Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0941
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0941, 512 aa
1>>>pF1KSDA0941 512 - 512 aa - 512 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6783+/-0.00106; mu= 12.4762+/- 0.064
mean_var=99.0488+/-19.829, 0's: 0 Z-trim(105.7): 55 B-trim: 65 in 2/48
Lambda= 0.128869
statistics sampled from 8529 (8576) to 8529 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.631), E-opt: 0.2 (0.263), width: 16
Scan time: 3.040
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7602.1 RAB11FIP2 gene_id:22841|Hs108|chr10 ( 512) 3363 635.9 3.1e-182
CCDS81512.1 RAB11FIP2 gene_id:22841|Hs108|chr10 ( 532) 2774 526.4 3e-149
CCDS34881.1 RAB11FIP1 gene_id:80223|Hs108|chr8 ( 649) 860 170.6 4.7e-42
CCDS34882.1 RAB11FIP1 gene_id:80223|Hs108|chr8 (1283) 860 170.8 8.4e-42
CCDS1923.1 RAB11FIP5 gene_id:26056|Hs108|chr2 ( 653) 473 98.7 2.1e-20
>>CCDS7602.1 RAB11FIP2 gene_id:22841|Hs108|chr10 (512 aa)
initn: 3363 init1: 3363 opt: 3363 Z-score: 3385.1 bits: 635.9 E(32554): 3.1e-182
Smith-Waterman score: 3363; 100.0% identity (100.0% similar) in 512 aa overlap (1-512:1-512)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MMLSEQAQKWFPTHVQVTVLQAKDLKPKGKSGTNDTYTIIQLGKEKYSTSVAEKTLEPVW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 MMLSEQAQKWFPTHVQVTVLQAKDLKPKGKSGTNDTYTIIQLGKEKYSTSVAEKTLEPVW
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD KEEASFELPGLLIQGSPEKYILFLIVMHRSLVGLDKFLGQVAINLNDIFEDKQRRKTEWF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 KEEASFELPGLLIQGSPEKYILFLIVMHRSLVGLDKFLGQVAINLNDIFEDKQRRKTEWF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD RLESKQGKRIKNRGEIKVNIQFMRNNMTASMFDLSMKDKTRSPFAKLKDKMKGRKNDGTF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 RLESKQGKRIKNRGEIKVNIQFMRNNMTASMFDLSMKDKTRSPFAKLKDKMKGRKNDGTF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SDTSSAIIPSTHMPDANSEFSSGEIQMKSKPKKPFLLGPQRLSSAHSMSDLSGSHMSSEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 SDTSSAIIPSTHMPDANSEFSSGEIQMKSKPKKPFLLGPQRLSSAHSMSDLSGSHMSSEK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LKAGTIGQTHLLGHQLDSFGTVPESGSLKSPHRRTLSFDTSKMNQPDSIVDEGELCFGRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 LKAGTIGQTHLLGHQLDSFGTVPESGSLKSPHRRTLSFDTSKMNQPDSIVDEGELCFGRQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD NDPFTNVTASLPQKFATLPRKKNPFEESSETWDSSMNLFSKPIEIRKENKREKREKVSLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 NDPFTNVTASLPQKFATLPRKKNPFEESSETWDSSMNLFSKPIEIRKENKREKREKVSLF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD ERVTGKKDSRRSDKLNNGGSDSPCDLKSPNAFSENRQDYFDYESTNPFTAKFRASNIMPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 ERVTGKKDSRRSDKLNNGGSDSPCDLKSPNAFSENRQDYFDYESTNPFTAKFRASNIMPS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD SSFHMSPTSNEDLRKIPDSNPFDATAGYRSLTYEEVLQELVKHKELLRRKDTHIRELEDY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 SSFHMSPTSNEDLRKIPDSNPFDATAGYRSLTYEEVLQELVKHKELLRRKDTHIRELEDY
