Result of FASTA (ccds) for pF1KA1402
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KA1402, 772 aa
  1>>>pF1KA1402 772 - 772 aa - 772 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.6156+/-0.000915; mu= 6.6252+/- 0.056
 mean_var=183.3079+/-37.081, 0's: 0 Z-trim(112.8): 7  B-trim: 317 in 1/52
 Lambda= 0.094729
 statistics sampled from 13491 (13498) to 13491 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.729), E-opt: 0.2 (0.415), width:  16
 Scan time:  4.350

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS34779.1 CHPF2 gene_id:54480|Hs108|chr7         ( 772) 5229 727.2 2.4e-209
CCDS64803.1 CHPF2 gene_id:54480|Hs108|chr7         ( 764) 5104 710.1 3.3e-204
CCDS2443.1 CHPF gene_id:79586|Hs108|chr2           ( 775) 2331 331.1 4.1e-90
CCDS56169.1 CHPF gene_id:79586|Hs108|chr2          ( 613) 2029 289.8   9e-78
CCDS10390.1 CHSY1 gene_id:22856|Hs108|chr15        ( 802)  486 79.0 3.4e-14
CCDS34223.1 CHSY3 gene_id:337876|Hs108|chr5        ( 882)  444 73.3 1.9e-12


>>CCDS34779.1 CHPF2 gene_id:54480|Hs108|chr7              (772 aa)
 initn: 5229 init1: 5229 opt: 5229  Z-score: 3871.8  bits: 727.2 E(32554): 2.4e-209
Smith-Waterman score: 5229; 100.0% identity (100.0% similar) in 772 aa overlap (1-772:1-772)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA1 MRLSSLLALLRPALPLILGLSLGCSLSLLRVSWIQGEGEDPCVEAVGERGGPQNPDSRAR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MRLSSLLALLRPALPLILGLSLGCSLSLLRVSWIQGEGEDPCVEAVGERGGPQNPDSRAR
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KA1 LDQSDEDFKPRIVPYYRDPNKPYKKVLRTRYIQTELGSRERLLVAVLTSRATLSTLAVAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LDQSDEDFKPRIVPYYRDPNKPYKKVLRTRYIQTELGSRERLLVAVLTSRATLSTLAVAV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KA1 NRTVAHHFPRLLYFTGQRGARAPAGMQVVSHGDERPAWLMSETLRHLHTHFGADYDWFFI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 NRTVAHHFPRLLYFTGQRGARAPAGMQVVSHGDERPAWLMSETLRHLHTHFGADYDWFFI
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KA1 MQDDTYVQAPRLAALAGHLSINQDLYLGRAEEFIGAGEQARYCHGGFGYLLSRSLLLRLR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MQDDTYVQAPRLAALAGHLSINQDLYLGRAEEFIGAGEQARYCHGGFGYLLSRSLLLRLR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KA1 PHLDGCRGDILSARPDEWLGRCLIDSLGVGCVSQHQGQQYRSFELAKNRDPEKEGSSAFL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PHLDGCRGDILSARPDEWLGRCLIDSLGVGCVSQHQGQQYRSFELAKNRDPEKEGSSAFL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KA1 SAFAVHPVSEGTLMYRLHKRFSALELERAYSEIEQLQAQIRNLTVLTPEGEAGLSWPVGL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SAFAVHPVSEGTLMYRLHKRFSALELERAYSEIEQLQAQIRNLTVLTPEGEAGLSWPVGL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KA1 PAPFTPHSRFEVLGWDYFTEQHTFSCADGAPKCPLQGASRADVGDALETALEQLNRRYQP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PAPFTPHSRFEVLGWDYFTEQHTFSCADGAPKCPLQGASRADVGDALETALEQLNRRYQP
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KA1 RLRFQKQRLLNGYRRFDPARGMEYTLDLLLECVTQRGHRRALARRVSLLRPLSRVEILPM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 RLRFQKQRLLNGYRRFDPARGMEYTLDLLLECVTQRGHRRALARRVSLLRPLSRVEILPM
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KA1 PYVTEATRVQLVLPLLVAEAAAAPAFLEAFAANVLEPREHALLTLLLVYGPREGGRGAPD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PYVTEATRVQLVLPLLVAEAAAAPAFLEAFAANVLEPREHALLTLLLVYGPREGGRGAPD
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KA1 PFLGVKAAAAELERRYPGTRLAWLAVRAEAPSQVRLMDVVSKKHPVDTLFFLTTVWTRPG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PFLGVKAAAAELERRYPGTRLAWLAVRAEAPSQVRLMDVVSKKHPVDTLFFLTTVWTRPG
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KA1 PEVLNRCRMNAISGWQAFFPVHFQEFNPALSPQRSPPGPPGAGPDPPSPPGADPSRGAPI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PEVLNRCRMNAISGWQAFFPVHFQEFNPALSPQRSPPGPPGAGPDPPSPPGADPSRGAPI
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KA1 GGRFDRQASAEGCFYNADYLAARARLAGELAGQEEEEALEGLEVMDVFLRFSGLHLFRAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 GGRFDRQASAEGCFYNADYLAARARLAGELAGQEEEEALEGLEVMDVFLRFSGLHLFRAV
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770  
pF1KA1 EPGLVQKFSLRDCSPRLSEELYHRCRLSNLEGLGGRAQLAMALFEQEQANST
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 EPGLVQKFSLRDCSPRLSEELYHRCRLSNLEGLGGRAQLAMALFEQEQANST
              730       740       750       760       770  

