) 2056 230.1 2.3e-59
NP_078785 (OMIM: 612809) leucine-rich repeat and f ( 628) 2056 230.1 2.3e-59
NP_001317035 (OMIM: 612811) leucine-rich repeat an ( 466) 1843 207.6 9.8e-53
NP_001333104 (OMIM: 612811) leucine-rich repeat an ( 466) 1843 207.6 9.8e-53
NP_076941 (OMIM: 612810) leucine-rich repeat and f ( 635) 1642 186.7 2.8e-46
XP_005274296 (OMIM: 612810) PREDICTED: leucine-ric ( 635) 1642 186.7 2.8e-46
XP_005259159 (OMIM: 612807) PREDICTED: leucine-ric ( 771) 1585 180.7   2e-44
NP_065913 (OMIM: 612807) leucine-rich repeat and f ( 771) 1585 180.7   2e-44
XP_016882522 (OMIM: 612807) PREDICTED: leucine-ric ( 771) 1585 180.7   2e-44
NP_689783 (OMIM: 609793) leucine-rich repeat and i ( 606)  384 54.6 1.5e-06
XP_016869793 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606)  384 54.6 1.5e-06
NP_001245211 (OMIM: 609793) leucine-rich repeat an ( 606)  384 54.6 1.5e-06
XP_011516026 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606)  384 54.6 1.5e-06
XP_016869795 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606)  384 54.6 1.5e-06
XP_016869796 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606)  384 54.6 1.5e-06
XP_016869794 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606)  384 54.6 1.5e-06
XP_016869792 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606)  384 54.6 1.5e-06
XP_011516030 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606)  384 54.6 1.5e-06
XP_011516021 (OMIM: 609793) PREDICTED: leucine-ric ( 606)  384 54.6 1.5e-06
NP_001004432 (OMIM: 609794) leucine-rich repeat an ( 593)  337 49.6 4.6e-05
XP_016868530 (OMIM: 615904) PREDICTED: peroxidasin (1328)  318 47.9 0.00033
XP_011515760 (OMIM: 615904) PREDICTED: peroxidasin (1328)  318 47.9 0.00033
NP_056379 (OMIM: 610868) leucine-rich repeat trans ( 516)  307 46.4 0.00037
XP_016864013 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 361)  301 45.7 0.00044
XP_016864006 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 759)  306 46.5 0.00053
XP_011530477 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 760)  306 46.5 0.00053
NP_075380 (OMIM: 181500,605566) reticulon-4 recept ( 473)  299 45.5 0.00062
XP_011530478 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 733)  301 45.9 0.00074
XP_016864014 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 352)  293 44.8 0.00077
XP_016864012 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 385)  293 44.8 0.00082
XP_011530481 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 412)  293 44.9 0.00086
NP_001240659 (OMIM: 606654) relaxin receptor 1 iso ( 626)  293 45.0  0.0012
NP_001017403 (OMIM: 606653) leucine-rich repeat-co ( 967)  297 45.6  0.0012
XP_016864011 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 675)  293 45.1  0.0012
XP_016864010 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 676)  293 45.1  0.0012
XP_016864009 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 703)  293 45.1  0.0013
XP_016864008 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 703)  293 45.1  0.0013
NP_001240657 (OMIM: 606654) relaxin receptor 1 iso ( 724)  293 45.1  0.0013
NP_055632 (OMIM: 613356) TLR4 interactor with leuc ( 811)  294 45.2  0.0013
XP_016864007 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 756)  293 45.1  0.0013
NP_067647 (OMIM: 606654) relaxin receptor 1 isofor ( 757)  293 45.1  0.0014
XP_011530476 (OMIM: 606654) PREDICTED: relaxin rec ( 783)  293 45.1  0.0014


>>XP_016866599 (OMIM: 612808) PREDICTED: leucine-rich re  (789 aa)
 initn: 5259 init1: 5259 opt: 5259  Z-score: 3002.9  bits: 566.5 E(85289): 1.6e-160
Smith-Waterman score: 5259; 100.0% identity (100.0% similar) in 789 aa overlap (1-789:1-789)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD METLLGGLLAFGMAFAVVDACPKYCVCQNLSESLGTLCPSKGLLFVPPDIDRRTVELRLG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 METLLGGLLAFGMAFAVVDACPKYCVCQNLSESLGTLCPSKGLLFVPPDIDRRTVELRLG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD GNFIIHISRQDFANMTGLVDLTLSRNTISHIQPFSFLDLESLRSLHLDSNRLPSLGEDTL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GNFIIHISRQDFANMTGLVDLTLSRNTISHIQPFSFLDLESLRSLHLDSNRLPSLGEDTL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD RGLVNLQHLIVNNNQLGGIADEAFEDFLLTLEDLDLSYNNLHGLPWDSVRRMVNLHQLSL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RGLVNLQHLIVNNNQLGGIADEAFEDFLLTLEDLDLSYNNLHGLPWDSVRRMVNLHQLSL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD DHNLLDHIAEGTFADLQKLARLDLTSNRLQKLPPDPIFARSQASALTATPFAPPLSFSFG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DHNLLDHIAEGTFADLQKLARLDLTSNRLQKLPPDPIFARSQASALTATPFAPPLSFSFG
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD GNPLHCNCELLWLRRLERDDDLETCGSPGGLKGRYFWHVREEEFVCEPPLITQHTHKLLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GNPLHCNCELLWLRRLERDDDLETCGSPGGLKGRYFWHVREEEFVCEPPLITQHTHKLLV
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD LEGQAATLKCKAIGDPSPLIHWVAPDDRLVGNSSRTAVYDNGTLDIFITTSQDSGAFTCI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LEGQAATLKCKAIGDPSPLIHWVAPDDRLVGNSSRTAVYDNGTLDIFITTSQDSGAFTCI
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD AANAAGEATAMVEVSIVQLPHLSNSTSRTAPPKSRLSDITGSSKTSRGGGGSGGGEPPKS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AANAAGEATAMVEVSIVQLPHLSNSTSRTAPPKSRLSDITGSSKTSRGGGGSGGGEPPKS
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD PPERAVLVSEVTTTSALVKWSVSKSAPRVKMYQLQYNCSDDEVLIYRMIPASNKAFVVNN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PPERAVLVSEVTTTSALVKWSVSKSAPRVKMYQLQYNCSDDEVLIYRMIPASNKAFVVNN
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD LVSGTGYDLCVLAMWDDTATTLTATNIVGCAQFFTKADYPQCQSMHSQILGGTMILVIGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LVSGTGYDLCVLAMWDDTATTLTATNIVGCAQFFTKADYPQCQSMHSQILGGTMILVIGG
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD IIVATLLVFIVILMVRYKVCNHEAPSKMAAAVSNVYSQTNGAQPPPPSSAPAGAPPQGPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IIVATLLVFIVILMVRYKVCNHEAPSKMAAAVSNVYSQTNGAQPPPPSSAPAGAPPQGPP
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD KVVVRNELLDFTASLARASDSSSSSSLGSGEAAGLGRAPWRIPPSAPRPKPSLDRLMGAF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KVVVRNELLDFTASLARASDSSSSSSLGSGEAAGLGRAPWRIPPSAPRPKPSLDRLMGAF
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD ASLDLKSQRKEELLDSRTPAGRGAGTSARGHHSDREPLLGPPAARARSLLPLPLEGKAKR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ASLDLKSQRKEELLDSRTPAGRGAGTSARGHHSDREPLLGPPAARARSLLPLPLEGKAKR
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD SHSFDMGDFAAAAAGGVVPGGYSPPRKVSNIWTKRSLSVNGMLLPFEESDLVGARGTFGS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SHSFDMGDFAAAAAGGVVPGGYSPPRKVSNIWTKRSLSVNGMLLPFEESDLVGARGTFGS
              730       740       750       760       770       780

