FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KSDA0466, 1194 aa 1>>>pF1KSDA0466 1194 - 1194 aa - 1194 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0054+/-0.00046; mu= 16.4914+/- 0.029 mean_var=158.1286+/-31.335, 0's: 0 Z-trim(114.2): 34 B-trim: 65 in 3/55 Lambda= 0.101993 statistics sampled from 23904 (23935) to 23904 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.606), E-opt: 0.2 (0.281), width: 16 Scan time: 13.910 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001007238 (OMIM: 149700,603491) immunoglobulin (1194) 7998 1190.2 0 XP_005270851 (OMIM: 149700,603491) PREDICTED: immu (1199) 7898 1175.5 0 NP_001533 (OMIM: 149700,603491) immunoglobulin sup (1214) 5285 791.0 0 XP_005270850 (OMIM: 149700,603491) PREDICTED: immu (1214) 5285 791.0 0 XP_011539617 (OMIM: 149700,603491) PREDICTED: immu (1214) 5285 791.0 0 XP_006710656 (OMIM: 149700,603491) 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613) 530 91.1 2.4e-17 XP_016858326 (OMIM: 606644) PREDICTED: immunoglobu ( 613) 530 91.1 2.4e-17 NP_001307176 (OMIM: 606644) immunoglobulin superfa ( 613) 530 91.1 2.4e-17 XP_016858328 (OMIM: 606644) PREDICTED: immunoglobu ( 591) 518 89.3 7.8e-17 XP_016858327 (OMIM: 606644) PREDICTED: immunoglobu ( 591) 518 89.3 7.8e-17 XP_011508461 (OMIM: 606644) PREDICTED: immunoglobu ( 591) 518 89.3 7.8e-17 XP_016858329 (OMIM: 606644) PREDICTED: immunoglobu ( 591) 518 89.3 7.8e-17 XP_006711694 (OMIM: 606644) PREDICTED: immunoglobu ( 596) 518 89.3 7.9e-17 >>NP_001007238 (OMIM: 149700,603491) immunoglobulin supe (1194 aa) initn: 7998 init1: 7998 opt: 7998 Z-score: 6367.6 bits: 1190.2 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 7998; 100.0% identity (100.0% similar) in 1194 aa overlap (1-1194:1-1194) 10 20 30 40 50 60 pF1KSD MKCFFPVLSCLAVLGVVSAQRQVTVQEGPLYRTEGSHITIWCNVSGYQGPSEQNFQWSIY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 MKCFFPVLSCLAVLGVVSAQRQVTVQEGPLYRTEGSHITIWCNVSGYQGPSEQNFQWSIY 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NP_004 QHTHLSVTWYLTQDGGGSQATEIISLSKDFILVPGPLYTERFAASDVQLNKLGPTTFRLS 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KSD IFHLQPSDQGEFYCEAAEWIQDPDGSWYAMTRKRSEGAVVNVQPTDKEFTVRLETEKRLH : .:: ::::...:::.::::::: .:. .:.:... ... .::. :.: : . : : NP_004 IERLQSSDQGQLFCEATEWIQDPDETWMFITKKQTDQTTLRIQPAVKDFQVNI-TADSLF 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KSD TVGEPVEFRCILEAQNVPDRYFAVSWAFNSSLIATMGPNAVPVLNSEFAHREARGQLKVA . :.:.:. :.. ... . .. : ::.. :: . ..: :.... .: ..:.:.:. NP_004 AEGKPLELVCLVVSSGRDPQLQGI-WFFNGTEIAHIDAGGVLGLKNDYKERASQGELQVS 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KSD KESDSVFVLKIYHLRQEDSGKYNCRVTEREKTVTGEF-IDKESKRPKNIPIIVLPLKSSI : . ..: :::. : :: : : : :.: :: :: . . .... : . . : :. NP_004 KLGPKAFSLKIFSLGPEDEGAYRCVVAEVMKTRTGSWQVLQRKQSPDSHVHLRKPAARSV 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KSD SVEVASNASVILEGEDLRFSCSVRTAGRPQGRFSVIWQLVDR-QNRRSNIMWLDRDGTVQ . . .. .:. ::: : : :. :: .. .:: : . : :.. . . .:: :: NP_004 VMSTKNKQQVVWEGETLAFLCK---AGGAESPLSVSWWHIPRDQTQPEFVAGMGQDGIVQ 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 pF1KSD PGSSYWERSSFGGVQMEQVQPNSFSLGIFNSRKEDEGQYECHVTEWVR--AVDGEWQIVG :.:: : :....:... .:.: : . : : :::.:.: : : : : NP_004 LGASYGVPSYHGNTRLEKMDWATFQLEITFTAITDSGTYECRVSEKSRNQARDLSWT--- 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 pF1KSD ERRASTPISITALEMGFAVTAISRTPGVTYSDSFDLQCIIKPHYPAW-VPVSVTWRFQPV .. : ... .:: .. :. .:: : : ...:::.:... : ::..:::.:::. NP_004 -QKIS--VTVKSLESSLQVSLMSRQPQVMLTNTFDLSCVVRAGYSDLKVPLTVTWQFQPA 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 pF1KSD GTVEFHDLVTFTRDGGVQWGDRSSSFRTRTAIEKAESSNNVRLSISRASDTEAGKYQCVA .. ::.:. .:..: ..::. : :. .: . ..: .: . :.. :.: ::: . 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