Result of FASTA (ccds) for pF1KSDA0017
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA0017, 1217 aa
  1>>>pF1KSDA0017 1217 - 1217 aa - 1217 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7221+/-0.00114; mu= 19.3611+/- 0.069
 mean_var=58.7368+/-11.517, 0's: 0 Z-trim(100.9): 38  B-trim: 0 in 0/48
 Lambda= 0.167347
 statistics sampled from 6302 (6307) to 6302 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.544), E-opt: 0.2 (0.194), width:  16
 Scan time:  4.830

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS10894.1 SF3B3 gene_id:23450|Hs108|chr16        (1217) 8032 1948.4       0
CCDS31576.1 DDB1 gene_id:1642|Hs108|chr11          (1140)  367 97.8 1.6e-19


>>CCDS10894.1 SF3B3 gene_id:23450|Hs108|chr16             (1217 aa)
 initn: 8032 init1: 8032 opt: 8032  Z-score: 10464.7  bits: 1948.4 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 8032; 100.0% identity (100.0% similar) in 1217 aa overlap (1-1217:1-1217)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MFLYNLTLQRATGISFAIHGNFSGTKQQEIVVSRGKILELLRPDPNTGKVHTLLTVEVFG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MFLYNLTLQRATGISFAIHGNFSGTKQQEIVVSRGKILELLRPDPNTGKVHTLLTVEVFG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD VIRSLMAFRLTGGTKDYIVVGSDSGRIVILEYQPSKNMFEKIHQETFGKSGCRRIVPGQF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VIRSLMAFRLTGGTKDYIVVGSDSGRIVILEYQPSKNMFEKIHQETFGKSGCRRIVPGQF
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD LAVDPKGRAVMISAIEKQKLVYILNRDAAARLTISSPLEAHKANTLVYHVVGVDVGFENP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LAVDPKGRAVMISAIEKQKLVYILNRDAAARLTISSPLEAHKANTLVYHVVGVDVGFENP
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD MFACLEMDYEEADNDPTGEAAANTQQTLTFYELDLGLNHVVRKYSEPLEEHGNFLITVPG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MFACLEMDYEEADNDPTGEAAANTQQTLTFYELDLGLNHVVRKYSEPLEEHGNFLITVPG
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD GSDGPSGVLICSENYITYKNFGDQPDIRCPIPRRRNDLDDPERGMIFVCSATHKTKSMFF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GSDGPSGVLICSENYITYKNFGDQPDIRCPIPRRRNDLDDPERGMIFVCSATHKTKSMFF
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD FLAQTEQGDIFKITLETDEDMVTEIRLKYFDTVPVAAAMCVLKTGFLFVASEFGNHYLYQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 FLAQTEQGDIFKITLETDEDMVTEIRLKYFDTVPVAAAMCVLKTGFLFVASEFGNHYLYQ
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD IAHLGDDDEEPEFSSAMPLEEGDTFFFQPRPLKNLVLVDELDSLSPILFCQIADLANEDT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 IAHLGDDDEEPEFSSAMPLEEGDTFFFQPRPLKNLVLVDELDSLSPILFCQIADLANEDT
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD PQLYVACGRGPRSSLRVLRHGLEVSEMAVSELPGNPNAVWTVRRHIEDEFDAYIIVSFVN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PQLYVACGRGPRSSLRVLRHGLEVSEMAVSELPGNPNAVWTVRRHIEDEFDAYIIVSFVN
