Result of FASTA (omim) for pF1KSDA1215
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA1215, 521 aa
  1>>>pF1KSDA1215 521 - 521 aa - 521 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9164+/-0.000426; mu= 10.5371+/- 0.026
 mean_var=97.8573+/-18.841, 0's: 0 Z-trim(112.7): 17  B-trim: 71 in 1/53
 Lambda= 0.129652
 statistics sampled from 21691 (21704) to 21691 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.603), E-opt: 0.2 (0.254), width:  16
 Scan time:  8.030

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
XP_011508106 (OMIM: 182940,600533) PREDICTED: vang ( 521) 3408 648.3 1.7e-185
XP_005245414 (OMIM: 182940,600533) PREDICTED: vang ( 521) 3408 648.3 1.7e-185
NP_065068 (OMIM: 182940,600533) vang-like protein  ( 521) 3408 648.3 1.7e-185
NP_620409 (OMIM: 182940,600145,610132) vang-like p ( 524) 2544 486.6 7.5e-137
NP_001165883 (OMIM: 182940,600145,610132) vang-lik ( 524) 2544 486.6 7.5e-137
NP_001165882 (OMIM: 182940,600145,610132) vang-lik ( 522) 2543 486.5 8.5e-137
XP_011508107 (OMIM: 182940,600533) PREDICTED: vang ( 282) 1752 338.4 1.7e-92


>>XP_011508106 (OMIM: 182940,600533) PREDICTED: vang-lik  (521 aa)
 initn: 3408 init1: 3408 opt: 3408  Z-score: 3451.4  bits: 648.3 E(85289): 1.7e-185
Smith-Waterman score: 3408; 100.0% identity (100.0% similar) in 521 aa overlap (1-521:1-521)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MDTESQYSGYSYKSGHSRSSRKHRDRRDRHRSKSRDGGRGDKSVTIQAPGEPLLDNESTR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MDTESQYSGYSYKSGHSRSSRKHRDRRDRHRSKSRDGGRGDKSVTIQAPGEPLLDNESTR
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD GDERDDNWGETTTVVTGTSEHSISHDDLTRIAKDMEDSVPLDCSRHLGVAAGATLALLSF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GDERDDNWGETTTVVTGTSEHSISHDDLTRIAKDMEDSVPLDCSRHLGVAAGATLALLSF
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD LTPLAFLLLPPLLWREELEPCGTACEGLFISVAFKLLILLLGSWALFFRRPKASLPRVFV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LTPLAFLLLPPLLWREELEPCGTACEGLFISVAFKLLILLLGSWALFFRRPKASLPRVFV
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD LRALLMVLVFLLVVSYWLFYGVRILDARERSYQGVVQFAVSLVDALLFVHYLAVVLLELR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LRALLMVLVFLLVVSYWLFYGVRILDARERSYQGVVQFAVSLVDALLFVHYLAVVLLELR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD QLQPQFTLKVVRSTDGASRFYNVGHLSIQRVAVWILEKYYHDFPVYNPALLNLPKSVLAK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QLQPQFTLKVVRSTDGASRFYNVGHLSIQRVAVWILEKYYHDFPVYNPALLNLPKSVLAK
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD KVSGFKVYSLGEENSTNNSTGQSRAVIAAAARRRDNSHNEYYYEEAEHERRVRKRRARLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KVSGFKVYSLGEENSTNNSTGQSRAVIAAAARRRDNSHNEYYYEEAEHERRVRKRRARLV
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD VAVEEAFTHIKRLQEEEQKNPREVMDPREAAQAIFASMARAMQKYLRTTKQQPYHTMESI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VAVEEAFTHIKRLQEEEQKNPREVMDPREAAQAIFASMARAMQKYLRTTKQQPYHTMESI
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD LQHLEFCITHDMTPKAFLERYLAAGPTIQYHKERWLAKQWTLVSEEPVTNGLKDGIVFLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LQHLEFCITHDMTPKAFLERYLAAGPTIQYHKERWLAKQWTLVSEEPVTNGLKDGIVFLL
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520 
pF1KSD KRQDFSLVVSTKKVPFFKLSEEFVDPKSHKFVMRLQSETSV
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KRQDFSLVVSTKKVPFFKLSEEFVDPKSHKFVMRLQSETSV
              490       500       510       520 

