Result of FASTA (omim) for pF1KSDA0111
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA0111, 411 aa
  1>>>pF1KSDA0111 411 - 411 aa - 411 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4933+/-0.000492; mu= 15.8441+/- 0.031
 mean_var=67.6369+/-14.019, 0's: 0 Z-trim(107.4): 177  B-trim: 93 in 1/49
 Lambda= 0.155949
 statistics sampled from 15316 (15499) to 15316 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.531), E-opt: 0.2 (0.182), width:  16
 Scan time:  6.120

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_055555 (OMIM: 268305,608546) eukaryotic initiat ( 411) 2659 607.9 1.5e-173
XP_011523824 (OMIM: 268305,608546) PREDICTED: euka ( 390) 1899 436.9 4.1e-122
NP_001958 (OMIM: 601102) eukaryotic initiation fac ( 407) 1801 414.9 1.9e-115
NP_001407 (OMIM: 602641) eukaryotic initiation fac ( 406) 1791 412.6 8.8e-115
NP_001191439 (OMIM: 602641) eukaryotic initiation  ( 347) 1422 329.6 7.6e-90
XP_005271474 (OMIM: 600326) PREDICTED: probable AT ( 483)  948 223.0 1.3e-57
NP_004388 (OMIM: 600326) probable ATP-dependent RN ( 483)  948 223.0 1.3e-57
NP_001244120 (OMIM: 600326) probable ATP-dependent ( 483)  948 223.0 1.3e-57
XP_011541093 (OMIM: 607663) PREDICTED: ATP-depende ( 482)  907 213.8 7.6e-55
NP_037396 (OMIM: 607663) ATP-dependent RNA helicas ( 483)  907 213.8 7.6e-55
XP_011541092 (OMIM: 607663) PREDICTED: ATP-depende ( 486)  907 213.8 7.7e-55
NP_004631 (OMIM: 142560) spliceosome RNA helicase  ( 428)  884 208.6 2.5e-53
NP_542165 (OMIM: 142560) spliceosome RNA helicase  ( 428)  884 208.6 2.5e-53
NP_009173 (OMIM: 605812) ATP-dependent RNA helicas ( 479)  865 204.3 5.3e-52
XP_011521136 (OMIM: 605812) PREDICTED: ATP-depende ( 484)  865 204.3 5.3e-52
XP_011521134 (OMIM: 605812) PREDICTED: ATP-depende ( 539)  865 204.3 5.9e-52
NP_001317367 (OMIM: 607663) ATP-dependent RNA heli ( 369)  838 198.2 2.9e-50
NP_001014449 (OMIM: 605812) ATP-dependent RNA heli ( 370)  811 192.1 1.9e-48
NP_001244103 (OMIM: 605812) ATP-dependent RNA heli ( 370)  811 192.1 1.9e-48
XP_016878379 (OMIM: 605812) PREDICTED: ATP-depende ( 370)  811 192.1 1.9e-48
NP_001244102 (OMIM: 605812) ATP-dependent RNA heli ( 370)  811 192.1 1.9e-48
XP_006721190 (OMIM: 605812) PREDICTED: ATP-depende ( 370)  811 192.1 1.9e-48
NP_009135 (OMIM: 606168) probable ATP-dependent RN ( 824)  798 189.3 2.9e-47
NP_001014451 (OMIM: 605812) ATP-dependent RNA heli ( 448)  774 183.8 7.3e-46
NP_001244101 (OMIM: 605812) ATP-dependent RNA heli ( 453)  774 183.8 7.4e-46
XP_011521135 (OMIM: 605812) PREDICTED: ATP-depende ( 508)  774 183.8 8.1e-46
NP_057439 (OMIM: 615428) probable ATP-dependent RN ( 455)  762 181.1 4.8e-45
XP_016866492 (OMIM: 606286) PREDICTED: probable AT ( 439)  731 174.1 5.9e-43
XP_011534230 (OMIM: 606286) PREDICTED: probable AT ( 529)  731 174.2 6.9e-43
XP_011534229 (OMIM: 606286) PREDICTED: probable AT ( 529)  731 174.2 6.9e-43
XP_011534228 (OMIM: 606286) PREDICTED: probable AT ( 604)  731 174.2 7.7e-43
NP_061135 (OMIM: 606286) probable ATP-dependent RN ( 648)  731 174.2 8.2e-43
XP_016857921 (OMIM: 174300,615464) PREDICTED: prob ( 619)  725 172.9   2e-42
XP_011508337 (OMIM: 174300,615464) PREDICTED: prob ( 619)  725 172.9   2e-42
NP_001026895 (OMIM: 174300,615464) probable ATP-de ( 619)  725 172.9   2e-42
XP_016857920 (OMIM: 174300,615464) PREDICTED: prob ( 619)  725 172.9   2e-42
NP_060365 (OMIM: 616621) probable ATP-dependent RN ( 796)  710 169.5 2.6e-41
NP_076977 (OMIM: 611665) ATP-dependent RNA helicas ( 881)  704 168.2 7.2e-41
NP_001104792 (OMIM: 611665) ATP-dependent RNA heli ( 882)  704 168.2 7.2e-41
NP_001244104 (OMIM: 605812) ATP-dependent RNA heli ( 328)  691 165.1 2.3e-40
NP_006377 (OMIM: 608469) probable ATP-dependent RN ( 729)  688 164.6 7.4e-40
NP_001091974 (OMIM: 608469) probable ATP-dependent ( 731)  688 164.6 7.4e-40
NP_001307526 (OMIM: 180630) probable ATP-dependent ( 614)  678 162.3   3e-39
NP_004387 (OMIM: 180630) probable ATP-dependent RN ( 614)  678 162.3   3e-39
NP_001307524 (OMIM: 180630) probable ATP-dependent ( 614)  678 162.3   3e-39
NP_001307525 (OMIM: 180630) probable ATP-dependent ( 614)  678 162.3   3e-39
XP_011540947 (OMIM: 600326) PREDICTED: probable AT ( 434)  659 157.9 4.4e-38
XP_016879601 (OMIM: 613369) PREDICTED: ATP-depende ( 775)  662 158.7 4.5e-38
NP_031398 (OMIM: 613369) ATP-dependent RNA helicas ( 938)  662 158.8 5.3e-38
NP_987095 (OMIM: 613369) ATP-dependent RNA helicas ( 938)  662 158.8 5.3e-38


