Result of FASTA (omim) for pF1KA1402
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KA1402, 772 aa
  1>>>pF1KA1402 772 - 772 aa - 772 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.3445+/-0.000378; mu= 2.0940+/- 0.024
 mean_var=196.7096+/-39.851, 0's: 0 Z-trim(120.3): 30  B-trim: 405 in 1/53
 Lambda= 0.091445
 statistics sampled from 35237 (35267) to 35237 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.728), E-opt: 0.2 (0.413), width:  16
 Scan time: 13.660

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_061888 (OMIM: 608037) chondroitin sulfate glucu ( 772) 5229 702.7 1.5e-201
NP_001271224 (OMIM: 608037) chondroitin sulfate gl ( 764) 5104 686.2 1.4e-196
NP_078812 (OMIM: 610405) chondroitin sulfate synth ( 775) 2330 320.2 2.1e-86
NP_001182660 (OMIM: 610405) chondroitin sulfate sy ( 613) 2028 280.3 1.7e-74
XP_011510140 (OMIM: 610405) PREDICTED: chondroitin ( 484) 1495 210.0   2e-53
NP_055733 (OMIM: 605282,608183) chondroitin sulfat ( 802)  486 76.9 3.6e-13
NP_787052 (OMIM: 609963) chondroitin sulfate synth ( 882)  444 71.4 1.8e-11
XP_011541665 (OMIM: 609963) PREDICTED: chondroitin ( 573)  329 56.2 4.7e-07
XP_011519666 (OMIM: 605282,608183) PREDICTED: chon ( 830)  242 44.8  0.0018
XP_005272040 (OMIM: 609963) PREDICTED: chondroitin ( 363)  231 43.1  0.0025
XP_005272039 (OMIM: 609963) PREDICTED: chondroitin ( 377)  231 43.1  0.0026
XP_011541667 (OMIM: 609963) PREDICTED: chondroitin ( 397)  231 43.2  0.0027
XP_016864924 (OMIM: 609963) PREDICTED: chondroitin ( 449)  231 43.2   0.003
XP_011513755 (OMIM: 610555) PREDICTED: glycoprotei ( 363)  226 42.5  0.0039
NP_064541 (OMIM: 610555) glycoprotein-N-acetylgala ( 363)  226 42.5  0.0039
XP_016867933 (OMIM: 610555) PREDICTED: glycoprotei ( 363)  226 42.5  0.0039
XP_011513757 (OMIM: 610555) PREDICTED: glycoprotei ( 363)  226 42.5  0.0039
XP_016867937 (OMIM: 610555) PREDICTED: glycoprotei ( 363)  226 42.5  0.0039
XP_016867935 (OMIM: 610555) PREDICTED: glycoprotei ( 363)  226 42.5  0.0039
XP_016867931 (OMIM: 610555) PREDICTED: glycoprotei ( 363)  226 42.5  0.0039
XP_016867934 (OMIM: 610555) PREDICTED: glycoprotei ( 363)  226 42.5  0.0039
XP_016867932 (OMIM: 610555) PREDICTED: glycoprotei ( 363)  226 42.5  0.0039
XP_011513758 (OMIM: 610555) PREDICTED: glycoprotei ( 363)  226 42.5  0.0039
XP_016867936 (OMIM: 610555) PREDICTED: glycoprotei ( 363)  226 42.5  0.0039
XP_005249869 (OMIM: 610555) PREDICTED: glycoprotei ( 371)  226 42.5   0.004


>>NP_061888 (OMIM: 608037) chondroitin sulfate glucurony  (772 aa)
 initn: 5229 init1: 5229 opt: 5229  Z-score: 3739.4  bits: 702.7 E(85289): 1.5e-201
Smith-Waterman score: 5229; 100.0% identity (100.0% similar) in 772 aa overlap (1-772:1-772)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA1 MRLSSLLALLRPALPLILGLSLGCSLSLLRVSWIQGEGEDPCVEAVGERGGPQNPDSRAR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 MRLSSLLALLRPALPLILGLSLGCSLSLLRVSWIQGEGEDPCVEAVGERGGPQNPDSRAR
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KA1 LDQSDEDFKPRIVPYYRDPNKPYKKVLRTRYIQTELGSRERLLVAVLTSRATLSTLAVAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 LDQSDEDFKPRIVPYYRDPNKPYKKVLRTRYIQTELGSRERLLVAVLTSRATLSTLAVAV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KA1 NRTVAHHFPRLLYFTGQRGARAPAGMQVVSHGDERPAWLMSETLRHLHTHFGADYDWFFI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 NRTVAHHFPRLLYFTGQRGARAPAGMQVVSHGDERPAWLMSETLRHLHTHFGADYDWFFI
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KA1 MQDDTYVQAPRLAALAGHLSINQDLYLGRAEEFIGAGEQARYCHGGFGYLLSRSLLLRLR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 MQDDTYVQAPRLAALAGHLSINQDLYLGRAEEFIGAGEQARYCHGGFGYLLSRSLLLRLR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KA1 PHLDGCRGDILSARPDEWLGRCLIDSLGVGCVSQHQGQQYRSFELAKNRDPEKEGSSAFL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PHLDGCRGDILSARPDEWLGRCLIDSLGVGCVSQHQGQQYRSFELAKNRDPEKEGSSAFL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KA1 SAFAVHPVSEGTLMYRLHKRFSALELERAYSEIEQLQAQIRNLTVLTPEGEAGLSWPVGL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SAFAVHPVSEGTLMYRLHKRFSALELERAYSEIEQLQAQIRNLTVLTPEGEAGLSWPVGL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KA1 PAPFTPHSRFEVLGWDYFTEQHTFSCADGAPKCPLQGASRADVGDALETALEQLNRRYQP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PAPFTPHSRFEVLGWDYFTEQHTFSCADGAPKCPLQGASRADVGDALETALEQLNRRYQP
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KA1 RLRFQKQRLLNGYRRFDPARGMEYTLDLLLECVTQRGHRRALARRVSLLRPLSRVEILPM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 RLRFQKQRLLNGYRRFDPARGMEYTLDLLLECVTQRGHRRALARRVSLLRPLSRVEILPM
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KA1 PYVTEATRVQLVLPLLVAEAAAAPAFLEAFAANVLEPREHALLTLLLVYGPREGGRGAPD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PYVTEATRVQLVLPLLVAEAAAAPAFLEAFAANVLEPREHALLTLLLVYGPREGGRGAPD
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KA1 PFLGVKAAAAELERRYPGTRLAWLAVRAEAPSQVRLMDVVSKKHPVDTLFFLTTVWTRPG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PFLGVKAAAAELERRYPGTRLAWLAVRAEAPSQVRLMDVVSKKHPVDTLFFLTTVWTRPG
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KA1 PEVLNRCRMNAISGWQAFFPVHFQEFNPALSPQRSPPGPPGAGPDPPSPPGADPSRGAPI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PEVLNRCRMNAISGWQAFFPVHFQEFNPALSPQRSPPGPPGAGPDPPSPPGADPSRGAPI
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KA1 GGRFDRQASAEGCFYNADYLAARARLAGELAGQEEEEALEGLEVMDVFLRFSGLHLFRAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 GGRFDRQASAEGCFYNADYLAARARLAGELAGQEEEEALEGLEVMDVFLRFSGLHLFRAV
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770  
pF1KA1 EPGLVQKFSLRDCSPRLSEELYHRCRLSNLEGLGGRAQLAMALFEQEQANST
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 EPGLVQKFSLRDCSPRLSEELYHRCRLSNLEGLGGRAQLAMALFEQEQANST
              730       740       750       760       770  

