Result of FASTA (ccds) for pF1KSDA0482
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA0482, 1290 aa
  1>>>pF1KSDA0482 1290 - 1290 aa - 1290 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.8296+/-0.00104; mu= -4.1005+/- 0.062
 mean_var=467.5634+/-95.524, 0's: 0 Z-trim(116.6): 71  B-trim: 0 in 0/54
 Lambda= 0.059314
 statistics sampled from 17221 (17286) to 17221 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.79), E-opt: 0.2 (0.531), width:  16
 Scan time:  6.340

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS11131.1 PER1 gene_id:5187|Hs108|chr17          (1290) 8794 768.0       0
CCDS2528.1 PER2 gene_id:8864|Hs108|chr2            (1255) 1882 176.5 3.8e-43
CCDS89.1 PER3 gene_id:8863|Hs108|chr1              (1201) 1811 170.5 2.5e-41
CCDS76097.1 PER3 gene_id:8863|Hs108|chr1           (1191) 1776 167.5   2e-40
CCDS72695.1 PER3 gene_id:8863|Hs108|chr1           (1210) 1771 167.0 2.7e-40


>>CCDS11131.1 PER1 gene_id:5187|Hs108|chr17               (1290 aa)
 initn: 8794 init1: 8794 opt: 8794  Z-score: 4084.6  bits: 768.0 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 8794; 99.9% identity (99.9% similar) in 1290 aa overlap (1-1290:1-1290)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSGPLEGADGGGDPRPGESFCPGGVPSPGPPQHRPCPGPSLADDTDANSNGSSGNESNGH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MSGPLEGADGGGDPRPGESFCPGGVPSPGPPQHRPCPGPSLADDTDANSNGSSGNESNGH
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD ESRGASQRSSHSSSSGNGKDSALLETTESSKSTNSQSPSPPSSSIAYSLLSASSEQDNPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 ESRGASQRSSHSSSSGNGKDSALLETTESSKSTNSQSPSPPSSSIAYSLLSASSEQDNPS
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD TSGCSSEQSARARTQKELMTALRELKLRLPPERRGKGRSGTLATLQYALACVKQVQANQE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 TSGCSSEQSARARTQKELMTALRELKLRLPPERRGKGRSGTLATLQYALACVKQVQANQE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD YYQQWSLEEGEPCSMDMSTYTLEELEHITSEYTLQNQDTFSVAVSFLTGRIVYISEQAAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 YYQQWSLEEGEPCSMDMSTYTLEELEHITSEYTLQNQDTFSVAVSFLTGRIVYISEQAAV
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD LLRCKRDVFRGTRFSELLAPQDVGVFYGSTAPSRLPTWGTGASAGSGLRDFTQEKSVFCR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LLRCKRDVFRGTRFSELLAPQDVGVFYGSTAPSRLPTWGTGASAGSGLRDFTQEKSVFCR
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD IRGGPDRDPGPRYQPFRLTPYVTKIRVSDGAPAQPCCLLIAERIHSGYEAPRIPPDKRIF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 IRGGPDRDPGPRYQPFRLTPYVTKIRVSDGAPAQPCCLLIAERIHSGYEAPRIPPDKRIF
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD TTRHTPSCLFQDVDERAAPLLGYLPQDLLGAPVLLFLHPEDRPLMLAIHKKILQLAGQPF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 TTRHTPSCLFQDVDERAAPLLGYLPQDLLGAPVLLFLHPEDRPLMLAIHKKILQLAGQPF
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD DHSPIRFCARNGEYVTMDTSWAGFVHPWSRKVAFVLGRHKVRTAPLNEDVFTPPAPSPAP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 DHSPIRFCARNGEYVTMDTSWAGFVHPWSRKVAFVLGRHKVRTAPLNEDVFTPPAPSPAP
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD SLDTDIQELSEQIHRLLLQPVHSPSPTGLCGVGAVTSPGPLHSPGSSSDSNGGDAEGPGP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 SLDTDIQELSEQIHRLLLQPVHSPSPTGLCGVGAVTSPGPLHSPGSSSDSNGGDAEGPGP
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD PAPVTFQQICKDVHLVKHQGQQLFIESRARPQSRPRLPATGTFKAKALPCQSPDPELEAG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PAPVTFQQICKDVHLVKHQGQQLFIESRARPQSRPRLPATGTFKAKALPCQSPDPELEAG
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD SAPVQAPLALVPEEAERKEASSCSYQQINCLDSILRYLESCNLPSTTKRKCASSSSYTTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 SAPVQAPLALVPEEAERKEASSCSYQQINCLDSILRYLESCNLPSTTKRKCASSSSYTTS
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD SASDDDRQRTGPVSVGTKKDPPSAALSGEGATPRKEPVVGGTLSPLALANKAESVVSVTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 SASDDDRQRTGPVSVGTKKDPPSAALSGEGATPRKEPVVGGTLSPLALANKAESVVSVTS
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD QCSFSSTIVHVGDKKPPESDIIMMEDLPGLAPGPAPSPAPSPTVAPDPAPDAYRPVGLTK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 QCSFSSTIVHVGDKKPPESDIIMMEDLPGLAPGPAPSPAPSPTVAPDPAPDAYRPVGLTK
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KSD AVLSLHTQKEEQAFLSRFRDLGRLRGLDSSSTAPSALGERGCHHGPAPPSRRHHCRSKAK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 AVLSLHTQKEEQAFLSRFRDLGRLRGLDSSSTAPSALGERGCHHGPAPPSRRHHCRSKAK
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KSD RSRHHQNPRAEAPCYVSHPSPVPPSTPWPTPPATTPFPAVVQPYPLPVFSPRGGPQPLPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 RSRHHQNPRAEAPCYVSHPSPVPPSTPWPTPPATTPFPAVVQPYPLPVFSPRGGPQPLPP
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KSD APTSVPPAAFPAPLVTPMVALVLPNYLFPTPSSYPYGALQTPAEGPPTPASHSPSPSLPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 APTSVPPAAFPAPLVTPMVALVLPNYLFPTPSSYPYGALQTPAEGPPTPASHSPSPSLPA
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KSD LPPSPPHRPDSPLFNSRCSSPLQLNLLQLEELPRAEGAAVAGGPGSSAGPPPPSAEAAEP
       : ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LAPSPPHRPDSPLFNSRCSSPLQLNLLQLEELPRAEGAAVAGGPGSSAGPPPPSAEAAEP
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KSD EARLAEVTESSNQDALSGSSDLLELLLQEDSRSGTGSAASGSLGSGLGSGSGSGSHEGGS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 EARLAEVTESSNQDALSGSSDLLELLLQEDSRSGTGSAASGSLGSGLGSGSGSGSHEGGS
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KSD TSASITRSSQSSHTSKYFGSIDSSEAEAGAARGGAEPGDQVIKYVLQDPIWLLMANADQR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 TSASITRSSQSSHTSKYFGSIDSSEAEAGAARGGAEPGDQVIKYVLQDPIWLLMANADQR
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150      1160      1170      1180      1190      1200
pF1KSD VMMTYQVPSRDMTSVLKQDRERLRAMQKQQPRFSEDQRRELGAVHSWVRKGQLPRALDVM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 VMMTYQVPSRDMTSVLKQDRERLRAMQKQQPRFSEDQRRELGAVHSWVRKGQLPRALDVM
             1150      1160      1170      1180      1190      1200

