Result of FASTA (ccds) for pF1KSDA0886
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA0886, 1192 aa
  1>>>pF1KSDA0886 1192 - 1192 aa - 1192 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 15.0084+/-0.00128; mu= -19.4073+/- 0.079
 mean_var=619.2204+/-125.867, 0's: 0 Z-trim(115.1): 32  B-trim: 55 in 1/55
 Lambda= 0.051541
 statistics sampled from 15621 (15644) to 15621 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.746), E-opt: 0.2 (0.481), width:  16
 Scan time:  6.120

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS42684.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2          (1192) 7621 582.5  2e-165
CCDS1852.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2           ( 986) 6195 476.5 1.4e-133
CCDS42683.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2          ( 392) 1413 120.6 7.7e-27
CCDS1851.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2           ( 373) 1298 112.0 2.8e-24
CCDS42685.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2          ( 199) 1174 102.6   1e-21
CCDS9740.1 RTN1 gene_id:6252|Hs108|chr14           ( 776)  922 84.3 1.3e-15
CCDS9741.1 RTN1 gene_id:6252|Hs108|chr14           ( 208)  873 80.2 5.8e-15
CCDS8049.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11          ( 236)  795 74.5 3.5e-13
CCDS41664.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11         ( 255)  793 74.3 4.2e-13
CCDS58142.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11         ( 920)  801 75.3 7.5e-13
CCDS8050.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11          (1013)  801 75.4   8e-13
CCDS58141.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11         (1032)  801 75.4 8.1e-13


>>CCDS42684.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2               (1192 aa)
 initn: 7621 init1: 7621 opt: 7621  Z-score: 3083.4  bits: 582.5 E(32554): 2e-165
Smith-Waterman score: 7621; 100.0% identity (100.0% similar) in 1192 aa overlap (1-1192:1-1192)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MEDLDQSPLVSSSDSPPRPQPAFKYQFVREPEDEEEEEEEEEEDEDEDLEELEVLERKPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 MEDLDQSPLVSSSDSPPRPQPAFKYQFVREPEDEEEEEEEEEEDEDEDLEELEVLERKPA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD AGLSAAPVPTAPAAGAPLMDFGNDFVPPAPRGPLPAAPPVAPERQPSWDPSPVSSTVPAP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 AGLSAAPVPTAPAAGAPLMDFGNDFVPPAPRGPLPAAPPVAPERQPSWDPSPVSSTVPAP
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD SPLSAAAVSPSKLPEDDEPPARPPPPPPASVSPQAEPVWTPPAPAPAAPPSTPAAPKRRG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 SPLSAAAVSPSKLPEDDEPPARPPPPPPASVSPQAEPVWTPPAPAPAAPPSTPAAPKRRG
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD SSGSVDETLFALPAASEPVIRSSAENMDLKEQPGNTISAGQEDFPSVLLETAASLPSLSP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 SSGSVDETLFALPAASEPVIRSSAENMDLKEQPGNTISAGQEDFPSVLLETAASLPSLSP
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD LSAASFKEHEYLGNLSTVLPTEGTLQENVSEASKEVSEKAKTLLIDRDLTEFSELEYSEM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LSAASFKEHEYLGNLSTVLPTEGTLQENVSEASKEVSEKAKTLLIDRDLTEFSELEYSEM
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD GSSFSVSPKAESAVIVANPREEIIVKNKDEEEKLVSNNILHNQQELPTALTKLVKEDEVV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 GSSFSVSPKAESAVIVANPREEIIVKNKDEEEKLVSNNILHNQQELPTALTKLVKEDEVV
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD SSEKAKDSFNEKRVAVEAPMREEYADFKPFERVWEVKDSKEDSDMLAAGGKIESNLESKV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 SSEKAKDSFNEKRVAVEAPMREEYADFKPFERVWEVKDSKEDSDMLAAGGKIESNLESKV
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD DKKCFADSLEQTNHEKDSESSNDDTSFPSTPEGIKDRSGAYITCAPFNPAATESIATNIF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 DKKCFADSLEQTNHEKDSESSNDDTSFPSTPEGIKDRSGAYITCAPFNPAATESIATNIF
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD PLLGDPTSENKTDEKKIEEKKAQIVTEKNTSTKTSNPFLVAAQDSETDYVTTDNLTKVTE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 PLLGDPTSENKTDEKKIEEKKAQIVTEKNTSTKTSNPFLVAAQDSETDYVTTDNLTKVTE
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD EVVANMPEGLTPDLVQEACESELNEVTGTKIAYETKMDLVQTSEVMQESLYPAAQLCPSF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 EVVANMPEGLTPDLVQEACESELNEVTGTKIAYETKMDLVQTSEVMQESLYPAAQLCPSF
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD EESEATPSPVLPDIVMEAPLNSAVPSAGASVIQPSSSPLEASSVNYESIKHEPENPPPYE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 EESEATPSPVLPDIVMEAPLNSAVPSAGASVIQPSSSPLEASSVNYESIKHEPENPPPYE
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD EAMSVSLKKVSGIKEEIKEPENINAALQETEAPYISIACDLIKETKLSAEPAPDFSDYSE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 EAMSVSLKKVSGIKEEIKEPENINAALQETEAPYISIACDLIKETKLSAEPAPDFSDYSE
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD MAKVEQPVPDHSELVEDSSPDSEPVDLFSDDSIPDVPQKQDETVMLVKESLTETSFESMI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 MAKVEQPVPDHSELVEDSSPDSEPVDLFSDDSIPDVPQKQDETVMLVKESLTETSFESMI
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KSD EYENKEKLSALPPEGGKPYLESFKLSLDNTKDTLLPDEVSTLSKKEKIPLQMEELSTAVY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 EYENKEKLSALPPEGGKPYLESFKLSLDNTKDTLLPDEVSTLSKKEKIPLQMEELSTAVY
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KSD SNDDLFISKEAQIRETETFSDSSPIEIIDEFPTLISSKTDSFSKLAREYTDLEVSHKSEI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 SNDDLFISKEAQIRETETFSDSSPIEIIDEFPTLISSKTDSFSKLAREYTDLEVSHKSEI
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KSD ANAPDGAGSLPCTELPHDLSLKNIQPKVEEKISFSDDFSKNGSATSKVLLLPPDVSALAT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 ANAPDGAGSLPCTELPHDLSLKNIQPKVEEKISFSDDFSKNGSATSKVLLLPPDVSALAT
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KSD QAEIESIVKPKVLVKEAEKKLPSDTEKEDRSPSAIFSAELSKTSVVDLLYWRDIKKTGVV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 QAEIESIVKPKVLVKEAEKKLPSDTEKEDRSPSAIFSAELSKTSVVDLLYWRDIKKTGVV
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KSD FGASLFLLLSLTVFSIVSVTAYIALALLSVTISFRIYKGVIQAIQKSDEGHPFRAYLESE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 FGASLFLLLSLTVFSIVSVTAYIALALLSVTISFRIYKGVIQAIQKSDEGHPFRAYLESE
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KSD VAISEELVQKYSNSALGHVNCTIKELRRLFLVDDLVDSLKFAVLMWVFTYVGALFNGLTL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 VAISEELVQKYSNSALGHVNCTIKELRRLFLVDDLVDSLKFAVLMWVFTYVGALFNGLTL
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150      1160      1170      1180      1190  
pF1KSD LILALISLFSVPVIYERHQAQIDHYLGLANKNVKDAMAKIQAKIPGLKRKAE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LILALISLFSVPVIYERHQAQIDHYLGLANKNVKDAMAKIQAKIPGLKRKAE
             1150      1160      1170      1180      1190  

