Result of FASTA (ccds) for pF1KSDA1246
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA1246, 789 aa
  1>>>pF1KSDA1246 789 - 789 aa - 789 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.1282+/-0.000989; mu= 4.4544+/- 0.060
 mean_var=256.1571+/-52.196, 0's: 0 Z-trim(113.8): 132  B-trim: 5 in 2/52
 Lambda= 0.080135
 statistics sampled from 14234 (14373) to 14234 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.741), E-opt: 0.2 (0.442), width:  16
 Scan time:  5.020

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS34443.1 LRFN2 gene_id:57497|Hs108|chr6         ( 789) 5259 621.7 1.4e-177
CCDS9678.1 LRFN5 gene_id:145581|Hs108|chr14        ( 719) 2368 287.4 5.5e-77
CCDS12483.1 LRFN3 gene_id:79414|Hs108|chr19        ( 628) 2056 251.3 3.6e-66
CCDS81800.1 LRFN5 gene_id:145581|Hs108|chr14       ( 466) 1843 226.6 7.5e-59
CCDS8153.1 LRFN4 gene_id:78999|Hs108|chr11         ( 635) 1642 203.5 9.3e-52
CCDS46071.1 LRFN1 gene_id:57622|Hs108|chr19        ( 771) 1585 196.9   1e-49
CCDS42595.1 LRRC4B gene_id:94030|Hs108|chr19       ( 713)  525 74.4 7.5e-13


>>CCDS34443.1 LRFN2 gene_id:57497|Hs108|chr6              (789 aa)
 initn: 5259 init1: 5259 opt: 5259  Z-score: 3301.4  bits: 621.7 E(32554): 1.4e-177
Smith-Waterman score: 5259; 100.0% identity (100.0% similar) in 789 aa overlap (1-789:1-789)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD METLLGGLLAFGMAFAVVDACPKYCVCQNLSESLGTLCPSKGLLFVPPDIDRRTVELRLG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 METLLGGLLAFGMAFAVVDACPKYCVCQNLSESLGTLCPSKGLLFVPPDIDRRTVELRLG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD GNFIIHISRQDFANMTGLVDLTLSRNTISHIQPFSFLDLESLRSLHLDSNRLPSLGEDTL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 GNFIIHISRQDFANMTGLVDLTLSRNTISHIQPFSFLDLESLRSLHLDSNRLPSLGEDTL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD RGLVNLQHLIVNNNQLGGIADEAFEDFLLTLEDLDLSYNNLHGLPWDSVRRMVNLHQLSL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 RGLVNLQHLIVNNNQLGGIADEAFEDFLLTLEDLDLSYNNLHGLPWDSVRRMVNLHQLSL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD DHNLLDHIAEGTFADLQKLARLDLTSNRLQKLPPDPIFARSQASALTATPFAPPLSFSFG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 DHNLLDHIAEGTFADLQKLARLDLTSNRLQKLPPDPIFARSQASALTATPFAPPLSFSFG
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD GNPLHCNCELLWLRRLERDDDLETCGSPGGLKGRYFWHVREEEFVCEPPLITQHTHKLLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 GNPLHCNCELLWLRRLERDDDLETCGSPGGLKGRYFWHVREEEFVCEPPLITQHTHKLLV
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD LEGQAATLKCKAIGDPSPLIHWVAPDDRLVGNSSRTAVYDNGTLDIFITTSQDSGAFTCI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LEGQAATLKCKAIGDPSPLIHWVAPDDRLVGNSSRTAVYDNGTLDIFITTSQDSGAFTCI
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD AANAAGEATAMVEVSIVQLPHLSNSTSRTAPPKSRLSDITGSSKTSRGGGGSGGGEPPKS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 AANAAGEATAMVEVSIVQLPHLSNSTSRTAPPKSRLSDITGSSKTSRGGGGSGGGEPPKS
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD PPERAVLVSEVTTTSALVKWSVSKSAPRVKMYQLQYNCSDDEVLIYRMIPASNKAFVVNN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PPERAVLVSEVTTTSALVKWSVSKSAPRVKMYQLQYNCSDDEVLIYRMIPASNKAFVVNN
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD LVSGTGYDLCVLAMWDDTATTLTATNIVGCAQFFTKADYPQCQSMHSQILGGTMILVIGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LVSGTGYDLCVLAMWDDTATTLTATNIVGCAQFFTKADYPQCQSMHSQILGGTMILVIGG
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD IIVATLLVFIVILMVRYKVCNHEAPSKMAAAVSNVYSQTNGAQPPPPSSAPAGAPPQGPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 IIVATLLVFIVILMVRYKVCNHEAPSKMAAAVSNVYSQTNGAQPPPPSSAPAGAPPQGPP
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD KVVVRNELLDFTASLARASDSSSSSSLGSGEAAGLGRAPWRIPPSAPRPKPSLDRLMGAF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 KVVVRNELLDFTASLARASDSSSSSSLGSGEAAGLGRAPWRIPPSAPRPKPSLDRLMGAF
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD ASLDLKSQRKEELLDSRTPAGRGAGTSARGHHSDREPLLGPPAARARSLLPLPLEGKAKR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 ASLDLKSQRKEELLDSRTPAGRGAGTSARGHHSDREPLLGPPAARARSLLPLPLEGKAKR
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD SHSFDMGDFAAAAAGGVVPGGYSPPRKVSNIWTKRSLSVNGMLLPFEESDLVGARGTFGS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SHSFDMGDFAAAAAGGVVPGGYSPPRKVSNIWTKRSLSVNGMLLPFEESDLVGARGTFGS
              730       740       750       760       770       780