>>CCDS64803.1 CHPF2 gene_id:54480|Hs108|chr7              (764 aa)
 initn: 5080 init1: 5080 opt: 5104  Z-score: 3779.5  bits: 710.1 E(32554): 3.3e-204
Smith-Waterman score: 5104; 98.4% identity (98.8% similar) in 767 aa overlap (6-772:1-764)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA1 MRLSSLLALLRPALPLILGLSLGCSLSLLRVSWIQGEGEDPCVEAVGERGGPQNPDSRAR
            .:.: :: ::     .:  ::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64      MLSLARPPLP---PTGLRTSLSLLRVSWIQGEGEDPCVEAVGERGGPQNPDSRAR
                    10           20        30        40        50  

               70        80        90       100       110       120
pF1KA1 LDQSDEDFKPRIVPYYRDPNKPYKKVLRTRYIQTELGSRERLLVAVLTSRATLSTLAVAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 LDQSDEDFKPRIVPYYRDPNKPYKKVLRTRYIQTELGSRERLLVAVLTSRATLSTLAVAV
             60        70        80        90       100       110  

              130       140       150       160       170       180
pF1KA1 NRTVAHHFPRLLYFTGQRGARAPAGMQVVSHGDERPAWLMSETLRHLHTHFGADYDWFFI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 NRTVAHHFPRLLYFTGQRGARAPAGMQVVSHGDERPAWLMSETLRHLHTHFGADYDWFFI
            120       130       140       150       160       170  

              190       200       210       220       230       240
pF1KA1 MQDDTYVQAPRLAALAGHLSINQDLYLGRAEEFIGAGEQARYCHGGFGYLLSRSLLLRLR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 MQDDTYVQAPRLAALAGHLSINQDLYLGRAEEFIGAGEQARYCHGGFGYLLSRSLLLRLR
            180       190       200       210       220       230  

              250       260       270       280       290       300
pF1KA1 PHLDGCRGDILSARPDEWLGRCLIDSLGVGCVSQHQGQQYRSFELAKNRDPEKEGSSAFL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 PHLDGCRGDILSARPDEWLGRCLIDSLGVGCVSQHQGQQYRSFELAKNRDPEKEGSSAFL
            240       250       260       270       280       290  

              310       320       330       340       350       360
pF1KA1 SAFAVHPVSEGTLMYRLHKRFSALELERAYSEIEQLQAQIRNLTVLTPEGEAGLSWPVGL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 SAFAVHPVSEGTLMYRLHKRFSALELERAYSEIEQLQAQIRNLTVLTPEGEAGLSWPVGL
            300       310       320       330       340       350  

