Result of FASTA (ccds) for pF1KSDA1059
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA1059, 1222 aa
  1>>>pF1KSDA1059 1222 - 1222 aa - 1222 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.5198+/-0.00121; mu= 14.0640+/- 0.073
 mean_var=165.9921+/-33.618, 0's: 0 Z-trim(107.6): 23  B-trim: 73 in 1/50
 Lambda= 0.099548
 statistics sampled from 9663 (9672) to 9663 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.634), E-opt: 0.2 (0.297), width:  16
 Scan time:  4.740

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS7558.1 SORCS3 gene_id:22986|Hs108|chr10        (1222) 8185 1188.9       0
CCDS7559.1 SORCS1 gene_id:114815|Hs108|chr10       (1168) 5064 740.7 5.1e-213
CCDS47008.1 SORCS2 gene_id:57537|Hs108|chr4        (1159) 3269 482.9  2e-135
CCDS798.1 SORT1 gene_id:6272|Hs108|chr1            ( 831)  826 131.9 6.6e-30
CCDS55618.1 SORT1 gene_id:6272|Hs108|chr1          ( 694)  772 124.1 1.2e-27
CCDS8436.1 SORL1 gene_id:6653|Hs108|chr11          (2214)  664 109.0 1.4e-22


>>CCDS7558.1 SORCS3 gene_id:22986|Hs108|chr10             (1222 aa)
 initn: 8185 init1: 8185 opt: 8185  Z-score: 6360.0  bits: 1188.9 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 8185; 100.0% identity (100.0% similar) in 1222 aa overlap (1-1222:1-1222)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MEAARTERPAGRPGAPLVRTGLLLLSTWVLAGAEITWDATGGPGRPAAPASRPPALSPLS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 MEAARTERPAGRPGAPLVRTGLLLLSTWVLAGAEITWDATGGPGRPAAPASRPPALSPLS
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD PRAVASQWPEELASARRAAVLGRRAGPELLPQQGGGRGGEMQVEAGGTSPAGERRGRGIP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 PRAVASQWPEELASARRAAVLGRRAGPELLPQQGGGRGGEMQVEAGGTSPAGERRGRGIP
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD APAKLGGARRSRRAQPPITQERGDAWATAPADGSRGSRPLAKGSREEVKAPRAGGSAAED
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 APAKLGGARRSRRAQPPITQERGDAWATAPADGSRGSRPLAKGSREEVKAPRAGGSAAED
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD LRLPSTSFALTGDSAHNQAMVHWSGHNSSVILILTKLYDFNLGSVTESSLWRSTDYGTTY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 LRLPSTSFALTGDSAHNQAMVHWSGHNSSVILILTKLYDFNLGSVTESSLWRSTDYGTTY
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD EKLNDKVGLKTVLSYLYVNPTNKRKIMLLSDPEMESSILISSDEGATYQKYRLTFYIQSL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 EKLNDKVGLKTVLSYLYVNPTNKRKIMLLSDPEMESSILISSDEGATYQKYRLTFYIQSL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD LFHPKQEDWVLAYSLDQKLYSSMDFGRRWQLMHERITPNRFYWSVAGLDKEADLVHMEVR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 LFHPKQEDWVLAYSLDQKLYSSMDFGRRWQLMHERITPNRFYWSVAGLDKEADLVHMEVR
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD TTDGYAHYLTCRIQECAETTRSGPFARSIDISSLVVQDEYIFIQVTTSGRASYYVSYRRE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 TTDGYAHYLTCRIQECAETTRSGPFARSIDISSLVVQDEYIFIQVTTSGRASYYVSYRRE
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD AFAQIKLPKYSLPKDMHIISTDENQVFAAVQEWNQNDTYNLYISDTRGIYFTLAMENIKS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 AFAQIKLPKYSLPKDMHIISTDENQVFAAVQEWNQNDTYNLYISDTRGIYFTLAMENIKS
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD SRGLMGNIIIELYEVAGIKGIFLANKKVDDQVKTYITYNKGRDWRLLQAPDVDLRGSPVH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SRGLMGNIIIELYEVAGIKGIFLANKKVDDQVKTYITYNKGRDWRLLQAPDVDLRGSPVH
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD CLLPFCSLHLHLQLSENPYSSGRISSKETAPGLVVATGNIGPELSYTDIGVFISSDGGNT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 CLLPFCSLHLHLQLSENPYSSGRISSKETAPGLVVATGNIGPELSYTDIGVFISSDGGNT
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD WRQIFDEEYNVWFLDWGGALVAMKHTPLPVRHLWVSFDEGHSWDKYGFTSVPLFVDGALV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 WRQIFDEEYNVWFLDWGGALVAMKHTPLPVRHLWVSFDEGHSWDKYGFTSVPLFVDGALV
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD EAGMETHIMTVFGHFSLRSEWQLVKVDYKSIFSRHCTKEDYQTWHLLNQGEPCVMGERKI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 EAGMETHIMTVFGHFSLRSEWQLVKVDYKSIFSRHCTKEDYQTWHLLNQGEPCVMGERKI
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD FKKRKPGAQCALGRDHSGSVVSEPCVCANWDFECDYGYERHGESQCVPAFWYNPASPSKD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 FKKRKPGAQCALGRDHSGSVVSEPCVCANWDFECDYGYERHGESQCVPAFWYNPASPSKD
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KSD CSLGQSYLNSTGYRRIVSNNCTDGLREKYTAKAQMCPGKAPRGLHVVTTDGRLVAEQGHN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 CSLGQSYLNSTGYRRIVSNNCTDGLREKYTAKAQMCPGKAPRGLHVVTTDGRLVAEQGHN
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KSD ATFIILMEEGDLQRTNIQLDFGDGIAVSYANFSPIEDGIKHVYKSAGIFQVTAYAENNLG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 ATFIILMEEGDLQRTNIQLDFGDGIAVSYANFSPIEDGIKHVYKSAGIFQVTAYAENNLG
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KSD SDTAVLFLHVVCPVEHVHLRVPFVAIRNKEVNISAVVWPSQLGTLTYFWWFGNSTKPLIT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SDTAVLFLHVVCPVEHVHLRVPFVAIRNKEVNISAVVWPSQLGTLTYFWWFGNSTKPLIT
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KSD LDSSISFTFLAEGTDTITVQVAAGNALIQDTKEIAVHEYFQSQLLSFSPNLDYHNPDIPE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 LDSSISFTFLAEGTDTITVQVAAGNALIQDTKEIAVHEYFQSQLLSFSPNLDYHNPDIPE
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KSD WRKDIGNVIKRALVKVTSVPEDQILIAVFPGLPTSAELFILPPKNLTERRKGNEGDLEQI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 WRKDIGNVIKRALVKVTSVPEDQILIAVFPGLPTSAELFILPPKNLTERRKGNEGDLEQI
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KSD VETLFNALNQNLVQFELKPGVQVIVYVTQLTLAPLVDSSAGHSSSAMLMLLSVVFVGLAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VETLFNALNQNLVQFELKPGVQVIVYVTQLTLAPLVDSSAGHSSSAMLMLLSVVFVGLAV
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150      1160      1170      1180      1190      1200
pF1KSD FLIYKFKRKIPWINIYAQVQHDKEQEMIGSVSQSENAPKITLSDFTEPEELLDKELDTRV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 FLIYKFKRKIPWINIYAQVQHDKEQEMIGSVSQSENAPKITLSDFTEPEELLDKELDTRV
             1150      1160      1170      1180      1190      1200