>>CCDS1852.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2                (986 aa)
 initn: 6195 init1: 6195 opt: 6195  Z-score: 2511.5  bits: 476.5 E(32554): 1.4e-133
Smith-Waterman score: 6195; 100.0% identity (100.0% similar) in 986 aa overlap (207-1192:1-986)

        180       190       200       210       220       230      
pF1KSD KRRGSSGSVDETLFALPAASEPVIRSSAENMDLKEQPGNTISAGQEDFPSVLLETAASLP
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18                               MDLKEQPGNTISAGQEDFPSVLLETAASLP
                                             10        20        30

        240       250       260       270       280       290      
pF1KSD SLSPLSAASFKEHEYLGNLSTVLPTEGTLQENVSEASKEVSEKAKTLLIDRDLTEFSELE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 SLSPLSAASFKEHEYLGNLSTVLPTEGTLQENVSEASKEVSEKAKTLLIDRDLTEFSELE
               40        50        60        70        80        90

        300       310       320       330       340       350      
pF1KSD YSEMGSSFSVSPKAESAVIVANPREEIIVKNKDEEEKLVSNNILHNQQELPTALTKLVKE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 YSEMGSSFSVSPKAESAVIVANPREEIIVKNKDEEEKLVSNNILHNQQELPTALTKLVKE
              100       110       120       130       140       150

        360       370       380       390       400       410      
pF1KSD DEVVSSEKAKDSFNEKRVAVEAPMREEYADFKPFERVWEVKDSKEDSDMLAAGGKIESNL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 DEVVSSEKAKDSFNEKRVAVEAPMREEYADFKPFERVWEVKDSKEDSDMLAAGGKIESNL
              160       170       180       190       200       210

        420       430       440       450       460       470      
pF1KSD ESKVDKKCFADSLEQTNHEKDSESSNDDTSFPSTPEGIKDRSGAYITCAPFNPAATESIA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 ESKVDKKCFADSLEQTNHEKDSESSNDDTSFPSTPEGIKDRSGAYITCAPFNPAATESIA
              220       230       240       250       260       270

