Result of FASTA (omim) for pF1KSDA0636
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA0636, 537 aa
  1>>>pF1KSDA0636 537 - 537 aa - 537 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9795+/-0.000439; mu= 14.5175+/- 0.027
 mean_var=85.0210+/-18.013, 0's: 0 Z-trim(110.8): 156  B-trim: 227 in 1/52
 Lambda= 0.139095
 statistics sampled from 19068 (19249) to 19068 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.593), E-opt: 0.2 (0.226), width:  16
 Scan time:  8.620

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_003900 (OMIM: 604207) copine-3 [Homo sapiens]   ( 537) 3621 737.3 2.8e-212
XP_016869434 (OMIM: 604207) PREDICTED: copine-3 is ( 537) 3621 737.3 2.8e-212
XP_005251150 (OMIM: 604207) PREDICTED: copine-3 is ( 537) 3621 737.3 2.8e-212
NP_690902 (OMIM: 604205) copine-1 isoform a [Homo  ( 537) 2510 514.3 3.6e-145
NP_690905 (OMIM: 604205) copine-1 isoform a [Homo  ( 537) 2510 514.3 3.6e-145
NP_690904 (OMIM: 604205) copine-1 isoform a [Homo  ( 537) 2510 514.3 3.6e-145
NP_690903 (OMIM: 604205) copine-1 isoform a [Homo  ( 537) 2510 514.3 3.6e-145
NP_003906 (OMIM: 604205) copine-1 isoform b [Homo  ( 542) 2510 514.3 3.6e-145
NP_001185792 (OMIM: 604205) copine-1 isoform c [Ho ( 536) 2491 510.5 5.1e-144
NP_689940 (OMIM: 604206) copine-2 [Homo sapiens]   ( 548) 2446 501.5 2.7e-141
NP_570720 (OMIM: 604208) copine-4 isoform 2 [Homo  ( 557) 2035 419.0 1.8e-116
NP_001276041 (OMIM: 604208) copine-4 isoform 1 [Ho ( 575) 2035 419.0 1.9e-116
NP_702907 (OMIM: 604208) copine-4 isoform 1 [Homo  ( 575) 2035 419.0 1.9e-116
XP_016861182 (OMIM: 604208) PREDICTED: copine-4 is ( 575) 2035 419.0 1.9e-116
NP_705900 (OMIM: 605689) copine-7 isoform a [Homo  ( 558) 2027 417.4 5.6e-116
NP_006023 (OMIM: 605688) copine-6 isoform 2 [Homo  ( 557) 1935 399.0  2e-110
XP_005268273 (OMIM: 605688) PREDICTED: copine-6 is ( 557) 1935 399.0  2e-110
NP_001267487 (OMIM: 605688) copine-6 isoform 1 [Ho ( 612) 1935 399.0 2.2e-110
XP_011521302 (OMIM: 605689) PREDICTED: copine-7 is ( 595) 1912 394.4 5.2e-109
XP_016878629 (OMIM: 605689) PREDICTED: copine-7 is ( 599) 1897 391.4 4.2e-108
XP_011510710 (OMIM: 604208) PREDICTED: copine-4 is ( 444) 1722 356.2 1.2e-97
XP_011510709 (OMIM: 604208) PREDICTED: copine-4 is ( 444) 1722 356.2 1.2e-97
XP_011510708 (OMIM: 604208) PREDICTED: copine-4 is ( 444) 1722 356.2 1.2e-97
NP_055242 (OMIM: 605689) copine-7 isoform b [Homo  ( 633) 1696 351.0 6.1e-96
XP_016878628 (OMIM: 605689) PREDICTED: copine-7 is ( 637) 1696 351.0 6.2e-96
XP_011521303 (OMIM: 605689) PREDICTED: copine-7 is ( 527) 1581 327.9 4.7e-89
XP_016878627 (OMIM: 605689) PREDICTED: copine-7 is ( 670) 1581 328.0 5.7e-89
XP_016861183 (OMIM: 604208) PREDICTED: copine-4 is ( 434) 1560 323.7 7.4e-88
NP_065990 (OMIM: 604209) copine-5 isoform a [Homo  ( 593) 1453 302.3 2.8e-81
XP_005249304 (OMIM: 604209) PREDICTED: copine-5 is ( 610) 1441 299.9 1.5e-80
XP_005268274 (OMIM: 605688) PREDICTED: copine-6 is ( 382) 1430 297.5 4.7e-80
XP_011513071 (OMIM: 604209) PREDICTED: copine-5 is ( 653) 1368 285.2 4.1e-76
XP_016866628 (OMIM: 604209) PREDICTED: copine-5 is ( 522) 1356 282.8 1.8e-75
XP_011513073 (OMIM: 604209) PREDICTED: copine-5 is ( 632) 1356 282.8 2.1e-75
XP_011513072 (OMIM: 604209) PREDICTED: copine-5 is ( 632) 1356 282.8 2.1e-75
XP_011513070 (OMIM: 604209) PREDICTED: copine-5 is ( 670) 1356 282.8 2.2e-75
XP_016861184 (OMIM: 604208) PREDICTED: copine-4 is ( 417) 1317 274.9 3.4e-73
XP_011513075 (OMIM: 604209) PREDICTED: copine-5 is ( 473) 1310 273.5   1e-72
XP_016861185 (OMIM: 604208) PREDICTED: copine-4 is ( 306) 1241 259.6   1e-68
XP_011513074 (OMIM: 604209) PREDICTED: copine-5 is ( 543) 1202 251.9 3.8e-66
XP_016878630 (OMIM: 605689) PREDICTED: copine-7 is ( 344) 1116 234.5   4e-61
NP_001300947 (OMIM: 604209) copine-5 isoform c [Ho ( 301)  995 210.2 7.3e-54
XP_011513077 (OMIM: 604209) PREDICTED: copine-5 is ( 361)  910 193.2 1.2e-48
NP_001300949 (OMIM: 604209) copine-5 isoform d [Ho ( 243)  763 163.6 6.4e-40
NP_001300948 (OMIM: 604209) copine-5 isoform d [Ho ( 243)  763 163.6 6.4e-40
NP_001300946 (OMIM: 604209) copine-5 isoform b [Ho ( 140)  406 91.8 1.5e-18
NP_001284703 (OMIM: 600782) synaptotagmin-5 isofor ( 382)  226 55.9 2.5e-07
XP_006723403 (OMIM: 600782) PREDICTED: synaptotagm ( 385)  226 55.9 2.6e-07
NP_001129976 (OMIM: 600104,616040) synaptotagmin-2 ( 419)  222 55.2 4.8e-07
NP_796376 (OMIM: 600104,616040) synaptotagmin-2 [H ( 419)  222 55.2 4.8e-07


