Result of FASTA (omim) for pF1KSDA0035
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA0035, 709 aa
  1>>>pF1KSDA0035 709 - 709 aa - 709 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 18.1305+/-0.000469; mu= -42.3946+/- 0.029
 mean_var=650.9643+/-135.027, 0's: 0 Z-trim(124.7): 73  B-trim: 0 in 0/57
 Lambda= 0.050268
 statistics sampled from 46887 (46980) to 46887 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.787), E-opt: 0.2 (0.551), width:  16
 Scan time: 12.590

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_001271317 (OMIM: 602394) nucleolar and coiled-b ( 709) 4449 337.7 9.3e-92
XP_005270330 (OMIM: 602394) PREDICTED: nucleolar a ( 710) 4434 336.6   2e-91
NP_004732 (OMIM: 602394) nucleolar and coiled-body ( 699) 3034 235.1 7.1e-61
NP_001271318 (OMIM: 602394) nucleolar and coiled-b ( 700) 3034 235.1 7.1e-61
XP_016855522 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 791)  400 44.1  0.0025
XP_016855515 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 821)  400 44.1  0.0026
XP_016855514 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 821)  400 44.1  0.0026
XP_016855502 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 865)  400 44.1  0.0028
NP_005830 (OMIM: 605975) serine/arginine repetitiv ( 904)  400 44.1  0.0029
XP_016855516 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 820)  394 43.7  0.0035
XP_016855503 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 864)  394 43.7  0.0037
XP_016855517 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 819)  393 43.6  0.0037
XP_016855518 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 819)  393 43.6  0.0037
XP_016855507 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 903)  394 43.7  0.0039
XP_016855504 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 863)  393 43.6  0.0039
XP_016855511 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 872)  393 43.6  0.0039
XP_016855513 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 832)  392 43.5   0.004
XP_005245778 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 902)  393 43.6  0.0041
XP_016855501 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 876)  392 43.5  0.0042
XP_005245777 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 915)  392 43.5  0.0043
XP_016855508 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 901)  390 43.4  0.0047
NP_001121182 (OMIM: 208250,604283) proteoglycan 4  (1270)  396 43.9  0.0048
XP_016855492 (OMIM: 208250,604283) PREDICTED: prot (1270)  396 43.9  0.0048
XP_016855491 (OMIM: 208250,604283) PREDICTED: prot (1311)  396 43.9  0.0049
NP_001121181 (OMIM: 208250,604283) proteoglycan 4  (1311)  396 43.9  0.0049
NP_001290161 (OMIM: 208250,604283) proteoglycan 4  (1361)  396 43.9  0.0051
NP_001121180 (OMIM: 208250,604283) proteoglycan 4  (1363)  396 43.9  0.0051
NP_005798 (OMIM: 208250,604283) proteoglycan 4 iso (1404)  396 43.9  0.0052
XP_016855521 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 803)  383 42.9   0.006
XP_011538784 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 833)  383 42.9  0.0063
NP_001290378 (OMIM: 605975) serine/arginine repeti ( 877)  383 42.9  0.0066
XP_016855510 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/argi ( 886)  383 42.9  0.0066
NP_001290377 (OMIM: 605975) serine/arginine repeti ( 916)  383 42.9  0.0068