430 440 450 460 470 480
490 500 510
pF1KSD IDNLLVRVMEETPSILRVPYEPSRKAGKFSNS
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 IDNLLVRVMEETPSILRVPYEPSRKAGKFSNS
490 500 510
>>CCDS81512.1 RAB11FIP2 gene_id:22841|Hs108|chr10 (532 aa)
initn: 3344 init1: 2772 opt: 2774 Z-score: 2793.0 bits: 526.4 E(32554): 3e-149
Smith-Waterman score: 3307; 96.1% identity (96.1% similar) in 532 aa overlap (1-512:1-532)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MMLSEQAQKWFPTHVQVTVLQAKDLKPKGKSGTNDTYTIIQLGKEKYSTSVAEKTLEPVW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 MMLSEQAQKWFPTHVQVTVLQAKDLKPKGKSGTNDTYTIIQLGKEKYSTSVAEKTLEPVW
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD KEEASFELPGLLIQGSPEKYILFLIVMHRSLVGLDKFLGQVAINLNDIFEDKQRRKTEWF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 KEEASFELPGLLIQGSPEKYILFLIVMHRSLVGLDKFLGQVAINLNDIFEDKQRRKTEWF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD RLESKQGKRIKNRGEIKVNIQFMRNNMTASMFDLSMKDKTRSPFAKLKDKMKGRKNDGTF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 RLESKQGKRIKNRGEIKVNIQFMRNNMTASMFDLSMKDKTRSPFAKLKDKMKGRKNDGTF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SDTSSAIIPSTHMPDANSEFSSGEIQMKSKPKKPFLLGPQRLSSAHSMSDLSGSHMSSEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 SDTSSAIIPSTHMPDANSEFSSGEIQMKSKPKKPFLLGPQRLSSAHSMSDLSGSHMSSEK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LKAGTIGQTHLLGHQLDSFGTVPESGSLKSPHRRTLSFDTSKMNQPDSIVDEGELCFGRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 LKAGTIGQTHLLGHQLDSFGTVPESGSLKSPHRRTLSFDTSKMNQPDSIVDEGELCFGRQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD NDPFTNVTASLPQKFATLPRKKNPFEESSETWDSSMNLFSKPIEIRKENKREKREKVSLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 NDPFTNVTASLPQKFATLPRKKNPFEESSETWDSSMNLFSKPIEIRKENKREKREKVSLF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD ERVTGKKDSRRSDKLNNGGSDSPCDLKSPNAFSENRQDYFDYESTNPFTAKFRASNIMPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 ERVTGKKDSRRSDKLNNGGSDSPCDLKSPNAFSENRQDYFDYESTNPFTAKFRASNIMPS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460
pF1KSD SS--------------------FHMSPTSNEDLRKIPDSNPFDATAGYRSLTYEEVLQEL
: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 SRNTLLTPAVAEWRGSLRWAELFHMSPTSNEDLRKIPDSNPFDATAGYRSLTYEEVLQEL
430 440 450 460 470 480
470 480 490 500 510
pF1KSD VKHKELLRRKDTHIRELEDYIDNLLVRVMEETPSILRVPYEPSRKAGKFSNS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 VKHKELLRRKDTHIRELEDYIDNLLVRVMEETPSILRVPYEPSRKAGKFSNS
490 500 510 520 530
>>CCDS34881.1 RAB11FIP1 gene_id:80223|Hs108|chr8 (649 aa)
initn: 1062 init1: 562 opt: 860 Z-score: 868.5 bits: 170.6 E(32554): 4.7e-42
Smith-Waterman score: 860; 47.0% identity (70.1% similar) in 345 aa overlap (10-341:15-351)
10 20 30 40 50
pF1KSD MMLSEQAQKWFPTHVQVTVLQAKDLKPKGKSGTNDTYTIIQLGKEKYSTSVAEKT
: :::::::::::. :. :: .::.:.:..::.:::::.:::.:..
