Result of FASTA (ccds) for pF1KA1866
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KA1866, 1773 aa
  1>>>pF1KA1866 1773 - 1773 aa - 1773 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.1551+/-0.00119; mu= -14.9946+/- 0.072
 mean_var=513.5677+/-104.345, 0's: 0 Z-trim(114.9): 36  B-trim: 0 in 0/54
 Lambda= 0.056595
 statistics sampled from 15429 (15454) to 15429 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.749), E-opt: 0.2 (0.475), width:  16
 Scan time:  5.940

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS47512.1 FNDC1 gene_id:84624|Hs108|chr6         (1894) 9750 812.2       0
CCDS46880.1 ABI3BP gene_id:25890|Hs108|chr3        (1075) 1054 102.0 1.2e-20


>>CCDS47512.1 FNDC1 gene_id:84624|Hs108|chr6              (1894 aa)
 initn: 9211 init1: 6972 opt: 9750  Z-score: 4317.6  bits: 812.2 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 11653; 95.8% identity (96.1% similar) in 1811 aa overlap (32-1773:84-1894)

              10        20        30        40        50        60 
pF1KA1 GLKVTWDPPKDATSRPVEHYNIAYGKSLKSLKYIKVNAETYSFLIEDVEPGVVYFVLLTA
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 GLKVTWDPPKDATSRPVEHYNIAYGKSLKSLKYIKVNAETYSFLIEDVEPGVVYFVLLTA
            60        70        80        90       100       110   

              70        80        90       100       110       120 
pF1KA1 ENHSGVSRPVYRAESPPGGEWIEIDGFPIKGPGPFNETVTEKEVPNKPLRVRVRSSDDRL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 ENHSGVSRPVYRAESPPGGEWIEIDGFPIKGPGPFNETVTEKEVPNKPLRVRVRSSDDRL
           120       130       140       150       160       170   

             130       140       150       160       170       180 
pF1KA1 SVAWKAPRLSGAKSPRRSRGFLLGYGESGRKMNYVPLTRDERTHEIKKLASESVYVVSLQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SVAWKAPRLSGAKSPRRSRGFLLGYGESGRKMNYVPLTRDERTHEIKKLASESVYVVSLQ
           180       190       200       210       220       230   

             190       200       210       220       230       240 
pF1KA1 SMNSQGRSQPVYRAALTKRKISEEDELDVPDDISVRVMSSQSVLVSWVDPVLEKQKKVVA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SMNSQGRSQPVYRAALTKRKISEEDELDVPDDISVRVMSSQSVLVSWVDPVLEKQKKVVA
           240       250       260       270       280       290   

             250       260       270       280       290       300 
pF1KA1 SRQYTVRYREKGELARWDYKQIANRRVLIENLIPDTVYEFAVRISQGERDGKWSTSVFQR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SRQYTVRYREKGELARWDYKQIANRRVLIENLIPDTVYEFAVRISQGERDGKWSTSVFQR
           300       310       320       330       340       350   

             310       320       330       340                     
pF1KA1 TPESAPTTAPENLNVWPVNGKPTVVAASWDALPETEGKVK--------------------
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::                    
CCDS47 TPESAPTTAPENLNVWPVNGKPTVVAASWDALPETEGKVKEYILSYAPALKPFGAKSLTY
           360       370       380       390       400       410   

                                                        350        
pF1KA1 -------------------------------------------ASKADVQQNTEDNGKPE
                                                  .:::::.::::::::::
CCDS47 PGDTTSALVDGLQPGERYLFKIRATNRRGLGPHSKAFIVAMPTTSKADVEQNTEDNGKPE
           420       430       440       450       460       470   

      360       370       380       390       400       410        
pF1KA1 KPEPSSPSPRAPASSQHPSVPASPQGRNAKDLLLDLKNKILANGGAPRKPQLRAKKAEEL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 KPEPSSPSPRAPASSQHPSVPASPQGRNAKDLLLDLKNKILANGGAPRKPQLRAKKAEEL
           480       490       500       510       520       530   

      420       430       440       450       460       470        
pF1KA1 DLQSTEITGEEELGSREDSPMSPSDTQDQKRTLRPPSRHGHSVVAPGRTAVRARMPALPR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 DLQSTEITGEEELGSREDSPMSPSDTQDQKRTLRPPSRHGHSVVAPGRTAVRARMPALPR
           540       550       560       570       580       590   

      480       490       500       510       520       530        
pF1KA1 REGVDKPGFSLATQPRPGAPPSASASPAHHASTQGTSHRPSLPASLNDNDLVDSDEDERA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 REGVDKPGFSLATQPRPGAPPSASASPAHHASTQGTSHRPSLPASLNDNDLVDSDEDERA
           600       610       620       630       640       650   

      540       550       560       570       580       590        
pF1KA1 VGSLHPKGAFAQPRPALSPSRQSPSSVLRDRSSVHPGAKPASPARRTPHSGAAEEDSSAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VGSLHPKGAFAQPRPALSPSRQSPSSVLRDRSSVHPGAKPASPARRTPHSGAAEEDSSAS
           660       670       680       690       700       710   

