Result of FASTA (ccds) for pF1KB6008
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB6008, 2813 aa
  1>>>pF1KB6008 2813 - 2813 aa - 2813 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0897+/-0.00137; mu= 24.8863+/- 0.083
 mean_var=177.8228+/-33.795, 0's: 0 Z-trim(107.4): 129  B-trim: 22 in 1/50
 Lambda= 0.096179
 statistics sampled from 9404 (9533) to 9404 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.618), E-opt: 0.2 (0.293), width:  16
 Scan time:  8.450

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS8539.1 VWF gene_id:7450|Hs108|chr12            (2813) 20127 2808.1       0
CCDS44513.1 MUC6 gene_id:4588|Hs108|chr11          (2439) 1968 288.3 3.5e-76
CCDS59225.2 OTOG gene_id:340990|Hs108|chr11        (2913) 1808 266.2 1.9e-69
CCDS76390.1 OTOG gene_id:340990|Hs108|chr11        (2925) 1808 266.3 1.9e-69
CCDS76369.1 MUC5AC gene_id:4586|Hs108|chr11        (5654) 1573 234.0 1.8e-59
CCDS44515.2 MUC5B gene_id:727897|Hs108|chr11       (5762) 1516 226.1 4.4e-57
CCDS47663.2 ZAN gene_id:7455|Hs108|chr7            (2721)  642 104.4 9.2e-21
CCDS47664.2 ZAN gene_id:7455|Hs108|chr7            (2812)  642 104.4 9.4e-21
CCDS5442.1 BMPER gene_id:168667|Hs108|chr7         ( 685)  587 96.0 8.1e-19
CCDS33410.2 COL6A3 gene_id:1293|Hs108|chr2         (2570)  509 85.9 3.2e-15
CCDS8434.1 TECTA gene_id:7007|Hs108|chr11          (2155)  506 85.4 3.8e-15
CCDS54439.1 COL6A3 gene_id:1293|Hs108|chr2         (1036)  465 79.3 1.3e-13
CCDS33411.2 COL6A3 gene_id:1293|Hs108|chr2         (1237)  465 79.4 1.4e-13
CCDS33409.1 COL6A3 gene_id:1293|Hs108|chr2         (2971)  465 79.9 2.4e-13
CCDS33412.1 COL6A3 gene_id:1293|Hs108|chr2         (3177)  465 80.0 2.5e-13
CCDS7589.2 VWA2 gene_id:340706|Hs108|chr10         ( 755)  394 69.2 9.9e-11


>>CCDS8539.1 VWF gene_id:7450|Hs108|chr12                 (2813 aa)
 initn: 20127 init1: 20127 opt: 20127  Z-score: 15098.0  bits: 2808.1 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 20127; 99.9% identity (100.0% similar) in 2813 aa overlap (1-2813:1-2813)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MIPARFAGVLLALALILPGTLCAEGTRGRSSTARCSLFGSDFVNTFDGSMYSFAGYCSYL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 MIPARFAGVLLALALILPGTLCAEGTRGRSSTARCSLFGSDFVNTFDGSMYSFAGYCSYL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 LAGGCQKRSFSIIGDFQNGKRVSLSVYLGEFFDIHLFVNGTVTQGDQRVSMPYASKGLYL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 LAGGCQKRSFSIIGDFQNGKRVSLSVYLGEFFDIHLFVNGTVTQGDQRVSMPYASKGLYL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 ETEAGYYKLSGEAYGFVARIDGSGNFQVLLSDRYFNKTCGLCGNFNIFAEDDFMTQEGTL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 ETEAGYYKLSGEAYGFVARIDGSGNFQVLLSDRYFNKTCGLCGNFNIFAEDDFMTQEGTL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 TSDPYDFANSWALSSGEQWCERASPPSSSCNISSGEMQKGLWEQCQLLKSTSVFARCHPL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 TSDPYDFANSWALSSGEQWCERASPPSSSCNISSGEMQKGLWEQCQLLKSTSVFARCHPL
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 VDPEPFVALCEKTLCECAGGLECACPALLEYARTCAQEGMVLYGWTDHSACSPVCPAGME
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 VDPEPFVALCEKTLCECAGGLECACPALLEYARTCAQEGMVLYGWTDHSACSPVCPAGME
