Result of FASTA (ccds) for
pF1KA1726
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1726, 884 aa
1>>>pF1KA1726 884 - 884 aa - 884 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.0402+/-0.000974; mu= 8.9638+/- 0.059
mean_var=150.6513+/-30.655, 0's: 0 Z-trim(110.3): 21 B-trim: 69 in 1/49
Lambda= 0.104493
statistics sampled from 11505 (11518) to 11505 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.698), E-opt: 0.2 (0.354), width: 16
Scan time: 4.660
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS44727.1 ZC3H12C gene_id:85463|Hs108|chr11 ( 883) 5984 914.4 0
CCDS48131.2 ZC3H12B gene_id:340554|Hs108|chrX ( 836) 2373 370.1 9.6e-102
CCDS417.1 ZC3H12A gene_id:80149|Hs108|chr1 ( 599) 1395 222.5 1.8e-57
CCDS47500.2 ZC3H12D gene_id:340152|Hs108|chr6 ( 527) 1240 199.1 1.7e-50
CCDS32058.1 KHNYN gene_id:23351|Hs108|chr14 ( 678) 639 108.6 4e-23
CCDS45479.1 N4BP1 gene_id:9683|Hs108|chr16 ( 896) 593 101.7 6.1e-21
CCDS45090.1 NYNRIN gene_id:57523|Hs108|chr14 (1898) 525 91.7 1.4e-17
>>CCDS44727.1 ZC3H12C gene_id:85463|Hs108|chr11 (883 aa)
initn: 5984 init1: 5984 opt: 5984 Z-score: 4881.7 bits: 914.4 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5984; 100.0% identity (100.0% similar) in 877 aa overlap (8-884:7-883)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MAAEKRMQEYGVLCIQEYRKNSKVESSTRNNFMGLKDHLGHDLGHLYVESTDPQLSPAVP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MPGGGSQEYGVLCIQEYRKNSKVESSTRNNFMGLKDHLGHDLGHLYVESTDPQLSPAVP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 WSTVENPSMDTVNVGKDEKEASEENASSGDSEENTNSDHESEQLGSISVEPGLITKTHRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 WSTVENPSMDTVNVGKDEKEASEENASSGDSEENTNSDHESEQLGSISVEPGLITKTHRQ
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 LCRSPCLEPHILKRNEILQDFKPEESQTTSKEAKKPPDVVREYQTKLEFALKLGYSEEQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 LCRSPCLEPHILKRNEILQDFKPEESQTTSKEAKKPPDVVREYQTKLEFALKLGYSEEQV
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 QLVLNKLGTDALINDILGELVKLGNKSEADQTVSTINTITRETSSLESQRSESPMQEIVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 QLVLNKLGTDALINDILGELVKLGNKSEADQTVSTINTITRETSSLESQRSESPMQEIVT
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 DDGENLRPIVIDGSNVAMSHGNKEVFSCRGIKLAVDWFLERGHKDITVFVPAWRKEQSRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 DDGENLRPIVIDGSNVAMSHGNKEVFSCRGIKLAVDWFLERGHKDITVFVPAWRKEQSRP
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 DALITDQEILRKLEKEKILVFTPSRRVQGRRVVCYDDRFIVKLAFESDGIIVSNDNYRDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 DALITDQEILRKLEKEKILVFTPSRRVQGRRVVCYDDRFIVKLAFESDGIIVSNDNYRDL
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 ANEKPEWKKFIDERLLMYSFVNDKFMPPDDPLGRHGPSLDNFLRKKPIVPEHKKQPCPYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 ANEKPEWKKFIDERLLMYSFVNDKFMPPDDPLGRHGPSLDNFLRKKPIVPEHKKQPCPYG