>>NP_055555 (OMIM: 268305,608546) eukaryotic initiation   (411 aa)
 initn: 2659 init1: 2659 opt: 2659  Z-score: 3237.0  bits: 607.9 E(85289): 1.5e-173
Smith-Waterman score: 2659; 100.0% identity (100.0% similar) in 411 aa overlap (1-411:1-411)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MATTATMATSGSARKRLLKEEDMTKVEFETSEEVDVTPTFDTMGLREDLLRGIYAYGFEK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 MATTATMATSGSARKRLLKEEDMTKVEFETSEEVDVTPTFDTMGLREDLLRGIYAYGFEK
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD PSAIQQRAIKQIIKGRDVIAQSQSGTGKTATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 PSAIQQRAIKQIIKGRDVIAQSQSGTGKTATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD QIQKGLLALGDYMNVQCHACIGGTNVGEDIRKLDYGQHVVAGTPGRVFDMIRRRSLRTRA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 QIQKGLLALGDYMNVQCHACIGGTNVGEDIRKLDYGQHVVAGTPGRVFDMIRRRSLRTRA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD IKMLVLDEADEMLNKGFKEQIYDVYRYLPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRIL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 IKMLVLDEADEMLNKGFKEQIYDVYRYLPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRIL
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD VKRDELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDTLCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMREA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 VKRDELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDTLCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMREA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD NFTVSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGASRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNREL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 NFTVSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGASRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNREL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410 
pF1KSD YIHRIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIRILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 YIHRIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIRILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI
              370       380       390       400       410 

>>XP_011523824 (OMIM: 268305,608546) PREDICTED: eukaryot  (390 aa)
 initn: 1899 init1: 1899 opt: 1899  Z-score: 2313.2  bits: 436.9 E(85289): 4.1e-122
Smith-Waterman score: 2484; 94.9% identity (94.9% similar) in 411 aa overlap (1-411:1-390)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MATTATMATSGSARKRLLKEEDMTKVEFETSEEVDVTPTFDTMGLREDLLRGIYAYGFEK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MATTATMATSGSARKRLLKEEDMTKVEFETSEEVDVTPTFDTMGLREDLLRGIYAYGFEK
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD PSAIQQRAIKQIIKGRDVIAQSQSGTGKTATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAV
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::                 
XP_011 PSAIQQRAIKQIIKGRDVIAQSQSGTGKTATFSISVLQCLDIQ-----------------
               70        80        90       100                    