             1210      1220      1230      1240      1250      1260
pF1KSD ACVDCGSSTQDPGHPDDPLFSELDGLGLEPMEEGGGEQGSSGGGSGEGEGCEEAQGGAKA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 ACVDCGSSTQDPGHPDDPLFSELDGLGLEPMEEGGGEQGSSGGGSGEGEGCEEAQGGAKA
             1210      1220      1230      1240      1250      1260

             1270      1280      1290
pF1KSD SSSQDLAMEEEEEGRSSSSPALPTAGNCTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 SSSQDLAMEEEEEGRSSSSPALPTAGNCTS
             1270      1280      1290

>>CCDS2528.1 PER2 gene_id:8864|Hs108|chr2                 (1255 aa)
 initn: 2832 init1: 1712 opt: 1882  Z-score: 888.2  bits: 176.5 E(32554): 3.8e-43
Smith-Waterman score: 3152; 44.5% identity (66.4% similar) in 1297 aa overlap (26-1240:9-1245)

               10        20        30         40           50      
pF1KSD MSGPLEGADGGGDPRPGESFCPGGVPSPGPPQHRPC-PGPS---LADDTDANSNGSSGNE
                                :::. : ..:  : ::   : .:.: .: ::::.:
CCDS25                  MNGYAEFPPSPSNPTKEPVEPQPSQVPLQEDVDMSS-GSSGHE
                                10        20        30         40  

         60        70        80        90       100       110      
pF1KSD SNGHESRGASQRSSHSSSSGNGKDSALLETTESSKSTNSQSPSPPSSSIAYSLLSASSEQ
       .: . : : ....:  ..:  ::. ..:    ...    :::.      ..::. :.::.
CCDS25 TNENCSTGRDSQGSDCDDS--GKELGMLVEPPDAR----QSPD------TFSLMMAKSEH
             50        60          70                  80        90

        120       130       140       150       160       170      
pF1KSD DNPSTSGCSSEQSARARTQKELMTALRELKLRLPPERRGKGRSGTLATLQYALACVKQVQ
        :::::::::.::... :.:::. .:.:::..:: ....::...:::::.:::  ::::.
CCDS25 -NPSTSGCSSDQSSKVDTHKELIKTLKELKVHLPADKKAKGKASTLATLKYALRSVKQVK
               100       110       120       130       140         

        180       190       200       210       220       230      
pF1KSD ANQEYYQQWSLEEGEPCSMDMSTYTLEELEHITSEYTLQNQDTFSVAVSFLTGRIVYISE
       ::.::::     ::.::. :. .::.::.: .:::. ..: : :.::::...:.:.:::.
CCDS25 ANEEYYQLLMSSEGHPCGADVPSYTVEEMESVTSEHIVKNADMFAVAVSLVSGKILYISD
     150       160       170       180       190       200         

        240       250       260       270       280       290      
pF1KSD QAAVLLRCKRDVFRGTRFSELLAPQDVGVFYGSTAPSRLPTWGTGASAGSGLRDFTQEKS
       :.: ...::::.:  ..: :.:::.:::::.. :.: .:: :.  ..: :  ..  .:::
CCDS25 QVASIFHCKRDAFSDAKFVEFLAPHDVGVFHSFTSPYKLPLWSMCSGADSFTQECMEEKS
     210       220       230       240       250       260         

        300       310       320       330       340       350      
pF1KSD VFCRIRGGPDRDPGPRYQPFRLTPYVTKIRVSDGAPAQPCCLLIAERIHSGYEAPRIPPD
        :::.    ...   ::.:::.:::..:.: ..:: .: ::::.:::.:::::::::::.
CCDS25 FFCRVSVRKSHENEIRYHPFRMTPYLVKVRDQQGAESQLCCLLLAERVHSGYEAPRIPPE
     270       280       290       300       310       320         