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 KKCTYGHKCKYYHPERGSQPQRSVADELRAMSRNTAAKTANEGGLVKSNSVPCSTKADST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 KKCTYGHKCKYYHPERGSQPQRSVADELRAMSRNTAAKTANEGGLVKSNSVPCSTKADST
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 SDVKRGAPKRQSDPSIRTQVYQDLEEKLPTKNKLETRSVPSLVSIPATSTAKPQSTTSLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 SDVKRGAPKRQSDPSIRTQVYQDLEEKLPTKNKLETRSVPSLVSIPATSTAKPQSTTSLS
480 490 500 510 520 530
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 NGLPSGVHFPPQDQRPQGQYPSMMMATKNHGTPMPYEQYPKCDSPVDIGYYSMLNAYSNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 NGLPSGVHFPPQDQRPQGQYPSMMMATKNHGTPMPYEQYPKCDSPVDIGYYSMLNAYSNL
540 550 560 570 580 590
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 SLSGPRSPERRFSLDTDYRISSVASDCSSEGSMSCGSSDSYVGYNDRSYVSSPDPQLEEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 SLSGPRSPERRFSLDTDYRISSVASDCSSEGSMSCGSSDSYVGYNDRSYVSSPDPQLEEN
600 610 620 630 640 650
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 LKCQHMHPHSRLNPQPFLQNFHDPLTRGQSYSHEEPKFHHKPPLPHLALHLPHSAVGARS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 LKCQHMHPHSRLNPQPFLQNFHDPLTRGQSYSHEEPKFHHKPPLPHLALHLPHSAVGARS
660 670 680 690 700 710
730 740 750 760 770 780
pF1KA1 SCPGDYPSPPSSAHSKAPHLGRSLVATRIDSISDSRLYDSSPSRQRKPYSRQEGLGSWER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 SCPGDYPSPPSSAHSKAPHLGRSLVATRIDSISDSRLYDSSPSRQRKPYSRQEGLGSWER
720 730 740 750 760 770
790 800 810 820 830 840
pF1KA1 PGYGIDAYGYRQTYSLPDNSTQPCYEQFTFQSLPEQQEPAWRIPYCGMPQDPPRYQDNRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 PGYGIDAYGYRQTYSLPDNSTQPCYEQFTFQSLPEQQEPAWRIPYCGMPQDPPRYQDNRE
780 790 800 810 820 830
850 860 870 880
pF1KA1 KIYINLCNIFPPDLVRIVMKRNPHMTDAQQLAAAILVEKSQLGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 KIYINLCNIFPPDLVRIVMKRNPHMTDAQQLAAAILVEKSQLGY
840 850 860 870 880
>>CCDS48131.2 ZC3H12B gene_id:340554|Hs108|chrX (836 aa)
initn: 2315 init1: 1506 opt: 2373 Z-score: 1940.1 bits: 370.1 E(32554): 9.6e-102
Smith-Waterman score: 2768; 53.3% identity (74.3% similar) in 848 aa overlap (64-878:7-831)
40 50 60 70 80 90
pF1KA1 GLKDHLGHDLGHLYVESTDPQLSPAVPWSTVENPSMDTVNVGKDEKEASEENAS---SGD
::.:.:. ...:.::. ..... ..:
CCDS48 MTATAEVETPKMEK-SASKEEKQQPKQDSTEQGNAD
10 20 30
100 110 120 130
pF1KA1 SEENTNSDHESEQLG------SISVEP--GLI------TKTHRQLCRSPCLEPHILKRNE
::: .:. . ::.. : : .: : . .: ::::::::::. ....
CCDS48 SEEWMSSESDPEQISLKSSDNSKSCQPRDGQLKKKEMHSKPHRQLCRSPCLDRPSFSQSS
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
pF1KA1 ILQDFKPEESQTTSKEAKKPPDVVREYQTKLEFALKLGYSEEQVQLVLNKLGTDALINDI
:::: : :. .:::.:.::::::::.:::.: :::::: ..::::.
