Result of FASTA (omim) for pF1KB4919
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB4919, 1833 aa
  1>>>pF1KB4919 1833 - 1833 aa - 1833 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.2114+/-0.000519; mu= -4.6332+/- 0.033
 mean_var=648.7321+/-159.567, 0's: 0 Z-trim(121.7): 26  B-trim: 2226 in 1/55
 Lambda= 0.050355
 statistics sampled from 38775 (38801) to 38775 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.744), E-opt: 0.2 (0.455), width:  16
 Scan time: 18.940

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
XP_016866294 (OMIM: 143054,616977) PREDICTED: tran (2446) 12457 922.4       0
NP_006725 (OMIM: 143054,616977) transcription fact (2446) 12457 922.4       0
NP_001121186 (OMIM: 606649) transcription factor H (2405) 1530 128.6 7.2e-28
XP_016857483 (OMIM: 606649) PREDICTED: transcripti (2405) 1530 128.6 7.2e-28
XP_011540186 (OMIM: 606649) PREDICTED: transcripti (2406) 1528 128.5   8e-28
XP_016857481 (OMIM: 606649) PREDICTED: transcripti (2406) 1528 128.5   8e-28
NP_078779 (OMIM: 606649) transcription factor HIVE (2406) 1528 128.5   8e-28
XP_016857482 (OMIM: 606649) PREDICTED: transcripti (2406) 1528 128.5   8e-28
XP_011512857 (OMIM: 194540) PREDICTED: zinc finger (2707)  934 85.4 8.4e-15
XP_011512855 (OMIM: 194540) PREDICTED: zinc finger (2718)  934 85.4 8.4e-15
XP_011512853 (OMIM: 194540) PREDICTED: zinc finger (2718)  934 85.4 8.4e-15
NP_002105 (OMIM: 194540) zinc finger protein 40 [H (2718)  934 85.4 8.4e-15
XP_011512854 (OMIM: 194540) PREDICTED: zinc finger (2718)  934 85.4 8.4e-15
XP_011512849 (OMIM: 194540) PREDICTED: zinc finger (2727)  934 85.4 8.4e-15
XP_016866291 (OMIM: 194540) PREDICTED: zinc finger (2727)  934 85.4 8.4e-15
XP_011512852 (OMIM: 194540) PREDICTED: zinc finger (2727)  934 85.4 8.4e-15
XP_016866290 (OMIM: 194540) PREDICTED: zinc finger (2727)  934 85.4 8.4e-15
XP_016866289 (OMIM: 194540) PREDICTED: zinc finger (2727)  934 85.4 8.4e-15
XP_011512850 (OMIM: 194540) PREDICTED: zinc finger (2727)  934 85.4 8.4e-15
XP_011512851 (OMIM: 194540) PREDICTED: zinc finger (2727)  934 85.4 8.4e-15
XP_011512848 (OMIM: 194540) PREDICTED: zinc finger (2727)  934 85.4 8.4e-15
XP_011540187 (OMIM: 606649) PREDICTED: transcripti (1805)  877 81.0 1.1e-13
XP_011540189 (OMIM: 606649) PREDICTED: transcripti (1737)  875 80.9 1.2e-13
XP_011540188 (OMIM: 606649) PREDICTED: transcripti (1769)  875 80.9 1.3e-13
XP_016866292 (OMIM: 194540) PREDICTED: zinc finger (2693)  722 70.0 3.6e-10


>>XP_016866294 (OMIM: 143054,616977) PREDICTED: transcri  (2446 aa)
 initn: 12457 init1: 12457 opt: 12457  Z-score: 4911.4  bits: 922.4 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 12457; 99.9% identity (99.9% similar) in 1833 aa overlap (1-1833:614-2446)

                                             10        20        30
pF1KB4                               MLKGISSSSLKEKKLSPGDRVGYDYDVCRK
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IPPQRMLRRQAAFELPSVQEGHVEVEHHGRMLKGISSSSLKEKKLSPGDRVGYDYDVCRK
           590       600       610       620       630       640   

               40        50        60        70        80        90
pF1KB4 PYKKWEDSETPKQNYRDISCLSSLKHGGEYFMDPVVPLQGVPSMFGTTCENRKRRKEKSV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PYKKWEDSETPKQNYRDISCLSSLKHGGEYFMDPVVPLQGVPSMFGTTCENRKRRKEKSV
           650       660       670       680       690       700   

              100       110       120       130       140       150
pF1KB4 GDEEDTPMICSSIVSTPVGIMASDYDPKLQMQEGVRSGFAMAGHENLSHGHTERFDPCRP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GDEEDTPMICSSIVSTPVGIMASDYDPKLQMQEGVRSGFAMAGHENLSHGHTERFDPCRP
           710       720       730       740       750       760   