             1210      1220  
pF1KSD IGGIATIANSESTKEIPNCTSV
       ::::::::::::::::::::::
CCDS75 IGGIATIANSESTKEIPNCTSV
             1210      1220  

>>CCDS7559.1 SORCS1 gene_id:114815|Hs108|chr10            (1168 aa)
 initn: 5052 init1: 3031 opt: 5064  Z-score: 3937.8  bits: 740.7 E(32554): 5.1e-213
Smith-Waterman score: 5068; 66.3% identity (85.3% similar) in 1141 aa overlap (12-1150:13-1126)

                10        20        30        40         50        
pF1KSD  MEAARTERPAGRPGAPLVRTGLLLLSTWVLAGAEITWDATGGPGRPAA-PASRPPALSP
                   : .: :. .:::.: .  . :        ::   :.  :.: : . : 
CCDS75 MGKVGAGGGSQARLSALLAGAGLLILCAPGVCG--------GGSCCPSPHPSSAPRSAS-
               10        20        30                40        50  

       60        70        80        90       100       110        
pF1KSD LSPRAVASQWPEELASARRAAVLGRRAGPELLPQQGGGRGGEMQVEAGGTSPAGERRGRG
        .::. . :     : :    .. :   : :.    : :.  .. .: ::       : .
CCDS75 -TPRGFSHQGRPGRAPATPLPLVVR---P-LFSVAPGDRALSLE-RARGT-------GAS
               60        70            80        90                

      120       130       140       150       160       170        
pF1KSD IPAPAKLGGARRSRRAQPPITQERGDAWATAPADGSRGSRPLAKGSREEVKAP-RAGGSA
       . . :. :  :::   :     :::.. . .:    : .     :.::  . : .:    
CCDS75 MAVAARSGRRRRSGADQEK--AERGEGASRSPRGVLRDGGQQEPGTRE--RDPDKATRFR
      100       110         120       130       140         150    

       180       190       200       210       220       230       
pF1KSD AEDLRLPSTSFALTGDSAHNQAMVHWSGHNSSVILILTKLYDFNLGSVTESSLWRSTDYG
        :.::: ::.::::::::::::::::::::::::::::::::.::::.::::::::::::
CCDS75 MEELRLTSTTFALTGDSAHNQAMVHWSGHNSSVILILTKLYDYNLGSITESSLWRSTDYG
          160       170       180       190       200       210    

       240       250       260       270       280       290       
pF1KSD TTYEKLNDKVGLKTVLSYLYVNPTNKRKIMLLSDPEMESSILISSDEGATYQKYRLTFYI
       ::::::::::::::.:::::: ::::::::::.:::.:::.:::::::::::::::.:::
CCDS75 TTYEKLNDKVGLKTILSYLYVCPTNKRKIMLLTDPEIESSLLISSDEGATYQKYRLNFYI
          220       230       240       250       260       270    

       300       310       320       330       340       350       
pF1KSD QSLLFHPKQEDWVLAYSLDQKLYSSMDFGRRWQLMHERITPNRFYWSVAGLDKEADLVHM
       ::::::::::::.:::: ::::::: .:::::::..: ..:::::::: : .:: ::::.
CCDS75 QSLLFHPKQEDWILAYSQDQKLYSSAEFGRRWQLIQEGVVPNRFYWSVMGSNKEPDLVHL
          280       290       300       310       320       330    