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD QIQKGLLALGDYMNVQCHACIGGTNVGEDIRKLDYGQHVVAGTPGRVFDMIRRRSLRTRA
           ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ----GLLALGDYMNVQCHACIGGTNVGEDIRKLDYGQHVVAGTPGRVFDMIRRRSLRTRA
               110       120       130       140       150         

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD IKMLVLDEADEMLNKGFKEQIYDVYRYLPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRIL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IKMLVLDEADEMLNKGFKEQIYDVYRYLPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRIL
     160       170       180       190       200       210         

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD VKRDELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDTLCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMREA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VKRDELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDTLCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMREA
     220       230       240       250       260       270         

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD NFTVSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGASRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNREL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NFTVSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGASRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNREL
     280       290       300       310       320       330         

              370       380       390       400       410 
pF1KSD YIHRIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIRILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YIHRIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIRILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI
     340       350       360       370       380       390

>>NP_001958 (OMIM: 601102) eukaryotic initiation factor   (407 aa)
 initn: 1802 init1: 1258 opt: 1801  Z-score: 2193.8  bits: 414.9 E(85289): 1.9e-115
Smith-Waterman score: 1801; 71.4% identity (89.7% similar) in 378 aa overlap (35-411:30-407)

           10        20        30        40        50        60    
pF1KSD ATMATSGSARKRLLKEEDMTKVEFETSEEVDVTPTFDTMGLREDLLRGIYAYGFEKPSAI
                                     ... .:: :.:.:.::::::::::::::::
NP_001  MSGGSADYNREHGGPEGMDPDGVIESNWNEIVDNFDDMNLKESLLRGIYAYGFEKPSAI
                10        20        30        40        50         

           70        80        90       100       110       120    
pF1KSD QQRAIKQIIKGRDVIAQSQSGTGKTATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAVQIQK
       :::::   ::: :::::.::::::::::.::.:: :.:. .:::::.:::::::: ::::
NP_001 QQRAIIPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQLEIEFKETQALVLAPTRELAQQIQK
      60        70        80        90       100       110         

          130       140       150        160       170       180   
pF1KSD GLLALGDYMNVQCHACIGGTNVGEDIRKLDY-GQHVVAGTPGRVFDMIRRRSLRTRAIKM
        .:::::::.. :::::::::: ....::.  . :.:.:::::::::. :: :  . :::
NP_001 VILALGDYMGATCHACIGGTNVRNEMQKLQAEAPHIVVGTPGRVFDMLNRRYLSPKWIKM
     120       130       140       150       160       170         

           190       200       210       220       230       240   
pF1KSD LVLDEADEMLNKGFKEQIYDVYRYLPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRILVKR
       .:::::::::..:::.:::.... :  . ::::.:::.: ..::.:.::: ::::::::.
NP_001 FVLDEADEMLSRGFKDQIYEIFQKLNTSIQVVLLSATMPTDVLEVTKKFMRDPIRILVKK
     180       190       200       210       220       230         

           250       260       270       280       290       300   
pF1KSD DELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDTLCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMREANFT
       .::::::::::.. :::::::.:::::::.:::::::::: ::.::::::::::.  .::
NP_001 EELTLEGIKQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFLNTRRKVDWLTEKMHARDFT
     240       250       260       270       280       290         

           310       320       330       340       350       360   
pF1KSD VSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGASRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNRELYIH
       ::..:::: ::::. ::.:::::.:::::.::. :::.:: ::::.::::::.::: :::
NP_001 VSALHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRENYIH
     300       310       320       330       340       350         

           370       380       390       400       410 
pF1KSD RIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIRILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI
       ::::.::.:::::::::: ..: ::::::: .:.: ..::::::::::
NP_001 RIGRGGRFGRKGVAINFVTEEDKRILRDIETFYNTTVEEMPMNVADLI
     360       370       380       390       400       

>>NP_001407 (OMIM: 602641) eukaryotic initiation factor   (406 aa)
 initn: 1782 init1: 1254 opt: 1791  Z-score: 2181.6  bits: 412.6 E(85289): 8.8e-115
Smith-Waterman score: 1791; 66.7% identity (86.7% similar) in 406 aa overlap (7-411:1-406)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MATTATMATSGSARKRLLKEEDMTKVEFETSEEVDVTPTFDTMGLREDLLRGIYAYGFEK
             :..: ..:.:    . :       :.  ... .:: :.: :.::::::::::::
NP_001       MSASQDSRSRDNGPDGMEPEGVIESNWNEIVDSFDDMNLSESLLRGIYAYGFEK
                     10        20        30        40        50    