        360       370       380       390       400       410      
pF1KSD KRIFTTRHTPSCLFQDVDERAAPLLGYLPQDLLGAPVLLFLHPEDRPLMLAIHKKILQLA
       :::::: :::.::::::::::.::::::::::. .:::. ::: :::::::::::::: .
CCDS25 KRIFTTTHTPNCLFQDVDERAVPLLGYLPQDLIETPVLVQLHPSDRPLMLAIHKKILQSG
     330       340       350       360       370       380         

        420       430       440       450       460       470      
pF1KSD GQPFDHSPIRFCARNGEYVTMDTSWAGFVHPWSRKVAFVLGRHKVRTAPLNEDVFTPPAP
       :::::.::::: ::::::.:.::::..:..:::::..:..::::::..:::::::.    
CCDS25 GQPFDYSPIRFRARNGEYITLDTSWSSFINPWSRKISFIIGRHKVRVGPLNEDVFAAHPC
     390       400       410       420       430       440         

        480       490       500       510       520       530      
pF1KSD SPAPSLDTDIQELSEQIHRLLLQPVHSPSPTGLCGVGAVTSPGPLHSPGSSSDSNGGDAE
       .   .:  .::::.:::::::::::   . .:  ..:.  :   : :  ::::::: .  
CCDS25 TEEKALHPSIQELTEQIHRLLLQPVPHSGSSGYGSLGSNGSHEHLMSQTSSSDSNGHE--
     450       460       470       480       490       500         

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pF1KSD GPGPPAPVTFQQICKDVHLVKHQGQQLFIESRARPQSRPRLPATGTFKAKALPCQSPDPE
            .     .:::. . .:....     .. . .:  .. ..   . ::.      : 
CCDS25 ----DSRRRRAEICKNGNKTKNRSHYSHESGEQKKKSVTEMQTNPPAEKKAV------PA
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pF1KSD LEAGSAPVQAPLALVPEEAERKEASSCSYQQINCLDSILRYLESCNLPSTTKRKCASSSS
       .:  :  :.      :::   :.  .::::::.::::..:::::::  .: ::::   ..
CCDS25 MEKDSLGVS-----FPEELACKNQPTCSYQQISCLDSVIRYLESCNEAATLKRKCEFPAN
       560            570       580       590       600       610  

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         .  .::  .  ..:   . . .::: . :  :        ::  :. ::: .:::::.
CCDS25 VPALRSSDKRKATVSPGPHAGEAEPPSRVNSRTG--------VGTHLTSLALPGKAESVA
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pF1KSD SVTSQCSFSSTIVHVGDKKPPESDIIMMEDLPGLAPGPAP-----SPAPSPTVAPDPAPD
       :.:::::.:::::::::::: . .. :.::    : ::       .:: .  .. .  : 
CCDS25 SLTSQCSYSSTIVHVGDKKP-QPELEMVEDA---ASGPESLDCLAGPALACGLSQEKEP-
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pF1KSD AYRPVGLTKAVLSLHTQKEEQAFLSRFRDLGRL---------------RGLDSSSTAPSA
        .. .:::: ::. :::::::.::..:... .:               .:  :  :::. 
CCDS25 -FKKLGLTKEVLAAHTQKEEQSFLQKFKEIRKLSIFQSHCHYYLQERSKGQPSERTAPGL
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pF1KSD LGERGCHHGPAPPSRRHHCRSKAKRSRHHQN------PRAEAPCYVSHPSPV--PPSTPW
        .  :        .. .. .::  . :  ..      : .  :  :.  . .  : .:  
CCDS25 RNTSGIDSPWKKTGKNRKLKSKRVKPRDSSESTGSGGPVSARPPLVGLNATAWSPSDTSQ
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pF1KSD PTPPATTPFPAVVQP-YPLPVFSPRGGPQPLPPAPT----SVP-------------PAAF
        . ::. :::: :   : :::: :  :    ::::     .::             :  :
CCDS25 SSCPAV-PFPAPVPAAYSLPVF-PAPGTVAAPPAPPHASFTVPAVPVDLQHQFAVQPPPF
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pF1KSD PAPLVTPMVALVLPNYLFPTPS-SYPYGALQTPAEGPPTP------ASHS----PS----
       ::::. :..:..::.: ::. . . : . . .  . :  :      :: :    ::    
CCDS25 PAPLA-PVMAFMLPSYSFPSGTPNLPQAFFPSQPQFPSHPTLTSEMASASQPEFPSRTSI
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pF1KSD PSLP-------ALPPSPPHRPDSPLFNSRCSSPLQLNLLQLEELPRAEGAAVAGGPGSS-
       :  :       : :::   : . :::.:: ::::::::::::: :.. :... :  :.. 
CCDS25 PRQPCACPATRATPPSAMGRASPPLFQSRSSSPLQLNLLQLEEAPEG-GTGAMGTTGATE
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pF1KSD -----AGPPPPSAEAAEPEARLA--EVTESSNQDALSGSSDLLELLLQEDSRSGTGSAAS
            :   : ...  .:.: :.  : ....:.:::: :: ::.:::.::  :..:::::
CCDS25 TAAVGADCKPGTSRDQQPKAPLTRDEPSDTQNSDALSTSSGLLNLLLNEDLCSASGSAAS
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pF1KSD GSLGSGLGSGSGSGSHEGGSTSASITRSSQSSHTSKYFGSIDSSEAEAGAARG-GAEPGD
        :::::  . ..: :  :         ::..:::::::::::::: .  :  . : : ..
CCDS25 ESLGSGSLGCDASPSGAG---------SSDTSHTSKYFGSIDSSENNHKAKMNTGMEESE
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pF1KSD QVIKYVLQDPIWLLMANADQRVMMTYQVPSRDMTSVLKQDRERLRAMQKQQPRFSEDQRR
       . :: :::::::::::.::. ::::::.:::.. .:::.:::.:. .:: ::::.:.:..
CCDS25 HFIKCVLQDPIWLLMADADSSVMMTYQLPSRNLEAVLKEDREKLKLLQKLQPRFTESQKQ
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pF1KSD ELGAVHSWVRKGQLPRALDVMACVDCGSSTQDPGHPDDPLFSELDGLGL-EPMEEGGGEQ
       ::  ::.:.. : :: :.::  :: :   ... :.   :   .. .::: :  .    :.
CCDS25 ELREVHQWMQTGGLPAAIDVAECVYC--ENKEKGNICIPYEEDIPSLGLSEVSDTKEDEN
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pF1KSD GSSGGGSGEGEGCEEAQGGAKASSSQDLAMEEEEEGRSSSSPALPTAGNCTS
       ::                                                  
CCDS25 GSPLNHRIEEQT                                        
          1250                                             