>>NP_003900 (OMIM: 604207) copine-3 [Homo sapiens]        (537 aa)
 initn: 3621 init1: 3621 opt: 3621  Z-score: 3932.1  bits: 737.3 E(85289): 2.8e-212
Smith-Waterman score: 3621; 100.0% identity (100.0% similar) in 537 aa overlap (1-537:1-537)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MAAQCVTKVALNVSCANLLDKDIGSKSDPLCVLFLNTSGQQWYEVERTERIKNCLNPQFS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MAAQCVTKVALNVSCANLLDKDIGSKSDPLCVLFLNTSGQQWYEVERTERIKNCLNPQFS
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD KTFIIDYYFEVVQKLKFGVYDIDNKTIELSDDDFLGECECTLGQIVSSKKLTRPLVMKTG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 KTFIIDYYFEVVQKLKFGVYDIDNKTIELSDDDFLGECECTLGQIVSSKKLTRPLVMKTG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD RPAGKGSITISAEEIKDNRVVLFEMEARKLDNKDLFGKSDPYLEFHKQTSDGNWLMVHRT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 RPAGKGSITISAEEIKDNRVVLFEMEARKLDNKDLFGKSDPYLEFHKQTSDGNWLMVHRT
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD EVVKNNLNPVWRPFKISLNSLCYGDMDKTIKVECYDYDNDGSHDLIGTFQTTMTKLKEAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 EVVKNNLNPVWRPFKISLNSLCYGDMDKTIKVECYDYDNDGSHDLIGTFQTTMTKLKEAS
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD RSSPVEFECINEKKRQKKKSYKNSGVISVKQCEITVECTFLDYIMGGCQLNFTVGVDFTG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 RSSPVEFECINEKKRQKKKSYKNSGVISVKQCEITVECTFLDYIMGGCQLNFTVGVDFTG
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD SNGDPRSPDSLHYISPNGVNEYLTALWSVGLVIQDYDADKMFPAFGFGAQIPPQWQVSHE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 SNGDPRSPDSLHYISPNGVNEYLTALWSVGLVIQDYDADKMFPAFGFGAQIPPQWQVSHE
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD FPMNFNPSNPYCNGIQGIVEAYRSCLPQIKLYGPTNFSPIINHVARFAAAATQQQTASQY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 FPMNFNPSNPYCNGIQGIVEAYRSCLPQIKLYGPTNFSPIINHVARFAAAATQQQTASQY
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD FVLLIITDGVITDLDETRQAIVNASRLPMSIIIVGVGGADFSAMEFLDGDGGSLRSPLGE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 FVLLIITDGVITDLDETRQAIVNASRLPMSIIIVGVGGADFSAMEFLDGDGGSLRSPLGE
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       
pF1KSD VAIRDIVQFVPFRQFQNAPKEALAQCVLAEIPQQVVGYFNTYKLLPPKNPATKQQKQ
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 VAIRDIVQFVPFRQFQNAPKEALAQCVLAEIPQQVVGYFNTYKLLPPKNPATKQQKQ
              490       500       510       520       530       

>>XP_016869434 (OMIM: 604207) PREDICTED: copine-3 isofor  (537 aa)
 initn: 3621 init1: 3621 opt: 3621  Z-score: 3932.1  bits: 737.3 E(85289): 2.8e-212
Smith-Waterman score: 3621; 100.0% identity (100.0% similar) in 537 aa overlap (1-537:1-537)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MAAQCVTKVALNVSCANLLDKDIGSKSDPLCVLFLNTSGQQWYEVERTERIKNCLNPQFS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MAAQCVTKVALNVSCANLLDKDIGSKSDPLCVLFLNTSGQQWYEVERTERIKNCLNPQFS
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD KTFIIDYYFEVVQKLKFGVYDIDNKTIELSDDDFLGECECTLGQIVSSKKLTRPLVMKTG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KTFIIDYYFEVVQKLKFGVYDIDNKTIELSDDDFLGECECTLGQIVSSKKLTRPLVMKTG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD RPAGKGSITISAEEIKDNRVVLFEMEARKLDNKDLFGKSDPYLEFHKQTSDGNWLMVHRT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RPAGKGSITISAEEIKDNRVVLFEMEARKLDNKDLFGKSDPYLEFHKQTSDGNWLMVHRT
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD EVVKNNLNPVWRPFKISLNSLCYGDMDKTIKVECYDYDNDGSHDLIGTFQTTMTKLKEAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EVVKNNLNPVWRPFKISLNSLCYGDMDKTIKVECYDYDNDGSHDLIGTFQTTMTKLKEAS
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD RSSPVEFECINEKKRQKKKSYKNSGVISVKQCEITVECTFLDYIMGGCQLNFTVGVDFTG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RSSPVEFECINEKKRQKKKSYKNSGVISVKQCEITVECTFLDYIMGGCQLNFTVGVDFTG
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD SNGDPRSPDSLHYISPNGVNEYLTALWSVGLVIQDYDADKMFPAFGFGAQIPPQWQVSHE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SNGDPRSPDSLHYISPNGVNEYLTALWSVGLVIQDYDADKMFPAFGFGAQIPPQWQVSHE
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD FPMNFNPSNPYCNGIQGIVEAYRSCLPQIKLYGPTNFSPIINHVARFAAAATQQQTASQY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 FPMNFNPSNPYCNGIQGIVEAYRSCLPQIKLYGPTNFSPIINHVARFAAAATQQQTASQY
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD FVLLIITDGVITDLDETRQAIVNASRLPMSIIIVGVGGADFSAMEFLDGDGGSLRSPLGE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 FVLLIITDGVITDLDETRQAIVNASRLPMSIIIVGVGGADFSAMEFLDGDGGSLRSPLGE
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       
pF1KSD VAIRDIVQFVPFRQFQNAPKEALAQCVLAEIPQQVVGYFNTYKLLPPKNPATKQQKQ
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VAIRDIVQFVPFRQFQNAPKEALAQCVLAEIPQQVVGYFNTYKLLPPKNPATKQQKQ
              490       500       510       520       530       