>>XP_005245414 (OMIM: 182940,600533) PREDICTED: vang-lik  (521 aa)
 initn: 3408 init1: 3408 opt: 3408  Z-score: 3451.4  bits: 648.3 E(85289): 1.7e-185
Smith-Waterman score: 3408; 100.0% identity (100.0% similar) in 521 aa overlap (1-521:1-521)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MDTESQYSGYSYKSGHSRSSRKHRDRRDRHRSKSRDGGRGDKSVTIQAPGEPLLDNESTR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MDTESQYSGYSYKSGHSRSSRKHRDRRDRHRSKSRDGGRGDKSVTIQAPGEPLLDNESTR
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD GDERDDNWGETTTVVTGTSEHSISHDDLTRIAKDMEDSVPLDCSRHLGVAAGATLALLSF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GDERDDNWGETTTVVTGTSEHSISHDDLTRIAKDMEDSVPLDCSRHLGVAAGATLALLSF
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD LTPLAFLLLPPLLWREELEPCGTACEGLFISVAFKLLILLLGSWALFFRRPKASLPRVFV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LTPLAFLLLPPLLWREELEPCGTACEGLFISVAFKLLILLLGSWALFFRRPKASLPRVFV
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD LRALLMVLVFLLVVSYWLFYGVRILDARERSYQGVVQFAVSLVDALLFVHYLAVVLLELR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LRALLMVLVFLLVVSYWLFYGVRILDARERSYQGVVQFAVSLVDALLFVHYLAVVLLELR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD QLQPQFTLKVVRSTDGASRFYNVGHLSIQRVAVWILEKYYHDFPVYNPALLNLPKSVLAK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 QLQPQFTLKVVRSTDGASRFYNVGHLSIQRVAVWILEKYYHDFPVYNPALLNLPKSVLAK
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD KVSGFKVYSLGEENSTNNSTGQSRAVIAAAARRRDNSHNEYYYEEAEHERRVRKRRARLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KVSGFKVYSLGEENSTNNSTGQSRAVIAAAARRRDNSHNEYYYEEAEHERRVRKRRARLV
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD VAVEEAFTHIKRLQEEEQKNPREVMDPREAAQAIFASMARAMQKYLRTTKQQPYHTMESI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VAVEEAFTHIKRLQEEEQKNPREVMDPREAAQAIFASMARAMQKYLRTTKQQPYHTMESI
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD LQHLEFCITHDMTPKAFLERYLAAGPTIQYHKERWLAKQWTLVSEEPVTNGLKDGIVFLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LQHLEFCITHDMTPKAFLERYLAAGPTIQYHKERWLAKQWTLVSEEPVTNGLKDGIVFLL
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520 
pF1KSD KRQDFSLVVSTKKVPFFKLSEEFVDPKSHKFVMRLQSETSV
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KRQDFSLVVSTKKVPFFKLSEEFVDPKSHKFVMRLQSETSV
              490       500       510       520 

