Result of FASTA (ccds) for pF1KSDA0529
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA0529, 952 aa
  1>>>pF1KSDA0529 952 - 952 aa - 952 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2422+/-0.00111; mu= 16.9012+/- 0.067
 mean_var=90.3516+/-17.940, 0's: 0 Z-trim(105.0): 105  B-trim: 44 in 1/46
 Lambda= 0.134929
 statistics sampled from 8067 (8176) to 8067 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.615), E-opt: 0.2 (0.251), width:  16
 Scan time:  4.250

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS8963.1 USP15 gene_id:9958|Hs108|chr12          ( 952) 6535 1283.1       0
CCDS58251.1 USP15 gene_id:9958|Hs108|chr12         ( 981) 4983 981.0       0
CCDS2793.1 USP4 gene_id:7375|Hs108|chr3            ( 963) 1642 330.6 8.8e-90
CCDS2794.1 USP4 gene_id:7375|Hs108|chr3            ( 916) 1639 330.0 1.3e-89
CCDS58250.1 USP15 gene_id:9958|Hs108|chr12         ( 235) 1554 313.2 3.9e-85
CCDS14277.1 USP11 gene_id:8237|Hs108|chrX          ( 963) 1461 295.4 3.6e-79
CCDS58832.1 USP4 gene_id:7375|Hs108|chr3           ( 313) 1135 231.7 1.8e-60
CCDS32697.1 USP32 gene_id:84669|Hs108|chr17        (1604) 1124 229.9 3.1e-59
CCDS11069.2 USP6 gene_id:9098|Hs108|chr17          (1406) 1108 226.8 2.4e-58
CCDS43090.1 USP19 gene_id:10869|Hs108|chr3         (1318)  881 182.6 4.5e-45
CCDS56256.1 USP19 gene_id:10869|Hs108|chr3         (1372)  881 182.6 4.7e-45
CCDS56255.1 USP19 gene_id:10869|Hs108|chr3         (1384)  881 182.6 4.7e-45
CCDS56254.1 USP19 gene_id:10869|Hs108|chr3         (1419)  881 182.6 4.8e-45
CCDS61632.1 USP8 gene_id:9101|Hs108|chr15          (1012)  664 140.3 1.9e-32
CCDS10137.1 USP8 gene_id:9101|Hs108|chr15          (1118)  664 140.3   2e-32
CCDS8422.1 USP2 gene_id:9099|Hs108|chr11           ( 605)  560 119.9 1.5e-26
CCDS58189.1 USP2 gene_id:9099|Hs108|chr11          ( 362)  551 118.0 3.3e-26
CCDS10607.1 USP31 gene_id:57478|Hs108|chr16        (1352)  559 119.9 3.4e-26
CCDS8423.1 USP2 gene_id:9099|Hs108|chr11           ( 396)  544 116.7 9.2e-26
CCDS58516.1 USP43 gene_id:124739|Hs108|chr17       (1118)  547 117.5 1.5e-25
CCDS45610.1 USP43 gene_id:124739|Hs108|chr17       (1123)  547 117.5 1.5e-25
CCDS58370.1 USP3 gene_id:9960|Hs108|chr15          ( 476)  479 104.1 6.9e-22
CCDS32265.1 USP3 gene_id:9960|Hs108|chr15          ( 520)  479 104.1 7.4e-22
CCDS30920.1 USP21 gene_id:27005|Hs108|chr1         ( 565)  395 87.8 6.7e-17
CCDS680.1 USP33 gene_id:23032|Hs108|chr1           ( 828)  368 82.6 3.5e-15
CCDS679.1 USP33 gene_id:23032|Hs108|chr1           ( 911)  368 82.6 3.8e-15
CCDS678.1 USP33 gene_id:23032|Hs108|chr1           ( 942)  368 82.6 3.9e-15
CCDS43892.1 USP20 gene_id:10868|Hs108|chr9         ( 914)  351 79.3 3.8e-14


>>CCDS8963.1 USP15 gene_id:9958|Hs108|chr12               (952 aa)
 initn: 6535 init1: 6535 opt: 6535  Z-score: 6873.0  bits: 1283.1 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 6535; 100.0% identity (100.0% similar) in 952 aa overlap (1-952:1-952)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MAEGGAADLDTQRSDIATLLKTSLRKGDTWYLVDSRWFKQWKKYVGFDSWDKYQMGDQNV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 MAEGGAADLDTQRSDIATLLKTSLRKGDTWYLVDSRWFKQWKKYVGFDSWDKYQMGDQNV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD YPGPIDNSGLLKDGDAQSLKEHLIDELDYILLPTEGWNKLVSWYTLMEGQEPIARKVVEQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 YPGPIDNSGLLKDGDAQSLKEHLIDELDYILLPTEGWNKLVSWYTLMEGQEPIARKVVEQ
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD GMFVKHCKVEVYLTELKLCENGNMNNVVTRRFSKADTIDTIEKEIRKIFSIPDEKETRLW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 GMFVKHCKVEVYLTELKLCENGNMNNVVTRRFSKADTIDTIEKEIRKIFSIPDEKETRLW
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD NKYMSNTFEPLNKPDSTIQDAGLYQGQVLVIEQKNEDGTWPRGPSTPNVKNSNYCLPSYT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 NKYMSNTFEPLNKPDSTIQDAGLYQGQVLVIEQKNEDGTWPRGPSTPNVKNSNYCLPSYT
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD AYKNYDYSEPGRNNEQPGLCGLSNLGNTCFMNSAIQCLSNTPPLTEYFLNDKYQEELNFD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 AYKNYDYSEPGRNNEQPGLCGLSNLGNTCFMNSAIQCLSNTPPLTEYFLNDKYQEELNFD
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD NPLGMRGEIAKSYAELIKQMWSGKFSYVTPRAFKTQVGRFAPQFSGYQQQDCQELLAFLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 NPLGMRGEIAKSYAELIKQMWSGKFSYVTPRAFKTQVGRFAPQFSGYQQQDCQELLAFLL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD DGLHEDLNRIRKKPYIQLKDADGRPDKVVAEEAWENHLKRNDSIIVDIFHGLFKSTLVCP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 DGLHEDLNRIRKKPYIQLKDADGRPDKVVAEEAWENHLKRNDSIIVDIFHGLFKSTLVCP
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD ECAKISVTFDPFCYLTLPLPMKKERTLEVYLVRMDPLTKPMQYKVVVPKIGNILDLCTAL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 ECAKISVTFDPFCYLTLPLPMKKERTLEVYLVRMDPLTKPMQYKVVVPKIGNILDLCTAL
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD SALSGIPADKMIVTDIYNHRFHRIFAMDENLSSIMERDDIYVFEININRTEDTEHVIIPV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 SALSGIPADKMIVTDIYNHRFHRIFAMDENLSSIMERDDIYVFEININRTEDTEHVIIPV
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD CLREKFRHSSYTHHTGSSLFGQPFLMAVPRNNTEDKLYNLLLLRMCRYVKISTETEETEG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 CLREKFRHSSYTHHTGSSLFGQPFLMAVPRNNTEDKLYNLLLLRMCRYVKISTETEETEG
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD SLHCCKDQNINGNGPNGIHEEGSPSEMETDEPDDESSQDQELPSENENSQSEDSVGGDND
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 SLHCCKDQNINGNGPNGIHEEGSPSEMETDEPDDESSQDQELPSENENSQSEDSVGGDND
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD SENGLCTEDTCKGQLTGHKKRLFTFQFNNLGNTDINYIKDDTRHIRFDDRQLRLDERSFL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 SENGLCTEDTCKGQLTGHKKRLFTFQFNNLGNTDINYIKDDTRHIRFDDRQLRLDERSFL
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD ALDWDPDLKKRYFDENAAEDFEKHESVEYKPPKKPFVKLKDCIELFTTKEKLGAEDPWYC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 ALDWDPDLKKRYFDENAAEDFEKHESVEYKPPKKPFVKLKDCIELFTTKEKLGAEDPWYC
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KSD PNCKEHQQATKKLDLWSLPPVLVVHLKRFSYSRYMRDKLDTLVDFPINDLDMSEFLINPN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 PNCKEHQQATKKLDLWSLPPVLVVHLKRFSYSRYMRDKLDTLVDFPINDLDMSEFLINPN
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KSD AGPCRYNLIAVSNHYGGMGGGHYTAFAKNKDDGKWYYFDDSSVSTASEDQIVSKAAYVLF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 AGPCRYNLIAVSNHYGGMGGGHYTAFAKNKDDGKWYYFDDSSVSTASEDQIVSKAAYVLF
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950  
pF1KSD YQRQDTFSGTGFFPLDRETKGASAATGIPLESDEDSNDNDNDIENENCMHTN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 YQRQDTFSGTGFFPLDRETKGASAATGIPLESDEDSNDNDNDIENENCMHTN
              910       920       930       940       950  