       360       370       380       390       400       410       
pF1KSD EVRTTDGYAHYLTCRIQECAETTRSGPFARSIDISSLVVQDEYIFIQVTTSGRASYYVSY
       :.::.::..::::::.:.:.:..:. ::   :: .::.:::.:.:.:.:..::  :::::
CCDS75 EARTVDGHSHYLTCRMQNCTEANRNQPFPGYIDPDSLIVQDHYVFVQLTSGGRPHYYVSY
          340       350       360       370       380       390    

       420       430       440       450       460       470       
pF1KSD RREAFAQIKLPKYSLPKDMHIISTDENQVFAAVQEWNQNDTYNLYISDTRGIYFTLAMEN
       ::.::::.:::::.::::::.::::::::::::::::::::::::::::::.:::::.::
CCDS75 RRNAFAQMKLPKYALPKDMHVISTDENQVFAAVQEWNQNDTYNLYISDTRGVYFTLALEN
          400       410       420       430       440       450    

       480       490       500       510       520       530       
pF1KSD IKSSRGLMGNIIIELYEVAGIKGIFLANKKVDDQVKTYITYNKGRDWRLLQAPDVDLRGS
       ..::::  :::.:.:::::::::.::::::.:.::::.::::::::::::::::.::::.
CCDS75 VQSSRGPEGNIMIDLYEVAGIKGMFLANKKIDNQVKTFITYNKGRDWRLLQAPDTDLRGD
          460       470       480       490       500       510    

       540       550       560       570       580       590       
pF1KSD PVHCLLPFCSLHLHLQLSENPYSSGRISSKETAPGLVVATGNIGPELSYTDIGVFISSDG
       :::::::.:::::::..:::::.:: :.::.:::...::.:::: ::: :::..:.:::.
CCDS75 PVHCLLPYCSLHLHLKVSENPYTSGIIASKDTAPSIIVASGNIGSELSDTDISMFVSSDA
          520       530       540       550       560       570    

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pF1KSD GNTWRQIFDEEYNVWFLDWGGALVAMKHTPLPVRHLWVSFDEGHSWDKYGFTSVPLFVDG
       ::::::::.::..: .:: ::.::::::: ::.::::.:::::.::.::.:::.::::::
CCDS75 GNTWRQIFEEEHSVLYLDQGGVLVAMKHTSLPIRHLWLSFDEGRSWSKYSFTSIPLFVDG
          580       590       600       610       620       630    

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pF1KSD ALVEAGMETHIMTVFGHFSLRSEWQLVKVDYKSIFSRHCTKEDYQTWHLLNQGEPCVMGE
       .: : : :: ::::::::: :::::::::::::::.:.:..:::. :.: .::: :.:: 
CCDS75 VLGEPGEETLIMTVFGHFSHRSEWQLVKVDYKSIFDRRCAEEDYRPWQLHSQGEACIMGA
          640       650       660       670       680       690    

       720       730       740       750       760       770       
pF1KSD RKIFKKRKPGAQCALGRDHSGSVVSEPCVCANWDFECDYGYERHGESQCVPAFWYNPASP
       ..:.::::   .:  :. ..:.. ::::::.. ::.::::::::...::.::::.::.: 
CCDS75 KRIYKKRKSERKCMQGK-YAGAMESEPCVCTEADFDCDYGYERHSNGQCLPAFWFNPSSL
          700       710        720       730       740       750   

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pF1KSD SKDCSLGQSYLNSTGYRRIVSNNCTDGLREKYTAKAQMCPGKAPRGLHVVTTDGRLVAEQ
       :::::::::::::::::..::::::::.::.:::: : :::::::::..::.::.:.:::
CCDS75 SKDCSLGQSYLNSTGYRKVVSNNCTDGVREQYTAKPQKCPGKAPRGLRIVTADGKLTAEQ
           760       770       780       790       800       810   

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pF1KSD GHNATFIILMEEGDLQRTNIQLDFGDGIAVSYANFSPIEDGIKHVYKSAGIFQVTAYAEN
       :::.:... .::::.::: ::.::::::::::.:.: .::::::::...:::.::. ..:
CCDS75 GHNVTLMVQLEEGDVQRTLIQVDFGDGIAVSYVNLSSMEDGIKHVYQNVGIFRVTVQVDN
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pF1KSD NLGSDTAVLFLHVVCPVEHVHLRVPFVAIRNKEVNISAVVWPSQLGTLTYFWWFGNSTKP
       .::::.:::.:::.::.::::: .:::. .::::: .::.::::.::::: ::.::.:.:
CCDS75 SLGSDSAVLYLHVTCPLEHVHLSLPFVTTKNKEVNATAVLWPSQVGTLTYVWWYGNNTEP
           880       890       900       910       920       930   

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pF1KSD LITLDSSISFTFLAEGTDTITVQVAAGNALIQDTKEIAVHEYFQSQLLSFSPNLDYHNPD
       ::::..:::: : .:: .::::::.::::..:::: :::.: :.:  :::::::: .:::
CCDS75 LITLEGSISFRFTSEGMNTITVQVSAGNAILQDTKTIAVYEEFRSLRLSFSPNLDDYNPD
           940       950       960       970       980       990   

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pF1KSD IPEWRKDIGNVIKRALVKVTSVPEDQILIAVFPGLPTSAELFILPPKNLTERRKGNEGDL
       :::::.::: :::..::..:.:: ..::.::.:::::.::::.:: .. . . : .  ::
CCDS75 IPEWRRDIGRVIKKSLVEATGVPGQHILVAVLPGLPTTAELFVLPYQDPAGENKRSTDDL
          1000      1010      1020      1030      1040      1050   