                
pF1KSD SEWVMESTV
       :::::::::
XP_016 SEWVMESTV
                

>>XP_011513063 (OMIM: 612808) PREDICTED: leucine-rich re  (789 aa)
 initn: 5259 init1: 5259 opt: 5259  Z-score: 3002.9  bits: 566.5 E(85289): 1.6e-160
Smith-Waterman score: 5259; 100.0% identity (100.0% similar) in 789 aa overlap (1-789:1-789)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD METLLGGLLAFGMAFAVVDACPKYCVCQNLSESLGTLCPSKGLLFVPPDIDRRTVELRLG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 METLLGGLLAFGMAFAVVDACPKYCVCQNLSESLGTLCPSKGLLFVPPDIDRRTVELRLG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD GNFIIHISRQDFANMTGLVDLTLSRNTISHIQPFSFLDLESLRSLHLDSNRLPSLGEDTL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GNFIIHISRQDFANMTGLVDLTLSRNTISHIQPFSFLDLESLRSLHLDSNRLPSLGEDTL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD RGLVNLQHLIVNNNQLGGIADEAFEDFLLTLEDLDLSYNNLHGLPWDSVRRMVNLHQLSL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RGLVNLQHLIVNNNQLGGIADEAFEDFLLTLEDLDLSYNNLHGLPWDSVRRMVNLHQLSL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD DHNLLDHIAEGTFADLQKLARLDLTSNRLQKLPPDPIFARSQASALTATPFAPPLSFSFG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DHNLLDHIAEGTFADLQKLARLDLTSNRLQKLPPDPIFARSQASALTATPFAPPLSFSFG
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD GNPLHCNCELLWLRRLERDDDLETCGSPGGLKGRYFWHVREEEFVCEPPLITQHTHKLLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GNPLHCNCELLWLRRLERDDDLETCGSPGGLKGRYFWHVREEEFVCEPPLITQHTHKLLV
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD LEGQAATLKCKAIGDPSPLIHWVAPDDRLVGNSSRTAVYDNGTLDIFITTSQDSGAFTCI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LEGQAATLKCKAIGDPSPLIHWVAPDDRLVGNSSRTAVYDNGTLDIFITTSQDSGAFTCI
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD AANAAGEATAMVEVSIVQLPHLSNSTSRTAPPKSRLSDITGSSKTSRGGGGSGGGEPPKS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AANAAGEATAMVEVSIVQLPHLSNSTSRTAPPKSRLSDITGSSKTSRGGGGSGGGEPPKS
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD PPERAVLVSEVTTTSALVKWSVSKSAPRVKMYQLQYNCSDDEVLIYRMIPASNKAFVVNN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PPERAVLVSEVTTTSALVKWSVSKSAPRVKMYQLQYNCSDDEVLIYRMIPASNKAFVVNN
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD LVSGTGYDLCVLAMWDDTATTLTATNIVGCAQFFTKADYPQCQSMHSQILGGTMILVIGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LVSGTGYDLCVLAMWDDTATTLTATNIVGCAQFFTKADYPQCQSMHSQILGGTMILVIGG
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD IIVATLLVFIVILMVRYKVCNHEAPSKMAAAVSNVYSQTNGAQPPPPSSAPAGAPPQGPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IIVATLLVFIVILMVRYKVCNHEAPSKMAAAVSNVYSQTNGAQPPPPSSAPAGAPPQGPP
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD KVVVRNELLDFTASLARASDSSSSSSLGSGEAAGLGRAPWRIPPSAPRPKPSLDRLMGAF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KVVVRNELLDFTASLARASDSSSSSSLGSGEAAGLGRAPWRIPPSAPRPKPSLDRLMGAF
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD ASLDLKSQRKEELLDSRTPAGRGAGTSARGHHSDREPLLGPPAARARSLLPLPLEGKAKR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ASLDLKSQRKEELLDSRTPAGRGAGTSARGHHSDREPLLGPPAARARSLLPLPLEGKAKR
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD SHSFDMGDFAAAAAGGVVPGGYSPPRKVSNIWTKRSLSVNGMLLPFEESDLVGARGTFGS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SHSFDMGDFAAAAAGGVVPGGYSPPRKVSNIWTKRSLSVNGMLLPFEESDLVGARGTFGS
              730       740       750       760       770       780

