Result of FASTA (ccds) for pF1KSDA0608
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA0608, 769 aa
  1>>>pF1KSDA0608 769 - 769 aa - 769 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.0504+/-0.000833; mu= 9.5862+/- 0.050
 mean_var=183.3916+/-36.983, 0's: 0 Z-trim(114.1): 72  B-trim: 170 in 1/49
 Lambda= 0.094708
 statistics sampled from 14617 (14689) to 14617 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.768), E-opt: 0.2 (0.451), width:  16
 Scan time:  4.300

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS41553.1 TBC1D12 gene_id:23232|Hs108|chr10      ( 775) 5204 723.6 2.9e-208
CCDS3394.2 TBC1D14 gene_id:57533|Hs108|chr4        ( 693) 2225 316.5 9.1e-86
CCDS82909.1 TBC1D14 gene_id:57533|Hs108|chr4       ( 465) 2199 312.8 7.9e-85
CCDS47006.1 TBC1D14 gene_id:57533|Hs108|chr4       ( 413) 2069 295.0 1.6e-79
CCDS75104.1 TBC1D14 gene_id:57533|Hs108|chr4       ( 353) 1800 258.2 1.6e-68


>>CCDS41553.1 TBC1D12 gene_id:23232|Hs108|chr10           (775 aa)
 initn: 4875 init1: 4875 opt: 5204  Z-score: 3852.4  bits: 723.6 E(32554): 2.9e-208
Smith-Waterman score: 5204; 99.2% identity (99.2% similar) in 775 aa overlap (1-769:1-775)

               10        20        30        40        50          
pF1KSD MVGPEDAGACSGRNPKLLPVPAPDPVGQDRKVIRATGGFGGGVGAVEPPEEADEEEE---
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::   
CCDS41 MVGPEDAGACSGRNPKLLPVPAPDPVGQDRKVIRATGGFGGGVGAVEPPEEADEEEEADE
               10        20        30        40        50        60

           60        70        80        90       100       110    
pF1KSD ---TPPRQLLQRYLAAAGEQLEPGLCYCPLPAGQAGAPPPSAAPRSDACLLGSGSKHRGA
          :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 EEETPPRQLLQRYLAAAGEQLEPGLCYCPLPAGQAGAPPPSAAPRSDACLLGSGSKHRGA
               70        80        90       100       110       120

          120       130       140       150       160       170    
pF1KSD EVADGRAPRHEGMTNGDSGFLPGRDCRDLEEARGLARAGGRESRRRRPYGRLRLEGPGDE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 EVADGRAPRHEGMTNGDSGFLPGRDCRDLEEARGLARAGGRESRRRRPYGRLRLEGPGDE
              130       140       150       160       170       180

          180       190       200       210       220       230    
pF1KSD DADGAGSPSDWASPLEDPLRSCCLVAADAQEPEGAGSDSGDSPASSCSSSEDSEQRGVGA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 DADGAGSPSDWASPLEDPLRSCCLVAADAQEPEGAGSDSGDSPASSCSSSEDSEQRGVGA
              190       200       210       220       230       240

          240       250       260       270       280       290    
pF1KSD GGPEEGAPPATSAERTNGGAEPRLGFSDIHFNSRNTFQVSRGQSARDHLPPAGPPVPLPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 GGPEEGAPPATSAERTNGGAEPRLGFSDIHFNSRNTFQVSRGQSARDHLPPAGPPVPLPA
              250       260       270       280       290       300

          300       310       320       330       340       350    
pF1KSD AEQGPAGASARARRSGGFADFFTRNLFPKRTKELKSVVHSAPGWKLFGKVPPRENLQKTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 AEQGPAGASARARRSGGFADFFTRNLFPKRTKELKSVVHSAPGWKLFGKVPPRENLQKTS
              310       320       330       340       350       360

          360       370       380       390       400       410    
pF1KSD KIIQQEYEARTGRTCKPPPQSSRRKNFEFEPLSTTALILEDRPSNLPAKSVEEALRHRQE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 KIIQQEYEARTGRTCKPPPQSSRRKNFEFEPLSTTALILEDRPSNLPAKSVEEALRHRQE
              370       380       390       400       410       420

          420       430       440       450       460       470    
pF1KSD YDEMVAEAKKREIKEAHKRKRIMKERFKQEENIASAMVIWINEILPNWEVMRSTRRVREL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 YDEMVAEAKKREIKEAHKRKRIMKERFKQEENIASAMVIWINEILPNWEVMRSTRRVREL
              430       440       450       460       470       480