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB6 YRQCVSPCARTCQSLHINEMCQERCVDGCSCPEGQLLDEGLCVESTECPCVHSGKRYPPG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 YRQCVSPCARTCQSLHINEMCQERCVDGCSCPEGQLLDEGLCVESTECPCVHSGKRYPPG
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB6 TSLSRDCNTCICRNSQWICSNEECPGECLVTGQSHFKSFDNRYFTFSGICQYLLARDCQD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 TSLSRDCNTCICRNSQWICSNEECPGECLVTGQSHFKSFDNRYFTFSGICQYLLARDCQD
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB6 HSFSIVIETVQCADDRDAVCTRSVTVRLPGLHNSLVKLKHGAGVAMDGQDVQLPLLKGDL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 HSFSIVIETVQCADDRDAVCTRSVTVRLPGLHNSLVKLKHGAGVAMDGQDVQLPLLKGDL
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB6 RIQRTVTASVRLSYGEDLQMDWDGRGRLLVKLSPVYAGKTCGLCGNYNGNQGDDFLTPSG
       :::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 RIQHTVTASVRLSYGEDLQMDWDGRGRLLVKLSPVYAGKTCGLCGNYNGNQGDDFLTPSG
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB6 LAEPRVEDFGNAWKLHGDCQDLQKQHSDPCALNPRMTRFSEEACAVLTSPTFEACHRAVS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 LAEPRVEDFGNAWKLHGDCQDLQKQHSDPCALNPRMTRFSEEACAVLTSPTFEACHRAVS
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB6 PLPYLRNCRYDVCSCSDGRECLCGALASYAAACAGRGVRVAWREPGRCELNCPKGQVYLQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 PLPYLRNCRYDVCSCSDGRECLCGALASYAAACAGRGVRVAWREPGRCELNCPKGQVYLQ
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB6 CGTPCNLTCRSLSYPDEECNEACLEGCFCPPGLYMDERGDCVPKAQCPCYYDGEIFQPED
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 CGTPCNLTCRSLSYPDEECNEACLEGCFCPPGLYMDERGDCVPKAQCPCYYDGEIFQPED
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB6 IFSDHHTMCYCEDGFMHCTMSGVPGSLLPDAVLSSPLSHRSKRSLSCRPPMVKLVCPADN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 IFSDHHTMCYCEDGFMHCTMSGVPGSLLPDAVLSSPLSHRSKRSLSCRPPMVKLVCPADN
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB6 LRAEGLECTKTCQNYDLECMSMGCVSGCLCPPGMVRHENRCVALERCPCFHQGKEYAPGE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 LRAEGLECTKTCQNYDLECMSMGCVSGCLCPPGMVRHENRCVALERCPCFHQGKEYAPGE
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB6 TVKIGCNTCVCRDRKWNCTDHVCDATCSTIGMAHYLTFDGLKYLFPGECQYVLVQDYCGS
       :::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 TVKIGCNTCVCQDRKWNCTDHVCDATCSTIGMAHYLTFDGLKYLFPGECQYVLVQDYCGS
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KB6 NPGTFRILVGNKGCSHPSVKCKKRVTILVEGGEIELFDGEVNVKRPMKDETHFEVVESGR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 NPGTFRILVGNKGCSHPSVKCKKRVTILVEGGEIELFDGEVNVKRPMKDETHFEVVESGR
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KB6 YIILLLGKALSVVWDRHLSISVVLKQTYQEKVCGLCGNFDGIQNNDLTSSNLQVEEDPVD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 YIILLLGKALSVVWDRHLSISVVLKQTYQEKVCGLCGNFDGIQNNDLTSSNLQVEEDPVD
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KB6 FGNSWKVSSQCADTRKVPLDSSPATCHNNIMKQTMVDSSCRILTSDVFQDCNKLVDPEPY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 FGNSWKVSSQCADTRKVPLDSSPATCHNNIMKQTMVDSSCRILTSDVFQDCNKLVDPEPY
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KB6 LDVCIYDTCSCESIGDCACFCDTIAAYAHVCAQHGKVVTWRTATLCPQSCEERNLRENGY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 LDVCIYDTCSCESIGDCACFCDTIAAYAHVCAQHGKVVTWRTATLCPQSCEERNLRENGY
