Result of FASTA (omim) for pF1KSDA0212
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA0212, 657 aa
  1>>>pF1KSDA0212 657 - 657 aa - 657 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.0930+/-0.000424; mu= 8.0410+/- 0.026
 mean_var=193.1832+/-40.234, 0's: 0 Z-trim(118.3): 35  B-trim: 2081 in 2/51
 Lambda= 0.092276
 statistics sampled from 31085 (31120) to 31085 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.696), E-opt: 0.2 (0.365), width:  16
 Scan time: 10.800

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_055489 (OMIM: 607673) ER degradation-enhancing  ( 657) 4513 613.7 6.5e-175
XP_011532574 (OMIM: 607673) PREDICTED: ER degradat ( 497) 3254 446.0 1.5e-124
XP_011532573 (OMIM: 607673) PREDICTED: ER degradat ( 497) 3254 446.0 1.5e-124
XP_011508316 (OMIM: 610214) PREDICTED: ER degradat ( 854)  837 124.5 1.6e-27
XP_011508315 (OMIM: 610214) PREDICTED: ER degradat ( 855)  837 124.5 1.6e-27
NP_079467 (OMIM: 610214) ER degradation-enhancing  ( 932)  837 124.5 1.7e-27
XP_005245556 (OMIM: 610214) PREDICTED: ER degradat ( 933)  837 124.5 1.7e-27
NP_001306889 (OMIM: 610214) ER degradation-enhanci ( 948)  837 124.5 1.8e-27
XP_016857887 (OMIM: 610214) PREDICTED: ER degradat ( 777)  753 113.3 3.5e-24
XP_016857886 (OMIM: 610214) PREDICTED: ER degradat ( 855)  753 113.3 3.8e-24
XP_011508314 (OMIM: 610214) PREDICTED: ER degradat ( 856)  753 113.3 3.8e-24
NP_001138497 (OMIM: 610302) ER degradation-enhanci ( 541)  489 78.0   1e-13
NP_060687 (OMIM: 610302) ER degradation-enhancing  ( 578)  489 78.0 1.1e-13
NP_057303 (OMIM: 604346,614202) endoplasmic reticu ( 699)  352 59.8 3.8e-08
XP_011534135 (OMIM: 604344) PREDICTED: mannosyl-ol ( 464)  271 48.9   5e-05
NP_005898 (OMIM: 604344) mannosyl-oligosaccharide  ( 653)  269 48.8 7.7e-05
XP_005267043 (OMIM: 604344) PREDICTED: mannosyl-ol ( 736)  269 48.8 8.4e-05
XP_006710365 (OMIM: 604345) PREDICTED: mannosyl-ol ( 637)  263 47.9 0.00013
NP_006690 (OMIM: 604345) mannosyl-oligosaccharide  ( 641)  263 47.9 0.00013
NP_065112 (OMIM: 616772) mannosyl-oligosaccharide  ( 630)  254 46.7  0.0003
XP_016857349 (OMIM: 616772) PREDICTED: mannosyl-ol ( 387)  249 45.9 0.00033
XP_016869728 (OMIM: 604346,614202) PREDICTED: endo ( 632)  216 41.7    0.01


>>NP_055489 (OMIM: 607673) ER degradation-enhancing alph  (657 aa)
 initn: 4513 init1: 4513 opt: 4513  Z-score: 3261.3  bits: 613.7 E(85289): 6.5e-175
Smith-Waterman score: 4513; 100.0% identity (100.0% similar) in 657 aa overlap (1-657:1-657)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MQWRALVLGLVLLRLGLHGVLWLVFGLGPSMGFYQRFPLSFGFQRLRSPDGPASPTSGPV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 MQWRALVLGLVLLRLGLHGVLWLVFGLGPSMGFYQRFPLSFGFQRLRSPDGPASPTSGPV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD GRPGGVSGPSWLQPPGTGAAQSPRKAPRRPGPGMCGPANWGYVLGGRGRGPDEYEKRYSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 GRPGGVSGPSWLQPPGTGAAQSPRKAPRRPGPGMCGPANWGYVLGGRGRGPDEYEKRYSG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD AFPPQLRAQMRDLARGMFVFGYDNYMAHAFPQDELNPIHCRGRGPDRGDPSNLNINDVLG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 AFPPQLRAQMRDLARGMFVFGYDNYMAHAFPQDELNPIHCRGRGPDRGDPSNLNINDVLG
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD NYSLTLVDALDTLAIMGNSSEFQKAVKLVINTVSFDKDSTVQVFEATIRVLGSLLSAHRI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 NYSLTLVDALDTLAIMGNSSEFQKAVKLVINTVSFDKDSTVQVFEATIRVLGSLLSAHRI
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD ITDSKQPFGDMTIKDYDNELLYMAHDLAVRLLPAFENTKTGIPYPRVNLKTGVPPDTNNE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 ITDSKQPFGDMTIKDYDNELLYMAHDLAVRLLPAFENTKTGIPYPRVNLKTGVPPDTNNE
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD TCTAGAGSLLVEFGILSRLLGDSTFEWVARRAVKALWNLRSNDTGLLGNVVNIQTGHWVG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 TCTAGAGSLLVEFGILSRLLGDSTFEWVARRAVKALWNLRSNDTGLLGNVVNIQTGHWVG
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD KQSGLGAGLDSFYEYLLKSYILFGEKEDLEMFNAAYQSIQNYLRRGREACNEGEGDPPLY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 KQSGLGAGLDSFYEYLLKSYILFGEKEDLEMFNAAYQSIQNYLRRGREACNEGEGDPPLY
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD VNVNMFSGQLMNTWIDSLQAFFPGLQVLIGDVEDAICLHAFYYAIWKRYGALPERYNWQL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 VNVNMFSGQLMNTWIDSLQAFFPGLQVLIGDVEDAICLHAFYYAIWKRYGALPERYNWQL
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD QAPDVLFYPLRPELVESTYLLYQATKNPFYLHVGMDILQSLEKYTKVKCGYATLHHVIDK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 QAPDVLFYPLRPELVESTYLLYQATKNPFYLHVGMDILQSLEKYTKVKCGYATLHHVIDK
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD STEDRMESFFLSETCKYLYLLFDEDNPVHKSGTRYMFTTEGHIVSVDEHLRELPWKEFFS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 STEDRMESFFLSETCKYLYLLFDEDNPVHKSGTRYMFTTEGHIVSVDEHLRELPWKEFFS
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       
pF1KSD EEGGQDQGGKSVHRPKPHELKVINSSSNCNRVPDERRYSLPLKSIYMRQIDQMVGLI
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 EEGGQDQGGKSVHRPKPHELKVINSSSNCNRVPDERRYSLPLKSIYMRQIDQMVGLI
              610       620       630       640       650       