>>NP_001271317 (OMIM: 602394) nucleolar and coiled-body   (709 aa)
 initn: 4449 init1: 4449 opt: 4449  Z-score: 1768.4  bits: 337.7 E(85289): 9.3e-92
Smith-Waterman score: 4449; 99.7% identity (99.7% similar) in 709 aa overlap (1-709:1-709)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MAAAGIRRVVPSDLYPLVLGFLRDNQLSEVANKFAKATGATQQDANASSLLDIYSFWLKS
       :: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MADAGIRRVVPSDLYPLVLGFLRDNQLSEVANKFAKATGATQQDANASSLLDIYSFWLKS
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD AKVPERKLQANGPVAKKAKKKASSSDSEDSSEEEEEVQGPPAKKAAVPAKRVGLPPGKAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AKVPERKLQANGPVAKKAKKKASSSDSEDSSEEEEEVQGPPAKKAAVPAKRVGLPPGKAA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD AKASESSSSEESSDDDDEEDQKKQPVQKGVKPQAKAAKAPPKKAKSSDSDSDSSSEDEPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AKASESSSSEESSDDDDEEDQKKQPVQKGVKPQAKAAKAPPKKAKSSDSDSDSSSEDEPP
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD KNQKPKITPVTVKAQTKAPPKPARAAPKIANGKAASSSSSSSSSSSSDDSEEEKAAATPK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KNQKPKITPVTVKAQTKAPPKPARAAPKIANGKAASSSSSSSSSSSSDDSEEEKAAATPK
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD KVWTITSVRAETVPKKQVVAKAPVKAATTPTRKSSSSEDSSSDEEEEQKKPMKNKPGPYS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KVWTITSVRAETVPKKQVVAKAPVKAATTPTRKSSSSEDSSSDEEEEQKKPMKNKPGPYS
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD SVPPPSAPPPKKSLGTQPPKKAVEKQQPVESSEDSSDESDSSSEEEKKPPTKAVVSKATT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SVPPPSAPPPKKSLGTQPPKKAVEKQQPVESSEDSSDESDSSSEEEKKPPTKAVVSKATT
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD KPPPAKKAAESSSDSSDSDSSEDDEAPSKPAGTTKNSSNKPAVTTKSPAVKPAAAPKQPV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KPPPAKKAAESSSDSSDSDSSEDDEAPSKPAGTTKNSSNKPAVTTKSPAVKPAAAPKQPV
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD GGGQKLLTRKADSSSSEEESSSSEEEKTKKMVATTKPKATAKAALPLPAKQAPQGSRDSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::
NP_001 GGGQKLLTRKADSSSSEEESSSSEEEKTKKMVATTKPKATAKAALSLPAKQAPQGSRDSS
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD SDSDSSSSEEEEEKTSKSAVKKKPQKVAGGAAPSKPASAKKGKAESSNSSSSDDSSEEEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SDSDSSSSEEEEEKTSKSAVKKKPQKVAGGAAPSKPASAKKGKAESSNSSSSDDSSEEEE
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD EKLKGKGSPRPQAPKANGTSALTAQNGKAAKNSEEEEEEKKKAAVVVSKSGSLKKRKQNE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EKLKGKGSPRPQAPKANGTSALTAQNGKAAKNSEEEEEEKKKAAVVVSKSGSLKKRKQNE
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD AAKEAETPQAKKIKLQTPNTFPKRKKGEKRASSPFRRVREEEIEVDSRVADNSFDAKRGA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AAKEAETPQAKKIKLQTPNTFPKRKKGEKRASSPFRRVREEEIEVDSRVADNSFDAKRGA
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700         
pF1KSD AGDWGERANQVLKFTKGKSFRHEKTKKKRGSYRGGSISVQVNSIKFDSE
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AGDWGERANQVLKFTKGKSFRHEKTKKKRGSYRGGSISVQVNSIKFDSE
              670       680       690       700         

>>XP_005270330 (OMIM: 602394) PREDICTED: nucleolar and c  (710 aa)
 initn: 4084 init1: 4084 opt: 4434  Z-score: 1762.5  bits: 336.6 E(85289): 2e-91
Smith-Waterman score: 4434; 99.4% identity (99.6% similar) in 710 aa overlap (1-709:1-710)

               10        20        30        40        50          
pF1KSD MAAAGIRRVVPSDLYPLVLGFLRDNQLSEVANKFAKATGATQQDANASSLLDIYSFWL-K
       :: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: .
XP_005 MADAGIRRVVPSDLYPLVLGFLRDNQLSEVANKFAKATGATQQDANASSLLDIYSFWLNR
               10        20        30        40        50        60

      60        70        80        90       100       110         
pF1KSD SAKVPERKLQANGPVAKKAKKKASSSDSEDSSEEEEEVQGPPAKKAAVPAKRVGLPPGKA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SAKVPERKLQANGPVAKKAKKKASSSDSEDSSEEEEEVQGPPAKKAAVPAKRVGLPPGKA
               70        80        90       100       110       120

     120       130       140       150       160       170         
pF1KSD AAKASESSSSEESSDDDDEEDQKKQPVQKGVKPQAKAAKAPPKKAKSSDSDSDSSSEDEP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 AAKASESSSSEESSDDDDEEDQKKQPVQKGVKPQAKAAKAPPKKAKSSDSDSDSSSEDEP
              130       140       150       160       170       180

     180       190       200       210       220       230         
pF1KSD PKNQKPKITPVTVKAQTKAPPKPARAAPKIANGKAASSSSSSSSSSSSDDSEEEKAAATP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 PKNQKPKITPVTVKAQTKAPPKPARAAPKIANGKAASSSSSSSSSSSSDDSEEEKAAATP
              190       200       210       220       230       240