>>NP_065068 (OMIM: 182940,600533) vang-like protein 2 [H  (521 aa)
 initn: 3408 init1: 3408 opt: 3408  Z-score: 3451.4  bits: 648.3 E(85289): 1.7e-185
Smith-Waterman score: 3408; 100.0% identity (100.0% similar) in 521 aa overlap (1-521:1-521)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MDTESQYSGYSYKSGHSRSSRKHRDRRDRHRSKSRDGGRGDKSVTIQAPGEPLLDNESTR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 MDTESQYSGYSYKSGHSRSSRKHRDRRDRHRSKSRDGGRGDKSVTIQAPGEPLLDNESTR
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD GDERDDNWGETTTVVTGTSEHSISHDDLTRIAKDMEDSVPLDCSRHLGVAAGATLALLSF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 GDERDDNWGETTTVVTGTSEHSISHDDLTRIAKDMEDSVPLDCSRHLGVAAGATLALLSF
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD LTPLAFLLLPPLLWREELEPCGTACEGLFISVAFKLLILLLGSWALFFRRPKASLPRVFV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 LTPLAFLLLPPLLWREELEPCGTACEGLFISVAFKLLILLLGSWALFFRRPKASLPRVFV
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD LRALLMVLVFLLVVSYWLFYGVRILDARERSYQGVVQFAVSLVDALLFVHYLAVVLLELR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 LRALLMVLVFLLVVSYWLFYGVRILDARERSYQGVVQFAVSLVDALLFVHYLAVVLLELR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD QLQPQFTLKVVRSTDGASRFYNVGHLSIQRVAVWILEKYYHDFPVYNPALLNLPKSVLAK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 QLQPQFTLKVVRSTDGASRFYNVGHLSIQRVAVWILEKYYHDFPVYNPALLNLPKSVLAK
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD KVSGFKVYSLGEENSTNNSTGQSRAVIAAAARRRDNSHNEYYYEEAEHERRVRKRRARLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 KVSGFKVYSLGEENSTNNSTGQSRAVIAAAARRRDNSHNEYYYEEAEHERRVRKRRARLV
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD VAVEEAFTHIKRLQEEEQKNPREVMDPREAAQAIFASMARAMQKYLRTTKQQPYHTMESI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 VAVEEAFTHIKRLQEEEQKNPREVMDPREAAQAIFASMARAMQKYLRTTKQQPYHTMESI
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD LQHLEFCITHDMTPKAFLERYLAAGPTIQYHKERWLAKQWTLVSEEPVTNGLKDGIVFLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 LQHLEFCITHDMTPKAFLERYLAAGPTIQYHKERWLAKQWTLVSEEPVTNGLKDGIVFLL
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520 
pF1KSD KRQDFSLVVSTKKVPFFKLSEEFVDPKSHKFVMRLQSETSV
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 KRQDFSLVVSTKKVPFFKLSEEFVDPKSHKFVMRLQSETSV
              490       500       510       520 

>>NP_620409 (OMIM: 182940,600145,610132) vang-like prote  (524 aa)
 initn: 1741 init1: 1271 opt: 2544  Z-score: 2577.9  bits: 486.6 E(85289): 7.5e-137
Smith-Waterman score: 2544; 72.8% identity (90.7% similar) in 526 aa overlap (1-521:1-524)

               10        20         30        40          50       
pF1KSD MDTESQYSGYSYKSGHSRSSRKHRDR-RDRHRSKSRDGGRG-DKSVTIQAP-GEPLLDNE
       ::::: :::::: :.::..:... .: :.::.:     ::: .:::::: : ::::: :.
NP_620 MDTESTYSGYSYYSSHSKKSHRQGERTRERHKSPRNKDGRGSEKSVTIQPPTGEPLLGND
               10        20        30        40        50        60

        60         70        80        90       100       110      
pF1KSD STRGDE-RDDNWGETTTVVTGTSEHSISHDDLTRIAKDMEDSVPLDCSRHLGVAAGATLA
       ::: .: .:::::::::..:::::::::..:..::.::::::: :::.:.::..... :.
NP_620 STRTEEVQDDNWGETTTAITGTSEHSISQEDIARISKDMEDSVGLDCKRYLGLTVASFLG
               70        80        90       100       110       120

        120       130       140       150       160       170      
pF1KSD LLSFLTPLAFLLLPPLLWREELEPCGTACEGLFISVAFKLLILLLGSWALFFRRPKASLP
       :: ::::.::.::::.:::.::::::: :::::::.::::::::.:.::::::. .:..:
NP_620 LLVFLTPIAFILLPPILWRDELEPCGTICEGLFISMAFKLLILLIGTWALFFRKRRADMP
              130       140       150       160       170       180

        180       190       200       210       220       230      
pF1KSD RVFVLRALLMVLVFLLVVSYWLFYGVRILDARERSYQGVVQFAVSLVDALLFVHYLAVVL
       ::::.::::.::.::.::::::::::::::.:.:.:::.::.::::::::::.::::.::
NP_620 RVFVFRALLLVLIFLFVVSYWLFYGVRILDSRDRNYQGIVQYAVSLVDALLFIHYLAIVL
              190       200       210       220       230       240

        240       250       260       270       280       290      
pF1KSD LELRQLQPQFTLKVVRSTDGASRFYNVGHLSIQRVAVWILEKYYHDFPVYNPALLNLPKS
       ::::::::.:::.::::::: ::::..:::::::.:. .::.::.:: .::: ::.  : 
NP_620 LELRQLQPMFTLQVVRSTDGESRFYSLGHLSIQRAALVVLENYYKDFTIYNPNLLTASKF
              250       260       270       280       290       300