>>XP_011532574 (OMIM: 607673) PREDICTED: ER degradation-  (497 aa)
 initn: 3254 init1: 3254 opt: 3254  Z-score: 2357.1  bits: 446.0 E(85289): 1.5e-124
Smith-Waterman score: 3254; 100.0% identity (100.0% similar) in 487 aa overlap (171-657:11-497)

              150       160       170       180       190       200
pF1KSD GYDNYMAHAFPQDELNPIHCRGRGPDRGDPSNLNINDVLGNYSLTLVDALDTLAIMGNSS
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011                     MLSLCLHHTSSNLNINDVLGNYSLTLVDALDTLAIMGNSS
                                   10        20        30        40

              210       220       230       240       250       260
pF1KSD EFQKAVKLVINTVSFDKDSTVQVFEATIRVLGSLLSAHRIITDSKQPFGDMTIKDYDNEL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EFQKAVKLVINTVSFDKDSTVQVFEATIRVLGSLLSAHRIITDSKQPFGDMTIKDYDNEL
               50        60        70        80        90       100

              270       280       290       300       310       320
pF1KSD LYMAHDLAVRLLPAFENTKTGIPYPRVNLKTGVPPDTNNETCTAGAGSLLVEFGILSRLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LYMAHDLAVRLLPAFENTKTGIPYPRVNLKTGVPPDTNNETCTAGAGSLLVEFGILSRLL
              110       120       130       140       150       160

              330       340       350       360       370       380
pF1KSD GDSTFEWVARRAVKALWNLRSNDTGLLGNVVNIQTGHWVGKQSGLGAGLDSFYEYLLKSY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GDSTFEWVARRAVKALWNLRSNDTGLLGNVVNIQTGHWVGKQSGLGAGLDSFYEYLLKSY
              170       180       190       200       210       220

              390       400       410       420       430       440
pF1KSD ILFGEKEDLEMFNAAYQSIQNYLRRGREACNEGEGDPPLYVNVNMFSGQLMNTWIDSLQA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ILFGEKEDLEMFNAAYQSIQNYLRRGREACNEGEGDPPLYVNVNMFSGQLMNTWIDSLQA
              230       240       250       260       270       280

              450       460       470       480       490       500
pF1KSD FFPGLQVLIGDVEDAICLHAFYYAIWKRYGALPERYNWQLQAPDVLFYPLRPELVESTYL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FFPGLQVLIGDVEDAICLHAFYYAIWKRYGALPERYNWQLQAPDVLFYPLRPELVESTYL
              290       300       310       320       330       340

              510       520       530       540       550       560
pF1KSD LYQATKNPFYLHVGMDILQSLEKYTKVKCGYATLHHVIDKSTEDRMESFFLSETCKYLYL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LYQATKNPFYLHVGMDILQSLEKYTKVKCGYATLHHVIDKSTEDRMESFFLSETCKYLYL
              350       360       370       380       390       400

              570       580       590       600       610       620
pF1KSD LFDEDNPVHKSGTRYMFTTEGHIVSVDEHLRELPWKEFFSEEGGQDQGGKSVHRPKPHEL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LFDEDNPVHKSGTRYMFTTEGHIVSVDEHLRELPWKEFFSEEGGQDQGGKSVHRPKPHEL
              410       420       430       440       450       460

              630       640       650       
pF1KSD KVINSSSNCNRVPDERRYSLPLKSIYMRQIDQMVGLI
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KVINSSSNCNRVPDERRYSLPLKSIYMRQIDQMVGLI
              470       480       490       

>>XP_011532573 (OMIM: 607673) PREDICTED: ER degradation-  (497 aa)
 initn: 3254 init1: 3254 opt: 3254  Z-score: 2357.1  bits: 446.0 E(85289): 1.5e-124
Smith-Waterman score: 3254; 100.0% identity (100.0% similar) in 487 aa overlap (171-657:11-497)