>>CCDS58251.1 USP15 gene_id:9958|Hs108|chr12              (981 aa)
 initn: 6521 init1: 4983 opt: 4983  Z-score: 5240.1  bits: 981.0 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 6467; 97.0% identity (97.0% similar) in 981 aa overlap (1-952:1-981)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MAEGGAADLDTQRSDIATLLKTSLRKGDTWYLVDSRWFKQWKKYVGFDSWDKYQMGDQNV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MAEGGAADLDTQRSDIATLLKTSLRKGDTWYLVDSRWFKQWKKYVGFDSWDKYQMGDQNV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD YPGPIDNSGLLKDGDAQSLKEHLIDELDYILLPTEGWNKLVSWYTLMEGQEPIARKVVEQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 YPGPIDNSGLLKDGDAQSLKEHLIDELDYILLPTEGWNKLVSWYTLMEGQEPIARKVVEQ
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD GMFVKHCKVEVYLTELKLCENGNMNNVVTRRFSKADTIDTIEKEIRKIFSIPDEKETRLW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 GMFVKHCKVEVYLTELKLCENGNMNNVVTRRFSKADTIDTIEKEIRKIFSIPDEKETRLW
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220                    
pF1KSD NKYMSNTFEPLNKPDSTIQDAGLYQGQVLVIEQKNEDGTWPRGPSTP-------------
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::             
CCDS58 NKYMSNTFEPLNKPDSTIQDAGLYQGQVLVIEQKNEDGTWPRGPSTPKSPGASNFSTLPK
              190       200       210       220       230       240

                       230       240       250       260       270 
pF1KSD ----------------NVKNSNYCLPSYTAYKNYDYSEPGRNNEQPGLCGLSNLGNTCFM
                       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 ISPSSLSNNYNNMNNRNVKNSNYCLPSYTAYKNYDYSEPGRNNEQPGLCGLSNLGNTCFM
              250       260       270       280       290       300

             280       290       300       310       320       330 
pF1KSD NSAIQCLSNTPPLTEYFLNDKYQEELNFDNPLGMRGEIAKSYAELIKQMWSGKFSYVTPR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 NSAIQCLSNTPPLTEYFLNDKYQEELNFDNPLGMRGEIAKSYAELIKQMWSGKFSYVTPR
              310       320       330       340       350       360

             340       350       360       370       380       390 
pF1KSD AFKTQVGRFAPQFSGYQQQDCQELLAFLLDGLHEDLNRIRKKPYIQLKDADGRPDKVVAE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 AFKTQVGRFAPQFSGYQQQDCQELLAFLLDGLHEDLNRIRKKPYIQLKDADGRPDKVVAE
              370       380       390       400       410       420

             400       410       420       430       440       450 
pF1KSD EAWENHLKRNDSIIVDIFHGLFKSTLVCPECAKISVTFDPFCYLTLPLPMKKERTLEVYL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 EAWENHLKRNDSIIVDIFHGLFKSTLVCPECAKISVTFDPFCYLTLPLPMKKERTLEVYL
              430       440       450       460       470       480

             460       470       480       490       500       510 
pF1KSD VRMDPLTKPMQYKVVVPKIGNILDLCTALSALSGIPADKMIVTDIYNHRFHRIFAMDENL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 VRMDPLTKPMQYKVVVPKIGNILDLCTALSALSGIPADKMIVTDIYNHRFHRIFAMDENL
              490       500       510       520       530       540

             520       530       540       550       560       570 
pF1KSD SSIMERDDIYVFEININRTEDTEHVIIPVCLREKFRHSSYTHHTGSSLFGQPFLMAVPRN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SSIMERDDIYVFEININRTEDTEHVIIPVCLREKFRHSSYTHHTGSSLFGQPFLMAVPRN
              550       560       570       580       590       600

             580       590       600       610       620       630 
pF1KSD NTEDKLYNLLLLRMCRYVKISTETEETEGSLHCCKDQNINGNGPNGIHEEGSPSEMETDE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 NTEDKLYNLLLLRMCRYVKISTETEETEGSLHCCKDQNINGNGPNGIHEEGSPSEMETDE
              610       620       630       640       650       660

             640       650       660       670       680       690 
pF1KSD PDDESSQDQELPSENENSQSEDSVGGDNDSENGLCTEDTCKGQLTGHKKRLFTFQFNNLG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 PDDESSQDQELPSENENSQSEDSVGGDNDSENGLCTEDTCKGQLTGHKKRLFTFQFNNLG
              670       680       690       700       710       720

             700       710       720       730       740       750 
pF1KSD NTDINYIKDDTRHIRFDDRQLRLDERSFLALDWDPDLKKRYFDENAAEDFEKHESVEYKP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 NTDINYIKDDTRHIRFDDRQLRLDERSFLALDWDPDLKKRYFDENAAEDFEKHESVEYKP
              730       740       750       760       770       780

             760       770       780       790       800       810 
pF1KSD PKKPFVKLKDCIELFTTKEKLGAEDPWYCPNCKEHQQATKKLDLWSLPPVLVVHLKRFSY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 PKKPFVKLKDCIELFTTKEKLGAEDPWYCPNCKEHQQATKKLDLWSLPPVLVVHLKRFSY
              790       800       810       820       830       840