        300       310       320       330       340       350      
pF1KSD VLAKKVSGFKVYSLGEENSTNNSTGQSRAVIAAAARRRDNSHNEYYYEEAEHERRVRKRR
         ::...:.:::..  .. .::.::::::.:::::::::.:::: :::::::::::.::.
NP_620 RAAKHMAGLKVYNV--DGPSNNATGQSRAMIAAAARRRDSSHNELYYEEAEHERRVKKRK
              310         320       330       340       350        

        360       370        380       390       400       410     
pF1KSD ARLVVAVEEAFTHIKRLQ-EEEQKNPREVMDPREAAQAIFASMARAMQKYLRTTKQQPYH
       ::::::::::: ::.::: ::.:: : ::::::::::::: :::::.::::: :.:: ::
NP_620 ARLVVAVEEAFIHIQRLQAEEQQKAPGEVMDPREAAQAIFPSMARALQKYLRITRQQNYH
      360       370       380       390       400       410        

         420       430       440       450       460       470     
pF1KSD TMESILQHLEFCITHDMTPKAFLERYLAAGPTIQYHKERWLAKQWTLVSEEPVTNGLKDG
       .:::::::: ::::. :::::::::::.::::.:: :.:::. :: :::.: :::::.::
NP_620 SMESILQHLAFCITNGMTPKAFLERYLSAGPTLQYDKDRWLSTQWRLVSDEAVTNGLRDG
      420       430       440       450       460       470        

         480       490       500       510       520 
pF1KSD IVFLLKRQDFSLVVSTKKVPFFKLSEEFVDPKSHKFVMRLQSETSV
       :::.::  ::::::..::.::. :::::.::::::::.::::::::
NP_620 IVFVLKCLDFSLVVNVKKIPFIILSEEFIDPKSHKFVLRLQSETSV
      480       490       500       510       520    

>>NP_001165883 (OMIM: 182940,600145,610132) vang-like pr  (524 aa)
 initn: 1741 init1: 1271 opt: 2544  Z-score: 2577.9  bits: 486.6 E(85289): 7.5e-137
Smith-Waterman score: 2544; 72.8% identity (90.7% similar) in 526 aa overlap (1-521:1-524)

               10        20         30        40          50       
pF1KSD MDTESQYSGYSYKSGHSRSSRKHRDR-RDRHRSKSRDGGRG-DKSVTIQAP-GEPLLDNE
       ::::: :::::: :.::..:... .: :.::.:     ::: .:::::: : ::::: :.
NP_001 MDTESTYSGYSYYSSHSKKSHRQGERTRERHKSPRNKDGRGSEKSVTIQPPTGEPLLGND
               10        20        30        40        50        60

        60         70        80        90       100       110      
pF1KSD STRGDE-RDDNWGETTTVVTGTSEHSISHDDLTRIAKDMEDSVPLDCSRHLGVAAGATLA
       ::: .: .:::::::::..:::::::::..:..::.::::::: :::.:.::..... :.
NP_001 STRTEEVQDDNWGETTTAITGTSEHSISQEDIARISKDMEDSVGLDCKRYLGLTVASFLG
               70        80        90       100       110       120

        120       130       140       150       160       170      
pF1KSD LLSFLTPLAFLLLPPLLWREELEPCGTACEGLFISVAFKLLILLLGSWALFFRRPKASLP
       :: ::::.::.::::.:::.::::::: :::::::.::::::::.:.::::::. .:..:
NP_001 LLVFLTPIAFILLPPILWRDELEPCGTICEGLFISMAFKLLILLIGTWALFFRKRRADMP
              130       140       150       160       170       180

        180       190       200       210       220       230      
pF1KSD RVFVLRALLMVLVFLLVVSYWLFYGVRILDARERSYQGVVQFAVSLVDALLFVHYLAVVL
       ::::.::::.::.::.::::::::::::::.:.:.:::.::.::::::::::.::::.::
NP_001 RVFVFRALLLVLIFLFVVSYWLFYGVRILDSRDRNYQGIVQYAVSLVDALLFIHYLAIVL
              190       200       210       220       230       240

        240       250       260       270       280       290      
pF1KSD LELRQLQPQFTLKVVRSTDGASRFYNVGHLSIQRVAVWILEKYYHDFPVYNPALLNLPKS
       ::::::::.:::.::::::: ::::..:::::::.:. .::.::.:: .::: ::.  : 
NP_001 LELRQLQPMFTLQVVRSTDGESRFYSLGHLSIQRAALVVLENYYKDFTIYNPNLLTASKF
              250       260       270       280       290       300