          480       490       500       510       520       530    
pF1KSD WWQGLPPSVRGKVWSLAVGNELNITPELYEIFLSRAKERWKSFSETSSENDTEGVSVADR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 WWQGLPPSVRGKVWSLAVGNELNITPELYEIFLSRAKERWKSFSETSSENDTEGVSVADR
              490       500       510       520       530       540

          540       550       560       570       580       590    
pF1KSD EASLELIKLDISRTFPSLYIFQKGGPYHDVLHSILGAYTCYRPDVGYVQGMSFIAAVLIL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 EASLELIKLDISRTFPSLYIFQKGGPYHDVLHSILGAYTCYRPDVGYVQGMSFIAAVLIL
              550       560       570       580       590       600

          600       610       620       630       640       650    
pF1KSD NLEEADAFIAFANLLNKPCQLAFFRVDHSMMLKYFATFEVFFEENLSKLFLHFKSYSLTP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 NLEEADAFIAFANLLNKPCQLAFFRVDHSMMLKYFATFEVFFEENLSKLFLHFKSYSLTP
              610       620       630       640       650       660

          660       670       680       690       700       710    
pF1KSD DIYLIDWIFTLYSKSLPLDLACRVWDVFCRDGEEFLFRTGLGILRLYEDILLQMDFIHIA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 DIYLIDWIFTLYSKSLPLDLACRVWDVFCRDGEEFLFRTGLGILRLYEDILLQMDFIHIA
              670       680       690       700       710       720

          720       730       740       750       760         
pF1KSD QFLTKLPEDITSEKLFSCIAAIQMQNSTKKWTQVFASVMKDIKEGDKNSSPALKS
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 QFLTKLPEDITSEKLFSCIAAIQMQNSTKKWTQVFASVMKDIKEGDKNSSPALKS
              730       740       750       760       770     

>>CCDS3394.2 TBC1D14 gene_id:57533|Hs108|chr4             (693 aa)
 initn: 2193 init1: 1314 opt: 2225  Z-score: 1653.3  bits: 316.5 E(32554): 9.1e-86
Smith-Waterman score: 2225; 70.6% identity (89.0% similar) in 462 aa overlap (310-768:233-692)

     280       290       300       310       320       330         
pF1KSD RDHLPPAGPPVPLPAAEQGPAGASARARRSGGFADFFTRNLFPKRTKELKSVVHSAPGWK
                                     : :..::.:::.  : .  .   :.  :::
CCDS33 VTLSSIKETRGLHQQDCVHEAEEGSKLKILGPFSNFFARNLLA-RKQSARLDKHNDLGWK
            210       220       230       240        250       260 

     340       350       360       370        380       390        
pF1KSD LFGKVPPRENLQKTSKIIQQEYEARTGRTCKPP-PQSSRRKNFEFEPLSTTALILEDRPS
       ::::.: ::: :: :: ::.::: ..::  ::: :... :::..:::::::::::::::.
CCDS33 LFGKAPLRENAQKDSKRIQKEYEDKAGRPSKPPSPKQNVRKNLDFEPLSTTALILEDRPA
             270       280       290       300       310       320 

      400       410       420       430       440       450        
pF1KSD NLPAKSVEEALRHRQEYDEMVAEAKKREIKEAHKRKRIMKERFKQEENIASAMVIWINEI
       ::::: .::: .:::.:.:::..:::::.:::..::. ..:: . ::.:..:.. : :::
CCDS33 NLPAKPAEEAQKHRQQYEEMVVQAKKRELKEAQRRKKQLEERCRVEESIGNAVLTWNNEI
             330       340       350       360       370       380 

      460       470       480       490       500       510        
pF1KSD LPNWEVMRSTRRVRELWWQGLPPSVRGKVWSLAVGNELNITPELYEIFLSRAKERWKSFS
       :::::.:  .:.::.:::::.::::::::::::.::::::: ::..: :.::::::.:.:
CCDS33 LPNWETMWCSRKVRDLWWQGIPPSVRGKVWSLAIGNELNITHELFDICLARAKERWRSLS
             390       400       410       420       430       440 