>>XP_005251150 (OMIM: 604207) PREDICTED: copine-3 isofor  (537 aa)
 initn: 3621 init1: 3621 opt: 3621  Z-score: 3932.1  bits: 737.3 E(85289): 2.8e-212
Smith-Waterman score: 3621; 100.0% identity (100.0% similar) in 537 aa overlap (1-537:1-537)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MAAQCVTKVALNVSCANLLDKDIGSKSDPLCVLFLNTSGQQWYEVERTERIKNCLNPQFS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MAAQCVTKVALNVSCANLLDKDIGSKSDPLCVLFLNTSGQQWYEVERTERIKNCLNPQFS
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD KTFIIDYYFEVVQKLKFGVYDIDNKTIELSDDDFLGECECTLGQIVSSKKLTRPLVMKTG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KTFIIDYYFEVVQKLKFGVYDIDNKTIELSDDDFLGECECTLGQIVSSKKLTRPLVMKTG
               70        80        90       100       110       120

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pF1KSD RPAGKGSITISAEEIKDNRVVLFEMEARKLDNKDLFGKSDPYLEFHKQTSDGNWLMVHRT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 RPAGKGSITISAEEIKDNRVVLFEMEARKLDNKDLFGKSDPYLEFHKQTSDGNWLMVHRT
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD EVVKNNLNPVWRPFKISLNSLCYGDMDKTIKVECYDYDNDGSHDLIGTFQTTMTKLKEAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 EVVKNNLNPVWRPFKISLNSLCYGDMDKTIKVECYDYDNDGSHDLIGTFQTTMTKLKEAS
              190       200       210       220       230       240

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pF1KSD RSSPVEFECINEKKRQKKKSYKNSGVISVKQCEITVECTFLDYIMGGCQLNFTVGVDFTG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 RSSPVEFECINEKKRQKKKSYKNSGVISVKQCEITVECTFLDYIMGGCQLNFTVGVDFTG
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pF1KSD SNGDPRSPDSLHYISPNGVNEYLTALWSVGLVIQDYDADKMFPAFGFGAQIPPQWQVSHE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SNGDPRSPDSLHYISPNGVNEYLTALWSVGLVIQDYDADKMFPAFGFGAQIPPQWQVSHE
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pF1KSD FPMNFNPSNPYCNGIQGIVEAYRSCLPQIKLYGPTNFSPIINHVARFAAAATQQQTASQY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 FPMNFNPSNPYCNGIQGIVEAYRSCLPQIKLYGPTNFSPIINHVARFAAAATQQQTASQY
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pF1KSD FVLLIITDGVITDLDETRQAIVNASRLPMSIIIVGVGGADFSAMEFLDGDGGSLRSPLGE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 FVLLIITDGVITDLDETRQAIVNASRLPMSIIIVGVGGADFSAMEFLDGDGGSLRSPLGE
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              490       500       510       520       530       
pF1KSD VAIRDIVQFVPFRQFQNAPKEALAQCVLAEIPQQVVGYFNTYKLLPPKNPATKQQKQ
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VAIRDIVQFVPFRQFQNAPKEALAQCVLAEIPQQVVGYFNTYKLLPPKNPATKQQKQ
              490       500       510       520       530       

>>NP_690902 (OMIM: 604205) copine-1 isoform a [Homo sapi  (537 aa)
 initn: 2495 init1: 1470 opt: 2510  Z-score: 2727.2  bits: 514.3 E(85289): 3.6e-145
Smith-Waterman score: 2510; 65.9% identity (86.9% similar) in 540 aa overlap (3-535:2-536)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MAAQCVTKVALNVSCANLLDKDIGSKSDPLCVLFLNTSGQQWYEVERTERIKNCLNPQFS
         :.::: : :..:: .:.::::::::::::::. ...: .: :. ::::..:: .:.::
NP_690  MAHCVTLVQLSISCDHLIDKDIGSKSDPLCVLLQDVGGGSWAELGRTERVRNCSSPEFS
                10        20        30        40        50         