              150       160       170       180       190       200
pF1KSD GYDNYMAHAFPQDELNPIHCRGRGPDRGDPSNLNINDVLGNYSLTLVDALDTLAIMGNSS
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011                     MLSLCLHHTSSNLNINDVLGNYSLTLVDALDTLAIMGNSS
                                   10        20        30        40

              210       220       230       240       250       260
pF1KSD EFQKAVKLVINTVSFDKDSTVQVFEATIRVLGSLLSAHRIITDSKQPFGDMTIKDYDNEL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EFQKAVKLVINTVSFDKDSTVQVFEATIRVLGSLLSAHRIITDSKQPFGDMTIKDYDNEL
               50        60        70        80        90       100

              270       280       290       300       310       320
pF1KSD LYMAHDLAVRLLPAFENTKTGIPYPRVNLKTGVPPDTNNETCTAGAGSLLVEFGILSRLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LYMAHDLAVRLLPAFENTKTGIPYPRVNLKTGVPPDTNNETCTAGAGSLLVEFGILSRLL
              110       120       130       140       150       160

              330       340       350       360       370       380
pF1KSD GDSTFEWVARRAVKALWNLRSNDTGLLGNVVNIQTGHWVGKQSGLGAGLDSFYEYLLKSY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GDSTFEWVARRAVKALWNLRSNDTGLLGNVVNIQTGHWVGKQSGLGAGLDSFYEYLLKSY
              170       180       190       200       210       220

              390       400       410       420       430       440
pF1KSD ILFGEKEDLEMFNAAYQSIQNYLRRGREACNEGEGDPPLYVNVNMFSGQLMNTWIDSLQA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ILFGEKEDLEMFNAAYQSIQNYLRRGREACNEGEGDPPLYVNVNMFSGQLMNTWIDSLQA
              230       240       250       260       270       280

              450       460       470       480       490       500
pF1KSD FFPGLQVLIGDVEDAICLHAFYYAIWKRYGALPERYNWQLQAPDVLFYPLRPELVESTYL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FFPGLQVLIGDVEDAICLHAFYYAIWKRYGALPERYNWQLQAPDVLFYPLRPELVESTYL
              290       300       310       320       330       340

              510       520       530       540       550       560
pF1KSD LYQATKNPFYLHVGMDILQSLEKYTKVKCGYATLHHVIDKSTEDRMESFFLSETCKYLYL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LYQATKNPFYLHVGMDILQSLEKYTKVKCGYATLHHVIDKSTEDRMESFFLSETCKYLYL
              350       360       370       380       390       400

              570       580       590       600       610       620
pF1KSD LFDEDNPVHKSGTRYMFTTEGHIVSVDEHLRELPWKEFFSEEGGQDQGGKSVHRPKPHEL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LFDEDNPVHKSGTRYMFTTEGHIVSVDEHLRELPWKEFFSEEGGQDQGGKSVHRPKPHEL
              410       420       430       440       450       460

              630       640       650       
pF1KSD KVINSSSNCNRVPDERRYSLPLKSIYMRQIDQMVGLI
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KVINSSSNCNRVPDERRYSLPLKSIYMRQIDQMVGLI
              470       480       490       

>>XP_011508316 (OMIM: 610214) PREDICTED: ER degradation-  (854 aa)
 initn: 1247 init1: 366 opt: 837  Z-score: 615.0  bits: 124.5 E(85289): 1.6e-27
Smith-Waterman score: 1303; 44.8% identity (74.5% similar) in 475 aa overlap (119-584:39-496)

       90       100       110       120         130       140      
pF1KSD RPGPGMCGPANWGYVLGGRGRGPDEYEKRYSGAFPP--QLRAQMRDLARGMFVFGYDNYM
                                     .:: :   . . .. . .  ::  .: :::
XP_011 CGSPVPQRARWRLVAATAAFCLVSATSVWTAGAEPMSREEKQKLGNQVLEMFDHAYGNYM
       10        20        30        40        50        60        

        150       160        170       180       190       200     
pF1KSD AHAFPQDELNPIHCRGRGPDRG-DPSNLNINDVLGNYSLTLVDALDTLAIMGNSSEFQKA
        ::.: ::: :. ::::   :: .::  ...:.::..::::.:.::::.......::. :
XP_011 EHAYPADELMPLTCRGRV--RGQEPSRGDVDDALGKFSLTLIDSLDTLVVLNKTKEFEDA
       70        80          90       100       110       120      

         210       220       230       240       250       260     
pF1KSD VKLVINTVSFDKDSTVQVFEATIRVLGSLLSAHRIITDSKQPFGDMTIKDYDNELLYMAH
       :. :.  :..:.: .:.:::..:::::.::..: .    :.  :.. .. :..::: ::.
XP_011 VRKVLRDVNLDNDVVVSVFETNIRVLGGLLGGHSLAIMLKEK-GEY-MQWYNDELLQMAK
        130       140       150       160        170        180    

         270       280       290            300       310       320
pF1KSD DLAVRLLPAFENTKTGIPYPRVNLKTGV-PPD----TNNETCTAGAGSLLVEFGILSRLL
       .:. .::::: :: .:.::::.::: :.  :.    :...:::: ::.:..::. :::. 
XP_011 QLGYKLLPAF-NTTSGLPYPRINLKFGIRKPEARTGTETDTCTACAGTLILEFAALSRFT
          190        200       210       220       230       240   