             820       830       840       850       860       870 
pF1KSD SRYMRDKLDTLVDFPINDLDMSEFLINPNAGPCRYNLIAVSNHYGGMGGGHYTAFAKNKD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SRYMRDKLDTLVDFPINDLDMSEFLINPNAGPCRYNLIAVSNHYGGMGGGHYTAFAKNKD
              850       860       870       880       890       900

             880       890       900       910       920       930 
pF1KSD DGKWYYFDDSSVSTASEDQIVSKAAYVLFYQRQDTFSGTGFFPLDRETKGASAATGIPLE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 DGKWYYFDDSSVSTASEDQIVSKAAYVLFYQRQDTFSGTGFFPLDRETKGASAATGIPLE
              910       920       930       940       950       960

             940       950  
pF1KSD SDEDSNDNDNDIENENCMHTN
       :::::::::::::::::::::
CCDS58 SDEDSNDNDNDIENENCMHTN
              970       980 

>>CCDS2793.1 USP4 gene_id:7375|Hs108|chr3                 (963 aa)
 initn: 3610 init1: 1550 opt: 1642  Z-score: 1725.3  bits: 330.6 E(32554): 8.8e-90
Smith-Waterman score: 3644; 58.1% identity (77.1% similar) in 977 aa overlap (8-940:12-956)

                   10        20        30        40        50      
pF1KSD     MAEGGAADLDTQRSDIATLLKTSLRKGDTWYLVDSRWFKQWKKYVGFDSWDKYQMG
                  : .::.:... :..:.:..:  :::.:::::::::::::::::: :..:
CCDS27 MAEGGGCRERPDAETQKSELGPLMRTTLQRGAQWYLIDSRWFKQWKKYVGFDSWDMYNVG
               10        20        30        40        50        60

         60        70        80        90       100       110      
pF1KSD DQNVYPGPIDNSGLLKDGDAQSLKEHLIDELDYILLPTEGWNKLVSWYTLMEGQEPIARK
       ..:..:::::::::..: ..:.:::::::::::.:.:::.::::..::  .:::.::.::
CCDS27 EHNLFPGPIDNSGLFSDPESQTLKEHLIDELDYVLVPTEAWNKLLNWYGCVEGQQPIVRK
               70        80        90       100       110       120

        120       130       140       150       160       170      
pF1KSD VVEQGMFVKHCKVEVYLTELKLCENGNMNNVVTRRFSKADTIDTIEKEIRKIFSIPDEKE
       :::.:.::::::::::: :::::::.. .::.. .::::::: :::::.::.:.:: :.:
CCDS27 VVEHGLFVKHCKVEVYLLELKLCENSDPTNVLSCHFSKADTIATIEKEMRKLFNIPAERE
              130       140       150       160       170       180

        180       190       200       210       220                
pF1KSD TRLWNKYMSNTFEPLNKPDSTIQDAGLYQGQVLVIEQKNEDGTWPR---------GPS--
       :::::::::::.: :.: :.:.:::::::::::::: .::::::::         .::  
CCDS27 TRLWNKYMSNTYEQLSKLDNTVQDAGLYQGQVLVIEPQNEDGTWPRQTLQSKSSTAPSRN
              190       200       210       220       230       240

            230       240                               250        
pF1KSD ---TPNVKNSNYCLPSYTAYKN------------------------YDYSEPGRNNEQPG
          .:. . : :   : .   :                        :. .::  .. :::
CCDS27 FTTSPKSSASPYSSVSASLIANGDSTSTCGMHSSGVSRGGSGFSASYNCQEPPSSHIQPG
              250       260       270       280       290       300

      260       270       280       290       300       310        
pF1KSD LCGLSNLGNTCFMNSAIQCLSNTPPLTEYFLNDKYQEELNFDNPLGMRGEIAKSYAELIK
       ::::.:::::::::::.:::::: :::.:::.:.:. :.: ::::::.::::..::::::
CCDS27 LCGLGNLGNTCFMNSALQCLSNTAPLTDYFLKDEYEAEINRDNPLGMKGEIAEAYAELIK
              310       320       330       340       350       360

      320       330       340       350       360       370        
pF1KSD QMWSGKFSYVTPRAFKTQVGRFAPQFSGYQQQDCQELLAFLLDGLHEDLNRIRKKPYIQL
       :::::. ..:.:: ::::::::::::::::::: :::::::::::::::::..::::..:
CCDS27 QMWSGRDAHVAPRMFKTQVGRFAPQFSGYQQQDSQELLAFLLDGLHEDLNRVKKKPYLEL
              370       380       390       400       410       420

      380       390       400       410       420       430        
pF1KSD KDADGRPDKVVAEEAWENHLKRNDSIIVDIFHGLFKSTLVCPECAKISVTFDPFCYLTLP
       :::.:::: :::.::::::  ::::.::: ::::::::::::::::.:::::::::::::
CCDS27 KDANGRPDAVVAKEAWENHRLRNDSVIVDTFHGLFKSTLVCPECAKVSVTFDPFCYLTLP
              430       440       450       460       470       480

      440       450       460       470       480       490        
pF1KSD LPMKKERTLEVYLVRMDPLTKPMQYKVVVPKIGNILDLCTALSALSGIPADKMIVTDIYN
       ::.::.:..::.::  ::  .: ::.:.:: .: . ::: ::: :::: :..:.:.:.::
CCDS27 LPLKKDRVMEVFLVPADPHCRPTQYRVTVPLMGAVSDLCEALSRLSGIAAENMVVADVYN
              490       500       510       520       530       540

      500       510       520       530       540       550        
pF1KSD HRFHRIFAMDENLSSIMERDDIYVFEININRTEDTEHVIIPVCLREKFRHSSYTHHTGSS
       ::::.:: :::.:. :: ::::.:.:.  . .. .: : .:: .::.  . : :  ..:.
CCDS27 HRFHKIFQMDEGLNHIMPRDDIFVYEVCSTSVDGSECVTLPVYFRERKSRPSSTS-SASA
              550       560       570       580       590          

      560       570        580       590       600         610     
pF1KSD LFGQPFLMAVPRNN-TEDKLYNLLLLRMCRYVKISTETEETEGSLH--CCKDQNINGNGP
       :.:::.:..::... : ..::. .  :. ::::     :   . :.   :   : . :. 
CCDS27 LYGQPLLLSVPKHKLTLESLYQAVCDRISRYVKQPLPDEFGSSPLEPGAC---NGSRNSC
     600       610       620       630       640          650      

         620       630       640       650       660       670     
pF1KSD NGIHEEGSPSEMETDEPDDESSQDQELPSENENSQSEDSVGGDNDSENGLCTEDTCKGQL
       .:  ::    ::: .:      . .:  ::.:.: .::  :.:  ::.   :.   ::: 
CCDS27 EGEDEE----EMEHQE------EGKEQLSETEGS-GEDEPGND-PSET---TQKKIKGQP
        660                 670       680         690          700 