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pF1KSD KTFIIDYYFEVVQKLKFGVYDIDNKTIELSDDDFLGECECTLGQIVSSKKLTRPLVMKTG
       ::. ..: ::.::::.::.::::::: :: ::::::  ::.:::::::. :: ::..: :
NP_690 KTLQLEYRFETVQKLRFGIYDIDNKTPELRDDDFLGGAECSLGQIVSSQVLTLPLMLKPG
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pF1KSD RPAGKGSITISAEEIKDNRVVLFEMEARKLDNKDLFGKSDPYLEFHKQTSDGNWLMVHRT
       .:::.:.::.::.:.:::::: .:.:::.::.::..:::::.::: .: .::.: .:.:.
NP_690 KPAGRGTITVSAQELKDNRVVTMEVEARNLDKKDFLGKSDPFLEFFRQ-GDGKWHLVYRS
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pF1KSD EVVKNNLNPVWRPFKISLNSLCYGDMDKTIKVECYDYDNDGSHDLIGTFQTTMTKLKEAS
       ::.::::::.:. :.. .. .: :. .  :.:.: :::.::::::::::.:....:.   
NP_690 EVIKNNLNPTWKRFSVPVQHFCGGNPSTPIQVQCSDYDSDGSHDLIGTFHTSLAQLQ---
      180       190       200       210       220       230        

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD RSSPVEFECINEKKRQKKKSYKNSGVISVKQCEITVECTFLDYIMGGCQLNFTVGVDFTG
        . :.:::::. .:.::::::::::.: :: :.. .: .::::.:::::.::::::::::
NP_690 -AVPAEFECIHPEKQQKKKSYKNSGTIRVKICRVETEYSFLDYVMGGCQINFTVGVDFTG
          240       250       260       270       280       290    

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD SNGDPRSPDSLHYISPNGVNEYLTALWSVGLVIQDYDADKMFPAFGFGAQIPPQWQVSHE
       ::::: :::::::.::.:::::: :::::: :.::::.::.:::::::::.::.::::::
NP_690 SNGDPSSPDSLHYLSPTGVNEYLMALWSVGSVVQDYDSDKLFPAFGFGAQVPPDWQVSHE
          300       310       320       330       340       350    

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pF1KSD FPMNFNPSNPYCNGIQGIVEAYRSCLPQIKLYGPTNFSPIINHVARFAAAATQQQTASQY
       : .::::::::: ::::::.:::. :::..:::::::.::::::::::: :..: :::::
NP_690 FALNFNPSNPYCAGIQGIVDAYRQALPQVRLYGPTNFAPIINHVARFAAQAAHQGTASQY
          360       370       380       390       400       410    

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pF1KSD FVLLIITDGVITDLDETRQAIVNASRLPMSIIIVGVGGADFSAMEFLDGDGGSLRSPLGE
       :.::..:::..::.. ::.:.: :: ::::.:::::::::: ::: ::.::: :..  :.
NP_690 FMLLLLTDGAVTDVEATREAVVRASNLPMSVIIVGVGGADFEAMEQLDADGGPLHTRSGQ
          420       430       440       450       460       470    

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pF1KSD VAIRDIVQFVPFRQFQNAPKEALAQCVLAEIPQQVVGYFNTY-----KLLPP--KNPATK
       .: ::::::::.:.:::::.::::: ::::.: :.:.:: .      : :::  :.::  
NP_690 AAARDIVQFVPYRRFQNAPREALAQTVLAEVPTQLVSYFRAQGWAPLKPLPPSAKDPAQA
          480       490       500       510       520       530    

           
pF1KSD QQKQ
        :  
NP_690 PQA 
           

>>NP_690905 (OMIM: 604205) copine-1 isoform a [Homo sapi  (537 aa)
 initn: 2495 init1: 1470 opt: 2510  Z-score: 2727.2  bits: 514.3 E(85289): 3.6e-145
Smith-Waterman score: 2510; 65.9% identity (86.9% similar) in 540 aa overlap (3-535:2-536)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MAAQCVTKVALNVSCANLLDKDIGSKSDPLCVLFLNTSGQQWYEVERTERIKNCLNPQFS
         :.::: : :..:: .:.::::::::::::::. ...: .: :. ::::..:: .:.::
NP_690  MAHCVTLVQLSISCDHLIDKDIGSKSDPLCVLLQDVGGGSWAELGRTERVRNCSSPEFS
                10        20        30        40        50         

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD KTFIIDYYFEVVQKLKFGVYDIDNKTIELSDDDFLGECECTLGQIVSSKKLTRPLVMKTG
       ::. ..: ::.::::.::.::::::: :: ::::::  ::.:::::::. :: ::..: :
NP_690 KTLQLEYRFETVQKLRFGIYDIDNKTPELRDDDFLGGAECSLGQIVSSQVLTLPLMLKPG
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pF1KSD RPAGKGSITISAEEIKDNRVVLFEMEARKLDNKDLFGKSDPYLEFHKQTSDGNWLMVHRT
       .:::.:.::.::.:.:::::: .:.:::.::.::..:::::.::: .: .::.: .:.:.
NP_690 KPAGRGTITVSAQELKDNRVVTMEVEARNLDKKDFLGKSDPFLEFFRQ-GDGKWHLVYRS
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pF1KSD EVVKNNLNPVWRPFKISLNSLCYGDMDKTIKVECYDYDNDGSHDLIGTFQTTMTKLKEAS
       ::.::::::.:. :.. .. .: :. .  :.:.: :::.::::::::::.:....:.   
NP_690 EVIKNNLNPTWKRFSVPVQHFCGGNPSTPIQVQCSDYDSDGSHDLIGTFHTSLAQLQ---
      180       190       200       210       220       230        