              330       340       350       360       370       380
pF1KSD GDSTFEWVARRAVKALWNLRSNDTGLLGNVVNIQTGHWVGKQSGLGAGLDSFYEYLLKSY
       : . ::  ::.:.  ::. :. ...:.: ..::.:: :: :.::.:::.::.::::::.:
XP_011 GATIFEEYARKALDFLWEKRQRSSNLVGVTINIHTGDWVRKDSGVGAGIDSYYEYLLKAY
           250       260       270       280       290       300   

              390       400       410       420       430          
pF1KSD ILFGEKEDLEMFNAAYQSIQNYLRRGREACNEGEGDPPLYVNVNMFSGQL-MNTWIDSLQ
       .:.:.   :: ::. :..:. :. .           ::: ..:.. . .:   ::.:.: 
XP_011 VLLGDDSFLERFNTHYDAIMRYISQ-----------PPLLLDVHIHKPMLNARTWMDALL
           310       320                  330       340       350  

     440       450       460       470       480       490         
pF1KSD AFFPGLQVLIGDVEDAICLHAFYYAIWKRYGALPERYNWQLQAPDVLFYPLRPELVESTY
       ::::::::: ::.. ::  : . : . :... ::: .. ....  .  .:::::..::::
XP_011 AFFPGLQVLKGDIRPAIETHEMLYQVIKKHNFLPEAFTTDFRVHWAQ-HPLRPEFAESTY
            360       370       380       390        400       410 

     500       510       520       530       540       550         
pF1KSD LLYQATKNPFYLHVGMDILQSLEKYTKVKCGYATLHHVIDKSTEDRMESFFLSETCKYLY
       .::.:: .:.::.::  ....:.::..: ::.:... :   : ::::.::::.:  ::::
XP_011 FLYKATGDPYYLEVGKTLIENLNKYARVPCGFAAMKDVRTGSHEDRMDSFFLAEMFKYLY
             420       430       440       450       460       470 

     560       570       580       590       600       610         
pF1KSD LLFDEDNPVHKSGTRYMFTTEGHIVSVDEHLRELPWKEFFSEEGGQDQGGKSVHRPKPHE
       ::: . . .  .   :.::::.:..                                   
XP_011 LLFADKEDIIFDIEDYIFTTEAHLLPLWLSTTNQSISKKNTTSEYTELDDSNFDWTCPNT
             480       490       500       510       520       530 

>>XP_011508315 (OMIM: 610214) PREDICTED: ER degradation-  (855 aa)
 initn: 1247 init1: 366 opt: 837  Z-score: 615.0  bits: 124.5 E(85289): 1.6e-27
Smith-Waterman score: 1303; 44.8% identity (74.5% similar) in 475 aa overlap (119-584:39-496)

       90       100       110       120         130       140      
pF1KSD RPGPGMCGPANWGYVLGGRGRGPDEYEKRYSGAFPP--QLRAQMRDLARGMFVFGYDNYM
                                     .:: :   . . .. . .  ::  .: :::
XP_011 CGSPVPQRARWRLVAATAAFCLVSATSVWTAGAEPMSREEKQKLGNQVLEMFDHAYGNYM
       10        20        30        40        50        60        

        150       160        170       180       190       200     
pF1KSD AHAFPQDELNPIHCRGRGPDRG-DPSNLNINDVLGNYSLTLVDALDTLAIMGNSSEFQKA
        ::.: ::: :. ::::   :: .::  ...:.::..::::.:.::::.......::. :
XP_011 EHAYPADELMPLTCRGRV--RGQEPSRGDVDDALGKFSLTLIDSLDTLVVLNKTKEFEDA
       70        80          90       100       110       120      

         210       220       230       240       250       260     
pF1KSD VKLVINTVSFDKDSTVQVFEATIRVLGSLLSAHRIITDSKQPFGDMTIKDYDNELLYMAH
       :. :.  :..:.: .:.:::..:::::.::..: .    :.  :.. .. :..::: ::.
XP_011 VRKVLRDVNLDNDVVVSVFETNIRVLGGLLGGHSLAIMLKEK-GEY-MQWYNDELLQMAK
        130       140       150       160        170        180    

         270       280       290            300       310       320
pF1KSD DLAVRLLPAFENTKTGIPYPRVNLKTGV-PPD----TNNETCTAGAGSLLVEFGILSRLL
       .:. .::::: :: .:.::::.::: :.  :.    :...:::: ::.:..::. :::. 
XP_011 QLGYKLLPAF-NTTSGLPYPRINLKFGIRKPEARTGTETDTCTACAGTLILEFAALSRFT
          190        200       210       220       230       240   

              330       340       350       360       370       380
pF1KSD GDSTFEWVARRAVKALWNLRSNDTGLLGNVVNIQTGHWVGKQSGLGAGLDSFYEYLLKSY
       : . ::  ::.:.  ::. :. ...:.: ..::.:: :: :.::.:::.::.::::::.:
XP_011 GATIFEEYARKALDFLWEKRQRSSNLVGVTINIHTGDWVRKDSGVGAGIDSYYEYLLKAY
           250       260       270       280       290       300   