        480       490       500       510       520       530      
pF1KSD TNIFPLLGDPTSENKTDEKKIEEKKAQIVTEKNTSTKTSNPFLVAAQDSETDYVTTDNLT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 TNIFPLLGDPTSENKTDEKKIEEKKAQIVTEKNTSTKTSNPFLVAAQDSETDYVTTDNLT
              280       290       300       310       320       330

        540       550       560       570       580       590      
pF1KSD KVTEEVVANMPEGLTPDLVQEACESELNEVTGTKIAYETKMDLVQTSEVMQESLYPAAQL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 KVTEEVVANMPEGLTPDLVQEACESELNEVTGTKIAYETKMDLVQTSEVMQESLYPAAQL
              340       350       360       370       380       390

        600       610       620       630       640       650      
pF1KSD CPSFEESEATPSPVLPDIVMEAPLNSAVPSAGASVIQPSSSPLEASSVNYESIKHEPENP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 CPSFEESEATPSPVLPDIVMEAPLNSAVPSAGASVIQPSSSPLEASSVNYESIKHEPENP
              400       410       420       430       440       450

        660       670       680       690       700       710      
pF1KSD PPYEEAMSVSLKKVSGIKEEIKEPENINAALQETEAPYISIACDLIKETKLSAEPAPDFS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 PPYEEAMSVSLKKVSGIKEEIKEPENINAALQETEAPYISIACDLIKETKLSAEPAPDFS
              460       470       480       490       500       510

        720       730       740       750       760       770      
pF1KSD DYSEMAKVEQPVPDHSELVEDSSPDSEPVDLFSDDSIPDVPQKQDETVMLVKESLTETSF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 DYSEMAKVEQPVPDHSELVEDSSPDSEPVDLFSDDSIPDVPQKQDETVMLVKESLTETSF
              520       530       540       550       560       570

        780       790       800       810       820       830      
pF1KSD ESMIEYENKEKLSALPPEGGKPYLESFKLSLDNTKDTLLPDEVSTLSKKEKIPLQMEELS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 ESMIEYENKEKLSALPPEGGKPYLESFKLSLDNTKDTLLPDEVSTLSKKEKIPLQMEELS
              580       590       600       610       620       630

        840       850       860       870       880       890      
pF1KSD TAVYSNDDLFISKEAQIRETETFSDSSPIEIIDEFPTLISSKTDSFSKLAREYTDLEVSH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 TAVYSNDDLFISKEAQIRETETFSDSSPIEIIDEFPTLISSKTDSFSKLAREYTDLEVSH
              640       650       660       670       680       690

        900       910       920       930       940       950      
pF1KSD KSEIANAPDGAGSLPCTELPHDLSLKNIQPKVEEKISFSDDFSKNGSATSKVLLLPPDVS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 KSEIANAPDGAGSLPCTELPHDLSLKNIQPKVEEKISFSDDFSKNGSATSKVLLLPPDVS
              700       710       720       730       740       750

        960       970       980       990      1000      1010      
pF1KSD ALATQAEIESIVKPKVLVKEAEKKLPSDTEKEDRSPSAIFSAELSKTSVVDLLYWRDIKK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 ALATQAEIESIVKPKVLVKEAEKKLPSDTEKEDRSPSAIFSAELSKTSVVDLLYWRDIKK
              760       770       780       790       800       810

       1020      1030      1040      1050      1060      1070      
pF1KSD TGVVFGASLFLLLSLTVFSIVSVTAYIALALLSVTISFRIYKGVIQAIQKSDEGHPFRAY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 TGVVFGASLFLLLSLTVFSIVSVTAYIALALLSVTISFRIYKGVIQAIQKSDEGHPFRAY
              820       830       840       850       860       870

       1080      1090      1100      1110      1120      1130      
pF1KSD LESEVAISEELVQKYSNSALGHVNCTIKELRRLFLVDDLVDSLKFAVLMWVFTYVGALFN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 LESEVAISEELVQKYSNSALGHVNCTIKELRRLFLVDDLVDSLKFAVLMWVFTYVGALFN
              880       890       900       910       920       930

       1140      1150      1160      1170      1180      1190  
pF1KSD GLTLLILALISLFSVPVIYERHQAQIDHYLGLANKNVKDAMAKIQAKIPGLKRKAE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 GLTLLILALISLFSVPVIYERHQAQIDHYLGLANKNVKDAMAKIQAKIPGLKRKAE
              940       950       960       970       980      

