Result of FASTA (ccds) for pF1KSDA0617
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA0617, 768 aa
  1>>>pF1KSDA0617 768 - 768 aa - 768 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0587+/-0.00124; mu= 16.2385+/- 0.074
 mean_var=76.6022+/-15.295, 0's: 0 Z-trim(101.1): 42  B-trim: 3 in 1/48
 Lambda= 0.146539
 statistics sampled from 6355 (6372) to 6355 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.548), E-opt: 0.2 (0.196), width:  16
 Scan time:  2.560

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS2462.1 CUL3 gene_id:8452|Hs108|chr2            ( 768) 4997 1066.8       0
CCDS58751.1 CUL3 gene_id:8452|Hs108|chr2           ( 702) 4429 946.7       0
CCDS73604.1 CUL4A gene_id:8451|Hs108|chr13         ( 667) 1094 241.7   3e-63
CCDS41908.1 CUL4A gene_id:8451|Hs108|chr13         ( 759) 1009 223.7 8.5e-58
CCDS43987.1 CUL4B gene_id:8450|Hs108|chrX          ( 895)  978 217.2 9.3e-56
CCDS83487.1 CUL4B gene_id:8450|Hs108|chrX          ( 900)  978 217.2 9.3e-56
CCDS35379.1 CUL4B gene_id:8450|Hs108|chrX          ( 913)  978 217.2 9.4e-56
CCDS9533.1 CUL4A gene_id:8451|Hs108|chr13          ( 659)  932 207.4   6e-53
CCDS7179.1 CUL2 gene_id:8453|Hs108|chr10           ( 745)  666 151.2 5.7e-36
CCDS73086.1 CUL2 gene_id:8453|Hs108|chr10          ( 758)  666 151.2 5.7e-36
CCDS55709.1 CUL2 gene_id:8453|Hs108|chr10          ( 764)  666 151.2 5.8e-36
CCDS34772.1 CUL1 gene_id:8454|Hs108|chr7           ( 776)  615 140.4   1e-32
CCDS31668.1 CUL5 gene_id:8065|Hs108|chr11          ( 780)  324 78.9 3.4e-14


>>CCDS2462.1 CUL3 gene_id:8452|Hs108|chr2                 (768 aa)
 initn: 4997 init1: 4997 opt: 4997  Z-score: 5707.5  bits: 1066.8 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 4997; 100.0% identity (100.0% similar) in 768 aa overlap (1-768:1-768)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSNLSKGTGSRKDTKMRIRAFPMTMDEKYVNSIWDLLKNAIQEIQRKNNSGLSFEELYRN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 MSNLSKGTGSRKDTKMRIRAFPMTMDEKYVNSIWDLLKNAIQEIQRKNNSGLSFEELYRN
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD AYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMVMIR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 AYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMVMIR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD DILMYMDRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEVVDR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 DILMYMDRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEVVDR
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD GAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKVEAR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 GAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKVEAR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD INEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLGCMY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 INEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLGCMY
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD KLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDRFLLESF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 KLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDRFLLESF
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD NNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSPEYLSLFIDDKLKKGVKGLTEQEVETILDKAMVLFR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 NNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSPEYLSLFIDDKLKKGVKGLTEQEVETILDKAMVLFR
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD FMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDDSEKNMISKLKTECGCQFTSKLEGMFRDMSIS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 FMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDDSEKNMISKLKTECGCQFTSKLEGMFRDMSIS
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD NTTMDEFRQHLQATGVSLGGVDLTVRVLTTGYWPTQSATPKCNIPPAPRHAFEIFRRFYL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 NTTMDEFRQHLQATGVSLGGVDLTVRVLTTGYWPTQSATPKCNIPPAPRHAFEIFRRFYL
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD AKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVKKEDGSEVGVGGAQVTGSNTRKHILQVSTFQMT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 AKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVKKEDGSEVGVGGAQVTGSNTRKHILQVSTFQMT
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD ILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELVRALQSLACGKPTQRVLTKEPKSKEIENGHIFT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 ILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELVRALQSLACGKPTQRVLTKEPKSKEIENGHIFT
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD VNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPERKETRQKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSRKKMQHN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 VNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPERKETRQKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSRKKMQHN
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760        
pF1KSD VLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGLIEREYLARTPEDRKVYTYVA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS24 VLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGLIEREYLARTPEDRKVYTYVA
              730       740       750       760        

>>CCDS58751.1 CUL3 gene_id:8452|Hs108|chr2                (702 aa)
 initn: 4429 init1: 4429 opt: 4429  Z-score: 5059.2  bits: 946.7 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 4429; 100.0% identity (100.0% similar) in 680 aa overlap (89-768:23-702)