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CCDS89 K--PSTLDALNYALRCVHSVQANSEFFQILS-QNGAP-QADVSMYSLEELATIASEHTSK
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       : ::: .. :::.::.:.::::::..:  :.::. ...: .::::::. :::. :: ..:
CCDS89 NTDTFVAVFSFLSGRLVHISEQAALILNRKKDVLASSHFVDLLAPQDMRVFYAHTARAQL
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       : :..  .  ..  . .  :  ::::::: ::     ..:::. ::. ...   . :   
CCDS89 PFWNNW-TQRAARYECAPVKPFFCRIRGGEDRKQEKCHSPFRIIPYLIHVH-HPAQPELE
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pF1KSD AQPCCLLIAERIHSGYEAPRIPPDKRIFTTRHTPSCLFQDVDERAAPLLGYLPQDLLGAP
       ..:::: ..:.::::::::::: .:::::: :::.:.: .:::.:.::::::::::.:. 
CCDS89 SEPCCLTVVEKIHSGYEAPRIPVNKRIFTTTHTPGCVFLEVDEKAVPLLGYLPQDLIGTS
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pF1KSD VLLFLHPEDRPLMLAIHKKILQLAGQP-FDHSPIRFCARNGEYVTMDTSWAGFVHPWSRK
       .: .:::::: ::.:::.:.:. ::.: :.:::::::..::.:. .:.::..::.:::::
CCDS89 ILSYLHPEDRSLMVAIHQKVLKYAGHPPFEHSPIRFCTQNGDYIILDSSWSSFVNPWSRK
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pF1KSD VAFVLGRHKVRTAPLNEDVFTPPAPSPAPSLDTDIQELSEQIHRLLLQPVHSPSPTGLCG
       ..:..:::::::.:::::::.    .   . : :: ::.:::..:::::::    .:  .
CCDS89 ISFIIGRHKVRTSPLNEDVFATKIKKMNDN-DKDITELQEQIYKLLLQPVHVSVSSGYGS
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       .:.  :   : : .:::...:  .:       .:.::.  .:. .:. ::::.::: .. 
CCDS89 LGSSGSQEQLVSIASSSEASGHRVE-ETKAEQMTLQQVYASVNKIKNLGQQLYIESMTKS
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pF1KSD QSRPRLPATGTFKAKALPCQ---SPDPELEAGSAPVQAPLALVPEEAERKEASSCSYQQI
       . .: . .: :    .  :.   :    :. .:. ..      : :  :..  : :::::
CCDS89 SFKP-VTGTRTEPNGGGECKTFTSFHQTLKNNSVYTE------PCEDLRNDEHSPSYQQI
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pF1KSD NCLDSILRYLESCNLPSTTKRKCASSSSYTTSSASDDDRQRTGPVSVGTKKDPPSAALSG
       ::.::..:::.: :.:.  :::: : .. ::::.:..:.:       . : :  .:  .:
CCDS89 NCIDSVIRYLKSYNIPAL-KRKCISCTN-TTSSSSEEDKQ-------NHKADDVQALQAG
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           : :..: :. :     :  .:  :..   :. :  :::..:::::::    :::. 
CCDS89 LQIPAIPKSEMPTNGRSIDTGGGAPQILSTAMLSLGSGISQCGYSSTIVHV---PPPETA
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pF1KSD -DIIMMEDLPGLAPGPAPSPAPSPTVAPDPAPDAYRPVGLTKAVLSLHTQKEEQAFLSRF
        :  .. .   :   :::  .           . .. :::: :::: ::::::: ....:
CCDS89 RDATLFCEPWTLNMQPAPLTS-----------EEFKHVGLTAAVLSAHTQKEEQNYVDKF
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pF1KSD RD--------------------LGRLRGLDSSSTAPSALGERGCHHG---PAPPSRRHHC
       :.                     . ..: ..:. . ::  ..: :.    : ::.     
CCDS89 REKILSSPYSSYLQQESRSKAKYSYFQGDSTSKQTRSAGCRKGKHKRKKLPEPPDSSSSN
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pF1KSD RSKAKRSRHHQNPRAEAPCYVSHP---SPV-PPSTPWPT--P---PATTPFPAVVQP---
        ... :   ::: .   :  .: :   ::. ::..  :.  :   ::  :.::...:   
CCDS89 TGSGPRRGAHQNAQPCCPSAASSPHTSSPTFPPAAMVPSQAPYLVPAF-PLPAATSPGRE
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pF1KSD YPLPVFSPRGGPQPLPPAPTSVPPAAFPAPLVTPMVALVLPNY-LFP--TPSSYPYGALQ
       :  :  .:.:  . :: .    :  ::: : .  .... ::.  . :  .::  :   : 
CCDS89 YAAPGTAPEGL-HGLPLSEGLQPYPAFPFPYLDTFMTVFLPDPPVCPLLSPSFLPCPFLG
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pF1KSD TPAEGPPTPA-SHSPSPSLPALPPSPPHRPDS----------PLFNSRCSSPLQLNLLQL
       . : .  .:. : . ::.:   :    .: .           :...:: :::::::::: 
CCDS89 ATASSAISPSMSSAMSPTLDPPPSVTSQRREEEKWEAQSEGHPFITSRSSSPLQLNLLQ-
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pF1KSD EELPRAEGAA--------------VAGGPGSSAGPPPPSAEAAEPEARLAEVTESSNQDA
       ::.::   .               :.:. :: ..:   .: ..    :  :     . .:
CCDS89 EEMPRPSESPDQMRRNTCPQTEYCVTGNNGSESSPATTGALSTGSPPR--ENPSHPTASA
             940       950       960       970         980         