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150      1160      1170      1180      1190      1200
pF1KB6 ECEWRYNSCAPACQVTCQHPEPLACPVQCVEGCHAHCPPGKILDELLQTCVDPEDCPVCE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 ECEWRYNSCAPACQVTCQHPEPLACPVQCVEGCHAHCPPGKILDELLQTCVDPEDCPVCE
             1150      1160      1170      1180      1190      1200

             1210      1220      1230      1240      1250      1260
pF1KB6 VAGRRFASGKKVTLNPSDPEHCQICHCDVVNLTCEACQEPGGLVVPPTDAPVSPTTLYVE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 VAGRRFASGKKVTLNPSDPEHCQICHCDVVNLTCEACQEPGGLVVPPTDAPVSPTTLYVE
             1210      1220      1230      1240      1250      1260

             1270      1280      1290      1300      1310      1320
pF1KB6 DISEPPLHDFYCSRLLDLVFLLDGSSRLSEAEFEVLKAFVVDMMERLRISQKWVRVAVVE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 DISEPPLHDFYCSRLLDLVFLLDGSSRLSEAEFEVLKAFVVDMMERLRISQKWVRVAVVE
             1270      1280      1290      1300      1310      1320

             1330      1340      1350      1360      1370      1380
pF1KB6 YHDGSHAYIGLKDRKRPSELRRIASQVKYAGSQVASTSEVLKYTLFQIFSKIDRPEASRI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 YHDGSHAYIGLKDRKRPSELRRIASQVKYAGSQVASTSEVLKYTLFQIFSKIDRPEASRI
             1330      1340      1350      1360      1370      1380

             1390      1400      1410      1420      1430      1440
pF1KB6 ALLLMASQEPQRMSRNFVRYVQGLKKKKVIVIPVGIGPHANLKQIRLIEKQAPENKAFVL
       .:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 TLLLMASQEPQRMSRNFVRYVQGLKKKKVIVIPVGIGPHANLKQIRLIEKQAPENKAFVL
             1390      1400      1410      1420      1430      1440

             1450      1460      1470      1480      1490      1500
pF1KB6 SSVDELEQQRDEIVSYLCDLAPEAPPPTLPPHMAQVTVGPGLLGVSTLGPKRNSMVLDVA
       ::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 SSVDELEQQRDEIVSYLCDLAPEAPPPTLPPDMAQVTVGPGLLGVSTLGPKRNSMVLDVA
             1450      1460      1470      1480      1490      1500

             1510      1520      1530      1540      1550      1560
pF1KB6 FVLEGSDKIGEADFNRSKEFMEEVIQRMDVGQDSIHVTVLQYSYMVTVEYPFSEAQSKGD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 FVLEGSDKIGEADFNRSKEFMEEVIQRMDVGQDSIHVTVLQYSYMVTVEYPFSEAQSKGD
             1510      1520      1530      1540      1550      1560

             1570      1580      1590      1600      1610      1620
pF1KB6 ILQRVREIRYQGGNRTNTGLALRYLSDHSFLVSQGDREQAPNLVYMVTGNPASDEIKRLP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 ILQRVREIRYQGGNRTNTGLALRYLSDHSFLVSQGDREQAPNLVYMVTGNPASDEIKRLP
             1570      1580      1590      1600      1610      1620

             1630      1640      1650      1660      1670      1680
pF1KB6 GDIQVVPIGVGPNANVQELERIGWPNAPILIQDFETLPREAPDLVLQRCCSGEGLQIPTL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 GDIQVVPIGVGPNANVQELERIGWPNAPILIQDFETLPREAPDLVLQRCCSGEGLQIPTL
             1630      1640      1650      1660      1670      1680

             1690      1700      1710      1720      1730      1740