       60        70        80        90       100       110        
pF1KSD RNAYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMVM
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58         MSNLSKGTGSRKDTKMRIRAFPVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMVM
                       10        20        30        40        50  

      120       130       140       150       160       170        
pF1KSD IRDILMYMDRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEVV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 IRDILMYMDRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEVV
             60        70        80        90       100       110  

      180       190       200       210       220       230        
pF1KSD DRGAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKVE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 DRGAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKVE
            120       130       140       150       160       170  

      240       250       260       270       280       290        
pF1KSD ARINEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLGC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 ARINEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLGC
            180       190       200       210       220       230  

      300       310       320       330       340       350        
pF1KSD MYKLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDRFLLE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MYKLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDRFLLE
            240       250       260       270       280       290  

      360       370       380       390       400       410        
pF1KSD SFNNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSPEYLSLFIDDKLKKGVKGLTEQEVETILDKAMVL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SFNNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSPEYLSLFIDDKLKKGVKGLTEQEVETILDKAMVL
            300       310       320       330       340       350  

      420       430       440       450       460       470        
pF1KSD FRFMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDDSEKNMISKLKTECGCQFTSKLEGMFRDMS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 FRFMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDDSEKNMISKLKTECGCQFTSKLEGMFRDMS
            360       370       380       390       400       410  

      480       490       500       510       520       530        
pF1KSD ISNTTMDEFRQHLQATGVSLGGVDLTVRVLTTGYWPTQSATPKCNIPPAPRHAFEIFRRF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 ISNTTMDEFRQHLQATGVSLGGVDLTVRVLTTGYWPTQSATPKCNIPPAPRHAFEIFRRF
            420       430       440       450       460       470  

      540       550       560       570       580       590        
pF1KSD YLAKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVKKEDGSEVGVGGAQVTGSNTRKHILQVSTFQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 YLAKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVKKEDGSEVGVGGAQVTGSNTRKHILQVSTFQ
            480       490       500       510       520       530  

      600       610       620       630       640       650        
pF1KSD MTILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELVRALQSLACGKPTQRVLTKEPKSKEIENGHI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MTILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELVRALQSLACGKPTQRVLTKEPKSKEIENGHI
            540       550       560       570       580       590  

      660       670       680       690       700       710        
pF1KSD FTVNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPERKETRQKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSRKKMQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 FTVNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPERKETRQKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSRKKMQ
            600       610       620       630       640       650  

      720       730       740       750       760        
pF1KSD HNVLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGLIEREYLARTPEDRKVYTYVA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 HNVLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGLIEREYLARTPEDRKVYTYVA
            660       670       680       690       700  

>>CCDS73604.1 CUL4A gene_id:8451|Hs108|chr13              (667 aa)
 initn: 1408 init1: 385 opt: 1094  Z-score: 1249.1  bits: 241.7 E(32554): 3e-63
Smith-Waterman score: 1596; 40.6% identity (67.0% similar) in 710 aa overlap (73-768:2-667)

             50        60        70        80           90         
pF1KSD EIQRKNNSGLSFEELYRNAYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKV---REDVLNSLNN
                                     ::  ::..  .:.  ..   ::: :.:.  
CCDS73                              MLYKQLRQACEDHVQAQILPFREDSLDSVL-
                                            10        20        30 

     100       110       120       130               140        150
pF1KSD NFLQTLNQAWNDHQTAMVMIRDILMYMDRVYVQQNNV--------ENVY-NLGLIIFRDQ
        ::. .:  :.::   :.:::.:....::.:: ::..          .: ..:: .:: .
CCDS73 -FLKKINTCWQDHCRQMIMIRSIFLFLDRTYVLQNSTLPSICPVSYCLYRDMGLELFRTH
                40        50        60        70        80         

              160       170       180       190       200       210
pF1KSD VVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEVVDRGAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFL
       ..    ....  . .: .: :::.::.:::. .:.   ::  :     .::...::  ::
CCDS73 IISDKMVQSKTIDGILLLIERERSGEAVDRSLLRSLLGMLSDL-----QVYKDSFELKFL
      90       100       110       120       130            140    

              220       230       240       250       260       270
pF1KSD EMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKVEARINEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELIS
       : .  ..  :.:... :  .  :...:  :..:: .::.  ::.::..:..  ::..:..
CCDS73 EETNCLYAAEGQRLMQEREVPEYLNHVSKRLEEEGDRVITYLDHSTQKPLIACVEKQLLG
          150       160       170       180       190       200    