        300       310       320       330       340       350      
pF1KSD VLAKKVSGFKVYSLGEENSTNNSTGQSRAVIAAAARRRDNSHNEYYYEEAEHERRVRKRR
         ::...:.:::..  .. .::.::::::.:::::::::.:::: :::::::::::.::.
NP_001 RAAKHMAGLKVYNV--DGPSNNATGQSRAMIAAAARRRDSSHNELYYEEAEHERRVKKRK
              310         320       330       340       350        

        360       370        380       390       400       410     
pF1KSD ARLVVAVEEAFTHIKRLQ-EEEQKNPREVMDPREAAQAIFASMARAMQKYLRTTKQQPYH
       ::::::::::: ::.::: ::.:: : ::::::::::::: :::::.::::: :.:: ::
NP_001 ARLVVAVEEAFIHIQRLQAEEQQKAPGEVMDPREAAQAIFPSMARALQKYLRITRQQNYH
      360       370       380       390       400       410        

         420       430       440       450       460       470     
pF1KSD TMESILQHLEFCITHDMTPKAFLERYLAAGPTIQYHKERWLAKQWTLVSEEPVTNGLKDG
       .:::::::: ::::. :::::::::::.::::.:: :.:::. :: :::.: :::::.::
NP_001 SMESILQHLAFCITNGMTPKAFLERYLSAGPTLQYDKDRWLSTQWRLVSDEAVTNGLRDG
      420       430       440       450       460       470        

         480       490       500       510       520 
pF1KSD IVFLLKRQDFSLVVSTKKVPFFKLSEEFVDPKSHKFVMRLQSETSV
       :::.::  ::::::..::.::. :::::.::::::::.::::::::
NP_001 IVFVLKCLDFSLVVNVKKIPFIILSEEFIDPKSHKFVLRLQSETSV
      480       490       500       510       520    

>>NP_001165882 (OMIM: 182940,600145,610132) vang-like pr  (522 aa)
 initn: 1749 init1: 1319 opt: 2543  Z-score: 2577.0  bits: 486.5 E(85289): 8.5e-137
Smith-Waterman score: 2543; 73.0% identity (90.7% similar) in 525 aa overlap (1-521:1-522)

               10        20         30        40          50       
pF1KSD MDTESQYSGYSYKSGHSRSSRKHRDR-RDRHRSKSRDGGRG-DKSVTIQAP-GEPLLDNE
       ::::: :::::: :.::..:... .: :.::.:     ::: .:::::: : ::::: :.
NP_001 MDTESTYSGYSYYSSHSKKSHRQGERTRERHKSPRNKDGRGSEKSVTIQPPTGEPLLGND
               10        20        30        40        50        60

        60        70        80        90       100       110       
pF1KSD STRGDERDDNWGETTTVVTGTSEHSISHDDLTRIAKDMEDSVPLDCSRHLGVAAGATLAL
       ::: .: :::::::::..:::::::::..:..::.::::::: :::.:.::..... :.:
NP_001 STRTEE-DDNWGETTTAITGTSEHSISQEDIARISKDMEDSVGLDCKRYLGLTVASFLGL
                70        80        90       100       110         

       120       130       140       150       160       170       
pF1KSD LSFLTPLAFLLLPPLLWREELEPCGTACEGLFISVAFKLLILLLGSWALFFRRPKASLPR
       : ::::.::.::::.:::.::::::: :::::::.::::::::.:.::::::. .:..::
NP_001 LVFLTPIAFILLPPILWRDELEPCGTICEGLFISMAFKLLILLIGTWALFFRKRRADMPR
     120       130       140       150       160       170         

       180       190       200       210       220       230       
pF1KSD VFVLRALLMVLVFLLVVSYWLFYGVRILDARERSYQGVVQFAVSLVDALLFVHYLAVVLL
       :::.::::.::.::.::::::::::::::.:.:.:::.::.::::::::::.::::.:::
NP_001 VFVFRALLLVLIFLFVVSYWLFYGVRILDSRDRNYQGIVQYAVSLVDALLFIHYLAIVLL
     180       190       200       210       220       230         