                
pF1KSD SEWVMESTV
       :::::::::
XP_011 SEWVMESTV
                

>>XP_011513064 (OMIM: 612808) PREDICTED: leucine-rich re  (789 aa)
 initn: 5259 init1: 5259 opt: 5259  Z-score: 3002.9  bits: 566.5 E(85289): 1.6e-160
Smith-Waterman score: 5259; 100.0% identity (100.0% similar) in 789 aa overlap (1-789:1-789)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD METLLGGLLAFGMAFAVVDACPKYCVCQNLSESLGTLCPSKGLLFVPPDIDRRTVELRLG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 METLLGGLLAFGMAFAVVDACPKYCVCQNLSESLGTLCPSKGLLFVPPDIDRRTVELRLG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD GNFIIHISRQDFANMTGLVDLTLSRNTISHIQPFSFLDLESLRSLHLDSNRLPSLGEDTL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GNFIIHISRQDFANMTGLVDLTLSRNTISHIQPFSFLDLESLRSLHLDSNRLPSLGEDTL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD RGLVNLQHLIVNNNQLGGIADEAFEDFLLTLEDLDLSYNNLHGLPWDSVRRMVNLHQLSL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RGLVNLQHLIVNNNQLGGIADEAFEDFLLTLEDLDLSYNNLHGLPWDSVRRMVNLHQLSL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD DHNLLDHIAEGTFADLQKLARLDLTSNRLQKLPPDPIFARSQASALTATPFAPPLSFSFG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DHNLLDHIAEGTFADLQKLARLDLTSNRLQKLPPDPIFARSQASALTATPFAPPLSFSFG
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD GNPLHCNCELLWLRRLERDDDLETCGSPGGLKGRYFWHVREEEFVCEPPLITQHTHKLLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GNPLHCNCELLWLRRLERDDDLETCGSPGGLKGRYFWHVREEEFVCEPPLITQHTHKLLV
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD LEGQAATLKCKAIGDPSPLIHWVAPDDRLVGNSSRTAVYDNGTLDIFITTSQDSGAFTCI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LEGQAATLKCKAIGDPSPLIHWVAPDDRLVGNSSRTAVYDNGTLDIFITTSQDSGAFTCI
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD AANAAGEATAMVEVSIVQLPHLSNSTSRTAPPKSRLSDITGSSKTSRGGGGSGGGEPPKS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AANAAGEATAMVEVSIVQLPHLSNSTSRTAPPKSRLSDITGSSKTSRGGGGSGGGEPPKS
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD PPERAVLVSEVTTTSALVKWSVSKSAPRVKMYQLQYNCSDDEVLIYRMIPASNKAFVVNN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PPERAVLVSEVTTTSALVKWSVSKSAPRVKMYQLQYNCSDDEVLIYRMIPASNKAFVVNN
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD LVSGTGYDLCVLAMWDDTATTLTATNIVGCAQFFTKADYPQCQSMHSQILGGTMILVIGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LVSGTGYDLCVLAMWDDTATTLTATNIVGCAQFFTKADYPQCQSMHSQILGGTMILVIGG
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD IIVATLLVFIVILMVRYKVCNHEAPSKMAAAVSNVYSQTNGAQPPPPSSAPAGAPPQGPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IIVATLLVFIVILMVRYKVCNHEAPSKMAAAVSNVYSQTNGAQPPPPSSAPAGAPPQGPP
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD KVVVRNELLDFTASLARASDSSSSSSLGSGEAAGLGRAPWRIPPSAPRPKPSLDRLMGAF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KVVVRNELLDFTASLARASDSSSSSSLGSGEAAGLGRAPWRIPPSAPRPKPSLDRLMGAF
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD ASLDLKSQRKEELLDSRTPAGRGAGTSARGHHSDREPLLGPPAARARSLLPLPLEGKAKR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ASLDLKSQRKEELLDSRTPAGRGAGTSARGHHSDREPLLGPPAARARSLLPLPLEGKAKR
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD SHSFDMGDFAAAAAGGVVPGGYSPPRKVSNIWTKRSLSVNGMLLPFEESDLVGARGTFGS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SHSFDMGDFAAAAAGGVVPGGYSPPRKVSNIWTKRSLSVNGMLLPFEESDLVGARGTFGS
              730       740       750       760       770       780

                
pF1KSD SEWVMESTV
       :::::::::
XP_011 SEWVMESTV
                

>>NP_065788 (OMIM: 612808) leucine-rich repeat and fibro  (789 aa)
 initn: 5259 init1: 5259 opt: 5259  Z-score: 3002.9  bits: 566.5 E(85289): 1.6e-160
Smith-Waterman score: 5259; 100.0% identity (100.0% similar) in 789 aa overlap (1-789:1-789)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD METLLGGLLAFGMAFAVVDACPKYCVCQNLSESLGTLCPSKGLLFVPPDIDRRTVELRLG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 METLLGGLLAFGMAFAVVDACPKYCVCQNLSESLGTLCPSKGLLFVPPDIDRRTVELRLG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD GNFIIHISRQDFANMTGLVDLTLSRNTISHIQPFSFLDLESLRSLHLDSNRLPSLGEDTL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 GNFIIHISRQDFANMTGLVDLTLSRNTISHIQPFSFLDLESLRSLHLDSNRLPSLGEDTL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD RGLVNLQHLIVNNNQLGGIADEAFEDFLLTLEDLDLSYNNLHGLPWDSVRRMVNLHQLSL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 RGLVNLQHLIVNNNQLGGIADEAFEDFLLTLEDLDLSYNNLHGLPWDSVRRMVNLHQLSL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD DHNLLDHIAEGTFADLQKLARLDLTSNRLQKLPPDPIFARSQASALTATPFAPPLSFSFG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 DHNLLDHIAEGTFADLQKLARLDLTSNRLQKLPPDPIFARSQASALTATPFAPPLSFSFG
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD GNPLHCNCELLWLRRLERDDDLETCGSPGGLKGRYFWHVREEEFVCEPPLITQHTHKLLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 GNPLHCNCELLWLRRLERDDDLETCGSPGGLKGRYFWHVREEEFVCEPPLITQHTHKLLV
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD LEGQAATLKCKAIGDPSPLIHWVAPDDRLVGNSSRTAVYDNGTLDIFITTSQDSGAFTCI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 LEGQAATLKCKAIGDPSPLIHWVAPDDRLVGNSSRTAVYDNGTLDIFITTSQDSGAFTCI
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD AANAAGEATAMVEVSIVQLPHLSNSTSRTAPPKSRLSDITGSSKTSRGGGGSGGGEPPKS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 AANAAGEATAMVEVSIVQLPHLSNSTSRTAPPKSRLSDITGSSKTSRGGGGSGGGEPPKS
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD PPERAVLVSEVTTTSALVKWSVSKSAPRVKMYQLQYNCSDDEVLIYRMIPASNKAFVVNN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 PPERAVLVSEVTTTSALVKWSVSKSAPRVKMYQLQYNCSDDEVLIYRMIPASNKAFVVNN
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD LVSGTGYDLCVLAMWDDTATTLTATNIVGCAQFFTKADYPQCQSMHSQILGGTMILVIGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 LVSGTGYDLCVLAMWDDTATTLTATNIVGCAQFFTKADYPQCQSMHSQILGGTMILVIGG
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD IIVATLLVFIVILMVRYKVCNHEAPSKMAAAVSNVYSQTNGAQPPPPSSAPAGAPPQGPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 IIVATLLVFIVILMVRYKVCNHEAPSKMAAAVSNVYSQTNGAQPPPPSSAPAGAPPQGPP
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD KVVVRNELLDFTASLARASDSSSSSSLGSGEAAGLGRAPWRIPPSAPRPKPSLDRLMGAF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 KVVVRNELLDFTASLARASDSSSSSSLGSGEAAGLGRAPWRIPPSAPRPKPSLDRLMGAF
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD ASLDLKSQRKEELLDSRTPAGRGAGTSARGHHSDREPLLGPPAARARSLLPLPLEGKAKR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 ASLDLKSQRKEELLDSRTPAGRGAGTSARGHHSDREPLLGPPAARARSLLPLPLEGKAKR
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD SHSFDMGDFAAAAAGGVVPGGYSPPRKVSNIWTKRSLSVNGMLLPFEESDLVGARGTFGS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 SHSFDMGDFAAAAAGGVVPGGYSPPRKVSNIWTKRSLSVNGMLLPFEESDLVGARGTFGS
              730       740       750       760       770       780