>>CCDS42683.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2               (392 aa)
 initn: 1413 init1: 1413 opt: 1413  Z-score: 595.3  bits: 120.6 E(32554): 7.7e-27
Smith-Waterman score: 1413; 100.0% identity (100.0% similar) in 204 aa overlap (1-204:1-204)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MEDLDQSPLVSSSDSPPRPQPAFKYQFVREPEDEEEEEEEEEEDEDEDLEELEVLERKPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 MEDLDQSPLVSSSDSPPRPQPAFKYQFVREPEDEEEEEEEEEEDEDEDLEELEVLERKPA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD AGLSAAPVPTAPAAGAPLMDFGNDFVPPAPRGPLPAAPPVAPERQPSWDPSPVSSTVPAP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 AGLSAAPVPTAPAAGAPLMDFGNDFVPPAPRGPLPAAPPVAPERQPSWDPSPVSSTVPAP
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD SPLSAAAVSPSKLPEDDEPPARPPPPPPASVSPQAEPVWTPPAPAPAAPPSTPAAPKRRG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 SPLSAAAVSPSKLPEDDEPPARPPPPPPASVSPQAEPVWTPPAPAPAAPPSTPAAPKRRG
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD SSGSVDETLFALPAASEPVIRSSAENMDLKEQPGNTISAGQEDFPSVLLETAASLPSLSP
       ::::::::::::::::::::::::                                    
CCDS42 SSGSVDETLFALPAASEPVIRSSAVVDLLYWRDIKKTGVVFGASLFLLLSLTVFSIVSVT
              190       200       210       220       230       240

>--
 initn: 1169 init1: 1169 opt: 1169  Z-score: 497.3  bits: 102.4 E(32554): 2.2e-21
Smith-Waterman score: 1169; 100.0% identity (100.0% similar) in 188 aa overlap (1005-1192:205-392)

          980       990      1000      1010      1020      1030    
pF1KSD KEAEKKLPSDTEKEDRSPSAIFSAELSKTSVVDLLYWRDIKKTGVVFGASLFLLLSLTVF
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 APKRRGSSGSVDETLFALPAASEPVIRSSAVVDLLYWRDIKKTGVVFGASLFLLLSLTVF
          180       190       200       210       220       230    

         1040      1050      1060      1070      1080      1090    
pF1KSD SIVSVTAYIALALLSVTISFRIYKGVIQAIQKSDEGHPFRAYLESEVAISEELVQKYSNS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 SIVSVTAYIALALLSVTISFRIYKGVIQAIQKSDEGHPFRAYLESEVAISEELVQKYSNS
          240       250       260       270       280       290    

         1100      1110      1120      1130      1140      1150    
pF1KSD ALGHVNCTIKELRRLFLVDDLVDSLKFAVLMWVFTYVGALFNGLTLLILALISLFSVPVI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 ALGHVNCTIKELRRLFLVDDLVDSLKFAVLMWVFTYVGALFNGLTLLILALISLFSVPVI
          300       310       320       330       340       350    

         1160      1170      1180      1190  
pF1KSD YERHQAQIDHYLGLANKNVKDAMAKIQAKIPGLKRKAE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 YERHQAQIDHYLGLANKNVKDAMAKIQAKIPGLKRKAE
          360       370       380       390  

>>CCDS1851.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2                (373 aa)
 initn: 1298 init1: 1298 opt: 1298  Z-score: 549.4  bits: 112.0 E(32554): 2.8e-24
Smith-Waterman score: 1298; 100.0% identity (100.0% similar) in 185 aa overlap (1-185:1-185)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MEDLDQSPLVSSSDSPPRPQPAFKYQFVREPEDEEEEEEEEEEDEDEDLEELEVLERKPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 MEDLDQSPLVSSSDSPPRPQPAFKYQFVREPEDEEEEEEEEEEDEDEDLEELEVLERKPA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD AGLSAAPVPTAPAAGAPLMDFGNDFVPPAPRGPLPAAPPVAPERQPSWDPSPVSSTVPAP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 AGLSAAPVPTAPAAGAPLMDFGNDFVPPAPRGPLPAAPPVAPERQPSWDPSPVSSTVPAP
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD SPLSAAAVSPSKLPEDDEPPARPPPPPPASVSPQAEPVWTPPAPAPAAPPSTPAAPKRRG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 SPLSAAAVSPSKLPEDDEPPARPPPPPPASVSPQAEPVWTPPAPAPAAPPSTPAAPKRRG
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD SSGSVDETLFALPAASEPVIRSSAENMDLKEQPGNTISAGQEDFPSVLLETAASLPSLSP
       :::::                                                       
CCDS18 SSGSVVVDLLYWRDIKKTGVVFGASLFLLLSLTVFSIVSVTAYIALALLSVTISFRIYKG
              190       200       210       220       230       240

>--
 initn: 1169 init1: 1169 opt: 1169  Z-score: 497.6  bits: 102.4 E(32554): 2.1e-21
Smith-Waterman score: 1169; 100.0% identity (100.0% similar) in 188 aa overlap (1005-1192:186-373)

          980       990      1000      1010      1020      1030    
pF1KSD KEAEKKLPSDTEKEDRSPSAIFSAELSKTSVVDLLYWRDIKKTGVVFGASLFLLLSLTVF
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 EPVWTPPAPAPAAPPSTPAAPKRRGSSGSVVVDLLYWRDIKKTGVVFGASLFLLLSLTVF
         160       170       180       190       200       210     