       240       250       260       270       280       290       
pF1KSD ELRQLQPQFTLKVVRSTDGASRFYNVGHLSIQRVAVWILEKYYHDFPVYNPALLNLPKSV
       :::::::.:::.::::::: ::::..:::::::.:. .::.::.:: .::: ::.  :  
NP_001 ELRQLQPMFTLQVVRSTDGESRFYSLGHLSIQRAALVVLENYYKDFTIYNPNLLTASKFR
     240       250       260       270       280       290         

       300       310       320       330       340       350       
pF1KSD LAKKVSGFKVYSLGEENSTNNSTGQSRAVIAAAARRRDNSHNEYYYEEAEHERRVRKRRA
        ::...:.:::..  .. .::.::::::.:::::::::.:::: :::::::::::.::.:
NP_001 AAKHMAGLKVYNV--DGPSNNATGQSRAMIAAAARRRDSSHNELYYEEAEHERRVKKRKA
     300       310         320       330       340       350       

       360       370        380       390       400       410      
pF1KSD RLVVAVEEAFTHIKRLQ-EEEQKNPREVMDPREAAQAIFASMARAMQKYLRTTKQQPYHT
       :::::::::: ::.::: ::.:: : ::::::::::::: :::::.::::: :.:: ::.
NP_001 RLVVAVEEAFIHIQRLQAEEQQKAPGEVMDPREAAQAIFPSMARALQKYLRITRQQNYHS
       360       370       380       390       400       410       

        420       430       440       450       460       470      
pF1KSD MESILQHLEFCITHDMTPKAFLERYLAAGPTIQYHKERWLAKQWTLVSEEPVTNGLKDGI
       :::::::: ::::. :::::::::::.::::.:: :.:::. :: :::.: :::::.:::
NP_001 MESILQHLAFCITNGMTPKAFLERYLSAGPTLQYDKDRWLSTQWRLVSDEAVTNGLRDGI
       420       430       440       450       460       470       

        480       490       500       510       520 
pF1KSD VFLLKRQDFSLVVSTKKVPFFKLSEEFVDPKSHKFVMRLQSETSV
       ::.::  ::::::..::.::. :::::.::::::::.::::::::
NP_001 VFVLKCLDFSLVVNVKKIPFIILSEEFIDPKSHKFVLRLQSETSV
       480       490       500       510       520  

>>XP_011508107 (OMIM: 182940,600533) PREDICTED: vang-lik  (282 aa)
 initn: 1752 init1: 1752 opt: 1752  Z-score: 1781.6  bits: 338.4 E(85289): 1.7e-92
Smith-Waterman score: 1752; 100.0% identity (100.0% similar) in 267 aa overlap (1-267:1-267)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MDTESQYSGYSYKSGHSRSSRKHRDRRDRHRSKSRDGGRGDKSVTIQAPGEPLLDNESTR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MDTESQYSGYSYKSGHSRSSRKHRDRRDRHRSKSRDGGRGDKSVTIQAPGEPLLDNESTR
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD GDERDDNWGETTTVVTGTSEHSISHDDLTRIAKDMEDSVPLDCSRHLGVAAGATLALLSF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GDERDDNWGETTTVVTGTSEHSISHDDLTRIAKDMEDSVPLDCSRHLGVAAGATLALLSF
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD LTPLAFLLLPPLLWREELEPCGTACEGLFISVAFKLLILLLGSWALFFRRPKASLPRVFV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LTPLAFLLLPPLLWREELEPCGTACEGLFISVAFKLLILLLGSWALFFRRPKASLPRVFV
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD LRALLMVLVFLLVVSYWLFYGVRILDARERSYQGVVQFAVSLVDALLFVHYLAVVLLELR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LRALLMVLVFLLVVSYWLFYGVRILDARERSYQGVVQFAVSLVDALLFVHYLAVVLLELR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD QLQPQFTLKVVRSTDGASRFYNVGHLSIQRVAVWILEKYYHDFPVYNPALLNLPKSVLAK
       :::::::::::::::::::::::::::                                 
XP_011 QLQPQFTLKVVRSTDGASRFYNVGHLSPFWEAQLLVSTQSGL                  
              250       260       270       280                    




521 residues in 1 query   sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Thu Nov  3 05:24:55 2016 done: Thu Nov  3 05:24:56 2016
 Total Scan time:  8.030 Total Display time:  0.060

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com