                
pF1KSD SEWVMESTV
       :::::::::
NP_065 SEWVMESTV
                

>>XP_016866600 (OMIM: 612808) PREDICTED: leucine-rich re  (467 aa)
 initn: 3123 init1: 3123 opt: 3123  Z-score: 1794.0  bits: 342.0 E(85289): 3.5e-93
Smith-Waterman score: 3123; 100.0% identity (100.0% similar) in 467 aa overlap (1-467:1-467)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD METLLGGLLAFGMAFAVVDACPKYCVCQNLSESLGTLCPSKGLLFVPPDIDRRTVELRLG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 METLLGGLLAFGMAFAVVDACPKYCVCQNLSESLGTLCPSKGLLFVPPDIDRRTVELRLG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD GNFIIHISRQDFANMTGLVDLTLSRNTISHIQPFSFLDLESLRSLHLDSNRLPSLGEDTL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GNFIIHISRQDFANMTGLVDLTLSRNTISHIQPFSFLDLESLRSLHLDSNRLPSLGEDTL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD RGLVNLQHLIVNNNQLGGIADEAFEDFLLTLEDLDLSYNNLHGLPWDSVRRMVNLHQLSL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RGLVNLQHLIVNNNQLGGIADEAFEDFLLTLEDLDLSYNNLHGLPWDSVRRMVNLHQLSL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD DHNLLDHIAEGTFADLQKLARLDLTSNRLQKLPPDPIFARSQASALTATPFAPPLSFSFG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DHNLLDHIAEGTFADLQKLARLDLTSNRLQKLPPDPIFARSQASALTATPFAPPLSFSFG
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD GNPLHCNCELLWLRRLERDDDLETCGSPGGLKGRYFWHVREEEFVCEPPLITQHTHKLLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GNPLHCNCELLWLRRLERDDDLETCGSPGGLKGRYFWHVREEEFVCEPPLITQHTHKLLV
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD LEGQAATLKCKAIGDPSPLIHWVAPDDRLVGNSSRTAVYDNGTLDIFITTSQDSGAFTCI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LEGQAATLKCKAIGDPSPLIHWVAPDDRLVGNSSRTAVYDNGTLDIFITTSQDSGAFTCI
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD AANAAGEATAMVEVSIVQLPHLSNSTSRTAPPKSRLSDITGSSKTSRGGGGSGGGEPPKS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AANAAGEATAMVEVSIVQLPHLSNSTSRTAPPKSRLSDITGSSKTSRGGGGSGGGEPPKS
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD PPERAVLVSEVTTTSALVKWSVSKSAPRVKMYQLQYNCSDDEVLIYRMIPASNKAFVVNN
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::             
XP_016 PPERAVLVSEVTTTSALVKWSVSKSAPRVKMYQLQYNCSDDEVLIYR             
              430       440       450       460                    

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD LVSGTGYDLCVLAMWDDTATTLTATNIVGCAQFFTKADYPQCQSMHSQILGGTMILVIGG

>>NP_001333102 (OMIM: 612811) leucine-rich repeat and fi  (719 aa)
 initn: 1809 init1: 1182 opt: 2368  Z-score: 1363.2  bits: 262.9 E(85289): 3.4e-69
Smith-Waterman score: 2368; 51.7% identity (77.9% similar) in 702 aa overlap (1-691:1-696)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD METLLGGLLAFGMAFAVVDACPKYCVCQNLSESLGTLCPSKGLLFVPPDIDRRTVELRLG
       :: .:  :. .:.:  . . ::: :::: :: .:.::: .::::::::.::::::::::.
NP_001 MEKILFYLFLIGIAVKA-QICPKRCVCQILSPNLATLCAKKGLLFVPPNIDRRTVELRLA
               10         20        30        40        50         

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD GNFIIHISRQDFANMTGLVDLTLSRNTISHIQPFSFLDLESLRSLHLDSNRLPSLGEDTL
        ::. .:.:.::::::.:::::::::::: : : .: ::..::.:::.:::: .. .: .
NP_001 DNFVTNIKRKDFANMTSLVDLTLSRNTISFITPHAFADLRNLRALHLNSNRLTKITNDMF
      60        70        80        90       100       110         

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD RGLVNLQHLIVNNNQLGGIADEAFEDFLLTLEDLDLSYNNLHGLPWDSVRRMVNLHQLSL
        :: ::.:::.:::::  :.. ::.: ...::.::::::::. .:::.:..::.:: :::
NP_001 SGLSNLHHLILNNNQLTLISSTAFDD-VFALEELDLSYNNLETIPWDAVEKMVSLHTLSL
     120       130       140        150       160       170        

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD DHNLLDHIAEGTFADLQKLARLDLTSNRLQKLPPDPIFARSQASALTATPFAPPLSFSFG
       :::..:.: .:::. :.:..:::.:::.::::::::.: :.:. : ..      ...:::
NP_001 DHNMIDNIPKGTFSHLHKMTRLDVTSNKLQKLPPDPLFQRAQVLATSGIISPSTFALSFG
      180       190       200       210       220       230        

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD GNPLHCNCELLWLRRLERDDDLETCGSPGGLKGRYFWHVREEEFVCEPPLITQHTHKLLV
       :::::::::::::::: :.::::::.::  : ::::: . ::::.:::::::.:::.. :
NP_001 GNPLHCNCELLWLRRLSREDDLETCASPPLLTGRYFWSIPEEEFLCEPPLITRHTHEMRV
      240       250       260       270       280       290        