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pF1KSD EQIVETLFNALNQNLVQFELKPGVQVIVYVTQLTLAPLVDSSAGHSSSAMLMLLSVVFVG
       ::: : :...:::: :.:::::::.:.:....:: ::::: .  ::.:::::::::::::
CCDS75 EQISELLIHTLNQNSVHFELKPGVRVLVHAAHLTAAPLVDLTPTHSGSAMLMLLSVVFVG
          1060      1070      1080      1090      1100      1110   

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pF1KSD LAVFLIYKFKRKIPWINIYAQVQHDKEQEMIGSVSQSENAPKITLSDFTEPEELLDKELD
       ::::.::::::..                                               
CCDS75 LAVFVIYKFKRRVALPSPPSPSTQPGDSSLRLQRARHATPPSTPKRGSAGAQYAI     
          1120      1130      1140      1150      1160             

>>CCDS47008.1 SORCS2 gene_id:57537|Hs108|chr4             (1159 aa)
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Smith-Waterman score: 3304; 44.4% identity (72.7% similar) in 1154 aa overlap (39-1176:9-1132)

       10        20        30        40           50        60     
pF1KSD PAGRPGAPLVRTGLLLLSTWVLAGAEITWDATGGPG---RPAAPASRPPALSPLSPRAVA
                                     :. :::   :  .:.. ::   : :::.  
CCDS47                       MAHRGPSRASKGPGPTARAPSPGAPPP---PRSPRSRP
                                     10        20           30     

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pF1KSD SQWPEELASARRAAVLGRRAGPELLPQQGGGRGGEMQVEAGGTSPAGERRGRGIPAPAKL
             : .:  ::  ::  .::  :   :  : . :.     :: .   ::. :.    
CCDS47 LLLLLLLLGACGAA--GR--SPE--P---GRLGPHAQLTRVPRSPPA---GRAEPG----
          40          50               60        70                

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pF1KSD GGARRSRRAQPPITQERGDAWATAPADGSRGSRPLAKGSREEVKAPRAGGSAAEDLRLPS
       ::  :. :.  : .   : . . ::. :  :. : :   : :  :: :: ..  .. : :
CCDS47 GGEDRQARGTEPGAP--GPSPGPAPGPGEDGA-PAAGYRRWERAAPLAGVASRAQVSLIS
      80        90         100        110       120       130      

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pF1KSD TSFALTGDSAHNQAMVHWSGHNSSVILILTKLYDFNLGSVTESSLWRSTDYGTTYEKLND
       :::.: ::..::::::::.:.:::::::::: :  ..:.: :::::::.:.::.: ::. 
CCDS47 TSFVLKGDATHNQAMVHWTGENSSVILILTKYYHADMGKVLESSLWRSSDFGTSYTKLTL
        140       150       160       170       180       190      

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pF1KSD KVGLKTVLSYLYVNPTNKRKIMLLSDP--EMESSILISSDEGATYQKYRLTFYIQSLLFH
       . :. ::.. .:. ::::::..:.:.   . ..:...:.:::::.::  . :....:.::
CCDS47 QPGVTTVIDNFYICPTNKRKVILVSSSLSDRDQSLFLSADEGATFQKQPIPFFVETLIFH
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pF1KSD PKQEDWVLAYSLDQKLYSSMDFGRRWQLMHERITPNRFYWSVAGLDKEADLVHMEVRTTD
       ::.:: ::::. ..::: : :.:..: :..::.: .. .:::.:.: . ::::.:..   
CCDS47 PKEEDKVLAYTKESKLYVSSDLGKKWTLLQERVTKDHVFWSVSGVDADPDLVHVEAQDLG
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pF1KSD GYAHYLTCRIQECAETTRSGPFARSIDISSLVVQDEYIFIQVTTSGRASYYVSYRREAFA
       :  .:.:: :..:.:   ..:::  :: .::.:::.:::...:......:::::::. :.
CCDS47 GDFRYVTCAIHNCSEKMLTAPFAGPIDHGSLTVQDDYIFFKATSANQTKYYVSYRRNEFV
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pF1KSD QIKLPKYSLPKDMHIISTDENQVFAAVQEWNQNDTYNLYISDTRGIYFTLAMENIKSSRG
        .:::::.::::..::::::.:::.::::: : :::::: :: ::. ..:......::: 
CCDS47 LMKLPKYALPKDLQIISTDESQVFVAVQEWYQMDTYNLYQSDPRGVRYALVLQDVRSSRQ
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pF1KSD LMGNIIIELYEVAGIKGIFLANKKVDDQVKTYITYNKGRDWRLLQAPDVDLRGSPVHCLL
          ...:.. :: :.::.::::.:.: .: : :::::::::  :. :..:. :.:..:  
CCDS47 AEESVLIDILEVRGVKGVFLANQKIDGKVMTLITYNKGRDWDYLRPPSMDMNGKPTNCKP
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pF1KSD PFCSLHLHLQLSENPYSSGRISSKETAPGLVVATGNIGPELSYTDIGVFISSDGGNTWRQ
       : : :::::. ..::: :: . .:.:::::....::.: .:      ..:.:: :.::::
CCDS47 PDCHLHLHLRWADNPYVSGTVHTKDTAPGLIMGAGNLGSQLVEYKEEMYITSDCGHTWRQ
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pF1KSD IFDEEYNVWFLDWGGALVAMKHTPLPVRHLWVSFDEGHSWDKYGFTSVPLFVDGALVEAG
       .:.::... .:: ::..::.: : .:.. :  : ::: .:. ..:::. .:::: : : :
CCDS47 VFEEEHHILYLDHGGVIVAIKDTSIPLKILKFSVDEGLTWSTHNFTSTSVFVDGLLSEPG
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pF1KSD METHIMTVFGHFSLRSEWQLVKVDYKSIFSRHCTKEDYQTWHLLN-QGEPCVMGERKIFK
        :: .::::::.:.::.:.:::::..  :::.: .:::..:.: : ::. :.::... :.
CCDS47 DETLVMTVFGHISFRSDWELVKVDFRPSFSRQCGEEDYSSWELSNLQGDRCIMGQQRSFR
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pF1KSD KRKPGAQCALGRDHSGSVVSEPCVCANWDFECDYGYERHGESQ-----CVPAFWYNPASP
       :::  . :  ::. .....:. : : . :: ::::.:: . :.     :   ::.:: ::
CCDS47 KRKSTSWCIKGRSFTSALTSRVCECRDSDFLCDYGFERSSSSESSTNKCSANFWFNPLSP
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pF1KSD SKDCSLGQSYLNSTGYRRIVSNNCTDGLREKYTAKAQMCPGKAPRGLHVVTTDGRLVA-E
         ::.:::.: .: :::..::: :  :.  . .    .::   ::::.: . .:. :: .
CCDS47 PDDCALGQTYTSSLGYRKVVSNVCEGGVDMQQSQVQLQCPLTPPRGLQV-SIQGEAVAVR
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        :... :.. .:.::.  :. :.:.:::. . :.:..   . :.: :.: ::..:.. ::
CCDS47 PGEDVLFVVRQEQGDVLTTKYQVDLGDGFKAMYVNLTLTGEPIRHRYESPGIYRVSVRAE
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pF1KSD NNLGSDTAVLFLHVVCPVEHVHLRV-PFVAIRNKEVNISAVVWPSQLGTLTYFWWFGNST
       :. : : ::::..:  :.. ..:.: : ... :.:::..::. : . .  ...::.:.: 
CCDS47 NTAGHDEAVLFVQVNSPLQALYLEVVPVIGL-NQEVNLTAVLLPLNPNLTVFYWWIGHSL
         860       870       880        890       900       910    