CCDS34 MSLMVSAGRGLGAVWSPTHVQVTVLQARGLRAKGPGGTSDAYAVIQVGKEKYATSVSERS
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD L-EPVWKEEASFELPGLLIQGSPEKYILFLIVMHRSLVGLDKFLGQVAINLNDIFEDKQR
: :::.:::.::::.:: .: : : :.::.:.:::::::.. ..: :. .:. :
CCDS34 LGAPVWREEATFELPSLLSSGPAAAATLQLTVLHRALLGLDKFLGRAEVDLRDLHRDQGR
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD RKTEWFRLESKQGKRIKNRGEIKVNIQFMRNNMTASMFDLSMKDKTRSPFAKLKDKMKGR
:::.:..:.:: ::. :.::::.:.::::::::::::::::::::.:.::.:::::.::
CCDS34 RKTQWYKLKSKPGKKDKERGEIEVDIQFMRNNMTASMFDLSMKDKSRNPFGKLKDKIKG-
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD KNDGTFSDTSSAIIPSTHMPDANSEFSSGEIQMKSKPKKPFLLGP---QRLSSAHSMSDL
:: . :::.::::::: :...:. : . :.: : ::. :. ..::: :
CCDS34 KNKDSGSDTASAIIPST-TPSVDSDDESVVKDKKKKSKIKTLLSKSNLQKTPLSQSMSVL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KSD SGSHMSSEKLKAGTIGQTHLLGHQLDSFGTVPESGSLKS--PHRRTLSFDTSKMNQPDSI
:. . :. : . :. : : . ::.: .. :.:: : : ...:: .
CCDS34 PTSKPEKVLLRPGDF-QS-----QWDEDDNEDESSSASDVMSHKRTASTDLKQLNQVNFT
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KSD VDEGE-LCF-G---RQNDPFT--NVTASLPQKFATLPRKKNPFEESSETWDSSMNLFSKP
. . : : : : .:: .. :: . . . :. :. ...:: . . : . : :
CCDS34 LPKKEGLSFLGGLRSKNDVLSRSNVCINGNHVYLEQPEAKGEIKDSSPSSSPSPKGFRKK
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KSD IEIRKENKREKREKVSLFERVTGKKDSRRSDKLNNGGSDSPCDLKSPNAFSENRQDYFDY
CCDS34 HLFSSTENLAAGSWKEPAEGGGLSSDRQLSESSTKDSLKSMTLPSYRPAPLVSGDLRENM
360 370 380 390 400 410
>>CCDS34882.1 RAB11FIP1 gene_id:80223|Hs108|chr8 (1283 aa)
initn: 1062 init1: 562 opt: 860 Z-score: 864.0 bits: 170.8 E(32554): 8.4e-42
Smith-Waterman score: 860; 47.0% identity (70.1% similar) in 345 aa overlap (10-341:15-351)
10 20 30 40 50
pF1KSD MMLSEQAQKWFPTHVQVTVLQAKDLKPKGKSGTNDTYTIIQLGKEKYSTSVAEKT
: :::::::::::. :. :: .::.:.:..::.:::::.:::.:..
CCDS34 MSLMVSAGRGLGAVWSPTHVQVTVLQARGLRAKGPGGTSDAYAVIQVGKEKYATSVSERS
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD L-EPVWKEEASFELPGLLIQGSPEKYILFLIVMHRSLVGLDKFLGQVAINLNDIFEDKQR
: :::.:::.::::.:: .: : : :.::.:.:::::::.. ..: :. .:. :
CCDS34 LGAPVWREEATFELPSLLSSGPAAAATLQLTVLHRALLGLDKFLGRAEVDLRDLHRDQGR
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD RKTEWFRLESKQGKRIKNRGEIKVNIQFMRNNMTASMFDLSMKDKTRSPFAKLKDKMKGR
:::.:..:.:: ::. :.::::.:.::::::::::::::::::::.:.::.:::::.::
CCDS34 RKTQWYKLKSKPGKKDKERGEIEVDIQFMRNNMTASMFDLSMKDKSRNPFGKLKDKIKG-
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD KNDGTFSDTSSAIIPSTHMPDANSEFSSGEIQMKSKPKKPFLLGP---QRLSSAHSMSDL
:: . :::.::::::: :...:. : . :.: : ::. :. ..::: :
CCDS34 KNKDSGSDTASAIIPST-TPSVDSDDESVVKDKKKKSKIKTLLSKSNLQKTPLSQSMSVL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KSD SGSHMSSEKLKAGTIGQTHLLGHQLDSFGTVPESGSLKS--PHRRTLSFDTSKMNQPDSI
:. . :. : . :. : : . ::.: .. :.:: : : ...:: .