      520         530       540       550       560       570      
pF1KSD ETSSE--NDTEGVSVADREASLELIKLDISRTFPSLYIFQKGGPYHDVLHSILGAYTCYR
         .::  :.  : :.:::::::::::::::::::.: :::.::::::.::::::::::::
CCDS33 TGGSEVENEDAGFSAADREASLELIKLDISRTFPNLCIFQQGGPYHDMLHSILGAYTCYR
             450       460       470       480       490       500 

        580       590       600       610       620       630      
pF1KSD PDVGYVQGMSFIAAVLILNLEEADAFIAFANLLNKPCQLAFFRVDHSMMLKYFATFEVFF
       ::::::::::::::::::::. :::::::.::::::::.:::::::..:: :::.:::::
CCDS33 PDVGYVQGMSFIAAVLILNLDTADAFIAFSNLLNKPCQMAFFRVDHGLMLTYFAAFEVFF
             510       520       530       540       550       560 

        640       650       660       670       680       690      
pF1KSD EENLSKLFLHFKSYSLTPDIYLIDWIFTLYSKSLPLDLACRVWDVFCRDGEEFLFRTGLG
       :::: ::: :::. .::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::.::
CCDS33 EENLPKLFAHFKKNNLTPDIYLIDWIFTLYSKSLPLDLACRIWDVFCRDGEEFLFRTALG
             570       580       590       600       610       620 

        700       710       720       730       740       750      
pF1KSD ILRLYEDILLQMDFIHIAQFLTKLPEDITSEKLFSCIAAIQMQNSTKKWTQVFASVMKDI
       ::.:.:::: .:::::.:::::.::::. .:.::. ::.::::. .:::.::.....:: 
CCDS33 ILKLFEDILTKMDFIHMAQFLTRLPEDLPAEELFASIATIQMQSRNKKWAQVLTALQKDS
             630       640       650       660       670       680 

        760         
pF1KSD KEGDKNSSPALKS
       .: .:.: :.:. 
CCDS33 REMEKGS-PSLRH
              690   

>>CCDS82909.1 TBC1D14 gene_id:57533|Hs108|chr4            (465 aa)
 initn: 2174 init1: 1314 opt: 2199  Z-score: 1636.4  bits: 312.8 E(32554): 7.9e-85
Smith-Waterman score: 2199; 70.5% identity (89.1% similar) in 457 aa overlap (315-768:10-464)

          290       300       310       320       330       340    
pF1KSD PAGPPVPLPAAEQGPAGASARARRSGGFADFFTRNLFPKRTKELKSVVHSAPGWKLFGKV
                                     :. :::. .. .  .   :.  :::::::.
CCDS82                      MMAISPALLFMDRNLLARK-QSARLDKHNDLGWKLFGKA
                                    10         20        30        

          350       360       370        380       390       400   
pF1KSD PPRENLQKTSKIIQQEYEARTGRTCKPP-PQSSRRKNFEFEPLSTTALILEDRPSNLPAK
       : ::: :: :: ::.::: ..::  ::: :... :::..:::::::::::::::.:::::
CCDS82 PLRENAQKDSKRIQKEYEDKAGRPSKPPSPKQNVRKNLDFEPLSTTALILEDRPANLPAK
       40        50        60        70        80        90        

           410       420       430       440       450       460   
pF1KSD SVEEALRHRQEYDEMVAEAKKREIKEAHKRKRIMKERFKQEENIASAMVIWINEILPNWE
        .::: .:::.:.:::..:::::.:::..::. ..:: . ::.:..:.. : ::::::::
CCDS82 PAEEAQKHRQQYEEMVVQAKKRELKEAQRRKKQLEERCRVEESIGNAVLTWNNEILPNWE
      100       110       120       130       140       150        

           470       480       490       500       510       520   
pF1KSD VMRSTRRVRELWWQGLPPSVRGKVWSLAVGNELNITPELYEIFLSRAKERWKSFSETSSE
       .:  .:.::.:::::.::::::::::::.::::::: ::..: :.::::::.:.:  .::
CCDS82 TMWCSRKVRDLWWQGIPPSVRGKVWSLAIGNELNITHELFDICLARAKERWRSLSTGGSE
      160       170       180       190       200       210        

             530       540       550       560       570       580 
pF1KSD --NDTEGVSVADREASLELIKLDISRTFPSLYIFQKGGPYHDVLHSILGAYTCYRPDVGY
         :.  : :.:::::::::::::::::::.: :::.::::::.:::::::::::::::::
CCDS82 VENEDAGFSAADREASLELIKLDISRTFPNLCIFQQGGPYHDMLHSILGAYTCYRPDVGY
      220       230       240       250       260       270        

