Result of FASTA (omim) for pF1KSDA0482
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA0482, 1290 aa
  1>>>pF1KSDA0482 1290 - 1290 aa - 1290 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.0734+/-0.000422; mu= -11.3893+/- 0.026
 mean_var=539.7792+/-114.253, 0's: 0 Z-trim(124.6): 101  B-trim: 2253 in 1/60
 Lambda= 0.055203
 statistics sampled from 46371 (46546) to 46371 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.8), E-opt: 0.2 (0.546), width:  16
 Scan time: 19.160

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
XP_005256746 (OMIM: 602260) PREDICTED: period circ (1290) 8794 716.2 3.6e-205
NP_002607 (OMIM: 602260) period circadian protein  (1290) 8794 716.2 3.6e-205
XP_005256747 (OMIM: 602260) PREDICTED: period circ (1230) 4773 395.9 8.8e-109
NP_073728 (OMIM: 603426,604348) period circadian p (1255) 1882 165.7 1.8e-39
XP_005246168 (OMIM: 603426,604348) PREDICTED: peri (1255) 1882 165.7 1.8e-39
XP_006712887 (OMIM: 603426,604348) PREDICTED: peri (1255) 1882 165.7 1.8e-39
NP_001276792 (OMIM: 603427,616882) period circadia (1184) 1823 161.0 4.5e-38
XP_011540692 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: peri (1202) 1823 161.0 4.6e-38
XP_016858214 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: peri (1203) 1818 160.6   6e-38
NP_058515 (OMIM: 603427,616882) period circadian p (1201) 1811 160.0 8.9e-38
XP_016858215 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: peri (1202) 1806 159.6 1.2e-37
NP_001276790 (OMIM: 603427,616882) period circadia (1191) 1776 157.2 6.1e-37
XP_011540687 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: peri (1209) 1776 157.2 6.2e-37
XP_005263581 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: peri (1203) 1771 156.8 8.1e-37
NP_001276791 (OMIM: 603427,616882) period circadia (1210) 1771 156.8 8.1e-37
XP_016858213 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: peri (1208) 1764 156.3 1.2e-36
XP_016858212 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: peri (1209) 1759 155.9 1.6e-36
XP_016858216 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: peri (1154) 1729 153.5   8e-36
XP_016858220 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: peri (1086) 1593 142.6 1.4e-32
XP_016858221 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: peri (1080) 1588 142.2 1.8e-32
XP_016858219 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: peri (1093) 1546 138.9 1.9e-31
XP_016858217 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: peri (1094) 1541 138.5 2.5e-31
XP_016858218 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: peri (1089) 1529 137.5 4.8e-31
XP_016858225 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: peri (1028) 1419 128.7   2e-28
XP_016858224 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: peri (1034) 1377 125.4   2e-27
XP_016858223 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: peri (1035) 1372 125.0 2.7e-27
XP_016858222 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: peri (1035) 1372 125.0 2.7e-27
NP_001276793 (OMIM: 603427,616882) period circadia ( 890)  866 84.6 3.2e-15
XP_016858227 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: peri ( 745)  387 46.4 0.00087
XP_016858226 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: peri ( 746)  384 46.2   0.001


>>XP_005256746 (OMIM: 602260) PREDICTED: period circadia  (1290 aa)
 initn: 8794 init1: 8794 opt: 8794  Z-score: 3804.4  bits: 716.2 E(85289): 3.6e-205
Smith-Waterman score: 8794; 99.9% identity (99.9% similar) in 1290 aa overlap (1-1290:1-1290)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSGPLEGADGGGDPRPGESFCPGGVPSPGPPQHRPCPGPSLADDTDANSNGSSGNESNGH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MSGPLEGADGGGDPRPGESFCPGGVPSPGPPQHRPCPGPSLADDTDANSNGSSGNESNGH
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD ESRGASQRSSHSSSSGNGKDSALLETTESSKSTNSQSPSPPSSSIAYSLLSASSEQDNPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ESRGASQRSSHSSSSGNGKDSALLETTESSKSTNSQSPSPPSSSIAYSLLSASSEQDNPS
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD TSGCSSEQSARARTQKELMTALRELKLRLPPERRGKGRSGTLATLQYALACVKQVQANQE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TSGCSSEQSARARTQKELMTALRELKLRLPPERRGKGRSGTLATLQYALACVKQVQANQE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD YYQQWSLEEGEPCSMDMSTYTLEELEHITSEYTLQNQDTFSVAVSFLTGRIVYISEQAAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 YYQQWSLEEGEPCSMDMSTYTLEELEHITSEYTLQNQDTFSVAVSFLTGRIVYISEQAAV
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD LLRCKRDVFRGTRFSELLAPQDVGVFYGSTAPSRLPTWGTGASAGSGLRDFTQEKSVFCR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LLRCKRDVFRGTRFSELLAPQDVGVFYGSTAPSRLPTWGTGASAGSGLRDFTQEKSVFCR
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD IRGGPDRDPGPRYQPFRLTPYVTKIRVSDGAPAQPCCLLIAERIHSGYEAPRIPPDKRIF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 IRGGPDRDPGPRYQPFRLTPYVTKIRVSDGAPAQPCCLLIAERIHSGYEAPRIPPDKRIF
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD TTRHTPSCLFQDVDERAAPLLGYLPQDLLGAPVLLFLHPEDRPLMLAIHKKILQLAGQPF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TTRHTPSCLFQDVDERAAPLLGYLPQDLLGAPVLLFLHPEDRPLMLAIHKKILQLAGQPF
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD DHSPIRFCARNGEYVTMDTSWAGFVHPWSRKVAFVLGRHKVRTAPLNEDVFTPPAPSPAP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 DHSPIRFCARNGEYVTMDTSWAGFVHPWSRKVAFVLGRHKVRTAPLNEDVFTPPAPSPAP
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD SLDTDIQELSEQIHRLLLQPVHSPSPTGLCGVGAVTSPGPLHSPGSSSDSNGGDAEGPGP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SLDTDIQELSEQIHRLLLQPVHSPSPTGLCGVGAVTSPGPLHSPGSSSDSNGGDAEGPGP
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD PAPVTFQQICKDVHLVKHQGQQLFIESRARPQSRPRLPATGTFKAKALPCQSPDPELEAG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 PAPVTFQQICKDVHLVKHQGQQLFIESRARPQSRPRLPATGTFKAKALPCQSPDPELEAG
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD SAPVQAPLALVPEEAERKEASSCSYQQINCLDSILRYLESCNLPSTTKRKCASSSSYTTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SAPVQAPLALVPEEAERKEASSCSYQQINCLDSILRYLESCNLPSTTKRKCASSSSYTTS
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD SASDDDRQRTGPVSVGTKKDPPSAALSGEGATPRKEPVVGGTLSPLALANKAESVVSVTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SASDDDRQRTGPVSVGTKKDPPSAALSGEGATPRKEPVVGGTLSPLALANKAESVVSVTS
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD QCSFSSTIVHVGDKKPPESDIIMMEDLPGLAPGPAPSPAPSPTVAPDPAPDAYRPVGLTK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 QCSFSSTIVHVGDKKPPESDIIMMEDLPGLAPGPAPSPAPSPTVAPDPAPDAYRPVGLTK
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KSD AVLSLHTQKEEQAFLSRFRDLGRLRGLDSSSTAPSALGERGCHHGPAPPSRRHHCRSKAK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 AVLSLHTQKEEQAFLSRFRDLGRLRGLDSSSTAPSALGERGCHHGPAPPSRRHHCRSKAK
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KSD RSRHHQNPRAEAPCYVSHPSPVPPSTPWPTPPATTPFPAVVQPYPLPVFSPRGGPQPLPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 RSRHHQNPRAEAPCYVSHPSPVPPSTPWPTPPATTPFPAVVQPYPLPVFSPRGGPQPLPP
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KSD APTSVPPAAFPAPLVTPMVALVLPNYLFPTPSSYPYGALQTPAEGPPTPASHSPSPSLPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 APTSVPPAAFPAPLVTPMVALVLPNYLFPTPSSYPYGALQTPAEGPPTPASHSPSPSLPA
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KSD LPPSPPHRPDSPLFNSRCSSPLQLNLLQLEELPRAEGAAVAGGPGSSAGPPPPSAEAAEP
       : ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LAPSPPHRPDSPLFNSRCSSPLQLNLLQLEELPRAEGAAVAGGPGSSAGPPPPSAEAAEP
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KSD EARLAEVTESSNQDALSGSSDLLELLLQEDSRSGTGSAASGSLGSGLGSGSGSGSHEGGS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 EARLAEVTESSNQDALSGSSDLLELLLQEDSRSGTGSAASGSLGSGLGSGSGSGSHEGGS
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KSD TSASITRSSQSSHTSKYFGSIDSSEAEAGAARGGAEPGDQVIKYVLQDPIWLLMANADQR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TSASITRSSQSSHTSKYFGSIDSSEAEAGAARGGAEPGDQVIKYVLQDPIWLLMANADQR
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150      1160      1170      1180      1190      1200
pF1KSD VMMTYQVPSRDMTSVLKQDRERLRAMQKQQPRFSEDQRRELGAVHSWVRKGQLPRALDVM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VMMTYQVPSRDMTSVLKQDRERLRAMQKQQPRFSEDQRRELGAVHSWVRKGQLPRALDVM
             1150      1160      1170      1180      1190      1200

             1210      1220      1230      1240      1250      1260
pF1KSD ACVDCGSSTQDPGHPDDPLFSELDGLGLEPMEEGGGEQGSSGGGSGEGEGCEEAQGGAKA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ACVDCGSSTQDPGHPDDPLFSELDGLGLEPMEEGGGEQGSSGGGSGEGEGCEEAQGGAKA
             1210      1220      1230      1240      1250      1260

             1270      1280      1290
pF1KSD SSSQDLAMEEEEEGRSSSSPALPTAGNCTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SSSQDLAMEEEEEGRSSSSPALPTAGNCTS
             1270      1280      1290