pF1KB6 SPAPDCSQPLDVILLLDGSSSFPASYFDEMKSFAKAFISKANIGPRLTQVSVLQYGSITT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS85 SPAPDCSQPLDVILLLDGSSSFPASYFDEMKSFAKAFISKANIGPRLTQVSVLQYGSITT
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CCDS44 NGEAKWLPYKTRNITVFRQTSTHLQMATSFGLELVVQLRPIFQAYVTVGPQFRGQTRGLC
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CCDS44 SMLLRTGTVFERCHATVNPAPFYKRCVYQACNYEETFPHICAALGDYVHACSLRGVLLWG
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CCDS44 WRSSVDNCTIPCTGNTTFSYNSQACERTCLSLSDRATECHHSAVPVDGCNCPDGTYLNQK
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CCDS44 GECVRKAQCPCILEGYKF----ILAEQSTVINGITCHCINGRLSCPQR-------PQMFL
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pF1KB6 SSPLSHRSKRSLSCRPPMVKLVCPADNLRAEGLECTKTCQNY--DLECMSMGCVSGCLCP
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CCDS44 AS-----------CQAPKTFKSCSQSSENKFGAACAPTCQMLATGVACVPTKCEPGCVCA
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pF1KB6 PGMVRH-ENRCVALERCPCFHQGKEYAPGETVKIGCNTCVCRDRKWNCTDHV-CDATCST
        :. .. ...::  :.:::  .:  :  :  ..  : :: :   .: : . . : .::. 
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CCDS76 -IAEQDCVRHICL-EGQLIRVNQSQHCPQGAAPPRCGILGLAVRVGGDRCCPLWECACRC
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CCDS44 TYSPGTSFNTTCSSCTCSGGLWQCQDLPCPGTCSVQGGAHISTYDEKLYDLHGDCSYVLS
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       . : : ::... :  .:.   .  : ..::. : :  .. ....  .:: ...  .::::
CCDS44 KKCADSSFTVLAELRKCGLTDNENCLKAVTLSLDG-GDTAIRVQADGGVFLNSIYTQLPL
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CCDS44 SAANITLFTPSSFFIVVQTGLGLQLLVQLVPLMQVFVRLDPAHQGQMCGLCGNFNQNQAD
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       :: . ::..:     :.:.:: .. : . ...  :::.:. .   .... :. ::.:.  
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       :  ::  ..: :.  :: .:.:.:  ...:::.::.::. :::..::... ::. : :  
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CCDS44 ECPCYAHGTVLAPGEVVHDEGAVCSCTGGKLSCL-----GASL-------------QKST
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CCDS44 GCAAPMVYLDCSNSSAGTPGAECLRSCHTLDVGCFSTHCVSGCVCPPGLVSDGSGGCIAE
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pF1KB6 ERCPCFHQGKEYAPGETVKIGCNTCVCRDRKWNCTDHVCDATCSTIGMAHYLTFDGLKYL
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CCDS44 FEGSCEYILAQDYCGDNTTHGTFRIVTENIPCGTTGTTCSKAIKLFVESYELILQEGTFK
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CCDS44 AVARGPGGDPPYKIRYMGIFLVIET-HGMAVSWDRKTSVFIRLHQDYKGRVCGLCGNFDD
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pF1KB6 IQNNDLTSSNLQVEEDPVDFGNSWKVSSQCADTRKVPLDSSPATCHNNIMKQTMVDSSCR
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CCDS44 NAINDFATRSRSVVGDALEFGNSWKLSPSCPDAL-APKD--P--CTANPFRKSWAQKQCS
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CCDS44 ILHGPTFAACRSQVDSTKYYEACVNDACACDSGGDCECFCTAVAAYAQACHDAGLCVSWR
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CCDS44 SQPFFNEDQMKCV--AQCGCYDKDGNYYDVGARV---PT-AENCQSCNCTPSGIQCAHSL
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CCDS44 EACTCTYEDRTYSYQDVIYNTTDGLGACLIAICGSNGTIIRKAVACPGTPATTPFTFTTA
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       :.  :.: :.:   :: . :.  .         : . : :    :         .:  . 