             590       600       610       620       630       640 
pF1KSD VQGMSFIAAVLILNLEEADAFIAFANLLNKPCQLAFFRVDHSMMLKYFATFEVFFEENLS
       :::::::::::::::. :::::::.::::::::.:::::::..:: :::.::::::::: 
CCDS82 VQGMSFIAAVLILNLDTADAFIAFSNLLNKPCQMAFFRVDHGLMLTYFAAFEVFFEENLP
      280       290       300       310       320       330        

             650       660       670       680       690       700 
pF1KSD KLFLHFKSYSLTPDIYLIDWIFTLYSKSLPLDLACRVWDVFCRDGEEFLFRTGLGILRLY
       ::: :::. .::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::.::::.:.
CCDS82 KLFAHFKKNNLTPDIYLIDWIFTLYSKSLPLDLACRIWDVFCRDGEEFLFRTALGILKLF
      340       350       360       370       380       390        

             710       720       730       740       750       760 
pF1KSD EDILLQMDFIHIAQFLTKLPEDITSEKLFSCIAAIQMQNSTKKWTQVFASVMKDIKEGDK
       :::: .:::::.:::::.::::. .:.::. ::.::::. .:::.::.....:: .: .:
CCDS82 EDILTKMDFIHMAQFLTRLPEDLPAEELFASIATIQMQSRNKKWAQVLTALQKDSREMEK
      400       410       420       430       440       450        

               
pF1KSD NSSPALKS
       .: :.:. 
CCDS82 GS-PSLRH
      460      

>>CCDS47006.1 TBC1D14 gene_id:57533|Hs108|chr4            (413 aa)
 initn: 2061 init1: 1314 opt: 2069  Z-score: 1541.1  bits: 295.0 E(32554): 1.6e-79
Smith-Waterman score: 2069; 72.8% identity (91.3% similar) in 412 aa overlap (360-768:2-412)

     330       340       350       360       370        380        
pF1KSD SVVHSAPGWKLFGKVPPRENLQKTSKIIQQEYEARTGRTCKPP-PQSSRRKNFEFEPLST
                                     ::: ..::  ::: :... :::..::::::
CCDS47                              MEYEDKAGRPSKPPSPKQNVRKNLDFEPLST
                                            10        20        30 

      390       400       410       420       430       440        
pF1KSD TALILEDRPSNLPAKSVEEALRHRQEYDEMVAEAKKREIKEAHKRKRIMKERFKQEENIA
       :::::::::.::::: .::: .:::.:.:::..:::::.:::..::. ..:: . ::.:.
CCDS47 TALILEDRPANLPAKPAEEAQKHRQQYEEMVVQAKKRELKEAQRRKKQLEERCRVEESIG
              40        50        60        70        80        90 

      450       460       470       480       490       500        
pF1KSD SAMVIWINEILPNWEVMRSTRRVRELWWQGLPPSVRGKVWSLAVGNELNITPELYEIFLS
       .:.. : ::::::::.:  .:.::.:::::.::::::::::::.::::::: ::..: :.
CCDS47 NAVLTWNNEILPNWETMWCSRKVRDLWWQGIPPSVRGKVWSLAIGNELNITHELFDICLA
             100       110       120       130       140       150 

      510       520         530       540       550       560      
pF1KSD RAKERWKSFSETSSE--NDTEGVSVADREASLELIKLDISRTFPSLYIFQKGGPYHDVLH
       ::::::.:.:  .::  :.  : :.:::::::::::::::::::.: :::.::::::.::
CCDS47 RAKERWRSLSTGGSEVENEDAGFSAADREASLELIKLDISRTFPNLCIFQQGGPYHDMLH
             160       170       180       190       200       210 

        570       580       590       600       610       620      
pF1KSD SILGAYTCYRPDVGYVQGMSFIAAVLILNLEEADAFIAFANLLNKPCQLAFFRVDHSMML
       ::::::::::::::::::::::::::::::. :::::::.::::::::.:::::::..::
CCDS47 SILGAYTCYRPDVGYVQGMSFIAAVLILNLDTADAFIAFSNLLNKPCQMAFFRVDHGLML
             220       230       240       250       260       270 