>>NP_002607 (OMIM: 602260) period circadian protein homo  (1290 aa)
 initn: 8794 init1: 8794 opt: 8794  Z-score: 3804.4  bits: 716.2 E(85289): 3.6e-205
Smith-Waterman score: 8794; 99.9% identity (99.9% similar) in 1290 aa overlap (1-1290:1-1290)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSGPLEGADGGGDPRPGESFCPGGVPSPGPPQHRPCPGPSLADDTDANSNGSSGNESNGH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MSGPLEGADGGGDPRPGESFCPGGVPSPGPPQHRPCPGPSLADDTDANSNGSSGNESNGH
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD ESRGASQRSSHSSSSGNGKDSALLETTESSKSTNSQSPSPPSSSIAYSLLSASSEQDNPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 ESRGASQRSSHSSSSGNGKDSALLETTESSKSTNSQSPSPPSSSIAYSLLSASSEQDNPS
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD TSGCSSEQSARARTQKELMTALRELKLRLPPERRGKGRSGTLATLQYALACVKQVQANQE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 TSGCSSEQSARARTQKELMTALRELKLRLPPERRGKGRSGTLATLQYALACVKQVQANQE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD YYQQWSLEEGEPCSMDMSTYTLEELEHITSEYTLQNQDTFSVAVSFLTGRIVYISEQAAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 YYQQWSLEEGEPCSMDMSTYTLEELEHITSEYTLQNQDTFSVAVSFLTGRIVYISEQAAV
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD LLRCKRDVFRGTRFSELLAPQDVGVFYGSTAPSRLPTWGTGASAGSGLRDFTQEKSVFCR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LLRCKRDVFRGTRFSELLAPQDVGVFYGSTAPSRLPTWGTGASAGSGLRDFTQEKSVFCR
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD IRGGPDRDPGPRYQPFRLTPYVTKIRVSDGAPAQPCCLLIAERIHSGYEAPRIPPDKRIF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 IRGGPDRDPGPRYQPFRLTPYVTKIRVSDGAPAQPCCLLIAERIHSGYEAPRIPPDKRIF
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD TTRHTPSCLFQDVDERAAPLLGYLPQDLLGAPVLLFLHPEDRPLMLAIHKKILQLAGQPF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 TTRHTPSCLFQDVDERAAPLLGYLPQDLLGAPVLLFLHPEDRPLMLAIHKKILQLAGQPF
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD DHSPIRFCARNGEYVTMDTSWAGFVHPWSRKVAFVLGRHKVRTAPLNEDVFTPPAPSPAP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 DHSPIRFCARNGEYVTMDTSWAGFVHPWSRKVAFVLGRHKVRTAPLNEDVFTPPAPSPAP
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD SLDTDIQELSEQIHRLLLQPVHSPSPTGLCGVGAVTSPGPLHSPGSSSDSNGGDAEGPGP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SLDTDIQELSEQIHRLLLQPVHSPSPTGLCGVGAVTSPGPLHSPGSSSDSNGGDAEGPGP
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD PAPVTFQQICKDVHLVKHQGQQLFIESRARPQSRPRLPATGTFKAKALPCQSPDPELEAG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 PAPVTFQQICKDVHLVKHQGQQLFIESRARPQSRPRLPATGTFKAKALPCQSPDPELEAG
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD SAPVQAPLALVPEEAERKEASSCSYQQINCLDSILRYLESCNLPSTTKRKCASSSSYTTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SAPVQAPLALVPEEAERKEASSCSYQQINCLDSILRYLESCNLPSTTKRKCASSSSYTTS
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD SASDDDRQRTGPVSVGTKKDPPSAALSGEGATPRKEPVVGGTLSPLALANKAESVVSVTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SASDDDRQRTGPVSVGTKKDPPSAALSGEGATPRKEPVVGGTLSPLALANKAESVVSVTS
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD QCSFSSTIVHVGDKKPPESDIIMMEDLPGLAPGPAPSPAPSPTVAPDPAPDAYRPVGLTK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 QCSFSSTIVHVGDKKPPESDIIMMEDLPGLAPGPAPSPAPSPTVAPDPAPDAYRPVGLTK
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KSD AVLSLHTQKEEQAFLSRFRDLGRLRGLDSSSTAPSALGERGCHHGPAPPSRRHHCRSKAK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 AVLSLHTQKEEQAFLSRFRDLGRLRGLDSSSTAPSALGERGCHHGPAPPSRRHHCRSKAK
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KSD RSRHHQNPRAEAPCYVSHPSPVPPSTPWPTPPATTPFPAVVQPYPLPVFSPRGGPQPLPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 RSRHHQNPRAEAPCYVSHPSPVPPSTPWPTPPATTPFPAVVQPYPLPVFSPRGGPQPLPP
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KSD APTSVPPAAFPAPLVTPMVALVLPNYLFPTPSSYPYGALQTPAEGPPTPASHSPSPSLPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 APTSVPPAAFPAPLVTPMVALVLPNYLFPTPSSYPYGALQTPAEGPPTPASHSPSPSLPA
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KSD LPPSPPHRPDSPLFNSRCSSPLQLNLLQLEELPRAEGAAVAGGPGSSAGPPPPSAEAAEP
       : ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LAPSPPHRPDSPLFNSRCSSPLQLNLLQLEELPRAEGAAVAGGPGSSAGPPPPSAEAAEP
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KSD EARLAEVTESSNQDALSGSSDLLELLLQEDSRSGTGSAASGSLGSGLGSGSGSGSHEGGS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 EARLAEVTESSNQDALSGSSDLLELLLQEDSRSGTGSAASGSLGSGLGSGSGSGSHEGGS
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KSD TSASITRSSQSSHTSKYFGSIDSSEAEAGAARGGAEPGDQVIKYVLQDPIWLLMANADQR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 TSASITRSSQSSHTSKYFGSIDSSEAEAGAARGGAEPGDQVIKYVLQDPIWLLMANADQR
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150      1160      1170      1180      1190      1200
pF1KSD VMMTYQVPSRDMTSVLKQDRERLRAMQKQQPRFSEDQRRELGAVHSWVRKGQLPRALDVM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 VMMTYQVPSRDMTSVLKQDRERLRAMQKQQPRFSEDQRRELGAVHSWVRKGQLPRALDVM
             1150      1160      1170      1180      1190      1200

             1210      1220      1230      1240      1250      1260
pF1KSD ACVDCGSSTQDPGHPDDPLFSELDGLGLEPMEEGGGEQGSSGGGSGEGEGCEEAQGGAKA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 ACVDCGSSTQDPGHPDDPLFSELDGLGLEPMEEGGGEQGSSGGGSGEGEGCEEAQGGAKA
             1210      1220      1230      1240      1250      1260

             1270      1280      1290
pF1KSD SSSQDLAMEEEEEGRSSSSPALPTAGNCTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SSSQDLAMEEEEEGRSSSSPALPTAGNCTS
             1270      1280      1290

>>XP_005256747 (OMIM: 602260) PREDICTED: period circadia  (1230 aa)
 initn: 4856 init1: 4637 opt: 4773  Z-score: 2074.0  bits: 395.9 E(85289): 8.8e-109
Smith-Waterman score: 8278; 95.3% identity (95.3% similar) in 1290 aa overlap (1-1290:1-1230)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSGPLEGADGGGDPRPGESFCPGGVPSPGPPQHRPCPGPSLADDTDANSNGSSGNESNGH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MSGPLEGADGGGDPRPGESFCPGGVPSPGPPQHRPCPGPSLADDTDANSNGSSGNESNGH
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD ESRGASQRSSHSSSSGNGKDSALLETTESSKSTNSQSPSPPSSSIAYSLLSASSEQDNPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ESRGASQRSSHSSSSGNGKDSALLETTESSKSTNSQSPSPPSSSIAYSLLSASSEQDNPS
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD TSGCSSEQSARARTQKELMTALRELKLRLPPERRGKGRSGTLATLQYALACVKQVQANQE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TSGCSSEQSARARTQKELMTALRELKLRLPPERRGKGRSGTLATLQYALACVKQVQANQE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD YYQQWSLEEGEPCSMDMSTYTLEELEHITSEYTLQNQDTFSVAVSFLTGRIVYISEQAAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 YYQQWSLEEGEPCSMDMSTYTLEELEHITSEYTLQNQDTFSVAVSFLTGRIVYISEQAAV
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD LLRCKRDVFRGTRFSELLAPQDVGVFYGSTAPSRLPTWGTGASAGSGLRDFTQEKSVFCR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LLRCKRDVFRGTRFSELLAPQDVGVFYGSTAPSRLPTWGTGASAGSGLRDFTQEKSVFCR
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD IRGGPDRDPGPRYQPFRLTPYVTKIRVSDGAPAQPCCLLIAERIHSGYEAPRIPPDKRIF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 IRGGPDRDPGPRYQPFRLTPYVTKIRVSDGAPAQPCCLLIAERIHSGYEAPRIPPDKRIF
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD TTRHTPSCLFQDVDERAAPLLGYLPQDLLGAPVLLFLHPEDRPLMLAIHKKILQLAGQPF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TTRHTPSCLFQDVDERAAPLLGYLPQDLLGAPVLLFLHPEDRPLMLAIHKKILQLAGQPF
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD DHSPIRFCARNGEYVTMDTSWAGFVHPWSRKVAFVLGRHKVRTAPLNEDVFTPPAPSPAP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 DHSPIRFCARNGEYVTMDTSWAGFVHPWSRKVAFVLGRHKVRTAPLNEDVFTPPAPSPAP
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD SLDTDIQELSEQIHRLLLQPVHSPSPTGLCGVGAVTSPGPLHSPGSSSDSNGGDAEGPGP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SLDTDIQELSEQIHRLLLQPVHSPSPTGLCGVGAVTSPGPLHSPGSSSDSNGGDAEGPGP
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD PAPVTFQQICKDVHLVKHQGQQLFIESRARPQSRPRLPATGTFKAKALPCQSPDPELEAG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 PAPVTFQQICKDVHLVKHQGQQLFIESRARPQSRPRLPATGTFKAKALPCQSPDPELEAG
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD SAPVQAPLALVPEEAERKEASSCSYQQINCLDSILRYLESCNLPSTTKRKCASSSSYTTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SAPVQAPLALVPEEAERKEASSCSYQQINCLDSILRYLESCNLPSTTKRKCASSSSYTTS
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD SASDDDRQRTGPVSVGTKKDPPSAALSGEGATPRKEPVVGGTLSPLALANKAESVVSVTS
       ::::::::::::::::::::                                        
XP_005 SASDDDRQRTGPVSVGTKKD----------------------------------------
              670       680                                        

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD QCSFSSTIVHVGDKKPPESDIIMMEDLPGLAPGPAPSPAPSPTVAPDPAPDAYRPVGLTK
                           ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 --------------------IIMMEDLPGLAPGPAPSPAPSPTVAPDPAPDAYRPVGLTK
                                  690       700       710       720

              790       800       810       820       830       840
pF1KSD AVLSLHTQKEEQAFLSRFRDLGRLRGLDSSSTAPSALGERGCHHGPAPPSRRHHCRSKAK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 AVLSLHTQKEEQAFLSRFRDLGRLRGLDSSSTAPSALGERGCHHGPAPPSRRHHCRSKAK
              730       740       750       760       770       780

              850       860       870       880       890       900
pF1KSD RSRHHQNPRAEAPCYVSHPSPVPPSTPWPTPPATTPFPAVVQPYPLPVFSPRGGPQPLPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 RSRHHQNPRAEAPCYVSHPSPVPPSTPWPTPPATTPFPAVVQPYPLPVFSPRGGPQPLPP
              790       800       810       820       830       840

              910       920       930       940       950       960
pF1KSD APTSVPPAAFPAPLVTPMVALVLPNYLFPTPSSYPYGALQTPAEGPPTPASHSPSPSLPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 APTSVPPAAFPAPLVTPMVALVLPNYLFPTPSSYPYGALQTPAEGPPTPASHSPSPSLPA
              850       860       870       880       890       900

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KSD LPPSPPHRPDSPLFNSRCSSPLQLNLLQLEELPRAEGAAVAGGPGSSAGPPPPSAEAAEP
       : ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LAPSPPHRPDSPLFNSRCSSPLQLNLLQLEELPRAEGAAVAGGPGSSAGPPPPSAEAAEP
              910       920       930       940       950       960

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KSD EARLAEVTESSNQDALSGSSDLLELLLQEDSRSGTGSAASGSLGSGLGSGSGSGSHEGGS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 EARLAEVTESSNQDALSGSSDLLELLLQEDSRSGTGSAASGSLGSGLGSGSGSGSHEGGS
              970       980       990      1000      1010      1020

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KSD TSASITRSSQSSHTSKYFGSIDSSEAEAGAARGGAEPGDQVIKYVLQDPIWLLMANADQR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TSASITRSSQSSHTSKYFGSIDSSEAEAGAARGGAEPGDQVIKYVLQDPIWLLMANADQR
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1150      1160      1170      1180      1190      1200
pF1KSD VMMTYQVPSRDMTSVLKQDRERLRAMQKQQPRFSEDQRRELGAVHSWVRKGQLPRALDVM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VMMTYQVPSRDMTSVLKQDRERLRAMQKQQPRFSEDQRRELGAVHSWVRKGQLPRALDVM
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1210      1220      1230      1240      1250      1260
pF1KSD ACVDCGSSTQDPGHPDDPLFSELDGLGLEPMEEGGGEQGSSGGGSGEGEGCEEAQGGAKA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ACVDCGSSTQDPGHPDDPLFSELDGLGLEPMEEGGGEQGSSGGGSGEGEGCEEAQGGAKA
             1150      1160      1170      1180      1190      1200

             1270      1280      1290
pF1KSD SSSQDLAMEEEEEGRSSSSPALPTAGNCTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SSSQDLAMEEEEEGRSSSSPALPTAGNCTS
             1210      1220      1230