                
pF1KSD SEWVMESTV
       :::::::::
CCDS34 SEWVMESTV
                

>>CCDS9678.1 LRFN5 gene_id:145581|Hs108|chr14             (719 aa)
 initn: 1809 init1: 1182 opt: 2368  Z-score: 1495.6  bits: 287.4 E(32554): 5.5e-77
Smith-Waterman score: 2368; 51.7% identity (77.9% similar) in 702 aa overlap (1-691:1-696)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD METLLGGLLAFGMAFAVVDACPKYCVCQNLSESLGTLCPSKGLLFVPPDIDRRTVELRLG
       :: .:  :. .:.:  . . ::: :::: :: .:.::: .::::::::.::::::::::.
CCDS96 MEKILFYLFLIGIAVKA-QICPKRCVCQILSPNLATLCAKKGLLFVPPNIDRRTVELRLA
               10         20        30        40        50         

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD GNFIIHISRQDFANMTGLVDLTLSRNTISHIQPFSFLDLESLRSLHLDSNRLPSLGEDTL
        ::. .:.:.::::::.:::::::::::: : : .: ::..::.:::.:::: .. .: .
CCDS96 DNFVTNIKRKDFANMTSLVDLTLSRNTISFITPHAFADLRNLRALHLNSNRLTKITNDMF
      60        70        80        90       100       110         

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD RGLVNLQHLIVNNNQLGGIADEAFEDFLLTLEDLDLSYNNLHGLPWDSVRRMVNLHQLSL
        :: ::.:::.:::::  :.. ::.: ...::.::::::::. .:::.:..::.:: :::
CCDS96 SGLSNLHHLILNNNQLTLISSTAFDD-VFALEELDLSYNNLETIPWDAVEKMVSLHTLSL
     120       130       140        150       160       170        

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD DHNLLDHIAEGTFADLQKLARLDLTSNRLQKLPPDPIFARSQASALTATPFAPPLSFSFG
       :::..:.: .:::. :.:..:::.:::.::::::::.: :.:. : ..      ...:::
CCDS96 DHNMIDNIPKGTFSHLHKMTRLDVTSNKLQKLPPDPLFQRAQVLATSGIISPSTFALSFG
      180       190       200       210       220       230        

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD GNPLHCNCELLWLRRLERDDDLETCGSPGGLKGRYFWHVREEEFVCEPPLITQHTHKLLV
       :::::::::::::::: :.::::::.::  : ::::: . ::::.:::::::.:::.. :
CCDS96 GNPLHCNCELLWLRRLSREDDLETCASPPLLTGRYFWSIPEEEFLCEPPLITRHTHEMRV
      240       250       260       270       280       290        

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD LEGQAATLKCKAIGDPSPLIHWVAPDDRLVGNSSRTAVYDNGTLDIFITTSQDSGAFTCI
       :::: :::.::: ::: : :::..:. .:..:..:. :::::::::.::: .:.::::::
CCDS96 LEGQRATLRCKARGDPEPAIHWISPEGKLISNATRSLVYDNGTLDILITTVKDTGAFTCI
      300       310       320       330       340       350        

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD AANAAGEATAMVEVSIVQLPHLSNSTSRTAPPKSRLSDITGSSKTSRGGGGSGGGEPPKS
       :.: ::::: .:.. :..:::: :::..   :    :::. :.:.. . ..:.:    : 
CCDS96 ASNPAGEATQIVDLHIIKLPHLLNSTNHIHEPDPGSSDISTSTKSGSNTSSSNGD--TKL
      360       370       380       390       400       410        

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD PPERAVLVSEVTTTSALVKWSVSKSAPRVKMYQLQYNCSDDEVLIYRMIPASNKAFVVNN
         .. ..:.:.:...::.:.. ... : ..:.:.::: . :..:.::::: ..:.:.:::
CCDS96 SQDK-IVVAEATSSTALLKFNFQRNIPGIRMFQIQYNGTYDDTLVYRMIPPTSKTFLVNN
        420        430       440       450       460       470     