         1040      1050          1060      1070                1080
pF1KSD LS-GSSDLLELLLQEDSRSGTGSAA----SGSLGSGLGSG---SGSGSHE-------GGS
       :: ::  . .      :  .:::      :   .: :. :   : . ::        :. 
CCDS89 LSTGSPPMKNPSHPTASALSTGSPPMKNPSHPTASTLSMGLPPSRTPSHPTATVLSTGSP
     990      1000      1010      1020      1030      1040         

                 1090       1100      1110      1120      1130     
pF1KSD TSASITRS----SQSSHTSKYF-GSIDSSEAEAGAARGGAEPGDQVIKYVLQDPIWLLMA
        : : .:.    : :: .: :. .:. ::.   .. ..      ...  : ..::: .. 
CCDS89 PSESPSRTGSAASGSSDSSIYLTSSVYSSKISQNGQQSQDVQKKETFPNVAEEPIWRMIR
    1050      1060      1070      1080      1090      1100         

        1140      1150      1160      1170      1180      1190     
pF1KSD NADQRVMMTYQVPSRDMTSVLKQDRERLRAMQKQQPRFSEDQRRELGAVHSWVRKGQLPR
       .. .:..:::::: :    :::.: :.:..:..:::.::. :..::. :..:...  . .
CCDS89 QTPERILMTYQVPERVKEVVLKEDLEKLESMRQQQPQFSHGQKEELAKVYNWIQSQTVTQ
    1110      1120      1130      1140      1150      1160         

        1200      1210      1220      1230      1240      1250     
pF1KSD ALDVMACVDCGSSTQDPGHPDDPLFSELDGLGLEPMEEGGGEQGSSGGGSGEGEGCEEAQ
        .:..::: : .  .  :                                          
CCDS89 EIDIQACVTCENEDSADGAATSCGQVLVEDSC                            
    1170      1180      1190      1200                             

>>CCDS76097.1 PER3 gene_id:8863|Hs108|chr1                (1191 aa)
 initn: 1569 init1: 489 opt: 1776  Z-score: 839.4  bits: 167.5 E(32554): 2e-40
Smith-Waterman score: 2259; 38.0% identity (62.3% similar) in 1176 aa overlap (126-1213:43-1177)

         100       110       120       130       140       150     
pF1KSD QSPSPPSSSIAYSLLSASSEQDNPSTSGCSSEQSARARTQKELMTALRELKLRLPPERRG
                                     :::. : :...::. ...:.:  .: :::.
CCDS76 GAKDEALGEESGERWSPEFHLQRKLADSSHSEQQDRNRVSEELIMVVQEMKKYFPSERRN
             20        30        40        50        60        70  

         160       170       180       190       200       210     
pF1KSD KGRSGTLATLQYALACVKQVQANQEYYQQWSLEEGEPCSMDMSTYTLEELEHITSEYTLQ
       :   .:: .:.::: ::..::::.:..:  : ..: : . :.: :.::::  :.::.: .
CCDS76 K--PSTLDALNYALRCVHSVQANSEFFQILS-QNGAP-QADVSMYSLEELATIASEHTSK
               80        90       100         110       120        

         220       230       240       250       260       270     
pF1KSD NQDTFSVAVSFLTGRIVYISEQAAVLLRCKRDVFRGTRFSELLAPQDVGVFYGSTAPSRL
       : ::: .. :::.::.:.::::::..:  :.::. ...: .::::::. :::. :: ..:
CCDS76 NTDTFVAVFSFLSGRLVHISEQAALILNRKKDVLASSHFVDLLAPQDMRVFYAHTARAQL
      130       140       150       160       170       180        

         280       290       300       310       320       330     
pF1KSD PTWGTGASAGSGLRDFTQEKSVFCRIRGGPDRDPGPRYQPFRLTPYVTKIRVSDGAP---
       : :.. .. ...  . .  :  ::::::: ::     ..:::. ::. ...   . :   
CCDS76 PFWNNWTQRAAARYECAPVKPFFCRIRGGEDRKQEKCHSPFRIIPYLIHVH-HPAQPELE
      190       200       210       220       230        240       

            340       350       360       370       380       390  
pF1KSD AQPCCLLIAERIHSGYEAPRIPPDKRIFTTRHTPSCLFQDVDERAAPLLGYLPQDLLGAP
       ..:::: ..:.::::::::::: .:::::: :::.:.: .:::.:.::::::::::.:. 
CCDS76 SEPCCLTVVEKIHSGYEAPRIPVNKRIFTTTHTPGCVFLEVDEKAVPLLGYLPQDLIGTS
       250       260       270       280       290       300       