              370       380       390       400       410       420
pF1KA1 PAPFTPHSRFEVLGWDYFTEQHTFSCADGAPKCPLQGASRADVGDALETALEQLNRRYQP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 PAPFTPHSRFEVLGWDYFTEQHTFSCADGAPKCPLQGASRADVGDALETALEQLNRRYQP
            360       370       380       390       400       410  

              430       440       450       460       470       480
pF1KA1 RLRFQKQRLLNGYRRFDPARGMEYTLDLLLECVTQRGHRRALARRVSLLRPLSRVEILPM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 RLRFQKQRLLNGYRRFDPARGMEYTLDLLLECVTQRGHRRALARRVSLLRPLSRVEILPM
            420       430       440       450       460       470  

              490       500       510       520       530       540
pF1KA1 PYVTEATRVQLVLPLLVAEAAAAPAFLEAFAANVLEPREHALLTLLLVYGPREGGRGAPD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 PYVTEATRVQLVLPLLVAEAAAAPAFLEAFAANVLEPREHALLTLLLVYGPREGGRGAPD
            480       490       500       510       520       530  

              550       560       570       580       590       600
pF1KA1 PFLGVKAAAAELERRYPGTRLAWLAVRAEAPSQVRLMDVVSKKHPVDTLFFLTTVWTRPG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 PFLGVKAAAAELERRYPGTRLAWLAVRAEAPSQVRLMDVVSKKHPVDTLFFLTTVWTRPG
            540       550       560       570       580       590  

              610       620       630       640       650       660
pF1KA1 PEVLNRCRMNAISGWQAFFPVHFQEFNPALSPQRSPPGPPGAGPDPPSPPGADPSRGAPI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 PEVLNRCRMNAISGWQAFFPVHFQEFNPALSPQRSPPGPPGAGPDPPSPPGADPSRGAPI
            600       610       620       630       640       650  

              670       680       690       700       710       720
pF1KA1 GGRFDRQASAEGCFYNADYLAARARLAGELAGQEEEEALEGLEVMDVFLRFSGLHLFRAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 GGRFDRQASAEGCFYNADYLAARARLAGELAGQEEEEALEGLEVMDVFLRFSGLHLFRAV
            660       670       680       690       700       710  

              730       740       750       760       770  
pF1KA1 EPGLVQKFSLRDCSPRLSEELYHRCRLSNLEGLGGRAQLAMALFEQEQANST
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 EPGLVQKFSLRDCSPRLSEELYHRCRLSNLEGLGGRAQLAMALFEQEQANST
            720       730       740       750       760    

>>CCDS2443.1 CHPF gene_id:79586|Hs108|chr2                (775 aa)
 initn: 2696 init1: 1004 opt: 2331  Z-score: 1731.3  bits: 331.1 E(32554): 4.1e-90
Smith-Waterman score: 2870; 56.9% identity (78.7% similar) in 795 aa overlap (1-772:1-775)

               10        20        30               40        50   
pF1KA1 MRLSSLLALLRPALPLILGLSLGCSLSLLRVSWIQ---GEGE----DPCVEAVGERGGPQ
       :: : ::..:::: :. .:.::: .:::: :.:..   : :     :  .   :. .. .
CCDS24 MRASLLLSVLRPAGPVAVGISLGFTLSLLSVTWVEEPCGPGPPQPGDSELPPRGNTNAAR
               10        20        30        40        50        60

                  60           70         80        90       100   
pF1KA1 NPDS------RARLDQSD---EDFKPRIVPYY-RDPNKPYKKVLRTRYIQTELGSRERLL
        :.:      : .   ..   :...::..::.  .:..  ::..:::::.:::: :.:::
CCDS24 RPNSVQPGAEREKPGAGEGAGENWEPRVLPYHPAQPGQAAKKAVRTRYISTELGIRQRLL
               70        80        90       100       110       120