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD LVSGTGYDLCVLAMWDDTATTLTATNIVGCAQFFTKADYPQCQSMHSQILGGTMILVIGG
       :..:: :::::::..::  :.:::: .::: :: :. :: .:. :.::.::::::..:::
CCDS96 LAAGTMYDLCVLAIYDDGITSLTATRVVGCIQFTTEQDYVRCHFMQSQFLGGTMIIIIGG
         480       490       500       510       520       530     

              550       560       570       580               590  
pF1KSD IIVATLLVFIVILMVRYKVCNHEAPSKMAAAVSNVYSQTNGAQ--------PPPPSSAPA
       ::::..::::.:::.::::::...  :..  ::::::::::::        :   :.  .
CCDS96 IIVASVLVFIIILMIRYKVCNNNGQHKVTK-VSNVYSQTNGAQIQGCSVTLPQSVSKQAV
         540       550       560        570       580       590    

            600       610       620       630         640       650
pF1KSD GAPPQGPPKVVVRNELLDFTASLARASDSSSSSSLGSG--EAAGLGRAPWRIPPSAPRPK
       :   ..    .. ..... . . .  ..:...:.:  .   ......   :   . :  .
CCDS96 GHEENAQCCKATSDNVIQSSETCSSQDSSTTTSALPPSWTSSTSVSQKQKRKTGTKPSTE
          600       610       620       630       640       650    

              660       670       680        690       700         
pF1KSD PSLDRLMGAFASLDLKSQRKEELLDSRTPAGRGAG-TSARGHHSDREPLLGPPAARARSL
       :. . . .. ..   ...     : :: : .   : :: :.:                  
CCDS96 PQNEAVTNVESQNTNRNNSTALQLASRPPDSVTEGPTSKRAHIKPNALLTNVDQIVQETQ
          660       670       680       690       700       710    

     710       720       730       740       750       760         
pF1KSD LPLPLEGKAKRSHSFDMGDFAAAAAGGVVPGGYSPPRKVSNIWTKRSLSVNGMLLPFEES
                                                                   
CCDS96 RLELI                                                       
                                                                   

>>CCDS12483.1 LRFN3 gene_id:79414|Hs108|chr19             (628 aa)
 initn: 1939 init1: 1459 opt: 2056  Z-score: 1301.5  bits: 251.3 E(32554): 3.6e-66
Smith-Waterman score: 2056; 53.5% identity (76.7% similar) in 589 aa overlap (16-596:23-603)

                      10        20        30        40        50   
pF1KSD        METLLGGLLAFGMAFAVVDACPKYCVCQNLSESLGTLCPSKGLLFVPPDIDRR
                             :. . ::. : ::. :  :..:::. :::::::..:::
CCDS12 MAILPLLLCLLPLAPASSPPQSATPSPCPRRCRCQTQSLPLSVLCPGAGLLFVPPSLDRR
               10        20        30        40        50        60

            60        70        80        90       100       110   
pF1KSD TVELRLGGNFIIHISRQDFANMTGLVDLTLSRNTISHIQPFSFLDLESLRSLHLDSNRLP
       ..::::. :::  . :.:.::::::. :.:::::: :.   .: ::..::.::::.::: 
CCDS12 AAELRLADNFIASVRRRDLANMTGLLHLSLSRNTIRHVAAGAFADLRALRALHLDGNRLT
               70        80        90       100       110       120

           120       130       140       150       160       170   
pF1KSD SLGEDTLRGLVNLQHLIVNNNQLGGIADEAFEDFLLTLEDLDLSYNNLHGLPWDSVRRMV
       ::::  :::::::.:::..::::...:  :..:   ::::::::::::. :::... :. 
CCDS12 SLGEGQLRGLVNLRHLILSNNQLAALAAGALDDCAETLEDLDLSYNNLEQLPWEALGRLG
              130       140       150       160       170       180

           180       190       200       210       220       230   
pF1KSD NLHQLSLDHNLLDHIAEGTFADLQKLARLDLTSNRLQKLPPDPIFARSQASALTATPFAP
       :.. :.::::::  .  :.:. :.::::::.:::::  .::::.:.:     : : : . 
CCDS12 NVNTLGLDHNLLASVPAGAFSRLHKLARLDMTSNRLTTIPPDPLFSR---LPLLARPRGS
              190       200       210       220          230       

              240       250       260       270       280       290
pF1KSD PLS---FSFGGNPLHCNCELLWLRRLERDDDLETCGSPGGLKGRYFWHVREEEFVCEPPL
       : :   ..::::::::::::.::::: :.::::.:.:: .: ::::: : :::::::::.
CCDS12 PASALVLAFGGNPLHCNCELVWLRRLAREDDLEACASPPALGGRYFWAVGEEEFVCEPPV
       240       250       260       270       280       290       

