Result of SIM4 for pF1KA1707

seq1 = pF1KA1707.tfa, 3051 bp
seq2 = pF1KA1707/gi568815595r_101225946.tfa (gi568815595r:101225946_101593959), 368014 bp

>pF1KA1707 3051
>gi568815595r:101225946_101593959 (Chr3)

(complement)

1-87  (100001-100087)   100% ->
88-185  (134908-135005)   100% ->
186-383  (176170-176367)   100% ->
384-578  (194905-195099)   100% ->
579-697  (221834-221952)   100% ->
698-879  (225949-226130)   100% ->
880-1219  (227191-227530)   99% ->
1220-1377  (228969-229126)   100% ->
1378-1524  (232099-232245)   99% ->
1525-1558  (242309-242342)   100% ->
1559-1738  (245909-246088)   100% ->
1739-2007  (250006-250274)   100% ->
2008-2141  (252181-252314)   100% ->
2142-2258  (253749-253865)   100% ->
2259-2381  (256329-256451)   100% ->
2382-2474  (261098-261190)   100% ->
2475-2599  (261851-261975)   100% ->
2600-2652  (263574-263626)   100% ->
2653-2696  (265271-265314)   100% ->
2697-2765  (265414-265482)   100% ->
2766-2916  (266144-266294)   100% ->
2917-3051  (267880-268014)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTAAATGCAAAACCAGAGGATGTCCATGTTCAATCACCACTGTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTAAATGCAAAACCAGAGGATGTCCATGTTCAATCACCACTGTCCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATTCAGAAGCTCAGAACGCTGGACTCTCCCTTTGCAG         TGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100051 ATTCAGAAGCTCAGAACGCTGGACTCTCCCTTTGCAGGTG...TAGTGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAAGAAGCCTAAGGAATAAAGTCATCTCTCTAGACCATAAAAATAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134912 AAAGAAGCCTAAGGAATAAAGTCATCTCTCTAGACCATAAAAATAAAAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CATATCCGAGGGTGTCCTGTTACTTCCAAGTCATCACCAGAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 134962 CATATCCGAGGGTGTCCTGTTACTTCCAAGTCATCACCAGAAAGGTA...