              390       400       410       420       430          
pF1KSD ILFGEKEDLEMFNAAYQSIQNYLRRGREACNEGEGDPPLYVNVNMFSGQL-MNTWIDSLQ
       .:.:.   :: ::. :..:. :. .           ::: ..:.. . .:   ::.:.: 
XP_011 VLLGDDSFLERFNTHYDAIMRYISQ-----------PPLLLDVHIHKPMLNARTWMDALL
           310       320                  330       340       350  

     440       450       460       470       480       490         
pF1KSD AFFPGLQVLIGDVEDAICLHAFYYAIWKRYGALPERYNWQLQAPDVLFYPLRPELVESTY
       ::::::::: ::.. ::  : . : . :... ::: .. ....  .  .:::::..::::
XP_011 AFFPGLQVLKGDIRPAIETHEMLYQVIKKHNFLPEAFTTDFRVHWAQ-HPLRPEFAESTY
            360       370       380       390        400       410 

     500       510       520       530       540       550         
pF1KSD LLYQATKNPFYLHVGMDILQSLEKYTKVKCGYATLHHVIDKSTEDRMESFFLSETCKYLY
       .::.:: .:.::.::  ....:.::..: ::.:... :   : ::::.::::.:  ::::
XP_011 FLYKATGDPYYLEVGKTLIENLNKYARVPCGFAAMKDVRTGSHEDRMDSFFLAEMFKYLY
             420       430       440       450       460       470 

     560       570       580       590       600       610         
pF1KSD LLFDEDNPVHKSGTRYMFTTEGHIVSVDEHLRELPWKEFFSEEGGQDQGGKSVHRPKPHE
       ::: . . .  .   :.::::.:..                                   
XP_011 LLFADKEDIIFDIEDYIFTTEAHLLPLWLSTTNQSISKKNTTSEYTELDDSNFDWTCPNT
             480       490       500       510       520       530 

>>NP_079467 (OMIM: 610214) ER degradation-enhancing alph  (932 aa)
 initn: 1247 init1: 366 opt: 837  Z-score: 614.5  bits: 124.5 E(85289): 1.7e-27
Smith-Waterman score: 1303; 44.8% identity (74.5% similar) in 475 aa overlap (119-584:39-496)

       90       100       110       120         130       140      
pF1KSD RPGPGMCGPANWGYVLGGRGRGPDEYEKRYSGAFPP--QLRAQMRDLARGMFVFGYDNYM
                                     .:: :   . . .. . .  ::  .: :::
NP_079 CGSPVPQRARWRLVAATAAFCLVSATSVWTAGAEPMSREEKQKLGNQVLEMFDHAYGNYM
       10        20        30        40        50        60        

        150       160        170       180       190       200     
pF1KSD AHAFPQDELNPIHCRGRGPDRG-DPSNLNINDVLGNYSLTLVDALDTLAIMGNSSEFQKA
        ::.: ::: :. ::::   :: .::  ...:.::..::::.:.::::.......::. :
NP_079 EHAYPADELMPLTCRGRV--RGQEPSRGDVDDALGKFSLTLIDSLDTLVVLNKTKEFEDA
       70        80          90       100       110       120      

         210       220       230       240       250       260     
pF1KSD VKLVINTVSFDKDSTVQVFEATIRVLGSLLSAHRIITDSKQPFGDMTIKDYDNELLYMAH
       :. :.  :..:.: .:.:::..:::::.::..: .    :.  :.. .. :..::: ::.
NP_079 VRKVLRDVNLDNDVVVSVFETNIRVLGGLLGGHSLAIMLKEK-GEY-MQWYNDELLQMAK
        130       140       150       160        170        180    

         270       280       290            300       310       320
pF1KSD DLAVRLLPAFENTKTGIPYPRVNLKTGV-PPD----TNNETCTAGAGSLLVEFGILSRLL
       .:. .::::: :: .:.::::.::: :.  :.    :...:::: ::.:..::. :::. 
NP_079 QLGYKLLPAF-NTTSGLPYPRINLKFGIRKPEARTGTETDTCTACAGTLILEFAALSRFT
          190        200       210       220       230       240   

              330       340       350       360       370       380
pF1KSD GDSTFEWVARRAVKALWNLRSNDTGLLGNVVNIQTGHWVGKQSGLGAGLDSFYEYLLKSY
       : . ::  ::.:.  ::. :. ...:.: ..::.:: :: :.::.:::.::.::::::.:
NP_079 GATIFEEYARKALDFLWEKRQRSSNLVGVTINIHTGDWVRKDSGVGAGIDSYYEYLLKAY
           250       260       270       280       290       300   

              390       400       410       420       430          
pF1KSD ILFGEKEDLEMFNAAYQSIQNYLRRGREACNEGEGDPPLYVNVNMFSGQL-MNTWIDSLQ
       .:.:.   :: ::. :..:. :. .           ::: ..:.. . .:   ::.:.: 
NP_079 VLLGDDSFLERFNTHYDAIMRYISQ-----------PPLLLDVHIHKPMLNARTWMDALL
           310       320                  330       340       350  

     440       450       460       470       480       490         
pF1KSD AFFPGLQVLIGDVEDAICLHAFYYAIWKRYGALPERYNWQLQAPDVLFYPLRPELVESTY
       ::::::::: ::.. ::  : . : . :... ::: .. ....  .  .:::::..::::
NP_079 AFFPGLQVLKGDIRPAIETHEMLYQVIKKHNFLPEAFTTDFRVHWAQ-HPLRPEFAESTY
            360       370       380       390        400       410 