>>NP_001271224 (OMIM: 608037) chondroitin sulfate glucur  (764 aa)
 initn: 5080 init1: 5080 opt: 5104  Z-score: 3650.3  bits: 686.2 E(85289): 1.4e-196
Smith-Waterman score: 5104; 98.4% identity (98.8% similar) in 767 aa overlap (6-772:1-764)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA1 MRLSSLLALLRPALPLILGLSLGCSLSLLRVSWIQGEGEDPCVEAVGERGGPQNPDSRAR
            .:.: :: ::     .:  ::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001      MLSLARPPLP---PTGLRTSLSLLRVSWIQGEGEDPCVEAVGERGGPQNPDSRAR
                    10           20        30        40        50  

               70        80        90       100       110       120
pF1KA1 LDQSDEDFKPRIVPYYRDPNKPYKKVLRTRYIQTELGSRERLLVAVLTSRATLSTLAVAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LDQSDEDFKPRIVPYYRDPNKPYKKVLRTRYIQTELGSRERLLVAVLTSRATLSTLAVAV
             60        70        80        90       100       110  

              130       140       150       160       170       180
pF1KA1 NRTVAHHFPRLLYFTGQRGARAPAGMQVVSHGDERPAWLMSETLRHLHTHFGADYDWFFI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NRTVAHHFPRLLYFTGQRGARAPAGMQVVSHGDERPAWLMSETLRHLHTHFGADYDWFFI
            120       130       140       150       160       170  

              190       200       210       220       230       240
pF1KA1 MQDDTYVQAPRLAALAGHLSINQDLYLGRAEEFIGAGEQARYCHGGFGYLLSRSLLLRLR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MQDDTYVQAPRLAALAGHLSINQDLYLGRAEEFIGAGEQARYCHGGFGYLLSRSLLLRLR
            180       190       200       210       220       230  

              250       260       270       280       290       300
pF1KA1 PHLDGCRGDILSARPDEWLGRCLIDSLGVGCVSQHQGQQYRSFELAKNRDPEKEGSSAFL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PHLDGCRGDILSARPDEWLGRCLIDSLGVGCVSQHQGQQYRSFELAKNRDPEKEGSSAFL
            240       250       260       270       280       290  

              310       320       330       340       350       360
pF1KA1 SAFAVHPVSEGTLMYRLHKRFSALELERAYSEIEQLQAQIRNLTVLTPEGEAGLSWPVGL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SAFAVHPVSEGTLMYRLHKRFSALELERAYSEIEQLQAQIRNLTVLTPEGEAGLSWPVGL
            300       310       320       330       340       350  

              370       380       390       400       410       420
pF1KA1 PAPFTPHSRFEVLGWDYFTEQHTFSCADGAPKCPLQGASRADVGDALETALEQLNRRYQP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PAPFTPHSRFEVLGWDYFTEQHTFSCADGAPKCPLQGASRADVGDALETALEQLNRRYQP
            360       370       380       390       400       410  

              430       440       450       460       470       480
pF1KA1 RLRFQKQRLLNGYRRFDPARGMEYTLDLLLECVTQRGHRRALARRVSLLRPLSRVEILPM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RLRFQKQRLLNGYRRFDPARGMEYTLDLLLECVTQRGHRRALARRVSLLRPLSRVEILPM
            420       430       440       450       460       470  

              490       500       510       520       530       540
pF1KA1 PYVTEATRVQLVLPLLVAEAAAAPAFLEAFAANVLEPREHALLTLLLVYGPREGGRGAPD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PYVTEATRVQLVLPLLVAEAAAAPAFLEAFAANVLEPREHALLTLLLVYGPREGGRGAPD
            480       490       500       510       520       530  

              550       560       570       580       590       600
pF1KA1 PFLGVKAAAAELERRYPGTRLAWLAVRAEAPSQVRLMDVVSKKHPVDTLFFLTTVWTRPG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PFLGVKAAAAELERRYPGTRLAWLAVRAEAPSQVRLMDVVSKKHPVDTLFFLTTVWTRPG
            540       550       560       570       580       590  

              610       620       630       640       650       660
pF1KA1 PEVLNRCRMNAISGWQAFFPVHFQEFNPALSPQRSPPGPPGAGPDPPSPPGADPSRGAPI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PEVLNRCRMNAISGWQAFFPVHFQEFNPALSPQRSPPGPPGAGPDPPSPPGADPSRGAPI
            600       610       620       630       640       650  

              670       680       690       700       710       720
pF1KA1 GGRFDRQASAEGCFYNADYLAARARLAGELAGQEEEEALEGLEVMDVFLRFSGLHLFRAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GGRFDRQASAEGCFYNADYLAARARLAGELAGQEEEEALEGLEVMDVFLRFSGLHLFRAV
            660       670       680       690       700       710  

              730       740       750       760       770  
pF1KA1 EPGLVQKFSLRDCSPRLSEELYHRCRLSNLEGLGGRAQLAMALFEQEQANST
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EPGLVQKFSLRDCSPRLSEELYHRCRLSNLEGLGGRAQLAMALFEQEQANST
            720       730       740       750       760    

>>NP_078812 (OMIM: 610405) chondroitin sulfate synthase   (775 aa)
 initn: 2695 init1: 1003 opt: 2330  Z-score: 1672.3  bits: 320.2 E(85289): 2.1e-86
Smith-Waterman score: 2869; 56.9% identity (78.7% similar) in 795 aa overlap (1-772:1-775)

               10        20        30               40        50   
pF1KA1 MRLSSLLALLRPALPLILGLSLGCSLSLLRVSWIQ---GEGE----DPCVEAVGERGGPQ
       :: : ::..:::: :. .:.::: .:::: :.:..   : :     :  .   :. .. .
NP_078 MRASLLLSVLRPAGPVAVGISLGFTLSLLSVTWVEEPCGPGPPQPGDSELPPRGNTNAAR
               10        20        30        40        50        60

                  60           70         80        90       100   
pF1KA1 NPDS------RARLDQSD---EDFKPRIVPYY-RDPNKPYKKVLRTRYIQTELGSRERLL
        :.:      : .   ..   :...::..::.  .:..  ::..:::::.:::: :.:::
NP_078 RPNSVQPGAEREKPGAGEGAGENWEPRVLPYHPAQPGQAAKKAVRTRYISTELGIRQRLL
               70        80        90       100       110       120