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD LEGQAATLKCKAIGDPSPLIHWVAPDDRLVGNSSRTAVYDNGTLDIFITTSQDSGAFTCI
       :::: :::.::: ::: : :::..:. .:..:..:. :::::::::.::: .:.::::::
NP_001 LEGQRATLRCKARGDPEPAIHWISPEGKLISNATRSLVYDNGTLDILITTVKDTGAFTCI
      300       310       320       330       340       350        

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD AANAAGEATAMVEVSIVQLPHLSNSTSRTAPPKSRLSDITGSSKTSRGGGGSGGGEPPKS
       :.: ::::: .:.. :..:::: :::..   :    :::. :.:.. . ..:.:    : 
NP_001 ASNPAGEATQIVDLHIIKLPHLLNSTNHIHEPDPGSSDISTSTKSGSNTSSSNGD--TKL
      360       370       380       390       400       410        

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD PPERAVLVSEVTTTSALVKWSVSKSAPRVKMYQLQYNCSDDEVLIYRMIPASNKAFVVNN
         .. ..:.:.:...::.:.. ... : ..:.:.::: . :..:.::::: ..:.:.:::
NP_001 SQDK-IVVAEATSSTALLKFNFQRNIPGIRMFQIQYNGTYDDTLVYRMIPPTSKTFLVNN
        420        430       440       450       460       470     

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD LVSGTGYDLCVLAMWDDTATTLTATNIVGCAQFFTKADYPQCQSMHSQILGGTMILVIGG
       :..:: :::::::..::  :.:::: .::: :: :. :: .:. :.::.::::::..:::
NP_001 LAAGTMYDLCVLAIYDDGITSLTATRVVGCIQFTTEQDYVRCHFMQSQFLGGTMIIIIGG
         480       490       500       510       520       530     

              550       560       570       580               590  
pF1KSD IIVATLLVFIVILMVRYKVCNHEAPSKMAAAVSNVYSQTNGAQ--------PPPPSSAPA
       ::::..::::.:::.::::::...  :..  ::::::::::::        :   :.  .
NP_001 IIVASVLVFIIILMIRYKVCNNNGQHKVTK-VSNVYSQTNGAQIQGCSVTLPQSVSKQAV
         540       550       560        570       580       590    

            600       610       620       630         640       650
pF1KSD GAPPQGPPKVVVRNELLDFTASLARASDSSSSSSLGSG--EAAGLGRAPWRIPPSAPRPK
       :   ..    .. ..... . . .  ..:...:.:  .   ......   :   . :  .
NP_001 GHEENAQCCKATSDNVIQSSETCSSQDSSTTTSALPPSWTSSTSVSQKQKRKTGTKPSTE
          600       610       620       630       640       650    

              660       670       680        690       700         
pF1KSD PSLDRLMGAFASLDLKSQRKEELLDSRTPAGRGAG-TSARGHHSDREPLLGPPAARARSL
       :. . . .. ..   ...     : :: : .   : :: :.:                  
NP_001 PQNEAVTNVESQNTNRNNSTALQLASRPPDSVTEGPTSKRAHIKPNALLTNVDQIVQETQ
          660       670       680       690       700       710    

     710       720       730       740       750       760         
pF1KSD LPLPLEGKAKRSHSFDMGDFAAAAAGGVVPGGYSPPRKVSNIWTKRSLSVNGMLLPFEES
                                                                   
NP_001 RLELI                                                       
                                                                   

>>XP_016876537 (OMIM: 612811) PREDICTED: leucine-rich re  (719 aa)
 initn: 1809 init1: 1182 opt: 2368  Z-score: 1363.2  bits: 262.9 E(85289): 3.4e-69
Smith-Waterman score: 2368; 51.7% identity (77.9% similar) in 702 aa overlap (1-691:1-696)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD METLLGGLLAFGMAFAVVDACPKYCVCQNLSESLGTLCPSKGLLFVPPDIDRRTVELRLG
       :: .:  :. .:.:  . . ::: :::: :: .:.::: .::::::::.::::::::::.
XP_016 MEKILFYLFLIGIAVKA-QICPKRCVCQILSPNLATLCAKKGLLFVPPNIDRRTVELRLA
               10         20        30        40        50         

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD GNFIIHISRQDFANMTGLVDLTLSRNTISHIQPFSFLDLESLRSLHLDSNRLPSLGEDTL
        ::. .:.:.::::::.:::::::::::: : : .: ::..::.:::.:::: .. .: .
XP_016 DNFVTNIKRKDFANMTSLVDLTLSRNTISFITPHAFADLRNLRALHLNSNRLTKITNDMF
      60        70        80        90       100       110         

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD RGLVNLQHLIVNNNQLGGIADEAFEDFLLTLEDLDLSYNNLHGLPWDSVRRMVNLHQLSL
        :: ::.:::.:::::  :.. ::.: ...::.::::::::. .:::.:..::.:: :::
XP_016 SGLSNLHHLILNNNQLTLISSTAFDD-VFALEELDLSYNNLETIPWDAVEKMVSLHTLSL
     120       130       140        150       160       170        

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD DHNLLDHIAEGTFADLQKLARLDLTSNRLQKLPPDPIFARSQASALTATPFAPPLSFSFG
       :::..:.: .:::. :.:..:::.:::.::::::::.: :.:. : ..      ...:::
XP_016 DHNMIDNIPKGTFSHLHKMTRLDVTSNKLQKLPPDPLFQRAQVLATSGIISPSTFALSFG
      180       190       200       210       220       230        

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD GNPLHCNCELLWLRRLERDDDLETCGSPGGLKGRYFWHVREEEFVCEPPLITQHTHKLLV
       :::::::::::::::: :.::::::.::  : ::::: . ::::.:::::::.:::.. :
XP_016 GNPLHCNCELLWLRRLSREDDLETCASPPLLTGRYFWSIPEEEFLCEPPLITRHTHEMRV
      240       250       260       270       280       290        

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD LEGQAATLKCKAIGDPSPLIHWVAPDDRLVGNSSRTAVYDNGTLDIFITTSQDSGAFTCI
       :::: :::.::: ::: : :::..:. .:..:..:. :::::::::.::: .:.::::::
XP_016 LEGQRATLRCKARGDPEPAIHWISPEGKLISNATRSLVYDNGTLDILITTVKDTGAFTCI
      300       310       320       330       340       350        

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD AANAAGEATAMVEVSIVQLPHLSNSTSRTAPPKSRLSDITGSSKTSRGGGGSGGGEPPKS
       :.: ::::: .:.. :..:::: :::..   :    :::. :.:.. . ..:.:    : 
XP_016 ASNPAGEATQIVDLHIIKLPHLLNSTNHIHEPDPGSSDISTSTKSGSNTSSSNGD--TKL
      360       370       380       390       400       410        