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pF1KSD KPLITLDSSISFTFLAEGTDTITVQVAAGNALIQDTKEIAVHEYFQSQLLSFSPNLDYHN
       .::..::.:..  :   :   .:::.: ::...::.. . : . :: . :.:: .:: .:
CCDS47 QPLLSLDNSVTTRFSDTGDVRVTVQAACGNSVLQDSRVLRVLDQFQVMPLQFSKELDAYN
          920       930       940       950       960       970    

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pF1KSD PDIPEWRKDIGNVIKRALVKVTSVPEDQILIAVFPGLPTSAELFIL--PPKNLTERRKGN
       :. ::::.:.: :. : : : ::::.. .. .: ::::: :.:..:  ::.   .:  ..
CCDS47 PNTPEWREDVGLVVTRLLSKETSVPQELLVTVVKPGLPTLADLYVLLPPPRPTRKRSLSS
          980       990      1000      1010      1020      1030    

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pF1KSD EGDLEQIVETLFNALNQNLVQFELKPGVQVIVYVTQL-TLAPLVDSSAGHSSSAMLMLLS
       .  :  : .    .:: . ..: :. ::.:.: . .  : :  . ...:. . ..:....
CCDS47 DKRLAAIQQ----VLNAQKISFLLRGGVRVLVALRDTGTGAEQLGGGGGYWAVVVLFVIG
         1040          1050      1060      1070      1080      1090

           1140      1150      1160      1170      1180      1190  
pF1KSD VVFVGLAVFLIYKFKRKIPWINIYAQVQHDKEQEMIGSVSQSENAPKITLSDFTEPEELL
       .  .:  .:..:::::: :  ..:::....::::: . ::.::.                
CCDS47 LFAAG--AFILYKFKRKRPGRTVYAQMHNEKEQEMTSPVSHSEDVQGAVQGNHSGVVLSI
               1100      1110      1120      1130      1140        

           1200      1210      1220  
pF1KSD DKELDTRVIGGIATIANSESTKEIPNCTSV
                                     
CCDS47 NSREMHSYLVS                   
     1150                            

>>CCDS798.1 SORT1 gene_id:6272|Hs108|chr1                 (831 aa)
 initn: 387 init1: 168 opt: 826  Z-score: 650.4  bits: 131.9 E(32554): 6.6e-30
Smith-Waterman score: 833; 25.6% identity (59.9% similar) in 703 aa overlap (143-805:55-727)

            120       130       140         150         160        
pF1KSD ERRGRGIPAPAKLGGARRSRRAQPPITQERGDAWA--TAPADGS--RGSRPLAKGSREEV
                                     : .:.  .: : :.  ::.:   ..  :. 
CCDS79 QLLPPSTLSQDRLDAPPPPAAPLPRWSGPIGVSWGLRAAAAGGAFPRGGRWRRSAPGEDE
           30        40        50        60        70        80    

      170       180       190       200       210        220       
pF1KSD KAPRAGGSAAEDLRLPSTSFALTGDSAHNQAMVHWSGHNSSVILILTKLY-DFNLGSVTE
       .  :.   .:   .: ...   . :. .... . : : ...:::.:: ..  . . .  .
CCDS79 ECGRVRDFVA---KLANNTHQHVFDDLRGSVSLSWVGDSTGVILVLTTFHVPLVIMTFGQ
           90          100       110       120       130       140 