         1040      1050      1060      1070      1080      1090    
pF1KSD SIVSVTAYIALALLSVTISFRIYKGVIQAIQKSDEGHPFRAYLESEVAISEELVQKYSNS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 SIVSVTAYIALALLSVTISFRIYKGVIQAIQKSDEGHPFRAYLESEVAISEELVQKYSNS
         220       230       240       250       260       270     

         1100      1110      1120      1130      1140      1150    
pF1KSD ALGHVNCTIKELRRLFLVDDLVDSLKFAVLMWVFTYVGALFNGLTLLILALISLFSVPVI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 ALGHVNCTIKELRRLFLVDDLVDSLKFAVLMWVFTYVGALFNGLTLLILALISLFSVPVI
         280       290       300       310       320       330     

         1160      1170      1180      1190  
pF1KSD YERHQAQIDHYLGLANKNVKDAMAKIQAKIPGLKRKAE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 YERHQAQIDHYLGLANKNVKDAMAKIQAKIPGLKRKAE
         340       350       360       370   

>>CCDS42685.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2               (199 aa)
 initn: 1174 init1: 1174 opt: 1174  Z-score: 503.4  bits: 102.6 E(32554): 1e-21
Smith-Waterman score: 1174; 99.0% identity (99.5% similar) in 191 aa overlap (1002-1192:9-199)

             980       990      1000      1010      1020      1030 
pF1KSD VLVKEAEKKLPSDTEKEDRSPSAIFSAELSKTSVVDLLYWRDIKKTGVVFGASLFLLLSL
                                     : .:::::::::::::::::::::::::::
CCDS42                       MDGQKKNWKDKVVDLLYWRDIKKTGVVFGASLFLLLSL
                                     10        20        30        

            1040      1050      1060      1070      1080      1090 
pF1KSD TVFSIVSVTAYIALALLSVTISFRIYKGVIQAIQKSDEGHPFRAYLESEVAISEELVQKY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 TVFSIVSVTAYIALALLSVTISFRIYKGVIQAIQKSDEGHPFRAYLESEVAISEELVQKY
       40        50        60        70        80        90        

            1100      1110      1120      1130      1140      1150 
pF1KSD SNSALGHVNCTIKELRRLFLVDDLVDSLKFAVLMWVFTYVGALFNGLTLLILALISLFSV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 SNSALGHVNCTIKELRRLFLVDDLVDSLKFAVLMWVFTYVGALFNGLTLLILALISLFSV
      100       110       120       130       140       150        

            1160      1170      1180      1190  
pF1KSD PVIYERHQAQIDHYLGLANKNVKDAMAKIQAKIPGLKRKAE
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 PVIYERHQAQIDHYLGLANKNVKDAMAKIQAKIPGLKRKAE
      160       170       180       190         

>>CCDS9740.1 RTN1 gene_id:6252|Hs108|chr14                (776 aa)
 initn: 1087 init1: 876 opt: 922  Z-score: 393.9  bits: 84.3 E(32554): 1.3e-15
Smith-Waterman score: 941; 33.6% identity (59.7% similar) in 687 aa overlap (569-1192:110-776)

      540       550       560       570       580        590       
pF1KSD TEEVVANMPEGLTPDLVQEACESELNEVTGTKIAYETKMDLVQTSEVMQ-ESLYPAAQLC
                                     . : :  . : .  . ..: :. . . .  
CCDS97 TGVAGVSSAMDHTFSTTSKDGEGSCYTSLISDICYPPQEDSTYFTGILQKENGHVTISES
      80        90       100       110       120       130         

       600       610         620             630       640         
pF1KSD PSFEESEATPSPVLPDI--VMEAPLNSA------VPSAGASVIQPSSSPLE---ASSVNY
       :   :  .::.: :::.  .    : :.      .:. .. : .  ..::.   : . .:
CCDS97 P---EELGTPGPSLPDVPGIESRGLFSSDSGIEMTPAESTEVNKILADPLDQMKAEAYKY
     140          150       160       170       180       190      

              650       660        670         680                 
pF1KSD ------ESIKHEPENPPPYEEA-MSVSLKKVS-GIKEE-IKEPEN--------INAALQE
             : .::. .. :  :.  .. . : .. .:: : ..::..        :.  : :
CCDS97 IDITRPEEVKHQEQHHPELEDKDLDFKNKDTDISIKPEGVREPDKPAPVEGKIIKDHLLE
        200       210       220       230       240       250      

       690       700       710       720       730       740       
pF1KSD --TEAPYISIACDLIKETKLSAEPAPDFSDYSEMAKVEQPVPDHSELVEDSSPDSEPVDL
         : ::::.   :: .: .     ::...   ... .:   :.    .....:... . :
CCDS97 ESTFAPYID---DLSEEQRR----APQITTPVKITLTEIE-PSVETTTQEKTPEKQDICL
        260          270           280        290       300        

