Result of FASTA (ccds) for pF1KA1685
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KA1685, 1435 aa
  1>>>pF1KA1685 1435 - 1435 aa - 1435 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.8325+/-0.00115; mu= -10.1586+/- 0.069
 mean_var=410.9125+/-83.912, 0's: 0 Z-trim(114.2): 15  B-trim: 0 in 0/52
 Lambda= 0.063270
 statistics sampled from 14755 (14767) to 14755 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.745), E-opt: 0.2 (0.454), width:  16
 Scan time:  6.840

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS45847.1 ASXL3 gene_id:80816|Hs108|chr18        (2248)  767 85.5 1.9e-15
CCDS13201.1 ASXL1 gene_id:171023|Hs108|chr20       (1541)  693 78.6 1.5e-13


>>CCDS45847.1 ASXL3 gene_id:80816|Hs108|chr18             (2248 aa)
 initn: 1759 init1: 685 opt: 767  Z-score: 390.7  bits: 85.5 E(32554): 1.9e-15
Smith-Waterman score: 1250; 28.4% identity (53.7% similar) in 1429 aa overlap (1-1392:1-1225)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA1 MREKGRRKKGRTWAEAAKTVLEKYPNTPMSHKEILQVIQREGLKEIRSGTSPLACLNAML
       :..: :.:: :::::::. .:::.::.::. :.::.:::.:::::  :::::::::::::
CCDS45 MKDK-RKKKDRTWAEAARLALEKHPNSPMTAKQILEVIQKEGLKET-SGTSPLACLNAML
                10        20        30        40         50        

               70        80        90       100       110       120
pF1KA1 HTNSRGEEGIFYKVPGRMGVYTLKKDVPDGVKELSEGSEESSDGQSDSQSSENSSSSSDG
       :::.:  .: :.:.::. :.:.:::.      : :  .. . :   .:. . .. . ...
CCDS45 HTNTRIGDGTFFKIPGKSGLYALKKE------ESSCPADGTLDLVCESELDGTDMAEANA
       60        70        80              90       100       110  

              130       140       150       160       170       180
pF1KA1 GSNKEGKKSRWKRKVSSSSPQSGCPSPTIPAGKVISPSQKHSKKALKQALKQQQQKKQQQ
        ....:  :.     .::. .:.  . .. . :..:  :.:.::::::::.:::..    
CCDS45 HGEENGVCSKQVTDEASSTRDSSLTNTAVQS-KLVSSFQQHTKKALKQALRQQQKR----
            120       130       140        150       160           

              190       200       210       220       230       240
pF1KA1 QCRPSISISSNQHLSLKTVKAASDSVPAKPATWEGKQSDGQTGSPQNSNSSFSSSVKVEN
         : ..:.  :     :::      :   :     .:::. .:: .... . ::. ....
CCDS45 --RNGVSMMVN-----KTVP----RVVLTPLKVSDEQSDSPSGSESKNGEADSSDKEMKH
         170            180           190       200       210      

               250          260       270       280       290      
pF1KA1 TLLG-LGKKSFQRSERLHTR---QMKRTKCADIDVETPDSILVNTNLRALINKHTFSVLP
          .  ::.. :. .::.     ..: ::  :::.::: :::::::::::::::::. ::
CCDS45 GQKSPTGKQTSQHLKRLKKSGLGHLKWTKAEDIDIETPGSILVNTNLRALINKHTFASLP
        220       230       240       250       260       270      

        300       310       320       330       340       350      
pF1KA1 GDCQQRLLLLLPEVDRQVGPDGLMKLNGSALNNEFFTSAAQGWKERLSEGEFTPEMQVRI
          :: :::::::::::.: ::...:. ::::::::. ::::::.::.:::::::::.::
CCDS45 QHFQQYLLLLLPEVDRQMGSDGILRLSTSALNNEFFAYAAQGWKQRLAEGEFTPEMQLRI
        280       290       300       310       320       330      

        360       370       380       390       400       410      
pF1KA1 RQEIEKEKKVEPWKEQFFESYYGQSSGLSLEDSKKLTASPSDPKVKKTPAEQPKSMPVSE
       :::::::::.:::::.::: .::.. :.: :.: :::..:..  .... .   ...::: 
CCDS45 RQEIEKEKKTEPWKEKFFERFYGEKLGMSREESVKLTTGPNNAGAQSSSSCGTSGLPVSA
        340       350       360       370       380       390      