              280       290       300       310       320       330
pF1KSD KHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLGCMYKLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVS
       .:. .:..   .:: :.: .... ::. ::.::::: .: ... .  : :..  : :.: 
CCDS73 EHLTAILQ---KGLDHLLDENRVPDLAQMYQLFSRVRGGQQALLQHWSEYIKTFGTAIVI
          210          220       230       240       250       260 

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pF1KSD EEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDRFLLESFNNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSP-EYLS
       .  . :   :..: :::.:.. :. .   :.... : . .  .:: :.:    .: : ..
CCDS73 NPEKDK---DMVQDLLDFKDKVDHVIEVCFQKNERFVNLMKESFETFINKRPNKPAELIA
                270       280       290       300       310        

     390       400       410       420       430       440         
pF1KSD LFIDDKLKKGVKGLTEQEVETILDKAMVLFRFMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDD
         .:.::. : :  :..:.:  ::: :.::::.. ::::: .::. ::.:::..::.: :
CCDS73 KHVDSKLRAGNKEATDEELERTLDKIMILFRFIHGKDVFEAFYKKDLAKRLLVGKSASVD
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pF1KSD SEKNMISKLKTECGCQFTSKLEGMFRDMSISNTTMDEFRQHLQATGVSLGGVDLTVRVLT
       .::.:.:::: :::  :::::::::.:: .:.  : .:.::.:  . : : .:::: .::
CCDS73 AEKSMLSKLKHECGAAFTSKLEGMFKDMELSKDIMVHFKQHMQNQSDS-GPIDLTVNILT
      380       390       400       410       420        430       

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pF1KSD TGYWPTQSATP-KCNIPPAPRHAFEIFRRFYLAKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVK
        :::::   :: . .. :   .  :.:. :::.:::::.:  :  .: : :.: :     
CCDS73 MGYWPTY--TPMEVHLTPEMIKLQEVFKAFYLGKHSGRKLQWQTTLGHAVLKAEF-----
       440         450       460       470       480       490     

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pF1KSD KEDGSEVGVGGAQVTGSNTRKHILQVSTFQMTILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELV
       ::  .:                 .::: ::  .:..::. . ..::::.. : : . :: 
CCDS73 KEGKKE-----------------FQVSLFQTLVLLMFNEGDGFSFEEIKMATGIEDSELR
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pF1KSD RALQSLACGKPTQRVLTKEPKSKEIENGHIFTVNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPER
       :.::::::::   ::: : ::.::.:.:  :  : .:  :: :.::. .  :  :.  :.
CCDS73 RTLQSLACGKA--RVLIKSPKGKEVEDGDKFIFNGEFKHKLFRIKINQIQMK--ETVEEQ
           540         550       560       570       580           

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pF1KSD KETRQKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSRKKMQHNVLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGL
         : ..: .::...:.:::::::: :: . ::.::.:. .:::  :  .:  .:::::.:
CCDS73 VSTTERVFQDRQYQIDAAIVRIMKMRKTLGHNLLVSELYNQLK--FPVKPGDLKKRIESL
     590       600       610       620       630         640       

      750       760        
pF1KSD IEREYLARTPEDRKVYTYVA
       :.:.:. :  .. . : :::
CCDS73 IDRDYMERDKDNPNQYHYVA
       650       660       

>>CCDS41908.1 CUL4A gene_id:8451|Hs108|chr13              (759 aa)
 initn: 1259 init1: 385 opt: 1009  Z-score: 1151.1  bits: 223.7 E(32554): 8.5e-58
Smith-Waterman score: 1707; 39.6% identity (67.5% similar) in 766 aa overlap (9-768:39-759)

                                     10        20        30        
pF1KSD                       MSNLSKGTGSRKDTKMRIRAFPMTMDEKYVNSIWDLLK
                                     ::.: .   .:  :  . ..:... :  :.
CCDS41 GSFSALVGRTNGLTKPAALAAAPAKPGGAGGSKKLVIKNFRDRP-RLPDNYTQDTWRKLH
       10        20        30        40        50         60       

       40        50        60        70        80           90     
pF1KSD NAIQEIQRKNNSGLSFEELYRNAYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKV---REDVLN
       .:.. .: ...   ..::::. . ..  :: .  ::  ::..  .:.  ..   ::: :.
CCDS41 EAVRAVQSSTSIRYNLEELYQAVENLCSHKVSPMLYKQLRQACEDHVQAQILPFREDSLD
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pF1KSD SLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMVMIRDILMYMDRVYVQQNN-VENVYNLGLIIFRDQVVRY
       :.   ::. .:  :.::   :.:::.:....::.:: ::. . .....:: .:: ...  
CCDS41 SVL--FLKKINTCWQDHCRQMIMIRSIFLFLDRTYVLQNSTLPSIWDMGLELFRTHIISD
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pF1KSD GCIRDHLRQTLLDMIARERKGEVVDRGAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSA
         ....  . .: .: :::.::.:::. .:.   ::  :     .::...::  ::: . 
CCDS41 KMVQSKTIDGILLLIERERSGEAVDRSLLRSLLGMLSDL-----QVYKDSFELKFLEETN
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          220       230       240       250       260       270    
pF1KSD EFFQMESQKFLAENSASVYIKKVEARINEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMK
        ..  :.:... :  .  :...:  :..:: .::.  ::.::..:..  ::..:...:. 
CCDS41 CLYAAEGQRLMQEREVPEYLNHVSKRLEEEGDRVITYLDHSTQKPLIACVEKQLLGEHLT
              250       260       270       280       290       300