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD PSAIQQRAIKQIIKGRDVIAQSQSGTGKTATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAV
       :::::::::   ::: :::::.::::::::::.::.:: ...... ::::.:::::::: 
NP_001 PSAIQQRAILPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQIELDLKATQALVLAPTRELAQ
           60        70        80        90       100       110    

              130       140       150        160       170         
pF1KSD QIQKGLLALGDYMNVQCHACIGGTNVGEDIRKLDY-GQHVVAGTPGRVFDMIRRRSLRTR
       :::: ..::::::...::::::::::  ...::.. . :...:::::::::. :: :  .
NP_001 QIQKVVMALGDYMGASCHACIGGTNVRAEVQKLQMEAPHIIVGTPGRVFDMLNRRYLSPK
          120       130       140       150       160       170    

     180       190       200       210       220       230         
pF1KSD AIKMLVLDEADEMLNKGFKEQIYDVYRYLPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRI
        :::.:::::::::..:::.::::... :   :::::.:::.: ..::.:.::: :::::
NP_001 YIKMFVLDEADEMLSRGFKDQIYDIFQKLNSNTQVVLLSATMPSDVLEVTKKFMRDPIRI
          180       190       200       210       220       230    

     240       250       260       270       280       290         
pF1KSD LVKRDELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDTLCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMRE
       :::..:::::::.::.. :::::::.:::::::.:::::::::: ::.::::::::::. 
NP_001 LVKKEELTLEGIRQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFINTRRKVDWLTEKMHA
          240       250       260       270       280       290    

     300       310       320       330       340       350         
pF1KSD ANFTVSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGASRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNRE
        .::::.::::: ::::. ::.:::::.:::::.::. :::.:: ::::.::::::.:::
NP_001 RDFTVSAMHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLARGIDVQQVSLVINYDLPTNRE
          300       310       320       330       340       350    

     360       370       380       390       400       410 
pF1KSD LYIHRIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIRILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI
        :::::::.::.::::::::.: ..: : ::::: .:.:.:.:::.::::::
NP_001 NYIHRIGRGGRFGRKGVAINMVTEEDKRTLRDIETFYNTSIEEMPLNVADLI
          360       370       380       390       400      

>>NP_001191439 (OMIM: 602641) eukaryotic initiation fact  (347 aa)
 initn: 1395 init1: 867 opt: 1422  Z-score: 1734.0  bits: 329.6 E(85289): 7.6e-90
Smith-Waterman score: 1422; 64.7% identity (85.6% similar) in 334 aa overlap (7-339:1-334)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MATTATMATSGSARKRLLKEEDMTKVEFETSEEVDVTPTFDTMGLREDLLRGIYAYGFEK
             :..: ..:.:    . :       :.  ... .:: :.: :.::::::::::::
NP_001       MSASQDSRSRDNGPDGMEPEGVIESNWNEIVDSFDDMNLSESLLRGIYAYGFEK
                     10        20        30        40        50    

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD PSAIQQRAIKQIIKGRDVIAQSQSGTGKTATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAV
       :::::::::   ::: :::::.::::::::::.::.:: ...... ::::.:::::::: 
NP_001 PSAIQQRAILPCIKGYDVIAQAQSGTGKTATFAISILQQIELDLKATQALVLAPTRELAQ
           60        70        80        90       100       110    

              130       140       150        160       170         
pF1KSD QIQKGLLALGDYMNVQCHACIGGTNVGEDIRKLDY-GQHVVAGTPGRVFDMIRRRSLRTR
       :::: ..::::::...::::::::::  ...::.. . :...:::::::::. :: :  .
NP_001 QIQKVVMALGDYMGASCHACIGGTNVRAEVQKLQMEAPHIIVGTPGRVFDMLNRRYLSPK
          120       130       140       150       160       170    

     180       190       200       210       220       230         
pF1KSD AIKMLVLDEADEMLNKGFKEQIYDVYRYLPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRI
        :::.:::::::::..:::.::::... :   :::::.:::.: ..::.:.::: :::::
NP_001 YIKMFVLDEADEMLSRGFKDQIYDIFQKLNSNTQVVLLSATMPSDVLEVTKKFMRDPIRI
          180       190       200       210       220       230    