        630       640       650       660       670       680      
pF1KSD KYFATFEVFFEENLSKLFLHFKSYSLTPDIYLIDWIFTLYSKSLPLDLACRVWDVFCRDG
        :::.::::::::: ::: :::. .::::::::::::::::::::::::::.::::::::
CCDS47 TYFAAFEVFFEENLPKLFAHFKKNNLTPDIYLIDWIFTLYSKSLPLDLACRIWDVFCRDG
             280       290       300       310       320       330 

        690       700       710       720       730       740      
pF1KSD EEFLFRTGLGILRLYEDILLQMDFIHIAQFLTKLPEDITSEKLFSCIAAIQMQNSTKKWT
       :::::::.::::.:.:::: .:::::.:::::.::::. .:.::. ::.::::. .:::.
CCDS47 EEFLFRTALGILKLFEDILTKMDFIHMAQFLTRLPEDLPAEELFASIATIQMQSRNKKWA
             340       350       360       370       380       390 

        750       760         
pF1KSD QVFASVMKDIKEGDKNSSPALKS
       ::.....:: .: .:.: :.:. 
CCDS47 QVLTALQKDSREMEKGS-PSLRH
             400        410   

>>CCDS75104.1 TBC1D14 gene_id:57533|Hs108|chr4            (353 aa)
 initn: 1804 init1: 1314 opt: 1800  Z-score: 1343.4  bits: 258.2 E(32554): 1.6e-68
Smith-Waterman score: 1800; 73.7% identity (91.8% similar) in 353 aa overlap (418-768:1-352)

       390       400       410       420       430       440       
pF1KSD TTALILEDRPSNLPAKSVEEALRHRQEYDEMVAEAKKREIKEAHKRKRIMKERFKQEENI
                                     ::..:::::.:::..::. ..:: . ::.:
CCDS75                               MVVQAKKRELKEAQRRKKQLEERCRVEESI
                                             10        20        30

       450       460       470       480       490       500       
pF1KSD ASAMVIWINEILPNWEVMRSTRRVRELWWQGLPPSVRGKVWSLAVGNELNITPELYEIFL
       ..:.. : ::::::::.:  .:.::.:::::.::::::::::::.::::::: ::..: :
CCDS75 GNAVLTWNNEILPNWETMWCSRKVRDLWWQGIPPSVRGKVWSLAIGNELNITHELFDICL
               40        50        60        70        80        90

       510       520         530       540       550       560     
pF1KSD SRAKERWKSFSETSSE--NDTEGVSVADREASLELIKLDISRTFPSLYIFQKGGPYHDVL
       .::::::.:.:  .::  :.  : :.:::::::::::::::::::.: :::.::::::.:
CCDS75 ARAKERWRSLSTGGSEVENEDAGFSAADREASLELIKLDISRTFPNLCIFQQGGPYHDML
              100       110       120       130       140       150

         570       580       590       600       610       620     
pF1KSD HSILGAYTCYRPDVGYVQGMSFIAAVLILNLEEADAFIAFANLLNKPCQLAFFRVDHSMM
       :::::::::::::::::::::::::::::::. :::::::.::::::::.:::::::..:
CCDS75 HSILGAYTCYRPDVGYVQGMSFIAAVLILNLDTADAFIAFSNLLNKPCQMAFFRVDHGLM
              160       170       180       190       200       210

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pF1KSD LKYFATFEVFFEENLSKLFLHFKSYSLTPDIYLIDWIFTLYSKSLPLDLACRVWDVFCRD
       : :::.::::::::: ::: :::. .::::::::::::::::::::::::::.:::::::
CCDS75 LTYFAAFEVFFEENLPKLFAHFKKNNLTPDIYLIDWIFTLYSKSLPLDLACRIWDVFCRD
              220       230       240       250       260       270

         690       700       710       720       730       740     
pF1KSD GEEFLFRTGLGILRLYEDILLQMDFIHIAQFLTKLPEDITSEKLFSCIAAIQMQNSTKKW
       ::::::::.::::.:.:::: .:::::.:::::.::::. .:.::. ::.::::. .:::
CCDS75 GEEFLFRTALGILKLFEDILTKMDFIHMAQFLTRLPEDLPAEELFASIATIQMQSRNKKW
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         750       760         
pF1KSD TQVFASVMKDIKEGDKNSSPALKS
       .::.....:: .: .:.: :.:. 
CCDS75 AQVLTALQKDSREMEKGS-PSLRH
              340        350   




769 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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