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD PPERAVLVSEVTTTSALVKWSVSKSAPRVKMYQLQYNCSDDEVLIYRMIPASNKAFVVNN
         .. ..:.:.:...::.:.. ... : ..:.:.::: . :..:.::::: ..:.:.:::
XP_016 SQDK-IVVAEATSSTALLKFNFQRNIPGIRMFQIQYNGTYDDTLVYRMIPPTSKTFLVNN
        420        430       440       450       460       470     

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD LVSGTGYDLCVLAMWDDTATTLTATNIVGCAQFFTKADYPQCQSMHSQILGGTMILVIGG
       :..:: :::::::..::  :.:::: .::: :: :. :: .:. :.::.::::::..:::
XP_016 LAAGTMYDLCVLAIYDDGITSLTATRVVGCIQFTTEQDYVRCHFMQSQFLGGTMIIIIGG
         480       490       500       510       520       530     

              550       560       570       580               590  
pF1KSD IIVATLLVFIVILMVRYKVCNHEAPSKMAAAVSNVYSQTNGAQ--------PPPPSSAPA
       ::::..::::.:::.::::::...  :..  ::::::::::::        :   :.  .
XP_016 IIVASVLVFIIILMIRYKVCNNNGQHKVTK-VSNVYSQTNGAQIQGCSVTLPQSVSKQAV
         540       550       560        570       580       590    

            600       610       620       630         640       650
pF1KSD GAPPQGPPKVVVRNELLDFTASLARASDSSSSSSLGSG--EAAGLGRAPWRIPPSAPRPK
       :   ..    .. ..... . . .  ..:...:.:  .   ......   :   . :  .
XP_016 GHEENAQCCKATSDNVIQSSETCSSQDSSTTTSALPPSWTSSTSVSQKQKRKTGTKPSTE
          600       610       620       630       640       650    

              660       670       680        690       700         
pF1KSD PSLDRLMGAFASLDLKSQRKEELLDSRTPAGRGAG-TSARGHHSDREPLLGPPAARARSL
       :. . . .. ..   ...     : :: : .   : :: :.:                  
XP_016 PQNEAVTNVESQNTNRNNSTALQLASRPPDSVTEGPTSKRAHIKPNALLTNVDQIVQETQ
          660       670       680       690       700       710    

     710       720       730       740       750       760         
pF1KSD LPLPLEGKAKRSHSFDMGDFAAAAAGGVVPGGYSPPRKVSNIWTKRSLSVNGMLLPFEES
                                                                   
XP_016 RLELI                                                       
                                                                   

>>NP_689660 (OMIM: 612811) leucine-rich repeat and fibro  (719 aa)
 initn: 1809 init1: 1182 opt: 2368  Z-score: 1363.2  bits: 262.9 E(85289): 3.4e-69
Smith-Waterman score: 2368; 51.7% identity (77.9% similar) in 702 aa overlap (1-691:1-696)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD METLLGGLLAFGMAFAVVDACPKYCVCQNLSESLGTLCPSKGLLFVPPDIDRRTVELRLG
       :: .:  :. .:.:  . . ::: :::: :: .:.::: .::::::::.::::::::::.
NP_689 MEKILFYLFLIGIAVKA-QICPKRCVCQILSPNLATLCAKKGLLFVPPNIDRRTVELRLA
               10         20        30        40        50         

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD GNFIIHISRQDFANMTGLVDLTLSRNTISHIQPFSFLDLESLRSLHLDSNRLPSLGEDTL
        ::. .:.:.::::::.:::::::::::: : : .: ::..::.:::.:::: .. .: .
NP_689 DNFVTNIKRKDFANMTSLVDLTLSRNTISFITPHAFADLRNLRALHLNSNRLTKITNDMF
      60        70        80        90       100       110         

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD RGLVNLQHLIVNNNQLGGIADEAFEDFLLTLEDLDLSYNNLHGLPWDSVRRMVNLHQLSL
        :: ::.:::.:::::  :.. ::.: ...::.::::::::. .:::.:..::.:: :::
NP_689 SGLSNLHHLILNNNQLTLISSTAFDD-VFALEELDLSYNNLETIPWDAVEKMVSLHTLSL
     120       130       140        150       160       170        

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD DHNLLDHIAEGTFADLQKLARLDLTSNRLQKLPPDPIFARSQASALTATPFAPPLSFSFG
       :::..:.: .:::. :.:..:::.:::.::::::::.: :.:. : ..      ...:::
NP_689 DHNMIDNIPKGTFSHLHKMTRLDVTSNKLQKLPPDPLFQRAQVLATSGIISPSTFALSFG
      180       190       200       210       220       230        

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD GNPLHCNCELLWLRRLERDDDLETCGSPGGLKGRYFWHVREEEFVCEPPLITQHTHKLLV
       :::::::::::::::: :.::::::.::  : ::::: . ::::.:::::::.:::.. :
NP_689 GNPLHCNCELLWLRRLSREDDLETCASPPLLTGRYFWSIPEEEFLCEPPLITRHTHEMRV
      240       250       260       270       280       290        

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD LEGQAATLKCKAIGDPSPLIHWVAPDDRLVGNSSRTAVYDNGTLDIFITTSQDSGAFTCI
       :::: :::.::: ::: : :::..:. .:..:..:. :::::::::.::: .:.::::::
NP_689 LEGQRATLRCKARGDPEPAIHWISPEGKLISNATRSLVYDNGTLDILITTVKDTGAFTCI
      300       310       320       330       340       350        

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD AANAAGEATAMVEVSIVQLPHLSNSTSRTAPPKSRLSDITGSSKTSRGGGGSGGGEPPKS
       :.: ::::: .:.. :..:::: :::..   :    :::. :.:.. . ..:.:    : 
NP_689 ASNPAGEATQIVDLHIIKLPHLLNSTNHIHEPDPGSSDISTSTKSGSNTSSSNGD--TKL
      360       370       380       390       400       410        

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD PPERAVLVSEVTTTSALVKWSVSKSAPRVKMYQLQYNCSDDEVLIYRMIPASNKAFVVNN
         .. ..:.:.:...::.:.. ... : ..:.:.::: . :..:.::::: ..:.:.:::
NP_689 SQDK-IVVAEATSSTALLKFNFQRNIPGIRMFQIQYNGTYDDTLVYRMIPPTSKTFLVNN
        420        430       440       450       460       470     