       230       240          250       260       270          280 
pF1KSD SSLWRSTDYGTTYEKLNDKVG---LKTVLSYLYVNPTNKRKIMLLSDPEMESS---ILIS
       :.:.:: ::: ... ..: ..   ..: .. . ..: :. :..: ..    :    :. :
CCDS79 SKLYRSEDYGKNFKDITDLINNTFIRTEFG-MAIGPENSGKVVLTAEVSGGSRGGRIFRS
             150       160       170        180       190       200

             290        300       310       320       330       340
pF1KSD SDEGATYQKYRLTFY-IQSLLFHPKQEDWVLAYSLDQKLYSSMDFGRRWQLMHERITPNR
       :: . .. .  : :. . .... :.. :..:: : .. :. : .:: .:. .:. .   .
CCDS79 SDFAKNFVQTDLPFHPLTQMMYSPQNSDYLLALSTENGLWVSKNFGGKWEEIHKAVCLAK
              210       220       230       240       250       260

                     350        360       370       380       390  
pF1KSD -------FYWSVAGLDKEADLVHMEV-RTTDGYAHYLTCRIQECAETTRSGPFARSIDIS
              :. . :. . .:::  .:. ::.:    . :  ..        :  .: .  :
CCDS79 WGSDNTIFFTTYANGSCKADLGALELWRTSDLGKSFKTIGVK----IYSFGLGGRFLFAS
              270       280       290       300           310      

            400       410       420       430       440       450  
pF1KSD SLVVQDEYIFIQVTTSGRASYYVSYRREAFAQIKLPKYSLPKDMHIISTDENQVFAAVQE
        .. .:    :.:.:.         . ..... .::. .  . . :.......::  :.:
CCDS79 VMADKDTTRRIHVSTD---------QGDTWSMAQLPSVGQEQFYSILAANDDMVFMHVDE
        320       330                340       350       360       

            460       470        480       490       500        510
pF1KSD WNQNDTYNLYISDTRGIYFTLAME-NIKSSRGLMGNIIIELYEVAGIKGIFLANK-KVDD
        ...   ... :: ::: .. ... .. .. :  :.   .. .:....:.....  . :.
CCDS79 PGDTGFGTIFTSDDRGIVYSKSLDRHLYTTTG--GET--DFTNVTSLRGVYITSVLSEDN
       370       380       390         400         410       420   

              520       530       540       550       560          
pF1KSD QVKTYITYNKGRDWRLLQAPDVDLRGSPVHCLLPFCSLHLHLQLSENPYSSGRIS--SKE
       ...:.::...:  :  :. :. .   . ..     ::::.: . : .   .  ..  :. 
CCDS79 SIQTMITFDQGGRWTHLRKPENSECDATAKNK-NECSLHIHASYSISQKLNVPMAPLSEP
           430       440       450        460       470       480  

      570       580       590       600       610       620        
pF1KSD TAPGLVVATGNIGPELSYTDIGVFISSDGGNTWRQIFDEEYNVWFLDWGGALVAMKHTPL
       .: :.:.: :..:  .:     :.::.::: .: ....  .   .:: :: .::..:.  
CCDS79 NAVGIVIAHGSVGDAISVMVPDVYISDDGGYSWTKMLEGPHYYTILDSGGIIVAIEHSSR
            490       500       510       520       530       540  

      630       640       650       660       670          680     
pF1KSD PVRHLWVSFDEGHSWDKYGFTSVPLFVDGALVEAGMETHIMTVFGHFS---LRSEWQLVK
       :.  .  : :::. :. : ::  :..  :   : : ..  ....: :.   : :.:    
CCDS79 PINVIKFSTDEGQCWQTYTFTRDPIYFTGLASEPGARSMNISIWG-FTESFLTSQWVSYT
            550       560       570       580        590       600 

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pF1KSD VDYKSIFSRHCTKEDYQTWHLLNQGEP------CVMGERKIFKKRKPGAQCALGRDHSGS
       .:.:.:. :.: ..::  : : .. .:      :..: .. : . . .. :  :::.   
CCDS79 IDFKDILERNCEEKDYTIW-LAHSTDPEDYEDGCILGYKEQFLRLRKSSVCQNGRDYV--
             610       620        630       640       650          

     740         750       760        770       780           790  
pF1KSD VVSEP--CVCANWDFECDYGYER-HGESQCVPAFWYNPASPSKD---CSLG-QSYLNSTG
       :...:  :.:.  :: ::.:: : ...:.::     .:   ..:   :  : . .:...:
CCDS79 VTKQPSICLCSLEDFLCDFGYYRPENDSKCVE----QPELKGHDLEFCLYGREEHLTTNG
      660       670       680       690           700       710    

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pF1KSD YRRIVSNNCTDGLREKYTAKAQMCPGKAPRGLHVVTTDGRLVAEQGHNATFIILMEEGDL
       ::.: ...:  :.                                               
CCDS79 YRKIPGDKCQGGVNPVREVKDLKKKCTSNFLSPEKQNSKSNSVPIILAIVGLMLVTVVAG
          720       730       740       750       760       770    

>>CCDS55618.1 SORT1 gene_id:6272|Hs108|chr1               (694 aa)
 initn: 375 init1: 168 opt: 772  Z-score: 609.6  bits: 124.1 E(32554): 1.2e-27
Smith-Waterman score: 776; 25.7% identity (60.1% similar) in 612 aa overlap (227-805:5-590)