     500       510       520       530       540       550         
pF1KSD LLYQATKNPFYLHVGMDILQSLEKYTKVKCGYATLHHVIDKSTEDRMESFFLSETCKYLY
       .::.:: .:.::.::  ....:.::..: ::.:... :   : ::::.::::.:  ::::
NP_079 FLYKATGDPYYLEVGKTLIENLNKYARVPCGFAAMKDVRTGSHEDRMDSFFLAEMFKYLY
             420       430       440       450       460       470 

     560       570       580       590       600       610         
pF1KSD LLFDEDNPVHKSGTRYMFTTEGHIVSVDEHLRELPWKEFFSEEGGQDQGGKSVHRPKPHE
       ::: . . .  .   :.::::.:..                                   
NP_079 LLFADKEDIIFDIEDYIFTTEAHLLPLWLSTTNQSISKKNTTSEYTELDDSNFDWTCPNT
             480       490       500       510       520       530 

>>XP_005245556 (OMIM: 610214) PREDICTED: ER degradation-  (933 aa)
 initn: 1247 init1: 366 opt: 837  Z-score: 614.5  bits: 124.5 E(85289): 1.7e-27
Smith-Waterman score: 1303; 44.8% identity (74.5% similar) in 475 aa overlap (119-584:39-496)

       90       100       110       120         130       140      
pF1KSD RPGPGMCGPANWGYVLGGRGRGPDEYEKRYSGAFPP--QLRAQMRDLARGMFVFGYDNYM
                                     .:: :   . . .. . .  ::  .: :::
XP_005 CGSPVPQRARWRLVAATAAFCLVSATSVWTAGAEPMSREEKQKLGNQVLEMFDHAYGNYM
       10        20        30        40        50        60        

        150       160        170       180       190       200     
pF1KSD AHAFPQDELNPIHCRGRGPDRG-DPSNLNINDVLGNYSLTLVDALDTLAIMGNSSEFQKA
        ::.: ::: :. ::::   :: .::  ...:.::..::::.:.::::.......::. :
XP_005 EHAYPADELMPLTCRGRV--RGQEPSRGDVDDALGKFSLTLIDSLDTLVVLNKTKEFEDA
       70        80          90       100       110       120      

         210       220       230       240       250       260     
pF1KSD VKLVINTVSFDKDSTVQVFEATIRVLGSLLSAHRIITDSKQPFGDMTIKDYDNELLYMAH
       :. :.  :..:.: .:.:::..:::::.::..: .    :.  :.. .. :..::: ::.
XP_005 VRKVLRDVNLDNDVVVSVFETNIRVLGGLLGGHSLAIMLKEK-GEY-MQWYNDELLQMAK
        130       140       150       160        170        180    

         270       280       290            300       310       320
pF1KSD DLAVRLLPAFENTKTGIPYPRVNLKTGV-PPD----TNNETCTAGAGSLLVEFGILSRLL
       .:. .::::: :: .:.::::.::: :.  :.    :...:::: ::.:..::. :::. 
XP_005 QLGYKLLPAF-NTTSGLPYPRINLKFGIRKPEARTGTETDTCTACAGTLILEFAALSRFT
          190        200       210       220       230       240   

              330       340       350       360       370       380
pF1KSD GDSTFEWVARRAVKALWNLRSNDTGLLGNVVNIQTGHWVGKQSGLGAGLDSFYEYLLKSY
       : . ::  ::.:.  ::. :. ...:.: ..::.:: :: :.::.:::.::.::::::.:
XP_005 GATIFEEYARKALDFLWEKRQRSSNLVGVTINIHTGDWVRKDSGVGAGIDSYYEYLLKAY
           250       260       270       280       290       300   

              390       400       410       420       430          
pF1KSD ILFGEKEDLEMFNAAYQSIQNYLRRGREACNEGEGDPPLYVNVNMFSGQL-MNTWIDSLQ
       .:.:.   :: ::. :..:. :. .           ::: ..:.. . .:   ::.:.: 
XP_005 VLLGDDSFLERFNTHYDAIMRYISQ-----------PPLLLDVHIHKPMLNARTWMDALL
           310       320                  330       340       350  

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pF1KSD AFFPGLQVLIGDVEDAICLHAFYYAIWKRYGALPERYNWQLQAPDVLFYPLRPELVESTY
       ::::::::: ::.. ::  : . : . :... ::: .. ....  .  .:::::..::::
XP_005 AFFPGLQVLKGDIRPAIETHEMLYQVIKKHNFLPEAFTTDFRVHWAQ-HPLRPEFAESTY
            360       370       380       390        400       410 

     500       510       520       530       540       550         
pF1KSD LLYQATKNPFYLHVGMDILQSLEKYTKVKCGYATLHHVIDKSTEDRMESFFLSETCKYLY
       .::.:: .:.::.::  ....:.::..: ::.:... :   : ::::.::::.:  ::::
XP_005 FLYKATGDPYYLEVGKTLIENLNKYARVPCGFAAMKDVRTGSHEDRMDSFFLAEMFKYLY
             420       430       440       450       460       470 