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pF1KSD TIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLGCMYKLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGE
       .:..   .:: :.: .... ::. ::.::::: .: ... .  : :..  : :.: .  .
CCDS41 AILQ---KGLDHLLDENRVPDLAQMYQLFSRVRGGQQALLQHWSEYIKTFGTAIVINPEK
                 310       320       330       340       350       

          340       350       360       370       380        390   
pF1KSD GKNPVDYIQGLLDLKSRFDRFLLESFNNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSP-EYLSLFID
        :   :..: :::.:.. :. .   :.... : . .  .:: :.:    .: : ..  .:
CCDS41 DK---DMVQDLLDFKDKVDHVIEVCFQKNERFVNLMKESFETFINKRPNKPAELIAKHVD
          360       370       380       390       400       410    

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pF1KSD DKLKKGVKGLTEQEVETILDKAMVLFRFMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDDSEKN
       .::. : :  :..:.:  ::: :.::::.. ::::: .::. ::.:::..::.: :.::.
CCDS41 SKLRAGNKEATDEELERTLDKIMILFRFIHGKDVFEAFYKKDLAKRLLVGKSASVDAEKS
          420       430       440       450       460       470    

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pF1KSD MISKLKTECGCQFTSKLEGMFRDMSISNTTMDEFRQHLQATGVSLGGVDLTVRVLTTGYW
       :.:::: :::  :::::::::.:: .:.  : .:.::.:  . : : .:::: .:: :::
CCDS41 MLSKLKHECGAAFTSKLEGMFKDMELSKDIMVHFKQHMQNQSDS-GPIDLTVNILTMGYW
          480       490       500       510        520       530   

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pF1KSD PTQSATP-KCNIPPAPRHAFEIFRRFYLAKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVKKEDG
       ::   :: . .. :   .  :.:. :::.:::::.:  :  .: : :.: :     ::  
CCDS41 PTY--TPMEVHLTPEMIKLQEVFKAFYLGKHSGRKLQWQTTLGHAVLKAEF-----KEGK
             540       550       560       570       580           

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pF1KSD SEVGVGGAQVTGSNTRKHILQVSTFQMTILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELVRALQ
       .:                 .::: ::  .:..::. . ..::::.. : : . :: :.::
CCDS41 KE-----------------FQVSLFQTLVLLMFNEGDGFSFEEIKMATGIEDSELRRTLQ
                         590       600       610       620         

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pF1KSD SLACGKPTQRVLTKEPKSKEIENGHIFTVNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPERKETR
       ::::::   ::: : ::.::.:.:  :  : .:  :: :.::. .  :  :.  :.  : 
CCDS41 SLACGK--ARVLIKSPKGKEVEDGDKFIFNGEFKHKLFRIKINQIQMK--ETVEEQVSTT
     630         640       650       660       670         680     

            700       710       720       730       740       750  
pF1KSD QKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSRKKMQHNVLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGLIERE
       ..: .::...:.:::::::: :: . ::.::.:. .:::  :  .:  .:::::.::.:.
CCDS41 ERVFQDRQYQIDAAIVRIMKMRKTLGHNLLVSELYNQLK--FPVKPGDLKKRIESLIDRD
         690       700       710       720         730       740   

            760        
pF1KSD YLARTPEDRKVYTYVA
       :. :  .. . : :::
CCDS41 YMERDKDNPNQYHYVA
           750         

>>CCDS43987.1 CUL4B gene_id:8450|Hs108|chrX               (895 aa)
 initn: 1336 init1: 380 opt: 978  Z-score: 1114.5  bits: 217.2 E(32554): 9.3e-56
Smith-Waterman score: 1705; 38.7% identity (69.4% similar) in 768 aa overlap (9-768:174-895)

                                     10        20           30     
pF1KSD                       MSNLSKGTGSRKDTKMRIRAF---PMTMDEKYVNSIWD
                                     :: :  :. :. :   :  . :.:..  :.
CCDS43 ILISSVASVHHANGLAKSSTTVSSFANSKPGSAK--KLVIKNFKDKP-KLPENYTDETWQ
           150       160       170         180        190       200