>>NP_073728 (OMIM: 603426,604348) period circadian prote  (1255 aa)
 initn: 2832 init1: 1712 opt: 1882  Z-score: 829.5  bits: 165.7 E(85289): 1.8e-39
Smith-Waterman score: 3152; 44.5% identity (66.4% similar) in 1297 aa overlap (26-1240:9-1245)

               10        20        30         40           50      
pF1KSD MSGPLEGADGGGDPRPGESFCPGGVPSPGPPQHRPC-PGPS---LADDTDANSNGSSGNE
                                :::. : ..:  : ::   : .:.: .: ::::.:
NP_073                  MNGYAEFPPSPSNPTKEPVEPQPSQVPLQEDVDMSS-GSSGHE
                                10        20        30         40  

         60        70        80        90       100       110      
pF1KSD SNGHESRGASQRSSHSSSSGNGKDSALLETTESSKSTNSQSPSPPSSSIAYSLLSASSEQ
       .: . : : ....:  ..:  ::. ..:    ...    :::.      ..::. :.::.
NP_073 TNENCSTGRDSQGSDCDDS--GKELGMLVEPPDAR----QSPD------TFSLMMAKSEH
             50        60          70                  80        90

        120       130       140       150       160       170      
pF1KSD DNPSTSGCSSEQSARARTQKELMTALRELKLRLPPERRGKGRSGTLATLQYALACVKQVQ
        :::::::::.::... :.:::. .:.:::..:: ....::...:::::.:::  ::::.
NP_073 -NPSTSGCSSDQSSKVDTHKELIKTLKELKVHLPADKKAKGKASTLATLKYALRSVKQVK
               100       110       120       130       140         

        180       190       200       210       220       230      
pF1KSD ANQEYYQQWSLEEGEPCSMDMSTYTLEELEHITSEYTLQNQDTFSVAVSFLTGRIVYISE
       ::.::::     ::.::. :. .::.::.: .:::. ..: : :.::::...:.:.:::.
NP_073 ANEEYYQLLMSSEGHPCGADVPSYTVEEMESVTSEHIVKNADMFAVAVSLVSGKILYISD
     150       160       170       180       190       200         

        240       250       260       270       280       290      
pF1KSD QAAVLLRCKRDVFRGTRFSELLAPQDVGVFYGSTAPSRLPTWGTGASAGSGLRDFTQEKS
       :.: ...::::.:  ..: :.:::.:::::.. :.: .:: :.  ..: :  ..  .:::
NP_073 QVASIFHCKRDAFSDAKFVEFLAPHDVGVFHSFTSPYKLPLWSMCSGADSFTQECMEEKS
     210       220       230       240       250       260         

        300       310       320       330       340       350      
pF1KSD VFCRIRGGPDRDPGPRYQPFRLTPYVTKIRVSDGAPAQPCCLLIAERIHSGYEAPRIPPD
        :::.    ...   ::.:::.:::..:.: ..:: .: ::::.:::.:::::::::::.
NP_073 FFCRVSVRKSHENEIRYHPFRMTPYLVKVRDQQGAESQLCCLLLAERVHSGYEAPRIPPE
     270       280       290       300       310       320         

        360       370       380       390       400       410      
pF1KSD KRIFTTRHTPSCLFQDVDERAAPLLGYLPQDLLGAPVLLFLHPEDRPLMLAIHKKILQLA
       :::::: :::.::::::::::.::::::::::. .:::. ::: :::::::::::::: .
NP_073 KRIFTTTHTPNCLFQDVDERAVPLLGYLPQDLIETPVLVQLHPSDRPLMLAIHKKILQSG
     330       340       350       360       370       380         

        420       430       440       450       460       470      
pF1KSD GQPFDHSPIRFCARNGEYVTMDTSWAGFVHPWSRKVAFVLGRHKVRTAPLNEDVFTPPAP
       :::::.::::: ::::::.:.::::..:..:::::..:..::::::..:::::::.    
NP_073 GQPFDYSPIRFRARNGEYITLDTSWSSFINPWSRKISFIIGRHKVRVGPLNEDVFAAHPC
     390       400       410       420       430       440         

        480       490       500       510       520       530      
pF1KSD SPAPSLDTDIQELSEQIHRLLLQPVHSPSPTGLCGVGAVTSPGPLHSPGSSSDSNGGDAE
       .   .:  .::::.:::::::::::   . .:  ..:.  :   : :  ::::::: .  
NP_073 TEEKALHPSIQELTEQIHRLLLQPVPHSGSSGYGSLGSNGSHEHLMSQTSSSDSNGHE--
     450       460       470       480       490       500         

        540       550       560       570       580       590      
pF1KSD GPGPPAPVTFQQICKDVHLVKHQGQQLFIESRARPQSRPRLPATGTFKAKALPCQSPDPE
            .     .:::. . .:....     .. . .:  .. ..   . ::.      : 
NP_073 ----DSRRRRAEICKNGNKTKNRSHYSHESGEQKKKSVTEMQTNPPAEKKAV------PA
           510       520       530       540       550             

        600       610       620       630       640       650      
pF1KSD LEAGSAPVQAPLALVPEEAERKEASSCSYQQINCLDSILRYLESCNLPSTTKRKCASSSS
       .:  :  :.      :::   :.  .::::::.::::..:::::::  .: ::::   ..
NP_073 MEKDSLGVS-----FPEELACKNQPTCSYQQISCLDSVIRYLESCNEAATLKRKCEFPAN
       560            570       580       590       600       610  

        660       670       680       690       700       710      
pF1KSD YTTSSASDDDRQRTGPVSVGTKKDPPSAALSGEGATPRKEPVVGGTLSPLALANKAESVV
         .  .::  .  ..:   . . .::: . :  :        ::  :. ::: .:::::.
NP_073 VPALRSSDKRKATVSPGPHAGEAEPPSRVNSRTG--------VGTHLTSLALPGKAESVA
            620       630       640               650       660    

        720       730       740       750            760       770 
pF1KSD SVTSQCSFSSTIVHVGDKKPPESDIIMMEDLPGLAPGPAP-----SPAPSPTVAPDPAPD
       :.:::::.:::::::::::: . .. :.::    : ::       .:: .  .. .  : 
NP_073 SLTSQCSYSSTIVHVGDKKP-QPELEMVEDA---ASGPESLDCLAGPALACGLSQEKEP-
          670       680        690          700       710          

             780       790       800                      810      
pF1KSD AYRPVGLTKAVLSLHTQKEEQAFLSRFRDLGRL---------------RGLDSSSTAPSA
        .. .:::: ::. :::::::.::..:... .:               .:  :  :::. 
NP_073 -FKKLGLTKEVLAAHTQKEEQSFLQKFKEIRKLSIFQSHCHYYLQERSKGQPSERTAPGL
      720       730       740       750       760       770        

        820       830       840             850       860          
pF1KSD LGERGCHHGPAPPSRRHHCRSKAKRSRHHQN------PRAEAPCYVSHPSPV--PPSTPW
        .  :        .. .. .::  . :  ..      : .  :  :.  . .  : .:  
NP_073 RNTSGIDSPWKKTGKNRKLKSKRVKPRDSSESTGSGGPVSARPPLVGLNATAWSPSDTSQ
      780       790       800       810       820       830        

      870       880        890       900                        910
pF1KSD PTPPATTPFPAVVQP-YPLPVFSPRGGPQPLPPAPT----SVP-------------PAAF
        . ::. :::: :   : :::: :  :    ::::     .::             :  :
NP_073 SSCPAV-PFPAPVPAAYSLPVF-PAPGTVAAPPAPPHASFTVPAVPVDLQHQFAVQPPPF
      840        850        860       870       880       890      

              920       930        940             950             
pF1KSD PAPLVTPMVALVLPNYLFPTPS-SYPYGALQTPAEGPPTP------ASHS----PS----
       ::::. :..:..::.: ::. . . : . . .  . :  :      :: :    ::    
NP_073 PAPLA-PVMAFMLPSYSFPSGTPNLPQAFFPSQPQFPSHPTLTSEMASASQPEFPSRTSI
        900        910       920       930       940       950     

                960       970       980       990      1000        
pF1KSD PSLP-------ALPPSPPHRPDSPLFNSRCSSPLQLNLLQLEELPRAEGAAVAGGPGSS-
       :  :       : :::   : . :::.:: ::::::::::::: :.. :... :  :.. 
NP_073 PRQPCACPATRATPPSAMGRASPPLFQSRSSSPLQLNLLQLEEAPEG-GTGAMGTTGATE
         960       970       980       990      1000       1010    

           1010      1020        1030      1040      1050      1060
pF1KSD -----AGPPPPSAEAAEPEARLA--EVTESSNQDALSGSSDLLELLLQEDSRSGTGSAAS
            :   : ...  .:.: :.  : ....:.:::: :: ::.:::.::  :..:::::
NP_073 TAAVGADCKPGTSRDQQPKAPLTRDEPSDTQNSDALSTSSGLLNLLLNEDLCSASGSAAS
         1020      1030      1040      1050      1060      1070    

             1070      1080      1090      1100      1110          
pF1KSD GSLGSGLGSGSGSGSHEGGSTSASITRSSQSSHTSKYFGSIDSSEAEAGAARG-GAEPGD
        :::::  . ..: :  :         ::..:::::::::::::: .  :  . : : ..
NP_073 ESLGSGSLGCDASPSGAG---------SSDTSHTSKYFGSIDSSENNHKAKMNTGMEESE
         1080      1090               1100      1110      1120     

    1120      1130      1140      1150      1160      1170         
pF1KSD QVIKYVLQDPIWLLMANADQRVMMTYQVPSRDMTSVLKQDRERLRAMQKQQPRFSEDQRR
       . :: :::::::::::.::. ::::::.:::.. .:::.:::.:. .:: ::::.:.:..
NP_073 HFIKCVLQDPIWLLMADADSSVMMTYQLPSRNLEAVLKEDREKLKLLQKLQPRFTESQKQ
        1130      1140      1150      1160      1170      1180     

    1180      1190      1200      1210      1220       1230        
pF1KSD ELGAVHSWVRKGQLPRALDVMACVDCGSSTQDPGHPDDPLFSELDGLGL-EPMEEGGGEQ
       ::  ::.:.. : :: :.::  :: :   ... :.   :   .. .::: :  .    :.
NP_073 ELREVHQWMQTGGLPAAIDVAECVYC--ENKEKGNICIPYEEDIPSLGLSEVSDTKEDEN
        1190      1200      1210        1220      1230      1240   

     1240      1250      1260      1270      1280      1290
pF1KSD GSSGGGSGEGEGCEEAQGGAKASSSQDLAMEEEEEGRSSSSPALPTAGNCTS
       ::                                                  
NP_073 GSPLNHRIEEQT                                        
          1250                                             

>>XP_005246168 (OMIM: 603426,604348) PREDICTED: period c  (1255 aa)
 initn: 2832 init1: 1712 opt: 1882  Z-score: 829.5  bits: 165.7 E(85289): 1.8e-39
Smith-Waterman score: 3152; 44.5% identity (66.4% similar) in 1297 aa overlap (26-1240:9-1245)

               10        20        30         40           50      
pF1KSD MSGPLEGADGGGDPRPGESFCPGGVPSPGPPQHRPC-PGPS---LADDTDANSNGSSGNE
                                :::. : ..:  : ::   : .:.: .: ::::.:
XP_005                  MNGYAEFPPSPSNPTKEPVEPQPSQVPLQEDVDMSS-GSSGHE
                                10        20        30         40  

         60        70        80        90       100       110      
pF1KSD SNGHESRGASQRSSHSSSSGNGKDSALLETTESSKSTNSQSPSPPSSSIAYSLLSASSEQ
       .: . : : ....:  ..:  ::. ..:    ...    :::.      ..::. :.::.
XP_005 TNENCSTGRDSQGSDCDDS--GKELGMLVEPPDAR----QSPD------TFSLMMAKSEH
             50        60          70                  80        90