              300       310       320       330       340       350
pF1KSD ITQHTHKLLVLEGQAATLKCKAIGDPSPLIHWVAPDDRLVGNSSRTAVYDNGTLDIFITT
       .:...  : :  :. :.:.:.:.::: : ..::.:. ::.:::::. .. ::::....: 
CCDS12 VTHRSPPLAVPAGRPAALRCRAVGDPEPRVRWVSPQGRLLGNSSRARAFPNGTLELLVTE
       300       310       320       330       340       350       

              360       370         380       390        400       
pF1KSD SQDSGAFTCIAANAAGEATAMVEVSI--VQLPHLSNSTSRTAPPKSRLSD-ITGSSKTSR
         :.: :::::::::::::: ::...     :.:.::::   ::..   : .:  : .: 
CCDS12 PGDGGIFTCIAANAAGEATAAVELTVGPPPPPQLANSTS-CDPPRDGDPDALTPPSAASA
       360       370       380       390        400       410      

       410       420       430       440       450       460       
pF1KSD GGGGSGGGEPPKSPPERAVLVSEVTTTSALVKWSVSKSAPRVKMYQLQYNCSDDEVLIYR
       ..  .  : ::    .:.: :.:  .:.:::.:  ..  : ..:::.::: : :..:.::
CCDS12 SAKVADTG-PPT---DRGVQVTEHGATAALVQWPDQRPIPGIRMYQIQYNSSADDILVYR
        420           430       440       450       460       470  

       470       480       490       500       510       520       
pF1KSD MIPASNKAFVVNNLVSGTGYDLCVLAMWDDTATTLTATNIVGCAQFFTKADYPQCQSMHS
       :::: ...:....:.::  :::::::...:.:: ::::  ::::.: :.     : . :.
CCDS12 MIPAESRSFLLTDLASGRTYDLCVLAVYEDSATGLTATRPVGCARFSTEPALRPCGAPHA
            480       490       500       510       520       530  

       530       540       550       560         570       580     
pF1KSD QILGGTMILVIGGIIVATLLVFIVILMVRYKVCNHEAP--SKMAAAVSNVYSQTNGAQPP
        .::::::...::.:::..:::: .:..:::: . . :  .:. : ::.: ::::::  :
CCDS12 PFLGGTMIIALGGVIVASVLVFIFVLLMRYKVHGGQPPGKAKIPAPVSSVCSQTNGALGP
            540       550       560       570       580       590  

         590       600       610       620       630       640     
pF1KSD PPSSAPAGAPPQGPPKVVVRNELLDFTASLARASDSSSSSSLGSGEAAGLGRAPWRIPPS
        :. :: .  :                                                 
CCDS12 TPTPAPPAPEPAALRAHTVVQLDCEPWGPGHEPVGP                        
            600       610       620                                

>>CCDS81800.1 LRFN5 gene_id:145581|Hs108|chr14            (466 aa)
 initn: 1836 init1: 1173 opt: 1843  Z-score: 1170.1  bits: 226.6 E(32554): 7.5e-59
Smith-Waterman score: 1843; 57.6% identity (82.7% similar) in 467 aa overlap (1-467:1-462)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD METLLGGLLAFGMAFAVVDACPKYCVCQNLSESLGTLCPSKGLLFVPPDIDRRTVELRLG
       :: .:  :. .:.:  . . ::: :::: :: .:.::: .::::::::.::::::::::.
CCDS81 MEKILFYLFLIGIAVKA-QICPKRCVCQILSPNLATLCAKKGLLFVPPNIDRRTVELRLA
               10         20        30        40        50         

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD GNFIIHISRQDFANMTGLVDLTLSRNTISHIQPFSFLDLESLRSLHLDSNRLPSLGEDTL
        ::. .:.:.::::::.:::::::::::: : : .: ::..::.:::.:::: .. .: .
CCDS81 DNFVTNIKRKDFANMTSLVDLTLSRNTISFITPHAFADLRNLRALHLNSNRLTKITNDMF
      60        70        80        90       100       110         

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD RGLVNLQHLIVNNNQLGGIADEAFEDFLLTLEDLDLSYNNLHGLPWDSVRRMVNLHQLSL
        :: ::.:::.:::::  :.. ::.: ...::.::::::::. .:::.:..::.:: :::
CCDS81 SGLSNLHHLILNNNQLTLISSTAFDD-VFALEELDLSYNNLETIPWDAVEKMVSLHTLSL
     120       130       140        150       160       170        