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    186    GCAACTCAAAGTTATGTTGACGAATGTCCTATGGACGGATTTAGGAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176167 CAGGCAACTCAAAGTTATGTTGACGAATGTCCTATGGACGGATTTAGGAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GAAAATTCAGAAAGACCCTACCTAGAAACGATGCTAATTTATGTGATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176217 GAAAATTCAGAAAGACCCTACCTAGAAACGATGCTAATTTATGTGATGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AACAAGGTGCAATCAGACTCATTGCCTTCGACATCTGTTGACAGCCTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176267 AACAAGGTGCAATCAGACTCATTGCCTTCGACATCTGTTGACAGCCTAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GACATGTCAAAAATTAGAACCTCTTCGCCAAAGCCTTAATTTATCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176317 GACATGTCAAAAATTAGAACCTCTTCGCCAAAGCCTTAATTTATCTGAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 G         GATACCCAGAGTTATATTGACGAATGTCCTGGGAACGGAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176367 GGTA...CAGGATACCCAGAGTTATATTGACGAATGTCCTGGGAACGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTAGGAAGAAAATACATAAGGACCCCACCTGTAACTGAGGGAAGTTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194945 TTAGGAAGAAAATACATAAGGACCCCACCTGTAACTGAGGGAAGTTTGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGATACAGACAACTTGCAATCAGAGCAACTTTCTTCATCATCTGATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194995 TGATACAGACAACTTGCAATCAGAGCAACTTTCTTCATCATCTGATGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCCTAGAATCTTATCAAAATCTAAACCCTCACAAGAGCTGTTATTTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195045 GCCTAGAATCTTATCAAAATCTAAACCCTCACAAGAGCTGTTATTTATCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAAAG         GGGCTCACAACGAAGTAAGACAGTAGATGACAATTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195095 GAAAGGTA...CAGGGGCTCACAACGAAGTAAGACAGTAGATGACAATTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGCAAAGCAGACTGCGCACAATAAAGAAAAACGAAGAAAGGATGATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221870 TGCAAAGCAGACTGCGCACAATAAAGAAAAACGAAGAAAGGATGATGGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTTCTCTTTTAATATCTGATACTCAGCCTGAAG         ACCTTAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 221920 TTTCTCTTTTAATATCTGATACTCAGCCTGAAGGTT...AAGACCTTAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGTGGAAGTAGAGGTTGTGATCATCTCGAACAGGAAAGCAGAAACAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225957 AGTGGAAGTAGAGGTTGTGATCATCTCGAACAGGAAAGCAGAAACAAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGTTAAATATTCTGATTCAAAAGTGGAACTCACTCTGATTTCCAGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226007 TGTTAAATATTCTGATTCAAAAGTGGAACTCACTCTGATTTCCAGGAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CAAAGAGAAGGCTTAGAAATAATTTACCTGATTCTCAATATTGTACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226057 CAAAGAGAAGGCTTAGAAATAATTTACCTGATTCTCAATATTGTACTTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TTGGATAAGTCAACAGAACAGACA         AAAAAACAAGAAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 226107 TTGGATAAGTCAACAGAACAGACAGTA...TAGAAAAAACAAGAAGATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTCAACAATATCCACTGAGTTTGAAAAGCCAAGTGAAAACTATCATCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227208 CTCAACAATATCCACTGAGTTTGAAAAGCCAAGTGAAAACTATCATCAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ATCCAAAACTGCCTGAAGAAATTACAACTAAACCTACAAAAAGTGATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227258 ATCCAAAACTGCCTGAAGAAATTACAACTAAACCTACAAAAAGTGATTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ACTAAACTATCCTCACTTAACAGTCAGGAGTTGACTTTGAGTAATGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227308 ACTAAACTATCCTCACTTAACAGTCAGGAGTTGACTTTGAGTAATGCCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CAAAAGTGCCTCTGCCGGTTCAACCACTGAAACTGTTGAGAACTCTAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 227358 CAAAAGTGCCTCTGCCGGTTCAACCACTGAAACCGTTGAGAACTCTAATT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CCATTGATATTGTGGGGATTTCTTCCCTGGTTGAGAAGGATGAGAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227408 CCATTGATATTGTGGGGATTTCTTCCCTGGTTGAGAAGGATGAGAATGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 TTGAATACCATAGAAAAGCCTATTCTAAGAGGACATAATGAAGGGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227458 TTGAATACCATAGAAAAGCCTATTCTAAGAGGACATAATGAAGGGAACCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 ATCACTGATCTCAGCTGAACCAA         TTGTTGTTTCCAGTGATG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 227508 ATCACTGATCTCAGCTGAACCAAGTA...TAGTTGTTGTTTCCAGTGATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 AAGAAGGACCTGTTGAACATAAAAGTTCAGAAATTCTTAAGTTACAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228987 AAGAAGGACCTGTTGAACATAAAAGTTCAGAAATTCTTAAGTTACAATCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 AAGCAAGACCGTGAGACAACTAATGAAAATGAGAGTACTTCTGAATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229037 AAGCAAGACCGTGAGACAACTAATGAAAATGAGAGTACTTCTGAATCAGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 ATTGTTAGAACTACCATTGATTACATGTGAATCTGTACAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 229087 ATTGTTAGAACTACCATTGATTACATGTGAATCTGTACAGGTA...TAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TGTCATCTGAGTTATGCCCATATAATCCTGTCATGGAGAACATTTCCAGT
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232100 TGTCATCTGAATTATGCCCATATAATCCTGTCATGGAGAACATTTCCAGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 ATTATGCCTAGTAATGAGATGGATCTACAACTGGATTTTATATTTACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232150 ATTATGCCTAGTAATGAGATGGATCTACAACTGGATTTTATATTTACTTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 TGTTTATATTGGTAAAATAAAAGGAGCTTCTAAAGGTTGTGTTACA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 232200 TGTTTATATTGGTAAAATAAAAGGAGCTTCTAAAGGTTGTGTTACAGTA.