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD RSSPVEFECINEKKRQKKKSYKNSGVISVKQCEITVECTFLDYIMGGCQLNFTVGVDFTG
        . :.:::::. .:.::::::::::.: :: :.. .: .::::.:::::.::::::::::
NP_690 -AVPAEFECIHPEKQQKKKSYKNSGTIRVKICRVETEYSFLDYVMGGCQINFTVGVDFTG
          240       250       260       270       280       290    

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pF1KSD SNGDPRSPDSLHYISPNGVNEYLTALWSVGLVIQDYDADKMFPAFGFGAQIPPQWQVSHE
       ::::: :::::::.::.:::::: :::::: :.::::.::.:::::::::.::.::::::
NP_690 SNGDPSSPDSLHYLSPTGVNEYLMALWSVGSVVQDYDSDKLFPAFGFGAQVPPDWQVSHE
          300       310       320       330       340       350    

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pF1KSD FPMNFNPSNPYCNGIQGIVEAYRSCLPQIKLYGPTNFSPIINHVARFAAAATQQQTASQY
       : .::::::::: ::::::.:::. :::..:::::::.::::::::::: :..: :::::
NP_690 FALNFNPSNPYCAGIQGIVDAYRQALPQVRLYGPTNFAPIINHVARFAAQAAHQGTASQY
          360       370       380       390       400       410    

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pF1KSD FVLLIITDGVITDLDETRQAIVNASRLPMSIIIVGVGGADFSAMEFLDGDGGSLRSPLGE
       :.::..:::..::.. ::.:.: :: ::::.:::::::::: ::: ::.::: :..  :.
NP_690 FMLLLLTDGAVTDVEATREAVVRASNLPMSVIIVGVGGADFEAMEQLDADGGPLHTRSGQ
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pF1KSD VAIRDIVQFVPFRQFQNAPKEALAQCVLAEIPQQVVGYFNTY-----KLLPP--KNPATK
       .: ::::::::.:.:::::.::::: ::::.: :.:.:: .      : :::  :.::  
NP_690 AAARDIVQFVPYRRFQNAPREALAQTVLAEVPTQLVSYFRAQGWAPLKPLPPSAKDPAQA
          480       490       500       510       520       530    

           
pF1KSD QQKQ
        :  
NP_690 PQA 
           

>>NP_690904 (OMIM: 604205) copine-1 isoform a [Homo sapi  (537 aa)
 initn: 2495 init1: 1470 opt: 2510  Z-score: 2727.2  bits: 514.3 E(85289): 3.6e-145
Smith-Waterman score: 2510; 65.9% identity (86.9% similar) in 540 aa overlap (3-535:2-536)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MAAQCVTKVALNVSCANLLDKDIGSKSDPLCVLFLNTSGQQWYEVERTERIKNCLNPQFS
         :.::: : :..:: .:.::::::::::::::. ...: .: :. ::::..:: .:.::
NP_690  MAHCVTLVQLSISCDHLIDKDIGSKSDPLCVLLQDVGGGSWAELGRTERVRNCSSPEFS
                10        20        30        40        50         

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD KTFIIDYYFEVVQKLKFGVYDIDNKTIELSDDDFLGECECTLGQIVSSKKLTRPLVMKTG
       ::. ..: ::.::::.::.::::::: :: ::::::  ::.:::::::. :: ::..: :
NP_690 KTLQLEYRFETVQKLRFGIYDIDNKTPELRDDDFLGGAECSLGQIVSSQVLTLPLMLKPG
      60        70        80        90       100       110         

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD RPAGKGSITISAEEIKDNRVVLFEMEARKLDNKDLFGKSDPYLEFHKQTSDGNWLMVHRT
       .:::.:.::.::.:.:::::: .:.:::.::.::..:::::.::: .: .::.: .:.:.
NP_690 KPAGRGTITVSAQELKDNRVVTMEVEARNLDKKDFLGKSDPFLEFFRQ-GDGKWHLVYRS
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pF1KSD EVVKNNLNPVWRPFKISLNSLCYGDMDKTIKVECYDYDNDGSHDLIGTFQTTMTKLKEAS
       ::.::::::.:. :.. .. .: :. .  :.:.: :::.::::::::::.:....:.   
NP_690 EVIKNNLNPTWKRFSVPVQHFCGGNPSTPIQVQCSDYDSDGSHDLIGTFHTSLAQLQ---
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pF1KSD RSSPVEFECINEKKRQKKKSYKNSGVISVKQCEITVECTFLDYIMGGCQLNFTVGVDFTG
        . :.:::::. .:.::::::::::.: :: :.. .: .::::.:::::.::::::::::
NP_690 -AVPAEFECIHPEKQQKKKSYKNSGTIRVKICRVETEYSFLDYVMGGCQINFTVGVDFTG
          240       250       260       270       280       290    

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD SNGDPRSPDSLHYISPNGVNEYLTALWSVGLVIQDYDADKMFPAFGFGAQIPPQWQVSHE
       ::::: :::::::.::.:::::: :::::: :.::::.::.:::::::::.::.::::::
NP_690 SNGDPSSPDSLHYLSPTGVNEYLMALWSVGSVVQDYDSDKLFPAFGFGAQVPPDWQVSHE
          300       310       320       330       340       350    

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD FPMNFNPSNPYCNGIQGIVEAYRSCLPQIKLYGPTNFSPIINHVARFAAAATQQQTASQY
       : .::::::::: ::::::.:::. :::..:::::::.::::::::::: :..: :::::
NP_690 FALNFNPSNPYCAGIQGIVDAYRQALPQVRLYGPTNFAPIINHVARFAAQAAHQGTASQY
          360       370       380       390       400       410    