CCDS34 PTSKPEKVLLRPGDF-QS-----QWDEDDNEDESSSASDVMSHKRTASTDLKQLNQVNFT
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KSD VDEGE-LCF-G---RQNDPFT--NVTASLPQKFATLPRKKNPFEESSETWDSSMNLFSKP
. . : : : : .:: .. :: . . . :. :. ...:: . . : . : :
CCDS34 LPKKEGLSFLGGLRSKNDVLSRSNVCINGNHVYLEQPEAKGEIKDSSPSSSPSPKGFRKK
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KSD IEIRKENKREKREKVSLFERVTGKKDSRRSDKLNNGGSDSPCDLKSPNAFSENRQDYFDY
CCDS34 HLFSSTENLAAGSWKEPAEGGGLSSDRQLSESSTKDSLKSMTLPSYRPAPLVSGDLRENM
360 370 380 390 400 410
>>CCDS1923.1 RAB11FIP5 gene_id:26056|Hs108|chr2 (653 aa)
initn: 760 init1: 413 opt: 473 Z-score: 479.6 bits: 98.7 E(32554): 2.1e-20
Smith-Waterman score: 687; 42.0% identity (68.5% similar) in 317 aa overlap (9-295:15-328)
10 20 30 40 50
pF1KSD MMLSEQAQKWFPTHVQVTVLQAKDLKPK--GKSGTNDTYTIIQLGKEKYSTSVA
.:.:::::::::.:. :. : : ..:.:.::.::.:.:::::::.
CCDS19 MALVRGAEPAAGPSRWLPTHVQVTVLRARGLRGKSSGAGSTSDAYTVIQVGREKYSTSVV
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90
pF1KSD EKTLE-PVWKEEASFELP-----GLL----IQGSPEKYI--------LFLIVMHRSLVGL
::: : :.:: ::::: ::: ...: . : : .:::::.:.
CCDS19 EKTHGCPEWREECSFELPPGALDGLLRAQEADAGPAPWAASSAAACELVLTTMHRSLIGV
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KSD DKFLGQVAINLNDIFEDKQRRKTEWFRLESKQGKRIKNRGEIKVNIQFMRNNMTASMFDL
::::::... :...: . ..:.:..:.:: ::. :.::::.:.::: :::..::::::
CCDS19 DKFLGQATVALDEVFGAGRAQHTQWYKLHSKPGKKEKERGEIEVTIQFTRNNLSASMFDL
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200
pF1KSD SMKDKTRSPFAKLKDKMKGRKNDGTFSDTSSAIIPSTHM--PDANSEFSSGEIQ---MKS
::::: ::::.:..:::::.:. ...:::.::. . :: .: . :. . ...
CCDS19 SMKDKPRSPFSKIRDKMKGKKKYDL--ESASAILPSSAIEDPDLGSLGKMGKAKGFFLRN
190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KSD KPKKPFLLGPQR-LSSAHSMSDLSGSHMSSEKLKAGTIGQTHLLGHQLDSFGTVPESGSL
: .: : . :.: ..:. ::: .. . : . .. . :.. : . :
CCDS19 KLRKSSLTQSNTSLGSDSTLSSASGS-LAYQGPGAELLTRSPSRSSWLSTEGGRDSAQSP
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KSD KS-PHRRTLSFDTSKMN--QPDSIVD-EGELCFGRQNDPFTNVTASLPQKFATLPRKKNP
: :.:: : ....: : ...: .:.:
CCDS19 KLFTHKRTYSDEANQMRVAPPRALLDLQGHLDAASRSSLCVNGSHIYNEEPQGPVRHRSS
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360 370 380
pF1KSD FEESSETWDSSMNLFSKPIEIRKENKREKREKVSLFERVTGKKDSRRSDKLNNGGSDSPC
CCDS19 ISGSLPSSGSLQAVSSRFSEEGPRSTDDTWPRGSRSNSSSEAVLGQEELSAQAKVLAPGA
360 370 380 390 400 410
512 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 04:20:26 2016 done: Thu Nov 3 04:20:27 2016
Total Scan time: 3.040 Total Display time: 0.030
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]