CCDS48 ILQDGKL--------------DLEKEYQAKMEFALKLGYAEEQIQSVLNKLGPESLINDV
100 110 120 130 140
200 210 220 230 240 250
pF1KA1 LGELVKLGNKSEADQTVSTINTITRETSSLESQRSESPMQEIVTDDGENLRPIVIDGSNV
:.:::.::::.... .. . : :: : : ... . :...::::.:::::::
CCDS48 LAELVRLGNKGDSEGQINLSLLVPRGPSSREIASPELSLEDEI-DNSDNLRPVVIDGSNV
150 160 170 180 190 200
260 270 280 290 300 310
pF1KA1 AMSHGNKEVFSCRGIKLAVDWFLERGHKDITVFVPAWRKEQSRPDALITDQEILRKLEKE
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CCDS48 AMSHGNKEEFSCRGIQLAVDWFLDKGHKDITVFVPAWRKEQSRPDAPITDQDILRKLEKE
210 220 230 240 250 260
320 330 340 350 360 370
pF1KA1 KILVFTPSRRVQGRRVVCYDDRFIVKLAFESDGIIVSNDNYRDLANEKPEWKKFIDERLL
:::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::: :::::::::.::::
CCDS48 KILVFTPSRRVQGRRVVCYDDRFIVKLAFDSDGIIVSNDNYRDLQVEKPEWKKFIEERLL
270 280 290 300 310 320
380 390 400 410 420 430
pF1KA1 MYSFVNDKFMPPDDPLGRHGPSLDNFLRKKPIVPEHKKQPCPYGKKCTYGHKCKYYHPER
:::::::::::::::::::::::.:::::.::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 MYSFVNDKFMPPDDPLGRHGPSLENFLRKRPIVPEHKKQPCPYGKKCTYGHKCKYYHPER
330 340 350 360 370 380
440 450 460 470 480 490
pF1KA1 GSQPQRSVADELRAMSRNTAAKTANEGGLVKSNSVPCSTKADSTSDVKRGAPKRQSDPSI
..::::::::::: .. ...:: .:: :.: .. :.:.. ::.::: ::::::::::
CCDS48 ANQPQRSVADELRISAKLSTVKTMSEGTLAKCGTGMSSAKGEITSEVKRVAPKRQSDPSI
390 400 410 420 430 440
500 510 520 530 540
pF1KA1 RTQVYQDLEEKLPTKNKLETRSVPSLV---SIPATSTAKPQS-----TTSLSNGLPSGVH
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CCDS48 RS-VAMEPEEWLSIARKPEASSVPSLVTALSVPTIPPPKSHAVGALNTRSASSPVPGSSH
450 460 470 480 490
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 FPPQ----DQRPQGQYPSMMMATKNHGTPMPY-EQYPKCDSPVDIGYYSMLNAYSNLSLS
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CCDS48 FPHQKASLEHMASMQYPPILV-TNSHGTPISYAEQYPKFESMGDHGYYSMLGDFSKLNIN
500 510 520 530 540 550
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 GPRSPERRFSLDTDYRISSVASDCSSEGSMSCGSSDSYVGYNDRSYVSSPDPQLEENLKC
. .. : .. ..: . . . :.. .: .:.: .::. :.. : . : :::
CCDS48 SMHNREYYMA-EVDRGVYARNPNLCSDSRVSHTRNDNYSSYNN-VYLAVADTHPEGNLKL
560 570 580 590 600 610
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 QHMHPHSRLNPQPFLQNFHDPLTRGQSYSHEEPKFH-HKPPLPHLALHLPHSAVGARSSC
.. ..:: ::: ...:. ::: :::. :. : :: .:::::: : ..:.::::
CCDS48 HRSASQNRL--QPFPHGYHEALTRVQSYGPEDSKQGPHKQSVPHLALHAQHPSTGTRSSC
620 630 640 650 660 670
730 740 750 760 770 780
pF1KA1 PGDYPSPPSSAHSKAPHLGRSLVATRIDSISDSRLYDSSPSRQRKPYSRQEGLGSWERPG
:.::: ::. . .:. ::.:: ::.:::::::::.:.: :::.: .: .::.
CCDS48 PADYPMPPNIHPGATPQPGRALVMTRMDSISDSRLYESNPVRQRRPPLCREQHASWDPLP
680 690 700 710 720 730
790 800 810 820 830 840
pF1KA1 YGIDAYGYRQTYSLPDNSTQPCYEQFTFQSLPEQQEPAWRIPYCGMPQDPPRYQ--DNRE
:.::: ..: : .. ::::: .:.::..: :: :. :: .: ... ...
CCDS48 CTTDSYGY-HSYPLSNSLMQPCYEPVMVRSVPEKMEQLWRNPWVGMCNDSREHMIPEHQY
740 750 760 770 780 790
850 860 870 880
pF1KA1 KIYINLCNIFPPDLVRIVMKRNPHMTDAQQLAAAILVEKSQLGY
. : ::::::: ..: ::..::: .::::::: :...
