FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KSDA0466, 1194 aa 1>>>pF1KSDA0466 1194 - 1194 aa - 1194 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.6779+/-0.0012; mu= 6.7796+/- 0.074 mean_var=154.6425+/-30.743, 0's: 0 Z-trim(106.8): 17 B-trim: 2 in 1/51 Lambda= 0.103136 statistics sampled from 9160 (9172) to 9160 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.607), E-opt: 0.2 (0.282), width: 16 Scan time: 4.850 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS30813.1 IGSF3 gene_id:3321|Hs108|chr1 (1194) 7998 1203.0 0 CCDS30814.1 IGSF3 gene_id:3321|Hs108|chr1 (1214) 5285 799.3 0 CCDS891.1 CD101 gene_id:9398|Hs108|chr1 (1021) 2097 324.9 6e-88 CCDS890.1 PTGFRN gene_id:5738|Hs108|chr1 ( 879) 776 128.4 7.8e-29 CCDS1195.1 IGSF8 gene_id:93185|Hs108|chr1 ( 613) 530 91.7 5.9e-18 >>CCDS30813.1 IGSF3 gene_id:3321|Hs108|chr1 (1194 aa) initn: 7998 init1: 7998 opt: 7998 Z-score: 6436.6 bits: 1203.0 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 7998; 100.0% identity (100.0% similar) in 1194 aa overlap (1-1194:1-1194) 10 20 30 40 50 60 pF1KSD MKCFFPVLSCLAVLGVVSAQRQVTVQEGPLYRTEGSHITIWCNVSGYQGPSEQNFQWSIY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS30 MKCFFPVLSCLAVLGVVSAQRQVTVQEGPLYRTEGSHITIWCNVSGYQGPSEQNFQWSIY 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KSD LPSSPEREVQIVSTMDSSFPYAIYTQRVRGGKIFIERVQGNSTLLHITDLQARDAGEYEC :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS30 LPSSPEREVQIVSTMDSSFPYAIYTQRVRGGKIFIERVQGNSTLLHITDLQARDAGEYEC 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KSD HTPSTDKQYFGSYSAKMNLVVIPDSLQTTAMPQTLHRVEQDPLELTCEVASETIQHSHLS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS30 HTPSTDKQYFGSYSAKMNLVVIPDSLQTTAMPQTLHRVEQDPLELTCEVASETIQHSHLS 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KSD VAWLRQKVGEKPVEVISLSRDFMLHSSSEYAQRQSLGEVRLDKLGRTTFRLTIFHLQPSD 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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS30 LKIYHLRQEDSGKYNCRVTEREKTVTGEFIDKESKRPKNIPIIVLPLTDNWVVKVPQHHQ 370 380 390 400 410 420 410 420 430 440 450 460 pF1KSD -------KSSISVEVASNASVILEGEDLRFSCSVRTAGRPQGRFSVIWQLVDRQNRRSNI .:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS30 LLSQGHLESSISVEVASNASVILEGEDLRFSCSVRTAGRPQGRFSVIWQLVDRQNRRSNI 430 440 450 460 470 480 470 480 490 500 510 520 pF1KSD MWLDRDGTVQPGSSYWERSSFGGVQMEQVQPNSFSLGIFNSRKEDEGQYECHVTEWVRAV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS30 MWLDRDGTVQPGSSYWERSSFGGVQMEQVQPNSFSLGIFNSRKEDEGQYECHVTEWVRAV 490 500 510 520 530 540 530 540 550 560 570 580 pF1KSD DGEWQIVGERRASTPISITALEMGFAVTAISRTPGVTYSDSFDLQCIIKPHYPAWVPVSV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS30 DGEWQIVGERRASTPISITALEMGFAVTAISRTPGVTYSDSFDLQCIIKPHYPAWVPVSV 