        120       130       140       150       160       170      
pF1KSD DNPSTSGCSSEQSARARTQKELMTALRELKLRLPPERRGKGRSGTLATLQYALACVKQVQ
        :::::::::.::... :.:::. .:.:::..:: ....::...:::::.:::  ::::.
XP_005 -NPSTSGCSSDQSSKVDTHKELIKTLKELKVHLPADKKAKGKASTLATLKYALRSVKQVK
               100       110       120       130       140         

        180       190       200       210       220       230      
pF1KSD ANQEYYQQWSLEEGEPCSMDMSTYTLEELEHITSEYTLQNQDTFSVAVSFLTGRIVYISE
       ::.::::     ::.::. :. .::.::.: .:::. ..: : :.::::...:.:.:::.
XP_005 ANEEYYQLLMSSEGHPCGADVPSYTVEEMESVTSEHIVKNADMFAVAVSLVSGKILYISD
     150       160       170       180       190       200         

        240       250       260       270       280       290      
pF1KSD QAAVLLRCKRDVFRGTRFSELLAPQDVGVFYGSTAPSRLPTWGTGASAGSGLRDFTQEKS
       :.: ...::::.:  ..: :.:::.:::::.. :.: .:: :.  ..: :  ..  .:::
XP_005 QVASIFHCKRDAFSDAKFVEFLAPHDVGVFHSFTSPYKLPLWSMCSGADSFTQECMEEKS
     210       220       230       240       250       260         

        300       310       320       330       340       350      
pF1KSD VFCRIRGGPDRDPGPRYQPFRLTPYVTKIRVSDGAPAQPCCLLIAERIHSGYEAPRIPPD
        :::.    ...   ::.:::.:::..:.: ..:: .: ::::.:::.:::::::::::.
XP_005 FFCRVSVRKSHENEIRYHPFRMTPYLVKVRDQQGAESQLCCLLLAERVHSGYEAPRIPPE
     270       280       290       300       310       320         

        360       370       380       390       400       410      
pF1KSD KRIFTTRHTPSCLFQDVDERAAPLLGYLPQDLLGAPVLLFLHPEDRPLMLAIHKKILQLA
       :::::: :::.::::::::::.::::::::::. .:::. ::: :::::::::::::: .
XP_005 KRIFTTTHTPNCLFQDVDERAVPLLGYLPQDLIETPVLVQLHPSDRPLMLAIHKKILQSG
     330       340       350       360       370       380         

        420       430       440       450       460       470      
pF1KSD GQPFDHSPIRFCARNGEYVTMDTSWAGFVHPWSRKVAFVLGRHKVRTAPLNEDVFTPPAP
       :::::.::::: ::::::.:.::::..:..:::::..:..::::::..:::::::.    
XP_005 GQPFDYSPIRFRARNGEYITLDTSWSSFINPWSRKISFIIGRHKVRVGPLNEDVFAAHPC
     390       400       410       420       430       440         

        480       490       500       510       520       530      
pF1KSD SPAPSLDTDIQELSEQIHRLLLQPVHSPSPTGLCGVGAVTSPGPLHSPGSSSDSNGGDAE
       .   .:  .::::.:::::::::::   . .:  ..:.  :   : :  ::::::: .  
XP_005 TEEKALHPSIQELTEQIHRLLLQPVPHSGSSGYGSLGSNGSHEHLMSQTSSSDSNGHE--
     450       460       470       480       490       500         

        540       550       560       570       580       590      
pF1KSD GPGPPAPVTFQQICKDVHLVKHQGQQLFIESRARPQSRPRLPATGTFKAKALPCQSPDPE
            .     .:::. . .:....     .. . .:  .. ..   . ::.      : 
XP_005 ----DSRRRRAEICKNGNKTKNRSHYSHESGEQKKKSVTEMQTNPPAEKKAV------PA
           510       520       530       540       550             

        600       610       620       630       640       650      
pF1KSD LEAGSAPVQAPLALVPEEAERKEASSCSYQQINCLDSILRYLESCNLPSTTKRKCASSSS
       .:  :  :.      :::   :.  .::::::.::::..:::::::  .: ::::   ..
XP_005 MEKDSLGVS-----FPEELACKNQPTCSYQQISCLDSVIRYLESCNEAATLKRKCEFPAN
       560            570       580       590       600       610  

        660       670       680       690       700       710      
pF1KSD YTTSSASDDDRQRTGPVSVGTKKDPPSAALSGEGATPRKEPVVGGTLSPLALANKAESVV
         .  .::  .  ..:   . . .::: . :  :        ::  :. ::: .:::::.
XP_005 VPALRSSDKRKATVSPGPHAGEAEPPSRVNSRTG--------VGTHLTSLALPGKAESVA
            620       630       640               650       660    

        720       730       740       750            760       770 
pF1KSD SVTSQCSFSSTIVHVGDKKPPESDIIMMEDLPGLAPGPAP-----SPAPSPTVAPDPAPD
       :.:::::.:::::::::::: . .. :.::    : ::       .:: .  .. .  : 
XP_005 SLTSQCSYSSTIVHVGDKKP-QPELEMVEDA---ASGPESLDCLAGPALACGLSQEKEP-
          670       680        690          700       710          

             780       790       800                      810      
pF1KSD AYRPVGLTKAVLSLHTQKEEQAFLSRFRDLGRL---------------RGLDSSSTAPSA
        .. .:::: ::. :::::::.::..:... .:               .:  :  :::. 
XP_005 -FKKLGLTKEVLAAHTQKEEQSFLQKFKEIRKLSIFQSHCHYYLQERSKGQPSERTAPGL
      720       730       740       750       760       770        

        820       830       840             850       860          
pF1KSD LGERGCHHGPAPPSRRHHCRSKAKRSRHHQN------PRAEAPCYVSHPSPV--PPSTPW
        .  :        .. .. .::  . :  ..      : .  :  :.  . .  : .:  
XP_005 RNTSGIDSPWKKTGKNRKLKSKRVKPRDSSESTGSGGPVSARPPLVGLNATAWSPSDTSQ
      780       790       800       810       820       830        

      870       880        890       900                        910
pF1KSD PTPPATTPFPAVVQP-YPLPVFSPRGGPQPLPPAPT----SVP-------------PAAF
        . ::. :::: :   : :::: :  :    ::::     .::             :  :
XP_005 SSCPAV-PFPAPVPAAYSLPVF-PAPGTVAAPPAPPHASFTVPAVPVDLQHQFAVQPPPF
      840        850        860       870       880       890      

              920       930        940             950             
pF1KSD PAPLVTPMVALVLPNYLFPTPS-SYPYGALQTPAEGPPTP------ASHS----PS----
       ::::. :..:..::.: ::. . . : . . .  . :  :      :: :    ::    
XP_005 PAPLA-PVMAFMLPSYSFPSGTPNLPQAFFPSQPQFPSHPTLTSEMASASQPEFPSRTSI
        900        910       920       930       940       950     

                960       970       980       990      1000        
pF1KSD PSLP-------ALPPSPPHRPDSPLFNSRCSSPLQLNLLQLEELPRAEGAAVAGGPGSS-
       :  :       : :::   : . :::.:: ::::::::::::: :.. :... :  :.. 
XP_005 PRQPCACPATRATPPSAMGRASPPLFQSRSSSPLQLNLLQLEEAPEG-GTGAMGTTGATE
         960       970       980       990      1000       1010    

           1010      1020        1030      1040      1050      1060
pF1KSD -----AGPPPPSAEAAEPEARLA--EVTESSNQDALSGSSDLLELLLQEDSRSGTGSAAS
            :   : ...  .:.: :.  : ....:.:::: :: ::.:::.::  :..:::::
XP_005 TAAVGADCKPGTSRDQQPKAPLTRDEPSDTQNSDALSTSSGLLNLLLNEDLCSASGSAAS
         1020      1030      1040      1050      1060      1070    

             1070      1080      1090      1100      1110          
pF1KSD GSLGSGLGSGSGSGSHEGGSTSASITRSSQSSHTSKYFGSIDSSEAEAGAARG-GAEPGD
        :::::  . ..: :  :         ::..:::::::::::::: .  :  . : : ..
XP_005 ESLGSGSLGCDASPSGAG---------SSDTSHTSKYFGSIDSSENNHKAKMNTGMEESE
         1080      1090               1100      1110      1120     

    1120      1130      1140      1150      1160      1170         
pF1KSD QVIKYVLQDPIWLLMANADQRVMMTYQVPSRDMTSVLKQDRERLRAMQKQQPRFSEDQRR
       . :: :::::::::::.::. ::::::.:::.. .:::.:::.:. .:: ::::.:.:..
XP_005 HFIKCVLQDPIWLLMADADSSVMMTYQLPSRNLEAVLKEDREKLKLLQKLQPRFTESQKQ
        1130      1140      1150      1160      1170      1180     

    1180      1190      1200      1210      1220       1230        
pF1KSD ELGAVHSWVRKGQLPRALDVMACVDCGSSTQDPGHPDDPLFSELDGLGL-EPMEEGGGEQ
       ::  ::.:.. : :: :.::  :: :   ... :.   :   .. .::: :  .    :.
XP_005 ELREVHQWMQTGGLPAAIDVAECVYC--ENKEKGNICIPYEEDIPSLGLSEVSDTKEDEN
        1190      1200      1210        1220      1230      1240   

     1240      1250      1260      1270      1280      1290
pF1KSD GSSGGGSGEGEGCEEAQGGAKASSSQDLAMEEEEEGRSSSSPALPTAGNCTS
       ::                                                  
XP_005 GSPLNHRIEEQT                                        
          1250                                             

>>XP_006712887 (OMIM: 603426,604348) PREDICTED: period c  (1255 aa)
 initn: 2832 init1: 1712 opt: 1882  Z-score: 829.5  bits: 165.7 E(85289): 1.8e-39
Smith-Waterman score: 3152; 44.5% identity (66.4% similar) in 1297 aa overlap (26-1240:9-1245)

               10        20        30         40           50      
pF1KSD MSGPLEGADGGGDPRPGESFCPGGVPSPGPPQHRPC-PGPS---LADDTDANSNGSSGNE
                                :::. : ..:  : ::   : .:.: .: ::::.:
XP_006                  MNGYAEFPPSPSNPTKEPVEPQPSQVPLQEDVDMSS-GSSGHE
                                10        20        30         40  

         60        70        80        90       100       110      
pF1KSD SNGHESRGASQRSSHSSSSGNGKDSALLETTESSKSTNSQSPSPPSSSIAYSLLSASSEQ
       .: . : : ....:  ..:  ::. ..:    ...    :::.      ..::. :.::.
XP_006 TNENCSTGRDSQGSDCDDS--GKELGMLVEPPDAR----QSPD------TFSLMMAKSEH
             50        60          70                  80        90

        120       130       140       150       160       170      
pF1KSD DNPSTSGCSSEQSARARTQKELMTALRELKLRLPPERRGKGRSGTLATLQYALACVKQVQ
        :::::::::.::... :.:::. .:.:::..:: ....::...:::::.:::  ::::.
XP_006 -NPSTSGCSSDQSSKVDTHKELIKTLKELKVHLPADKKAKGKASTLATLKYALRSVKQVK
               100       110       120       130       140         

        180       190       200       210       220       230      
pF1KSD ANQEYYQQWSLEEGEPCSMDMSTYTLEELEHITSEYTLQNQDTFSVAVSFLTGRIVYISE
       ::.::::     ::.::. :. .::.::.: .:::. ..: : :.::::...:.:.:::.
XP_006 ANEEYYQLLMSSEGHPCGADVPSYTVEEMESVTSEHIVKNADMFAVAVSLVSGKILYISD
     150       160       170       180       190       200         

        240       250       260       270       280       290      
pF1KSD QAAVLLRCKRDVFRGTRFSELLAPQDVGVFYGSTAPSRLPTWGTGASAGSGLRDFTQEKS
       :.: ...::::.:  ..: :.:::.:::::.. :.: .:: :.  ..: :  ..  .:::
XP_006 QVASIFHCKRDAFSDAKFVEFLAPHDVGVFHSFTSPYKLPLWSMCSGADSFTQECMEEKS
     210       220       230       240       250       260         