     240       250       260       270       280       290         
pF1KSD LVKRDELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDTLCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMRE
       :::..:::::::.::.. :::::::.:::::::.:::::::::: ::.::::::::::. 
NP_001 LVKKEELTLEGIRQFYINVEREEWKLDTLCDLYETLTITQAVIFINTRRKVDWLTEKMHA
          240       250       260       270       280       290    

     300       310       320       330       340       350         
pF1KSD ANFTVSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGASRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNRE
        .::::.::::: ::::. ::.:::::.:::::.::. ..                    
NP_001 RDFTVSAMHGDMDQKERDVIMREFRSGSSRVLITTDLLGKLYPQNRSRWTVWP       
          300       310       320       330       340              

     360       370       380       390       400       410 
pF1KSD LYIHRIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIRILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI

>>XP_005271474 (OMIM: 600326) PREDICTED: probable ATP-de  (483 aa)
 initn: 865 init1: 372 opt: 948  Z-score: 1155.5  bits: 223.0 E(85289): 1.3e-57
Smith-Waterman score: 948; 36.8% identity (71.7% similar) in 410 aa overlap (4-407:63-464)

                                          10         20        30  
pF1KSD                            MATTATMATSGSARKRL-LKEEDMTKVEFETSE
                                     :.:.  . . .: : :  .:.   ...:: 
XP_005 GGGTQTQQQMNQLKNTNTINNGTQQQAQSMTTTIKPGDDWKKTLKLPPKDL---RIKTS-
             40        50        60        70        80            

                 40        50        60        70        80        
pF1KSD EVDVTPT----FDTMGLREDLLRGIYAYGFEKPSAIQQRAIKQIIKGRDVIAQSQSGTGK
         ::: :    :. . :...:: ::. .:.:::: ::...:   ..:::..:....::::
XP_005 --DVTSTKGNEFEDYCLKRELLMGIFEMGWEKPSPIQEESIPIALSGRDILARAKNGTGK
         90       100       110       120       130       140      

       90       100       110       120       130        140       
pF1KSD TATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAVQIQKGLLALGDYMN-VQCHACIGGTNVG
       .... : .:. ::..  . ::....::::::.:...  . .. .:. ..  :  ::::. 
XP_005 SGAYLIPLLERLDLKKDNIQAMVIVPTRELALQVSQICIQVSKHMGGAKVMATTGGTNLR
        150       160       170       180       190       200      

       150       160       170       180       190       200       
pF1KSD EDIRKLDYGQHVVAGTPGRVFDMIRRRSLRTRAIKMLVLDEADEMLNKGFKEQIYDVYRY
       .:: .::   ::: .::::..:.:..   ..  ..:.::::::..:.. : . . :.   
XP_005 DDIMRLDDTVHVVIATPGRILDLIKKGVAKVDHVQMIVLDEADKLLSQDFVQIMEDIILT
        210       220       230       240       250       260      

       210       220       230       240       250       260       
pF1KSD LPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRILVKRDELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDT
       ::   :..: :::.:  . .. :. .  : .: .  .::::.:. :... :  :. :   
XP_005 LPKNRQILLYSATFPLSVQKFMNSHLQKPYEINLM-EELTLKGVTQYYAYVT-ERQKVHC
        270       280       290       300        310        320    

       270       280       290       300       310       320       
pF1KSD LCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMREANFTVSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGA
       :  :.. : :.:..::::....:. :..:. . ...   .:. : :..:. ....::.: 
XP_005 LNTLFSRLQINQSIIFCNSSQRVELLAKKISQLGYSCFYIHAKMRQEHRNRVFHDFRNGL
          330       340       350       360       370       380    

       330       340       350       360       370       380       
pF1KSD SRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNRELYIHRIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIR
        : :. ::...::.:.  :...::.:.:.  : :.::::::::.:. :.:::..  ::  
XP_005 CRNLVCTDLFTRGIDIQAVNVVINFDFPKLAETYLHRIGRSGRFGHLGLAINLITYDDRF
          390       400       410       420       430       440    

       390       400       410                
pF1KSD ILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI               
        :..::.  .:.:  .: :.                   
XP_005 NLKSIEEQLGTEIKPIPSNIDKSLYVAEYHSEPVEDEKP
          450       460       470       480   

>>NP_004388 (OMIM: 600326) probable ATP-dependent RNA he  (483 aa)
 initn: 865 init1: 372 opt: 948  Z-score: 1155.5  bits: 223.0 E(85289): 1.3e-57
Smith-Waterman score: 948; 36.8% identity (71.7% similar) in 410 aa overlap (4-407:63-464)