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pF1KSD LLKNAIQEIQRKNNSGLSFEELYRNAYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHL---INKVRED
        ::.:.. :: ...   ..::::. . ..  .: . .::  ::..  .:.   :.. :::
CCDS43 KLKEAVEAIQNSTSIKYNLEELYQAVENLCSYKISANLYKQLRQICEDHIKAQIHQFRED
              210       220       230       240       250       260

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pF1KSD VLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMVMIRDILMYMDRVYVQQNNV-ENVYNLGLIIFRDQV
        :.:.   ::. ... :..:   :.:::.:....::.:: ::..  .....:: .:: ..
CCDS43 SLDSVL--FLKKIDRCWQNHCRQMIMIRSIFLFLDRTYVLQNSMLPSIWDMGLELFRAHI
                270       280       290       300       310        

             160       170       180       190       200       210 
pF1KSD VRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEVVDRGAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLE
       .    ....  . .: .: :::.::..::. .:.  .::  :     ..:...::  :::
CCDS43 ISDQKVQNKTIDGILLLIERERNGEAIDRSLLRSLLSMLSDL-----QIYQDSFEQRFLE
      320       330       340       350       360            370   

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pF1KSD MSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKVEARINEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISK
        . ...  :.::.. :  .  :...:. :..:: .:..  ::..:.. .. .::..:...
CCDS43 ETNRLYAAEGQKLMQEREVPEYLHHVNKRLEEEADRLITYLDQTTQKSLIATVEKQLLGE
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pF1KSD HMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLGCMYKLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSE
       :. .:..   .:: ..: ... .::. .:.::::: .:.... .    :..  :...: .
CCDS43 HLTAILQ---KGLNNLLDENRIQDLSLLYQLFSRVRGGVQVLLQQWIEYIKAFGSTIVIN
           440          450       460       470       480       490

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pF1KSD EGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDRFLLESFNNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSP-EYLSL
         . :.   ..: :::.:.. :...   : ... : ...   :: :.:    .: : .. 
CCDS43 PEKDKT---MVQELLDFKDKVDHIIDICFLKNEKFINAMKEAFETFINKRPNKPAELIAK
                 500       510       520       530       540       

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pF1KSD FIDDKLKKGVKGLTEQEVETILDKAMVLFRFMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDDS
       ..:.::. : :  :..:.: .::: :..:::.  ::::: .::. ::.:::..::.: :.
CCDS43 YVDSKLRAGNKEATDEELEKMLDKIMIIFRFIYGKDVFEAFYKKDLAKRLLVGKSASVDA
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       ::.:.:::: :::  :::::::::.:: .:.  : .:.:..:  .:  :...::: .:: 
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CCDS43 RDYMERDKENPNQYNYIA
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CCDS83 RDYMERDKENPNQYNYIA
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>>CCDS35379.1 CUL4B gene_id:8450|Hs108|chrX               (913 aa)
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       ::::::::   :::.:.::.:.::.:  :  ::.:  :: :.::. .  :  :.  :.  
CCDS35 LQSLACGK--ARVLAKNPKGKDIEDGDKFICNDDFKHKLFRIKINQIQMK--ETVEEQAS
               790       800       810       820         830       

              700       710       720       730       740       750
pF1KSD TRQKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSRKKMQHNVLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGLIE
       : ..: .::...:.:::::::: :: ..::.::.:: .:::  :  .:. .:::::.::.
CCDS35 TTERVFQDRQYQIDAAIVRIMKMRKTLSHNLLVSEVYNQLK--FPVKPADLKKRIESLID
       840       850       860       870         880       890     

              760        
pF1KSD REYLARTPEDRKVYTYVA
       :.:. :  :. . :.:.:
CCDS35 RDYMERDKENPNQYNYIA
         900       910   

>>CCDS9533.1 CUL4A gene_id:8451|Hs108|chr13               (659 aa)
 initn: 1315 init1: 385 opt: 932  Z-score: 1064.1  bits: 207.4 E(32554): 6e-53
Smith-Waterman score: 1624; 40.9% identity (67.9% similar) in 702 aa overlap (73-768:2-659)

             50        60        70        80           90         
pF1KSD EIQRKNNSGLSFEELYRNAYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKV---REDVLNSLNN
                                     ::  ::..  .:.  ..   ::: :.:.  
CCDS95                              MLYKQLRQACEDHVQAQILPFREDSLDSVL-
                                            10        20        30 