     240       250       260       270       280       290         
pF1KSD KKVWTITSVRAETVPKKQVVAKAPVKAATTPTRKSSSSEDSSSDEEEEQKKPMKNKPGPY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KKVWTITSVRAETVPKKQVVAKAPVKAATTPTRKSSSSEDSSSDEEEEQKKPMKNKPGPY
              250       260       270       280       290       300

     300       310       320       330       340       350         
pF1KSD SSVPPPSAPPPKKSLGTQPPKKAVEKQQPVESSEDSSDESDSSSEEEKKPPTKAVVSKAT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SSVPPPSAPPPKKSLGTQPPKKAVEKQQPVESSEDSSDESDSSSEEEKKPPTKAVVSKAT
              310       320       330       340       350       360

     360       370       380       390       400       410         
pF1KSD TKPPPAKKAAESSSDSSDSDSSEDDEAPSKPAGTTKNSSNKPAVTTKSPAVKPAAAPKQP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TKPPPAKKAAESSSDSSDSDSSEDDEAPSKPAGTTKNSSNKPAVTTKSPAVKPAAAPKQP
              370       380       390       400       410       420

     420       430       440       450       460       470         
pF1KSD VGGGQKLLTRKADSSSSEEESSSSEEEKTKKMVATTKPKATAKAALPLPAKQAPQGSRDS
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::
XP_005 VGGGQKLLTRKADSSSSEEESSSSEEEKTKKMVATTKPKATAKAALSLPAKQAPQGSRDS
              430       440       450       460       470       480

     480       490       500       510       520       530         
pF1KSD SSDSDSSSSEEEEEKTSKSAVKKKPQKVAGGAAPSKPASAKKGKAESSNSSSSDDSSEEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SSDSDSSSSEEEEEKTSKSAVKKKPQKVAGGAAPSKPASAKKGKAESSNSSSSDDSSEEE
              490       500       510       520       530       540

     540       550       560       570       580       590         
pF1KSD EEKLKGKGSPRPQAPKANGTSALTAQNGKAAKNSEEEEEEKKKAAVVVSKSGSLKKRKQN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 EEKLKGKGSPRPQAPKANGTSALTAQNGKAAKNSEEEEEEKKKAAVVVSKSGSLKKRKQN
              550       560       570       580       590       600

     600       610       620       630       640       650         
pF1KSD EAAKEAETPQAKKIKLQTPNTFPKRKKGEKRASSPFRRVREEEIEVDSRVADNSFDAKRG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 EAAKEAETPQAKKIKLQTPNTFPKRKKGEKRASSPFRRVREEEIEVDSRVADNSFDAKRG
              610       620       630       640       650       660

     660       670       680       690       700         
pF1KSD AAGDWGERANQVLKFTKGKSFRHEKTKKKRGSYRGGSISVQVNSIKFDSE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 AAGDWGERANQVLKFTKGKSFRHEKTKKKRGSYRGGSISVQVNSIKFDSE
              670       680       690       700       710

>>NP_004732 (OMIM: 602394) nucleolar and coiled-body pho  (699 aa)
 initn: 2875 init1: 2875 opt: 3034  Z-score: 1213.9  bits: 235.1 E(85289): 7.1e-61
Smith-Waterman score: 4356; 98.3% identity (98.3% similar) in 709 aa overlap (1-709:1-699)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MAAAGIRRVVPSDLYPLVLGFLRDNQLSEVANKFAKATGATQQDANASSLLDIYSFWLKS
       :: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 MADAGIRRVVPSDLYPLVLGFLRDNQLSEVANKFAKATGATQQDANASSLLDIYSFWLKS
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD AKVPERKLQANGPVAKKAKKKASSSDSEDSSEEEEEVQGPPAKKAAVPAKRVGLPPGKAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 AKVPERKLQANGPVAKKAKKKASSSDSEDSSEEEEEVQGPPAKKAAVPAKRVGLPPGKAA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD AKASESSSSEESSDDDDEEDQKKQPVQKGVKPQAKAAKAPPKKAKSSDSDSDSSSEDEPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 AKASESSSSEESSDDDDEEDQKKQPVQKGVKPQAKAAKAPPKKAKSSDSDSDSSSEDEPP
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD KNQKPKITPVTVKAQTKAPPKPARAAPKIANGKAASSSSSSSSSSSSDDSEEEKAAATPK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 KNQKPKITPVTVKAQTKAPPKPARAAPKIANGKAASSSSSSSSSSSSDDSEEEKAAATPK
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD KVWTITSVRAETVPKKQVVAKAPVKAATTPTRKSSSSEDSSSDEEEEQKKPMKNKPGPYS
       :          :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 K----------TVPKKQVVAKAPVKAATTPTRKSSSSEDSSSDEEEEQKKPMKNKPGPYS
                        250       260       270       280       290