        420       430       440       450       460           470  
pF1KA1 ASLIRIVPVVSQSECKEEALQMSSPGRKEECESQGEVQPNFSTSSEPLL----SSALNTH
        . .           ...  .:.::.  :         :.: ..  :..    .. .   
CCDS45 QTAL----------AEQQPKSMKSPASPE---------PGFCATLCPMVEIPPKDIMAEL
        400                 410                420       430       

             480       490       500       510       520       530 
pF1KA1 ELSSIL-PIKCPKDEDLLEQKPVTSAEQESEKNHLTTASNYNKSESQESLVTSPSKPKSP
       :  .:: : .   .:.. :.  ..  : ..: ::  :  ..  ::  :::..:       
CCDS45 ESEDILIPEESVIQEEIAEEVETSICECQDE-NH-KTIPEF--SEEAESLTNSH------
       440       450       460        470          480             

             540       550       560       570       580       590 
pF1KA1 GVEKPIVKPTAGAGPQETNMKEPLATLVDQSPESLKRKSSLTQEEAPVSWEKRPRVTENR
         :.: . :      . . :.. : ::  .   ... ::   :::  :  ..        
CCDS45 --EEPQIAPPEDNLESCVMMNDVLETL-PHIEVKIEGKSESPQEEMTVVIDQ--------
         490       500       510        520       530              

             600       610       620       630       640       650 
pF1KA1 QHQQPFQVSPQPFLNRGDRIQVRKVPPLKIPVSRISPMPFHPSQVSPRARFPVSITSPN-
                    :.  : .    .:  .  ....:    . :...      :  ..:. 
CCDS45 -------------LEVCDSL----IPSTS-SMTHVSDTEHKESETA------VETSTPKI
                     540            550       560             570  

              660       670       680       690       700       710
pF1KA1 RTGARTLADIKAKAQLVKAQRAAAAAAAAAAAAASVGGTIPGPGPGGGQGPGEGGEGQTA
       .::. .:                                        :: :.::   .  
CCDS45 KTGSSSLE---------------------------------------GQFPNEGIAIDME
            580                                              590   

              720       730       740       750       760       770
pF1KA1 RGGSPGSDRVSETGKGPTLELAGTGSRGGTRELLPCGPETQPQSETKTTPSQAQPHSVSG
         ..:  ...::..      ... . .:.   :   : :::  :: . ::          
CCDS45 LQSDP-EEQLSENACISETSFSSESPEGACTSLPSPGGETQSTSEESCTP----------
            600       610       620       630       640            

              780       790       800       810       820       830
pF1KA1 AQLQQTPPVPPTPAVSGACTSVPSPAHIEKLDNEKLNPTRATATVASVSHPQGPSSCRQE
       :.:. :            :. : :  . .: .... .     :.. :            :
CCDS45 ASLETT-----------FCSEVSSTENTDKYNQRNSTDENFHASLMS------------E
                       650       660       670                     

              840       850       860       870       880       890
pF1KA1 KAPSPTGPALISGASPVHCAADGTVELKAGPSKNIPNPSASSKTDASVPVAVTPSPLTSL
        .:  :.:  :: ::     ..  .  .:.: .:.:  : .:   ...:..   : ..:.
CCDS45 ISPISTSPE-ISEAS---LMSNLPLTSEASPVSNLPLTSETSPM-SDLPLTSETSSVSSM
     680        690          700       710        720       730    

                 900       910       920       930       940       
pF1KA1 LTTAT---LEKLPVPQVSATTAPAGSAPPSSTLPAASSLKTPGTSLNMNGPTLRPTSSIP
       : :.    . .::.:   . :.: ...  .  . : .. :.:..: .  .:  .  ::  
CCDS45 LLTSETTFVSSLPLP---SETSPISNSSINERM-AHQQRKSPSVSEEPLSPQ-KDESSAT
          740          750       760        770       780          