CCDS44 TQEEGDCCPTFR--CRPQLCSYNGTFYGVGATFPGALPCHMCTCLSGDTQDPTVQCQEDA
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CCDS44 CNNT-TCPQGFEYKRVAGQCCGECVQTACLTPDGQPVQLNETWVNSHV--DNCTVYLC-E
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CCDS44 AEGGVH-LLTPQPASCPDVSSCRGS----LRKTGCCYSCEEDSCQV-----RINTTILWH
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       . : .     . :  . :    . . :.  .:.. .: : .      ::. ::.:  .  
CCDS44 Q-GCETEVNITFCE-GSCPGASKYSAEAQAMQHQCTCCQERRVHEETVPLHCPNGSAILH
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pF1KB6 ---SCKTSACCPSCRCERMEACMLNGTVIGPGKTVMIDVCTTCRCMVQVGVISGFKLECR
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CCDS44 TYTHVDECGCTPFCVPAPMAPPHTRGFPAQEATAV                         
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>>CCDS47663.2 ZAN gene_id:7455|Hs108|chr7                 (2721 aa)
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       : :.:.::  : . .   : . .  . :. . :: :: ::.    .   ...:  :  : 
CCDS47 GKCTYILAQPCGNSTDPFFRVTAKNEEQGQEGVSCLSKVYVTLPESTVTLLKGRRTLVGG
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       :.:..:   :::..: . . . .:. : .:. .: ::. .. : .:. : .: ::::::.
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       .  ...: .  .:. ..:  ...:::  .. : : :.. .  .: ::. :    ..:   
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         .:. . . :  :   :    :   :   .:   :  .  :  .  .. :: . : .. 
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        : .   :  .:: . .:  :..::  ::.:   . .:..:::..: :  : .:.   :.
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         ..: :.: .:. .  :    .  :.  :.:      : . : :  .:  :.       
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              : ..:. :. .::.    : : : :.:.: : ..: .  . .    ..: .. 
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            ..: : .  :  ::..   :  : ..:. : ::.  .. :.   ..... : : .
CCDS47 EVSYIKAVHVTVFDLSISLLR---GCKVMLNGHRVALPVWLAQGRVTIRLSSNLVLLYTN
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         ::. .::   . : .   :.:. ::::::::.:. :: : :.        ..: ::::
CCDS47 FGLQVRYDGSHLVEVTVPSSYGGQLCGLCGNYNNNSLDDNLRPDRKLAGDSMQLGAAWKL
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         . .    :   . . :  :  :.   .. ::.: .:   :  ::..: :   . .: .
CCDS47 PESSEPGCFLVGGKPSSCQENS-MADAWNKNCAILINPQGPFSQCHQVVPPQSSFASCVH
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         :. .     :: .: .::. ::  :   :::.   : . :: :. :  :..::  :: 
CCDS47 GQCGTKGDTTALCRSLQAYASLCAQAGQAPAWRNRTFCPMRCPPGSSYSPCSSPCPDTCS
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       :.. : ..: .:  : :.: :  :  ..  . ::: .:: :          :  ...:  
CCDS47 SINNP-RDCPKALPCAESCECQKGHILSGTS-CVPLGQCGC---------TDPAGSYH--
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pF1KB6 CYCEDGFMHCTMSGVPGSLLPDAVLSSPLSHRSKRSLSCRPPMVKLVCPADNLRAEGLEC
                                  :...:     .:    ..:             :
CCDS47 ---------------------------PVGERWYTENTC----TRL-------------C
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pF1KB6 TKTCQNYDLECMSMGCVSGCLCPPGMVRHENRCVALERCPCFHQGKEYAPGETVKIGCNT
       : . .: .. :..        : :...     : ::.    .:                 
CCDS47 TCSVHN-NITCFQ------STCKPNQI-----CWALD--GLLH-----------------
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         ::      .. :  ..:.  : .::..::: .. .:  :  :::.  :    .   :.