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD SVPPPSAPPPKKSLGTQPPKKAVEKQQPVESSEDSSDESDSSSEEEKKPPTKAVVSKATT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SVPPPSAPPPKKSLGTQPPKKAVEKQQPVESSEDSSDESDSSSEEEKKPPTKAVVSKATT
              300       310       320       330       340       350

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pF1KSD KPPPAKKAAESSSDSSDSDSSEDDEAPSKPAGTTKNSSNKPAVTTKSPAVKPAAAPKQPV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 KPPPAKKAAESSSDSSDSDSSEDDEAPSKPAGTTKNSSNKPAVTTKSPAVKPAAAPKQPV
              360       370       380       390       400       410

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pF1KSD GGGQKLLTRKADSSSSEEESSSSEEEKTKKMVATTKPKATAKAALPLPAKQAPQGSRDSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::
NP_004 GGGQKLLTRKADSSSSEEESSSSEEEKTKKMVATTKPKATAKAALSLPAKQAPQGSRDSS
              420       430       440       450       460       470

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pF1KSD SDSDSSSSEEEEEKTSKSAVKKKPQKVAGGAAPSKPASAKKGKAESSNSSSSDDSSEEEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SDSDSSSSEEEEEKTSKSAVKKKPQKVAGGAAPSKPASAKKGKAESSNSSSSDDSSEEEE
              480       490       500       510       520       530

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD EKLKGKGSPRPQAPKANGTSALTAQNGKAAKNSEEEEEEKKKAAVVVSKSGSLKKRKQNE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 EKLKGKGSPRPQAPKANGTSALTAQNGKAAKNSEEEEEEKKKAAVVVSKSGSLKKRKQNE
              540       550       560       570       580       590

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD AAKEAETPQAKKIKLQTPNTFPKRKKGEKRASSPFRRVREEEIEVDSRVADNSFDAKRGA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 AAKEAETPQAKKIKLQTPNTFPKRKKGEKRASSPFRRVREEEIEVDSRVADNSFDAKRGA
              600       610       620       630       640       650

              670       680       690       700         
pF1KSD AGDWGERANQVLKFTKGKSFRHEKTKKKRGSYRGGSISVQVNSIKFDSE
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 AGDWGERANQVLKFTKGKSFRHEKTKKKRGSYRGGSISVQVNSIKFDSE
              660       670       680       690         

>>NP_001271318 (OMIM: 602394) nucleolar and coiled-body   (700 aa)
 initn: 2875 init1: 2875 opt: 3034  Z-score: 1213.9  bits: 235.1 E(85289): 7.1e-61
Smith-Waterman score: 4341; 98.0% identity (98.2% similar) in 710 aa overlap (1-709:1-700)

               10        20        30        40        50          
pF1KSD MAAAGIRRVVPSDLYPLVLGFLRDNQLSEVANKFAKATGATQQDANASSLLDIYSFWL-K
       :: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: .
NP_001 MADAGIRRVVPSDLYPLVLGFLRDNQLSEVANKFAKATGATQQDANASSLLDIYSFWLNR
               10        20        30        40        50        60

      60        70        80        90       100       110         
pF1KSD SAKVPERKLQANGPVAKKAKKKASSSDSEDSSEEEEEVQGPPAKKAAVPAKRVGLPPGKA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SAKVPERKLQANGPVAKKAKKKASSSDSEDSSEEEEEVQGPPAKKAAVPAKRVGLPPGKA
               70        80        90       100       110       120

     120       130       140       150       160       170         
pF1KSD AAKASESSSSEESSDDDDEEDQKKQPVQKGVKPQAKAAKAPPKKAKSSDSDSDSSSEDEP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AAKASESSSSEESSDDDDEEDQKKQPVQKGVKPQAKAAKAPPKKAKSSDSDSDSSSEDEP
              130       140       150       160       170       180

     180       190       200       210       220       230         
pF1KSD PKNQKPKITPVTVKAQTKAPPKPARAAPKIANGKAASSSSSSSSSSSSDDSEEEKAAATP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PKNQKPKITPVTVKAQTKAPPKPARAAPKIANGKAASSSSSSSSSSSSDDSEEEKAAATP
              190       200       210       220       230       240