        300       310       320       330       340       350      
pF1KSD VFCRIRGGPDRDPGPRYQPFRLTPYVTKIRVSDGAPAQPCCLLIAERIHSGYEAPRIPPD
        :::.    ...   ::.:::.:::..:.: ..:: .: ::::.:::.:::::::::::.
XP_006 FFCRVSVRKSHENEIRYHPFRMTPYLVKVRDQQGAESQLCCLLLAERVHSGYEAPRIPPE
     270       280       290       300       310       320         

        360       370       380       390       400       410      
pF1KSD KRIFTTRHTPSCLFQDVDERAAPLLGYLPQDLLGAPVLLFLHPEDRPLMLAIHKKILQLA
       :::::: :::.::::::::::.::::::::::. .:::. ::: :::::::::::::: .
XP_006 KRIFTTTHTPNCLFQDVDERAVPLLGYLPQDLIETPVLVQLHPSDRPLMLAIHKKILQSG
     330       340       350       360       370       380         

        420       430       440       450       460       470      
pF1KSD GQPFDHSPIRFCARNGEYVTMDTSWAGFVHPWSRKVAFVLGRHKVRTAPLNEDVFTPPAP
       :::::.::::: ::::::.:.::::..:..:::::..:..::::::..:::::::.    
XP_006 GQPFDYSPIRFRARNGEYITLDTSWSSFINPWSRKISFIIGRHKVRVGPLNEDVFAAHPC
     390       400       410       420       430       440         

        480       490       500       510       520       530      
pF1KSD SPAPSLDTDIQELSEQIHRLLLQPVHSPSPTGLCGVGAVTSPGPLHSPGSSSDSNGGDAE
       .   .:  .::::.:::::::::::   . .:  ..:.  :   : :  ::::::: .  
XP_006 TEEKALHPSIQELTEQIHRLLLQPVPHSGSSGYGSLGSNGSHEHLMSQTSSSDSNGHE--
     450       460       470       480       490       500         

        540       550       560       570       580       590      
pF1KSD GPGPPAPVTFQQICKDVHLVKHQGQQLFIESRARPQSRPRLPATGTFKAKALPCQSPDPE
            .     .:::. . .:....     .. . .:  .. ..   . ::.      : 
XP_006 ----DSRRRRAEICKNGNKTKNRSHYSHESGEQKKKSVTEMQTNPPAEKKAV------PA
           510       520       530       540       550             

        600       610       620       630       640       650      
pF1KSD LEAGSAPVQAPLALVPEEAERKEASSCSYQQINCLDSILRYLESCNLPSTTKRKCASSSS
       .:  :  :.      :::   :.  .::::::.::::..:::::::  .: ::::   ..
XP_006 MEKDSLGVS-----FPEELACKNQPTCSYQQISCLDSVIRYLESCNEAATLKRKCEFPAN
       560            570       580       590       600       610  

        660       670       680       690       700       710      
pF1KSD YTTSSASDDDRQRTGPVSVGTKKDPPSAALSGEGATPRKEPVVGGTLSPLALANKAESVV
         .  .::  .  ..:   . . .::: . :  :        ::  :. ::: .:::::.
XP_006 VPALRSSDKRKATVSPGPHAGEAEPPSRVNSRTG--------VGTHLTSLALPGKAESVA
            620       630       640               650       660    

        720       730       740       750            760       770 
pF1KSD SVTSQCSFSSTIVHVGDKKPPESDIIMMEDLPGLAPGPAP-----SPAPSPTVAPDPAPD
       :.:::::.:::::::::::: . .. :.::    : ::       .:: .  .. .  : 
XP_006 SLTSQCSYSSTIVHVGDKKP-QPELEMVEDA---ASGPESLDCLAGPALACGLSQEKEP-
          670       680        690          700       710          

             780       790       800                      810      
pF1KSD AYRPVGLTKAVLSLHTQKEEQAFLSRFRDLGRL---------------RGLDSSSTAPSA
        .. .:::: ::. :::::::.::..:... .:               .:  :  :::. 
XP_006 -FKKLGLTKEVLAAHTQKEEQSFLQKFKEIRKLSIFQSHCHYYLQERSKGQPSERTAPGL
      720       730       740       750       760       770        

        820       830       840             850       860          
pF1KSD LGERGCHHGPAPPSRRHHCRSKAKRSRHHQN------PRAEAPCYVSHPSPV--PPSTPW
        .  :        .. .. .::  . :  ..      : .  :  :.  . .  : .:  
XP_006 RNTSGIDSPWKKTGKNRKLKSKRVKPRDSSESTGSGGPVSARPPLVGLNATAWSPSDTSQ
      780       790       800       810       820       830        

      870       880        890       900                        910
pF1KSD PTPPATTPFPAVVQP-YPLPVFSPRGGPQPLPPAPT----SVP-------------PAAF
        . ::. :::: :   : :::: :  :    ::::     .::             :  :
XP_006 SSCPAV-PFPAPVPAAYSLPVF-PAPGTVAAPPAPPHASFTVPAVPVDLQHQFAVQPPPF
      840        850        860       870       880       890      

              920       930        940             950             
pF1KSD PAPLVTPMVALVLPNYLFPTPS-SYPYGALQTPAEGPPTP------ASHS----PS----
       ::::. :..:..::.: ::. . . : . . .  . :  :      :: :    ::    
XP_006 PAPLA-PVMAFMLPSYSFPSGTPNLPQAFFPSQPQFPSHPTLTSEMASASQPEFPSRTSI
        900        910       920       930       940       950     

                960       970       980       990      1000        
pF1KSD PSLP-------ALPPSPPHRPDSPLFNSRCSSPLQLNLLQLEELPRAEGAAVAGGPGSS-
       :  :       : :::   : . :::.:: ::::::::::::: :.. :... :  :.. 
XP_006 PRQPCACPATRATPPSAMGRASPPLFQSRSSSPLQLNLLQLEEAPEG-GTGAMGTTGATE
         960       970       980       990      1000       1010    

           1010      1020        1030      1040      1050      1060
pF1KSD -----AGPPPPSAEAAEPEARLA--EVTESSNQDALSGSSDLLELLLQEDSRSGTGSAAS
            :   : ...  .:.: :.  : ....:.:::: :: ::.:::.::  :..:::::
XP_006 TAAVGADCKPGTSRDQQPKAPLTRDEPSDTQNSDALSTSSGLLNLLLNEDLCSASGSAAS
         1020      1030      1040      1050      1060      1070    

             1070      1080      1090      1100      1110          
pF1KSD GSLGSGLGSGSGSGSHEGGSTSASITRSSQSSHTSKYFGSIDSSEAEAGAARG-GAEPGD
        :::::  . ..: :  :         ::..:::::::::::::: .  :  . : : ..
XP_006 ESLGSGSLGCDASPSGAG---------SSDTSHTSKYFGSIDSSENNHKAKMNTGMEESE
         1080      1090               1100      1110      1120     

    1120      1130      1140      1150      1160      1170         
pF1KSD QVIKYVLQDPIWLLMANADQRVMMTYQVPSRDMTSVLKQDRERLRAMQKQQPRFSEDQRR
       . :: :::::::::::.::. ::::::.:::.. .:::.:::.:. .:: ::::.:.:..
XP_006 HFIKCVLQDPIWLLMADADSSVMMTYQLPSRNLEAVLKEDREKLKLLQKLQPRFTESQKQ
        1130      1140      1150      1160      1170      1180     

    1180      1190      1200      1210      1220       1230        
pF1KSD ELGAVHSWVRKGQLPRALDVMACVDCGSSTQDPGHPDDPLFSELDGLGL-EPMEEGGGEQ
       ::  ::.:.. : :: :.::  :: :   ... :.   :   .. .::: :  .    :.
XP_006 ELREVHQWMQTGGLPAAIDVAECVYC--ENKEKGNICIPYEEDIPSLGLSEVSDTKEDEN
        1190      1200      1210        1220      1230      1240   

     1240      1250      1260      1270      1280      1290
pF1KSD GSSGGGSGEGEGCEEAQGGAKASSSQDLAMEEEEEGRSSSSPALPTAGNCTS
       ::                                                  
XP_006 GSPLNHRIEEQT                                        
          1250                                             

>>NP_001276792 (OMIM: 603427,616882) period circadian pr  (1184 aa)
 initn: 1493 init1: 489 opt: 1823  Z-score: 804.5  bits: 161.0 E(85289): 4.5e-38
Smith-Waterman score: 2268; 38.1% identity (62.6% similar) in 1170 aa overlap (126-1213:43-1170)

         100       110       120       130       140       150     
pF1KSD QSPSPPSSSIAYSLLSASSEQDNPSTSGCSSEQSARARTQKELMTALRELKLRLPPERRG
                                     :::. : :...::. ...:.:  .: :::.
NP_001 GAKDEALGEESGERWSPEFHLQRKLADSSHSEQQDRNRVSEELIMVVQEMKKYFPSERRN
             20        30        40        50        60        70  

         160       170       180       190       200       210     
pF1KSD KGRSGTLATLQYALACVKQVQANQEYYQQWSLEEGEPCSMDMSTYTLEELEHITSEYTLQ
       :   .:: .:.::: ::..::::.:..:  : ..: : . :.: :.::::  :.::.: .
NP_001 K--PSTLDALNYALRCVHSVQANSEFFQILS-QNGAP-QADVSMYSLEELATIASEHTSK
               80        90       100         110       120        

         220       230       240       250       260       270     
pF1KSD NQDTFSVAVSFLTGRIVYISEQAAVLLRCKRDVFRGTRFSELLAPQDVGVFYGSTAPSRL
       : ::: .. :::.::.:.::::::..:  :.::. ...: .::::::. :::. :: ..:
NP_001 NTDTFVAVFSFLSGRLVHISEQAALILNRKKDVLASSHFVDLLAPQDMRVFYAHTARAQL
      130       140       150       160       170       180        

         280       290       300       310       320       330     
pF1KSD PTWGTGASAGSGLRDFTQEKSVFCRIRGGPDRDPGPRYQPFRLTPYVTKIRVSDGAP---
       : :.. .. ...  . .  :  ::::::: ::     ..:::. ::. ...   . :   
NP_001 PFWNNWTQRAAARYECAPVKPFFCRIRGGEDRKQEKCHSPFRIIPYLIHVH-HPAQPELE
      190       200       210       220       230        240       

            340       350       360       370       380       390  
pF1KSD AQPCCLLIAERIHSGYEAPRIPPDKRIFTTRHTPSCLFQDVDERAAPLLGYLPQDLLGAP
       ..:::: ..:.::::::::::: .:::::: :::.:.: .:::.:.::::::::::.:. 
NP_001 SEPCCLTVVEKIHSGYEAPRIPVNKRIFTTTHTPGCVFLEVDEKAVPLLGYLPQDLIGTS
       250       260       270       280       290       300       

            400       410        420       430       440       450 
pF1KSD VLLFLHPEDRPLMLAIHKKILQLAGQP-FDHSPIRFCARNGEYVTMDTSWAGFVHPWSRK
       .: .:::::: ::.:::.:.:. ::.: :.:::::::..::.:. .:.::..::.:::::
NP_001 ILSYLHPEDRSLMVAIHQKVLKYAGHPPFEHSPIRFCTQNGDYIILDSSWSSFVNPWSRK
       310       320       330       340       350       360       

             460       470       480       490       500       510 
pF1KSD VAFVLGRHKVRTAPLNEDVFTPPAPSPAPSLDTDIQELSEQIHRLLLQPVHSPSPTGLCG
       ..:..:::::::.:::::::.    .   . : :: ::.:::..:::::::    .:  .
NP_001 ISFIIGRHKVRTSPLNEDVFATKIKKMNDN-DKDITELQEQIYKLLLQPVHVSVSSGYGS
       370       380       390        400       410       420      

             520       530       540       550       560       570 
pF1KSD VGAVTSPGPLHSPGSSSDSNGGDAEGPGPPAPVTFQQICKDVHLVKHQGQQLFIESRARP
       .:.  :   : : .:::...:  .:       .:.::.  .:. .:. ::::.::: .. 
NP_001 LGSSGSQEQLVSIASSSEASGHRVE-ETKAEQMTLQQVYASVNKIKNLGQQLYIESMTKS
        430       440       450        460       470       480     