           110       120       130       140       150       160   
pF1KA1 VAVLTSRATLSTLAVAVNRTVAHHFPRLLYFTGQRGARAPAGMQVVSHGDERPAWLMSET
       ::::::..:: ::.::::::..:.. :....:: :: ::: :: ::. :.:::   .  .
NP_078 VAVLTSQTTLPTLGVAVNRTLGHRLERVVFLTGARGRRAPPGMAVVTLGEERPIGHLHLA
              130       140       150       160       170       180

           170       180       190       200         210       220 
pF1KA1 LRHLHTHFGADYDWFFIMQDDTYVQAPRLAALAGHLSINQ--DLYLGRAEEFIGAGEQA-
       ::::  . : :.::::.. : ::..:  :: :.::::. .   ::::: ..::: :: . 
NP_078 LRHLLEQHGDDFDWFFLVPDTTYTEAHGLARLTGHLSLASAAHLYLGRPQDFIG-GEPTP
              190       200       210       220       230          

               230       240       250       260       270         
pF1KA1 -RYCHGGFGYLLSRSLLLRLRPHLDGCRGDILSARPDEWLGRCLIDSLGVGCVSQHQGQQ
        :::::::: :::: :: .:::::.:::.::.:::::::::::..:. ::::...:.: .
NP_078 GRYCHGGFGVLLSRMLLQQLRPHLEGCRNDIVSARPDEWLGRCILDATGVGCTGDHEGVH
     240       250       260       270       280       290         

     280       290       300       310       320       330         
pF1KA1 YRSFELAKNRDPEKEGSSAFLSAFAVHPVSEGTLMYRLHKRFSALELERAYSEIEQLQAQ
       :  .::. . .: .::.  : ::...::: . . ::.::: :.  ::::.:.::..:: .
NP_078 YSHLELSPG-EPVQEGDPHFRSALTAHPVRDPVHMYQLHKAFARAELERTYQEIQELQWE
     300        310       320       330       340       350        

     340       350       360       370       380       390         
pF1KA1 IRNLTVLTPEGEAGLSWPVGLPAPFTPHSRFEVLGWDYFTEQHTFSCADGAPKCPLQGAS
       :.: . :. .:. . .::::.:::  : :::::: ::::::::.::::::.:.:::.::.
NP_078 IQNTSHLAVDGDRAAAWPVGIPAPSRPASRFEVLRWDYFTEQHAFSCADGSPRCPLRGAD
      360       370       380       390       400       410        

     400       410       420       430       440       450         
pF1KA1 RADVGDALETALEQLNRRYQPRLRFQKQRLLNGYRRFDPARGMEYTLDLLLECVTQRGHR
       ::::.:.: ::::.:::::.: ::.:::.:.:::::::::::::::::: :: .: .: :
NP_078 RADVADVLGTALEELNRRYHPALRLQKQQLVNGYRRFDPARGMEYTLDLQLEALTPQGGR
      420       430       440       450       460       470        

     460       470       480       490       500       510         
pF1KA1 RALARRVSLLRPLSRVEILPMPYVTEATRVQLVLPLLVAEAAAAPAFLEAFAANVLEPRE
       : :.:::.::::::::::::.::::::.:. ..::: .::   ::.::::::. .::: .
NP_078 RPLTRRVQLLRPLSRVEILPVPYVTEASRLTVLLPLAAAERDLAPGFLEAFATAALEPGD
      480       490       500       510       520       530        

     520        530        540       550       560       570       
pF1KA1 HAL-LTLLLVYGPREGGRGA-PDPFLGVKAAAAELERRYPGTRLAWLAVRAEAPSQVRLM
        :  :::::.: ::.. : :  : :  ::: .::::::.::.:. ::.:.. ::: .:::
NP_078 AAAALTLLLLYEPRQAQRVAHADVFAPVKAHVAELERRFPGARVPWLSVQTAAPSPLRLM
      540       550       560       570       580       590        

       580       590       600       610       620       630       
pF1KA1 DVVSKKHPVDTLFFLTTVWTRPGPEVLNRCRMNAISGWQAFFPVHFQEFNPALSPQRSPP
       :..:::::.::::.:.   :   :. ::::::.::::::::::.::: :.::..: ..: 
NP_078 DLLSKKHPLDTLFLLAGPDTVLTPDFLNRCRMHAISGWQAFFPMHFQAFHPAVAPPQGP-
      600       610       620       630       640       650        

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pF1KA1 GPPGAGPDPPSPPGADPSRGAPIGGRFDRQASAEGCFYNADYLAARARLAGELAGQEEEE
       :::  : :                :::::::..:.::::.::.:::.:::.  :...:::
NP_078 GPPELGRDT---------------GRFDRQAASEACFYNSDYVAARGRLAA--ASEQEEE
       660                      670       680       690         700

       700       710       720       730       740       750       
pF1KA1 ALEGLEVMDVFLRFSGLHLFRAVEPGLVQKFSLRDCSPRLSEELYHRCRLSNLEGLGGRA
        ::.:.:...::.::.::..:::::.:.:..  . :: ::::.:::::  : :::::.:.
NP_078 LLESLDVYELFLHFSSLHVLRAVEPALLQRYRAQTCSARLSEDLYHRCLQSVLEGLGSRT
              710       720       730       740       750       760

       760       770  
pF1KA1 QLAMALFEQEQANST
       :::: ::::::.:::
NP_078 QLAMLLFEQEQGNST
              770     

>>NP_001182660 (OMIM: 610405) chondroitin sulfate syntha  (613 aa)
 initn: 2302 init1: 1003 opt: 2028  Z-score: 1458.6  bits: 280.3 E(85289): 1.7e-74
Smith-Waterman score: 2462; 59.7% identity (80.6% similar) in 633 aa overlap (146-772:1-613)

         120       130       140       150       160       170     
pF1KA1 LAVAVNRTVAHHFPRLLYFTGQRGARAPAGMQVVSHGDERPAWLMSETLRHLHTHFGADY
                                     : ::. :.:::   .  .::::  . : :.
NP_001                               MAVVTLGEERPIGHLHLALRHLLEQHGDDF
                                             10        20        30

         180       190       200         210       220         230 
pF1KA1 DWFFIMQDDTYVQAPRLAALAGHLSINQ--DLYLGRAEEFIGAGEQA--RYCHGGFGYLL
       ::::.. : ::..:  :: :.::::. .   ::::: ..::: :: .  :::::::: ::
NP_001 DWFFLVPDTTYTEAHGLARLTGHLSLASAAHLYLGRPQDFIG-GEPTPGRYCHGGFGVLL
               40        50        60        70         80         

             240       250       260       270       280       290 
pF1KA1 SRSLLLRLRPHLDGCRGDILSARPDEWLGRCLIDSLGVGCVSQHQGQQYRSFELAKNRDP
       :: :: .:::::.:::.::.:::::::::::..:. ::::...:.: .:  .::. . .:
NP_001 SRMLLQQLRPHLEGCRNDIVSARPDEWLGRCILDATGVGCTGDHEGVHYSHLELSPG-EP
      90       100       110       120       130       140         