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD DHNLLDHIAEGTFADLQKLARLDLTSNRLQKLPPDPIFARSQASALTATPFAPPLSFSFG
       :::..:.: .:::. :.:..:::.:::.::::::::.: :.:. : ..      ...:::
CCDS81 DHNMIDNIPKGTFSHLHKMTRLDVTSNKLQKLPPDPLFQRAQVLATSGIISPSTFALSFG
      180       190       200       210       220       230        

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD GNPLHCNCELLWLRRLERDDDLETCGSPGGLKGRYFWHVREEEFVCEPPLITQHTHKLLV
       :::::::::::::::: :.::::::.::  : ::::: . ::::.:::::::.:::.. :
CCDS81 GNPLHCNCELLWLRRLSREDDLETCASPPLLTGRYFWSIPEEEFLCEPPLITRHTHEMRV
      240       250       260       270       280       290        

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD LEGQAATLKCKAIGDPSPLIHWVAPDDRLVGNSSRTAVYDNGTLDIFITTSQDSGAFTCI
       :::: :::.::: ::: : :::..:. .:..:..:. :::::::::.::: .:.::::::
CCDS81 LEGQRATLRCKARGDPEPAIHWISPEGKLISNATRSLVYDNGTLDILITTVKDTGAFTCI
      300       310       320       330       340       350        

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD AANAAGEATAMVEVSIVQLPHLSNSTSRTAPPKSRLSDITGSSKTSRGGGGSGGGEPPKS
       :.: ::::: .:.. :..:::: :::..   :    :::. :.:.. . ..:.:    : 
CCDS81 ASNPAGEATQIVDLHIIKLPHLLNSTNHIHEPDPGSSDISTSTKSGSNTSSSNGDT--KL
      360       370       380       390       400       410        

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD PPERAVLVSEVTTTSALVKWSVSKSAPRVKMYQLQYNCSDDEVLIYRMIPASNKAFVVNN
         .. ..:.:.:...::.:.. ... : ..:.:.::: . :..:.::             
CCDS81 SQDK-IVVAEATSSTALLKFNFQRNIPGIRMFQIQYNGTYDDTLVYRCFAD         
        420        430       440       450       460               

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD LVSGTGYDLCVLAMWDDTATTLTATNIVGCAQFFTKADYPQCQSMHSQILGGTMILVIGG

>>CCDS8153.1 LRFN4 gene_id:78999|Hs108|chr11              (635 aa)
 initn: 1454 init1: 868 opt: 1642  Z-score: 1042.7  bits: 203.5 E(32554): 9.3e-52
Smith-Waterman score: 2133; 53.5% identity (74.2% similar) in 656 aa overlap (4-645:5-633)

                10        20        30        40        50         
pF1KSD  METLLGGLLAFGMAFAVVDACPKYCVCQNLSESLGTLCPSKGLLFVPPDIDRRTVELRL
           ::  ::: : :     :::  ::::::::::.:::  .:::::::..:::::::::
CCDS81 MAPPLLLLLLASGAA-----ACPLPCVCQNLSESLSTLCAHRGLLFVPPNVDRRTVELRL
               10             20        30        40        50     

      60        70        80        90       100       110         
pF1KSD GGNFIIHISRQDFANMTGLVDLTLSRNTISHIQPFSFLDLESLRSLHLDSNRLPSLGEDT
       . :::  ..  :: :::::::::::::.:..:   .: :::::::::::.:::  ::  .
CCDS81 ADNFIQALGPPDFRNMTGLVDLTLSRNAITRIGARAFGDLESLRSLHLDGNRLVELGTGS
          60        70        80        90       100       110     

     120       130       140       150       160       170         
pF1KSD LRGLVNLQHLIVNNNQLGGIADEAFEDFLLTLEDLDLSYNNLHGLPWDSVRRMVNLHQLS
       ::: :::::::...:::: ::  ::.::: .:::::::::::. .:: ..  :  :: :.
CCDS81 LRGPVNLQHLILSGNQLGRIAPGAFDDFLESLEDLDLSYNNLRQVPWAGIGAMPALHTLN
         120       130       140       150       160       170     

     180       190       200       210       220       230         
pF1KSD LDHNLLDHIAEGTFADLQKLARLDLTSNRLQKLPPDPIFARSQASALTATPFAPPLSFSF
       :::::.: .  :.::.: .:.:::::::::  : :::.:.:.. .   :.:   :: .::
CCDS81 LDHNLIDALPPGAFAQLGQLSRLDLTSNRLATLAPDPLFSRGRDAE--ASP--APLVLSF
         180       190       200       210       220           230 

     240       250       260       270       280       290         
pF1KSD GGNPLHCNCELLWLRRLERDDDLETCGSPGGLKGRYFWHVREEEFVCEPPLITQHTHKLL
       .:::::::::::::::: : ::::::.:: :: ::::: : : :: ::::::..::..: 
CCDS81 SGNPLHCNCELLWLRRLARPDDLETCASPPGLAGRYFWAVPEGEFSCEPPLIARHTQRLW
             240       250       260       270       280       290 