             580       590          600       610       620        
pF1KSD QSRPRLPATGTFKAKALPCQ---SPDPELEAGSAPVQAPLALVPEEAERKEASSCSYQQI
       . .: . .: :    .  :.   :    :. .:. ..      : :  :..  : :::::
NP_001 SFKP-VTGTRTEPNGGGECKTFTSFHQTLKNNSVYTE------PCEDLRNDEHSPSYQQI
          490       500       510       520             530        

      630       640       650       660       670       680        
pF1KSD NCLDSILRYLESCNLPSTTKRKCASSSSYTTSSASDDDRQRTGPVSVGTKKDPPSAALSG
       ::.::..:::.: :.:.  :::: : .. ::::.:..:.:       . : :  .:  .:
NP_001 NCIDSVIRYLKSYNIPAL-KRKCISCTN-TTSSSSEEDKQ-------NHKADDVQALQAG
      540       550        560        570              580         

      690          700            710       720       730          
pF1KSD EG--ATPRKE-PVVG-----GTLSPLALANKAESVVSVTSQCSFSSTIVHVGDKKPPES-
           : :..: :. :     :  .:  :..   :. :  :::..:::::::    :::. 
NP_001 LQIPAIPKSEMPTNGRSIDTGGGAPQILSTAMLSLGSGISQCGYSSTIVHV---PPPETA
     590       600       610       620       630       640         

      740       750       760       770       780       790        
pF1KSD -DIIMMEDLPGLAPGPAPSPAPSPTVAPDPAPDAYRPVGLTKAVLSLHTQKEEQAFLSRF
        :  .. .   :   :::  .           . .. :::: :::: ::::::: ....:
NP_001 RDATLFCEPWTLNMQPAPLTS-----------EEFKHVGLTAAVLSAHTQKEEQNYVDKF
        650       660                  670       680       690     

      800                           810       820          830     
pF1KSD RD--------------------LGRLRGLDSSSTAPSALGERGCHHG---PAPPSRRHHC
       :.                     . ..: ..:. . ::  ..: :.    : ::.     
NP_001 REKILSSPYSSYLQQESRSKAKYSYFQGDSTSKQTRSAGCRKGKHKRKKLPEPPDSSSSN
         700       710       720       730       740       750     

         840       850          860        870            880      
pF1KSD RSKAKRSRHHQNPRAEAPCYVSHP---SPV-PPSTPWPT--P---PATTPFPAVVQP---
        ... :   ::: .   :  .: :   ::. ::..  :.  :   ::  :.::...:   
NP_001 TGSGPRRGAHQNAQPCCPSAASSPHTSSPTFPPAAMVPSQAPYLVPAF-PLPAATSPGRE
         760       770       780       790       800        810    

           890       900       910       920          930       940
pF1KSD YPLPVFSPRGGPQPLPPAPTSVPPAAFPAPLVTPMVALVLPNY-LFP--TPSSYPYGALQ
       :  :  .:.:  . :: .    :  ::: : .  .... ::.  . :  .::  :   : 
NP_001 YAAPGTAPEGL-HGLPLSEGLQPYPAFPFPYLDTFMTVFLPDPPVCPLLSPSFLPCPFLG
          820        830       840       850       860       870   

              950        960       970                 980         
pF1KSD TPAEGPPTPA-SHSPSPSLPALPPSPPHRPDS----------PLFNSRCSSPLQLNLLQL
       . : .  .:. : . ::.:   :    .: .           :...:: :::::::::: 
NP_001 ATASSAISPSMSSAMSPTLDPPPSVTSQRREEEKWEAQSEGHPFITSRSSSPLQLNLLQ-
           880       890       900       910       920       930   

     990                    1000      1010      1020      1030     
pF1KSD EELPRAEGAA--------------VAGGPGSSAGPPPPSAEAAEPEARLAEVTESSNQDA
       ::.::   .               :.:. :: ..:   .: ..    :  :     . .:
NP_001 EEMPRPSESPDQMRRNTCPQTEYCVTGNNGSESSPATTGALSTGSPPR--ENPSHPTASA
            940       950       960       970       980         990

         1040      1050      1060      1070      1080      1090    
pF1KSD LS-GSSDLLELLLQEDSRSGTGSAASGSLGSGLGSGSGSGSHEGGSTSASITRSSQSSHT
       :: ::  . .      :  . :   : . .   ..  ..::  . : : . . .: :: .
NP_001 LSTGSPPMKNPSHPTASTLSMGLPPSRTPSHPTATVLSTGSPPSESPSRTGSAASGSSDS
             1000      1010      1020      1030      1040      1050

          1100      1110      1120      1130      1140      1150   
pF1KSD SKYF-GSIDSSEAEAGAARGGAEPGDQVIKYVLQDPIWLLMANADQRVMMTYQVPSRDMT
       : :. .:. ::.   .. ..      ...  : ..::: .. .. .:..:::::: :   
NP_001 SIYLTSSVYSSKISQNGQQSQDVQKKETFPNVAEEPIWRMIRQTPERILMTYQVPERVKE
             1060      1070      1080      1090      1100      1110

          1160      1170      1180      1190      1200      1210   
pF1KSD SVLKQDRERLRAMQKQQPRFSEDQRRELGAVHSWVRKGQLPRALDVMACVDCGSSTQDPG
        :::.: :.:..:..:::.::. :..::. :..:...  . . .:..::: : .  .  :
NP_001 VVLKEDLEKLESMRQQQPQFSHGQKEELAKVYNWIQSQTVTQEIDIQACVTCENEDSADG
             1120      1130      1140      1150      1160      1170

          1220      1230      1240      1250      1260      1270   
pF1KSD HPDDPLFSELDGLGLEPMEEGGGEQGSSGGGSGEGEGCEEAQGGAKASSSQDLAMEEEEE
                                                                   
NP_001 AATSCGQVLVEDSC                                              
             1180                                                  

>>XP_011540692 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: period c  (1202 aa)
 initn: 1493 init1: 489 opt: 1823  Z-score: 804.4  bits: 161.0 E(85289): 4.6e-38
Smith-Waterman score: 2253; 38.2% identity (62.0% similar) in 1188 aa overlap (126-1213:43-1188)

         100       110       120       130       140       150     
pF1KSD QSPSPPSSSIAYSLLSASSEQDNPSTSGCSSEQSARARTQKELMTALRELKLRLPPERRG
                                     :::. : :...::. ...:.:  .: :::.
XP_011 GAKDEALGEESGERWSPEFHLQRKLADSSHSEQQDRNRVSEELIMVVQEMKKYFPSERRN
             20        30        40        50        60        70  

         160       170       180       190       200       210     
pF1KSD KGRSGTLATLQYALACVKQVQANQEYYQQWSLEEGEPCSMDMSTYTLEELEHITSEYTLQ
       :   .:: .:.::: ::..::::.:..:  : ..: : . :.: :.::::  :.::.: .
XP_011 K--PSTLDALNYALRCVHSVQANSEFFQILS-QNGAP-QADVSMYSLEELATIASEHTSK
               80        90       100         110       120        

         220       230       240       250       260       270     
pF1KSD NQDTFSVAVSFLTGRIVYISEQAAVLLRCKRDVFRGTRFSELLAPQDVGVFYGSTAPSRL
       : ::: .. :::.::.:.::::::..:  :.::. ...: .::::::. :::. :: ..:
XP_011 NTDTFVAVFSFLSGRLVHISEQAALILNRKKDVLASSHFVDLLAPQDMRVFYAHTARAQL
      130       140       150       160       170       180        

         280       290       300       310       320       330     
pF1KSD PTWGTGASAGSGLRDFTQEKSVFCRIRGGPDRDPGPRYQPFRLTPYVTKIRVSDGAP---
       : :.. .. ...  . .  :  ::::::: ::     ..:::. ::. ...   . :   
XP_011 PFWNNWTQRAAARYECAPVKPFFCRIRGGEDRKQEKCHSPFRIIPYLIHVH-HPAQPELE
      190       200       210       220       230        240       

            340       350       360       370       380       390  
pF1KSD AQPCCLLIAERIHSGYEAPRIPPDKRIFTTRHTPSCLFQDVDERAAPLLGYLPQDLLGAP
       ..:::: ..:.::::::::::: .:::::: :::.:.: .:::.:.::::::::::.:. 
XP_011 SEPCCLTVVEKIHSGYEAPRIPVNKRIFTTTHTPGCVFLEVDEKAVPLLGYLPQDLIGTS
       250       260       270       280       290       300       

            400       410        420       430       440       450 
pF1KSD VLLFLHPEDRPLMLAIHKKILQLAGQP-FDHSPIRFCARNGEYVTMDTSWAGFVHPWSRK
       .: .:::::: ::.:::.:.:. ::.: :.:::::::..::.:. .:.::..::.:::::
XP_011 ILSYLHPEDRSLMVAIHQKVLKYAGHPPFEHSPIRFCTQNGDYIILDSSWSSFVNPWSRK
       310       320       330       340       350       360       

             460       470       480       490       500       510 
pF1KSD VAFVLGRHKVRTAPLNEDVFTPPAPSPAPSLDTDIQELSEQIHRLLLQPVHSPSPTGLCG
       ..:..:::::::.:::::::.    .   . : :: ::.:::..:::::::    .:  .
XP_011 ISFIIGRHKVRTSPLNEDVFATKIKKMNDN-DKDITELQEQIYKLLLQPVHVSVSSGYGS
       370       380       390        400       410       420      

             520       530       540       550       560       570 
pF1KSD VGAVTSPGPLHSPGSSSDSNGGDAEGPGPPAPVTFQQICKDVHLVKHQGQQLFIESRARP
       .:.  :   : : .:::...:  .:       .:.::.  .:. .:. ::::.::: .. 
XP_011 LGSSGSQEQLVSIASSSEASGHRVE-ETKAEQMTLQQVYASVNKIKNLGQQLYIESMTKS
        430       440       450        460       470       480     

             580       590          600       610       620        
pF1KSD QSRPRLPATGTFKAKALPCQ---SPDPELEAGSAPVQAPLALVPEEAERKEASSCSYQQI
       . .: . .: :    .  :.   :    :. .:. ..      : :  :..  : :::::
XP_011 SFKP-VTGTRTEPNGGGECKTFTSFHQTLKNNSVYTE------PCEDLRNDEHSPSYQQI
          490       500       510       520             530        

      630       640       650       660       670       680        
pF1KSD NCLDSILRYLESCNLPSTTKRKCASSSSYTTSSASDDDRQRTGPVSVGTKKDPPSAALSG
       ::.::..:::.: :.:.  :::: : .. ::::.:..:.:       . : :  .:  .:
XP_011 NCIDSVIRYLKSYNIPAL-KRKCISCTN-TTSSSSEEDKQ-------NHKADDVQALQAG
      540       550        560        570              580         

      690          700            710       720       730          
pF1KSD EG--ATPRKE-PVVG-----GTLSPLALANKAESVVSVTSQCSFSSTIVHVGDKKPPES-
           : :..: :. :     :  .:  :..   :. :  :::..:::::::    :::. 
XP_011 LQIPAIPKSEMPTNGRSIDTGGGAPQILSTAMLSLGSGISQCGYSSTIVHV---PPPETA
     590       600       610       620       630       640         

      740       750       760       770       780       790        
pF1KSD -DIIMMEDLPGLAPGPAPSPAPSPTVAPDPAPDAYRPVGLTKAVLSLHTQKEEQAFLSRF
        :  .. .   :   :::  .           . .. :::: :::: ::::::: ....:
XP_011 RDATLFCEPWTLNMQPAPLTS-----------EEFKHVGLTAAVLSAHTQKEEQNYVDKF
        650       660                  670       680       690     