        200       210       220       230       240       250      
pF1KSD NQAMVHWSGHNSSVILILTKLYDFNLGSVTESSLWRSTDYGTTYEKLNDKVGLKTVLSY-
                                     .:.:.:: ::: ... ..: ..   . .  
CCDS55                           MTFGQSKLYRSEDYGKNFKDITDLINNTFIRTEF
                                         10        20        30    

          260       270          280       290        300       310
pF1KSD -LYVNPTNKRKIMLLSDPEMESS---ILISSDEGATYQKYRLTFY-IQSLLFHPKQEDWV
        . ..: :. :..: ..    :    :. ::: . .. .  : :. . .... :.. :..
CCDS55 GMAIGPENSGKVVLTAEVSGGSRGGRIFRSSDFAKNFVQTDLPFHPLTQMMYSPQNSDYL
           40        50        60        70        80        90    

              320       330             340       350        360   
pF1KSD LAYSLDQKLYSSMDFGRRWQLMHERI------TPNRFYWSVAGLDKEADLVHMEV-RTTD
       :: : .. :. : .:: .:. .:. .      . : ..... .  . .::  .:. ::.:
CCDS55 LALSTENGLWVSKNFGGKWEEIHKAVCLAKWGSDNTIFFTTYANGSCTDLGALELWRTSD
          100       110       120       130       140       150    

           370       380       390       400       410       420   
pF1KSD GYAHYLTCRIQECAETTRSGPFARSIDISSLVVQDEYIFIQVTTSGRASYYVSYRREAFA
           . :  ..        :  .: .  : .. .:    :.:.:.         . ....
CCDS55 LGKSFKTIGVK----IYSFGLGGRFLFASVMADKDTTRRIHVSTD---------QGDTWS
          160           170       180       190                200 

           430       440       450       460       470        480  
pF1KSD QIKLPKYSLPKDMHIISTDENQVFAAVQEWNQNDTYNLYISDTRGIYFTLAME-NIKSSR
       . .::. .  . . :.......::  :.: ...   ... :: ::: .. ... .. .. 
CCDS55 MAQLPSVGQEQFYSILAANDDMVFMHVDEPGDTGFGTIFTSDDRGIVYSKSLDRHLYTTT
             210       220       230       240       250       260 

            490       500        510       520       530       540 
pF1KSD GLMGNIIIELYEVAGIKGIFLANK-KVDDQVKTYITYNKGRDWRLLQAPDVDLRGSPVHC
       :  :.   .. .:....:.....  . :....:.::...:  :  :. :. .   . .. 
CCDS55 G--GE--TDFTNVTSLRGVYITSVLSEDNSIQTMITFDQGGRWTHLRKPENSECDATAKN
                 270       280       290       300       310       

             550       560         570       580       590         
pF1KSD LLPFCSLHLHLQLSENPYSSGRIS--SKETAPGLVVATGNIGPELSYTDIGVFISSDGGN
           ::::.: . : .   .  ..  :. .: :.:.: :..:  .:     :.::.::: 
CCDS55 KNE-CSLHIHASYSISQKLNVPMAPLSEPNAVGIVIAHGSVGDAISVMVPDVYISDDGGY
       320        330       340       350       360       370      

     600       610       620       630       640       650         
pF1KSD TWRQIFDEEYNVWFLDWGGALVAMKHTPLPVRHLWVSFDEGHSWDKYGFTSVPLFVDGAL
       .: ....  .   .:: :: .::..:.  :.  .  : :::. :. : ::  :..  :  
CCDS55 SWTKMLEGPHYYTILDSGGIIVAIEHSSRPINVIKFSTDEGQCWQTYTFTRDPIYFTGLA
        380       390       400       410       420       430      

     660       670          680       690       700       710      
pF1KSD VEAGMETHIMTVFGHFS---LRSEWQLVKVDYKSIFSRHCTKEDYQTWHLLNQGEP----
        : : ..  ....: :.   : :.:    .:.:.:. :.: ..::  : : .. .:    
CCDS55 SEPGARSMNISIWG-FTESFLTSQWVSYTIDFKDILERNCEEKDYTIW-LAHSTDPEDYE
        440       450        460       470       480        490    

              720       730       740         750       760        
pF1KSD --CVMGERKIFKKRKPGAQCALGRDHSGSVVSEP--CVCANWDFECDYGYER-HGESQCV
         :..: .. : . . .. :  :::.   :...:  :.:.  :: ::.:: : ...:.::
CCDS55 DGCILGYKEQFLRLRKSSVCQNGRDY--VVTKQPSICLCSLEDFLCDFGYYRPENDSKCV
          500       510       520         530       540       550  

       770       780           790       800       810       820   
pF1KSD PAFWYNPASPSKD---CSLG-QSYLNSTGYRRIVSNNCTDGLREKYTAKAQMCPGKAPRG
            .:   ..:   :  : . .:...:::.: ...:  :.                  
CCDS55 E----QPELKGHDLEFCLYGREEHLTTNGYRKIPGDKCQGGVNPVREVKDLKKKCTSNFL
                560       570       580       590       600        

           830       840       850       860       870       880   
pF1KSD LHVVTTDGRLVAEQGHNATFIILMEEGDLQRTNIQLDFGDGIAVSYANFSPIEDGIKHVY
                                                                   
CCDS55 SPEKQNSKSNSVPIILAIVGLMLVTVVAGVLIVKKYVCGGRFLVHRYSVLQQHAEANGVD
      610       620       630       640       650       660        