           110       120       130       140       150       160   
pF1KA1 VAVLTSRATLSTLAVAVNRTVAHHFPRLLYFTGQRGARAPAGMQVVSHGDERPAWLMSET
       ::::::..:: ::.::::::..:.. :....:: :: ::: :: ::. :.:::   .  .
CCDS24 VAVLTSQTTLPTLGVAVNRTLGHRLERVVFLTGARGRRAPPGMAVVTLGEERPIGHLHLA
              130       140       150       160       170       180

           170       180       190       200         210       220 
pF1KA1 LRHLHTHFGADYDWFFIMQDDTYVQAPRLAALAGHLSINQ--DLYLGRAEEFIGAGEQA-
       ::::  . : :.::::.. : ::..:  :: :.::::. .   ::::: ..::: :: . 
CCDS24 LRHLLEQHGDDFDWFFLVPDTTYTEAHGLARLTGHLSLASAAHLYLGRPQDFIG-GEPTP
              190       200       210       220       230          

               230       240       250       260       270         
pF1KA1 -RYCHGGFGYLLSRSLLLRLRPHLDGCRGDILSARPDEWLGRCLIDSLGVGCVSQHQGQQ
        :::::::: :::: :: .:::::.:::.::.:::::::::::..:. ::::...:.: .
CCDS24 GRYCHGGFGVLLSRMLLQQLRPHLEGCRNDIVSARPDEWLGRCILDATGVGCTGDHEGVH
     240       250       260       270       280       290         

     280       290       300       310       320       330         
pF1KA1 YRSFELAKNRDPEKEGSSAFLSAFAVHPVSEGTLMYRLHKRFSALELERAYSEIEQLQAQ
       :  .::. . .: .::.  : ::...::: . . ::.::: :.  ::::.:.::..:: .
CCDS24 YSHLELSPG-EPVQEGDPHFRSALTAHPVRDPVHMYQLHKAFARAELERTYQEIQELQWE
     300        310       320       330       340       350        

     340       350       360       370       380       390         
pF1KA1 IRNLTVLTPEGEAGLSWPVGLPAPFTPHSRFEVLGWDYFTEQHTFSCADGAPKCPLQGAS
       :.: . :. .:. . .::::.:::  : :::::: ::::::::.::::::.:.:::.::.
CCDS24 IQNTSHLAVDGDQAAAWPVGIPAPSRPASRFEVLRWDYFTEQHAFSCADGSPRCPLRGAD
      360       370       380       390       400       410        

     400       410       420       430       440       450         
pF1KA1 RADVGDALETALEQLNRRYQPRLRFQKQRLLNGYRRFDPARGMEYTLDLLLECVTQRGHR
       ::::.:.: ::::.:::::.: ::.:::.:.:::::::::::::::::: :: .: .: :
CCDS24 RADVADVLGTALEELNRRYHPALRLQKQQLVNGYRRFDPARGMEYTLDLQLEALTPQGGR
      420       430       440       450       460       470        

     460       470       480       490       500       510         
pF1KA1 RALARRVSLLRPLSRVEILPMPYVTEATRVQLVLPLLVAEAAAAPAFLEAFAANVLEPRE
       : :.:::.::::::::::::.::::::.:. ..::: .::   ::.::::::. .::: .
CCDS24 RPLTRRVQLLRPLSRVEILPVPYVTEASRLTVLLPLAAAERDLAPGFLEAFATAALEPGD
      480       490       500       510       520       530        

     520        530        540       550       560       570       
pF1KA1 HAL-LTLLLVYGPREGGRGA-PDPFLGVKAAAAELERRYPGTRLAWLAVRAEAPSQVRLM
        :  :::::.: ::.. : :  : :  ::: .::::::.::.:. ::.:.. ::: .:::
CCDS24 AAAALTLLLLYEPRQAQRVAHADVFAPVKAHVAELERRFPGARVPWLSVQTAAPSPLRLM
      540       550       560       570       580       590        

       580       590       600       610       620       630       
pF1KA1 DVVSKKHPVDTLFFLTTVWTRPGPEVLNRCRMNAISGWQAFFPVHFQEFNPALSPQRSPP
       :..:::::.::::.:.   :   :. ::::::.::::::::::.::: :.::..: ..: 
CCDS24 DLLSKKHPLDTLFLLAGPDTVLTPDFLNRCRMHAISGWQAFFPMHFQAFHPAVAPPQGP-
      600       610       620       630       640       650        