      800                           810       820          830     
pF1KSD RD--------------------LGRLRGLDSSSTAPSALGERGCHHG---PAPPSRRHHC
       :.                     . ..: ..:. . ::  ..: :.    : ::.     
XP_011 REKILSSPYSSYLQQESRSKAKYSYFQGDSTSKQTRSAGCRKGKHKRKKLPEPPDSSSSN
         700       710       720       730       740       750     

         840       850          860        870            880      
pF1KSD RSKAKRSRHHQNPRAEAPCYVSHP---SPV-PPSTPWPT--P---PATTPFPAVVQP---
        ... :   ::: .   :  .: :   ::. ::..  :.  :   ::  :.::...:   
XP_011 TGSGPRRGAHQNAQPCCPSAASSPHTSSPTFPPAAMVPSQAPYLVPAF-PLPAATSPGRE
         760       770       780       790       800        810    

           890       900       910       920          930       940
pF1KSD YPLPVFSPRGGPQPLPPAPTSVPPAAFPAPLVTPMVALVLPNY-LFP--TPSSYPYGALQ
       :  :  .:.:  . :: .    :  ::: : .  .... ::.  . :  .::  :   : 
XP_011 YAAPGTAPEGL-HGLPLSEGLQPYPAFPFPYLDTFMTVFLPDPPVCPLLSPSFLPCPFLG
          820        830       840       850       860       870   

              950        960       970                 980         
pF1KSD TPAEGPPTPA-SHSPSPSLPALPPSPPHRPDS----------PLFNSRCSSPLQLNLLQL
       . : .  .:. : . ::.:   :    .: .           :...:: :::::::::: 
XP_011 ATASSAISPSMSSAMSPTLDPPPSVTSQRREEEKWEAQSEGHPFITSRSSSPLQLNLLQ-
           880       890       900       910       920       930   

     990                    1000      1010      1020      1030     
pF1KSD EELPRAEGAA--------------VAGGPGSSAGPPPPSAEAAEPEARLAEVTESSNQDA
       ::.::   .               :.:. :: ..:   .: ..    :  :     . .:
XP_011 EEMPRPSESPDQMRRNTCPQTEYCVTGNNGSESSPATTGALSTGSPPR--ENPSHPTASA
            940       950       960       970       980         990

         1040      1050          1060      1070                1080
pF1KSD LS-GSSDLLELLLQEDSRSGTGSAA----SGSLGSGLGSG---SGSGSHE-------GGS
       :: ::  . .      :  .:::      :   .: :. :   : . ::        :. 
XP_011 LSTGSPPMKNPSHPTASALSTGSPPMKNPSHPTASTLSMGLPPSRTPSHPTATVLSTGSP
             1000      1010      1020      1030      1040      1050

                 1090       1100      1110      1120      1130     
pF1KSD TSASITRS----SQSSHTSKYF-GSIDSSEAEAGAARGGAEPGDQVIKYVLQDPIWLLMA
        : : .:.    : :: .: :. .:. ::.   .. ..      ...  : ..::: .. 
XP_011 PSESPSRTGSAASGSSDSSIYLTSSVYSSKISQNGQQSQDVQKKETFPNVAEEPIWRMIR
             1060      1070      1080      1090      1100      1110

        1140      1150      1160      1170      1180      1190     
pF1KSD NADQRVMMTYQVPSRDMTSVLKQDRERLRAMQKQQPRFSEDQRRELGAVHSWVRKGQLPR
       .. .:..:::::: :    :::.: :.:..:..:::.::. :..::. :..:...  . .
XP_011 QTPERILMTYQVPERVKEVVLKEDLEKLESMRQQQPQFSHGQKEELAKVYNWIQSQTVTQ
             1120      1130      1140      1150      1160      1170

        1200      1210      1220      1230      1240      1250     
pF1KSD ALDVMACVDCGSSTQDPGHPDDPLFSELDGLGLEPMEEGGGEQGSSGGGSGEGEGCEEAQ
        .:..::: : .  .  :                                          
XP_011 EIDIQACVTCENEDSADGAATSCGQVLVEDSC                            
             1180      1190      1200                              

>>XP_016858214 (OMIM: 603427,616882) PREDICTED: period c  (1203 aa)
 initn: 1493 init1: 489 opt: 1818  Z-score: 802.2  bits: 160.6 E(85289): 6e-38
Smith-Waterman score: 2257; 38.3% identity (62.0% similar) in 1189 aa overlap (126-1213:43-1189)

         100       110       120       130       140       150     
pF1KSD QSPSPPSSSIAYSLLSASSEQDNPSTSGCSSEQSARARTQKELMTALRELKLRLPPERRG
                                     :::. : :...::. ...:.:  .: :::.
XP_016 GAKDEALGEESGERWSPEFHLQRKLADSSHSEQQDRNRVSEELIMVVQEMKKYFPSERRN
             20        30        40        50        60        70  

         160       170       180       190       200       210     
pF1KSD KGRSGTLATLQYALACVKQVQANQEYYQQWSLEEGEPCSMDMSTYTLEELEHITSEYTLQ
       :   .:: .:.::: ::..::::.:..:  : ..: : . :.: :.::::  :.::.: .
XP_016 K--PSTLDALNYALRCVHSVQANSEFFQILS-QNGAP-QADVSMYSLEELATIASEHTSK
               80        90       100         110       120        

         220       230       240       250       260       270     
pF1KSD NQDTFSVAVSFLTGRIVYISEQAAVLLRCKRDVFRGTRFSELLAPQDVGVFYGSTAPSRL
       : ::: .. :::.::.:.::::::..:  :.::. ...: .::::::. :::. :: ..:
XP_016 NTDTFVAVFSFLSGRLVHISEQAALILNRKKDVLASSHFVDLLAPQDMRVFYAHTARAQL
      130       140       150       160       170       180        

         280       290       300       310       320       330     
pF1KSD PTWGTGASAGSGLRDFTQEKSVFCRIRGGPDRDPGPRYQPFRLTPYVTKIRVSDGAP---
       : :.. .. ...  . .  :  ::::::: ::     ..:::. ::. ...   . :   
XP_016 PFWNNWTQRAAARYECAPVKPFFCRIRGGEDRKQEKCHSPFRIIPYLIHVH-HPAQPELE
      190       200       210       220       230        240       

            340       350       360       370       380       390  
pF1KSD AQPCCLLIAERIHSGYEAPRIPPDKRIFTTRHTPSCLFQDVDERAAPLLGYLPQDLLGAP
       ..:::: ..:.::::::::::: .:::::: :::.:.: .:::.:.::::::::::.:. 
XP_016 SEPCCLTVVEKIHSGYEAPRIPVNKRIFTTTHTPGCVFLEVDEKAVPLLGYLPQDLIGTS
       250       260       270       280       290       300       

            400       410        420       430       440       450 
pF1KSD VLLFLHPEDRPLMLAIHKKILQLAGQP-FDHSPIRFCARNGEYVTMDTSWAGFVHPWSRK
       .: .:::::: ::.:::.:.:. ::.: :.:::::::..::.:. .:.::..::.:::::
XP_016 ILSYLHPEDRSLMVAIHQKVLKYAGHPPFEHSPIRFCTQNGDYIILDSSWSSFVNPWSRK
       310       320       330       340       350       360       

             460       470       480       490       500       510 
pF1KSD VAFVLGRHKVRTAPLNEDVFTPPAPSPAPSLDTDIQELSEQIHRLLLQPVHSPSPTGLCG
       ..:..:::::::.:::::::.    .   . : :: ::.:::..:::::::    .:  .
XP_016 ISFIIGRHKVRTSPLNEDVFATKIKKMNDN-DKDITELQEQIYKLLLQPVHVSVSSGYGS
       370       380       390        400       410       420      

             520       530       540       550       560       570 
pF1KSD VGAVTSPGPLHSPGSSSDSNGGDAEGPGPPAPVTFQQICKDVHLVKHQGQQLFIESRARP
       .:.  :   : : .:::...:  .:       .:.::.  .:. .:. ::::.::: .. 
XP_016 LGSSGSQEQLVSIASSSEASGHRVE-ETKAEQMTLQQVYASVNKIKNLGQQLYIESMTKS
        430       440       450        460       470       480     

             580       590          600       610       620        
pF1KSD QSRPRLPATGTFKAKALPCQ---SPDPELEAGSAPVQAPLALVPEEAERKEASSCSYQQI
       . .: . .: :    .  :.   :    :. .:. ..      : :  :..  : :::::
XP_016 SFKP-VTGTRTEPNGGGECKTFTSFHQTLKNNSVYTE------PCEDLRNDEHSPSYQQI
          490       500       510       520             530        

      630       640       650       660       670       680        
pF1KSD NCLDSILRYLESCNLPSTTKRKCASSSSYTTSSASDDDRQRTGPVSVGTKKDPPSAALSG
       ::.::..:::.: :.:.  :::: : .. ::::.:..:.:       . : :  .:  .:
XP_016 NCIDSVIRYLKSYNIPAL-KRKCISCTN-TTSSSSEEDKQ-------NHKADDVQALQAG
      540       550        560        570              580         

      690          700            710       720       730          
pF1KSD EG--ATPRKE-PVVG-----GTLSPLALANKAESVVSVTSQCSFSSTIVHVGDKKPPES-
           : :..: :. :     :  .:  :..   :. :  :::..:::::::    :::. 
XP_016 LQIPAIPKSEMPTNGRSIDTGGGAPQILSTAMLSLGSGISQCGYSSTIVHV---PPPETA
     590       600       610       620       630       640         

      740       750       760       770       780       790        
pF1KSD -DIIMMEDLPGLAPGPAPSPAPSPTVAPDPAPDAYRPVGLTKAVLSLHTQKEEQAFLSRF
        :  .. .   :   :::  .           . .. :::: :::: ::::::: ....:
XP_016 RDATLFCEPWTLNMQPAPLTS-----------EEFKHVGLTAAVLSAHTQKEEQNYVDKF
        650       660                  670       680       690     

      800                           810       820          830     
pF1KSD RD--------------------LGRLRGLDSSSTAPSALGERGCHHG---PAPPSRRHHC
       :.                     . ..: ..:. . ::  ..: :.    : ::.     
XP_016 REKILSSPYSSYLQQESRSKAKYSYFQGDSTSKQTRSAGCRKGKHKRKKLPEPPDSSSSN
         700       710       720       730       740       750     

         840       850          860        870            880      
pF1KSD RSKAKRSRHHQNPRAEAPCYVSHP---SPV-PPSTPWPT--P---PATTPFPAVVQP---
        ... :   ::: .   :  .: :   ::. ::..  :.  :   ::  :.::...:   
XP_016 TGSGPRRGAHQNAQPCCPSAASSPHTSSPTFPPAAMVPSQAPYLVPAF-PLPAATSPGRE
         760       770       780       790       800        810    

           890       900       910       920          930       940
pF1KSD YPLPVFSPRGGPQPLPPAPTSVPPAAFPAPLVTPMVALVLPNY-LFP--TPSSYPYGALQ
       :  :  .:.:  . :: .    :  ::: : .  .... ::.  . :  .::  :   : 
XP_016 YAAPGTAPEGL-HGLPLSEGLQPYPAFPFPYLDTFMTVFLPDPPVCPLLSPSFLPCPFLG
          820        830       840       850       860       870   

              950        960       970                 980         
pF1KSD TPAEGPPTPA-SHSPSPSLPALPPSPPHRPDS----------PLFNSRCSSPLQLNLLQL
       . : .  .:. : . ::.:   :    .: .           :...:: :::::::::: 
XP_016 ATASSAISPSMSSAMSPTLDPPPSVTSQRREEEKWEAQSEGHPFITSRSSSPLQLNLLQ-
           880       890       900       910       920       930   

     990                     1000      1010      1020      1030    
pF1KSD EELPR---------------AEGAAVAGGPGSSAGPPPPSAEAAEPEARLAEVTESSNQD
       ::.::               .:   :.:. :: ..:   .: ..    :  :     . .
XP_016 EEMPRPSESPDQMRRNTCPQTEYQCVTGNNGSESSPATTGALSTGSPPR--ENPSHPTAS
            940       950       960       970       980         990