     300       310       320       330       340       350         
pF1KSD VLEGQAATLKCKAIGDPSPLIHWVAPDDRLVGNSSRTAVYDNGTLDIFITTSQDSGAFTC
       ::::: :::.:.:.:::.: .:::.:::::::::::. .. ::::.: .: . :.:..::
CCDS81 VLEGQRATLRCRALGDPAPTMHWVGPDDRLVGNSSRARAFPNGTLEIGVTGAGDAGGYTC
             300       310       320       330       340       350 

     360       370       380       390       400       410         
pF1KSD IAANAAGEATAMVEVSIVQLPHLSNSTSRTAPPKSRLSDITGSSKTSRGGGGSGGGEPPK
       ::.: :::::: ::. .. ::: .::... . :    :::..:..:.  : :.  .::  
CCDS81 IATNPAGEATARVELRVLALPHGGNSSAEGGRPGP--SDIAASARTAAEGEGTLESEP--
             360       370       380         390       400         

     420       430       440       450       460       470         
pF1KSD SPPERAVLVSEVTTTSALVKWSVSKSAPRVKMYQLQYNCSDDEVLIYRMIPASNKAFVVN
            :: :.:::.::.::.:. .. :  : :.:.::: :.::.::::..:::.. :...
CCDS81 -----AVQVTEVTATSGLVSWGPGRPADPVWMFQIQYNSSEDETLIYRIVPASSHHFLLK
            410       420       430       440       450       460  

     480       490       500        510       520       530        
pF1KSD NLVSGTGYDLCVLAMWDDTATT-LTATNIVGCAQFFTKADYPQCQSMHSQILGGTMILVI
       .:: :. ::::.::.   .. . :::: ..:::.: :    : :.......::::. ...
CCDS81 HLVPGADYDLCLLALSPAAGPSDLTATRLLGCAHFSTLPASPLCHALQAHVLGGTLTVAV
            470       480       490       500       510       520  

      540       550        560       570       580       590       
pF1KSD GGIIVATLLVFIVILMVRYK-VCNHEAPSKMAAAVSNVYSQTNGAQPPPPSSAPAGAPPQ
       ::..::.:::: : :.:: . . : . : :.    :.: :::::.    :: .: . ::.
CCDS81 GGVLVAALLVFTVALLVRGRGAGNGRLPLKL----SHVQSQTNGG----PSPTPKAHPPR
            530       540       550           560           570    

       600       610                   620       630       640     
pF1KSD GPPKVVVRNELLDFT------------ASLARASDSSSSSSLGSGEAAGLGRAPWRIPPS
       .::    :.  ::.             .. :: : :  .. ::.:   :.: .  :.  :
CCDS81 SPPPRPQRSCSLDLGDAGCYGYARRLGGAWARRSHSVHGGLLGAG-CRGVGGSAERLEES
          580       590       600       610        620       630   

         650       660       670       680       690       700     
pF1KSD APRPKPSLDRLMGAFASLDLKSQRKEELLDSRTPAGRGAGTSARGHHSDREPLLGPPAAR
                                                                   
CCDS81 VV                                                          
                                                                   

>>CCDS46071.1 LRFN1 gene_id:57622|Hs108|chr19             (771 aa)
 initn: 1807 init1: 854 opt: 1585  Z-score: 1006.0  bits: 196.9 E(32554): 1e-49
Smith-Waterman score: 2186; 48.5% identity (71.1% similar) in 788 aa overlap (21-789:34-771)

                         10        20        30        40        50
pF1KSD           METLLGGLLAFGMAFAVVDACPKYCVCQNLSESLGTLCPSKGLLFVPPDI
                                     ::  :.:::.. .:  :: . ::::::: :
CCDS46 GPFSSALLSPPPAALPFLLLLWAGASRGQPCPGRCICQNVAPTLTMLCAKTGLLFVPPAI
            10        20        30        40        50        60   

               60        70        80        90       100       110
pF1KSD DRRTVELRLGGNFIIHISRQDFANMTGLVDLTLSRNTISHIQPFSFLDLESLRSLHLDSN
       :::.:::::  :::  . :.::::::.:: ::::::::...   .: ::..::.::::::
CCDS46 DRRVVELRLTDNFIAAVRRRDFANMTSLVHLTLSRNTIGQVAAGAFADLRALRALHLDSN
            70        80        90       100       110       120   