550 560 570 580 590 600 590 600 610 620 630 640 pF1KSD TWRFQPVGTVEFHDLVTFTRDGGVQWGDRSSSFRTRTAIEKAESSNNVRLSISRASDTEA 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VLYRLTVLQASPQDTGNYSCHVEEWLPSPQKEWYRLTEEESAPIGIRVLDTSPTLQSIIC :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS30 VLYRLTVLQASPQDTGNYSCHVEEWLPSPQKEWYRLTEEESAPIGIRVLDTSPTLQSIIC 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1130 1140 1150 1160 1170 1180 pF1KSD SNDALFYFVFFYPFPIFGILIITILLVRFKSRNSSKNSDGKNGVPLLWIKEPHLNYSPTC :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS30 SNDALFYFVFFYPFPIFGILIITILLVRFKSRNSSKNSDGKNGVPLLWIKEPHLNYSPTC 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1190 pF1KSD LEPPVLSIHPGAID :::::::::::::: CCDS30 LEPPVLSIHPGAID 1210 >>CCDS891.1 CD101 gene_id:9398|Hs108|chr1 (1021 aa) initn: 1439 init1: 795 opt: 2097 Z-score: 1692.4 bits: 324.9 E(32554): 6e-88 Smith-Waterman score: 2188; 38.3% identity (68.2% similar) in 961 aa overlap (4-953:10-945) 10 20 30 40 50 pF1KSD MKCFFPVLSCLAVLGVVSAQRQVTVQEGPLYRTEGSHITIWCNVSGYQGPSEQN :: .:. :.. .::.::::.:::.:.:: ..: :::.:.::::::. CCDS89 MAGISYVASFFLLLTKLSI-----GQREVTVQKGPLFRAEGYPVSIGCNVTGHQGPSEQH 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KSD FQWSIYLPSSPEREVQIVSTMDSSFPYAIYTQRVRGGKIFIERVQGNSTLLHITDLQARD ::::.:::..: .::::.:: :..: ::.::::::.: ...:::::::.::::. :: .: CCDS89 FQWSVYLPTNPTQEVQIISTKDAAFSYAVYTQRVRSGDVYVERVQGNSVLLHISKLQMKD 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KSD AGEYECHTPSTDKQYFGSYSAKMNLVVIPDSLQTTAMPQTLHRVEQDPLELTCEVASETI :::::::::.::..:.:::::: ::.::::.:..: ::: . : .:: ::::... : CCDS89 AGEYECHTPNTDEKYYGSYSAKTNLIVIPDTLSATMSSQTLGKEEGEPLALTCEASKATA 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KSD QHSHLSVAW-LRQKVG-EKPVEVISLSRDFMLHSSSEYAQRQSLGEVRLDKLGRTTFRLT ::.::::.: : : : . .:.::::.::.: . :..: . ..:.:.::: :::::. CCDS89 QHTHLSVTWYLTQDGGGSQATEIISLSKDFILVPGPLYTERFAASDVQLNKLGPTTFRLS 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KSD IFHLQPSDQGEFYCEAAEWIQDPDGSWYAMTRKRSEGAVVNVQPTDKEFTVRLETEKRLH : .:: ::::...:::.::::::: .:. .:.:... ... .::. :.: : . : : CCDS89 IERLQSSDQGQLFCEATEWIQDPDETWMFITKKQTDQTTLRIQPAVKDFQVNI-TADSLF 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KSD TVGEPVEFRCILEAQNVPDRYFAVSWAFNSSLIATMGPNAVPVLNSEFAHREARGQLKVA . :.:.:. :.. ... . .. : ::.. :: . ..: :.... .: ..:.:.:. CCDS89 AEGKPLELVCLVVSSGRDPQLQGI-WFFNGTEIAHIDAGGVLGLKNDYKERASQGELQVS 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KSD KESDSVFVLKIYHLRQEDSGKYNCRVTEREKTVTGEF-IDKESKRPKNIPIIVLPLKSSI : . ..: :::. : :: : : : :.: :: :: . . .... : . . : :. CCDS89 KLGPKAFSLKIFSLGPEDEGAYRCVVAEVMKTRTGSWQVLQRKQSPDSHVHLRKPAARSV 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KSD