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pF1KSD FVLLIITDGVITDLDETRQAIVNASRLPMSIIIVGVGGADFSAMEFLDGDGGSLRSPLGE
       :.::..:::..::.. ::.:.: :: ::::.:::::::::: ::: ::.::: :..  :.
NP_690 FMLLLLTDGAVTDVEATREAVVRASNLPMSVIIVGVGGADFEAMEQLDADGGPLHTRSGQ
          420       430       440       450       460       470    

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pF1KSD VAIRDIVQFVPFRQFQNAPKEALAQCVLAEIPQQVVGYFNTY-----KLLPP--KNPATK
       .: ::::::::.:.:::::.::::: ::::.: :.:.:: .      : :::  :.::  
NP_690 AAARDIVQFVPYRRFQNAPREALAQTVLAEVPTQLVSYFRAQGWAPLKPLPPSAKDPAQA
          480       490       500       510       520       530    

           
pF1KSD QQKQ
        :  
NP_690 PQA 
           

>>NP_690903 (OMIM: 604205) copine-1 isoform a [Homo sapi  (537 aa)
 initn: 2495 init1: 1470 opt: 2510  Z-score: 2727.2  bits: 514.3 E(85289): 3.6e-145
Smith-Waterman score: 2510; 65.9% identity (86.9% similar) in 540 aa overlap (3-535:2-536)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MAAQCVTKVALNVSCANLLDKDIGSKSDPLCVLFLNTSGQQWYEVERTERIKNCLNPQFS
         :.::: : :..:: .:.::::::::::::::. ...: .: :. ::::..:: .:.::
NP_690  MAHCVTLVQLSISCDHLIDKDIGSKSDPLCVLLQDVGGGSWAELGRTERVRNCSSPEFS
                10        20        30        40        50         

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD KTFIIDYYFEVVQKLKFGVYDIDNKTIELSDDDFLGECECTLGQIVSSKKLTRPLVMKTG
       ::. ..: ::.::::.::.::::::: :: ::::::  ::.:::::::. :: ::..: :
NP_690 KTLQLEYRFETVQKLRFGIYDIDNKTPELRDDDFLGGAECSLGQIVSSQVLTLPLMLKPG
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pF1KSD RPAGKGSITISAEEIKDNRVVLFEMEARKLDNKDLFGKSDPYLEFHKQTSDGNWLMVHRT
       .:::.:.::.::.:.:::::: .:.:::.::.::..:::::.::: .: .::.: .:.:.
NP_690 KPAGRGTITVSAQELKDNRVVTMEVEARNLDKKDFLGKSDPFLEFFRQ-GDGKWHLVYRS
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pF1KSD EVVKNNLNPVWRPFKISLNSLCYGDMDKTIKVECYDYDNDGSHDLIGTFQTTMTKLKEAS
       ::.::::::.:. :.. .. .: :. .  :.:.: :::.::::::::::.:....:.   
NP_690 EVIKNNLNPTWKRFSVPVQHFCGGNPSTPIQVQCSDYDSDGSHDLIGTFHTSLAQLQ---
      180       190       200       210       220       230        

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pF1KSD RSSPVEFECINEKKRQKKKSYKNSGVISVKQCEITVECTFLDYIMGGCQLNFTVGVDFTG
        . :.:::::. .:.::::::::::.: :: :.. .: .::::.:::::.::::::::::
NP_690 -AVPAEFECIHPEKQQKKKSYKNSGTIRVKICRVETEYSFLDYVMGGCQINFTVGVDFTG
          240       250       260       270       280       290    

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pF1KSD SNGDPRSPDSLHYISPNGVNEYLTALWSVGLVIQDYDADKMFPAFGFGAQIPPQWQVSHE
       ::::: :::::::.::.:::::: :::::: :.::::.::.:::::::::.::.::::::
NP_690 SNGDPSSPDSLHYLSPTGVNEYLMALWSVGSVVQDYDSDKLFPAFGFGAQVPPDWQVSHE
          300       310       320       330       340       350    

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pF1KSD FPMNFNPSNPYCNGIQGIVEAYRSCLPQIKLYGPTNFSPIINHVARFAAAATQQQTASQY
       : .::::::::: ::::::.:::. :::..:::::::.::::::::::: :..: :::::
NP_690 FALNFNPSNPYCAGIQGIVDAYRQALPQVRLYGPTNFAPIINHVARFAAQAAHQGTASQY
          360       370       380       390       400       410    

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pF1KSD FVLLIITDGVITDLDETRQAIVNASRLPMSIIIVGVGGADFSAMEFLDGDGGSLRSPLGE
       :.::..:::..::.. ::.:.: :: ::::.:::::::::: ::: ::.::: :..  :.
NP_690 FMLLLLTDGAVTDVEATREAVVRASNLPMSVIIVGVGGADFEAMEQLDADGGPLHTRSGQ
          420       430       440       450       460       470    

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pF1KSD VAIRDIVQFVPFRQFQNAPKEALAQCVLAEIPQQVVGYFNTY-----KLLPP--KNPATK
       .: ::::::::.:.:::::.::::: ::::.: :.:.:: .      : :::  :.::  
NP_690 AAARDIVQFVPYRRFQNAPREALAQTVLAEVPTQLVSYFRAQGWAPLKPLPPSAKDPAQA
          480       490       500       510       520       530    

           
pF1KSD QQKQ
        :  
NP_690 PQA 
           

>>NP_003906 (OMIM: 604205) copine-1 isoform b [Homo sapi  (542 aa)
 initn: 2495 init1: 1470 opt: 2510  Z-score: 2727.2  bits: 514.3 E(85289): 3.6e-145
Smith-Waterman score: 2510; 65.9% identity (86.9% similar) in 540 aa overlap (3-535:7-541)