>>CCDS8436.1 SORL1 gene_id:6653|Hs108|chr11               (2214 aa)
 initn: 370 init1: 172 opt: 664  Z-score: 519.0  bits: 109.0 E(32554): 1.4e-22
Smith-Waterman score: 1012; 28.1% identity (61.5% similar) in 736 aa overlap (129-817:33-753)

      100       110       120       130       140        150       
pF1KSD GEMQVEAGGTSPAGERRGRGIPAPAKLGGARRSRRAQPPITQERGDAWATA-PADGSRGS
                                     .: . .. :. :.::   . . : .    .
CCDS84 TRSSRRESRLPFLFTLVALLPPGALCEVWTQRLHGGSAPLPQDRGFLVVQGDPRELRLWA
             10        20        30        40        50        60  

       160        170       180       190       200       210      
pF1KSD RPLAKG-SREEVKAPRAGGSAAEDLRLPSTSFALTGDSAHNQAMVHWSGHNSSVILILTK
       :  :.: :: . :  :   ::: . .  ..   .. ...::: .:::.:..:.::. :..
CCDS84 RGDARGASRADEKPLRRKRSAALQPEPIKVYGQVSLNDSHNQMVVHWAGEKSNVIVALAR
             70        80        90       100       110       120  

        220       230       240             250       260       270
pF1KSD LYDFNLGSVTESSLWRSTDYGTTYEKLNDKV--GL----KTVLSYLYVNPTNKRKIMLLS
         .. :.    :... : ::: ...:..::.  ::    ..:.. .: .:..... ....
CCDS84 -DSLALARPKSSDVYVSYDYGKSFKKISDKLNFGLGNRSEAVIAQFYHSPADNKR-YIFA
             130       140       150       160       170        180

              280       290       300       310          320       
pF1KSD DPEMESSILISSDEGATYQKYRLTFYIQSLLFHPKQEDWVLAYSL---DQKLYSSMDFGR
       :   .  . :. :   : : . . :   .::.: :  . .:...    ...:..: :::.
CCDS84 DAYAQY-LWITFDFCNTLQGFSIPFRAADLLLHSKASNLLLGFDRSHPNKQLWKSDDFGQ
               190       200       210       220       230         

       330       340       350       360       370       380       
pF1KSD RWQLMHERITPNRFYWSVAGLDKEADLVHMEVRTTDGYAHYLTCRIQECAETTRSGPFAR
        : ...:..  . : :..   ::  . ...: .  .::.  .  :  .  .. : .  . 
CCDS84 TWIMIQEHV--KSFSWGIDPYDKP-NTIYIERHEPSGYSTVF--RSTDFFQS-RENQEVI
     240         250       260        270         280        290   

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pF1KSD SIDISSLVVQDEYIF----IQVTTSGRAS---YYVSYRREAFAQIKLPKYSLPKDMHIIS
         .. .. ..:.:.:    ...  : . :    .::. :. .   ..      ....: .
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pF1KSD TDENQVFAAVQEWNQNDTYNLYISDTRGIYFTLAMENI--KSSRGLMGNIII--------
       ..:.:::. :.  ..:.  :::::...:. :.:..::.   :  :  .. ..        
CCDS84 ASEDQVFVCVS--HSNNRTNLYISEAEGLKFSLSLENVLYYSPGGAGSDTLVRYFANEPF
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pF1KSD -ELYEVAGIKGIFLA---NKKVDDQ-VKTYITYNKGRDWRLLQAPDVDLRGSPVHCLLPF
        ....: :..:...:   : ..... ... ::..::  :..::::     :  ..: :  
CCDS84 ADFHRVEGLQGVYIATLINGSMNEENMRSVITFDKGGTWEFLQAPAFTGYGEKINCELSQ
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pF1KSD -CSLHLHLQLSENPYSSGR---ISSKETAPGLVVATGNIGPELSYTDIGVFISSDGGNTW
        :::::  .::.    . :   : :::.::::..:::..: .:. .  .:.:::..:  :
CCDS84 GCSLHLAQRLSQLLNLQLRRMPILSKESAPGLIIATGSVGKNLA-SKTNVYISSSAGARW
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       :. .   .: .:  : :: ..:. .  . . .:  : .::..:  . :.  :.:: : :.
CCDS84 REALPGPHYYTWG-DHGGIITAIAQG-METNELKYSTNEGETWKTFIFSEKPVFVYGLLT
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       : : .. ..:.::  . ...: : ...:.  . ..  ::..::. :   .. :. :..:.
CCDS84 EPGEKSTVFTIFGSNKENVHS-WLILQVNATDALGVPCTENDYKLWSPSDERGNECLLGH
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pF1KSD RKIFKKRKPGAQCALGRDHSGSVVSEPCVCANWDFECDYGYERHGESQ---CVP--AFWY
       . .::.: : : :  :.: .  ::   : :.  :.:::.:..   . .   :::   :  
CCDS84 KTVFKRRTPHATCFNGEDFDRPVVVSNCSCTREDYECDFGFKMSEDLSLEVCVPDPEFSG
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pF1KSD NPASPSKDCSLGQSYLNSTGYRRIVSNNCTDG-LREKYTAKAQMCPGKAPRGLHVVTTDG
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CCDS84 KSYSPPVPCPVGSTYRRTRGYRKISGDTCSGGDVEARLEGELVPCPLAEENEFILYAVRK
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CCDS84 SIYRYDLASGATEQLPLTGLRAAVALDFDYEHNCLYWSDLALDVIQRLCLNGSTGQEVII
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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