SVEVASNASVILEGEDLRFSCSVRTAGRPQGRFSVIWQLVDR-QNRRSNIMWLDRDGTVQ . . .. .:. ::: : : :. :: .. .:: : . : :.. . . .:: :: CCDS89 VMSTKNKQQVVWEGETLAFLCK---AGGAESPLSVSWWHIPRDQTQPEFVAGMGQDGIVQ 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 pF1KSD PGSSYWERSSFGGVQMEQVQPNSFSLGIFNSRKEDEGQYECHVTEWVR--AVDGEWQIVG :.:: : :....:... .:.: : . : : :::.:.: : : : : CCDS89 LGASYGVPSYHGNTRLEKMDWATFQLEITFTAITDSGTYECRVSEKSRNQARDLSWT--- 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 pF1KSD ERRASTPISITALEMGFAVTAISRTPGVTYSDSFDLQCIIKPHYPAW-VPVSVTWRFQPV .. : ... .:: .. :. .:: : : ...:::.:... : ::..:::.:::. CCDS89 -QKIS--VTVKSLESSLQVSLMSRQPQVMLTNTFDLSCVVRAGYSDLKVPLTVTWQFQPA 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 pF1KSD GTVEFHDLVTFTRDGGVQWGDRSSSFRTRTAIEKAESSNNVRLSISRASDTEAGKYQCVA .. ::.:. .:..: ..::. : :. .: . ..: .: . :.. :.: ::: . CCDS89 SSHIFHQLIRITHNGTIEWGNFLSRFQKKTKV--SQSLFRSQLLVHDATEEETGVYQCEV 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 pF1KSD ELWRKN--YNNTWTRLAERTSNLLEIRVLQPVTKLQVSKSKRTLTLVENKPIQLNCSVKS :.. .: ::: : : :. :.: : : .::.:.. ... : :. ...::. : CCDS89 EVYDRNSLYNNRPPR-ASAISHPLRIAVTLPESKLKVNSRSQVQELSINSNTDIECSILS 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 pF1KSD QTSQNSHFAVLWYVHKPSDADGKL-ILKTTHNSAFEYGTYAEEEGLRARLQFERHVSGGL ... : ..:..:: : . : ::. ...... : . . ... :. :: : CCDS89 RSNGNLQLAIIWYFSPVSTNASWLKILEMDQTNVIKTGDEFHTPQRKQKFHTEK-VSQDL 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 pF1KSD FSLTVQRAEVSDSGSYYCHVEEWLLSPNYAWYKLAEEVSGRTEVTVKQPDSRLRLSQAQG :.: . .: :: :.:.: ::::::: : .:.::.:. :: ::. .: :..:.:.. CCDS89 FQLHILNVEDSDRGKYHCAVEEWLLSTNGTWHKLGEKKSGLTELKLKPTGSKVRVSKVYW 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 pF1KSD NLSVLETRQVQLECVVLNRTSITSQLMVEWFVWKPNHPERETVARLSRDATFHYGEQAAK . .: : :.: ..: . . : .. : :. :. .. . ...:..:. ..:::. CCDS89 TENVTEHREVAIRCSLESVGSSATLYSVMWY-WNRENSGSKLLVHLQHDGLLEYGEE--- 830 840 850 860 870 890 900 910 920 930 940 pF1KSD NNLKGRLHLESPSPGVYRLFIQNVAVQDSGTYSCHVEEW-LPSPSGMWYKRAEDTAGQTA .:. .:: : . : ...: ..:.: : :.: :: : . . : ..: : . . . CCDS89 -GLRRHLHCYRSSSTDFVLKLHQVEMEDAGMYWCRVAEWQLHGHPSKWINQASDESQRMV 880 890 900 910 920 930 950 960 970 980 990 1000 pF1KSD LTVMRPDASLQVDTVVPNATVSEKAAFQLDCSIVSRSSQDSRFAVAWYSLRTKAGGKRSS :::. . .: CCDS89 LTVLPSEPTLPSRICSSAPLLYFLFICPFVLLLLLLISLLCLYWKARKLSTLRSNTRKEK 940 950 960 970 980 990 >>CCDS890.1 PTGFRN gene_id:5738|Hs108|chr1 (879 aa) initn: 537 init1: 190 opt: 776 Z-score: 631.1 bits: 128.4 E(32554): 7.8e-29 Smith-Waterman score: 975; 26.3% identity (57.4% similar) in 843 aa overlap (6-811:8-822) 10 20 30 40 50 pF1KSD MKCFFPVLSCLAVLGVVSAQRQVTVQEGPLYRTEGSHITIWCNVSGYQGPSEQNFQWS :.: : :.. . : : : . : :. :....: :::: :.:::::::.:: CCDS89 