                   10        20        30        40        50      
pF1KSD     MAAQCVTKVALNVSCANLLDKDIGSKSDPLCVLFLNTSGQQWYEVERTERIKNCLN
             :.::: : :..:: .:.::::::::::::::. ...: .: :. ::::..:: .
NP_003 MKMMHMAHCVTLVQLSISCDHLIDKDIGSKSDPLCVLLQDVGGGSWAELGRTERVRNCSS
               10        20        30        40        50        60

         60        70        80        90       100       110      
pF1KSD PQFSKTFIIDYYFEVVQKLKFGVYDIDNKTIELSDDDFLGECECTLGQIVSSKKLTRPLV
       :.::::. ..: ::.::::.::.::::::: :: ::::::  ::.:::::::. :: ::.
NP_003 PEFSKTLQLEYRFETVQKLRFGIYDIDNKTPELRDDDFLGGAECSLGQIVSSQVLTLPLM
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        120       130       140       150       160       170      
pF1KSD MKTGRPAGKGSITISAEEIKDNRVVLFEMEARKLDNKDLFGKSDPYLEFHKQTSDGNWLM
       .: :.:::.:.::.::.:.:::::: .:.:::.::.::..:::::.::: .: .::.: .
NP_003 LKPGKPAGRGTITVSAQELKDNRVVTMEVEARNLDKKDFLGKSDPFLEFFRQ-GDGKWHL
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pF1KSD VHRTEVVKNNLNPVWRPFKISLNSLCYGDMDKTIKVECYDYDNDGSHDLIGTFQTTMTKL
       :.:.::.::::::.:. :.. .. .: :. .  :.:.: :::.::::::::::.:....:
NP_003 VYRSEVIKNNLNPTWKRFSVPVQHFCGGNPSTPIQVQCSDYDSDGSHDLIGTFHTSLAQL
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pF1KSD KEASRSSPVEFECINEKKRQKKKSYKNSGVISVKQCEITVECTFLDYIMGGCQLNFTVGV
       .    . :.:::::. .:.::::::::::.: :: :.. .: .::::.:::::.::::::
NP_003 Q----AVPAEFECIHPEKQQKKKSYKNSGTIRVKICRVETEYSFLDYVMGGCQINFTVGV
     240           250       260       270       280       290     

        300       310       320       330       340       350      
pF1KSD DFTGSNGDPRSPDSLHYISPNGVNEYLTALWSVGLVIQDYDADKMFPAFGFGAQIPPQWQ
       ::::::::: :::::::.::.:::::: :::::: :.::::.::.:::::::::.::.::
NP_003 DFTGSNGDPSSPDSLHYLSPTGVNEYLMALWSVGSVVQDYDSDKLFPAFGFGAQVPPDWQ
         300       310       320       330       340       350     

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pF1KSD VSHEFPMNFNPSNPYCNGIQGIVEAYRSCLPQIKLYGPTNFSPIINHVARFAAAATQQQT
       ::::: .::::::::: ::::::.:::. :::..:::::::.::::::::::: :..: :
NP_003 VSHEFALNFNPSNPYCAGIQGIVDAYRQALPQVRLYGPTNFAPIINHVARFAAQAAHQGT
         360       370       380       390       400       410     

        420       430       440       450       460       470      
pF1KSD ASQYFVLLIITDGVITDLDETRQAIVNASRLPMSIIIVGVGGADFSAMEFLDGDGGSLRS
       :::::.::..:::..::.. ::.:.: :: ::::.:::::::::: ::: ::.::: :..
NP_003 ASQYFMLLLLTDGAVTDVEATREAVVRASNLPMSVIIVGVGGADFEAMEQLDADGGPLHT
         420       430       440       450       460       470     

        480       490       500       510       520                
pF1KSD PLGEVAIRDIVQFVPFRQFQNAPKEALAQCVLAEIPQQVVGYFNTY-----KLLPP--KN
         :..: ::::::::.:.:::::.::::: ::::.: :.:.:: .      : :::  :.
NP_003 RSGQAAARDIVQFVPYRRFQNAPREALAQTVLAEVPTQLVSYFRAQGWAPLKPLPPSAKD
         480       490       500       510       520       530     

     530       
pF1KSD PATKQQKQ
       ::   :  
NP_003 PAQAPQA 
         540   

>>NP_001185792 (OMIM: 604205) copine-1 isoform c [Homo s  (536 aa)
 initn: 1770 init1: 1017 opt: 2491  Z-score: 2706.6  bits: 510.5 E(85289): 5.1e-144
Smith-Waterman score: 2491; 65.7% identity (86.7% similar) in 540 aa overlap (3-535:2-535)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MAAQCVTKVALNVSCANLLDKDIGSKSDPLCVLFLNTSGQQWYEVERTERIKNCLNPQFS
         :.::: : :..:: .:.::::::::::::::. ...: .: :. ::::..:: .:.::
NP_001  MAHCVTLVQLSISCDHLIDKDIGSKSDPLCVLLQDVGGGSWAELGRTERVRNCSSPEFS
                10        20        30        40        50         

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD KTFIIDYYFEVVQKLKFGVYDIDNKTIELSDDDFLGECECTLGQIVSSKKLTRPLVMKTG
       ::. ..: ::.::::.::.::::::: :: ::::::  ::.:::::::. :: ::..: :
NP_001 KTLQLEYRFETVQKLRFGIYDIDNKTPELRDDDFLGGAECSLGQIVSSQVLTLPLMLKPG
      60        70        80        90       100       110         