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pF1KA1 EKEGSSAFLSAFAVHPVSEGTLMYRLHKRFSALELERAYSEIEQLQAQIRNLTVLTPEGE
        .::.  : ::...::: . . ::.::: :.  ::::.:.::..:: .:.: . :. .:.
NP_001 VQEGDPHFRSALTAHPVRDPVHMYQLHKAFARAELERTYQEIQELQWEIQNTSHLAVDGD
      150       160       170       180       190       200        

             360       370       380       390       400       410 
pF1KA1 AGLSWPVGLPAPFTPHSRFEVLGWDYFTEQHTFSCADGAPKCPLQGASRADVGDALETAL
        . .::::.:::  : :::::: ::::::::.::::::.:.:::.::.::::.:.: :::
NP_001 RAAAWPVGIPAPSRPASRFEVLRWDYFTEQHAFSCADGSPRCPLRGADRADVADVLGTAL
      210       220       230       240       250       260        

             420       430       440       450       460       470 
pF1KA1 EQLNRRYQPRLRFQKQRLLNGYRRFDPARGMEYTLDLLLECVTQRGHRRALARRVSLLRP
       :.:::::.: ::.:::.:.:::::::::::::::::: :: .: .: :: :.:::.::::
NP_001 EELNRRYHPALRLQKQQLVNGYRRFDPARGMEYTLDLQLEALTPQGGRRPLTRRVQLLRP
      270       280       290       300       310       320        

             480       490       500       510       520        530
pF1KA1 LSRVEILPMPYVTEATRVQLVLPLLVAEAAAAPAFLEAFAANVLEPREHAL-LTLLLVYG
       ::::::::.::::::.:. ..::: .::   ::.::::::. .::: . :  :::::.: 
NP_001 LSRVEILPVPYVTEASRLTVLLPLAAAERDLAPGFLEAFATAALEPGDAAAALTLLLLYE
      330       340       350       360       370       380        

               540       550       560       570       580         
pF1KA1 PREGGRGA-PDPFLGVKAAAAELERRYPGTRLAWLAVRAEAPSQVRLMDVVSKKHPVDTL
       ::.. : :  : :  ::: .::::::.::.:. ::.:.. ::: .::::..:::::.:::
NP_001 PRQAQRVAHADVFAPVKAHVAELERRFPGARVPWLSVQTAAPSPLRLMDLLSKKHPLDTL
      390       400       410       420       430       440        

     590       600       610       620       630       640         
pF1KA1 FFLTTVWTRPGPEVLNRCRMNAISGWQAFFPVHFQEFNPALSPQRSPPGPPGAGPDPPSP
       :.:.   :   :. ::::::.::::::::::.::: :.::..: ..: :::  : :    
NP_001 FLLAGPDTVLTPDFLNRCRMHAISGWQAFFPMHFQAFHPAVAPPQGP-GPPELGRDT---
      450       460       470       480       490        500       

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pF1KA1 PGADPSRGAPIGGRFDRQASAEGCFYNADYLAARARLAGELAGQEEEEALEGLEVMDVFL
                   :::::::..:.::::.::.:::.:::.  :...::: ::.:.:...::
NP_001 ------------GRFDRQAASEACFYNSDYVAARGRLAA--ASEQEEELLESLDVYELFL
                      510       520       530         540       550

     710       720       730       740       750       760         
pF1KA1 RFSGLHLFRAVEPGLVQKFSLRDCSPRLSEELYHRCRLSNLEGLGGRAQLAMALFEQEQA
       .::.::..:::::.:.:..  . :: ::::.:::::  : :::::.:.:::: ::::::.
NP_001 HFSSLHVLRAVEPALLQRYRAQTCSARLSEDLYHRCLQSVLEGLGSRTQLAMLLFEQEQG
              560       570       580       590       600       610

     770  
pF1KA1 NST
       :::
NP_001 NST
          

>>XP_011510140 (OMIM: 610405) PREDICTED: chondroitin sul  (484 aa)
 initn: 1788 init1: 993 opt: 1495  Z-score: 1080.1  bits: 210.0 E(85289): 2e-53
Smith-Waterman score: 1929; 60.1% identity (81.2% similar) in 499 aa overlap (276-772:5-484)

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pF1KA1 CRGDILSARPDEWLGRCLIDSLGVGCVSQHQGQQYRSFELAKNRDPEKEGSSAFLSAFAV
                                     :: .:  .::. . .: .::.  : ::...
XP_011                           MLEIQGVHYSHLELSPG-EPVQEGDPHFRSALTA
                                         10         20        30   

         310       320       330       340       350       360     
pF1KA1 HPVSEGTLMYRLHKRFSALELERAYSEIEQLQAQIRNLTVLTPEGEAGLSWPVGLPAPFT
       ::: . . ::.::: :.  ::::.:.::..:: .:.: . :. .:. . .::::.:::  
XP_011 HPVRDPVHMYQLHKAFARAELERTYQEIQELQWEIQNTSHLAVDGDQAAAWPVGIPAPSR
            40        50        60        70        80        90   

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pF1KA1 PHSRFEVLGWDYFTEQHTFSCADGAPKCPLQGASRADVGDALETALEQLNRRYQPRLRFQ
       : :::::: ::::::::.::::::.:.:::.::.::::.:.: ::::.:::::.: ::.:
XP_011 PASRFEVLRWDYFTEQHAFSCADGSPRCPLRGADRADVADVLGTALEELNRRYHPALRLQ
           100       110       120       130       140       150   

         430       440       450       460       470       480     
pF1KA1 KQRLLNGYRRFDPARGMEYTLDLLLECVTQRGHRRALARRVSLLRPLSRVEILPMPYVTE
       ::.:.:::::::::::::::::: :: .: .: :: :.:::.::::::::::::.:::::
XP_011 KQQLVNGYRRFDPARGMEYTLDLQLEALTPQGGRRPLTRRVQLLRPLSRVEILPVPYVTE
           160       170       180       190       200       210   

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pF1KA1 ATRVQLVLPLLVAEAAAAPAFLEAFAANVLEPREHAL-LTLLLVYGPREGGRGA-PDPFL
       :.:. ..::: .::   ::.::::::. .::: . :  :::::.: ::.. : :  : : 
XP_011 ASRLTVLLPLAAAERDLAPGFLEAFATAALEPGDAAAALTLLLLYEPRQAQRVAHADVFA
           220       230       240       250       260       270   

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pF1KA1 GVKAAAAELERRYPGTRLAWLAVRAEAPSQVRLMDVVSKKHPVDTLFFLTTVWTRPGPEV
        ::: .::::::.::.:. ::.:.. ::: .::::..:::::.::::.:.   :   :. 
XP_011 PVKAHVAELERRFPGARVPWLSVQTAAPSPLRLMDLLSKKHPLDTLFLLAGPDTVLTPDF
           280       290       300       310       320       330   

           610       620       630       640       650       660   
pF1KA1 LNRCRMNAISGWQAFFPVHFQEFNPALSPQRSPPGPPGAGPDPPSPPGADPSRGAPIGGR
       ::::::.::::::::::.::: :.::..: ..: :::  : :                ::
XP_011 LNRCRMHAISGWQAFFPMHFQAFHPAVAPPQGP-GPPELGRDT---------------GR
           340       350       360        370                      