         680        690       700       710       720       730    
pF1KSD TGHKKRLFTFQF-NNLGNTDINYIKDDTRHIRFDDRQLRLDERSFLALDWDPDLKKRYFD
           ::::::.. :. :..::: .  :        . :.:. :: ::.::: . .. :.:
CCDS27 C--PKRLFTFSLVNSYGTADINSLAAD-------GKLLKLNSRSTLAMDWDSETRRLYYD
               710       720              730       740       750  

          740        750       760       770       780       790   
pF1KSD ENAAEDFEKHESV-EYKPPKKPFVKLKDCIELFTTKEKLGAEDPWYCPNCKEHQQATKKL
       :. .: .::: :. . .  ::  : :.:::::::: : :: .:::::::::.:::::::.
CCDS27 EQESEAYEKHVSMLQPQKKKKTTVALRDCIELFTTMETLGEHDPWYCPNCKKHQQATKKF
            760       770       780       790       800       810  

           800       810       820       830       840       850   
pF1KSD DLWSLPPVLVVHLKRFSYSRYMRDKLDTLVDFPINDLDMSEFLINPNAGPCRYNLIAVSN
       :::::: .::::::::::.:: ::::::.:.:::  :.::::. : .: :  :.::::::
CCDS27 DLWSLPKILVVHLKRFSYNRYWRDKLDTVVEFPIRGLNMSEFVCNLSARPYVYDLIAVSN
            820       830       840       850       860       870  

           860       870       880       890       900       910   
pF1KSD HYGGMGGGHYTAFAKNKDDGKWYYFDDSSVSTASEDQIVSKAAYVLFYQRQDTFSGTGFF
       :::.:: :::::.:::: .:::::::::.:: :::::::.::::::::::.:      :.
CCDS27 HYGAMGVGHYTAYAKNKLNGKWYYFDDSNVSLASEDQIVTKAAYVLFYQRRDD----EFY
            880       890       900       910       920            

           920        930       940       950  
pF1KSD PLDRETKGASAATGI-PLESDEDSNDNDNDIENENCMHTN
            ....:.  :  :  :..  .:..            
CCDS27 KTPSLSSSGSSDGGTRPSSSQQGFGDDEACSMDTN     
      930       940       950       960        

>>CCDS2794.1 USP4 gene_id:7375|Hs108|chr3                 (916 aa)
 initn: 3610 init1: 1550 opt: 1639  Z-score: 1722.5  bits: 330.0 E(32554): 1.3e-89
Smith-Waterman score: 3698; 59.8% identity (79.6% similar) in 950 aa overlap (1-940:1-909)

                   10        20        30        40        50      
pF1KSD MAEGGAA----DLDTQRSDIATLLKTSLRKGDTWYLVDSRWFKQWKKYVGFDSWDKYQMG
       :::::.     : .::.:... :..:.:..:  :::.:::::::::::::::::: :..:
CCDS27 MAEGGGCRERPDAETQKSELGPLMRTTLQRGAQWYLIDSRWFKQWKKYVGFDSWDMYNVG
               10        20        30        40        50        60

         60        70        80        90       100       110      
pF1KSD DQNVYPGPIDNSGLLKDGDAQSLKEHLIDELDYILLPTEGWNKLVSWYTLMEGQEPIARK
       ..:..:::::::::..: ..:.:::::::::::.:.:::.::::..::  .:::.::.::
CCDS27 EHNLFPGPIDNSGLFSDPESQTLKEHLIDELDYVLVPTEAWNKLLNWYGCVEGQQPIVRK
               70        80        90       100       110       120

        120       130       140       150       160       170      
pF1KSD VVEQGMFVKHCKVEVYLTELKLCENGNMNNVVTRRFSKADTIDTIEKEIRKIFSIPDEKE
       :::.:.::::::::::: :::::::.. .::.. .::::::: :::::.::.:.:: :.:
CCDS27 VVEHGLFVKHCKVEVYLLELKLCENSDPTNVLSCHFSKADTIATIEKEMRKLFNIPAERE
              130       140       150       160       170       180

        180       190       200       210       220       230      
pF1KSD TRLWNKYMSNTFEPLNKPDSTIQDAGLYQGQVLVIEQKNEDGTWPRGPSTPNVKNSNYCL
       :::::::::::.: :.: :.:.:::::::::::::: .::::::::  .: . ..:..  
CCDS27 TRLWNKYMSNTYEQLSKLDNTVQDAGLYQGQVLVIEPQNEDGTWPR--QTLQSNGSGFS-
              190       200       210       220         230        

        240       250       260       270       280       290      
pF1KSD PSYTAYKNYDYSEPGRNNEQPGLCGLSNLGNTCFMNSAIQCLSNTPPLTEYFLNDKYQEE
              .:. .::  .. :::::::.:::::::::::.:::::: :::.:::.:.:. :
CCDS27 ------ASYNCQEPPSSHIQPGLCGLGNLGNTCFMNSALQCLSNTAPLTDYFLKDEYEAE
             240       250       260       270       280       290 

        300       310       320       330       340       350      
pF1KSD LNFDNPLGMRGEIAKSYAELIKQMWSGKFSYVTPRAFKTQVGRFAPQFSGYQQQDCQELL
       .: ::::::.::::..:::::::::::. ..:.:: ::::::::::::::::::: ::::
CCDS27 INRDNPLGMKGEIAEAYAELIKQMWSGRDAHVAPRMFKTQVGRFAPQFSGYQQQDSQELL
             300       310       320       330       340       350 

        360       370       380       390       400       410      
pF1KSD AFLLDGLHEDLNRIRKKPYIQLKDADGRPDKVVAEEAWENHLKRNDSIIVDIFHGLFKST
       :::::::::::::..::::..::::.:::: :::.::::::  ::::.::: ::::::::
CCDS27 AFLLDGLHEDLNRVKKKPYLELKDANGRPDAVVAKEAWENHRLRNDSVIVDTFHGLFKST
             360       370       380       390       400       410 

        420       430       440       450       460       470      
pF1KSD LVCPECAKISVTFDPFCYLTLPLPMKKERTLEVYLVRMDPLTKPMQYKVVVPKIGNILDL
       ::::::::.:::::::::::::::.::.:..::.::  ::  .: ::.:.:: .: . ::
CCDS27 LVCPECAKVSVTFDPFCYLTLPLPLKKDRVMEVFLVPADPHCRPTQYRVTVPLMGAVSDL
             420       430       440       450       460       470 

        480       490       500       510       520       530      
pF1KSD CTALSALSGIPADKMIVTDIYNHRFHRIFAMDENLSSIMERDDIYVFEININRTEDTEHV
       : ::: :::: :..:.:.:.::::::.:: :::.:. :: ::::.:.:.  . .. .: :
CCDS27 CEALSRLSGIAAENMVVADVYNHRFHKIFQMDEGLNHIMPRDDIFVYEVCSTSVDGSECV
             480       490       500       510       520       530 

        540       550       560       570        580       590     
pF1KSD IIPVCLREKFRHSSYTHHTGSSLFGQPFLMAVPRNN-TEDKLYNLLLLRMCRYVKISTET
        .:: .::.  . : :  ..:.:.:::.:..::... : ..::. .  :. ::::     
CCDS27 TLPVYFRERKSRPSSTS-SASALYGQPLLLSVPKHKLTLESLYQAVCDRISRYVKQPLPD
             540        550       560       570       580       590