CCDS47 --CR------ASGV--GVCQLPGESHYVSFDGSNHSIPDACTLVLVK-VCHPAMALPFFK
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       : . ..     .   . ..: : .  ... :  :.   .: :.   :  ..     :.:.
CCDS47 ISAKHEKEEGGTEAFRLHEVYIDIYDAQVTLQKGHRVLINSKQVTLPAISQIPGVSVKSS
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         : :. .  ...: .: .  . . .  ::  ::::.::::.  ....:   . .: .. 
CCDS47 SIYSIVNIKIGVQVKFDGNHLLEIEIPTTYYGKVCGMCGNFNDEEEDELMMPSDEVANSD
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        .: ::::   .. .:    .: ...: ..  .:. .:.   ....    .:.  : . :
CCDS47 SEFVNSWKDKDIDPSCQSLLVDEQQIPAEQQENPSGNCRAADLRRAR--EKCEAALRAPV
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pF1KB6 FQDCNKLVDPEPYLDVCIYDTCSCESIGDCACFCDTIAAYAHVCAQHG-KVVTWRTATLC
       . .: . .:  :.:  :    :  :  :    .:... :.. .: ..: :   ::....:
CCDS47 WAQCASRIDLTPFLVDCANTLC--EFGGLYQALCQALQAFGATCQSQGLKPPLWRNSSFC
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pF1KB6 PQSCEERNLRENGYECEWRYNSCAPACQVTCQHPEPLACPVQCVEGCHAHCPPGKILDEL
       :  :   .   :   :     ::.:.:     . :    :  :.:::   : :: .:.: 
CCDS47 PLECPAYSSYTN---C---LPSCSPSCWDLDGRCEGAKVPSACAEGCI--CQPGYVLSE-
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        . ::   .:   .. :  .  ::.  .. .  :.: .:   ...  :   . :.:    
CCDS47 -DKCVPRSQCGCKDAHGGSIPLGKSW-VSSGCTEKC-VCTGGAIQ--CGDFRCPSGSHCQ
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pF1KB6 PTDAPVSPTTLYVEDISEPPLHDFYCSRLLDLVFLLDGSSRLSEAEFEVLKAFVVDMMER
                                                                   
CCDS47 LTSDNSNSNCVSDKSEQCSVYGDPRYLTFDGFSYRLQGRMTYVLIKTVDVLPEGVEPLLV
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CCDS47 HCRCWPGSRVECQISQCGTHTVCQLKNGQYGCHPYAGTATCLVYGDPHYVTFDGRHFGFM
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CCDS47 GKCTYILAQPCGNSTDPFFRVTAKNEEQGQEGVSCLSKVYVTLPESTVTLLKGRRTLVGG
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            ..: : .  :  ::..   :  : ..:. : ::.  .. :.   ..... : : .
CCDS47 EVSYIKAVHVTVFDLSISLLR---GCKVMLNGHRVALPVWLAQGRVTIRLSSNLVLLYTN
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         ::. .::   . : .   :.:. ::::::::.:. :: : :.        ..: ::::
CCDS47 FGLQVRYDGSHLVEVTVPSSYGGQLCGLCGNYNNNSLDDNLRPDRKLAGDSMQLGAAWKL
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         . .    :   . . :  :  :.   .. ::.: .:   :  ::..: :   . .: .