            400       410        420       430       440       450 
pF1KSD VLLFLHPEDRPLMLAIHKKILQLAGQP-FDHSPIRFCARNGEYVTMDTSWAGFVHPWSRK
       .: .:::::: ::.:::.:.:. ::.: :.:::::::..::.:. .:.::..::.:::::
CCDS76 ILSYLHPEDRSLMVAIHQKVLKYAGHPPFEHSPIRFCTQNGDYIILDSSWSSFVNPWSRK
       310       320       330       340       350       360       

             460       470       480       490       500       510 
pF1KSD VAFVLGRHKVRTAPLNEDVFTPPAPSPAPSLDTDIQELSEQIHRLLLQPVHSPSPTGLCG
       ..:..:::::::.:::::::.    .   . : :: ::.:::..:::::::    .:  .
CCDS76 ISFIIGRHKVRTSPLNEDVFATKIKKMNDN-DKDITELQEQIYKLLLQPVHVSVSSGYGS
       370       380       390        400       410       420      

             520       530       540       550       560       570 
pF1KSD VGAVTSPGPLHSPGSSSDSNGGDAEGPGPPAPVTFQQICKDVHLVKHQGQQLFIESRARP
       .:.  :   : : .:::...:  .:       .:.::.  .:. .:. ::::.::: .. 
CCDS76 LGSSGSQEQLVSIASSSEASGHRVE-ETKAEQMTLQQVYASVNKIKNLGQQLYIESMTKS
        430       440       450        460       470       480     

                  580        590          600       610       620  
pF1KSD QSRPRL-----PATGTFKAKAL-PCQ---SPDPELEAGSAPVQAPLALVPEEAERKEASS
       . .:       :  :  .:..   :.   :    :. .:. ..      : :  :..  :
CCDS76 SFKPVTGTRTEPNGGGESANGGGECKTFTSFHQTLKNNSVYTE------PCEDLRNDEHS
         490       500       510       520             530         

            630       640       650       660       670       680  
pF1KSD CSYQQINCLDSILRYLESCNLPSTTKRKCASSSSYTTSSASDDDRQRTGPVSVGTKKDPP
        :::::::.::..:::.: :.:.  :::: : .. ::::.:..:.:       . : :  
CCDS76 PSYQQINCIDSVIRYLKSYNIPAL-KRKCISCTN-TTSSSSEEDKQ-------NHKADDV
     540       550       560        570        580              590

            690          700            710       720       730    
pF1KSD SAALSGEG--ATPRKE-PVVG-----GTLSPLALANKAESVVSVTSQCSFSSTIVHVGDK
       .:  .:    : :..: :. :     :  .:  :..   :. :  :::..:::::::   
CCDS76 QALQAGLQIPAIPKSEMPTNGRSIDTGGGAPQILSTAMLSLGSGISQCGYSSTIVHV---
              600       610       620       630       640          

            740       750       760       770       780       790  
pF1KSD KPPES--DIIMMEDLPGLAPGPAPSPAPSPTVAPDPAPDAYRPVGLTKAVLSLHTQKEEQ
        :::.  :  .. .   :   :::  .           . .. :::: :::: :::::::
CCDS76 PPPETARDATLFCEPWTLNMQPAPLTS-----------EEFKHVGLTAAVLSAHTQKEEQ
       650       660       670                  680       690      

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pF1KSD AFLSRFRD--------------------LGRLRGLDSSSTAPSALGERGCHHG---PAPP
        ....::.                     . ..: ..:. . ::  ..: :.    : ::
CCDS76 NYVDKFREKILSSPYSSYLQQESRSKAKYSYFQGDSTSKQTRSAGCRKGKHKRKKLPEPP
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     830       840       850          860        870            880
pF1KSD SRRHHCRSKAKRSRHHQNPRAEAPCYVSHP---SPV-PPSTPWPT--P---PATTPFPAV
       .      ... :   ::: .   :  .: :   ::. ::..  :.  :   ::  :.::.
CCDS76 DSSSSNTGSGPRRGAHQNAQPCCPSAASSPHTSSPTFPPAAMVPSQAPYLVPAF-PLPAA
        760       770       780       790       800       810      

                 890       900       910       920          930    
pF1KSD VQP---YPLPVFSPRGGPQPLPPAPTSVPPAAFPAPLVTPMVALVLPNY-LFP--TPSSY
       ..:   :  :  .:.:  . :: .    :  ::: : .  .... ::.  . :  .::  
CCDS76 TSPGREYAAPGTAPEGL-HGLPLSEGLQPYPAFPFPYLDTFMTVFLPDPPVCPLLSPSFL
         820       830        840       850       860       870    

          940       950        960       970                 980   
pF1KSD PYGALQTPAEGPPTPA-SHSPSPSLPALPPSPPHRPDS----------PLFNSRCSSPLQ
       :   : . : .  .:. : . ::.:   :    .: .           :...:: :::::
CCDS76 PCPFLGATASSAISPSMSSAMSPTLDPPPSVTSQRREEEKWEAQSEGHPFITSRSSSPLQ
          880       890       900       910       920       930    

           990                    1000      1010      1020         
pF1KSD LNLLQLEELPRAEGAA--------------VAGGPGSSAGPPPPSAEAAEPEARLAEVTE
       ::::: ::.::   .               :.:. :: ..:   .: ..    :  :   
CCDS76 LNLLQ-EEMPRPSESPDQMRRNTCPQTEYCVTGNNGSESSPATTGALSTGSPPR--ENPS
           940       950       960       970       980         990 