         600         610       620       630       640       650   
pF1KSD EETEGSLH--CCKDQNINGNGPNGIHEEGSPSEMETDEPDDESSQDQELPSENENSQSED
       :   . :.   :   : . :. .:  ::    ::: .:      . .:  ::.:.: .::
CCDS27 EFGSSPLEPGAC---NGSRNSCEGEDEE----EMEHQE------EGKEQLSETEGS-GED
              600          610           620             630       

           660       670       680        690       700       710  
pF1KSD SVGGDNDSENGLCTEDTCKGQLTGHKKRLFTFQF-NNLGNTDINYIKDDTRHIRFDDRQL
         :.:  ::.   :.   :::     ::::::.. :. :..::: .  :        . :
CCDS27 EPGND-PSET---TQKKIKGQ--PCPKRLFTFSLVNSYGTADINSLAAD-------GKLL
        640           650         660       670              680   

            720       730       740        750       760       770 
pF1KSD RLDERSFLALDWDPDLKKRYFDENAAEDFEKHESV-EYKPPKKPFVKLKDCIELFTTKEK
       .:. :: ::.::: . .. :.::. .: .::: :. . .  ::  : :.:::::::: : 
CCDS27 KLNSRSTLAMDWDSETRRLYYDEQESEAYEKHVSMLQPQKKKKTTVALRDCIELFTTMET
           690       700       710       720       730       740   

             780       790       800       810       820       830 
pF1KSD LGAEDPWYCPNCKEHQQATKKLDLWSLPPVLVVHLKRFSYSRYMRDKLDTLVDFPINDLD
       :: .:::::::::.:::::::.:::::: .::::::::::.:: ::::::.:.:::  :.
CCDS27 LGEHDPWYCPNCKKHQQATKKFDLWSLPKILVVHLKRFSYNRYWRDKLDTVVEFPIRGLN
           750       760       770       780       790       800   

             840       850       860       870       880       890 
pF1KSD MSEFLINPNAGPCRYNLIAVSNHYGGMGGGHYTAFAKNKDDGKWYYFDDSSVSTASEDQI
       ::::. : .: :  :.:::::::::.:: :::::.:::: .:::::::::.:: ::::::
CCDS27 MSEFVCNLSARPYVYDLIAVSNHYGAMGVGHYTAYAKNKLNGKWYYFDDSNVSLASEDQI
           810       820       830       840       850       860   

             900       910       920        930       940       950
pF1KSD VSKAAYVLFYQRQDTFSGTGFFPLDRETKGASAATGI-PLESDEDSNDNDNDIENENCMH
       :.::::::::::.:      :.     ....:.  :  :  :..  .:..          
CCDS27 VTKAAYVLFYQRRDD----EFYKTPSLSSSGSSDGGTRPSSSQQGFGDDEACSMDTN   
           870           880       890       900       910         

         
pF1KSD TN

>>CCDS58250.1 USP15 gene_id:9958|Hs108|chr12              (235 aa)
 initn: 1552 init1: 1552 opt: 1554  Z-score: 1642.0  bits: 313.2 E(32554): 3.9e-85
Smith-Waterman score: 1554; 97.0% identity (97.9% similar) in 235 aa overlap (1-235:1-235)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MAEGGAADLDTQRSDIATLLKTSLRKGDTWYLVDSRWFKQWKKYVGFDSWDKYQMGDQNV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MAEGGAADLDTQRSDIATLLKTSLRKGDTWYLVDSRWFKQWKKYVGFDSWDKYQMGDQNV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD YPGPIDNSGLLKDGDAQSLKEHLIDELDYILLPTEGWNKLVSWYTLMEGQEPIARKVVEQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 YPGPIDNSGLLKDGDAQSLKEHLIDELDYILLPTEGWNKLVSWYTLMEGQEPIARKVVEQ
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD GMFVKHCKVEVYLTELKLCENGNMNNVVTRRFSKADTIDTIEKEIRKIFSIPDEKETRLW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 GMFVKHCKVEVYLTELKLCENGNMNNVVTRRFSKADTIDTIEKEIRKIFSIPDEKETRLW
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD NKYMSNTFEPLNKPDSTIQDAGLYQGQVLVIEQKNEDGTWPRGPSTPNVKNSNYCLPSYT
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.    . :     
CCDS58 NKYMSNTFEPLNKPDSTIQDAGLYQGQVLVIEQKNEDGTWPRGPSTPKKPLEQSC     
              190       200       210       220       230          

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD AYKNYDYSEPGRNNEQPGLCGLSNLGNTCFMNSAIQCLSNTPPLTEYFLNDKYQEELNFD

>>CCDS14277.1 USP11 gene_id:8237|Hs108|chrX               (963 aa)
 initn: 2578 init1: 1308 opt: 1461  Z-score: 1534.9  bits: 295.4 E(32554): 3.6e-79
Smith-Waterman score: 2743; 47.4% identity (71.0% similar) in 925 aa overlap (24-933:96-958)

                      10        20        30        40        50   
pF1KSD        MAEGGAADLDTQRSDIATLLKTSLRKGDTWYLVDSRWFKQWKKYVGFDSWDKY
                                     :: :..:.::...:.:::. ::        
CCDS14 EDREPQHEELPGLDSQWRQIENGESGRERPLRAGESWFLVEKHWYKQWEAYV--------
          70        80        90       100       110               

              60        70        80        90       100       110 
pF1KSD QMGDQN--VYPGPIDNSGLLKDGDAQSLKEHLIDELDYILLPTEGWNKLVSWYTLMEGQE
       : :::.  ..:: :.:. :..:     ::: :..  ::.:::. .:. ::::: : .:: 
CCDS14 QGGDQDSSTFPGCINNATLFQDEINWRLKEGLVEGEDYVLLPAAAWHYLVSWYGLEHGQP
       120       130       140       150       160       170       

             120       130       140       150       160       170 
pF1KSD PIARKVVEQGMFVKHCKVEVYLTELKLCENGNMNNVVTRRFSKADTIDTIEKEIRKIFSI
       :: :::.:   . :   :::: .:: : .......  : .::..:.:  . .  :. : .
CCDS14 PIERKVIELPNIQK---VEVYPVELLLVRHNDLGKSHTVQFSHTDSIGLVLRTARERFLV
       180       190          200       210       220       230    

             180       190       200       210       220       230 
pF1KSD PDEKETRLWNKYMSNTFEPLNKPDSTIQDAGLYQGQVLVIEQKNEDGTWPRGPSTPNVKN
         ...:::: :   .... :     :. ::.:  ::....: ...:::::   .  .: :
CCDS14 EPQEDTRLWAKNSEGSLDRLYDTHITVLDAALETGQLIIMETRKKDGTWPS--AQLHVMN
          240       250       260       270       280         290  