     100       110       120       130        140       150        
pF1KSD NFLQTLNQAWNDHQTAMVMIRDILMYMDRVYVQQNN-VENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIR
        ::. .:  :.::   :.:::.:....::.:: ::. . .....:: .:: ...    ..
CCDS95 -FLKKINTCWQDHCRQMIMIRSIFLFLDRTYVLQNSTLPSIWDMGLELFRTHIISDKMVQ
                40        50        60        70        80         

      160       170       180       190       200       210        
pF1KSD DHLRQTLLDMIARERKGEVVDRGAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQ
       ..  . .: .: :::.::.:::. .:.   ::  :     .::...::  ::: .  .. 
CCDS95 SKTIDGILLLIERERSGEAVDRSLLRSLLGMLSDL-----QVYKDSFELKFLEETNCLYA
      90       100       110       120            130       140    

      220       230       240       250       260       270        
pF1KSD MESQKFLAENSASVYIKKVEARINEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVE
        :.:... :  .  :...:  :..:: .::.  ::.::..:..  ::..:...:. .:..
CCDS95 AEGQRLMQEREVPEYLNHVSKRLEEEGDRVITYLDHSTQKPLIACVEKQLLGEHLTAILQ
          150       160       170       180       190       200    

      280       290       300       310       320       330        
pF1KSD MENSGLVHMLKNGKTEDLGCMYKLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGKNP
          .:: :.: .... ::. ::.::::: .: ... .  : :..  : :.: .  . :  
CCDS95 ---KGLDHLLDENRVPDLAQMYQLFSRVRGGQQALLQHWSEYIKTFGTAIVINPEKDK--
             210       220       230       240       250           

      340       350       360       370       380        390       
pF1KSD VDYIQGLLDLKSRFDRFLLESFNNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSP-EYLSLFIDDKLK
        :..: :::.:.. :. .   :.... : . .  .:: :.:    .: : ..  .:.::.
CCDS95 -DMVQDLLDFKDKVDHVIEVCFQKNERFVNLMKESFETFINKRPNKPAELIAKHVDSKLR
      260       270       280       290       300       310        

       400       410       420       430       440       450       
pF1KSD KGVKGLTEQEVETILDKAMVLFRFMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDDSEKNMISK
        : :  :..:.:  ::: :.::::.. ::::: .::. ::.:::..::.: :.::.:.::
CCDS95 AGNKEATDEELERTLDKIMILFRFIHGKDVFEAFYKKDLAKRLLVGKSASVDAEKSMLSK
      320       330       340       350       360       370        

       460       470       480       490       500       510       
pF1KSD LKTECGCQFTSKLEGMFRDMSISNTTMDEFRQHLQATGVSLGGVDLTVRVLTTGYWPTQS
       :: :::  :::::::::.:: .:.  : .:.::.:  . : : .:::: .:: :::::  
CCDS95 LKHECGAAFTSKLEGMFKDMELSKDIMVHFKQHMQNQSDS-GPIDLTVNILTMGYWPTY-
      380       390       400       410        420       430       

       520        530       540       550       560       570      
pF1KSD ATP-KCNIPPAPRHAFEIFRRFYLAKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVKKEDGSEVG
        :: . .. :   .  :.:. :::.:::::.:  :  .: : :.: :     ::  .:  
CCDS95 -TPMEVHLTPEMIKLQEVFKAFYLGKHSGRKLQWQTTLGHAVLKAEF-----KEGKKE--
         440       450       460       470       480               

        580       590       600       610       620       630      
pF1KSD VGGAQVTGSNTRKHILQVSTFQMTILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELVRALQSLAC
                      .::: ::  .:..::. . ..::::.. : : . :: :.::::::
CCDS95 ---------------FQVSLFQTLVLLMFNEGDGFSFEEIKMATGIEDSELRRTLQSLAC
                     490       500       510       520       530   

        640       650       660       670       680       690      
pF1KSD GKPTQRVLTKEPKSKEIENGHIFTVNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPERKETRQKVD
       ::   ::: : ::.::.:.:  :  : .:  :: :.::. .  :  :.  :.  : ..: 
CCDS95 GKA--RVLIKSPKGKEVEDGDKFIFNGEFKHKLFRIKINQIQMK--ETVEEQVSTTERVF
             540       550       560       570         580         

        700       710       720       730       740       750      
pF1KSD DDRKHEIEAAIVRIMKSRKKMQHNVLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGLIEREYLAR
       .::...:.:::::::: :: . ::.::.:. .:::  :  .:  .:::::.::.:.:. :
CCDS95 QDRQYQIDAAIVRIMKMRKTLGHNLLVSELYNQLK--FPVKPGDLKKRIESLIDRDYMER
     590       600       610       620         630       640       