    1030       1040      1050      1060      1070      1080        
pF1KSD SSNQDALS-GSSDLLELLLQEDSRSGTGSAASGSLGSGLGSGSGSGSHEGGSTSASITRS
         . .::: ::  . .      :  . :   : . .   ..  ..::  . : : . . .
CCDS76 HPTASALSTGSPPMKNPSHPTASTLSMGLPPSRTPSHPTATVLSTGSPPSESPSRTGSAA
            1000      1010      1020      1030      1040      1050 

     1090       1100      1110      1120      1130      1140       
pF1KSD SQSSHTSKYF-GSIDSSEAEAGAARGGAEPGDQVIKYVLQDPIWLLMANADQRVMMTYQV
       : :: .: :. .:. ::.   .. ..      ...  : ..::: .. .. .:..:::::
CCDS76 SGSSDSSIYLTSSVYSSKISQNGQQSQDVQKKETFPNVAEEPIWRMIRQTPERILMTYQV
            1060      1070      1080      1090      1100      1110 

      1150      1160      1170      1180      1190      1200       
pF1KSD PSRDMTSVLKQDRERLRAMQKQQPRFSEDQRRELGAVHSWVRKGQLPRALDVMACVDCGS
       : :    :::.: :.:..:..:::.::. :..::. :..:...  . . .:..::: : .
CCDS76 PERVKEVVLKEDLEKLESMRQQQPQFSHGQKEELAKVYNWIQSQTVTQEIDIQACVTCEN
            1120      1130      1140      1150      1160      1170 

      1210      1220      1230      1240      1250      1260       
pF1KSD STQDPGHPDDPLFSELDGLGLEPMEEGGGEQGSSGGGSGEGEGCEEAQGGAKASSSQDLA
         .  :                                                      
CCDS76 EDSADGAATSCGQVLVEDSC                                        
            1180      1190                                         

>>CCDS72695.1 PER3 gene_id:8863|Hs108|chr1                (1210 aa)
 initn: 1569 init1: 489 opt: 1771  Z-score: 837.0  bits: 167.0 E(32554): 2.7e-40
Smith-Waterman score: 2248; 38.2% identity (61.8% similar) in 1195 aa overlap (126-1213:43-1196)

         100       110       120       130       140       150     
pF1KSD QSPSPPSSSIAYSLLSASSEQDNPSTSGCSSEQSARARTQKELMTALRELKLRLPPERRG
                                     :::. : :...::. ...:.:  .: :::.
CCDS72 GAKDEALGEESGERWSPEFHLQRKLADSSHSEQQDRNRVSEELIMVVQEMKKYFPSERRN
             20        30        40        50        60        70  

         160       170       180       190       200       210     
pF1KSD KGRSGTLATLQYALACVKQVQANQEYYQQWSLEEGEPCSMDMSTYTLEELEHITSEYTLQ
       :   .:: .:.::: ::..::::.:..:  : ..: : . :.: :.::::  :.::.: .
CCDS72 K--PSTLDALNYALRCVHSVQANSEFFQILS-QNGAP-QADVSMYSLEELATIASEHTSK
               80        90       100         110       120        

         220       230       240       250       260       270     
pF1KSD NQDTFSVAVSFLTGRIVYISEQAAVLLRCKRDVFRGTRFSELLAPQDVGVFYGSTAPSRL
       : ::: .. :::.::.:.::::::..:  :.::. ...: .::::::. :::. :: ..:
CCDS72 NTDTFVAVFSFLSGRLVHISEQAALILNRKKDVLASSHFVDLLAPQDMRVFYAHTARAQL
      130       140       150       160       170       180        

         280       290       300       310       320       330     
pF1KSD PTWGTGASAGSGLRDFTQEKSVFCRIRGGPDRDPGPRYQPFRLTPYVTKIRVSDGAP---
       : :.. .. ...  . .  :  ::::::: ::     ..:::. ::. ...   . :   
CCDS72 PFWNNWTQRAAARYECAPVKPFFCRIRGGEDRKQEKCHSPFRIIPYLIHVH-HPAQPELE
      190       200       210       220       230        240       

            340       350       360       370       380       390  
pF1KSD AQPCCLLIAERIHSGYEAPRIPPDKRIFTTRHTPSCLFQDVDERAAPLLGYLPQDLLGAP
       ..:::: ..:.::::::::::: .:::::: :::.:.: .:::.:.::::::::::.:. 
CCDS72 SEPCCLTVVEKIHSGYEAPRIPVNKRIFTTTHTPGCVFLEVDEKAVPLLGYLPQDLIGTS
       250       260       270       280       290       300       

            400       410        420       430       440       450 
pF1KSD VLLFLHPEDRPLMLAIHKKILQLAGQP-FDHSPIRFCARNGEYVTMDTSWAGFVHPWSRK
       .: .:::::: ::.:::.:.:. ::.: :.:::::::..::.:. .:.::..::.:::::
CCDS72 ILSYLHPEDRSLMVAIHQKVLKYAGHPPFEHSPIRFCTQNGDYIILDSSWSSFVNPWSRK
       310       320       330       340       350       360       

             460       470       480       490       500       510 
pF1KSD VAFVLGRHKVRTAPLNEDVFTPPAPSPAPSLDTDIQELSEQIHRLLLQPVHSPSPTGLCG
       ..:..:::::::.:::::::.    .   . : :: ::.:::..:::::::    .:  .
CCDS72 ISFIIGRHKVRTSPLNEDVFATKIKKMNDN-DKDITELQEQIYKLLLQPVHVSVSSGYGS
       370       380       390        400       410       420      

