seq1 = pF1KSDA0965.tfa, 1392 bp
seq2 = pF1KSDA0965/gi568815586f_27197721.tfa (gi568815586f:27197721_27422452), 224732 bp

>pF1KSDA0965 1392
>gi568815586f:27197721_27422452 (Chr12)

1-134  (100001-100134)   100% ->
135-186  (104417-104468)   100% ->
187-309  (110619-110741)   100% ->
310-393  (111394-111477)   100% ->
394-517  (114829-114952)   100% ->
518-672  (116784-116938)   100% ->
673-775  (117295-117397)   100% ->
776-837  (117569-117630)   100% ->
838-955  (119616-119733)   100% ->
956-1079  (120176-120299)   99% ->
1080-1175  (121608-121703)   100% ->
1176-1267  (124423-124514)   100% ->
1268-1392  (124608-124732)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAATGACGGCAGGGACTACAACAACCTTTCCTATGAGCAACCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAATGACGGCAGGGACTACAACAACCTTTCCTATGAGCAACCATAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGGGAAAGAGTGACTGTAGCCAAGCTCACATTGGAGAATTTTTATAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGGGAAAGAGTGACTGTAGCCAAGCTCACATTGGAGAATTTTTATAGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCTAATTTTACAGCATGAAGAGAGAGAAACCAG         GCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100101 ACCTAATTTTACAGCATGAAGAGAGAGAAACCAGGTA...AAGGCAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAATTAGAAGTGGCCATGGAAGAAGAAGGATTAGCAGATGAAGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 104424 AAATTAGAAGTGGCCATGGAAGAAGAAGGATTAGCAGATGAAGAGGTA..

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    187     AAAAAGTTACGTCGATCACAACACGCTCGCAAAGAAACAGAGTTCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104474 .TAGAAAAAGTTACGTCGATCACAACACGCTCGCAAAGAAACAGAGTTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TACGGCTCAAAAGGACCAGACTTGGCTTGGATGACTTTGAGTCTCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110665 TACGGCTCAAAAGGACCAGACTTGGCTTGGATGACTTTGAGTCTCTGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTTATAGGAAGAGGAGCTTTTGGAGAG         GTGCGGTTGGTCCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 110715 GTTATAGGAAGAGGAGCTTTTGGAGAGGTG...TAGGTGCGGTTGGTCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAAGAAAGATACAGGCCATATCTATGCAATGAAGATATTGAGAAAGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111408 GAAGAAAGATACAGGCCATATCTATGCAATGAAGATATTGAGAAAGTCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATATGCTTGAAAAAGAGCAG         GTGGCCCATATCCGAGCAGAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 111458 ATATGCTTGAAAAAGAGCAGGTA...TAGGTGGCCCATATCCGAGCAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AGAGATATTTTGGTAGAAGCAGATGGTGCCTGGGTGGTGAAGATGTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114850 AGAGATATTTTGGTAGAAGCAGATGGTGCCTGGGTGGTGAAGATGTTTTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAGTTTTCAGGATAAGAGGAATCTTTATCTAATCATGGAATTTCTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114900 CAGTTTTCAGGATAAGAGGAATCTTTATCTAATCATGGAATTTCTCCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GAG         GTGACATGATGACATTGCTAATGAAGAAAGACACCTTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114950 GAGGTA...TAGGTGACATGATGACATTGCTAATGAAGAAAGACACCTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ACAGAAGAGGAAACACAGTTCTACATTTCAGAGACTGTTCTGGCAATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116822 ACAGAAGAGGAAACACAGTTCTACATTTCAGAGACTGTTCTGGCAATAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGCGATCCACCAGTTGGGTTTCATCCATCGGGATATTAAGCCAGACAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116872 TGCGATCCACCAGTTGGGTTTCATCCATCGGGATATTAAGCCAGACAACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTTTATTGGATGCCAAG         GGTCATGTAAAATTATCTGATTTT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 116922 TTTTATTGGATGCCAAGGCA...TAGGGTCATGTAAAATTATCTGATTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGTTTATGTACGGGATTAAAGAAAGCTCACAGGACTGAATTTTATAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117319 GGTTTATGTACGGGATTAAAGAAAGCTCACAGGACTGAATTTTATAGAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TCTCACACACAACCCACCAAGTGACTTCT         CATTTCAGAACA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 117369 TCTCACACACAACCCACCAAGTGACTTCTGTA...TAGCATTTCAGAACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGAACTCAAAGAGGAAAGCAGAAACTTGGAAGAAGAACAGGAGACAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117581 TGAACTCAAAGAGGAAAGCAGAAACTTGGAAGAAGAACAGGAGACAACTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838          GCATATTCCACAGTTGGGACACCAGATTACATTGCTCCAGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117631 GTG...TAGGCATATTCCACAGTTGGGACACCAGATTACATTGCTCCAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AGTATTCATGCAGACTGGTTACAACAAATTGTGTGACTGGTGGTCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119657 AGTATTCATGCAGACTGGTTACAACAAATTGTGTGACTGGTGGTCTTTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GAGTGATTATGTATGAAATGCTAATAG         GATATCCACCTTTC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 119707 GAGTGATTATGTATGAAATGCTAATAGGTA...TAGGATATCCACCTTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TGCTCTGAAACACCTCAAGAAACATACAGAAAAGTGATGAACTGGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 120190 TGCTCTGAAACACCTCAAGAAACGTACAGAAAAGTGATGAACTGGAAAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AACTCTGGTATTTCCTCCAGAGGTACCTATATCTGAGAAAGCCAAGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120240 AACTCTGGTATTTCCTCCAGAGGTACCTATATCTGAGAAAGCCAAGGACT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TAATTCTCAG         ATTTTGTATTGATTCTGAAAACAGAATTGGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 120290 TAATTCTCAGGTT...TAGATTTTGTATTGATTCTGAAAACAGAATTGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AATAGTGGAGTAGAAGAAATAAAAGGTCATCCCTTTTTTGAAGGTGTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121639 AATAGTGGAGTAGAAGAAATAAAAGGTCATCCCTTTTTTGAAGGTGTCGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CTGGGAGCACATAAG         GGAAAGGCCAGCAGCAATCCCTATAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 121689 CTGGGAGCACATAAGGTA...TAGGGAAAGGCCAGCAGCAATCCCTATAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 AAATCAAAAGCATTGATGATACTTCAAATTTTGATGACTTCCCTGAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124449 AAATCAAAAGCATTGATGATACTTCAAATTTTGATGACTTCCCTGAATCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GATATTTTACAACCAG         TGCCAAATACCACAGAACCGGACTA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 124499 GATATTTTACAACCAGGTA...TAGTGCCAAATACCACAGAACCGGACTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 CAAATCCAAAGACTGGGTTTTTCTCAATTATACCTATAAAAGGTTTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124633 CAAATCCAAAGACTGGGTTTTTCTCAATTATACCTATAAAAGGTTTGAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 GGTTGACTCAACGTGGCTCTATCCCCACCTACATGAAAGCTGGGAAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124683 GGTTGACTCAACGTGGCTCTATCCCCACCTACATGAAAGCTGGGAAGTTA