              160       170       180       190       200       210
pF1KB4 QLQPGSPSLVSEESPSAIDSDKMSDLGGRKPPGNVISVIQHTNSLSRPNSFERSESAELV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QLQPGSPSLVSEESPSAIDSDKMSDLGGRKPPGNVISVIQHTNSLSRPNSFERSESAELV
           770       780       790       800       810       820   

              220       230       240       250       260       270
pF1KB4 ACTQDKAPSPSETCDSEISEAPVSPEWAPPGDGAESGGKPSPSQQVQQQSYHTQPRLVRQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ACTQDKAPSPSETCDSEISEAPVSPEWAPPGDGAESGGKPSPSQQVQQQSYHTQPRLVRQ
           830       840       850       860       870       880   

              280       290       300       310       320       330
pF1KB4 HNIQVPEIRVTEEPDKPEKEKEAQSKEPEKPVEEFQWPQRSETLSQLPAEKLPPKKKRLR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 HNIQVPEIRVTEEPDKPEKEKEAQSKEPEKPVEEFQWPQRSETLSQLPAEKLPPKKKRLR
           890       900       910       920       930       940   

              340       350       360       370       380       390
pF1KB4 LADMEHSSGESSFESTGTGLSRSPSQESNLSHSSSFSMSFEREETSKLSALPKQDEFGKH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LADMEHSSGESSFESTGTGLSRSPSQESNLSHSSSFSMSFEREETSKLSALPKQDEFGKH
           950       960       970       980       990      1000   

              400       410       420       430       440       450
pF1KB4 SEFLTVPAGSYSLSVPGHHHQKEMRRCSSEQMPCPHPAEVPEVRSKSFDYGNLSHAPVSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SEFLTVPAGSYSLSVPGHHHQKEMRRCSSEQMPCPHPAEVPEVRSKSFDYGNLSHAPVSG
          1010      1020      1030      1040      1050      1060   

              460       470       480       490       500       510
pF1KB4 AAASTVSPSRERKKCFLVRQASFSGSPEISQGEVGMDQSVKQEQLEHLHAGLRSGWHHGP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AAASTVSPSRERKKCFLVRQASFSGSPEISQGEVGMDQSVKQEQLEHLHAGLRSGWHHGP
          1070      1080      1090      1100      1110      1120   

              520       530       540       550       560       570
pF1KB4 PAVLPPLQQEDPGKQVAGPCPPLSSGPLHLAQPQIMHMDSQESLRNPLIQPTSYMTSKHL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PAVLPPLQQEDPGKQVAGPCPPLSSGPLHLAQPQIMHMDSQESLRNPLIQPTSYMTSKHL
          1130      1140      1150      1160      1170      1180   

              580       590       600       610       620       630
pF1KB4 PEQPHLFPHQETIPFSPIQNALFQFQYPTVCMVHLPAQQPPWWQAHFPHPFAQHPQKSYG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PEQPHLFPHQETIPFSPIQNALFQFQYPTVCMVHLPAQQPPWWQAHFPHPFAQHPQKSYG
          1190      1200      1210      1220      1230      1240   

              640       650       660       670       680       690
pF1KB4 KPSFQTEIHSSYPLEHVAEHTGKKPAEYAHTKEQTYPCYSGASGLHPKNLLPKFPSDQSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KPSFQTEIHSSYPLEHVAEHTGKKPAEYAHTKEQTYPCYSGASGLHPKNLLPKFPSDQSS
          1250      1260      1270      1280      1290      1300   

              700       710       720       730       740       750
pF1KB4 KSTETPSEQVLQEDFASANAGSLQSLPGTVVPVRIQTHVPSYGSVMYTSISQILGQNSPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KSTETPSEQVLQEDFASANAGSLQSLPGTVVPVRIQTHVPSYGSVMYTSISQILGQNSPA
          1310      1320      1330      1340      1350      1360   

              760       770       780       790       800       810
pF1KB4 IVICKVDENMTQRTLVTNAAMQGIGFNIAQVLGQHAGLEKYPIWKAPQTLPLGLESSIPL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IVICKVDENMTQRTLVTNAAMQGIGFNIAQVLGQHAGLEKYPIWKAPQTLPLGLESSIPL
          1370      1380      1390      1400      1410      1420   

              820       830       840       850       860       870
pF1KB4 CLPSTSDSVATLGGSKRMLSPASSLELFMETKQQKRVKEEKMYGQIVEELSAVELTNSDI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CLPSTSDSVATLGGSKRMLSPASSLELFMETKQQKRVKEEKMYGQIVEELSAVELTNSDI
          1430      1440      1450      1460      1470      1480   