       640       650       660       670       680       690       
pF1KA1 GPPGAGPDPPSPPGADPSRGAPIGGRFDRQASAEGCFYNADYLAARARLAGELAGQEEEE
       :::  : :                :::::::..:.::::.::.:::.:::.  :...:::
CCDS24 GPPELGRDT---------------GRFDRQAASEACFYNSDYVAARGRLAA--ASEQEEE
       660                      670       680       690         700

       700       710       720       730       740       750       
pF1KA1 ALEGLEVMDVFLRFSGLHLFRAVEPGLVQKFSLRDCSPRLSEELYHRCRLSNLEGLGGRA
        ::.:.:...::.::.::..:::::.:.:..  . :: ::::.:::::  : :::::.:.
CCDS24 LLESLDVYELFLHFSSLHVLRAVEPALLQRYRAQTCSARLSEDLYHRCLQSVLEGLGSRT
              710       720       730       740       750       760

       760       770  
pF1KA1 QLAMALFEQEQANST
       :::: ::::::.:::
CCDS24 QLAMLLFEQEQGNST
              770     

>>CCDS56169.1 CHPF gene_id:79586|Hs108|chr2               (613 aa)
 initn: 2303 init1: 1004 opt: 2029  Z-score: 1509.7  bits: 289.8 E(32554): 9e-78
Smith-Waterman score: 2463; 59.7% identity (80.6% similar) in 633 aa overlap (146-772:1-613)

         120       130       140       150       160       170     
pF1KA1 LAVAVNRTVAHHFPRLLYFTGQRGARAPAGMQVVSHGDERPAWLMSETLRHLHTHFGADY
                                     : ::. :.:::   .  .::::  . : :.
CCDS56                               MAVVTLGEERPIGHLHLALRHLLEQHGDDF
                                             10        20        30

         180       190       200         210       220         230 
pF1KA1 DWFFIMQDDTYVQAPRLAALAGHLSINQ--DLYLGRAEEFIGAGEQA--RYCHGGFGYLL
       ::::.. : ::..:  :: :.::::. .   ::::: ..::: :: .  :::::::: ::
CCDS56 DWFFLVPDTTYTEAHGLARLTGHLSLASAAHLYLGRPQDFIG-GEPTPGRYCHGGFGVLL
               40        50        60        70         80         

             240       250       260       270       280       290 
pF1KA1 SRSLLLRLRPHLDGCRGDILSARPDEWLGRCLIDSLGVGCVSQHQGQQYRSFELAKNRDP
       :: :: .:::::.:::.::.:::::::::::..:. ::::...:.: .:  .::. . .:
CCDS56 SRMLLQQLRPHLEGCRNDIVSARPDEWLGRCILDATGVGCTGDHEGVHYSHLELSPG-EP
      90       100       110       120       130       140         

             300       310       320       330       340       350 
pF1KA1 EKEGSSAFLSAFAVHPVSEGTLMYRLHKRFSALELERAYSEIEQLQAQIRNLTVLTPEGE
        .::.  : ::...::: . . ::.::: :.  ::::.:.::..:: .:.: . :. .:.
CCDS56 VQEGDPHFRSALTAHPVRDPVHMYQLHKAFARAELERTYQEIQELQWEIQNTSHLAVDGD
      150       160       170       180       190       200        

             360       370       380       390       400       410 
pF1KA1 AGLSWPVGLPAPFTPHSRFEVLGWDYFTEQHTFSCADGAPKCPLQGASRADVGDALETAL
        . .::::.:::  : :::::: ::::::::.::::::.:.:::.::.::::.:.: :::
CCDS56 QAAAWPVGIPAPSRPASRFEVLRWDYFTEQHAFSCADGSPRCPLRGADRADVADVLGTAL
      210       220       230       240       250       260        