        750           760       770        780         790         
pF1KSD F-SDDSIPDV----PQKQDETVMLVKESLTETSF-ESMIE--YENKEKLSALPPEGGKPY
         : :..: :    :. ..   .    : :: :  ::. .    . : ..:.    :  :
CCDS97 KPSPDTVPTVTVSEPEDDSPGSITPPSSGTEPSAAESQGKGSISEDELITAIKEAKGLSY
      310       320       330       340       350       360        

     800       810          820       830       840         850    
pF1KSD LESFKLSLDNTKDT-LLPD--EVSTLSKKEKIPLQMEELSTAVYSNDDL--FISKEAQIR
         .     .: . .  : :  ::.. :    ::  ... .... :.:.   ..:.. .  
CCDS97 ETA-----ENPRPVGQLADRPEVKARSGPPTIPSPLDHEASSAESGDSEIELVSEDPMAA
      370            380       390       400       410       420   

          860       870       880       890       900       910    
pF1KSD ETETFSDSSPIEIIDEFPTLISSKTDSFSKLAREYTDLEVSHKSEIANAPDGAGSLPCTE
       :    :    .  .   :   .: . ..: : ::  . :.. .  : .   ...:    .
CCDS97 EDALPSGYVSFGHVGGPPPSPASPSIQYSIL-REEREAELDSELIIESCDASSASEESPK
           430       440       450        460       470       480  

                920           930       940       950          960 
pF1KSD LPHDL------SLKNIQP----KVEEKISFSDDFSKNGSATSKVLLLP---PDVSALATQ
         .:       .:  :.     ..::.      ... ::  .     :   :..      
CCDS97 REQDSPPMKPSALDAIREETGVRAEERAPSRRGLAEPGSFLDYPSTEPQPGPELPPGDGA
            490       500       510       520       530       540  

             970       980       990            1000      1010     
pF1KSD AEIESIVKPKVLVKEAEKKLPSDTEKEDRSPSAIFSAE------LSKTSVVDLLYWRDIK
        : :. . :.   :  : .  ...    ..:. .  .       :.: ...:::::::::
CCDS97 LEPETPMLPR---KPEEDSSSNQSPAATKGPGPLGPGAPPPLLFLNKQKAIDLLYWRDIK
            550          560       570       580       590         

        1020      1030      1040      1050      1060      1070     
pF1KSD KTGVVFGASLFLLLSLTVFSIVSVTAYIALALLSVTISFRIYKGVIQAIQKSDEGHPFRA
       .::.:::. :.::.::: ::.:::.::.::: ::.::::::::.:.::.::.::::::.:
CCDS97 QTGIVFGSFLLLLFSLTQFSVVSVVAYLALAALSATISFRIYKSVLQAVQKTDEGHPFKA
     600       610       620       630       640       650         

        1080      1090      1100      1110      1120      1130     
pF1KSD YLESEVAISEELVQKYSNSALGHVNCTIKELRRLFLVDDLVDSLKFAVLMWVFTYVGALF
       ::: :...:.: .:::..    .:: :.:::::::::.:::::::::::::..:::::::
CCDS97 YLELEITLSQEQIQKYTDCLQFYVNSTLKELRRLFLVQDLVDSLKFAVLMWLLTYVGALF
     660       670       680       690       700       710         

        1140      1150      1160      1170      1180      1190  
pF1KSD NGLTLLILALISLFSVPVIYERHQAQIDHYLGLANKNVKDAMAKIQAKIPGLKRKAE
       ::::::..:..:.:..::.: .::::::.::::.  ... ..::::::::: ::.::
CCDS97 NGLTLLLMAVVSMFTLPVVYVKHQAQIDQYLGLVRTHINAVVAKIQAKIPGAKRHAE
     720       730       740       750       760       770      

>>CCDS9741.1 RTN1 gene_id:6252|Hs108|chr14                (208 aa)
 initn: 873 init1: 873 opt: 873  Z-score: 382.1  bits: 80.2 E(32554): 5.8e-15
Smith-Waterman score: 873; 67.5% identity (92.1% similar) in 191 aa overlap (1002-1192:18-208)

             980       990      1000      1010      1020      1030 
pF1KSD VLVKEAEKKLPSDTEKEDRSPSAIFSAELSKTSVVDLLYWRDIKKTGVVFGASLFLLLSL
                                     :....:::::::::.::.:::. :.::.::
CCDS97              MQATADSTKMDCVWSNWKSQAIDLLYWRDIKQTGIVFGSFLLLLFSL
                            10        20        30        40       

            1040      1050      1060      1070      1080      1090 
pF1KSD TVFSIVSVTAYIALALLSVTISFRIYKGVIQAIQKSDEGHPFRAYLESEVAISEELVQKY
       : ::.:::.::.::: ::.::::::::.:.::.::.::::::.:::: :...:.: .:::
CCDS97 TQFSVVSVVAYLALAALSATISFRIYKSVLQAVQKTDEGHPFKAYLELEITLSQEQIQKY
        50        60        70        80        90       100       