           670       680       690       700       710       720   
pF1KA1 FDRQASAEGCFYNADYLAARARLAGELAGQEEEEALEGLEVMDVFLRFSGLHLFRAVEPG
       :::::..:.::::.::.:::.:::.  :...::: ::.:.:...::.::.::..:::::.
XP_011 FDRQAASEACFYNSDYVAARGRLAA--ASEQEEELLESLDVYELFLHFSSLHVLRAVEPA
       380       390       400         410       420       430     

           730       740       750       760       770  
pF1KA1 LVQKFSLRDCSPRLSEELYHRCRLSNLEGLGGRAQLAMALFEQEQANST
       :.:..  . :: ::::.:::::  : :::::.:.:::: ::::::.:::
XP_011 LLQRYRAQTCSARLSEDLYHRCLQSVLEGLGSRTQLAMLLFEQEQGNST
         440       450       460       470       480    

>>NP_055733 (OMIM: 605282,608183) chondroitin sulfate sy  (802 aa)
 initn: 328 init1: 152 opt: 486  Z-score: 357.4  bits: 76.9 E(85289): 3.6e-13
Smith-Waterman score: 684; 25.3% identity (53.0% similar) in 834 aa overlap (8-766:8-784)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA1 MRLSSLLALLRPALPLILGLSLGCSLSLLRVSWIQGEGEDPCVEAVGERGGPQNPDSRAR
              : :   : :.::. :.  : : :.: ..  :    .   : :.: :   :.: 
NP_055 MAARGRRAWLSVLLGLVLGFVLASRLVLPRASELKRAGPRRRASPEGCRSG-QAAASQAG
               10        20        30        40        50          

               70        80        90       100         110        
pF1KA1 LDQSDEDFKPRIVPYYRDPNKPYKKVLRTRYIQTELGSRER--LLVAVLTSRATLSTLAV
         ..:     .. :   ::.                : :.:  :.:.:.:..  :.: ::
NP_055 GARGDAR-GAQLWPPGSDPDG---------------GPRDRNFLFVGVMTAQKYLQTRAV
      60         70                       80        90       100   

      120       130       140              150       160       170 
pF1KA1 AVNRTVAHHFPRLLYFTGQRGARAPAGMQVV-------SHGDERPAWLMSETLRHLHTHF
       :. :: .. .:  . : ...:. . . . ::       :.  .. ...:   :...: :.
NP_055 AAYRTWSKTIPGKVQFFSSEGSDTSVPIPVVPLRGVDDSYPPQKKSFMM---LKYMHDHY
           110       120       130       140       150          160

             180       190       200       210             220     
pF1KA1 GADYDWFFIMQDDTYVQAPRLAALAGHLSINQDLYLGRA----EEFIG--AGEQAR-YCH
          :.::.  .::.:... ::  .   :. .. :.::..     : .:  : : .. .: 
NP_055 LDKYEWFMRADDDVYIKGDRLENFLRSLNSSEPLFLGQTGLGTTEEMGKLALEPGENFCM
              170       180       190       200       210       220

          230       240       250       260       270         280  
pF1KA1 GGFGYLLSRSLLLRLRPHLDGCRGDILSARPDEWLGRCLIDSLGVGCVSQHQGQQ--YRS
       :: : ..:: .: :. ::.  :  .. ... :  .:::.    :: :: ... ::  :..
NP_055 GGPGVIMSREVLRRMVPHIGKCLREMYTTHEDVEVGRCVRRFAGVQCVWSYEMQQLFYEN
              230       240       250       260       270       280

            290       300       310       320       330       340  
pF1KA1 FELAKNRDPEKEGSSAFLSAFAVHPVSEGTLMYRLHKRFSALELERAYSEIEQLQAQI-R
       .:  :.   .   .: . .:...:: ..   .::::. .    : :  ::...   :. :
NP_055 YEQNKKGYIRDLHNSKIHQAITLHPNKNPPYQYRLHSYM----LSRKISELRHRTIQLHR
              290       300       310           320       330      

             350          360          370       380       390     
pF1KA1 NLTVLTPEGEAGL---SWPVGLPAPFT---PHSRFEVLGWDYFTEQHTFSCADGAP-KCP
       ......  ... .   .  .:.:  :    :..: :.: :...: .. .: .:: : .  
NP_055 EIVLMSKYSNTEIHKEDLQLGIPPSFMRFQPRQREEILEWEFLTGKYLYSAVDGQPPRRG
        340       350       360       370       380       390      

          400       410       420        430       440       450   
pF1KA1 LQGASRADVGDALETALEQLNRRYQPRLRFQK-QRLLNGYRRFDPARGMEYTLDLLLECV
       ...:.:  . : .  ..:..:   . : :.   ...  :::: .:  : :: :::::   
NP_055 MDSAQREALDDIVMQVMEMINANAKTRGRIIDFKEIQYGYRRVNPMYGAEYILDLLLLYK
        400       410       420       430       440       450      

           460         470                          480         490
pF1KA1 TQRGHRRALA--RRVSLLRPLSRVEILP-------------------MPYVTEATR--VQ
        ..:.. ..   :.. : . .:.....                    . ..... .  : 
NP_055 KHKGKKMTVPVRRHAYLQQTFSKIQFVEHEELDAQELAKRINQESGSLSFLSNSLKKLVP
        460       470       480       490       500       510      

                             500          510       520       530  
pF1KA1 LVLP---------------LLVAEAAAAPAFLE---AFAANVLEPREHALLTLLLVYGPR
       . ::               .:.  ..    :..    :  . : : ... :..::     
NP_055 FQLPGSKSEHKEPKDKKINILIPLSGRFDMFVRFMGNFEKTCLIPNQNVKLVVLLF----
        520       530       540       550       560       570      

            540       550           560       570       580        
pF1KA1 EGGRGAPDPFLGVKAAAAELER----RYPGTRLAWLAVRAEAPSQVRLMDVVSKKHPVDT
        .. . ::     ::  .:: :    .:: . .  : : .:  :..  ..: :..   ..
NP_055 -NSDSNPD-----KAKQVELMRDYRIKYPKADMQILPVSGEF-SRALALEVGSSQFNNES
                  580       590       600        610       620     

      590       600       610       620       630       640        
pF1KA1 LFFLTTVWTRPGPEVLNRCRMNAISGWQAFFPVHFQEFNPALSPQRSPPGPPGAGPDPPS
       :.:.  :      : :.::: :.. : : .::. :....: .           .:  : .
NP_055 LLFFCDVDLVFTTEFLQRCRANTVLGQQIYFPIIFSQYDPKIVY---------SGKVPSD
         630       640       650       660                670      

      650       660       670       680        690       700       
pF1KA1 PPGADPSRGAPIGGRFDRQASAEGCFYNADYLAARARLAG-ELAGQEEEEALEGLEVMDV
          :  ..     : .   . .  :.:..: .    :..: ... :       ::: .:.
NP_055 NHFAFTQKT----GFWRNYGFGITCIYKGDLV----RVGGFDVSIQGW-----GLEDVDL
        680           690       700           710            720   