CCDS48 QTYKNLCNIFPSNIVLAVMEKNPHTADAQQLAALIVAKLRAAR
800 810 820 830
>>CCDS417.1 ZC3H12A gene_id:80149|Hs108|chr1 (599 aa)
initn: 1534 init1: 1247 opt: 1395 Z-score: 1145.5 bits: 222.5 E(32554): 1.8e-57
Smith-Waterman score: 1423; 53.0% identity (71.7% similar) in 445 aa overlap (125-557:4-423)
100 110 120 130 140 150
pF1KA1 TNSDHESEQLGSISVEPGLITKTHRQLCRSPCLEPHILKRNEILQDFKPEESQTTSKEAK
:: : .:. . .. .. :.:.. . .
CCDS41 MSGPCGEKPVLEASPTMSLWEFEDSHSRQGTPR
10 20 30
160 170 180 190 200
pF1KA1 KPPDVVRE------YQTKLEFALKLGYSEEQVQLVLNKLGTDALINDILGELVKLGNKSE
... : : :..: ::::: ... ::.:::..: : .:::::: :. .:
CCDS41 PGQELAAEEASALELQMKVDFFRKLGYSSTEIHSVLQKLGVQADTNTVLGELVKHGTATE
40 50 60 70 80 90
210 220 230 240 250 260
pF1KA1 ADQTVST-----INTITRETSSLESQRSESPMQEIVTDDGENLRPIVIDGSNVAMSHGNK
.. .: . . : .. .. : :. : .: .:::.::::::::::::::
CCDS41 RERQTSPDPCPQLPLVPRGGGTPKAPNLEPPLPE-EEKEGSDLRPVVIDGSNVAMSHGNK
100 110 120 130 140 150
270 280 290 300 310 320
pF1KA1 EVFSCRGIKLAVDWFLERGHKDITVFVPAWRKEQSRPDALITDQEILRKLEKEKILVFTP
:::::::: :::.::::::: :::::::.::::: :::. ::::.:::.:::.:::::::
CCDS41 EVFSCRGILLAVNWFLERGHTDITVFVPSWRKEQPRPDVPITDQHILRELEKKKILVFTP
160 170 180 190 200 210
330 340 350 360 370 380
pF1KA1 SRRVQGRRVVCYDDRFIVKLAFESDGIIVSNDNYRDLANEKPEWKKFIDERLLMYSFVND
:::: :.::::::::::::::.:::::.::::.:::: .:. :::.::.:::::::::::
CCDS41 SRRVGGKRVVCYDDRFIVKLAYESDGIVVSNDTYRDLQGERQEWKRFIEERLLMYSFVND
220 230 240 250 260 270
390 400 410 420 430 440
pF1KA1 KFMPPDDPLGRHGPSLDNFLRKKPIVPEHKKQPCPYGKKCTYGHKCKYYHPERGSQPQRS
::::::::::::::::::::::::.. ::.:::::::.::::: ::...:::: : ::::
CCDS41 KFMPPDDPLGRHGPSLDNFLRKKPLTLEHRKQPCPYGRKCTYGIKCRFFHPERPSCPQRS
280 290 300 310 320 330
450 460 470 480 490 500
pF1KA1 VADELRAMSRNTAAKTANEGGLVKSNSVPCSTKADSTSDVKRGAPKRQSDPSIRTQVYQ-
::::::: ..:.. .: . : . .: .:. ::. :. :. :
CCDS41 VADELRA------------NALLSPPRAPSKDK-----NGRRPSPSSQSS-SLLTESEQC
340 350 360 370
510 520 530 540 550 560
pF1KA1 DLEEKLPTKNKLETRSVPSLVSIPATSTAKPQSTTSLSNGLPSGVHFPPQDQRPQGQYPS
.:. : :: ... :. . :.: : : ::. . :: : : : ::
CCDS41 SLDGK-----KLGAQASPGSRQEGLTQTYAP-SGRSLAPSGGSGSSFGPTDWLPQTLDSL
380 390 400 410 420
570 580 590 600 610 620
pF1KA1 MMMATKNHGTPMPYEQYPKCDSPVDIGYYSMLNAYSNLSLSGPRSPERRFSLDTDYRISS
CCDS41 PYVSQDCLDSGIGSLESQMSELWGVRGGGPGEPGPPRAPYTGYSPYGSELPATAAFSAFG
430 440 450 460 470 480
>>CCDS47500.2 ZC3H12D gene_id:340152|Hs108|chr6 (527 aa)
initn: 1240 init1: 1079 opt: 1240 Z-score: 1020.0 bits: 199.1 E(32554): 1.7e-50
Smith-Waterman score: 1249; 46.4% identity (69.3% similar) in 446 aa overlap (162-583:2-444)
140 150 160 170 180 190
pF1KA1 LKRNEILQDFKPEESQTTSKEAKKPPDVVREYQTKLEFALKLGYSEEQVQLVLNKLGTDA
:. .:.:: ::::..:.: ::.::: :
CCDS47 MEHPSKMEFFQKLGYDREDVLRVLGKLGEGA
10 20 30
200 210 220 230 240
pF1KA1 LINDILGELVKLGNKSEADQTVSTINTITRETSSLESQRSESP---MQEIVTDDGENLRP
:.::.: ::.. :.. : . .. . : . .. .. ...: ..: . .:::
CCDS47 LVNDVLQELIRTGSRPGALEHPAAPRLVPRGSCGVPDSAQRGPGTALEEDFRTLASSLRP
40 50 60 70 80 90
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 IVIDGSNVAMSHGNKEVFSCRGIKLAVDWFLERGHKDITVFVPAWRKEQSRPDALITDQE
::::::::::::::::.::::::::::::: .::: : ::::.:::. : :. : .:.