            1100      1110      1120      1130      1140      1150 
pF1KSD SNSALGHVNCTIKELRRLFLVDDLVDSLKFAVLMWVFTYVGALFNGLTLLILALISLFSV
       ..    .:: :.:::::::::.:::::::::::::..:::::::::::::..:..:.:..
CCDS97 TDCLQFYVNSTLKELRRLFLVQDLVDSLKFAVLMWLLTYVGALFNGLTLLLMAVVSMFTL
       110       120       130       140       150       160       

            1160      1170      1180      1190  
pF1KSD PVIYERHQAQIDHYLGLANKNVKDAMAKIQAKIPGLKRKAE
       ::.: .::::::.::::.  ... ..::::::::: ::.::
CCDS97 PVVYVKHQAQIDQYLGLVRTHINAVVAKIQAKIPGAKRHAE
       170       180       190       200        

>>CCDS8049.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11               (236 aa)
 initn: 809 init1: 778 opt: 795  Z-score: 350.0  bits: 74.5 E(32554): 3.5e-13
Smith-Waterman score: 795; 55.3% identity (84.3% similar) in 217 aa overlap (977-1192:20-236)

        950       960       970       980       990      1000      
pF1KSD KVLLLPPDVSALATQAEIESIVKPKVLVKEAEKKLPSDTEKEDRSPSAIFSAELSKTSVV
                                     :: . :.   .    :.   ..  :. .: 
CCDS80            MAEPSAATQSHSISSSSFGAEPSAPGGGGSPGACPALGTKSCSSSCAVH
                          10        20        30        40         

       1010      1020      1030      1040      1050      1060      
pF1KSD DLLYWRDIKKTGVVFGASLFLLLSLTVFSIVSVTAYIALALLSVTISFRIYKGVIQAIQK
       ::..:::.:::: :::..:..::::..::..::..:. ::::::::::::::.::::.::
CCDS80 DLIFWRDVKKTGFVFGTTLIMLLSLAAFSVISVVSYLILALLSVTISFRIYKSVIQAVQK
      50        60        70        80        90       100         

       1070      1080      1090      1100      1110      1120      
pF1KSD SDEGHPFRAYLESEVAISEELVQKYSNSALGHVNCTIKELRRLFLVDDLVDSLKFAVLMW
       :.:::::.:::. ....: :  ..: :.:. :.: ..: . :::::.:::::::.::.::
CCDS80 SEEGHPFKAYLDVDITLSSEAFHNYMNAAMVHINRALKLIIRLFLVEDLVDSLKLAVFMW
     110       120       130       140       150       160         

       1130      1140      1150      1160      1170      1180      
pF1KSD VFTYVGALFNGLTLLILALISLFSVPVIYERHQAQIDHYLGLANKNVKDAMAKIQAKIPG
       ..:::::.:::.:::::: . .::::..::....:::::.:.:  ..:. . :::::.::
CCDS80 LMTYVGAVFNGITLLILAELLIFSVPIVYEKYKTQIDHYVGIARDQTKSIVEKIQAKLPG
     170       180       190       200       210       220         

        1190  
pF1KSD L-KRKAE
       . :.:::
CCDS80 IAKKKAE
     230      

>>CCDS41664.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11              (255 aa)
 initn: 823 init1: 778 opt: 793  Z-score: 348.8  bits: 74.3 E(32554): 4.2e-13
Smith-Waterman score: 793; 58.4% identity (88.1% similar) in 202 aa overlap (992-1192:58-255)

             970       980       990      1000      1010      1020 
pF1KSD AEIESIVKPKVLVKEAEKKLPSDTEKEDRSPSAIFSAELSKTSVVDLLYWRDIKKTGVVF
                                     : ..::.    ..: ::..:::.:::: ::
CCDS41 GGSPGACPALGTKSCSSSCADSFVSSSSSQPVSLFST----SQVHDLIFWRDVKKTGFVF
        30        40        50        60            70        80   

            1030      1040      1050      1060      1070      1080 
pF1KSD GASLFLLLSLTVFSIVSVTAYIALALLSVTISFRIYKGVIQAIQKSDEGHPFRAYLESEV
       :..:..::::..::..::..:. ::::::::::::::.::::.:::.:::::.:::. ..
CCDS41 GTTLIMLLSLAAFSVISVVSYLILALLSVTISFRIYKSVIQAVQKSEEGHPFKAYLDVDI
            90       100       110       120       130       140   

            1090      1100      1110      1120      1130      1140 
pF1KSD AISEELVQKYSNSALGHVNCTIKELRRLFLVDDLVDSLKFAVLMWVFTYVGALFNGLTLL
       ..: :  ..: :.:. :.: ..: . :::::.:::::::.::.::..:::::.:::.:::
CCDS41 TLSSEAFHNYMNAAMVHINRALKLIIRLFLVEDLVDSLKLAVFMWLMTYVGAVFNGITLL
           150       160       170       180       190       200   