                                          10         20        30  
pF1KSD                            MATTATMATSGSARKRL-LKEEDMTKVEFETSE
                                     :.:.  . . .: : :  .:.   ...:: 
NP_004 GGGTQTQQQMNQLKNTNTINNGTQQQAQSMTTTIKPGDDWKKTLKLPPKDL---RIKTS-
             40        50        60        70        80            

                 40        50        60        70        80        
pF1KSD EVDVTPT----FDTMGLREDLLRGIYAYGFEKPSAIQQRAIKQIIKGRDVIAQSQSGTGK
         ::: :    :. . :...:: ::. .:.:::: ::...:   ..:::..:....::::
NP_004 --DVTSTKGNEFEDYCLKRELLMGIFEMGWEKPSPIQEESIPIALSGRDILARAKNGTGK
         90       100       110       120       130       140      

       90       100       110       120       130        140       
pF1KSD TATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAVQIQKGLLALGDYMN-VQCHACIGGTNVG
       .... : .:. ::..  . ::....::::::.:...  . .. .:. ..  :  ::::. 
NP_004 SGAYLIPLLERLDLKKDNIQAMVIVPTRELALQVSQICIQVSKHMGGAKVMATTGGTNLR
        150       160       170       180       190       200      

       150       160       170       180       190       200       
pF1KSD EDIRKLDYGQHVVAGTPGRVFDMIRRRSLRTRAIKMLVLDEADEMLNKGFKEQIYDVYRY
       .:: .::   ::: .::::..:.:..   ..  ..:.::::::..:.. : . . :.   
NP_004 DDIMRLDDTVHVVIATPGRILDLIKKGVAKVDHVQMIVLDEADKLLSQDFVQIMEDIILT
        210       220       230       240       250       260      

       210       220       230       240       250       260       
pF1KSD LPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRILVKRDELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDT
       ::   :..: :::.:  . .. :. .  : .: .  .::::.:. :... :  :. :   
NP_004 LPKNRQILLYSATFPLSVQKFMNSHLQKPYEINLM-EELTLKGVTQYYAYVT-ERQKVHC
        270       280       290       300        310        320    

       270       280       290       300       310       320       
pF1KSD LCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMREANFTVSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGA
       :  :.. : :.:..::::....:. :..:. . ...   .:. : :..:. ....::.: 
NP_004 LNTLFSRLQINQSIIFCNSSQRVELLAKKISQLGYSCFYIHAKMRQEHRNRVFHDFRNGL
          330       340       350       360       370       380    

       330       340       350       360       370       380       
pF1KSD SRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNRELYIHRIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIR
        : :. ::...::.:.  :...::.:.:.  : :.::::::::.:. :.:::..  ::  
NP_004 CRNLVCTDLFTRGIDIQAVNVVINFDFPKLAETYLHRIGRSGRFGHLGLAINLITYDDRF
          390       400       410       420       430       440    

       390       400       410                
pF1KSD ILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI               
        :..::.  .:.:  .: :.                   
NP_004 NLKSIEEQLGTEIKPIPSNIDKSLYVAEYHSEPVEDEKP
          450       460       470       480   

>>NP_001244120 (OMIM: 600326) probable ATP-dependent RNA  (483 aa)
 initn: 865 init1: 372 opt: 948  Z-score: 1155.5  bits: 223.0 E(85289): 1.3e-57
Smith-Waterman score: 948; 36.8% identity (71.7% similar) in 410 aa overlap (4-407:63-464)

                                          10         20        30  
pF1KSD                            MATTATMATSGSARKRL-LKEEDMTKVEFETSE
                                     :.:.  . . .: : :  .:.   ...:: 
NP_001 GGGTQTQQQMNQLKNTNTINNGTQQQAQSMTTTIKPGDDWKKTLKLPPKDL---RIKTS-
             40        50        60        70        80            

                 40        50        60        70        80        
pF1KSD EVDVTPT----FDTMGLREDLLRGIYAYGFEKPSAIQQRAIKQIIKGRDVIAQSQSGTGK
         ::: :    :. . :...:: ::. .:.:::: ::...:   ..:::..:....::::
NP_001 --DVTSTKGNEFEDYCLKRELLMGIFEMGWEKPSPIQEESIPIALSGRDILARAKNGTGK
         90       100       110       120       130       140      