       950        960       970       980       990      1000      
pF1KA1 ANNPLVTQLL-QGKDVPMEQILPKPLTKVEMKTVPLTAKEERGMGALIATNTTENSTREE
       :. ::  .:  : :..      :.:.     . .: .   :     :   . .... . .
CCDS45 AK-PLGENLTSQQKNLSN---TPEPIIMSSSSIAPEAFPSED----LHNKTLSQQTCKSH
     790        800          810       820           830       840 

       1010      1020        1030      1040      1050      1060    
pF1KA1 VNERQSHPATQQQLGKT--LQSKQLPQVPRPLQLFSAKELRDSSIDTHQYHEGLSKATQD
       :. .. .::.  .:..:  .. :.   . :     . :..  : ..   . ::    :..
CCDS45 VDTEKPYPASIPELASTEMIKVKNHSVLQR-----TEKKVLPSPLELSVFSEG----TDN
             850       860       870            880           890  

         1070      1080      1090      1100      1110      1120    
pF1KA1 QILQTLIQRVRRQNLLSVVPPSQFNFAHSGFQLEDISTSQRFMLGFAGRRTSKPAMAGHY
       .  .    ... .. .: :  . :. .  .   .. ::..:.  . ... .:.:. .   
CCDS45 KGNELPSAKLQDKQYISSVDKAPFSEGSRNKTHKQGSTQSRLETSHTSK-SSEPSKSPDG
            900       910       920       930       940        950 

         1130      1140      1150      1160      1170      1180    
pF1KA1 LLNISTYGRGSESFRRTHSVNPEDRFCLSSPTEALKMGYTDCKNATGESSSSKEDDTDEE
       . : :   : ::  .:  ..  .  : . .  .:      . .: .. :   ::.   ::
CCDS45 IRNES---RDSEISKR--KTAEQHSFGICKEKRARIEDDQSTRNISSSSPPEKEQPPREE
                960         970       980       990      1000      

            1190           1200      1210         1220       1230  
pF1KA1 STGDE---QES-----VTVKEEPQVSQSAGKGDTS---SGPHSRETLSTSDCLA-SKNVK
               : :       .: .: ::.  ....::   :: ..  . . .:  : .....
CCDS45 PRVPPLKIQLSKIGPPFIIKSQP-VSKPESRASTSTSVSGGRNTGARTLADIKARAQQAR
       1010      1020       1030      1040      1050      1060     

           1240      1250           1260      1270       1280      
pF1KA1 AEIPLNEQTTLSKENYLFTR-----GQTFDEKTLARDLIQAAQKQMA-HAVRGKAIRSSP
       :.      ....    . .      :.    .:::.   :.  : .: : .:.. ...: 
CCDS45 AQREAAAAAAVAAAASIVSGAMGSPGEGGKTRTLAHIKEQTKAKLFAKHQARAHLFQTSK
        1070      1080      1090      1100      1110      1120     

       1290      1300       1310      1320        1330      1340   
pF1KA1 ELFSSTVLPLPADSPTHQP-LLLPPLQTPKLYGSPTQI--GPSYRGMINVSTSSDMDHNS
       :    : :: : .:    : : .      :. ::   :  .:. :.  :   :. . ...
CCDS45 E----TRLPPPLSSKEGPPNLEVSSTPETKMEGSTGVIIVNPNCRSPSN--KSAHLRETT
            1130      1140      1150      1160      1170           

          1350      1360      1370      1380      1390      1400   
pF1KA1 AVPGSQVSSNVGDVMSFSVTVTTIPASQAMNPSSHGQTIPVQAFSEENSIEGTPSKCYCR
       .:   : : : .  .  ..:  .. .:.   : :: .   :.. : :::           
CCDS45 TV--LQQSLNPSK-LPETATDLSVHSSDENIPVSHLSEKIVSSTSSENSSVPMLFNKNSV
    1180        1190       1200      1210      1220      1230      

          1410      1420      1430                                 
pF1KA1 LKAMIMCKGCGAFCHDDCIGPSKLCVSCLVVR                            
                                                                   
CCDS45 PVSVCSTAISGAIKEHPFVSSVDKSSVLMSVDSANTTISACNISMLKTIQGTDTPCIAII
       1240      1250      1260      1270      1280      1290      