             420       430       440       450       460       470 
pF1KA1 EQLNRRYQPRLRFQKQRLLNGYRRFDPARGMEYTLDLLLECVTQRGHRRALARRVSLLRP
       :.:::::.: ::.:::.:.:::::::::::::::::: :: .: .: :: :.:::.::::
CCDS56 EELNRRYHPALRLQKQQLVNGYRRFDPARGMEYTLDLQLEALTPQGGRRPLTRRVQLLRP
      270       280       290       300       310       320        

             480       490       500       510       520        530
pF1KA1 LSRVEILPMPYVTEATRVQLVLPLLVAEAAAAPAFLEAFAANVLEPREHAL-LTLLLVYG
       ::::::::.::::::.:. ..::: .::   ::.::::::. .::: . :  :::::.: 
CCDS56 LSRVEILPVPYVTEASRLTVLLPLAAAERDLAPGFLEAFATAALEPGDAAAALTLLLLYE
      330       340       350       360       370       380        

               540       550       560       570       580         
pF1KA1 PREGGRGA-PDPFLGVKAAAAELERRYPGTRLAWLAVRAEAPSQVRLMDVVSKKHPVDTL
       ::.. : :  : :  ::: .::::::.::.:. ::.:.. ::: .::::..:::::.:::
CCDS56 PRQAQRVAHADVFAPVKAHVAELERRFPGARVPWLSVQTAAPSPLRLMDLLSKKHPLDTL
      390       400       410       420       430       440        

     590       600       610       620       630       640         
pF1KA1 FFLTTVWTRPGPEVLNRCRMNAISGWQAFFPVHFQEFNPALSPQRSPPGPPGAGPDPPSP
       :.:.   :   :. ::::::.::::::::::.::: :.::..: ..: :::  : :    
CCDS56 FLLAGPDTVLTPDFLNRCRMHAISGWQAFFPMHFQAFHPAVAPPQGP-GPPELGRDT---
      450       460       470       480       490        500       

     650       660       670       680       690       700         
pF1KA1 PGADPSRGAPIGGRFDRQASAEGCFYNADYLAARARLAGELAGQEEEEALEGLEVMDVFL
                   :::::::..:.::::.::.:::.:::.  :...::: ::.:.:...::
CCDS56 ------------GRFDRQAASEACFYNSDYVAARGRLAA--ASEQEEELLESLDVYELFL
                      510       520       530         540       550

     710       720       730       740       750       760         
pF1KA1 RFSGLHLFRAVEPGLVQKFSLRDCSPRLSEELYHRCRLSNLEGLGGRAQLAMALFEQEQA
       .::.::..:::::.:.:..  . :: ::::.:::::  : :::::.:.:::: ::::::.
CCDS56 HFSSLHVLRAVEPALLQRYRAQTCSARLSEDLYHRCLQSVLEGLGSRTQLAMLLFEQEQG
              560       570       580       590       600       610

     770  
pF1KA1 NST
       :::
CCDS56 NST
          

>>CCDS10390.1 CHSY1 gene_id:22856|Hs108|chr15             (802 aa)
 initn: 328 init1: 152 opt: 486  Z-score: 368.4  bits: 79.0 E(32554): 3.4e-14
Smith-Waterman score: 684; 25.3% identity (53.0% similar) in 834 aa overlap (8-766:8-784)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA1 MRLSSLLALLRPALPLILGLSLGCSLSLLRVSWIQGEGEDPCVEAVGERGGPQNPDSRAR
              : :   : :.::. :.  : : :.: ..  :    .   : :.: :   :.: 
CCDS10 MAARGRRAWLSVLLGLVLGFVLASRLVLPRASELKRAGPRRRASPEGCRSG-QAAASQAG
               10        20        30        40        50          

               70        80        90       100         110        
pF1KA1 LDQSDEDFKPRIVPYYRDPNKPYKKVLRTRYIQTELGSRER--LLVAVLTSRATLSTLAV
         ..:     .. :   ::.                : :.:  :.:.:.:..  :.: ::
CCDS10 GARGDAR-GAQLWPPGSDPDG---------------GPRDRNFLFVGVMTAQKYLQTRAV
      60         70                       80        90       100   