            1150      1160      1170      1180       1190  
pF1KSD ILALISLFSVPVIYERHQAQIDHYLGLANKNVKDAMAKIQAKIPGL-KRKAE
       ::: . .::::..::....:::::.:.:  ..:. . :::::.::. :.:::
CCDS41 ILAELLIFSVPIVYEKYKTQIDHYVGIARDQTKSIVEKIQAKLPGIAKKKAE
           210       220       230       240       250     

>>CCDS58142.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11              (920 aa)
 initn: 819 init1: 784 opt: 801  Z-score: 344.2  bits: 75.3 E(32554): 7.5e-13
Smith-Waterman score: 868; 29.1% identity (56.9% similar) in 907 aa overlap (350-1192:68-920)

     320       330       340       350       360       370         
pF1KSD REEIIVKNKDEEEKLVSNNILHNQQELPTALTKLVKEDEVVSSEKAKDSFN-EKRVAVEA
                                     . : .:. . :::..:: ... . : .. .
CCDS58 GTKSCSSSCAASFPEHPAFLSKKIGQVEEQIDKETKNPNGVSSREAKTALDADDRFTLLT
        40        50        60        70        80        90       

      380         390       400       410       420           430  
pF1KSD PMRE--EYADFKPFERVWEVKDSKEDSDMLAAGGKIESNLESKVDK----KCFADSLEQT
        ..   ::.  . .  .. .. :: ..: .    . :: .:  .::    : : :: ...
CCDS58 AQKPPTEYSKVEGI-YTYSLSPSKVSGDDVIEKDSPESPFEVIIDKAAFDKEFKDSYKES
       100       110        120       130       140       150      

                   440            450       460         470        
pF1KSD NHE-------KDSESSND-----DTSFPSTPEGIKDRSGAYITCAPFNP--AATESIATN
       . .        :.:::.:     :  ::   .       . .    :.   :: : ..  
CCDS58 TDDFGSWSVHTDKESSEDISETNDKLFPLRNKEAGRYPMSALLSRQFSHTNAALEEVSRC
        160       170       180       190       200       210      

      480       490       500       510       520       530        
pF1KSD IFPLLGDPTSENKTDEKKIEEKKAQIVTEKNTSTKTSNPFLVAAQDSETDYVTTDNLTKV
       .  .  . :.:  : .  . . : :    ..  :::.. . ..  .::   :.  . :. 
CCDS58 VNDM-HNFTNEILTWDL-VPQVKQQTDKSSDCITKTTG-LDMSEYNSEIPVVNLKTSTHQ
        220        230        240       250        260       270   

      540       550             560       570             580      
pF1KSD TEEVVANMPEGLTP------DLVQEACESELNEVTGTKI------AYETKMDLVQTSEVM
          : .   .: ::      : .. . ..: : .::  .      . : ..  :: .   
CCDS58 KTPVCSI--DGSTPITKSTGDWAEASLQQE-NAITGKPVPDSLNSTKEFSIKGVQGNMQK
           280         290       300        310       320       330

        590            600       610       620       630       640 
pF1KSD QESLY---PAA--QLCPSFEESEATPSPVLPDIVMEAPLNSAVPSAGASVIQPSSSPLEA
       :..     :..  . : :.  . :: . ::::  ..  ..    . :   :  ..:  :.
CCDS58 QDDTLAELPGSPPEKCDSLGSGVATVKVVLPDDHLKDEMDWQSSALGE--ITEADSSGES
              340       350       360       370         380        

             650          660       670       680       690        
pF1KSD SSVNYESIKHEP---ENPPPYEEAMSVSLKKVSGIKEEIKEPENINAALQETEAPYISIA
       ...  :.:  .    .:    :. .:.    :.  ..:::            : :    .
CCDS58 DDTVIEDITADTSFENNKIQAEKPVSIPSAVVKTGEREIK------------EIP----S
      390       400       410       420                   430      

      700       710       720       730       740       750        
pF1KSD CDLIKETKLSAEPAPDFSDYSEMAKVEQPVPDHSELVEDSSPDSEPVDLFSDDSIPDVPQ
       :.  .: : : .     :: ::.   .:  ::    .   :: ::     . ...::.  
CCDS58 CE--REEKTSKNFEELVSD-SEL---HQDQPD----ILGRSPASEA----ACSKVPDT--
              440        450              460           470        

      760       770       780       790       800       810        
pF1KSD KQDETVMLVKESLTETSFESMIEYENKEKLSALPPEGGKPYLESFKLSLDNTKDTLLPDE
           .: :  :...:.. :. :  :: .  :.. :.     ..  ..::. : .. : . 
CCDS58 ----NVSL--EDVSEVAPEKPITTENPKLPSTVSPN----VFNETEFSLNVTTSAYL-ES
            480         490       500           510       520      

      820       830        840       850            860       870  
pF1KSD VSTLSKKEKIPLQMEELSTA-VYSNDDLFISKEAQ----IRETET-FSDSSPIEIIDEFP
       .   . :.    . :.: .: . . :  ....: .    : :  : :. . :.:.. :  
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