>>CCDS13201.1 ASXL1 gene_id:171023|Hs108|chr20            (1541 aa)
 initn: 1581 init1: 629 opt: 693  Z-score: 356.6  bits: 78.6 E(32554): 1.5e-13
Smith-Waterman score: 1358; 33.1% identity (59.2% similar) in 1030 aa overlap (1-976:1-948)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA1 MREKGRRKKGRTWAEAAKTVLEKYPNTPMSHKEILQVIQREGLKEIRSGTSPLACLNAML
       :..: ..:: :::::::. :::.: ..::. :.:::::. :::::.::::::::::::::
CCDS13 MKDKQKKKKERTWAEAARLVLENYSDAPMTPKQILQVIEAEGLKEMRSGTSPLACLNAML
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KA1 HTNSRGEEGIFYKVPGRMGVYTLKKDVPDGVKELSEGSEESSDGQSDSQSSENSSSSSDG
       :.:::: ::.:::.:::....:::::. .  .. .    :  .  .: .:  .. .:. .
CCDS13 HSNSRGGEGLFYKLPGRISLFTLKKDALQWSRHPATVEGEEPEDTADVESCGSNEASTVS
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KA1 GSNKEGKKSRWKRKVSSSSPQSGCPSPTIPAGKVISPSQKHSKKALKQALKQQQQKKQQQ
       : :  .        .. .: ...: . .   .. .: . . : .: .:: :   :::.  
CCDS13 GENDVS--------LDETSSNASCSTES--QSRPLS-NPRDSYRASSQANK---QKKKTG
                      130       140          150       160         

              190       200       210       220       230          
pF1KA1 QCRPSISISSNQHLSLKTVKAASDSVPAKPATWEGKQSDGQTGSPQNSNSSF----SSSV
          : . ..      ::.  :  .:. .    . : ..::..:::..:.:.     :...
CCDS13 VMLPRVVLTP-----LKVNGAHVESASG----FSGCHADGESGSPSSSSSGSLALGSAAI
        170            180           190       200       210       

        240       250       260       270       280       290      
pF1KA1 KVENTLLGLGKKSFQRSERLHTRQMKRTKCADIDVETPDSILVNTNLRALINKHTFSVLP
       . .  .       ..  ..  : ::::..  .:: ::: :::::::::::::..:: .::
CCDS13 RGQAEVTQDPAPLLRGFRKPATGQMKRNRGEEIDFETPGSILVNTNLRALINSRTFHALP
       220       230       240       250       260       270       

        300       310       320       330       340       350      
pF1KA1 GDCQQRLLLLLPEVDRQVGPDGLMKLNGSALNNEFFTSAAQGWKERLSEGEFTPEMQVRI
       .  ::.::.:::::::::: :::..:..::::::::: :::.:.:::..:::: ::::::
CCDS13 SHFQQQLLFLLPEVDRQVGTDGLLRLSSSALNNEFFTHAAQSWRERLADGEFTHEMQVRI
       280       290       300       310       320       330       

        360       370       380       390       400          410   
pF1KA1 RQEIEKEKKVEPWKEQFFESYYGQSSGLSLEDSKKLTASPSDPKVKK---TPAEQPKSMP
       :::.::::::: :::.:::.::::. ::. :.: . ...  . ..:.   .:.:. . . 
CCDS13 RQEMEKEKKVEQWKEKFFEDYYGQKLGLTKEESLQQNVGQEEAEIKSGLCVPGESVR-IQ
       340       350       360       370       380       390       

           420       430       440       450       460        470  
pF1KA1 VSEASLIRIVPVVSQSECKEEALQMSSPGRKEECESQGEVQPNFSTSSE-PLLSSALNTH
        . :.  :     ..:.   ..    .  .:.: :. : ..   :..:. :: ...    
CCDS13 RGPATRQRDGHFKKRSRPDLRTRARRNLYKKQESEQAGVAKDAKSVASDVPLYKDGEAKT
        400       410       420       430       440       450      

            480       490       500       510        520        530
pF1KA1 ELSSILPIKCPKDEDLLEQKPVTSAEQESEKNHLTTASNYNKSESQ-ESLVTSPSKP-KS
       . ...   . :          ..::  . :  .. . :  .. ... ..:. . ..: . 
CCDS13 DPAGLSSPHLPG---------TSSAAPDLEGPEFPVESVASRIQAEPDNLARASASPDRI
        460                470       480       490       500       