              120       130       140       150       160       170
pF1KSD RLPSLGEDTLRGLVNLQHLIVNNNQLGGIADEAFEDFLLTLEDLDLSYNNLHGLPWDSVR
       ::  .  : :::: ::.:::..:::.  . . ::. :: :.::::::::::..:::..: 
CCDS46 RLAEVRGDQLRGLGNLRHLILGNNQIRRVESAAFDAFLSTVEDLDLSYNNLEALPWEAVG
           130       140       150       160       170       180   

              180       190       200       210       220       230
pF1KSD RMVNLHQLSLDHNLLDHIAEGTFADLQKLARLDLTSNRLQKLPPDPIFARSQASALTATP
       .::::. :.:::::.::::::::..:.::.:::.:::::.::::: .: :::...    :
CCDS46 QMVNLNTLTLDHNLIDHIAEGTFVQLHKLVRLDMTSNRLHKLPPDGLFLRSQGTG----P
           190       200       210       220       230             

               240       250       260       270       280         
pF1KSD FAP-PLSFSFGGNPLHCNCELLWLRRLERDDDLETCGSPGGLKGRYFWHVREEEFVCEPP
         : ::. ::::::::::::::::::: :.::::::..:  :  :::: . ::::.::::
CCDS46 KPPTPLTVSFGGNPLHCNCELLWLRRLTREDDLETCATPEHLTDRYFWSIPEEEFLCEPP
     240       250       260       270       280       290         

     290        300       310       320       330       340        
pF1KSD LIT-QHTHKLLVLEGQAATLKCKAIGDPSPLIHWVAPDDRLVGNSSRTAVYDNGTLDIFI
       ::: :   . ::.::::..:.:.:.::: :..:::::: ::.:::::: :  .::::. :
CCDS46 LITRQAGGRALVVEGQAVSLRCRAVGDPEPVVHWVAPDGRLLGNSSRTRVRGDGTLDVTI
     300       310       320       330       340       350         

      350       360       370       380       390       400        
pF1KSD TTSQDSGAFTCIAANAAGEATAMVEVSIVQLPHLSNSTSRTAPPKSRLSDITGSSKTSRG
       :: .:::.:::::.:::::::: ::: .: :: ..   .  :::   :..  :::  .  
CCDS46 TTLRDSGTFTCIASNAAGEATAPVEVCVVPLPLMAPPPA--APPP--LTE-PGSSDIATP
     360       370       380       390         400          410    

      410       420       430       440       450       460        
pF1KSD GGGSGGGEPPKSPPERAVLVSEVTTTSALVKWSVSKSAPRVKMYQLQYNCSDDEVLIYRM
       :   :...   :  :: ....:.:..:.:..: ... .: ..:::.::: : :. :.:::
CCDS46 GR-PGAND---SAAERRLVAAELTSNSVLIRWPAQRPVPGIRMYQVQYNSSVDDSLVYRM
           420          430       440       450       460       470

      470       480       490       500       510       520        
pF1KSD IPASNKAFVVNNLVSGTGYDLCVLAMWDDTATTLTATNIVGCAQFFTKADYPQCQSMHSQ
       ::.....:.::.:..: .:::::::..:: ::.: :: .:::.:: : .:   :. ....
CCDS46 IPSTSQTFLVNDLAAGRAYDLCVLAVYDDGATALPATRVVGCVQFTTAGDPAPCRPLRAH
              480       490       500       510       520       530

      530       540       550       560       570            580   
pF1KSD ILGGTMILVIGGIIVATLLVFIVILMVRYKVCNHEAPSKMAAA-----VSNVYSQTNGAQ
       .::::::..:::.:::..:::::.::.:::: .     .. ..     ::.: :::::: 
CCDS46 FLGGTMIIAIGGVIVASVLVFIVLLMIRYKVYGDGDSRRVKGSRSLPRVSHVCSQTNGAG
              540       550       560       570       580       590

           590       600       610       620       630       640   
pF1KSD PPPPSSAPAGAPPQGPPKVVVRNELLDFTASLARASDSSSSSSLGSGEAAGLGRAPWRIP
           ..:::  : :            :   .: :  .:... ...  :: ..     .  
CCDS46 TGA-AQAPA-LPAQ------------DHYEAL-REVESQAAPAVAV-EAKAM-----EAE
                600                    610       620               

           650       660       670       680       690       700   
pF1KSD PSAPRPKPSLDRLMGAFASLDLKSQRKEELLDSRTPAGRGAGTSARGHHSDREPLLGPPA
        .. .:.  : : .:. :.       .  :: :.  .:.  . .: : . .:   : ::.
CCDS46 TASAEPEVVLGRSLGGSAT-------SLCLLPSEETSGE-ESRAAVGPRRSRSGALEPPT
     630       640              650       660        670       680 