     240       250       260       270       280       290         
pF1KSD KKVWTITSVRAETVPKKQVVAKAPVKAATTPTRKSSSSEDSSSDEEEEQKKPMKNKPGPY
       ::          ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KK----------TVPKKQVVAKAPVKAATTPTRKSSSSEDSSSDEEEEQKKPMKNKPGPY
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pF1KSD SSVPPPSAPPPKKSLGTQPPKKAVEKQQPVESSEDSSDESDSSSEEEKKPPTKAVVSKAT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SSVPPPSAPPPKKSLGTQPPKKAVEKQQPVESSEDSSDESDSSSEEEKKPPTKAVVSKAT
              300       310       320       330       340       350

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pF1KSD TKPPPAKKAAESSSDSSDSDSSEDDEAPSKPAGTTKNSSNKPAVTTKSPAVKPAAAPKQP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TKPPPAKKAAESSSDSSDSDSSEDDEAPSKPAGTTKNSSNKPAVTTKSPAVKPAAAPKQP
              360       370       380       390       400       410

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pF1KSD VGGGQKLLTRKADSSSSEEESSSSEEEKTKKMVATTKPKATAKAALPLPAKQAPQGSRDS
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::
NP_001 VGGGQKLLTRKADSSSSEEESSSSEEEKTKKMVATTKPKATAKAALSLPAKQAPQGSRDS
              420       430       440       450       460       470

     480       490       500       510       520       530         
pF1KSD SSDSDSSSSEEEEEKTSKSAVKKKPQKVAGGAAPSKPASAKKGKAESSNSSSSDDSSEEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SSDSDSSSSEEEEEKTSKSAVKKKPQKVAGGAAPSKPASAKKGKAESSNSSSSDDSSEEE
              480       490       500       510       520       530

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pF1KSD EEKLKGKGSPRPQAPKANGTSALTAQNGKAAKNSEEEEEEKKKAAVVVSKSGSLKKRKQN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EEKLKGKGSPRPQAPKANGTSALTAQNGKAAKNSEEEEEEKKKAAVVVSKSGSLKKRKQN
              540       550       560       570       580       590

     600       610       620       630       640       650         
pF1KSD EAAKEAETPQAKKIKLQTPNTFPKRKKGEKRASSPFRRVREEEIEVDSRVADNSFDAKRG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EAAKEAETPQAKKIKLQTPNTFPKRKKGEKRASSPFRRVREEEIEVDSRVADNSFDAKRG
              600       610       620       630       640       650

     660       670       680       690       700         
pF1KSD AAGDWGERANQVLKFTKGKSFRHEKTKKKRGSYRGGSISVQVNSIKFDSE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AAGDWGERANQVLKFTKGKSFRHEKTKKKRGSYRGGSISVQVNSIKFDSE
              660       670       680       690       700

>>XP_016855522 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/arginine  (791 aa)
 initn: 204 init1:  98 opt: 400  Z-score: 180.6  bits: 44.1 E(85289): 0.0025
Smith-Waterman score: 409; 21.6% identity (51.3% similar) in 587 aa overlap (64-626:222-757)

            40        50        60        70        80           90
pF1KSD FAKATGATQQDANASSLLDIYSFWLKSAKVPERKLQANGPVAKKAKKKAS---SSDSEDS
                                     : :. .. .:: .. ...::   ::.: .:
XP_016 RSRSYSPRRRPSPRRRPSPRRRTPPRRMPPPPRHRRSRSPVRRRRRSSASLSGSSSSSSS
             200       210       220       230       240       250 

              100       110       120       130       140       150
pF1KSD SEEEEEVQGPPAKKAAVPAKRVGLPPGKAAAKASESSSSEESSDDDDEEDQKKQPVQKGV
       :. .   . :: . .. : :   : :. .  .  .  :   .     .  ..  : :.. 
XP_016 SRSRSPPKKPPKRTSSPPRKTRRLSPSASPPRRRHRPSPPATPPP--KTRHSPTPQQSNR
             260       270       280       290         300         

              160       170       180       190       200       210
pF1KSD KPQAKAAKAPPKKAKSSDSDSDSSSEDEPPKNQKPKITPVTVKAQTKAPPKPARAAPKIA
         ..... .: . . .  . . . ... :    ::. . .. . . :.    :  . .  
XP_016 TRKSRVSVSPGRTSGKVTKHKGTEKRESPSPAPKPRKVELSESEEDKGGKMAAADSVQQR
     310       320       330       340       350       360         