      600       610       620       630       640       650        
pF1KA1 APPSRLSPPHGGSSRLLPTQPHLSSPLSKGGKDGEDAPATNSNAPSRSTMSSSVSSHLSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 APPSRLSPPHGGSSRLLPTQPHLSSPLSKGGKDGEDAPATNSNAPSRSTMSSSVSSHLSS
           720       730       740       750       760       770   

      660       670       680       690       700       710        
pF1KA1 RTQVSEGAEASDGESHGDGDREDGGRQAEATAQTLRARPASGHFHLLRHKPFAANGRSPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 RTQVSEGAEASDGESHGDGDREDGGRQAEATAQTLRARPASGHFHLLRHKPFAANGRSPS
           780       790       800       810       820       830   

      720       730       740       750       760       770        
pF1KA1 RFSIGRGPRLQPSSSPQSTVPSRAHPRVPSHSDSHPKLSSGIHGDEEDEKPLPATVVNDH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 RFSIGRGPRLQPSSSPQSTVPSRAHPRVPSHSDSHPKLSSGIHGDEEDEKPLPATVVNDH
           840       850       860       870       880       890   

      780       790       800       810       820       830        
pF1KA1 VPSSSRQPISRGWEDLRRSPQRGASLHRKEPIPENPKSTGADTHPQGKYSSLASKAQDVQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VPSSSRQPISRGWEDLRRSPQRGASLHRKEPIPENPKSTGADTHPQGKYSSLASKAQDVQ
           900       910       920       930       940       950   

      840       850       860       870       880       890        
pF1KA1 QSTDADTEGHSPKAQPGSTDRHASPARPPAARSQQHPSVPRRMTPGRAPEQQPPPPVATS
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::
CCDS47 QSTDADTEGHSPKAQPGSTDRHASPARPPAARSQQHPSVPRRMTPGRAPQQQPPPPVATS
           960       970       980       990      1000      1010   

      900       910       920       930       940       950        
pF1KA1 QHHPGPQSRDAGRSPSQPRLSLTQAGRPRPTSQGRSHSSSDPYTASSRGMLPTALQNQDE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 QHHPGPQSRDAGRSPSQPRLSLTQAGRPRPTSQGRSHSSSDPYTASSRGMLPTALQNQDE
          1020      1030      1040      1050      1060      1070   

      960       970       980       990      1000      1010        
pF1KA1 DAQGSYDDDSTEVEAQDVRAPAHAARAKEAAASLPKHQQVESPTGAGAGGDHRSQRGHAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 DAQGSYDDDSTEVEAQDVRAPAHAARAKEAAASLPKHQQVESPTGAGAGGDHRSQRGHAA
          1080      1090      1100      1110      1120      1130   

     1020      1030      1040      1050      1060      1070        
pF1KA1 SPARPSRPGGPQSRARVPSRAAPGKSEPPSKRPLSSKSQQSVSAEDEEEEDAGFFKGGKE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::
CCDS47 SPARPSRPGGPQSRARVPSRAAPGKSEPPSKRPLSSKSQQSVSAEDDEEEDAGFFKGGKE
          1140      1150      1160      1170      1180      1190   

     1080      1090      1100      1110      1120      1130        
pF1KA1 DLLSSSVPKWPSSSTPRGGKDADGSLAKEEREPAIALAPRGGSLAPVKRPLPPPPGSSPR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 DLLSSSVPKWPSSSTPRGGKDADGSLAKEEREPAIALAPRGGSLAPVKRPLPPPPGSSPR
          1200      1210      1220      1230      1240      1250   

     1140      1150      1160      1170      1180      1190        
pF1KA1 ASHVPSRPPPRSAATVSPVAGTHPWPRYTTRAPPGHFSTTPMLSLRQRMMHARFRNPLSR
       ::::::: ::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 ASHVPSRLPPRSAATVSPVAGTHPWPQYTTRAPPGHFSTTPMLSLRQRMMHARFRNPLSR
          1260      1270      1280      1290      1300      1310   

     1200      1210      1220      1230      1240      1250        
pF1KA1 QPARPSYRQGYNGRPNVEGKVLPGSNGKPNGQRIINGPQGTKWVVDLDRGLVLNAEGRYL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 QPARPSYRQGYNGRPNVEGKVLPGSNGKPNGQRIINGPQGTKWVVDLDRGLVLNAEGRYL
          1320      1330      1340      1350      1360      1370   

     1260      1270      1280      1290      1300      1310        
pF1KA1 QDSHGNPLRIKLGGDGRTIVDLEGTPVVSPDGLPLFGQGRHGTPLANAQDKPILSLGGKP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 QDSHGNPLRIKLGGDGRTIVDLEGTPVVSPDGLPLFGQGRHGTPLANAQDKPILSLGGKP
          1380      1390      1400      1410      1420      1430   