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD ATLVLSIGETVEEVTDSGFLGTTPTLSCSLLGDDALVQVYPDGIRHIRADKRVNEWKTPG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ATLVLSIGETVEEVTDSGFLGTTPTLSCSLLGDDALVQVYPDGIRHIRADKRVNEWKTPG
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD KKTIVKCAVNQRQVVIALTGGELVYFEMDPSGQLNEYTERKEMSADVVCMSLANVPPGEQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 KKTIVKCAVNQRQVVIALTGGELVYFEMDPSGQLNEYTERKEMSADVVCMSLANVPPGEQ
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD RSRFLAVGLVDNTVRIISLDPSDCLQPLSMQALPAQPESLCIVEMGGTEKQDELGERGSI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 RSRFLAVGLVDNTVRIISLDPSDCLQPLSMQALPAQPESLCIVEMGGTEKQDELGERGSI
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD GFLYLNIGLQNGVLLRTVLDPVTGDLSDTRTRYLGSRPVKLFRVRMQGQEAVLAMSSRSW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GFLYLNIGLQNGVLLRTVLDPVTGDLSDTRTRYLGSRPVKLFRVRMQGQEAVLAMSSRSW
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD LSYSYQSRFHLTPLSYETLEFASGFASEQCPEGIVAISTNTLRILALEKLGAVFNQVAFP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LSYSYQSRFHLTPLSYETLEFASGFASEQCPEGIVAISTNTLRILALEKLGAVFNQVAFP
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KSD LQYTPRKFVIHPESNNLIIIETDHNAYTEATKAQRKQQMAEEMVEAAGEDERELAAEMAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LQYTPRKFVIHPESNNLIIIETDHNAYTEATKAQRKQQMAEEMVEAAGEDERELAAEMAA
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KSD AFLNENLPESIFGAPKAGNGQWASVIRVMNPIQGNTLDLVQLEQNEAAFSVAVCRFSNTG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 AFLNENLPESIFGAPKAGNGQWASVIRVMNPIQGNTLDLVQLEQNEAAFSVAVCRFSNTG
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KSD EDWYVLVGVAKDLILNPRSVAGGFVYTYKLVNNGEKLEFLHKTPVEEVPAAIAPFQGRVL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 EDWYVLVGVAKDLILNPRSVAGGFVYTYKLVNNGEKLEFLHKTPVEEVPAAIAPFQGRVL
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KSD IGVGKLLRVYDLGKKKLLRKCENKHIANYISGIQTIGHRVIVSDVQESFIWVRYKRNENQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 IGVGKLLRVYDLGKKKLLRKCENKHIANYISGIQTIGHRVIVSDVQESFIWVRYKRNENQ
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KSD LIIFADDTYPRWVTTASLLDYDTVAGADKFGNICVVRLPPNTNDEVDEDPTGNKALWDRG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LIIFADDTYPRWVTTASLLDYDTVAGADKFGNICVVRLPPNTNDEVDEDPTGNKALWDRG
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KSD LLNGASQKAEVIMNYHVGETVLSLQKTTLIPGGSESLVYTTLSGGIGILVPFTSHEDHDF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LLNGASQKAEVIMNYHVGETVLSLQKTTLIPGGSESLVYTTLSGGIGILVPFTSHEDHDF
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150      1160      1170      1180      1190      1200
pF1KSD FQHVEMHLRSEHPPLCGRDHLSFRSYYFPVKNVIDGDLCEQFNSMEPNKQKNVSEELDRT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 FQHVEMHLRSEHPPLCGRDHLSFRSYYFPVKNVIDGDLCEQFNSMEPNKQKNVSEELDRT
             1150      1160      1170      1180      1190      1200