       710         720       730       740       750       760     
pF1KA1 FLRF--SGLHLFRAVEPGLVQKFSLRDCSPRLSEELYHRCRLSNLEGLGGRAQLAMALFE
       : .   .::. ::. : :.:.      :.: :. . :. :  :.    :.  :::   .:
NP_055 FNKVVQAGLKTFRSQEVGVVHVHHPVFCDPNLDPKQYKMCLGSKASTYGSTQQLAEMWLE
           730       740       750       760       770       780   

         770              
pF1KA1 QEQANST            
       .                  
NP_055 KNDPSYSKSSNNNGSVRTA
           790       800  

>>NP_787052 (OMIM: 609963) chondroitin sulfate synthase   (882 aa)
 initn: 466 init1: 147 opt: 444  Z-score: 326.8  bits: 71.4 E(85289): 1.8e-11
Smith-Waterman score: 665; 24.5% identity (55.6% similar) in 738 aa overlap (99-766:170-871)

       70        80        90       100       110       120        
pF1KA1 KPRIVPYYRDPNKPYKKVLRTRYIQTELGSRERLLVAVLTSRATLSTLAVAVNRTVAHHF
                                     :. : :.:.:..  :.. :.:..:: :. .
NP_787 GAAGQRRDGRPGSSHNGSGDGGAAAPSARPRDFLYVGVMTAQKYLGSRALAAQRTWARFI
     140       150       160       170       180       190         

       130       140                 150       160       170       
pF1KA1 P-RLLYFTGQRGARA---PAGMQVV-------SHGDERPAWLMSETLRHLHTHFGADYDW
       : :. .:..:.   :   :  . :.       :.  .. ...:   ....: :.   :.:
NP_787 PGRVEFFSSQQPPNAGQPPPPLPVIALPGVDDSYPPQKKSFMM---IKYMHDHYLDKYEW
     200       210       220       230       240          250      

       180       190       200       210              220       230
pF1KA1 FFIMQDDTYVQAPRLAALAGHLSINQDLYLGRA-----EEF--IGAGEQARYCHGGFGYL
       :.  .::.:... .:  .   :. .. ::::..     ::.  .:      .: :: :..
NP_787 FMRADDDVYIKGDKLEEFLRSLNSSKPLYLGQTGLGNIEELGKLGLEPGENFCMGGPGMI
        260       270       280       290       300       310      

              240       250       260       270         280        
pF1KA1 LSRSLLLRLRPHLDGCRGDILSARPDEWLGRCLIDSLGVGCVSQHQGQQ--YRSFELAKN
       .:: .: :. ::.  :  .. ... :  .:::.    :. :: ... ::  ....:  ..
NP_787 FSREVLRRMVPHIGECLREMYTTHEDVEVGRCVRRFGGTQCVWSYEMQQLFHENYEHNRK
        320       330       340       350       360       370      

      290       300       310       320       330       340        
pF1KA1 RDPEKEGSSAFLSAFAVHPVSEGTLMYRLHKRFSALELERAYSEIEQLQAQI-RNLTVLT
          .   .: . .:...:: .. . .::::. .    : :  ::..    :. :. ....
NP_787 GYIQDLHNSKIHAAITLHPNKRPAYQYRLHNYM----LSRKISELRYRTIQLHRESALMS
        380       390       400           410       420       430  

       350           360         370       380       390        400
pF1KA1 PEGEAGLS---WPVG-LPA--PFTPHSRFEVLGWDYFTEQHTFSCADGAP-KCPLQGASR
         ... .:     .: .:.   : :. : ::. :...: .  .: :.. : .  :..  :
NP_787 KLSNTEVSKEDQQLGVIPSFNHFQPRERNEVIEWEFLTGKLLYSAAENQPPRQSLSSILR
            440       450       460       470       480       490  

              410       420        430       440       450         
pF1KA1 ADVGDALETALEQLNRRYQPRLRFQK-QRLLNGYRRFDPARGMEYTLDLLLECVTQRGHR
       . . :..  ..:..:.  . : :.   ...  :::: .: .:.:: :::::    ..:..
NP_787 TALDDTVLQVMEMINENAKSRGRLIDFKEIQYGYRRVNPMHGVEYILDLLLLYKRHKGRK
            500       510       520       530       540       550  

     460             470        480                                
pF1KA1 RAL-ARRVSLL-----RPLSR-VEILPMPYVTEAT-------------------------
        .. .:: . :     .:. : .: : .  ..:.                          
NP_787 LTVPVRRHAYLQQLFSKPFFRETEELDVNSLVESINSETQSFSFISNSLKILSSFQGAKE
            560       570       580       590       600       610  

              490       500       510       520       530       540
pF1KA1 -------RVQLVLPLLVAEAAAAPAFLEAFAANVLEPREHALLTLLLVYGPREGGRGAPD
              .:....:: ...      :.: :    : :.... :...:    :..:. .  
NP_787 MGGHNEKKVHILVPL-IGRYDIFLRFMENFENMCLIPKQNVKLVIILF--SRDSGQDSSK
            620        630       640       650         660         

              550       560       570       580       590       600
pF1KA1 PFLGVKAAAAELERRYPGTRLAWLAVRAEAPSQVRLMDVVSKKHPVDTLFFLTTVWTRPG
        .  .:.     . .:: .... . ...:    . : ...: .   :::...  :     
NP_787 HIELIKG----YQNKYPKAEMTLIPMKGEFSRGLGL-EMASAQFDNDTLLLFCDVDLIFR
     670           680       690       700        710       720    

              610       620       630       640       650       660
pF1KA1 PEVLNRCRMNAISGWQAFFPVHFQEFNPALSPQRSPPGPPGAGPDPPSPPGADPSRGAPI
        . :.::: :.:.: :...:. :....: ..           : .::.      :. .  
NP_787 EDFLQRCRDNTIQGQQVYYPIIFSQYDPKVT----------NGGNPPTDDYFIFSKKT--
          730       740       750                 760       770    

              670       680       690       700       710          
pF1KA1 GGRFDRQASAEGCFYNADYLAARARLAGELAGQEEEEALEGLEVMDVFLR--FSGLHLFR
        : .   . .  :.:..: :.:        .: .      ::: .:.. .  .:::. ::
NP_787 -GFWRDYGYGITCIYKSDLLGA--------GGFDTSIQGWGLEDVDLYNKVILSGLRPFR
             780       790               800       810       820   

      720       730       740       750       760       770       
pF1KA1 AVEPGLVQKFSLRDCSPRLSEELYHRCRLSNLEGLGGRAQLAMALFEQEQANST     
       . : :.:. :    :.: :. . :. :  :.   ...  :::   .:.           
NP_787 SQEVGVVHIFHPVHCDPNLDPKQYKMCLGSKASTFASTMQLAELWLEKHLGVRYNRTLS
           830       840       850       860       870       880  

>>XP_011541665 (OMIM: 609963) PREDICTED: chondroitin sul  (573 aa)
 initn: 353 init1: 131 opt: 329  Z-score: 247.7  bits: 56.2 E(85289): 4.7e-07
Smith-Waterman score: 491; 24.1% identity (54.7% similar) in 594 aa overlap (225-766:2-562)