       90       100       110       120       130        140       
pF1KSD TATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAVQIQKGLLALGDYMN-VQCHACIGGTNVG
       .... : .:. ::..  . ::....::::::.:...  . .. .:. ..  :  ::::. 
NP_001 SGAYLIPLLERLDLKKDNIQAMVIVPTRELALQVSQICIQVSKHMGGAKVMATTGGTNLR
        150       160       170       180       190       200      

       150       160       170       180       190       200       
pF1KSD EDIRKLDYGQHVVAGTPGRVFDMIRRRSLRTRAIKMLVLDEADEMLNKGFKEQIYDVYRY
       .:: .::   ::: .::::..:.:..   ..  ..:.::::::..:.. : . . :.   
NP_001 DDIMRLDDTVHVVIATPGRILDLIKKGVAKVDHVQMIVLDEADKLLSQDFVQIMEDIILT
        210       220       230       240       250       260      

       210       220       230       240       250       260       
pF1KSD LPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRILVKRDELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDT
       ::   :..: :::.:  . .. :. .  : .: .  .::::.:. :... :  :. :   
NP_001 LPKNRQILLYSATFPLSVQKFMNSHLQKPYEINLM-EELTLKGVTQYYAYVT-ERQKVHC
        270       280       290       300        310        320    

       270       280       290       300       310       320       
pF1KSD LCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMREANFTVSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGA
       :  :.. : :.:..::::....:. :..:. . ...   .:. : :..:. ....::.: 
NP_001 LNTLFSRLQINQSIIFCNSSQRVELLAKKISQLGYSCFYIHAKMRQEHRNRVFHDFRNGL
          330       340       350       360       370       380    

       330       340       350       360       370       380       
pF1KSD SRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNRELYIHRIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIR
        : :. ::...::.:.  :...::.:.:.  : :.::::::::.:. :.:::..  ::  
NP_001 CRNLVCTDLFTRGIDIQAVNVVINFDFPKLAETYLHRIGRSGRFGHLGLAINLITYDDRF
          390       400       410       420       430       440    

       390       400       410                
pF1KSD ILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI               
        :..::.  .:.:  .: :.                   
NP_001 NLKSIEEQLGTEIKPIPSNIDKSLYVAEYHSEPVEDEKP
          450       460       470       480   

>>XP_011541093 (OMIM: 607663) PREDICTED: ATP-dependent R  (482 aa)
 initn: 589 init1: 493 opt: 907  Z-score: 1105.6  bits: 213.8 E(85289): 7.6e-55
Smith-Waterman score: 907; 37.9% identity (72.1% similar) in 383 aa overlap (39-410:97-474)

       10        20        30        40        50        60        
pF1KSD TSGSARKRLLKEEDMTKVEFETSEEVDVTPTFDTMGLREDLLRGIYAYGFEKPSAIQQRA
                                     ::. . :.:.::.::::.::..:: ::. :
XP_011 NKLIHQSLVESSHRVEVLQKDPSSPLYSVKTFEELRLKEELLKGIYAMGFNRPSKIQEMA
         70        80        90       100       110       120      

       70          80        90       100       110       120      
pF1KSD IKQIIKG--RDVIAQSQSGTGKTATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAVQIQKGL
       . ...    ...::::::::::::.: ...:. ..      : : :::: :::.:  . .
XP_011 LPMMLAHPPQNLIAQSQSGTGKTAAFVLAMLSRVNALELFPQCLCLAPTYELALQTGRVV
        130       140       150       160       170       180      

        130        140       150       160       170        180    
pF1KSD LALGDY-MNVQCHACIGGTNVGEDIRKLDYGQHVVAGTPGRVFDM-IRRRSLRTRAIKML
         .: . ..::    : :. .    :  :  .... :::: :.:  .. . .    :...
XP_011 EQMGKFCVDVQVMYAIRGNRIP---RGTDITKQIIIGTPGTVLDWCFKLKLIDLTKIRVF
        190       200          210       220       230       240   

          190        200       210       220       230       240   
pF1KSD VLDEADEMLN-KGFKEQIYDVYRYLPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRILVKR
       :::::: :.. .::...   . : ::   :..:.:::.   . ....... ::  : ...
XP_011 VLDEADVMIDTQGFSDHSIRIQRALPSECQMLLFSATFEDSVWHFAERIIPDPNVIKLRK
           250       260       270       280       290       300   