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pF1KSD VGAVTSPGPLHSPGSSSDSNGGDAEGPGPPAPVTFQQICKDVHLVKHQGQQLFIESRARP
       .:.  :   : : .:::...:  .:       .:.::.  .:. .:. ::::.::: .. 
CCDS72 LGSSGSQEQLVSIASSSEASGHRVE-ETKAEQMTLQQVYASVNKIKNLGQQLYIESMTKS
        430       440       450        460       470       480     

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pF1KSD QSRPRL-----PATGTFKAKAL-PCQ---SPDPELEAGSAPVQAPLALVPEEAERKEASS
       . .:       :  :  .:..   :.   :    :. .:. ..      : :  :..  :
CCDS72 SFKPVTGTRTEPNGGGESANGGGECKTFTSFHQTLKNNSVYTE------PCEDLRNDEHS
         490       500       510       520             530         

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pF1KSD CSYQQINCLDSILRYLESCNLPSTTKRKCASSSSYTTSSASDDDRQRTGPVSVGTKKDPP
        :::::::.::..:::.: :.:.  :::: : .. ::::.:..:.:       . : :  
CCDS72 PSYQQINCIDSVIRYLKSYNIPAL-KRKCISCTN-TTSSSSEEDKQ-------NHKADDV
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pF1KSD SAALSGEG--ATPRKE-PVVG-----GTLSPLALANKAESVVSVTSQCSFSSTIVHVGDK
       .:  .:    : :..: :. :     :  .:  :..   :. :  :::..:::::::   
CCDS72 QALQAGLQIPAIPKSEMPTNGRSIDTGGGAPQILSTAMLSLGSGISQCGYSSTIVHV---
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pF1KSD KPPES--DIIMMEDLPGLAPGPAPSPAPSPTVAPDPAPDAYRPVGLTKAVLSLHTQKEEQ
        :::.  :  .. .   :   :::  .           . .. :::: :::: :::::::
CCDS72 PPPETARDATLFCEPWTLNMQPAPLTS-----------EEFKHVGLTAAVLSAHTQKEEQ
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pF1KSD AFLSRFRD--------------------LGRLRGLDSSSTAPSALGERGCHHG---PAPP
        ....::.                     . ..: ..:. . ::  ..: :.    : ::
CCDS72 NYVDKFREKILSSPYSSYLQQESRSKAKYSYFQGDSTSKQTRSAGCRKGKHKRKKLPEPP
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pF1KSD SRRHHCRSKAKRSRHHQNPRAEAPCYVSHP---SPV-PPSTPWPT--P---PATTPFPAV
       .      ... :   ::: .   :  .: :   ::. ::..  :.  :   ::  :.::.
CCDS72 DSSSSNTGSGPRRGAHQNAQPCCPSAASSPHTSSPTFPPAAMVPSQAPYLVPAF-PLPAA
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pF1KSD VQP---YPLPVFSPRGGPQPLPPAPTSVPPAAFPAPLVTPMVALVLPNY-LFP--TPSSY
       ..:   :  :  .:.:  . :: .    :  ::: : .  .... ::.  . :  .::  
CCDS72 TSPGREYAAPGTAPEGL-HGLPLSEGLQPYPAFPFPYLDTFMTVFLPDPPVCPLLSPSFL
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pF1KSD PYGALQTPAEGPPTPA-SHSPSPSLPALPPSPPHRPDS----------PLFNSRCSSPLQ
       :   : . : .  .:. : . ::.:   :    .: .           :...:: :::::
CCDS72 PCPFLGATASSAISPSMSSAMSPTLDPPPSVTSQRREEEKWEAQSEGHPFITSRSSSPLQ
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pF1KSD LNLLQLEELPR---------------AEGAAVAGGPGSSAGPPPPSAEAAEPEARLAEVT
       ::::: ::.::               .:   :.:. :: ..:   .: ..    :  :  
CCDS72 LNLLQ-EEMPRPSESPDQMRRNTCPQTEYQCVTGNNGSESSPATTGALSTGSPPR--ENP
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pF1KSD ESSNQDALS-GSSDLLELLLQEDSRSGTGSAA----SGSLGSGLGSG---SGSGSHE---
          . .::: ::  . .      :  .:::      :   .: :. :   : . ::    
CCDS72 SHPTASALSTGSPPMKNPSHPTASALSTGSPPMKNPSHPTASTLSMGLPPSRTPSHPTAT
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pF1KSD ----GGSTSASITRS----SQSSHTSKYF-GSIDSSEAEAGAARGGAEPGDQVIKYVLQD
           :.  : : .:.    : :: .: :. .:. ::.   .. ..      ...  : ..
CCDS72 VLSTGSPPSESPSRTGSAASGSSDSSIYLTSSVYSSKISQNGQQSQDVQKKETFPNVAEE
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pF1KSD PIWLLMANADQRVMMTYQVPSRDMTSVLKQDRERLRAMQKQQPRFSEDQRRELGAVHSWV
       ::: .. .. .:..:::::: :    :::.: :.:..:..:::.::. :..::. :..:.
CCDS72 PIWRMIRQTPERILMTYQVPERVKEVVLKEDLEKLESMRQQQPQFSHGQKEELAKVYNWI
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pF1KSD RKGQLPRALDVMACVDCGSSTQDPGHPDDPLFSELDGLGLEPMEEGGGEQGSSGGGSGEG
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CCDS72 QSQTVTQEIDIQACVTCENEDSADGAATSCGQVLVEDSC                     
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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