CCDS47 PESSEPGCFLVGGKPSSCQENS-MADAWNKNCAILINPQGPFSQCHQVVPPQSSFASCVH
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         :. .     :: .: .::. ::  :   :::.   : . :: :. :  :..::  :: 
CCDS47 GQCGTKGDTTALCRSLQAYASLCAQAGQAPAWRNRTFCPMRCPPGSSYSPCSSPCPDTCS
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       :.. : ..: .:  : :.: :  :  ..  . ::: .:: :          :  ...:  
CCDS47 SINNP-RDCPKALPCAESCECQKGHILSGTS-CVPLGQCGC---------TDPAGSYH--
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CCDS47 ---------------------------PVGERWYTENTC----TRL-------------C
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       : . .: .. :..        : :...     : ::.    .:                 
CCDS47 TCSVHN-NITCFQ------STCKPNQI-----CWALD--GLLH-----------------
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CCDS47 --CR------ASGV--GVCQLPGESHYVSFDGSNHSIPDACTLVLVK-VCHPAMALPFFK
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       : . ..     .   . ..: : .  ... :  :.   .: :.   :  ..     :.:.
CCDS47 ISAKHEKEEGGTEAFRLHEVYIDIYDAQVTLQKGHRVLINSKQVTLPAISQIPGVSVKSS
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pF1KB6 R-YIILLLGKALSVVWDRHLSISVVLKQTYQEKVCGLCGNFDGIQNNDLTSSNLQVEEDP
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CCDS47 SIYSIVNIKIGVQVKFDGNHLLEIEIPTTYYGKVCGMCGNFNDEEEDELMMPSDEVANSD
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        .: ::::   .. .:    .: ...: ..  .:. .:.   ....    .:.  : . :
CCDS47 SEFVNSWKDKDIDPSCQSLLVDEQQIPAEQQENPSGNCRAADLRRAR--EKCEAALRAPV
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       . .: . .:  :.:  :    :  :  :    .:... :.. .: ..: :   ::....:
CCDS47 WAQCASRIDLTPFLVDCANTLC--EFGGLYQALCQALQAFGATCQSQGLKPPLWRNSSFC
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       :  :   .   :   :     ::.:.:     . :    :  :.:::   : :: .:.: 
CCDS47 PLECPAYSSYTN---C---LPSCSPSCWDLDGRCEGAKVPSACAEGCI--CQPGYVLSE-
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        . ::   .:   .. :  .  ::.  .. .  :.: .:   ...  :   . :.:    
CCDS47 -DKCVPRSQCGCKDAHGGSIPLGKSW-VSSGCTEKC-VCTGGAIQ--CGDFRCPSGSHCQ
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pF1KB6 PTDAPVSPTTLYVEDISEPPLHDFYCSRLLDLVFLLDGSSRLSEAEFEVLKAFVVDMMER
                                                                   
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CCDS54 RVPPEDIKVCKFGNKIFQDGEMWSSINCTICACVKGRTECRNKQCIPISSCP--------
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CCDS54 -QGKILNR--KGC-CP----ICT--EKPGVCTVFGDPHYNTFDGRTFNFQGTCQYVLTKD
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       :.. .  :...... .    :.   :.:: . :    .: :.:..   :  .:. . :: 
CCDS54 CSSPASPFQVLVKN-DARRTRSFSWTKSVELVLG---ESRVSLQQHLTVRWNGSRIALPC
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           ..:.      ....    :...::: . . :  .:   :: :::::::::.. ::.
CCDS54 RAPHFHIDLD-GYLLKVTTKAGLEISWDGDSFVEVMAAPHLKGKLCGLCGNYNGHKRDDL
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pF1KB6 LTPSGLAEPRVEDFGNAWKLHGD--CQDLQKQH-SDPCALNPRMTRFSEEACAVLTSPTF
       .  .:  .  :.::...:.....  :.  :..   . :  . ..   ... :  : :  :
CCDS54 IGGDGNFKFDVDDFAESWRVESNEFCNRPQRKPVPELCQGTVKVKLRAHRECQKLKSWEF
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pF1KB6 EACHRAVSPLPYLRNCRYDVCSCSDGRECLCGALASYAAACAGRGVRVAWREPGRCE-LN
       ..:: .:.   . :.:  :.: :   ..: : .. .:. ::  .:..: :.    :   .