           250       260       270       280       290       300   
pF1KSD DELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDTLCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMREANFT
       .::::..:.:..:  :... :...::..: ..:: ::.:::.:.:.. ::: .: . .  
XP_011 EELTLNNIRQYYVLCEHRKDKYQALCNIYGSITIGQAIIFCQTRRNAKWLTVEMIQDGHQ
           310       320       330       340       350       360   

           310       320       330       340       350             
pF1KSD VSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGASRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLP------NN
       :: . :..  ..: ::...::.:  .:::.:.: :::.:: ::....:.:::       .
XP_011 VSLLSGELTVEQRASIIQRFRDGKEKVLITTNVCARGIDVKQVTIVVNFDLPVKQGEEPD
           370       380       390       400       410       420   

       360       370       380       390       400       410       
pF1KSD RELYIHRIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIRILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI      
        : :.:::::.::.:.::.:.:... :..  :  :.......: .  .:. :.       
XP_011 YETYLHRIGRTGRFGKKGLAFNMIEVDELPSLMKIQDHFNSSIKQ--LNAEDMDEIEKID
           430       440       450       460         470       480 

XP_011 Y
        

>>NP_037396 (OMIM: 607663) ATP-dependent RNA helicase DD  (483 aa)
 initn: 589 init1: 493 opt: 907  Z-score: 1105.6  bits: 213.8 E(85289): 7.6e-55
Smith-Waterman score: 907; 37.9% identity (72.1% similar) in 383 aa overlap (39-410:98-475)

       10        20        30        40        50        60        
pF1KSD TSGSARKRLLKEEDMTKVEFETSEEVDVTPTFDTMGLREDLLRGIYAYGFEKPSAIQQRA
                                     ::. . :.:.::.::::.::..:: ::. :
NP_037 NKLIHQSLVESSHRVEVLQKDPSSPLYSVKTFEELRLKEELLKGIYAMGFNRPSKIQEMA
        70        80        90       100       110       120       

       70          80        90       100       110       120      
pF1KSD IKQIIKG--RDVIAQSQSGTGKTATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAVQIQKGL
       . ...    ...::::::::::::.: ...:. ..      : : :::: :::.:  . .
NP_037 LPMMLAHPPQNLIAQSQSGTGKTAAFVLAMLSRVNALELFPQCLCLAPTYELALQTGRVV
       130       140       150       160       170       180       

        130        140       150       160       170        180    
pF1KSD LALGDY-MNVQCHACIGGTNVGEDIRKLDYGQHVVAGTPGRVFDM-IRRRSLRTRAIKML
         .: . ..::    : :. .    :  :  .... :::: :.:  .. . .    :...
NP_037 EQMGKFCVDVQVMYAIRGNRIP---RGTDITKQIIIGTPGTVLDWCFKLKLIDLTKIRVF
       190       200          210       220       230       240    

          190        200       210       220       230       240   
pF1KSD VLDEADEMLN-KGFKEQIYDVYRYLPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRILVKR
       :::::: :.. .::...   . : ::   :..:.:::.   . ....... ::  : ...
NP_037 VLDEADVMIDTQGFSDHSIRIQRALPSECQMLLFSATFEDSVWHFAERIIPDPNVIKLRK
          250       260       270       280       290       300    

           250       260       270       280       290       300   
pF1KSD DELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDTLCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMREANFT
       .::::..:.:..:  :... :...::..: ..:: ::.:::.:.:.. ::: .: . .  
NP_037 EELTLNNIRQYYVLCEHRKDKYQALCNIYGSITIGQAIIFCQTRRNAKWLTVEMIQDGHQ
          310       320       330       340       350       360    

           310       320       330       340       350             
pF1KSD VSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGASRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLP------NN
       :: . :..  ..: ::...::.:  .:::.:.: :::.:: ::....:.:::       .
NP_037 VSLLSGELTVEQRASIIQRFRDGKEKVLITTNVCARGIDVKQVTIVVNFDLPVKQGEEPD
          370       380       390       400       410       420    

       360       370       380       390       400       410       
pF1KSD RELYIHRIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIRILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLI      
        : :.:::::.::.:.::.:.:... :..  :  :.......: .  .:. :.       
NP_037 YETYLHRIGRTGRFGKKGLAFNMIEVDELPSLMKIQDHFNSSIKQ--LNAEDMDEIEKID
          430       440       450       460         470       480  

NP_037 Y
        




411 residues in 1 query   sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Thu Nov  3 00:01:55 2016 done: Thu Nov  3 00:01:56 2016
 Total Scan time:  6.120 Total Display time:  0.040

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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