              220       230       240       250       260          
pF1KSD NGKAASSSSSSSSSSSSDDSEEEKAAATPKKVWTITSVRAETVPKKQVVAKAPVKAAT-T
            ....:::.:.::..::.:.    ::.    . :.   : ...   ..: ..:. .
XP_016 RQYRRQNQQSSSDSGSSSSSEDER----PKR----SHVKNGEVGRRR--RHSPSRSASPS
     370       380       390               400         410         

     270       280       290       300            310       320    
pF1KSD PTRKSSSSEDSSSDEEEEQKKPMKNKPGPYSSVPPPS-----APPPKKSLGTQPPKKAVE
       : .... .   .  ..  .  : . . .: : .:::      .:::..   . ::..   
XP_016 PRKRQKETSPRGRRRRSPSPPPTRRRRSP-SPAPPPRRRRTPTPPPRRRTPSPPPRRRSP
     420       430       440        450       460       470        

              330       340       350       360       370       380
pF1KSD KQQ----PVESSEDSSDESDSSSEEEKKPPTKAVVSKATTKPPPAKKAAESSSDSSDSDS
       . .    :..   . :      .     :: .    .:. .::: .....:   .. :. 
XP_016 SPRRYSPPIQRRYSPSPPPKRRTASPPPPPKR----RASPSPPPKRRVSHSPPPKQRSSP
      480       490       500       510           520       530    

              390        400       410           420       430     
pF1KSD SEDDEAPSKPAGTTKNSS-NKPAVTTKSPAVK----PAAAPKQPVGGGQKLLTRKADSSS
           ..::  .   :.:: .. .  ..::  .    :.  :. :  ...   .:.. :::
XP_016 VTKRRSPSLSSKHRKGSSPSRSTREARSPQPNKRHSPSPRPRAPQTSSSPPPVRRGASSS
          540       550       560       570       580       590    

         440       450        460       470       480       490    
pF1KSD SEEESSSSEEEKTKKMVATT-KPKATAKAALPLPAKQAPQGSRDSSSDSDSSSSEEEEEK
        ....: :   .  . :. : .::   ::: :     .::. :  ::. . :.: :    
XP_016 PQRRQSPSPSTRPIRRVSRTPEPKKIKKAASP-----SPQSVRRVSSSRSVSGSPEP---
          600       610       620            630       640         

          500       510       520       530       540       550    
pF1KSD TSKSAVKKKPQKVAGGAAPSKPASAKKGKAESSNSSSSDDSSEEEEEKLKGKGSPRPQAP
           :.:: :       :: .:..        :.: :.. :     .: :.  .: :. :
XP_016 ----AAKKPP-------APPSPVQ--------SQSPSTNWSPAVPVKKAKSP-TPSPSPP
            650                      660       670        680      

          560       570       580       590       600       610    
pF1KSD KANGTSALTAQNGKAAKNSEEEEEEKKKAAVVVSKSGSLKKRKQNEAAKEAETPQA----
       .       . :.: . :.........::     ...   :..    ::  : :: :    
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           ..::  .   :.:: .. .  ..::  .    :.  :. :  ...   .:.. :::
XP_016 VTKRRSPSLSSKHRKGSSPSRSTREARSPQPNKRHSPSPRPRAPQTSSSPPPVRRGASSS
      610       620       630       640       650       660        

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pF1KSD SEEESSSSEEEKTKKMVATT-KPKATAKAALPLPAKQAPQGSRDSSSDSDSSSSEEEEEK
        ....: :   .  . :. : .::   ::: :     .::. :  ::. . :.: :    
XP_016 PQRRQSPSPSTRPIRRVSRTPEPKKIKKAASP-----SPQSVRRVSSSRSVSGSPEP---
      670       680       690       700            710       720   

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pF1KSD TSKSAVKKKPQKVAGGAAPSKPASAKKGKAESSNSSSSDDSSEEEEEKLKGKGSPRPQAP
           :.:: :       :: .:..        :.: :.. :     .: :.  .: :. :
XP_016 ----AAKKPP-------APPSPVQ--------SQSPSTNWSPAVPVKKAKSP-TPSPSPP
                         730               740       750        760

          560       570       580       590       600       610    
pF1KSD KANGTSALTAQNGKAAKNSEEEEEEKKKAAVVVSKSGSLKKRKQNEAAKEAETPQA----
       .       . :.: . :.........::     ...   :..    ::  : :: :    
XP_016 RN------SDQEGGGKKKKKKKDKKHKKDKKHKKHKKHKKEKAVAAAAAAAVTPAAIAAA
                    770       780       790       800       810    