CCDS54 QTCHSTVDYATFYRSCVTDMCECPVHKNCYCESFLAYTRACQREGIKVHWEPQQNCAATQ
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pF1KB6 CPKGQVYLQCGTPCNLTCRSLSYPDEECNEACLEGCFCPPGLYMDERGDCVPKAQCPCYY
       : .: ::  ::  :  :: . .     ::. :. :: :: .: . ..: :.  . ::   
CCDS54 CKHGAVYDTCGPGCIKTCDNWNEIGP-CNKPCVAGCHCPANLVL-HKGRCIKPVLCPQR 
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pF1KB6 DGEIFQPEDIFSDHHTMCYCEDGFMHCTMSGVPGSLLPDAVLSSPLSHRSKRSLSCRPPM

>>CCDS33410.2 COL6A3 gene_id:1293|Hs108|chr2              (2570 aa)
 initn: 236 init1: 236 opt: 509  Z-score: 386.8  bits: 85.9 E(32554): 3.2e-15
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pF1KB6 PTDAPVSPTTLYVEDISEPPLHDFYCSRLLDLVFLLDGSSRLSEAEFEVLKAFVVDMMER
                                     :.:::::::  . .. : .:: ::  ..: 
CCDS33 LPKIGDLHPQIVNLLKSVHNGAPAPVSGEKDVVFLLDGSEGV-RSGFPLLKEFVQRVVES
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pF1KB6 LRISQKWVRVAVVEYHDGSHAYIGLKDRKRPSELRRIASQVKYAGSQVASTSEVLKYTLF
       : ..:  ::::::.: : ..  . :..    ...   . :.   :. . .:. .:...: 
CCDS33 LDVGQDRVRVAVVQYSDRTRPEFYLNSYMNKQDVVNAVRQLTLLGGPTPNTGAALEFVLR
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pF1KB6 QIF--SKIDRPEASRIALLLMASQEPQRMSRNFVRYVQGLKKKKVIVIPVGIG-PHANLK
       .:.  :  .:   .   ::.. . .    : . ::   ..  :.  ..:.:::  .:.. 
CCDS33 NILVSSAGSRITEGVPQLLIVLTAD---RSGDDVRN-PSVVVKRGGAVPIGIGIGNADIT
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pF1KB6 QIRLIEKQAPENKAFVLSSVDELEQQRDEIVSYLCDLAPEAPPPTLPPHMAQVTVGPGLL
       ... : .  :.  : .. .  .:   .. :   . .:. :      :  . :   .::  
CCDS33 EMQTI-SFIPDF-AVAIPTFRQLGTVQQVISERVTQLTREELSRLQP--VLQPLPSPG--
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pF1KB6 GVSTLGPKRNSMVLDVAFVLEGSDKIGEADFNRSKEFMEEVIQRMDVGQDSIHVTVLQYS
           .: ::     ::.:...::.. :  .:.  . ..:.... .::: :. .:.:.:.:
CCDS33 ----VGGKR-----DVVFLIDGSQSAGP-EFQYVRTLIERLVDYLDVGFDTTRVAVIQFS
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pF1KB6 YMVTVEYPFSEAQSKGDILQRVREIRYQGGNRTNTGLALRYLSDHSFLVSQGDR--EQAP
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CCDS33 DDPKVEFLLNAHSSKDEVQNAVQRLRPKGGRQINVGNALEYVSRNIFKRPLGSRIEEGVP
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pF1KB6 NLVYMVTGNPASDEIKRLPGDIQ---VVPIGVGPNANVQELERIGW-PNAPILIQDFETL
       ... ..... ..::.     ...   :.:. .. ::. .:: .:.  :.  . .. :. :
CCDS33 QFLVLISSGKSDDEVDDPAVELKQFGVAPFTIARNADQEELVKISLSPEYVFSVSTFREL
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pF1KB6 PREAPDLVLQ-RCCSGEGLQ---IPTLSPAPDC-SQPLDVILLLDGSSSFPASYFDEMKS
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CCDS33 PSLEQKLLTPITTLTSEQIQKLLASTRYPPPAVESDAADIVFLIDSSEGVRPDGFAHIRD
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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