     1320      1330      1340      1350      1360            1370  
pF1KA1 LVGLEVIKKTTHPPTTTMQPTTTTTPLPTTTTPRPTTATTRRTTT------RRPTTTVRT
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::      :::::::::
CCDS47 LVGLEVIKKTTHPPTTTMQPTTTTTPLPTTTTPRPTTATTRRTTTTRRTTTRRPTTTVRT
          1440      1450      1460      1470      1480      1490   

           1380      1390      1400      1410      1420      1430  
pF1KA1 TTRTTTTTTPKPTTPIPTCPPGTLERHDDDGNLIMSSNGIPECYAEEDEFSGLETDTAVP
       :::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TTRTTTTTTPTPTTPIPTCPPGTLERHDDDGNLIMSSNGIPECYAEEDEFSGLETDTAVP
          1500      1510      1520      1530      1540      1550   

           1440      1450      1460      1470      1480      1490  
pF1KA1 TEEAYVIYDEDYEFETSRPPTTTEPSTTATTPRVIPEEGAISSFPEEEFDLAGRKRFVAP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TEEAYVIYDEDYEFETSRPPTTTEPSTTATTPRVIPEEGAISSFPEEEFDLAGRKRFVAP
          1560      1570      1580      1590      1600      1610   

           1500      1510      1520      1530      1540      1550  
pF1KA1 YVTYLNKDPSAPCSLTDALDHFQVDSLDEIIPNDLKKSDLPPQHAPRNITVVAVEGCHSF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 YVTYLNKDPSAPCSLTDALDHFQVDSLDEIIPNDLKKSDLPPQHAPRNITVVAVEGCHSF
          1620      1630      1640      1650      1660      1670   

           1560      1570      1580      1590      1600      1610  
pF1KA1 VIVDWDKATPGDVVTGYLVYSASYEDFIRNKWSTQASSVTHLPIENLKPNTRYYFKVQAQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VIVDWDKATPGDVVTGYLVYSASYEDFIRNKWSTQASSVTHLPIENLKPNTRYYFKVQAQ
          1680      1690      1700      1710      1720      1730   

           1620      1630      1640      1650      1660      1670  
pF1KA1 NPHGYGPISPSVSFVTESDNPLLVVRPPGGEPIWIPFAFKHDPSYTDCHGRQYVKRTWYR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 NPHGYGPISPSVSFVTESDNPLLVVRPPGGEPIWIPFAFKHDPSYTDCHGRQYVKRTWYR
          1740      1750      1760      1770      1780      1790   

           1680      1690      1700      1710      1720      1730  
pF1KA1 KFVGVVLCNSLRYKIYLSDNLKDTFYSIGDSWGRGEDHCQFVDSHLDGRTGPQSYVEALP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 KFVGVVLCNSLRYKIYLSDNLKDTFYSIGDSWGRGEDHCQFVDSHLDGRTGPQSYVEALP
          1800      1810      1820      1830      1840      1850   

           1740      1750      1760      1770   
pF1KA1 TIQGYYRQYRQEPVRFGNIGFGTPYYYVGWYECGVSIPGKW
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TIQGYYRQYRQEPVRFGNIGFGTPYYYVGWYECGVSIPGKW
          1860      1870      1880      1890    

>>CCDS46880.1 ABI3BP gene_id:25890|Hs108|chr3             (1075 aa)
 initn: 1042 init1: 720 opt: 1054  Z-score: 483.9  bits: 102.0 E(32554): 1.2e-20
Smith-Waterman score: 1170; 33.4% identity (54.3% similar) in 814 aa overlap (1018-1773:317-1075)

       990      1000      1010      1020      1030      1040       
pF1KA1 AAASLPKHQQVESPTGAGAGGDHRSQRGHAASPARPSRPGGPQSRARVPSRAAPGKSEPP
                                     : ::. . :   .  :: :. ..: .. : 
CCDS46 LNETTVKLPASLMFEISDALKTQLAKNETLALPAESKTPEVEKISAR-PTTVTP-ETVPR
        290       300       310       320       330         340    

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       : .: .:..   .... : .:.          ::.  ..   .  :..:: .    :.  
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       .: :  . .  :.   :  :   .:  .:::    ..: :         .:  : : .. 
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           .:.: :   :::       ::.:..:  .  : : .:: ::   .: :  : . : 
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        .. :..   :  .:  :   .   . :: .     : ..  :.  ::.   :. .    
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        ....   . ..:  .  : . :...:  ..  :       .   :..::.  :  .: .
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         : : .....    .  :     :. : :  :    ::..: :.  :   : .  .:::
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CCDS46 IT-----TPPLRSTPRPTGTPLERI--------ETDIKQP---TVPASGEELENITD---
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pF1KA1 AISSFPEEEFDLAGRKRFVAPYVTYLNKDPSAPCSLTDALDHFQVDSLDEIIPNDLKKSD
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CCDS46 SPPQNPPTNLTVVTVEGCPSFVILDWEKPL-NDTVTEYEVISRENGSFSGKNKSIQMTNQ
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CCDS46 PGKW
           




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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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