      120       130       140              150       160       170 
pF1KA1 AVNRTVAHHFPRLLYFTGQRGARAPAGMQVV-------SHGDERPAWLMSETLRHLHTHF
       :. :: .. .:  . : ...:. . . . ::       :.  .. ...:   :...: :.
CCDS10 AAYRTWSKTIPGKVQFFSSEGSDTSVPIPVVPLRGVDDSYPPQKKSFMM---LKYMHDHY
           110       120       130       140       150          160

             180       190       200       210             220     
pF1KA1 GADYDWFFIMQDDTYVQAPRLAALAGHLSINQDLYLGRA----EEFIG--AGEQAR-YCH
          :.::.  .::.:... ::  .   :. .. :.::..     : .:  : : .. .: 
CCDS10 LDKYEWFMRADDDVYIKGDRLENFLRSLNSSEPLFLGQTGLGTTEEMGKLALEPGENFCM
              170       180       190       200       210       220

          230       240       250       260       270         280  
pF1KA1 GGFGYLLSRSLLLRLRPHLDGCRGDILSARPDEWLGRCLIDSLGVGCVSQHQGQQ--YRS
       :: : ..:: .: :. ::.  :  .. ... :  .:::.    :: :: ... ::  :..
CCDS10 GGPGVIMSREVLRRMVPHIGKCLREMYTTHEDVEVGRCVRRFAGVQCVWSYEMQQLFYEN
              230       240       250       260       270       280

            290       300       310       320       330       340  
pF1KA1 FELAKNRDPEKEGSSAFLSAFAVHPVSEGTLMYRLHKRFSALELERAYSEIEQLQAQI-R
       .:  :.   .   .: . .:...:: ..   .::::. .    : :  ::...   :. :
CCDS10 YEQNKKGYIRDLHNSKIHQAITLHPNKNPPYQYRLHSYM----LSRKISELRHRTIQLHR
              290       300       310           320       330      

             350          360          370       380       390     
pF1KA1 NLTVLTPEGEAGL---SWPVGLPAPFT---PHSRFEVLGWDYFTEQHTFSCADGAP-KCP
       ......  ... .   .  .:.:  :    :..: :.: :...: .. .: .:: : .  
CCDS10 EIVLMSKYSNTEIHKEDLQLGIPPSFMRFQPRQREEILEWEFLTGKYLYSAVDGQPPRRG
        340       350       360       370       380       390      

          400       410       420        430       440       450   
pF1KA1 LQGASRADVGDALETALEQLNRRYQPRLRFQK-QRLLNGYRRFDPARGMEYTLDLLLECV
       ...:.:  . : .  ..:..:   . : :.   ...  :::: .:  : :: :::::   
CCDS10 MDSAQREALDDIVMQVMEMINANAKTRGRIIDFKEIQYGYRRVNPMYGAEYILDLLLLYK
        400       410       420       430       440       450      

           460         470                          480         490
pF1KA1 TQRGHRRALA--RRVSLLRPLSRVEILP-------------------MPYVTEATR--VQ
        ..:.. ..   :.. : . .:.....                    . ..... .  : 
CCDS10 KHKGKKMTVPVRRHAYLQQTFSKIQFVEHEELDAQELAKRINQESGSLSFLSNSLKKLVP
        460       470       480       490       500       510      

                             500          510       520       530  
pF1KA1 LVLP---------------LLVAEAAAAPAFLE---AFAANVLEPREHALLTLLLVYGPR
       . ::               .:.  ..    :..    :  . : : ... :..::     
CCDS10 FQLPGSKSEHKEPKDKKINILIPLSGRFDMFVRFMGNFEKTCLIPNQNVKLVVLLF----
        520       530       540       550       560       570      

            540       550           560       570       580        
pF1KA1 EGGRGAPDPFLGVKAAAAELER----RYPGTRLAWLAVRAEAPSQVRLMDVVSKKHPVDT
        .. . ::     ::  .:: :    .:: . .  : : .:  :..  ..: :..   ..
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       :.:.  :      : :.::: :.. : : .::. :....: .           .:  : .
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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