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pF1KSD -KKIKLQTPNTFPKRKKGEKRASSPFRRVREEEIEVDSRVADNSFDAKRGAAGDWGERAN
          .  . : . :. ::                                           
XP_016 TTTLAQEEPVAAPEPKKETESEAEDNLDDLEKHLREKALRSMRKAQVSPQS         
          820       830       840       850       860              

>>NP_005830 (OMIM: 605975) serine/arginine repetitive ma  (904 aa)
 initn: 204 init1:  98 opt: 400  Z-score: 179.7  bits: 44.1 E(85289): 0.0029
Smith-Waterman score: 409; 21.6% identity (51.3% similar) in 587 aa overlap (64-626:335-870)

            40        50        60        70        80           90
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                                     : :. .. .:: .. ...::   ::.: .:
NP_005 RSRSYSPRRRPSPRRRPSPRRRTPPRRMPPPPRHRRSRSPVRRRRRSSASLSGSSSSSSS
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pF1KSD SEEEEEVQGPPAKKAAVPAKRVGLPPGKAAAKASESSSSEESSDDDDEEDQKKQPVQKGV
       :. .   . :: . .. : :   : :. .  .  .  :   .     .  ..  : :.. 
NP_005 SRSRSPPKKPPKRTSSPPRKTRRLSPSASPPRRRHRPSPPATPPP--KTRHSPTPQQSNR
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pF1KSD KPQAKAAKAPPKKAKSSDSDSDSSSEDEPPKNQKPKITPVTVKAQTKAPPKPARAAPKIA
         ..... .: . . .  . . . ... :    ::. . .. . . :.    :  . .  
NP_005 TRKSRVSVSPGRTSGKVTKHKGTEKRESPSPAPKPRKVELSESEEDKGGKMAAADSVQQR
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pF1KSD NGKAASSSSSSSSSSSSDDSEEEKAAATPKKVWTITSVRAETVPKKQVVAKAPVKAAT-T
            ....:::.:.::..::.:.    ::.    . :.   : ...   ..: ..:. .
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pF1KSD PTRKSSSSEDSSSDEEEEQKKPMKNKPGPYSSVPPPS-----APPPKKSLGTQPPKKAVE
       : .... .   .  ..  .  : . . .: : .:::      .:::..   . ::..   
NP_005 PRKRQKETSPRGRRRRSPSPPPTRRRRSP-SPAPPPRRRRTPTPPPRRRTPSPPPRRRSP
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pF1KSD KQQ----PVESSEDSSDESDSSSEEEKKPPTKAVVSKATTKPPPAKKAAESSSDSSDSDS
       . .    :..   . :      .     :: .    .:. .::: .....:   .. :. 
NP_005 SPRRYSPPIQRRYSPSPPPKRRTASPPPPPKR----RASPSPPPKRRVSHSPPPKQRSSP
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pF1KSD SEDDEAPSKPAGTTKNSS-NKPAVTTKSPAVK----PAAAPKQPVGGGQKLLTRKADSSS
           ..::  .   :.:: .. .  ..::  .    :.  :. :  ...   .:.. :::
NP_005 VTKRRSPSLSSKHRKGSSPSRSTREARSPQPNKRHSPSPRPRAPQTSSSPPPVRRGASSS
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pF1KSD SEEESSSSEEEKTKKMVATT-KPKATAKAALPLPAKQAPQGSRDSSSDSDSSSSEEEEEK
        ....: :   .  . :. : .::   ::: :     .::. :  ::. . :.: :    
NP_005 PQRRQSPSPSTRPIRRVSRTPEPKKIKKAASP-----SPQSVRRVSSSRSVSGSPEP---
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pF1KSD TSKSAVKKKPQKVAGGAAPSKPASAKKGKAESSNSSSSDDSSEEEEEKLKGKGSPRPQAP
           :.:: :       :: .:..        :.: :.. :     .: :.  .: :. :
NP_005 ----AAKKPP-------APPSPVQ--------SQSPSTNWSPAVPVKKAKSP-TPSPSPP
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       .       . :.: . :.........::     ...   :..    ::  : :: :    
NP_005 RN------SDQEGGGKKKKKKKDKKHKKDKKHKKHKKHKKEKAVAAAAAAAVTPAAIAAA
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pF1KSD -KKIKLQTPNTFPKRKKGEKRASSPFRRVREEEIEVDSRVADNSFDAKRGAAGDWGERAN
          .  . : . :. ::                                           
NP_005 TTTLAQEEPVAAPEPKKETESEAEDNLDDLEKHLREKALRSMRKAQVSPQS         
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>>XP_016855516 (OMIM: 605975) PREDICTED: serine/arginine  (820 aa)
 initn: 204 init1:  98 opt: 394  Z-score: 178.0  bits: 43.7 E(85289): 0.0035
Smith-Waterman score: 403; 21.6% identity (51.4% similar) in 587 aa overlap (64-626:252-786)