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525      ATCACAAAAAAATATATTAAGATCCCATTTCAAG         TG
        ..>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 232250 ..CAGATCACAAAAAAATATATTAAGATCCCATTTCAAGGTA...CAGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 TCCCTGAATGAGATTTCATTGCTAGTGGATACCACACATTTAAAGCGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245911 TCCCTGAATGAGATTTCATTGCTAGTGGATACCACACATTTAAAGCGGTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 TGGGTTATGGAAAAGTAAGGATGATAATCACAGTAAAAGGAGTCATGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245961 TGGGTTATGGAAAAGTAAGGATGATAATCACAGTAAAAGGAGTCATGCTA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 TTCTTTTCTTCTGGGTCTCTTCAGATTATCTTCAAGAGATTCAGACCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246011 TTCTTTTCTTCTGGGTCTCTTCAGATTATCTTCAAGAGATTCAGACCCAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 TTAGAACACTCTGTATTAAGCCAGCAAT         CAAAATCTAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 246061 TTAGAACACTCTGTATTAAGCCAGCAATGTG...TAGCAAAATCTAGTGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 ATTCATTTTCCTTGAACTACACAATCCTGTTTCACAAAGAGAAGAATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250019 ATTCATTTTCCTTGAACTACACAATCCTGTTTCACAAAGAGAAGAATTGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 AGCTGAAAGATATTATGACGGAAATAAGTATAATCAGTGGAGAATTAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250069 AGCTGAAAGATATTATGACGGAAATAAGTATAATCAGTGGAGAATTAGAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 CTTTCTTACCCGTTGTCTTGGGTTCAGGCATTTCCTTTGTTTCAGAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250119 CTTTCTTACCCGTTGTCTTGGGTTCAGGCATTTCCTTTGTTTCAGAACCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 CTCTTCAAAAGAAAGTTCTTTTATTCATTATTACTGTGTTTCAACTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250169 CTCTTCAAAAGAAAGTTCTTTTATTCATTATTACTGTGTTTCAACTTGTT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 CTTTCCCTGCTGGTGTTGCTGTTGCTGAAGAAATGAAGCTGAAATCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250219 CTTTCCCTGCTGGTGTTGCTGTTGCTGAAGAAATGAAGCTGAAATCAGTA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 TCTCAG         CCCTCAAACACAGATGCGGCCAAGCCTACTTACAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250269 TCTCAGGTT...CAGCCCTCAAACACAGATGCGGCCAAGCCTACTTACAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 CTTCCTGCAGAAGCAAAGTAGCGGTTGCTACTCCCTTTCTATTACATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252216 CTTCCTGCAGAAGCAAAGTAGCGGTTGCTACTCCCTTTCTATTACATCTA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 ATCCAGATGAAGAATGGCGAGAAGTCAGGCACACTGGACTTGTTCAGAA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 252266 ATCCAGATGAAGAATGGCGAGAAGTCAGGCACACTGGACTTGTTCAGAAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2142         GTTGATTGTATATCCTCCACCACCTACTAAGGGGGGATTAGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252316 TA...AAGGTTGATTGTATATCCTCCACCACCTACTAAGGGGGGATTAGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 AGTAACTAATGAAGATCTGGAGTGTTTAGAAGAAGGAGAGTTTCTTAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253791 AGTAACTAATGAAGATCTGGAGTGTTTAGAAGAAGGAGAGTTTCTTAATG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 ATGTAATCATTGATTTTTACCTTAA         GTATCTTATATTGGAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 253841 ATGTAATCATTGATTTTTACCTTAAGTA...CAGGTATCTTATATTGGAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2275 AAGGCATCAGATGAACTTGTTGAACGAAGTCACATTTTTAGTAGCTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256345 AAGGCATCAGATGAACTTGTTGAACGAAGTCACATTTTTAGTAGCTTTTT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2325 CTATAAATGCTTGACAAGAAAGGAAAATAATTTAACAGAAGATAATCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256395 CTATAAATGCTTGACAAGAAAGGAAAATAATTTAACAGAAGATAATCCAA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2375 ATCTTTC         AATGGCACAGAGAAGACATAAAAGAGTAAGAACA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256445 ATCTTTCGTA...CAGAATGGCACAGAGAAGACATAAAAGAGTAAGAACA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2416 TGGACTCGTCACATAAACATTTTTAATAAAGATTACATCTTTGTACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 261132 TGGACTCGTCACATAAACATTTTTAATAAAGATTACATCTTTGTACCTGT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2466 AAATGAGTC         GTCTCACTGGTATCTCGCAGTCATTTGTTTTC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 261182 AAATGAGTCGTA...CAGGTCTCACTGGTATCTCGCAGTCATTTGTTTTC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2507 CATGGTTAGAAGAAGCTGTGTATGAAGATTTTCCACAAACTGTATCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 261883 CATGGTTAGAAGAAGCTGTGTATGAAGATTTTCCACAAACTGTATCCCAG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2557 CAGTCCCAGGCTCAGCAGTCCCAAAATGACAACAAAACAATAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 261933 CAGTCCCAGGCTCAGCAGTCCCAAAATGACAACAAAACAATAGGTG...T