          200       210       220       230       240       250    
pF1KA1 LAGHLSINQDLYLGRAEEFIGAGEQARYCHGGFGYLLSRSLLLRLRPHLDGCRGDILSAR
                                     :: :...:: .: :. ::.  :  .. ...
XP_011                              MGGPGMIFSREVLRRMVPHIGECLREMYTTH
                                            10        20        30 

          260       270         280       290       300       310  
pF1KA1 PDEWLGRCLIDSLGVGCVSQHQGQQ--YRSFELAKNRDPEKEGSSAFLSAFAVHPVSEGT
        :  .:::.    :. :: ... ::  ....:  ..   .   .: . .:...:: .. .
XP_011 EDVEVGRCVRRFGGTQCVWSYEMQQLFHENYEHNRKGYIQDLHNSKIHAAITLHPNKRPA
              40        50        60        70        80        90 

            320       330       340        350           360       
pF1KA1 LMYRLHKRFSALELERAYSEIEQLQAQI-RNLTVLTPEGEAGLS---WPVG-LPA--PFT
        .::::. .    : :  ::..    :. :. ....  ... .:     .: .:.   : 
XP_011 YQYRLHNYM----LSRKISELRYRTIQLHRESALMSKLSNTEVSKEDQQLGVIPSFNHFQ
             100           110       120       130       140       

         370       380       390        400       410       420    
pF1KA1 PHSRFEVLGWDYFTEQHTFSCADGAP-KCPLQGASRADVGDALETALEQLNRRYQPRLRF
       :. : ::. :...: .  .: :.. : .  :..  :. . :..  ..:..:.  . : :.
XP_011 PRERNEVIEWEFLTGKLLYSAAENQPPRQSLSSILRTALDDTVLQVMEMINENAKSRGRL
       150       160       170       180       190       200       

           430       440       450       460             470       
pF1KA1 QK-QRLLNGYRRFDPARGMEYTLDLLLECVTQRGHRRAL-ARRVSLL-----RPLSR-VE
          ...  :::: .: .:.:: :::::    ..:.. .. .:: . :     .:. : .:
XP_011 IDFKEIQYGYRRVNPMHGVEYILDLLLLYKRHKGRKLTVPVRRHAYLQQLFSKPFFRETE
       210       220       230       240       250       260       

        480                                       490       500    
pF1KA1 ILPMPYVTEAT--------------------------------RVQLVLPLLVAEAAAAP
        : .  ..:.                                 .:....:: ...     
XP_011 ELDVNSLVESINSETQSFSFISNSLKILSSFQGAKEMGGHNEKKVHILVPL-IGRYDIFL
       270       280       290       300       310        320      

          510       520       530       540       550       560    
pF1KA1 AFLEAFAANVLEPREHALLTLLLVYGPREGGRGAPDPFLGVKAAAAELERRYPGTRLAWL
        :.: :    : :.... :...:    :..:. .   .  .:.     . .:: .... .
XP_011 RFMENFENMCLIPKQNVKLVIILF--SRDSGQDSSKHIELIKG----YQNKYPKAEMTLI
        330       340       350         360           370       380

          570       580       590       600       610       620    
pF1KA1 AVRAEAPSQVRLMDVVSKKHPVDTLFFLTTVWTRPGPEVLNRCRMNAISGWQAFFPVHFQ
        ...:    . : ...: .   :::...  :      . :.::: :.:.: :...:. :.
XP_011 PMKGEFSRGLGL-EMASAQFDNDTLLLFCDVDLIFREDFLQRCRDNTIQGQQVYYPIIFS
              390        400       410       420       430         

          630       640       650       660       670       680    
pF1KA1 EFNPALSPQRSPPGPPGAGPDPPSPPGADPSRGAPIGGRFDRQASAEGCFYNADYLAARA
       ...: ..           : .::.      :. .   : .   . .  :.:..: :.:  
XP_011 QYDPKVT----------NGGNPPTDDYFIFSKKT---GFWRDYGYGITCIYKSDLLGA--
     440                 450       460          470       480      

          690       700       710         720       730       740  
pF1KA1 RLAGELAGQEEEEALEGLEVMDVFLR--FSGLHLFRAVEPGLVQKFSLRDCSPRLSEELY
             .: .      ::: .:.. .  .:::. ::. : :.:. :    :.: :. . :
XP_011 ------GGFDTSIQGWGLEDVDLYNKVILSGLRPFRSQEVGVVHIFHPVHCDPNLDPKQY
                490       500       510       520       530        

            750       760       770       
pF1KA1 HRCRLSNLEGLGGRAQLAMALFEQEQANST     
       . :  :.   ...  :::   .:.           
XP_011 KMCLGSKASTFASTMQLAELWLEKHLGVRYNRTLS
      540       550       560       570   

>>XP_011519666 (OMIM: 605282,608183) PREDICTED: chondroi  (830 aa)
 initn: 317 init1: 141 opt: 242  Z-score: 183.2  bits: 44.8 E(85289): 0.0018
Smith-Waterman score: 609; 24.9% identity (51.1% similar) in 838 aa overlap (8-745:8-791)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA1 MRLSSLLALLRPALPLILGLSLGCSLSLLRVSWIQGEGEDPCVEAVGERGGPQNPDSRAR
              : :   : :.::. :.  : : :.: ..  :    .   : :.: :   :.: 
XP_011 MAARGRRAWLSVLLGLVLGFVLASRLVLPRASELKRAGPRRRASPEGCRSG-QAAASQAG
               10        20        30        40        50          

               70        80        90       100         110        
pF1KA1 LDQSDEDFKPRIVPYYRDPNKPYKKVLRTRYIQTELGSRER--LLVAVLTSRATLSTLAV
         ..:     .. :   ::.                : :.:  :.:.:.:..  :.: ::
XP_011 GARGDAR-GAQLWPPGSDPDG---------------GPRDRNFLFVGVMTAQKYLQTRAV
      60         70                       80        90       100   

      120       130       140       150          160        170    
pF1KA1 AVNRTVAHHFPRLLYFTGQRGARAPAGMQVVS-HG--DERPAWLMS-ETLRHLHTHFGAD
       :. :: .. .:  . : ...:. . . . ::  .:  :  :    :   :...: :.   
XP_011 AAYRTWSKTIPGKVQFFSSEGSDTSVPIPVVPLRGVDDSYPPQKKSFMMLKYMHDHYLDK
           110       120       130       140       150       160   

          180       190       200       210             220        
pF1KA1 YDWFFIMQDDTYVQAPRLAALAGHLSINQDLYLGRA----EEFIG--AGEQAR-YCHGGF
       :.::.  .::.:... ::  .   :. .. :.::..     : .:  : : .. .: :: 
XP_011 YEWFMRADDDVYIKGDRLENFLRSLNSSEPLFLGQTGLGTTEEMGKLALEPGENFCMGGP
           170       180       190       200       210       220   