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD LVSGTGYDLCVLAMWDDTATTLTATNIVGCAQFFTKADYPQCQSMHSQILGGTMILVIGG
       :..:: :::::::..::  :.:::: .::: :: :. :: .:. :.::.::::::..:::
NP_689 LAAGTMYDLCVLAIYDDGITSLTATRVVGCIQFTTEQDYVRCHFMQSQFLGGTMIIIIGG
         480       490       500       510       520       530     

              550       560       570       580               590  
pF1KSD IIVATLLVFIVILMVRYKVCNHEAPSKMAAAVSNVYSQTNGAQ--------PPPPSSAPA
       ::::..::::.:::.::::::...  :..  ::::::::::::        :   :.  .
NP_689 IIVASVLVFIIILMIRYKVCNNNGQHKVTK-VSNVYSQTNGAQIQGCSVTLPQSVSKQAV
         540       550       560        570       580       590    

            600       610       620       630         640       650
pF1KSD GAPPQGPPKVVVRNELLDFTASLARASDSSSSSSLGSG--EAAGLGRAPWRIPPSAPRPK
       :   ..    .. ..... . . .  ..:...:.:  .   ......   :   . :  .
NP_689 GHEENAQCCKATSDNVIQSSETCSSQDSSTTTSALPPSWTSSTSVSQKQKRKTGTKPSTE
          600       610       620       630       640       650    

              660       670       680        690       700         
pF1KSD PSLDRLMGAFASLDLKSQRKEELLDSRTPAGRGAG-TSARGHHSDREPLLGPPAARARSL
       :. . . .. ..   ...     : :: : .   : :: :.:                  
NP_689 PQNEAVTNVESQNTNRNNSTALQLASRPPDSVTEGPTSKRAHIKPNALLTNVDQIVQETQ
          660       670       680       690       700       710    

     710       720       730       740       750       760         
pF1KSD LPLPLEGKAKRSHSFDMGDFAAAAAGGVVPGGYSPPRKVSNIWTKRSLSVNGMLLPFEES
                                                                   
NP_689 RLELI                                                       
                                                                   

>>XP_016882791 (OMIM: 612809) PREDICTED: leucine-rich re  (628 aa)
 initn: 1939 init1: 1459 opt: 2056  Z-score: 1186.9  bits: 230.1 E(85289): 2.3e-59
Smith-Waterman score: 2056; 53.5% identity (76.7% similar) in 589 aa overlap (16-596:23-603)

                      10        20        30        40        50   
pF1KSD        METLLGGLLAFGMAFAVVDACPKYCVCQNLSESLGTLCPSKGLLFVPPDIDRR
                             :. . ::. : ::. :  :..:::. :::::::..:::
XP_016 MAILPLLLCLLPLAPASSPPQSATPSPCPRRCRCQTQSLPLSVLCPGAGLLFVPPSLDRR
               10        20        30        40        50        60

            60        70        80        90       100       110   
pF1KSD TVELRLGGNFIIHISRQDFANMTGLVDLTLSRNTISHIQPFSFLDLESLRSLHLDSNRLP
       ..::::. :::  . :.:.::::::. :.:::::: :.   .: ::..::.::::.::: 
XP_016 AAELRLADNFIASVRRRDLANMTGLLHLSLSRNTIRHVAAGAFADLRALRALHLDGNRLT
               70        80        90       100       110       120

           120       130       140       150       160       170   
pF1KSD SLGEDTLRGLVNLQHLIVNNNQLGGIADEAFEDFLLTLEDLDLSYNNLHGLPWDSVRRMV
       ::::  :::::::.:::..::::...:  :..:   ::::::::::::. :::... :. 
XP_016 SLGEGQLRGLVNLRHLILSNNQLAALAAGALDDCAETLEDLDLSYNNLEQLPWEALGRLG
              130       140       150       160       170       180

           180       190       200       210       220       230   
pF1KSD NLHQLSLDHNLLDHIAEGTFADLQKLARLDLTSNRLQKLPPDPIFARSQASALTATPFAP
       :.. :.::::::  .  :.:. :.::::::.:::::  .::::.:.:     : : : . 
XP_016 NVNTLGLDHNLLASVPAGAFSRLHKLARLDMTSNRLTTIPPDPLFSR---LPLLARPRGS
              190       200       210       220          230       

              240       250       260       270       280       290
pF1KSD PLS---FSFGGNPLHCNCELLWLRRLERDDDLETCGSPGGLKGRYFWHVREEEFVCEPPL
       : :   ..::::::::::::.::::: :.::::.:.:: .: ::::: : :::::::::.
XP_016 PASALVLAFGGNPLHCNCELVWLRRLAREDDLEACASPPALGGRYFWAVGEEEFVCEPPV
       240       250       260       270       280       290       

              300       310       320       330       340       350
pF1KSD ITQHTHKLLVLEGQAATLKCKAIGDPSPLIHWVAPDDRLVGNSSRTAVYDNGTLDIFITT
       .:...  : :  :. :.:.:.:.::: : ..::.:. ::.:::::. .. ::::....: 
XP_016 VTHRSPPLAVPAGRPAALRCRAVGDPEPRVRWVSPQGRLLGNSSRARAFPNGTLELLVTE
       300       310       320       330       340       350       

              360       370         380       390        400       
pF1KSD SQDSGAFTCIAANAAGEATAMVEVSI--VQLPHLSNSTSRTAPPKSRLSD-ITGSSKTSR
         :.: :::::::::::::: ::...     :.:.::::   ::..   : .:  : .: 
XP_016 PGDGGIFTCIAANAAGEATAAVELTVGPPPPPQLANSTS-CDPPRDGDPDALTPPSAASA
       360       370       380       390        400       410      

       410       420       430       440       450       460       
pF1KSD GGGGSGGGEPPKSPPERAVLVSEVTTTSALVKWSVSKSAPRVKMYQLQYNCSDDEVLIYR
       ..  .  : ::    .:.: :.:  .:.:::.:  ..  : ..:::.::: : :..:.::
XP_016 SAKVADTG-PPT---DRGVQVTEHGATAALVQWPDQRPIPGIRMYQIQYNSSADDILVYR
        420           430       440       450       460       470  

       470       480       490       500       510       520       
pF1KSD MIPASNKAFVVNNLVSGTGYDLCVLAMWDDTATTLTATNIVGCAQFFTKADYPQCQSMHS
       :::: ...:....:.::  :::::::...:.:: ::::  ::::.: :.     : . :.
XP_016 MIPAESRSFLLTDLASGRTYDLCVLAVYEDSATGLTATRPVGCARFSTEPALRPCGAPHA
            480       490       500       510       520       530  