              540       550       560       570       580          
pF1KA1 PGVEKPIVKPTAGAGPQETNMKEPLATLVDQSPESLKRKSSLTQEEAPVSW-EKRPRVTE
       :..            ::::         ::: :.. ::::   .. : .:. ::.::. :
CCDS13 PSL------------PQET---------VDQEPKDQKRKS--FEQAASASFPEKKPRL-E
       510                            520         530       540    

     590            600       610       620       630              
pF1KA1 NRQH-----QQPFQVSPQPFLNRGDRIQVRKVPPLKIPVSRISPMPF----HPS-QVSPR
       .::      ..    .:::  ..       ::::..: .:::.: :.    .:. :. ::
CCDS13 DRQSFRNTIESVHTEKPQPTKEEP------KVPPIRIQLSRIKP-PWVVKGQPTYQICPR
           550       560             570       580        590      

     640        650       660       670       680       690        
pF1KA1 ARFPVSITS-PNRTGARTLADIKAKAQLVKAQRAAAAAAAAAAAAASVGGTIPGPGPGGG
         .:.. .:  . :::::::::::.:  :.. :.      ::..: . ::   ::: :::
CCDS13 I-IPTTESSCRGWTGARTLADIKARALQVRGARGHHCHREAATTAIGGGG---GPGGGGG
         600       610       620       630       640          650  

      700        710       720       730       740       750       
pF1KA1 QGPGEGG-EGQTARGGSPGSDRVSETGKGPTLELAGTGSRGGTRELLPCGPETQPQSETK
        .  ::: .:...  :. .  .    : ::.     :..   : .:::  : .  .... 
CCDS13 GATDEGGGRGSSSGDGGEACGHPEPRG-GPSTPGKCTSDLQRT-QLLPPYPLNGEHTQAG
            660       670        680       690        700       710

       760       770            780       790        800       810 
pF1KA1 TTPSQAQPHSVSGAQ-----LQQTPPVPPTPAVSGACTSVP-SPAHIEKLDNEKLNPTRA
       :. :.:. ... . .     : :   :  : .. :  ...: .:.  .  .   :  ...
CCDS13 TAMSRARREDLPSLRKEESCLLQRATVGLTDGL-GDASQLPVAPTGDQPCQALPLLSSQT
              720       730       740        750       760         

             820       830                840        850       860 
pF1KA1 TATVASVSHPQGPSSCRQEKAPSPT---------GPALISGASPVHC-AADGTVELKAGP
       ...   : .::   . : :   . :         ::.. .  .:.   ..: :.:  .: 
CCDS13 SVAERLVEQPQLHPDVRTECESGTTSWESDDEEQGPTVPADNGPIPSLVGDDTLEKGTGQ
     770       780       790       800       810       820         

             870       880       890       900       910           
pF1KA1 SKNIPNPSASSKTDASVPVAVTPSPLTSLLTTATLEKLPVPQVSATTAPAGSAPP-----
       . .  .:. ..      :: ::::   :   ..  . :     .   . .:: ::     
CCDS13 ALD-SHPTMKD------PVNVTPS---STPESSPTDCLQNRAFDDELGLGGSCPPMRESD
     830              840          850       860       870         

               920          930       940       950       960      
pF1KA1 -------SSTLPAASSLK---TPGTSLNMNGPTLRPTSSIPANNPLVTQLLQGKDVPMEQ
              ...: . :::.    :...  .. :  .    ::. .: : .  . : .:   
CCDS13 TRQENLKTKALVSNSSLHWIPIPSNDEVVKQPKPESREHIPSVEPQVGEEWE-KAAPTPP
     880       890       900       910       920       930         

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pF1KA1 ILPKPLTKVEMKTVPLTAKEERGMGALIATNTTENSTREEVNERQSHPATQQQLGKTLQS
        ::  ::  :                                                  
CCDS13 ALPGDLTAEEGLDPLDSLTSLWTVPSRGGSDSNGSYCQQVDIEKLKINGDSEALSPHGES
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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