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD RPAGKGSITISAEEIKDNRVVLFEMEARKLDNKDLFGKSDPYLEFHKQTSDGNWLMVHRT
       .:::.:.::.::.:.:::::: .:.:::.::.::..:::::.::: .: .::.: .:.:.
NP_001 KPAGRGTITVSAQELKDNRVVTMEVEARNLDKKDFLGKSDPFLEFFRQ-GDGKWHLVYRS
     120       130       140       150       160        170        

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD EVVKNNLNPVWRPFKISLNSLCYGDMDKTIKVECYDYDNDGSHDLIGTFQTTMTKLKEAS
       ::.::::::.:. :.. .. .: :. .  :.:.: :::.::::::::::.:....:.   
NP_001 EVIKNNLNPTWKRFSVPVQHFCGGNPSTPIQVQCSDYDSDGSHDLIGTFHTSLAQLQ---
      180       190       200       210       220       230        

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD RSSPVEFECINEKKRQKKKSYKNSGVISVKQCEITVECTFLDYIMGGCQLNFTVGVDFTG
        . :.:::::. .:.::::::::::.: :: :.. .: .::::.:::::.::::::::::
NP_001 -AVPAEFECIHPEKQQKKKSYKNSGTIRVKICRVETEYSFLDYVMGGCQINFTVGVDFTG
          240       250       260       270       280       290    

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD SNGDPRSPDSLHYISPNGVNEYLTALWSVGLVIQDYDADKMFPAFGFGAQIPPQWQVSHE
       ::::: :::::::.::.:::::: :::::: :.::::.::.:::::::::.::.::::::
NP_001 SNGDPSSPDSLHYLSPTGVNEYLMALWSVGSVVQDYDSDKLFPAFGFGAQVPPDWQVSHE
          300       310       320       330       340       350    

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD FPMNFNPSNPYCNGIQGIVEAYRSCLPQIKLYGPTNFSPIINHVARFAAAATQQQTASQY
       : .::::::::: ::::::.:::. :::..:::::::.::::::::::: :..: ::: :
NP_001 FALNFNPSNPYCAGIQGIVDAYRQALPQVRLYGPTNFAPIINHVARFAAQAAHQGTAS-Y
          360       370       380       390       400       410    

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD FVLLIITDGVITDLDETRQAIVNASRLPMSIIIVGVGGADFSAMEFLDGDGGSLRSPLGE
       :.::..:::..::.. ::.:.: :: ::::.:::::::::: ::: ::.::: :..  :.
NP_001 FMLLLLTDGAVTDVEATREAVVRASNLPMSVIIVGVGGADFEAMEQLDADGGPLHTRSGQ
           420       430       440       450       460       470   

              490       500       510       520              530   
pF1KSD VAIRDIVQFVPFRQFQNAPKEALAQCVLAEIPQQVVGYFNTY-----KLLPP--KNPATK
       .: ::::::::.:.:::::.::::: ::::.: :.:.:: .      : :::  :.::  
NP_001 AAARDIVQFVPYRRFQNAPREALAQTVLAEVPTQLVSYFRAQGWAPLKPLPPSAKDPAQA
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pF1KSD QQKQ
        :  
NP_001 PQA 
           

>>NP_689940 (OMIM: 604206) copine-2 [Homo sapiens]        (548 aa)
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                       :. : :: :: :.::  ::::.:. :::::.:::: ...:. : 
NP_689 MAHIPSGGAPAAGAAPMGPQYCVCKVELSVSGQNLLDRDVTSKSDPFCVLFTENNGR-WI
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pF1KSD EVERTERIKNCLNPQFSKTFIIDYYFEVVQKLKFGVYDIDNKTIELSDDDFLGECECTLG
       : .:::   : ::: ::: :..::.:: ::::::...: :.....:.. ::::.  :.::
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        ::::::.::::.. . .::::: :::.:.:..::::. . . .:.::.:::::::::.:
NP_689 TIVSSKKITRPLLLLNDKPAGKGLITIAAQELSDNRVITLSLAGRRLDKKDLFGKSDPFL
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       ::.:  .::.:..::::::.: .:.:::.:: . : ::: :::.: :.: ::::::::.:
NP_689 EFYKPGDDGKWMLVHRTEVIKYTLDPVWKPFTVPLVSLCDGDMEKPIQVMCYDYDNDGGH
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pF1KSD DLIGTFQTTMTKLKEASRSSPVEFECINEKKRQKKKSYKNSGVISVKQCEITVECTFLDY
       :.:: :::..... ::  : :.:::::: ::..:::.:::::.: ...:.:. . .::::
NP_689 DFIGEFQTSVSQMCEARDSVPLEFECINPKKQRKKKNYKNSGIIILRSCKINRDYSFLDY
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       :.::::: ::::.:::.:::.: .:.:::::.: :.::::.:.:.:: .:::::.:::::
NP_689 ILGGCQLMFTVGIDFTASNGNPLDPSSLHYINPMGTNEYLSAIWAVGQIIQDYDSDKMFP
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pF1KSD AFGFGAQIPPQWQVSHEFPMNFNPSNPYCNGIQGIVEAYRSCLPQIKLYGPTNFSPIINH
       :.:::::.::.:.::::: .::::.::.:.:..::..:: .:::.:..:::::::::.::
NP_689 ALGFGAQLPPDWKVSHEFAINFNPTNPFCSGVDGIAQAYSACLPHIRFYGPTNFSPIVNH
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NP_689 VARFAAQATQQRTATQYFILLIITDGVISDMEETRHAVVQASKLPMSIIIVGVGNADFAA
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NP_689 MEFLDGDSRMLRSHTGEEAARDIVQFVPFREFRNAAKETLAKAVLAELPQQVVQYFK-HK
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NP_689 NLPPTNSEPA      
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537 residues in 1 query   sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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