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pF1KSD FAKATGATQQDANASSLLDIYSFWLKSAKVPERKLQANGPVAKKAKKKAS---SSDSEDS
                                     : :. .. .:: .. ...::   ::.: .:
XP_016 RSRSYSPRRRPSPRRRPSPRRRTPPRRMPPPPRHRRSRSPVRRRRRSSASLSGSSSSSSS
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pF1KSD SEEEEEVQGPPAKKAAVPAKRVGLPPGKAAAKASESSSSEESSDDDDEEDQKKQPVQKGV
       :. .   . :: . .. : :   : :. .  .  .  :   .     .  ..  : :.. 
XP_016 SRSRSPPKKPPKRTSSPPRKTRRLSPSASPPRRRHRPSPPATPPP--KTRHSPTPQQSNR
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pF1KSD KPQAKAAKAPPKKAKSSDSDSDSSSEDEPPKNQKPKITPVTVKAQTKAPPKPARAAPKIA
         ..... .: . . .  . . . ... :    ::. . .. ... :.    :  . .  
XP_016 TRKSRVSVSPGRTSGKVTKHKGTEKRESPSPAPKPRKVELS-ESEDKGGKMAAADSVQQR
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pF1KSD NGKAASSSSSSSSSSSSDDSEEEKAAATPKKVWTITSVRAETVPKKQVVAKAPVKAAT-T
            ....:::.:.::..::.:.    ::.    . :.   : ...   ..: ..:. .
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pF1KSD PTRKSSSSEDSSSDEEEEQKKPMKNKPGPYSSVPPPS-----APPPKKSLGTQPPKKAVE
       : .... .   .  ..  .  : . . .: : .:::      .:::..   . ::..   
XP_016 PRKRQKETSPRGRRRRSPSPPPTRRRRSP-SPAPPPRRRRTPTPPPRRRTPSPPPRRRSP
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       . .    :..   . :      .     :: .    .:. .::: .....:   .. :. 
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pF1KSD SEDDEAPSKPAGTTKNSS-NKPAVTTKSPAVK----PAAAPKQPVGGGQKLLTRKADSSS
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XP_016 VTKRRSPSLSSKHRKGSSPSRSTREARSPQPNKRHSPSPRPRAPQTSSSPPPVRRGASSS
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pF1KSD SEEESSSSEEEKTKKMVATT-KPKATAKAALPLPAKQAPQGSRDSSSDSDSSSSEEEEEK
        ....: :   .  . :. : .::   ::: :     .::. :  ::. . :.: :    
XP_016 PQRRQSPSPSTRPIRRVSRTPEPKKIKKAASP-----SPQSVRRVSSSRSVSGSPEP---
           630       640       650            660       670        

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pF1KSD TSKSAVKKKPQKVAGGAAPSKPASAKKGKAESSNSSSSDDSSEEEEEKLKGKGSPRPQAP
           :.:: :       :: .:..        :.: :.. :     .: :.  .: :. :
XP_016 ----AAKKPP-------APPSPVQ--------SQSPSTNWSPAVPVKKAKSP-TPSPSPP
             680                      690       700        710     

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pF1KSD KANGTSALTAQNGKAAKNSEEEEEEKKKAAVVVSKSGSLKKRKQNEAAKEAETPQA----
       .       . :.: . :.........::     ...   :..    ::  : :: :    
XP_016 RN------SDQEGGGKKKKKKKDKKHKKDKKHKKHKKHKKEKAVAAAAAAAVTPAAIAAA
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pF1KSD -KKIKLQTPNTFPKRKKGEKRASSPFRRVREEEIEVDSRVADNSFDAKRGAAGDWGERAN
          .  . : . :. ::                                           
XP_016 TTTLAQEEPVAAPEPKKETESEAEDNLDDLEKHLREKALRSMRKAQVSPQS         
     770       780       790       800       810       820         




709 residues in 1 query   sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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