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2600   ATAATGATCTACGTACTACTTCGACACTGTCTTTGAGTGCAGAGGATT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 263572 AGATAATGATCTACGTACTACTTCGACACTGTCTTTGAGTGCAGAGGATT

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2648 CCCAA         AGTACCGAGTCGAATATGTCAGTACCAAAGAAAATG
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 263622 CCCAAGTA...CAGAGTACCGAGTCGAATATGTCAGTACCAAAGAAAATG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2689 TGTAAAAG         GCCATGTATTCTTATACTAGACTCCTTGAAAGC
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 265307 TGTAAAAGGTA...TAGGCCATGTATTCTTATACTAGACTCCTTGAAAGC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2730 TGCTTCTGTACAAAACACAGTTCAGAATTTACGAGA         GTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 265447 TGCTTCTGTACAAAACACAGTTCAGAATTTACGAGAGTA...CAGGTATT

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2771 TAGAGGTAGAGTGGGAAGTTAAACTAAAAACTCATCGTCAATTCAGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 266149 TAGAGGTAGAGTGGGAAGTTAAACTAAAAACTCATCGTCAATTCAGCAAA

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2821 ACAAACATGGTGGATCTATGCCCTAAAGTTCCTAAACAGGACAATAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 266199 ACAAACATGGTGGATCTATGCCCTAAAGTTCCTAAACAGGACAATAGCAG

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2871 TGATTGTGGAGTATATTTATTGCAGTATGTGGAAAGCTTCTTCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 266249 TGATTGTGGAGTATATTTATTGCAGTATGTGGAAAGCTTCTTCAAGGTA.

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2917      GATCCTATTGTTAACTTTGAACTTCCAATTCATTTGGAGAAGTGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 266299 ..TAGGATCCTATTGTTAACTTTGAACTTCCAATTCATTTGGAGAAGTGG

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2962 TTTCCTCGTCATGTAATAAAGACCAAACGGGAAGATATTCGAGAGCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 267925 TTTCCTCGTCATGTAATAAAGACCAAACGGGAAGATATTCGAGAGCTCAT

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :
   3012 CTTGAAACTTCATTTACAGCAACAGAAGGGCAGCAGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 267975 CTTGAAACTTCATTTACAGCAACAGAAGGGCAGCAGTAGC

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