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pF1KSD LLFDEDNPVHKSGTRYMFTTEGHIVSVDEHLRELPWKEFFSEEGGQDQGGKSVHRPKPHE
       ::: . . .  .   :.::::.:..                                   
XP_005 LLFADKEDIIFDIEDYIFTTEAHLLPLWLSTTNQSISKKNTTSEYTELDDSNFDWTCPNT
             480       490       500       510       520       530 

>>NP_001306889 (OMIM: 610214) ER degradation-enhancing a  (948 aa)
 initn: 1247 init1: 366 opt: 837  Z-score: 614.4  bits: 124.5 E(85289): 1.8e-27
Smith-Waterman score: 1303; 44.8% identity (74.5% similar) in 475 aa overlap (119-584:39-496)

       90       100       110       120         130       140      
pF1KSD RPGPGMCGPANWGYVLGGRGRGPDEYEKRYSGAFPP--QLRAQMRDLARGMFVFGYDNYM
                                     .:: :   . . .. . .  ::  .: :::
NP_001 CGSPVPQRARWRLVAATAAFCLVSATSVWTAGAEPMSREEKQKLGNQVLEMFDHAYGNYM
       10        20        30        40        50        60        

        150       160        170       180       190       200     
pF1KSD AHAFPQDELNPIHCRGRGPDRG-DPSNLNINDVLGNYSLTLVDALDTLAIMGNSSEFQKA
        ::.: ::: :. ::::   :: .::  ...:.::..::::.:.::::.......::. :
NP_001 EHAYPADELMPLTCRGRV--RGQEPSRGDVDDALGKFSLTLIDSLDTLVVLNKTKEFEDA
       70        80          90       100       110       120      

         210       220       230       240       250       260     
pF1KSD VKLVINTVSFDKDSTVQVFEATIRVLGSLLSAHRIITDSKQPFGDMTIKDYDNELLYMAH
       :. :.  :..:.: .:.:::..:::::.::..: .    :.  :.. .. :..::: ::.
NP_001 VRKVLRDVNLDNDVVVSVFETNIRVLGGLLGGHSLAIMLKEK-GEY-MQWYNDELLQMAK
        130       140       150       160        170        180    

         270       280       290            300       310       320
pF1KSD DLAVRLLPAFENTKTGIPYPRVNLKTGV-PPD----TNNETCTAGAGSLLVEFGILSRLL
       .:. .::::: :: .:.::::.::: :.  :.    :...:::: ::.:..::. :::. 
NP_001 QLGYKLLPAF-NTTSGLPYPRINLKFGIRKPEARTGTETDTCTACAGTLILEFAALSRFT
          190        200       210       220       230       240   

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pF1KSD GDSTFEWVARRAVKALWNLRSNDTGLLGNVVNIQTGHWVGKQSGLGAGLDSFYEYLLKSY
       : . ::  ::.:.  ::. :. ...:.: ..::.:: :: :.::.:::.::.::::::.:
NP_001 GATIFEEYARKALDFLWEKRQRSSNLVGVTINIHTGDWVRKDSGVGAGIDSYYEYLLKAY
           250       260       270       280       290       300   

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pF1KSD ILFGEKEDLEMFNAAYQSIQNYLRRGREACNEGEGDPPLYVNVNMFSGQL-MNTWIDSLQ
       .:.:.   :: ::. :..:. :. .           ::: ..:.. . .:   ::.:.: 
NP_001 VLLGDDSFLERFNTHYDAIMRYISQ-----------PPLLLDVHIHKPMLNARTWMDALL
           310       320                  330       340       350  

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pF1KSD AFFPGLQVLIGDVEDAICLHAFYYAIWKRYGALPERYNWQLQAPDVLFYPLRPELVESTY
       ::::::::: ::.. ::  : . : . :... ::: .. ....  .  .:::::..::::
NP_001 AFFPGLQVLKGDIRPAIETHEMLYQVIKKHNFLPEAFTTDFRVHWAQ-HPLRPEFAESTY
            360       370       380       390        400       410 

     500       510       520       530       540       550         
pF1KSD LLYQATKNPFYLHVGMDILQSLEKYTKVKCGYATLHHVIDKSTEDRMESFFLSETCKYLY
       .::.:: .:.::.::  ....:.::..: ::.:... :   : ::::.::::.:  ::::
NP_001 FLYKATGDPYYLEVGKTLIENLNKYARVPCGFAAMKDVRTGSHEDRMDSFFLAEMFKYLY
             420       430       440       450       460       470 

     560       570       580       590       600       610         
pF1KSD LLFDEDNPVHKSGTRYMFTTEGHIVSVDEHLRELPWKEFFSEEGGQDQGGKSVHRPKPHE
       ::: . . .  .   :.::::.:..                                   
NP_001 LLFADKEDIIFDIEDYIFTTEAHLLPLWLSTTNQSISKKNTTSEYTELDDSNFDWTCPNT
             480       490       500       510       520       530 

>>XP_016857887 (OMIM: 610214) PREDICTED: ER degradation-  (777 aa)
 initn: 1133 init1: 366 opt: 753  Z-score: 555.1  bits: 113.3 E(85289): 3.5e-24
Smith-Waterman score: 1219; 45.5% identity (75.9% similar) in 435 aa overlap (157-584:2-419)