             1210       
pF1KSD PPEVSKKLEDIRTRYAF
       :::::::::::::::::
CCDS10 PPEVSKKLEDIRTRYAF
             1210       

>>CCDS31576.1 DDB1 gene_id:1642|Hs108|chr11               (1140 aa)
 initn: 376 init1: 160 opt: 367  Z-score: 463.8  bits: 97.8 E(32554): 1.6e-19
Smith-Waterman score: 871; 23.5% identity (54.5% similar) in 1217 aa overlap (4-1197:5-1112)

                10        20        30        40        50         
pF1KSD  MFLYNLTLQRATGISFAIHGNFSGTKQQEIVVSRGKILELLRPDPNTGKVHTLLTVEVF
           : .: :. :...  . :.:..... .......  ::.     .   .. .  : ..
CCDS31 MSYNYVVTAQKPTAVNGCVTGHFTSAEDLNLLIAKNTRLEIYVVTAEG--LRPVKEVGMY
               10        20        30        40          50        

      60        70        80        90          100       110      
pF1KSD GVIRSLMAFRLTGGTKDYIVVGSDSGRIVILEYQPSK---NMFEKIHQETFGKSGCRRIV
       : :  .  ::  : .:: . . . .    ::::. :    ... . : ..  . : :   
CCDS31 GKIAVMELFRPKGESKDLLFILTAKYNACILEYKQSGESIDIITRAHGNVQDRIG-RPSE
       60        70        80        90       100       110        

        120       130       140       150       160       170      
pF1KSD PGQFLAVDPKGRAVMISAIEKQKLVYILNRDAAARLTISSPLEAHKANTLVYHVVGVDVG
        : .  .::. : . .   .    :  :.::       .. :.: .      ::.  :: 
CCDS31 TGIIGIIDPECRMIGLRLYDGLFKVIPLDRD-------NKELKAFNIRLEELHVI--DVK
       120       130       140              150       160          

        180       190       200       210       220       230      
pF1KSD FENPMFACLEMDYEEADNDPTGEAAANTQQTLTFYELDLGLNHVVRKYSEPLEEHGNFLI
       :   ...:       . .:: :. . . . .:   :.. :  .     .: .: .....:
CCDS31 F---LYGCQAPTICFVYQDPQGRHVKTYEVSLREKEFNKGPWK-----QENVEAEASMVI
         170       180       190       200            210       220

        240       250       260        270       280       290     
pF1KSD TVPGGSDGPSGVLICSENYITYKNFGDQP-DIRCPIPRRRNDLDDPERGMIFVCSATHKT
       .::   .  .:..: ... :::.: ::.   :  :: .. .          .::      
CCDS31 AVP---EPFGGAIIIGQESITYHN-GDKYLAIAPPIIKQST----------IVCHNRVDP
                 230       240        250                 260      

         300       310       320            330       340       350
pF1KSD KSMFFFLAQTEQGDIFKITLETDEDM---VT--EIRLKYFDTVPVAAAMCVLKTGFLFVA
       ..  ..:.. : : .: . :: .:.:   ::  ..:.. .  . .:  .  : .: .::.
CCDS31 NGSRYLLGDME-GRLFMLLLEKEEQMDGTVTLKDLRVELLGETSIAECLTYLDNGVVFVG
        270        280       290       300       310       320     

              360       370       380       390       400       410
pF1KSD SEFGNHYLYQIAHLGDDDEEPEFSSAMPLEEGDTFFFQPRPLKNLVLVDELDSLSPILFC
       :..:.  : ..    :..:.  .  ::     .::                 .:.::.  
CCDS31 SRLGDSQLVKLNV--DSNEQGSYVVAM-----ETF----------------TNLGPIVDM
         330         340       350                            360  

              420       430       440       450       460       470
pF1KSD QIADLANEDTPQLYVACGRGPRSSLRVLRHGLEVSEMAVSELPGNPNAVWTVRRHIEDEF
        ..::  .   :: .  :   ..:::..:.:. . : :  .:::  ...: .:   . : 
CCDS31 CVVDLERQGQGQLVTCSGAFKEGSLRIIRNGIGIHEHASIDLPGI-KGLWPLRSDPNRET
            370       380       390       400        410       420 

              480        490       500       510       520         
pF1KSD DAYIIVSFVNATLVLSI-GETVEEVTDSGFLGTTPTLSCSLLGDDALVQVYPDGIRHIRA
       :  ...:::. : :: . :: :::.   ::.    :. :. .. . :.:.   ..: .  
CCDS31 DDTLVLSFVGQTRVLMLNGEEVEETELMGFVDDQQTFFCGNVAHQQLIQITSASVRLVSQ
             430       440       450       460       470       480 

     530         540       550       560       570       580       
pF1KSD DKR--VNEWKTPGKKTIVKCAVNQRQVVIALTGGELVYFEMDPSGQLNEYTERKEMSADV
       . .  :.::: :  :.:   . :. :::.:. :  : :... :. .: . ..  ::  .:
CCDS31 EPKALVSEWKEPQAKNISVASCNSSQVVVAV-GRALYYLQIHPQ-ELRQISHT-EMEHEV
             490       500       510        520        530         