          1040      1050          1060      1070                   
pF1KSD ALS-GSSDLLELLLQEDSRSGTGSAA----SGSLGSGLGSG---SGSGSHE-------GG
       ::: ::  . .      :  .:::      :   .: :. :   : . ::        :.
XP_016 ALSTGSPPMKNPSHPTASALSTGSPPMKNPSHPTASTLSMGLPPSRTPSHPTATVLSTGS
             1000      1010      1020      1030      1040      1050

    1080          1090       1100      1110      1120      1130    
pF1KSD STSASITRS----SQSSHTSKYF-GSIDSSEAEAGAARGGAEPGDQVIKYVLQDPIWLLM
         : : .:.    : :: .: :. .:. ::.   .. ..      ...  : ..::: ..
XP_016 PPSESPSRTGSAASGSSDSSIYLTSSVYSSKISQNGQQSQDVQKKETFPNVAEEPIWRMI
             1060      1070      1080      1090      1100      1110

         1140      1150      1160      1170      1180      1190    
pF1KSD ANADQRVMMTYQVPSRDMTSVLKQDRERLRAMQKQQPRFSEDQRRELGAVHSWVRKGQLP
        .. .:..:::::: :    :::.: :.:..:..:::.::. :..::. :..:...  . 
XP_016 RQTPERILMTYQVPERVKEVVLKEDLEKLESMRQQQPQFSHGQKEELAKVYNWIQSQTVT
             1120      1130      1140      1150      1160      1170

         1200      1210      1220      1230      1240      1250    
pF1KSD RALDVMACVDCGSSTQDPGHPDDPLFSELDGLGLEPMEEGGGEQGSSGGGSGEGEGCEEA
       . .:..::: : .  .  :                                         
XP_016 QEIDIQACVTCENEDSADGAATSCGQVLVEDSC                           
             1180      1190      1200                              

>>NP_058515 (OMIM: 603427,616882) period circadian prote  (1201 aa)
 initn: 1487 init1: 489 opt: 1811  Z-score: 799.2  bits: 160.0 E(85289): 8.9e-38
Smith-Waterman score: 2241; 38.2% identity (61.8% similar) in 1188 aa overlap (126-1213:43-1187)

         100       110       120       130       140       150     
pF1KSD QSPSPPSSSIAYSLLSASSEQDNPSTSGCSSEQSARARTQKELMTALRELKLRLPPERRG
                                     :::. : :...::. ...:.:  .: :::.
NP_058 GAKDEALGEESGERWSPEFHLQRKLADSSHSEQQDRNRVSEELIMVVQEMKKYFPSERRN
             20        30        40        50        60        70  

         160       170       180       190       200       210     
pF1KSD KGRSGTLATLQYALACVKQVQANQEYYQQWSLEEGEPCSMDMSTYTLEELEHITSEYTLQ
       :   .:: .:.::: ::..::::.:..:  : ..: : . :.: :.::::  :.::.: .
NP_058 K--PSTLDALNYALRCVHSVQANSEFFQILS-QNGAP-QADVSMYSLEELATIASEHTSK
               80        90       100         110       120        

         220       230       240       250       260       270     
pF1KSD NQDTFSVAVSFLTGRIVYISEQAAVLLRCKRDVFRGTRFSELLAPQDVGVFYGSTAPSRL
       : ::: .. :::.::.:.::::::..:  :.::. ...: .::::::. :::. :: ..:
NP_058 NTDTFVAVFSFLSGRLVHISEQAALILNRKKDVLASSHFVDLLAPQDMRVFYAHTARAQL
      130       140       150       160       170       180        

         280       290       300       310       320       330     
pF1KSD PTWGTGASAGSGLRDFTQEKSVFCRIRGGPDRDPGPRYQPFRLTPYVTKIRVSDGAP---
       : :..  .  ..  . .  :  ::::::: ::     ..:::. ::. ...   . :   
NP_058 PFWNNW-TQRAARYECAPVKPFFCRIRGGEDRKQEKCHSPFRIIPYLIHVH-HPAQPELE
      190        200       210       220       230        240      

            340       350       360       370       380       390  
pF1KSD AQPCCLLIAERIHSGYEAPRIPPDKRIFTTRHTPSCLFQDVDERAAPLLGYLPQDLLGAP
       ..:::: ..:.::::::::::: .:::::: :::.:.: .:::.:.::::::::::.:. 
NP_058 SEPCCLTVVEKIHSGYEAPRIPVNKRIFTTTHTPGCVFLEVDEKAVPLLGYLPQDLIGTS
        250       260       270       280       290       300      

            400       410        420       430       440       450 
pF1KSD VLLFLHPEDRPLMLAIHKKILQLAGQP-FDHSPIRFCARNGEYVTMDTSWAGFVHPWSRK
       .: .:::::: ::.:::.:.:. ::.: :.:::::::..::.:. .:.::..::.:::::
NP_058 ILSYLHPEDRSLMVAIHQKVLKYAGHPPFEHSPIRFCTQNGDYIILDSSWSSFVNPWSRK
        310       320       330       340       350       360      

             460       470       480       490       500       510 
pF1KSD VAFVLGRHKVRTAPLNEDVFTPPAPSPAPSLDTDIQELSEQIHRLLLQPVHSPSPTGLCG
       ..:..:::::::.:::::::.    .   . : :: ::.:::..:::::::    .:  .
NP_058 ISFIIGRHKVRTSPLNEDVFATKIKKMNDN-DKDITELQEQIYKLLLQPVHVSVSSGYGS
        370       380       390        400       410       420     

             520       530       540       550       560       570 
pF1KSD VGAVTSPGPLHSPGSSSDSNGGDAEGPGPPAPVTFQQICKDVHLVKHQGQQLFIESRARP
       .:.  :   : : .:::...:  .:       .:.::.  .:. .:. ::::.::: .. 
NP_058 LGSSGSQEQLVSIASSSEASGHRVE-ETKAEQMTLQQVYASVNKIKNLGQQLYIESMTKS
         430       440       450        460       470       480    

             580       590          600       610       620        
pF1KSD QSRPRLPATGTFKAKALPCQ---SPDPELEAGSAPVQAPLALVPEEAERKEASSCSYQQI
       . .: . .: :    .  :.   :    :. .:. ..      : :  :..  : :::::
NP_058 SFKP-VTGTRTEPNGGGECKTFTSFHQTLKNNSVYTE------PCEDLRNDEHSPSYQQI
           490       500       510       520             530       

      630       640       650       660       670       680        
pF1KSD NCLDSILRYLESCNLPSTTKRKCASSSSYTTSSASDDDRQRTGPVSVGTKKDPPSAALSG
       ::.::..:::.: :.:.  :::: : .. ::::.:..:.:       . : :  .:  .:
NP_058 NCIDSVIRYLKSYNIPAL-KRKCISCTN-TTSSSSEEDKQ-------NHKADDVQALQAG
       540       550        560        570              580        

      690          700            710       720       730          
pF1KSD EG--ATPRKE-PVVG-----GTLSPLALANKAESVVSVTSQCSFSSTIVHVGDKKPPES-
           : :..: :. :     :  .:  :..   :. :  :::..:::::::    :::. 
NP_058 LQIPAIPKSEMPTNGRSIDTGGGAPQILSTAMLSLGSGISQCGYSSTIVHV---PPPETA
      590       600       610       620       630          640     

      740       750       760       770       780       790        
pF1KSD -DIIMMEDLPGLAPGPAPSPAPSPTVAPDPAPDAYRPVGLTKAVLSLHTQKEEQAFLSRF
        :  .. .   :   :::  .           . .. :::: :::: ::::::: ....:
NP_058 RDATLFCEPWTLNMQPAPLTS-----------EEFKHVGLTAAVLSAHTQKEEQNYVDKF
         650       660                  670       680       690    

      800                           810       820          830     
pF1KSD RD--------------------LGRLRGLDSSSTAPSALGERGCHHG---PAPPSRRHHC
       :.                     . ..: ..:. . ::  ..: :.    : ::.     
NP_058 REKILSSPYSSYLQQESRSKAKYSYFQGDSTSKQTRSAGCRKGKHKRKKLPEPPDSSSSN
          700       710       720       730       740       750    

         840       850          860        870            880      
pF1KSD RSKAKRSRHHQNPRAEAPCYVSHP---SPV-PPSTPWPT--P---PATTPFPAVVQP---
        ... :   ::: .   :  .: :   ::. ::..  :.  :   ::  :.::...:   
NP_058 TGSGPRRGAHQNAQPCCPSAASSPHTSSPTFPPAAMVPSQAPYLVPAF-PLPAATSPGRE
          760       770       780       790       800        810   

           890       900       910       920          930       940
pF1KSD YPLPVFSPRGGPQPLPPAPTSVPPAAFPAPLVTPMVALVLPNY-LFP--TPSSYPYGALQ
       :  :  .:.:  . :: .    :  ::: : .  .... ::.  . :  .::  :   : 
NP_058 YAAPGTAPEGL-HGLPLSEGLQPYPAFPFPYLDTFMTVFLPDPPVCPLLSPSFLPCPFLG
           820        830       840       850       860       870  

              950        960       970                 980         
pF1KSD TPAEGPPTPA-SHSPSPSLPALPPSPPHRPDS----------PLFNSRCSSPLQLNLLQL
       . : .  .:. : . ::.:   :    .: .           :...:: :::::::::: 
NP_058 ATASSAISPSMSSAMSPTLDPPPSVTSQRREEEKWEAQSEGHPFITSRSSSPLQLNLLQ-
            880       890       900       910       920       930  

     990                    1000      1010      1020      1030     
pF1KSD EELPRAEGAA--------------VAGGPGSSAGPPPPSAEAAEPEARLAEVTESSNQDA
       ::.::   .               :.:. :: ..:   .: ..    :  :     . .:
NP_058 EEMPRPSESPDQMRRNTCPQTEYCVTGNNGSESSPATTGALSTGSPPR--ENPSHPTASA
             940       950       960       970         980         

         1040      1050          1060      1070                1080
pF1KSD LS-GSSDLLELLLQEDSRSGTGSAA----SGSLGSGLGSG---SGSGSHE-------GGS
       :: ::  . .      :  .:::      :   .: :. :   : . ::        :. 
NP_058 LSTGSPPMKNPSHPTASALSTGSPPMKNPSHPTASTLSMGLPPSRTPSHPTATVLSTGSP
     990      1000      1010      1020      1030      1040         

                 1090       1100      1110      1120      1130     
pF1KSD TSASITRS----SQSSHTSKYF-GSIDSSEAEAGAARGGAEPGDQVIKYVLQDPIWLLMA
        : : .:.    : :: .: :. .:. ::.   .. ..      ...  : ..::: .. 
NP_058 PSESPSRTGSAASGSSDSSIYLTSSVYSSKISQNGQQSQDVQKKETFPNVAEEPIWRMIR
    1050      1060      1070      1080      1090      1100         

        1140      1150      1160      1170      1180      1190     
pF1KSD NADQRVMMTYQVPSRDMTSVLKQDRERLRAMQKQQPRFSEDQRRELGAVHSWVRKGQLPR
       .. .:..:::::: :    :::.: :.:..:..:::.::. :..::. :..:...  . .
NP_058 QTPERILMTYQVPERVKEVVLKEDLEKLESMRQQQPQFSHGQKEELAKVYNWIQSQTVTQ
    1110      1120      1130      1140      1150      1160         

        1200      1210      1220      1230      1240      1250     
pF1KSD ALDVMACVDCGSSTQDPGHPDDPLFSELDGLGLEPMEEGGGEQGSSGGGSGEGEGCEEAQ
        .:..::: : .  .  :                                          
NP_058 EIDIQACVTCENEDSADGAATSCGQVLVEDSC                            
    1170      1180      1190      1200                             




1290 residues in 1 query   sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Thu Nov  3 01:53:30 2016 done: Thu Nov  3 01:53:32 2016
 Total Scan time: 19.160 Total Display time:  0.570

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com