        760        
pF1KSD TPEDRKVYTYVA
         .. . : :::
CCDS95 DKDNPNQYHYVA
       650         

>>CCDS7179.1 CUL2 gene_id:8453|Hs108|chr10                (745 aa)
 initn: 912 init1: 323 opt: 666  Z-score: 759.3  bits: 151.2 E(32554): 5.7e-36
Smith-Waterman score: 1073; 27.8% identity (63.2% similar) in 785 aa overlap (16-768:1-745)

               10        20        30        40         50         
pF1KSD MSNLSKGTGSRKDTKMRIRAFPMTMDEKYVNSIWDLLKNAIQ-EIQRKNNSGLSFEELYR
                      : ..   . .:: . :..   .: ... :  .. . .  : ..: 
CCDS71                MSLKPRVVDFDETW-NKLLTTIKAVVMLEYVERATWNDRFSDIYA
                              10         20        30        40    

        60        70        80        90       100       110       
pF1KSD --NAYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMV
          ::   :   ::.:::  . .  :. . .... ::.: ... :   .. :.... .  
CCDS71 LCVAYPEPL---GERLYTETK-IFLENHVRHLHKRVLES-EEQVLVMYHRYWEEYSKGAD
           50           60         70         80        90         

       120       130          140       150        160             
pF1KSD MIRDILMYMDRVYVQQNNVENV---YNLGLIIFRDQVVRYGCIR-DHLRQTLLD------
       ..  .  :..  ....:.. ..   :. : . . . ... : .  :  :. ...      
CCDS71 YMDCLYRYLNTQFIKKNKLTEADLQYGYGGVDMNEPLMEIGELALDMWRKLMVEPLQAIL
     100       110       120       130       140       150         

         170               180       190       200       210       
pF1KSD --MIARE----RKGE----VVDRGAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFF
         :. ::    : ::     : .:.: .  .. .       . :.: ::.:::  ..:..
CCDS71 IRMLLREIKNDRGGEDPNQKVIHGVINSFVHVEQYKKKFPLKFYQEIFESPFLTETGEYY
     160       170       180       190       200       210         

       220       230       240       250       260       270       
pF1KSD QMESQKFLAENSASVYIKKVEARINEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTI-
       ..:....: :.. : :..:: .:...:  :  . :  :.   ...  ...... :.. . 
CCDS71 KQEASNLLQESNCSQYMEKVLGRLKDEEIRCRKYLHPSSYTKVIHECQQRMVADHLQFLH
     220       230       240       250       260       270         

        280       290       300       310       320       330      
pF1KSD VEMENSGLVHMLKNGKTEDLGCMYKLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGK
       .: .:     .... : .:.. :: :.  : .::  : . ........:   .:.  . .
CCDS71 AECHN-----IIRQEKKNDMANMYVLLRAVSTGLPHMIQELQNHIHDEGLRATSNLTQEN
     280            290       300       310       320       330    

        340       350       360       370       380            390 
pF1KSD NPVDYIQGLLDLKSRFDRFLLESFNNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNS-----RSPEYLSLF
        :. .....:.....: ...   .:.:. : ...   .   .:        ..:: :. .
CCDS71 MPTLFVESVLEVHGKFVQLINTVLNGDQHFMSALDKALTSVVNYREPKSVCKAPELLAKY
          340       350       360       370       380       390    

             400       410       420       430       440       450 
pF1KSD IDDKLKKGVKGLTEQEVETILDKAMVLFRFMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDDSE
        :. :::..::.::.:::  : . ...:.....::::...: . ::.::. . :.: :::
CCDS71 CDNLLKKSAKGMTENEVEDRLTSFITVFKYIDDKDVFQKFYARMLAKRLIHGLSMSMDSE
          400       410       420       430       440       450    

             460       470       480       490         500         
pF1KSD KNMISKLKTECGCQFTSKLEGMFRDMSISNTTMDEFRQHL--QATGVSLGGVDLTVRVLT
       . ::.:::  :: .:::::. :. :::.:    ..: . .  : : ..:: ... . :: 
CCDS71 EAMINKLKQACGYEFTSKLHRMYTDMSVSADLNNKFNNFIKNQDTVIDLG-ISFQIYVLQ
          460       470       480       490       500        510   

     510        520       530       540       550       560        
pF1KSD TGYWP-TQSATPKCNIPPAPRHAFEIFRRFYLAKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVK
       .: :: ::. .    ::   ... ..:. ::  . :::.::  :.. ..... .. :   
CCDS71 AGAWPLTQAPSSTFAIPQELEKSVQMFELFYSQHFSGRKLTWLHYLCTGEVKMNYLG---
           520       530       540       550       560       570   