       230       240       250       260       270                 
pF1KA1 GYLLSRSLLLRLRPHLDGCRGDILSARPDEWLGRCLIDSLGVGCV---------------
       : ..:: .: :. ::.  :  .. ... :  .:::.    :: ::               
XP_011 GVIMSREVLRRMVPHIGKCLREMYTTHEDVEVGRCVRRFAGVQCVWSYEASPVACLCQCL
           230       240       250       260       270       280   

                           280       290       300       310       
pF1KA1 -------------SQHQGQQ--YRSFELAKNRDPEKEGSSAFLSAFAVHPVSEGTLMYRL
                    :  : ::  :...:  :.   .   .: . .:...:: ..   .:::
XP_011 RHSLFLMILTVLRSASQMQQLFYENYEQNKKGYIRDLHNSKIHQAITLHPNKNPPYQYRL
           290       300       310       320       330       340   

       320       330       340        350          360          370
pF1KA1 HKRFSALELERAYSEIEQLQAQI-RNLTVLTPEGEAGL---SWPVGLPAPFT---PHSRF
       :. .    : :  ::...   :. :......  ... .   .  .:.:  :    :..: 
XP_011 HSYM----LSRKISELRHRTIQLHREIVLMSKYSNTEIHKEDLQLGIPPSFMRFQPRQRE
               350       360       370       380       390         

              380       390        400       410       420         
pF1KA1 EVLGWDYFTEQHTFSCADGAP-KCPLQGASRADVGDALETALEQLNRRYQPRLRFQK-QR
       :.: :...: .. .: .:: : .  ...:.:  . : .  ..:..:   . : :.   ..
XP_011 EILEWEFLTGKYLYSAVDGQPPRRGMDSAQREALDDIVMQVMEMINANAKTRGRIIDFKE
     400       410       420       430       440       450         

      430       440       450       460         470                
pF1KA1 LLNGYRRFDPARGMEYTLDLLLECVTQRGHRRALA--RRVSLLRPLSRVEILP-------
       .  :::: .:  : :: :::::    ..:.. ..   :.. : . .:.....        
XP_011 IQYGYRRVNPMYGAEYILDLLLLYKKHKGKKMTVPVRRHAYLQQTFSKIQFVEHEELDAQ
     460       470       480       490       500       510         

                 480         490                      500          
pF1KA1 ------------MPYVTEATR--VQLVLP---------------LLVAEAAAAPAFLE--
                   . ..... .  : . ::               .:.  ..    :..  
XP_011 ELAKRINQESGSLSFLSNSLKKLVPFQLPGSKSEHKEPKDKKINILIPLSGRFDMFVRFM
     520       530       540       550       560       570         

       510       520       530       540       550           560   
pF1KA1 -AFAANVLEPREHALLTLLLVYGPREGGRGAPDPFLGVKAAAAELER----RYPGTRLAW
         :  . : : ... :..::      .. . ::     ::  .:: :    .:: . .  
XP_011 GNFEKTCLIPNQNVKLVVLLF-----NSDSNPD-----KAKQVELMRDYRIKYPKADMQI
     580       590       600                 610       620         

           570       580       590       600       610       620   
pF1KA1 LAVRAEAPSQVRLMDVVSKKHPVDTLFFLTTVWTRPGPEVLNRCRMNAISGWQAFFPVHF
       : : .:  :..  ..: :..   ..:.:.  :      : :.::: :.. : : .::. :
XP_011 LPVSGEF-SRALALEVGSSQFNNESLLFFCDVDLVFTTEFLQRCRANTVLGQQIYFPIIF
     630        640       650       660       670       680        

           630       640       650       660       670       680   
pF1KA1 QEFNPALSPQRSPPGPPGAGPDPPSPPGADPSRGAPIGGRFDRQASAEGCFYNADYLAAR
       ....: .           .:  : .   :  ..     : .   . .  :.:..: .   
XP_011 SQYDPKIV---------YSGKVPSDNHFAFTQKT----GFWRNYGFGITCIYKGDLV---
      690                700       710           720       730     

            690       700       710         720       730       740
pF1KA1 ARLAG-ELAGQEEEEALEGLEVMDVFLRF--SGLHLFRAVEPGLVQKFSLRDCSPRLSEE
        :..: ... :       ::: .:.: .   .::. ::. : :.:.      :.: :. .
XP_011 -RVGGFDVSIQGW-----GLEDVDLFNKVVQAGLKTFRSQEVGVVHVHHPVFCDPNLDPK
             740            750       760       770       780      

              750       760       770              
pF1KA1 LYHRCRLSNLEGLGGRAQLAMALFEQEQANST            
        :. :                                       
XP_011 QYKMCLGSKASTYGSTQQLAEMWLEKNDPSYSKSSNNNGSVRTA
        790       800       810       820       830

>>XP_005272040 (OMIM: 609963) PREDICTED: chondroitin sul  (363 aa)
 initn: 229 init1: 132 opt: 231  Z-score: 180.8  bits: 43.1 E(85289): 0.0025
Smith-Waterman score: 290; 30.2% identity (59.8% similar) in 189 aa overlap (99-272:170-358)

       70        80        90       100       110       120        
pF1KA1 KPRIVPYYRDPNKPYKKVLRTRYIQTELGSRERLLVAVLTSRATLSTLAVAVNRTVAHHF
                                     :. : :.:.:..  :.. :.:..:: :. .
XP_005 GAAGQRRDGRPGSSHNGSGDGGAAAPSARPRDFLYVGVMTAQKYLGSRALAAQRTWARFI
     140       150       160       170       180       190         

       130       140          150          160        170       180
pF1KA1 P-RLLYFTGQRGARA---PAGMQVVS-HG--DERPAWLMSETL-RHLHTHFGADYDWFFI
       : :. .:..:.   :   :  . :..  :  :  :    :  . ...: :.   :.::. 
XP_005 PGRVEFFSSQQPPNAGQPPPPLPVIALPGVDDSYPPQKKSFMMIKYMHDHYLDKYEWFMR
     200       210       220       230       240       250         

              190       200       210              220       230   
pF1KA1 MQDDTYVQAPRLAALAGHLSINQDLYLGRA-----EEF--IGAGEQARYCHGGFGYLLSR
        .::.:... .:  .   :. .. ::::..     ::.  .:      .: :: :...::
XP_005 ADDDVYIKGDKLEEFLRSLNSSKPLYLGQTGLGNIEELGKLGLEPGENFCMGGPGMIFSR
     260       270       280       290       300       310         

           240       250       260       270       280       290   
pF1KA1 SLLLRLRPHLDGCRGDILSARPDEWLGRCLIDSLGVGCVSQHQGQQYRSFELAKNRDPEK
        .: :. ::.  :  .. ... :  .:::.    :. ::                     
XP_005 EVLRRMVPHIGECLREMYTTHEDVEVGRCVRRFGGTQCVWSYES                
     320       330       340       350       360                   

           300       310       320       330       340       350   
pF1KA1 EGSSAFLSAFAVHPVSEGTLMYRLHKRFSALELERAYSEIEQLQAQIRNLTVLTPEGEAG




772 residues in 1 query   sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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