CCDS47 IVIDGSNVAMSHGNKETFSCRGIKLAVDWFRDRGHTYIKVFVPSWRKDPPRADTPIREQH
100 110 120 130 140 150
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 ILRKLEKEKILVFTPSRRVQGRRVVCYDDRFIVKLAFESDGIIVSNDNYRDLANEKPEWK
.: .::.. .::.::::.:.:.:.::::::.:::.:.:.::.:::::::::: .:.::::
CCDS47 VLAELERQAVLVYTPSRKVHGKRLVCYDDRYIVKVAYEQDGVIVSNDNYRDLQSENPEWK
160 170 180 190 200 210
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 KFIDERLLMYSFVNDKFMPPDDPLGRHGPSLDNFLRKKPIVPEHKKQPCPYGKKCTYGHK
::..::::.:::::.:::::::::::::::.::: .:: :: . : :::::::::: :
CCDS47 WFIEQRLLMFSFVNDRFMPPDDPLGRHGPSLSNFLSRKPKPPEPSWQHCPYGKKCTYGIK
220 230 240 250 260 270
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 CKYYHPERGSQPQRSVADELRAMSRNTAAKTANE-------GGLVKSNSVPCSTKADSTS
::.::::: . : .::::::: . . :.: :: . . ..: : :
CCDS47 CKFYHPERPHHAQLAVADELRAKTGARPGAGAEEQRPPRAPGGSAGARAAPREPFAHSLP
280 290 300 310 320 330
490 500 510 520
pF1KA1 DVKRGAPKRQS-DPSIRTQVYQD----LEEKLPTKN-KLETR-SVPSLVS----IPAT-S
. ::.: . :. ...: : ::. .: : . :. :: .:. :
CCDS47 PA-RGSPDLAALRGSFSRLAFSDDLGPLGPPLPVPACSLTPRLGGPDWVSAGGRVPGPLS
340 350 360 370 380 390
530 540 550 560 570 580
pF1KA1 TAKPQSTTSLSN-GLPSGVHFPPQ-DQRPQGQYPSMMMATKNHGTPMPYEQYPKCDSPVD
.:.: : .. : :... :. ..::. . ... . :. . :. :
CCDS47 LPSPESQFSPGDLPPPPGLQLQPRGEHRPRDLHGDLLSPRRPPDD--PWARPPRSDRFPG
400 410 420 430 440
590 600 610 620 630 640
pF1KA1 IGYYSMLNAYSNLSLSGPRSPERRFSLDTDYRISSVASDCSSEGSMSCGSSDSYVGYNDR
CCDS47 RSVWAEPAWGDGATGGLSVYATEDDEGDARARARIALYSVFPRDQVDRVMAAFPELSDLA
450 460 470 480 490 500
>>CCDS32058.1 KHNYN gene_id:23351|Hs108|chr14 (678 aa)
initn: 641 init1: 422 opt: 639 Z-score: 528.7 bits: 108.6 E(32554): 4e-23
Smith-Waterman score: 639; 49.3% identity (73.7% similar) in 205 aa overlap (245-449:436-637)
220 230 240 250 260 270
pF1KA1 TINTITRETSSLESQRSESPMQEIVTDDGENLRPIVIDGSNVAMSHGNKEVFSCRGIKLA
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