        130       140       150       160        170       180     
pF1KSD RAQMRDLARGMFVFGYDNYMAHAFPQDELNPIHCRGRGPDRG-DPSNLNINDVLGNYSLT
                                     :. ::::   :: .::  ...:.::..:::
XP_016                              MPLTCRGR--VRGQEPSRGDVDDALGKFSLT
                                              10        20         

         190       200       210       220       230       240     
pF1KSD LVDALDTLAIMGNSSEFQKAVKLVINTVSFDKDSTVQVFEATIRVLGSLLSAHRIITDSK
       :.:.::::.......::. ::. :.  :..:.: .:.:::..:::::.::..: .    :
XP_016 LIDSLDTLVVLNKTKEFEDAVRKVLRDVNLDNDVVVSVFETNIRVLGGLLGGHSLAIMLK
      30        40        50        60        70        80         

         250       260       270       280       290            300
pF1KSD QPFGDMTIKDYDNELLYMAHDLAVRLLPAFENTKTGIPYPRVNLKTGV-PPD----TNNE
       .  :.. .. :..::: ::..:. .::::: :: .:.::::.::: :.  :.    :...
XP_016 EK-GEY-MQWYNDELLQMAKQLGYKLLPAF-NTTSGLPYPRINLKFGIRKPEARTGTETD
      90         100       110        120       130       140      

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD TCTAGAGSLLVEFGILSRLLGDSTFEWVARRAVKALWNLRSNDTGLLGNVVNIQTGHWVG
       :::: ::.:..::. :::. : . ::  ::.:.  ::. :. ...:.: ..::.:: :: 
XP_016 TCTACAGTLILEFAALSRFTGATIFEEYARKALDFLWEKRQRSSNLVGVTINIHTGDWVR
        150       160       170       180       190       200      

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pF1KSD KQSGLGAGLDSFYEYLLKSYILFGEKEDLEMFNAAYQSIQNYLRRGREACNEGEGDPPLY
       :.::.:::.::.::::::.:.:.:.   :: ::. :..:. :. .           ::: 
XP_016 KDSGVGAGIDSYYEYLLKAYVLLGDDSFLERFNTHYDAIMRYISQ-----------PPLL
        210       220       230       240       250                

              430        440       450       460       470         
pF1KSD VNVNMFSGQL-MNTWIDSLQAFFPGLQVLIGDVEDAICLHAFYYAIWKRYGALPERYNWQ
       ..:.. . .:   ::.:.: ::::::::: ::.. ::  : . : . :... ::: .. .
XP_016 LDVHIHKPMLNARTWMDALLAFFPGLQVLKGDIRPAIETHEMLYQVIKKHNFLPEAFTTD
         260       270       280       290       300       310     

     480       490       500       510       520       530         
pF1KSD LQAPDVLFYPLRPELVESTYLLYQATKNPFYLHVGMDILQSLEKYTKVKCGYATLHHVID
       ...  .  .:::::..::::.::.:: .:.::.::  ....:.::..: ::.:... :  
XP_016 FRVHWAQ-HPLRPEFAESTYFLYKATGDPYYLEVGKTLIENLNKYARVPCGFAAMKDVRT
         320        330       340       350       360       370    

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pF1KSD KSTEDRMESFFLSETCKYLYLLFDEDNPVHKSGTRYMFTTEGHIVSVDEHLRELPWKEFF
        : ::::.::::.:  ::::::: . . .  .   :.::::.:..               
XP_016 GSHEDRMDSFFLAEMFKYLYLLFADKEDIIFDIEDYIFTTEAHLLPLWLSTTNQSISKKN
          380       390       400       410       420       430    

     600       610       620       630       640       650         
pF1KSD SEEGGQDQGGKSVHRPKPHELKVINSSSNCNRVPDERRYSLPLKSIYMRQIDQMVGLI  
                                                                   
XP_016 TTSEYTELDDSNFDWTCPNTQILFPNDPLYAQSIREPLKNVVDKSCPRGIIRVEESFRSG
          440       450       460       470       480       490    

>>XP_016857886 (OMIM: 610214) PREDICTED: ER degradation-  (855 aa)
 initn: 1133 init1: 366 opt: 753  Z-score: 554.5  bits: 113.3 E(85289): 3.8e-24
Smith-Waterman score: 1219; 45.5% identity (75.9% similar) in 435 aa overlap (157-584:2-419)

        130       140       150       160        170       180     
pF1KSD RAQMRDLARGMFVFGYDNYMAHAFPQDELNPIHCRGRGPDRG-DPSNLNINDVLGNYSLT
                                     :. ::::   :: .::  ...:.::..:::
XP_016                              MPLTCRGR--VRGQEPSRGDVDDALGKFSLT
                                              10        20         

         190       200       210       220       230       240     
pF1KSD LVDALDTLAIMGNSSEFQKAVKLVINTVSFDKDSTVQVFEATIRVLGSLLSAHRIITDSK
       :.:.::::.......::. ::. :.  :..:.: .:.:::..:::::.::..: .    :
XP_016 LIDSLDTLVVLNKTKEFEDAVRKVLRDVNLDNDVVVSVFETNIRVLGGLLGGHSLAIMLK
      30        40        50        60        70        80         

         250       260       270       280       290            300
pF1KSD QPFGDMTIKDYDNELLYMAHDLAVRLLPAFENTKTGIPYPRVNLKTGV-PPD----TNNE
       .  :.. .. :..::: ::..:. .::::: :: .:.::::.::: :.  :.    :...
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