           710       720            730       740       750        
pF1KSD ARARSLLPLPLEGKAKRS-----HSFDMGDFAAAAAGGVVPGGYSPPRKVSNIWTKRS--
       .   .:  .:  : : :      .::: ::.      :..  ..: ::..     .::  
CCDS46 SAPPTLALVP-GGAAARPRPQQRYSFD-GDY------GALFQSHSYPRRARRTKRHRSTP
             690        700        710             720       730   

         760       770           780         
pF1KSD -LSVNGMLLPFEESDL-VG-ARG--TFGSSEWVMESTV
        :.  :     :..:: .: ::.  .: :.::..::::
CCDS46 HLDGAGGGAAGEDGDLGLGSARACLAFTSTEWMLESTV
           740       750       760       770 

>>CCDS42595.1 LRRC4B gene_id:94030|Hs108|chr19            (713 aa)
 initn: 376 init1: 124 opt: 525  Z-score: 344.1  bits: 74.4 E(32554): 7.5e-13
Smith-Waterman score: 525; 33.0% identity (59.5% similar) in 370 aa overlap (57-414:139-483)

         30        40        50        60        70        80      
pF1KSD CQNLSESLGTLCPSKGLLFVPPDIDRRTVELRLGGNFIIHISRQDFANMTGLVDLTLSRN
                                     :.:  : .  .  : :  .. : .: :  :
CCDS42 LRHLEILQLSKNLVRKIEVGAFNGLPSLNTLELFDNRLTTVPTQAFEYLSKLRELWLRNN
      110       120       130       140       150       160        

         90       100        110       120       130       140     
pF1KSD TISHIQPFSFLDLESLRSLHL-DSNRLPSLGEDTLRGLVNLQHLIVNNNQLGGIADEAFE
        :  :  ..:  . ::: : : . .::  ..: ...:::::..: ..  .:  : . .  
CCDS42 PIESIPSYAFNRVPSLRRLDLGELKRLEYISEAAFEGLVNLRYLNLGMCNLKDIPNLTA-
      170       180       190       200       210       220        

         150       160       170       180       190       200     
pF1KSD DFLLTLEDLDLSYNNLHGLPWDSVRRMVNLHQLSLDHNLLDHIAEGTFADLQKLARLDLT
         :. ::.:.:: : :  .   : . ...:..: : :  .  : ...: ::..: .:.:.
CCDS42 --LVRLEELELSGNRLDLIRPGSFQGLTSLRKLWLMHAQVATIERNAFDDLKSLEELNLS
         230       240       250       260       270       280     

         210       220       230       240       250        260    
pF1KSD SNRLQKLPPDPIFARSQASALTATPFAPPLSFSFGGNPLHCNCELLWLRR-LERDDDLET
        : :..:: : .:          ::.       .. :: ::::..:::   :..    .:
CCDS42 HNNLMSLPHD-LF----------TPLHRLERVHLNHNPWHCNCDVLWLSWWLKETVPSNT
         290                  300       310       320       330    

               270       280       290       300       310         
pF1KSD -----CGSPGGLKGRYFWHVREEEFVCEPPLITQHTHKLLVLEGQAATLKCKAIGDPSPL
            : .:.::::::. .. . .:.:  :.:..    : : ::.:: :::.. :     
CCDS42 TCCARCHAPAGLKGRYIGELDQSHFTCYAPVIVEPPTDLNVTEGMAAELKCRT-GTSMTS
          340       350       360       370       380        390   

     320       330          340       350       360         370    
pF1KSD IHWVAPDDRLVGNSS---RTAVYDNGTLDIFITTSQDSGAFTCIAANAAGE--ATAMVEV
       ..:..:.  :. ..:   : .:  .:::..  .: ::.: .::...:.::.  :.: ..:
CCDS42 VNWLTPNGTLMTHGSYRVRISVLHDGTLNFTNVTVQDTGQYTCMVTNSAGNTTASATLNV
           400       410       420       430       440       450   

          380       390       400       410       420       430    
pF1KSD SIVQLPHLSNSTSRTAPPKSRLSDITGSSKTSRGGGGSGGGEPPKSPPERAVLVSEVTTT
       : :. :  ...:.         :   : . ..  ::::::                    
CCDS42 SAVD-PVAAGGTG---------SGGGGPGGSGGVGGGSGGYTYFTTVTVETLETQPGEEA
            460                470       480       490       500   

          440       450       460       470       480       490    
pF1KSD SALVKWSVSKSAPRVKMYQLQYNCSDDEVLIYRMIPASNKAFVVNNLVSGTGYDLCVLAM
                                                                   
CCDS42 LQPRGTEKEPPGPTTDGVWGGGRPGDAAGPASSSTTAPAPRSSRPTEKAFTVPITDVTEN
           510       520       530       540       550       560   




789 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Thu Nov  3 05:32:22 2016 done: Thu Nov  3 05:32:23 2016
 Total Scan time:  5.020 Total Display time:  0.150

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com