MGRLASRPLLLALLSLALCRG-RVVRVPTATLVRVVGTELVIPCNVSDYDGPSEQNFDWS 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KSD IYLPSSPEREVQIVSTMDSSFPYAIYTQRVRGGKIFIERVQGNSTLLHITDLQARDAGEY . : :...:: . .:: .: .:.. :.:...:. .... ::: ..: : :.: CCDS89 --FSSLGSSFVELASTWEVGFPAQLYQERLQRGEILLRRTANDAVELHIKNVQPSDQGHY 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KSD ECHTPSTDKQYFGSYSAKMNLVVIPDSLQ---TTAMPQTLHRVEQDPLELTCEVASETIQ .: ::::: :.: ... :. :::. .. : .: : .:.:: : .:: . CCDS89 KCSTPSTDATVQGNYEDTVQVKVLADSLHVGPSARPPPSLSLREGEPFELRCTAASASPL 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KSD HSHLSVAWLRQKVGEKPVEVISLSRDFMLHSSSEYAQRQSLGEVRLDKLGRTTFRLTIFH :.::.. : .. : :..:... .: . : :: :.:::: .: ..::.. . CCDS89 HTHLALLWEVHR-GPARRSVLALTHEGRFHPGLGYEQRYHSGDVRLDTVGSDAYRLSVSR 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KSD LQPSDQGEFYCEAAEWIQDPDGSWYAMTRKRSEGAVVNVQPTDKEFTVRLETEKRLHTV- .::: . : ..::: . .:.: . .: : :.: .::. ..: . : . .. CCDS89 ALSADQGSYRCIVSEWIAE-QGNWQEIQEKAVEVATVVIQPS----VLRAAVPKNVSVAE 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KSD GEPVEFRCILEAQNVPDRYFAVSWAFNSSLIATM-GPNAVPVLNSE-FAHREARGQLKVA :. ... : . .. . : :.:.:. .:. : .. :. . ..: . .. .. CCDS89 GKELDLTCNITTDRADDVRPEVTWSFSRMPDSTLPGSRVLARLDRDSLVH--SSPHVALS 300 310 320 330 340 360 370 380 390 400 pF1KSD KESDSVFVLKIYHLRQEDSGKYNCRVTERE--KTVTGEFIDKESKRPKNIPIIVL-PLKS . . . : . . .:.:: : :.:. .. . . . . . : .. . : : CCDS89 HVDARSYHLLVRDVSKENSGYYYCHVSLWAPGHNRSWHKVAEAVSSPAGVGVTWLEP--- 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 pF1KSD SISVEVASNASVI--LEGEDLRFSCSV--RTAGRPQGRFSVIWQLVDRQNRRSN------ . .: ::: . . . ...: : .:. . ::.: : :.::::. CCDS89 --DYQVYLNASKVPGFADDPTELACRVVDTKSGEANVRFTVSWYY--RMNRRSDNVVTSE 410 420 430 440 450 460 460 470 480 490 500 510 pF1KSD -IMWLDRDGTVQPGSSYWERSSFGGVQMEQVQPNSFSLGIFNSRKEDEGQYECHVTEWVR . .: : :.. : .:.. : . . . ..:.. : . .::.:.: : :. :.. CCDS89 LLAVMDGDWTLKYGERSKQRAQDGDFIFSKEHTDTFNFRIQRTTEEDRGNYYCVVSAWTK 470 480 490 500 510 520 520 530 540 550 560 570 pF1KSD AVDGEWQIVGERRASTPISIT-ALEMG-FAVTAISRTPGVTYSDSFDLQC------IIKP .. : . .. : :..: ::: . ..: : . : . ...:.. : : .: CCDS89 QRNNSW-VKSKDVFSKPVNIFWALEDSVLVVKARQPKPFFAAGNTFEMTCKVSSKNIKSP 530 540 550 560 570 580 580 590 600 610 620 pF1KSD HYPAWVPVSVTWRFQPVGTV----EFHDLVTFTRDGGVQWGDRSSSFRTRTAIEKAESSN .: . . . .::: . : . .... .:. :. . ... :. .. . . . CCDS89 RYSVLIMAE-----KPVGDLSSPNETKYIISLDQDSVVKLENWTDASRVDGVVLEKVQED 590 600 610 620 630 630 640 650 660 670 680 pF1KSD NVRLSISRASDTEAGKYQCVAELWRKNYNNTWTRLAERTSNLLEIRVLQPVTKLQVSKSK . : . ... ..:: :.:.. : .. : . : :: .:: ...: . CCDS89 EFRYRMYQTQVSDAGLYRCMVTAWSPVRGSLWREAATSLSNPIEIDFQTSGPIFNASVHS 640 650 660 670 680 690 690 700 710 720 730 740 pF1KSD RTLTLVENKPIQLNCSVKSQTS----QNSHFAVLWY-VHKPSDADGKLILKTTHNSAFEY : ..... :.: : . . . .. : : :. ::. . . ..:.. ... 