             240       250       260       270       280       290 
pF1KSD SNYCLPSYTAYKNYDYSEPGRNNEQPGLCGLSNLGNTCFMNSAIQCLSNTPPLTEYFLND
       .:.      . .. :..  :    :::.:::.:::::::::::.:::::.: :::::::.
CCDS14 NNM------SEEDEDFK--G----QPGICGLTNLGNTCFMNSALQCLSNVPQLTEYFLNN
                  300             310       320       330       340

             300       310       320       330       340       350 
pF1KSD KYQEELNFDNPLGMRGEIAKSYAELIKQMWSGKFSYVTPRAFKTQVGRFAPQFSGYQQQD
        : ::::: :::::.::::..::.:.:: :::.   ..:..::..::.:: :: ::::.:
CCDS14 CYLEELNFRNPLGMKGEIAEAYADLVKQAWSGHHRSIVPHVFKNKVGHFASQFLGYQQHD
              350       360       370       380       390       400

             360       370       380       390       400       410 
pF1KSD CQELLAFLLDGLHEDLNRIRKKPYIQLKDADGRPDKVVAEEAWENHLKRNDSIIVDIFHG
        ::::.::::::::::::..:: :..: :: ::::. ::.:::.:: .::::.::: :::
CCDS14 SQELLSFLLDGLHEDLNRVKKKEYVELCDAAGRPDQEVAQEAWQNHKRRNDSVIVDTFHG
              410       420       430       440       450       460

             420       430       440       450       460       470 
pF1KSD LFKSTLVCPECAKISVTFDPFCYLTLPLPMKKERTLEVYLVRMDPLTKPMQYKVVVPKIG
       :::::::::.:...::::::::::..:::....:.:::... :::  :: :...:::: :
CCDS14 LFKSTLVCPDCGNVSVTFDPFCYLSVPLPISHKRVLEVFFIPMDPRRKPEQHRLVVPKKG
              470       480       490       500       510       520

             480       490       500       510       520           
pF1KSD NILDLCTALSALSGIPADKMIVTDIYNHRFHRIFAMDENLSSIMERDDIYVFEIN--INR
       .: :::.:::  .::  ..:.:.:...:::.... ..: ::::..::::.:.:..  :. 
CCDS14 KISDLCVALSKHTGISPERMMVADVFSHRFYKLYQLEEPLSSILDRDDIFVYEVSGRIEA
              530       540       550       560       570       580

     530        540       550        560       570        580      
pF1KSD TEDT-EHVIIPVCLREKFRHSSYTH-HTGSSLFGQPFLMAVPRNN-TEDKLYNLLLLRMC
        : . : ...:: :::.    .:.. . :  :::.:.:..:::.  : . :::.:. :. 
CCDS14 IEGSREDIVVPVYLRERTPARDYNNSYYGLMLFGHPLLVSVPRDRFTWEGLYNVLMYRLS
              590       600       610       620       630       640

        590       600       610       620       630       640      
pF1KSD RYVKISTETEETEGSLHCCKDQNINGNGPNGIHEEGSPSEMETDEPDDESSQDQELPSEN
       :::   .  .: .:.                  :. .  : . : :   .. . . :   
CCDS14 RYVTKPNSDDEDDGD------------------EKEDDEEDKDDVPGPSTGGSLRDP---
              650                         660       670            

        650       660       670         680         690       700  
pF1KSD ENSQSEDSVGGDNDSENGLCTEDTCKG--QLTGHKKR--LFTFQFNNLGNTDINYIKDDT
       :  :.  : :  :     :   :.: :  :   ...:  :::.:  : ..:.    . . 
CCDS14 EPEQAGPSSGVTNRCPFLL---DNCLGTSQWPPRRRRKQLFTLQTVNSNGTSDRTTSPEE
     680       690          700       710       720       730      

            710       720       730       740       750       760  
pF1KSD RHIRFDDRQLRLDERSFLALDWDPDLKKRYFDENAAEDFEKHESVEYKPPKKPFVKLKDC
        : .            ..:.::.:..::::.::  :: . ::. : :   : : :.:..:
CCDS14 VHAQ-----------PYIAIDWEPEMKKRYYDEVEAEGYVKHDCVGYVMKKAP-VRLQEC
        740                  750       760       770        780    

            770       780       790       800       810       820  
pF1KSD IELFTTKEKLGAEDPWYCPNCKEHQQATKKLDLWSLPPVLVVHLKRFSYSRYMRDKLDTL
       :::::: : :  :.:::::.::.:: :::::::: :: .:..:::::::... :.:::::
CCDS14 IELFTTVETLEKENPWYCPSCKQHQLATKKLDLWMLPEILIIHLKRFSYTKFSREKLDTL
          790       800       810       820       830       840    

            830       840           850       860       870        
pF1KSD VDFPINDLDMSEFLINPN--AGPC--RYNLIAVSNHYGGMGGGHYTAFAKNKDDGKWYYF
       :.::: :::.:::.:.:.  ..:   .:.:::::::::::  ::::.:: :::.:.:.::
CCDS14 VEFPIRDLDFSEFVIQPQNESNPELYKYDLIAVSNHYGGMRDGHYTTFACNKDSGQWHYF
          850       860       870       880       890       900    

      880       890       900       910       920       930        
pF1KSD DDSSVSTASEDQIVSKAAYVLFYQRQDTFSGTGFFPLDRETKGASAATGIPLESDEDSND
       ::.::: ..:.:: :::::::::::::. .   . :       :: : . :  :.     
CCDS14 DDNSVSPVNENQIESKAAYVLFYQRQDV-ARRLLSPAGSSGAPASPACSSPPSSEFMDVN
          910       920       930        940       950       960   

      940       950  
pF1KSD NDNDIENENCMHTN

>>CCDS58832.1 USP4 gene_id:7375|Hs108|chr3                (313 aa)
 initn: 1144 init1: 1119 opt: 1135  Z-score: 1199.3  bits: 231.7 E(32554): 1.8e-60
Smith-Waterman score: 1135; 62.2% identity (83.6% similar) in 262 aa overlap (1-254:1-259)

                   10        20        30        40        50      
pF1KSD MAEGGAA----DLDTQRSDIATLLKTSLRKGDTWYLVDSRWFKQWKKYVGFDSWDKYQMG
       :::::.     : .::.:... :..:.:..:  :::.:::::::::::::::::: :..:
CCDS58 MAEGGGCRERPDAETQKSELGPLMRTTLQRGAQWYLIDSRWFKQWKKYVGFDSWDMYNVG
               10        20        30        40        50        60

         60        70        80        90       100       110      
pF1KSD DQNVYPGPIDNSGLLKDGDAQSLKEHLIDELDYILLPTEGWNKLVSWYTLMEGQEPIARK
       ..:..:::::::::..: ..:.:::::::::::.:.:::.::::..::  .:::.::.::
CCDS58 EHNLFPGPIDNSGLFSDPESQTLKEHLIDELDYVLVPTEAWNKLLNWYGCVEGQQPIVRK
               70        80        90       100       110       120

        120       130       140       150       160       170      
pF1KSD VVEQGMFVKHCKVEVYLTELKLCENGNMNNVVTRRFSKADTIDTIEKEIRKIFSIPDEKE
       :::.:.::::::::::: :::::::.. .::.. .::::::: :::::.::.:.:: :.:
CCDS58 VVEHGLFVKHCKVEVYLLELKLCENSDPTNVLSCHFSKADTIATIEKEMRKLFNIPAERE
              130       140       150       160       170       180