      570       580       590       600       610       620        
pF1KSD KEDGSEVGVGGAQVTGSNTRKHILQVSTFQMTILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELV
                          . .. .:.:.::..:. ::: :  ...:.:. :.. :.::.
CCDS71 -------------------KPYVAMVTTYQMAVLLAFNNSETVSYKELQDSTQMNEKELT
                                 580       590       600       610 

      630       640       650       660       670       680        
pF1KSD RALQSLACGKPTQRVLTKEPKSKEIENGHIFTVNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPER
       ....::       ...... ....:.    :..: .:.::  :.:.. ... : ..  : 
CCDS71 KTIKSLL----DVKMINHDSEKEDIDAESSFSLNMNFSSK--RTKFKITTSMQKDTPQEM
                 620       630       640         650       660     

      690       700       710       720       730       740        
pF1KSD KETRQKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSRKKMQHNVLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGL
       ..::. ::.:::  ..::::::::.:: ..::.:. :: .: .::: ::  .::: :: :
CCDS71 EQTRSAVDEDRKMYLQAAIVRIMKARKVLRHNALIQEVISQSRARFNPSISMIKKCIEVL
         670       680       690       700       710       720     

      750       760        
pF1KSD IEREYLARTPEDRKVYTYVA
       :...:. :.  .   :.:::
CCDS71 IDKQYIERSQASADEYSYVA
         730       740     

>>CCDS73086.1 CUL2 gene_id:8453|Hs108|chr10               (758 aa)
 initn: 912 init1: 323 opt: 666  Z-score: 759.2  bits: 151.2 E(32554): 5.7e-36
Smith-Waterman score: 1073; 27.8% identity (63.2% similar) in 785 aa overlap (16-768:14-758)

               10        20        30        40         50         
pF1KSD MSNLSKGTGSRKDTKMRIRAFPMTMDEKYVNSIWDLLKNAIQ-EIQRKNNSGLSFEELYR
                      : ..   . .:: . :..   .: ... :  .. . .  : ..: 
CCDS73   MVPGKEFQHYTCTMSLKPRVVDFDETW-NKLLTTIKAVVMLEYVERATWNDRFSDIYA
                 10        20         30        40        50       

        60        70        80        90       100       110       
pF1KSD --NAYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMV
          ::   :   ::.:::  . .  :. . .... ::.: ... :   .. :.... .  
CCDS73 LCVAYPEPL---GERLYTETK-IFLENHVRHLHKRVLES-EEQVLVMYHRYWEEYSKGAD
        60           70         80        90        100       110  

       120       130          140       150        160             
pF1KSD MIRDILMYMDRVYVQQNNVENV---YNLGLIIFRDQVVRYGCIR-DHLRQTLLD------
       ..  .  :..  ....:.. ..   :. : . . . ... : .  :  :. ...      
CCDS73 YMDCLYRYLNTQFIKKNKLTEADLQYGYGGVDMNEPLMEIGELALDMWRKLMVEPLQAIL
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CCDS73 IRMLLREIKNDRGGEDPNQKVIHGVINSFVHVEQYKKKFPLKFYQEIFESPFLTETGEYY
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pF1KSD QMESQKFLAENSASVYIKKVEARINEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTI-
       ..:....: :.. : :..:: .:...:  :  . :  :.   ...  ...... :.. . 
CCDS73 KQEASNLLQESNCSQYMEKVLGRLKDEEIRCRKYLHPSSYTKVIHECQQRMVADHLQFLH
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       .: .:     .... : .:.. :: :.  : .::  : . ........:   .:.  . .
CCDS73 AECHN-----IIRQEKKNDMANMYVLLRAVSTGLPHMIQELQNHIHDEGLRATSNLTQEN
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        :. .....:.....: ...   .:.:. : ...   .   .:        ..:: :. .
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CCDS73 EAMINKLKQACGYEFTSKLHRMYTDMSVSADLNNKFNNFIKNQDTVIDLG-ISFQIYVLQ
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CCDS73 AGAWPLTQAPSSTFAIPQELEKSVQMFELFYSQHFSGRKLTWLHYLCTGEVKMNYLG---
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CCDS73 -------------------KPYVAMVTTYQMAVLLAFNNSETVSYKELQDSTQMNEKELT
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CCDS73 KTIKSLL----DVKMINHDSEKEDIDAESSFSLNMNFSSK--RTKFKITTSMQKDTPQEM
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pF1KSD KETRQKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSRKKMQHNVLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGL
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CCDS73 EQTRSAVDEDRKMYLQAAIVRIMKARKVLRHNALIQEVISQSRARFNPSISMIKKCIEVL
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pF1KSD IEREYLARTPEDRKVYTYVA
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CCDS73 IDKQYIERSQASADEYSYVA
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768 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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