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CCDS11 MGALRPTLLPPSLPLL-LLLMLGMGCWAREVLVPEGPLYRVAGTAVSISCNVTGYEGPAQ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KSD QNFQWSIYLPSSPEREVQIVSTMDSSFPYAIYTQRVRGGKIFIERVQGNSTLLHITDLQA :::.: .: : .:. . :::: :..: ::.. .:: .:.. ..:.::....:.:. ::: CCDS11 QNFEWFLYRPEAPDTALGIVSTKDTQFSYAVFKSRVVAGEVQVQRLQGDAVVLKIARLQA 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 pF1KSD RDAGEYECHTPSTDKQYFGSYSAKMNLVVIPDSLQTTAMP--------------QTLHRV .::: ::::::::: .:.::::.:..: :.:: ::..: : .:.: CCDS11 QDAGIYECHTPSTDTRYLGSYSGKVELRVLPDVLQVSAAPPGPRGRQAPTSPPRMTVH-- 120 130 140 150 160 170 160 170 180 190 200 210 pF1KSD EQDPLELTCEVASETIQHSHLSVAWLRQKVGEKPV------EVISLSRDFMLHSSSEYAQ : . : : : . . : .:.::.:.. :. : : :: ::... :. ..... ::. CCDS11 EGQELALGCLARTSTQKHTHLAVSFGRS-VPEAPVGRSTLQEVVGIRSDLAVEAGAPYAE 180 190 200 210 220 230 220 230 240 250 260 270 pF1KSD RQSLGEVRLDKLGRTTFRLTIFHLQPSDQGEFYCEAAEWIQDPDGSWYAMTRKRSEGAVV : . ::.:: : : .:... : .: : ..: :::::::::::: ...::. : : CCDS11 RLAAGELRLGKEGTDRYRMVVGGAQAGDAGTYHCTAAEWIQDPDGSWAQIAEKRAVLAHV 240 250 260 270 280 290 280 290 300 310 320 330 pF1KSD NVQPTDKEFTVRLETEKRLHTVGEPVEFRCILEAQNVP-DRYFAVSWAFNSSLIATMGPN .:: .....: . .: :::.:. : . . : :. : : ... . .. ::. CCDS11 DVQTLSSQLAVTVGPGERRIGPGEPLELLCNVSGALPPAGRHAAYSVGWEMAPAGAPGPG 300 310 320 330 340 350 340 350 360 370 380 pF1KSD A-VPVLNSEFAHREARG----QLKVAKESDSVFVLKIYHLRQEDSGKYNCRVTEREKTVT : :..: . . : .. . : .. .. :.. : :.: : : . . CCDS11 RLVAQLDTEGVGSLGPGYEGRHIAMEKVASRTYRLRLEAARPGDAGTYRCLAKAYVRGSG 360 370 380 390 400 410 390 400 410 420 430 440 pF1KSD GEFIDKESKRPKNIPIIVLPLKSSISVEVAS--NASVILEGEDLRFSCSVRTAGRPQG-R .. . : : . .:. : . .. .:... .... .:: . :.. . : : : : CCDS11 TRLREAASARSRPLPVHV--REEGVVLEAVAWLAGGTVYRGETASLLCNISVRGGPPGLR 420 430 440 450 460 470 450 460 470 480 490 500 pF1KSD FSVIWQLVDR--QNRRSNIMWLDRDGTVQPG-SSYWERSSFGGVQMEQVQPNSFSLGIFN ... : :.: ... :.. :. : : . : . : :..: : : : : . . CCDS11 LAASWW-VERPEDGELSSVPAQLVGGVGQDGVAELGVRPGGGPVSVELVGPRSHRLRLHS 480 490 500 510 520 530 510 520 530 540 550 560 pF1KSD SRKEDEGQYECHVTEWVRAVDGEWQIVGERRASTPISITALEMGFAVTAISRTPGVTYSD :::: :.: . ::. .: : .: : : :... CCDS11 LGPEDEGVYHCAPSAWVQHADYSWYQAGSAR-SGPVTVYPYMHALDTLFVPLLVGTGVAL 540 550 560 570 580 590 570 580 590 600 610 620 pF1KSD SFDLQCIIKPHYPAWVPVSVTWRFQPVGTVEFHDLVTFTRDGGVQWGDRSSSFRTRTAIE CCDS11 VTGATVLGTITCCFMKRLRKR 600 610 1194 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Thu Nov 3 01:49:23 2016 done: Thu Nov 3 01:49:24 2016 Total Scan time: 4.850 Total Display time: 0.200 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]