              880       890       900       910       920       930
pF1KB4 KKDLSRPQKPQLVRQGCASEPKDGLQSGSSSFSSLSPSSSQDYPSVSPSSREPFPPSKEM
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::
XP_016 KKDLSRPQKPQLVRQGCASEPKDGLQSGSSSFSSLSPSSSQDYPSVSPSSREPFLPSKEM
          1490      1500      1510      1520      1530      1540   

              940       950       960       970       980       990
pF1KB4 LSGSRAPLPGQKSSGPSESKESSDELDIDETASDMSMSPQSSSLPAGDGQLEEEGKGHKR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LSGSRAPLPGQKSSGPSESKESSDELDIDETASDMSMSPQSSSLPAGDGQLEEEGKGHKR
          1550      1560      1570      1580      1590      1600   

             1000      1010      1020      1030      1040      1050
pF1KB4 PVGMLVRMASAPSGNVADSTLLLTDMADFQQILQFPSLRTTTTVSWCFLNYTKPNYVQQA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PVGMLVRMASAPSGNVADSTLLLTDMADFQQILQFPSLRTTTTVSWCFLNYTKPNYVQQA
          1610      1620      1630      1640      1650      1660   

             1060      1070      1080      1090      1100      1110
pF1KB4 TFKSSVYASWCISSCNPNPSGLNTKTTLALLRSKQKITAEIYTLAAMHRPGTGKLTSSSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TFKSSVYASWCISSCNPNPSGLNTKTTLALLRSKQKITAEIYTLAAMHRPGTGKLTSSSA
          1670      1680      1690      1700      1710      1720   

             1120      1130      1140      1150      1160      1170
pF1KB4 WKQFTQMKPDASFLFGSKLERKLVGNILKERGKGDIHGDKDIGSKQTEPIRIKIFEGGYK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 WKQFTQMKPDASFLFGSKLERKLVGNILKERGKGDIHGDKDIGSKQTEPIRIKIFEGGYK
          1730      1740      1750      1760      1770      1780   

             1180      1190      1200      1210      1220      1230
pF1KB4 SNEDYVYVRGRGRGKYICEECGIRCKKPSMLKKHIRTHTDVRPYVCKLCNFAFKTKGNLT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SNEDYVYVRGRGRGKYICEECGIRCKKPSMLKKHIRTHTDVRPYVCKLCNFAFKTKGNLT
          1790      1800      1810      1820      1830      1840   

             1240      1250      1260      1270      1280      1290
pF1KB4 KHMKSKAHMKKCLELGVSMTSVDDTETEEAENLEDLHKAAEKHSMSSISTDHQFSDAEES
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KHMKSKAHMKKCLELGVSMTSVDDTETEEAENLEDLHKAAEKHSMSSISTDHQFSDAEES
          1850      1860      1870      1880      1890      1900   

             1300      1310      1320      1330      1340      1350
pF1KB4 DGEDGDDNDDDDEDEDDFDDQGDLTPKTRSRSTSPQPPRFSSLPVNVGAVPHGVPSDSSL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DGEDGDDNDDDDEDEDDFDDQGDLTPKTRSRSTSPQPPRFSSLPVNVGAVPHGVPSDSSL
          1910      1920      1930      1940      1950      1960   

             1360      1370      1380      1390      1400      1410
pF1KB4 GHSSLISYLVTLPSIRVTQLMTPSDSCEDTQMTEYQRLFQSKSTDSEPDKDRLDIPSCMD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GHSSLISYLVTLPSIRVTQLMTPSDSCEDTQMTEYQRLFQSKSTDSEPDKDRLDIPSCMD
          1970      1980      1990      2000      2010      2020   

             1420      1430      1440      1450      1460      1470
pF1KB4 EECMLPSEPSSSPRDFSPSSHHSSPGYDSSPCRDNSPKRYLIPKGDLSPRRHLSPRRDLS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EECMLPSEPSSSPRDFSPSSHHSSPGYDSSPCRDNSPKRYLIPKGDLSPRRHLSPRRDLS
          2030      2040      2050      2060      2070      2080   

             1480      1490      1500      1510      1520      1530
pF1KB4 PMRHLSPRKEAALRREMSQRDVSPRRHLSPRRPVSPGKDITARRDLSPRRERRYMTTIRA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PMRHLSPRKEAALRREMSQRDVSPRRHLSPRRPVSPGKDITARRDLSPRRERRYMTTIRA
          2090      2100      2110      2120      2130      2140   

             1540      1550      1560      1570      1580      1590
pF1KB4 PSPRRALYHNPPLSMGQYLQAEPIVLGPPNLRRGLPQVPYFSLYGDQEGAYEHPGSSLFP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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