        180       190       200       210       220       230      
pF1KSD TRLWNKYMSNTFEPLNKPDSTIQDAGLYQGQVLVIEQKNEDGTWPRGPSTPNVKNSNYCL
       :::::::::::.: :.: :.:.:::::::::::::: .::::::::     .:   .. :
CCDS58 TRLWNKYMSNTYEQLSKLDNTVQDAGLYQGQVLVIEPQNEDGTWPRQTLQSKV---SFFL
              190       200       210       220       230          

            240       250       260       270       280       290  
pF1KSD PSY----TAYKNYDYSEPGRNNEQPGLCGLSNLGNTCFMNSAIQCLSNTPPLTEYFLNDK
       :      .   . ..  :: .:                                      
CCDS58 PRLECNGAILAHCNFCLPGSSNSPASASRVAPSHLANFFFFEMESHSVTKLECGGAVSAY
       240       250       260       270       280       290       

>>CCDS32697.1 USP32 gene_id:84669|Hs108|chr17             (1604 aa)
 initn: 1435 init1: 863 opt: 1124  Z-score: 1177.0  bits: 229.9 E(32554): 3.1e-59
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            40        50        60        70        80        90   
pF1KSD DSRWFKQWKKYVGFDSWDKYQMGDQNVYPGPIDNSGLLKDGDAQSLKEHLIDELDYILLP
                                     :.  ..:  .:   .   .::   :: ..:
CCDS32 CLLGANGNILLHLNPQKPGAIDNQPLVTQEPVKATSLTLEGGRLKRTPQLIHGRDYEMVP
           510       520       530       540       550       560   

           100        110           120       130       140        
pF1KSD TEGWNKLVSWYTL-MEGQEPIARK----VVEQGMFVKHCKVEVYLTELKLCENG---NMN
          :  :  ::   .   .:. ..    . :  .: ..          .  ...   ::.
CCDS32 EPVWRALYHWYGANLALPRPVIKNSKTDIPELELFPRYLLFLRQQPATRTQQSNIWVNMG
           570       580       590       600       610       620   

              150              160       170       180       190   
pF1KSD NVVT-----RR-------FSKADTIDTIEKEIRKIFSIPDEKETRLWNKYMSNTFEPLNK
       :: .     .:       ::. .::  :.. . . . : .: . :::     : .  :. 
CCDS32 NVPSPNAPLKRVLAYTGCFSRMQTIKEIHEYLSQRLRIKEE-DMRLWLYNSENYLTLLDD
           630       640       650       660        670       680  

           200       210       220       230       240       250   
pF1KSD PDSTIQDAGLYQGQVLVIEQKNEDGTWPRGPSTPNVKNSNYCLPSYTAYKNYDYSEPGRN
        :  ..   . . : :::: .:.: .::.  :   . ::.         :   .. :   
CCDS32 EDHKLEYLKIQDEQHLVIEVRNKDMSWPEEMSF--IANSS---------KIDRHKVP---
            690       700       710         720                    

           260       270       280       290       300       310   
pF1KSD NEQPGLCGLSNLGNTCFMNSAIQCLSNTPPLTEYFLNDKYQEELNFDNPLGMRGEIAKSY
         . :  :::::::::::::.:::.::: :::.::.. ..  :::  ::.::.:..:: :
CCDS32 -TEKGATGLSNLGNTCFMNSSIQCVSNTQPLTQYFISGRHLYELNRTNPIGMKGHMAKCY
       730       740       750       760       770       780       

           320       330       340       350       360       370   
pF1KSD AELIKQMWSGKFSYVTPRAFKTQVGRFAPQFSGYQQQDCQELLAFLLDGLHEDLNRIRKK
       ..:....:::  . :.:  ..  ....::.:.:.:::: :::::::::::::::::...:
CCDS32 GDLVQELWSGTQKNVAPLKLRWTIAKYAPRFNGFQQQDSQELLAFLLDGLHEDLNRVHEK
       790       800       810       820       830       840       

           380       390       400       410       420       430   
pF1KSD PYIQLKDADGRPDKVVAEEAWENHLKRNDSIIVDIFHGLFKSTLVCPECAKISVTFDPFC
       ::..:::.:::::  :: :::.:::.:: ::.::.::: ..: . :  :..::: :::: 
CCDS32 PYVELKDSDGRPDWEVAAEAWDNHLRRNRSIVVDLFHGQLRSQVKCKTCGHISVRFDPFN
       850       860       870       880       890       900       

           440       450       460       470       480       490   
pF1KSD YLTLPLPMKKERTLEVYLVRMDPLTKPMQYKVVVPKIGNILDLCTALSALSGIPADKMIV
       .:.::::: .   ::. ....:  : :..: . .    .   :   :: : :. ......
CCDS32 FLSLPLPMDSYMHLEITVIKLDG-TTPVRYGLRLNMDEKYTGLKKQLSDLCGLNSEQILL
       910       920       930        940       950       960      

           500       510       520       530       540       550   
pF1KSD TDIYNHRFHRIFAMDENLSSIMERDDIYVFEININRTEDTEHVIIPVCLREKFRHSSYTH
       .....  . . : .:..   .     . .::: .         . :.      . .  . 
CCDS32 AEVHGSNI-KNFPQDNQKVRLSVSGFLCAFEIPVP--------VSPISASSPTQTDFSSS
        970        980       990      1000              1010       

           560       570        580       590       600       610  
pF1KSD HTGSSLFGQPFLMAVPRNN-TEDKLYNLLLLRMCRYVKISTETEETEGSLHCCKDQNING
        . . .:       .::     . . : ..   :   :  :.   ..: .    :. ..:
CCDS32 PSTNEMFTLTTNGDLPRPIFIPNGMPNTVV--PCGTEKNFTNGM-VNGHMPSLPDSPFTG
      1020      1030      1040        1050       1060      1070    

            620         630       640         650                  
pF1KSD NGPNGIHEEGSPSEME--TDEPDDESSQDQEL--PSENENSQSE--DSV-------GGDN
           ..:..   .:.   ... .  :   . :  :   .. ...  :.:       ..  
CCDS32 Y-IIAVHRKMMRTELYFLSSQKNRPSLFGMPLIVPCTVHTRKKDLYDAVWIQVSRLASPL
          1080      1090      1100      1110      1120      1130   

     660       670       680       690         700       710       
pF1KSD DSENGLCTEDTCKGQLTGHKKRLFTFQFNNLGNTDI--NYIKDDTRHIRFDDRQLR-LDE
         ...    . :  .. :..  .     .. ::.     . .   :  ..:  . : .  
CCDS32 PPQEASNHAQDCDDSM-GYQYPFTLRVVQKDGNSCAWCPWYRF-CRGCKIDCGEDRAFIG
          1140       1150      1160      1170       1180      1190 