       590       600        610       620       630       640      
pF1KSD VCMSLANVPPGEQRSRFLAVGL-VDNTVRIISLDPSDCLQPLSMQALPAQPESLCIVEMG
       .:.... .  ..  : . :.:: .: ..::..: ::  :    : .    :.:. .. . 
CCDS31 ACLDITPLGDSNGLSPLCAIGLWTDISARILKL-PSFELLHKEMLGGEIIPRSILMTTFE
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pF1KSD GTEKQDELGERGSIGFLYLNIGLQNGVLLRTVLDPVTGDLSDTRTRYLGSRPVKLFRVRM
       ...              ::  .: .:.:.   :.  :: ::: .   ::..:. :   : 
CCDS31 SSH--------------YLLCALGDGALFYFGLNIETGLLSDRKKVTLGTQPTVLRTFRS
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        .   :.: :.:  . :: . .. .. .. . ...   . :.  :....  ...:: : .
CCDS31 LSTTNVFACSDRPTVIYSSNHKLVFSNVNLKEVNYMCPLNSDGYPDSLALANNSTLTIGT
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pF1KSD LEKLGAVFNQVAFPLQYTPRKFVIHPESNNLIIIETDHNAYTEATKAQRKQQMAEEMVEA
       ....  .  ... ::  .:::.  .  :. . .. .         ..:  .  .  .  .
CCDS31 IDEIQKLHIRTV-PLYESPRKICYQEVSQCFGVLSSR-------IEVQDTSGGTTALRPS
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pF1KSD AGEDERELAAEMAAAFLNENLP-ESIFGAPKAGNGQWASVIRVMNPIQGNTLDLVQLEQN
       :. .    ..  .  : . . : :. ::     ..     . ...    ..:   :. ::
CCDS31 ASTQALSSSVSSSKLFSSSTAPHETSFGEEVEVHN-----LLIIDQHTFEVLHAHQFLQN
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pF1KSD EAAFSVAVCRFSNTGEDWYVLVGVAKDLILNPRSVAG--GFVYTYKLVNNGEKLEFLHKT
       : :.:.. :....   . : .::.:   .. :. .    : . ...  ..: ::. . . 
CCDS31 EYALSLVSCKLGKD-PNTYFIVGTA---MVYPEEAEPKQGRIVVFQY-SDG-KLQTVAEK
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pF1KSD PVEEVPAAIAPFQGRVLIGVGKLLRVYDLGKKKLLRKCENKHIANYIS-GIQTIGHRVIV
        :. .  ... :.:..: .... .:.:.   .: ::  : .:  : ..  ..: :  ..:
CCDS31 EVKGAVYSMVEFNGKLLASINSTVRLYEWTTEKELRT-ECNHYNNIMALYLKTKGDFILV
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pF1KSD SDVQESFIWVRYKRNENQLIIFADDTYPRWVTTASLLDYDTVAGADKFGNICVVRLPPNT
       .:...: . . ::  :...  .: :  : :.... .:: :.  ::..  :. : .   ..
CCDS31 GDLMRSVLLLAYKPMEGNFEEIARDFNPNWMSAVEILDDDNFLGAENAFNLFVCQ--KDS
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pF1KSD NDEVDEDPTGNKALWDRGLLNGASQKAEVIMNYHVGETVL-SLQKTTLIPGGSESLVYTT
          .::.    . : . ::..     .: .  .  :  :. .: .:.    ::  ... :
CCDS31 AATTDEE---RQHLQEVGLFH----LGEFVNVFCHGSLVMQNLGETSTPTQGS--VLFGT
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pF1KSD LSGGIGILVPFTSHEDHDFFQHVEMHLRSEHPPLCGRDHLSFRSYYF-----PVKNVIDG
       ..: :: ::   :.  ....  .. .: .    .   .:  .::..      :. . :::
CCDS31 VNGMIG-LVTSLSESWYNLLLDMQNRLNKVIKSVGKIEHSFWRSFHTERKTEPATGFIDG
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pF1KSD DLCEQFNSMEPNKQKNVSEELDRTPPEVSKKLEDIRTRYAF        
       :: :.: ..   :...:  .:                            
CCDS31 DLIESFLDISRPKMQEVVANLQYDDGSGMKREATADDLIKVVEELTRIH
            1100      1110      1120      1130      1140




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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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