       530       540       550       560         570       580     
pF1KSD QILGGTMILVIGGIIVATLLVFIVILMVRYKVCNHEAP--SKMAAAVSNVYSQTNGAQPP
        .::::::...::.:::..:::: .:..:::: . . :  .:. : ::.: ::::::  :
XP_016 PFLGGTMIIALGGVIVASVLVFIFVLLMRYKVHGGQPPGKAKIPAPVSSVCSQTNGALGP
            540       550       560       570       580       590  

         590       600       610       620       630       640     
pF1KSD PPSSAPAGAPPQGPPKVVVRNELLDFTASLARASDSSSSSSLGSGEAAGLGRAPWRIPPS
        :. :: .  :                                                 
XP_016 TPTPAPPAPEPAALRAHTVVQLDCEPWGPGHEPVGP                        
            600       610       620                                

>>NP_078785 (OMIM: 612809) leucine-rich repeat and fibro  (628 aa)
 initn: 1939 init1: 1459 opt: 2056  Z-score: 1186.9  bits: 230.1 E(85289): 2.3e-59
Smith-Waterman score: 2056; 53.5% identity (76.7% similar) in 589 aa overlap (16-596:23-603)

                      10        20        30        40        50   
pF1KSD        METLLGGLLAFGMAFAVVDACPKYCVCQNLSESLGTLCPSKGLLFVPPDIDRR
                             :. . ::. : ::. :  :..:::. :::::::..:::
NP_078 MAILPLLLCLLPLAPASSPPQSATPSPCPRRCRCQTQSLPLSVLCPGAGLLFVPPSLDRR
               10        20        30        40        50        60

            60        70        80        90       100       110   
pF1KSD TVELRLGGNFIIHISRQDFANMTGLVDLTLSRNTISHIQPFSFLDLESLRSLHLDSNRLP
       ..::::. :::  . :.:.::::::. :.:::::: :.   .: ::..::.::::.::: 
NP_078 AAELRLADNFIASVRRRDLANMTGLLHLSLSRNTIRHVAAGAFADLRALRALHLDGNRLT
               70        80        90       100       110       120

           120       130       140       150       160       170   
pF1KSD SLGEDTLRGLVNLQHLIVNNNQLGGIADEAFEDFLLTLEDLDLSYNNLHGLPWDSVRRMV
       ::::  :::::::.:::..::::...:  :..:   ::::::::::::. :::... :. 
NP_078 SLGEGQLRGLVNLRHLILSNNQLAALAAGALDDCAETLEDLDLSYNNLEQLPWEALGRLG
              130       140       150       160       170       180

           180       190       200       210       220       230   
pF1KSD NLHQLSLDHNLLDHIAEGTFADLQKLARLDLTSNRLQKLPPDPIFARSQASALTATPFAP
       :.. :.::::::  .  :.:. :.::::::.:::::  .::::.:.:     : : : . 
NP_078 NVNTLGLDHNLLASVPAGAFSRLHKLARLDMTSNRLTTIPPDPLFSR---LPLLARPRGS
              190       200       210       220          230       

              240       250       260       270       280       290
pF1KSD PLS---FSFGGNPLHCNCELLWLRRLERDDDLETCGSPGGLKGRYFWHVREEEFVCEPPL
       : :   ..::::::::::::.::::: :.::::.:.:: .: ::::: : :::::::::.
NP_078 PASALVLAFGGNPLHCNCELVWLRRLAREDDLEACASPPALGGRYFWAVGEEEFVCEPPV
       240       250       260       270       280       290       

              300       310       320       330       340       350
pF1KSD ITQHTHKLLVLEGQAATLKCKAIGDPSPLIHWVAPDDRLVGNSSRTAVYDNGTLDIFITT
       .:...  : :  :. :.:.:.:.::: : ..::.:. ::.:::::. .. ::::....: 
NP_078 VTHRSPPLAVPAGRPAALRCRAVGDPEPRVRWVSPQGRLLGNSSRARAFPNGTLELLVTE
       300       310       320       330       340       350       

              360       370         380       390        400       
pF1KSD SQDSGAFTCIAANAAGEATAMVEVSI--VQLPHLSNSTSRTAPPKSRLSD-ITGSSKTSR
         :.: :::::::::::::: ::...     :.:.::::   ::..   : .:  : .: 
NP_078 PGDGGIFTCIAANAAGEATAAVELTVGPPPPPQLANSTS-CDPPRDGDPDALTPPSAASA
       360       370       380       390        400       410      

       410       420       430       440       450       460       
pF1KSD GGGGSGGGEPPKSPPERAVLVSEVTTTSALVKWSVSKSAPRVKMYQLQYNCSDDEVLIYR
       ..  .  : ::    .:.: :.:  .:.:::.:  ..  : ..:::.::: : :..:.::
NP_078 SAKVADTG-PPT---DRGVQVTEHGATAALVQWPDQRPIPGIRMYQIQYNSSADDILVYR
        420           430       440       450       460       470  

       470       480       490       500       510       520       
pF1KSD MIPASNKAFVVNNLVSGTGYDLCVLAMWDDTATTLTATNIVGCAQFFTKADYPQCQSMHS
       :::: ...:....:.::  :::::::...:.:: ::::  ::::.: :.     : . :.
NP_078 MIPAESRSFLLTDLASGRTYDLCVLAVYEDSATGLTATRPVGCARFSTEPALRPCGAPHA
            480       490       500       510       520       530  

       530       540       550       560         570       580     
pF1KSD QILGGTMILVIGGIIVATLLVFIVILMVRYKVCNHEAP--SKMAAAVSNVYSQTNGAQPP
        .::::::...::.:::..:::: .:..:::: . . :  .:. : ::.: ::::::  :
NP_078 PFLGGTMIIALGGVIVASVLVFIFVLLMRYKVHGGQPPGKAKIPAPVSSVCSQTNGALGP
            540       550       560       570       580       590  

         590       600       610       620       630       640     
pF1KSD PPSSAPAGAPPQGPPKVVVRNELLDFTASLARASDSSSSSSLGSGEAAGLGRAPWRIPPS
        :. :: .  :                                                 
NP_078 TPTPAPPAPEPAALRAHTVVQLDCEPWGPGHEPVGP                        
            600       610       620                                




789 residues in 1 query   sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Thu Nov  3 05:32:23 2016 done: Thu Nov  3 05:32:25 2016
 Total Scan time: 15.530 Total Display time:  0.220

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com