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pF1KSD RSFLALDWDPDLKKRYFDENAAEDFEKHESVEY--KPPKKPFVKLKDCIELFTTKEKLGA
        ...:.::::   .  .. .  .  ..:::::   .   .: ..: .:.. ::..:.:: 
CCDS32 NAYIAVDWDPTALHLRYQTSQERVVDEHESVEQSRRAQAEP-INLDSCLRAFTSEEELGE
            1200      1210      1220      1230       1240      1250

          780       790       800       810       820       830    
pF1KSD EDPWYCPNCKEHQQATKKLDLWSLPPVLVVHLKRFSYSRYMRDKLDTLVDFPINDLDMSE
       .. .:: .:: :  :::::::: :::.:..:::::..      : . .: :: ...: : 
CCDS32 NEMYYCSKCKTHCLATKKLDLWRLPPILIIHLKRFQFVNGRWIKSQKIVKFPRESFDPSA
             1260      1270      1280      1290      1300      1310

          840       850       860       870       880       890    
pF1KSD FLINPNAGPCRYNLIAVSNHYGGMGGGHYTAFAKNKDDGKWYYFDDSSVSTASEDQIVSK
       ::.  . . :..                                                
CCDS32 FLVPRDPALCQHKPLTPQGDELSEPRILAREVKKVDAQSSAGEEDVLLSKSPSSLSANII
             1320      1330      1340      1350      1360      1370

>>CCDS11069.2 USP6 gene_id:9098|Hs108|chr17               (1406 aa)
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Smith-Waterman score: 1118; 32.2% identity (60.7% similar) in 661 aa overlap (208-846:479-1120)

       180       190       200       210        220       230      
pF1KSD RLWNKYMSNTFEPLNKPDSTIQDAGLYQGQVLVIEQKNEDGT-WPRGPSTPNVKNSNYCL
                                     : .: :... .: : ..    .:.:...  
CCDS11 LEWKSMPRLPTDLDIGGPWFPHYDFEWSCWVRAISQEDQLATCW-QAEHCGEVHNKDMSW
      450       460       470       480       490        500       

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pF1KSD P---SYTAYKNYDYSEPGRNNEQPGLCGLSNLGNTCFMNSAIQCLSNTPPLTEYFLNDKY
       :   :.::  : .  .  .   . :  :::::::::::::.:::.::: :::.::.. ..
CCDS11 PEEMSFTA--NSSKIDRQKVPTEKGATGLSNLGNTCFMNSSIQCVSNTQPLTQYFISGRH
       510         520       530       540       550       560     

           300       310       320       330       340       350   
pF1KSD QEELNFDNPLGMRGEIAKSYAELIKQMWSGKFSYVTPRAFKTQVGRFAPQFSGYQQQDCQ
         :::  ::.::.:..:: :..:....:::  . :.:  ..  ....::.:.:.:::: :
CCDS11 LYELNRTNPIGMKGHMAKCYGDLVQELWSGTQKSVAPLKLRRTIAKYAPKFDGFQQQDSQ
         570       580       590       600       610       620     

           360       370       380       390       400       410   
pF1KSD ELLAFLLDGLHEDLNRIRKKPYIQLKDADGRPDKVVAEEAWENHLKRNDSIIVDIFHGLF
       ::::::::::::::::...:::..:::.:::::  :: :::.:::.:: :::::.::: .
CCDS11 ELLAFLLDGLHEDLNRVHEKPYVELKDSDGRPDWEVAAEAWDNHLRRNRSIIVDLFHGQL
         630       640       650       660       670       680     

           420       430       440       450       460       470   
pF1KSD KSTLVCPECAKISVTFDPFCYLTLPLPMKKERTLEVYLVRMDPLTKPMQYKVVVPKIGNI
       .: . :  :..::: :::: .:.::::: .   ::. ....:  : :..: . .    . 
CCDS11 RSQVKCKTCGHISVRFDPFNFLSLPLPMDSYMDLEITVIKLDGTT-PVRYGLRLNMDEKY
         690       700       710       720       730        740    

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pF1KSD LDLCTALSALSGIPADKMIVTDIYNHRFHRIFAMDENLSSIMERDDIYVFEININRTEDT
         :   :  : :. ...........  . . : .:..  ..     . .::: .  .  .
CCDS11 TGLKKQLRDLCGLNSEQILLAEVHDSNI-KNFPQDNQKVQLSVSGFLCAFEIPVPSSPIS
          750       760       770        780       790       800   

           540       550       560       570       580       590   
pF1KSD EHVIIPVCLREKFRHSSYTHHTGSSLFGQPFLMAVPRNNTEDKLYNLLLLRMCRYVKIST
            :. .  .   :.    : ..    :  . .:     . . : ..   :   :  :
CCDS11 ASS--PTQIDFSSSPSTNGMFTLTTNGDLPKPIFIP-----NGMPNTVV--PCGTEKNFT
             810       820       830            840         850    

           600       610       620       630       640             
pF1KSD ETEETEGSLHCCKDQNINGNGPNGIHEEGSPSEMETDEPDDESSQDQELP------SENE
       .   ..: .    :. ..:    ..:..   .:.    :...  .   .:       ...
CCDS11 NGM-VNGHMPSLPDSPFTGY-IIAVHRKMMRTELYFLSPQENRPSLFGMPLIVPCTVHTR
           860       870        880       890       900       910  

       650       660                 670       680       690       
pF1KSD NSQSEDSVGGDND--------SENGLCTED--TCKGQLTGHKKRLFTFQFNNLGNTDINY
       ...  :.:  . .        .: .. ..:  .: :       :.   . :. .      
CCDS11 KKDLYDAVWIQVSWLARPLPPQEASIHAQDRDNCMGYQYPFTLRVVQKDGNSCAWCPQYR
            920       930       940       950       960       970  

       700       710       720       730       740         750     
pF1KSD IKDDTRHIRFDDRQLRLDERSFLALDWDPDLKKRYFDENAAEDFEKHESVEY--KPPKKP
       .    .    .:: .  .  ...:.:: :   .  .. .  .  .::::::   .   .:
CCDS11 FCRGCKIDCGEDRAFIGN--AYIAVDWHPTALHLRYQTSQERVVDKHESVEQSRRAQAEP
            980       990        1000      1010      1020      1030

         760       770       780       790       800       810     
pF1KSD FVKLKDCIELFTTKEKLGAEDPWYCPNCKEHQQATKKLDLWSLPPVLVVHLKRFSYSRYM
        ..: .:.. ::..:.::  . .:: .:: :  :::::::: ::: :..:::::..   .
CCDS11 -INLDSCLRAFTSEEELGESEMYYCSKCKTHCLATKKLDLWRLPPFLIIHLKRFQFVNDQ
              1040      1050      1060      1070      1080         

         820       830       840       850       860       870     
pF1KSD RDKLDTLVDFPINDLDMSEFLINPNAGPCRYNLIAVSNHYGGMGGGHYTAFAKNKDDGKW
         : . .: :  ...: : ::.  . . :..                             
CCDS11 WIKSQKIVRFLRESFDPSAFLVPRDPALCQHKPLTPQGDELSKPRILAREVKKVDAQSSA
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