Result of FASTA (ccds) for pF1KA1331
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KA1331, 589 aa
  1>>>pF1KA1331 589 - 589 aa - 589 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2133+/-0.000932; mu= 14.4197+/- 0.056
 mean_var=81.3677+/-16.033, 0's: 0 Z-trim(106.2): 22  B-trim: 0 in 0/52
 Lambda= 0.142183
 statistics sampled from 8818 (8834) to 8818 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.642), E-opt: 0.2 (0.271), width:  16
 Scan time:  2.710

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS33902.1 SENP2 gene_id:59343|Hs108|chr3         ( 589) 3987 827.9       0
CCDS44868.2 SENP1 gene_id:29843|Hs108|chr12        ( 644) 1001 215.4 1.8e-55
CCDS73958.1 SENP3 gene_id:26168|Hs108|chr17        ( 574)  494 111.4 3.3e-24
CCDS3322.1 SENP5 gene_id:205564|Hs108|chr3         ( 755)  488 110.2 9.9e-24


>>CCDS33902.1 SENP2 gene_id:59343|Hs108|chr3              (589 aa)
 initn: 3987 init1: 3987 opt: 3987  Z-score: 4420.2  bits: 827.9 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 3987; 99.8% identity (99.8% similar) in 589 aa overlap (1-589:1-589)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA1 MYRWLVRILGTIFRFCDRSVPPARALLKRRRSDSTLFSTVDTDEIPAKRPRLDCFIHQVK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MYRWLVRILGTIFRFCDRSVPPARALLKRRRSDSTLFSTVDTDEIPAKRPRLDCFIHQVK
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KA1 NSLYNAASLFGFPFQLTTKPMVTSACNGTRNVAPSGEVFSNSSSCELTGSGSWNNMLKLG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 NSLYNAASLFGFPFQLTTKPMVTSACNGTRNVAPSGEVFSNSSSCELTGSGSWNNMLKLG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KA1 NKSPNGISDYPKIRVTVTRDQPRRVLPSFGFTLNSEGCNRRPGGRRHSKGNPESSLMWKP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 NKSPNGISDYPKIRVTVTRDQPRRVLPSFGFTLNSEGCNRRPGGRRHSKGNPESSLMWKP
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KA1 QEQAVTEMISEESGKGLRRPHCTVEEGVQKEEREKYRKLLERLKESGHGNSVCPVTSNYH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 QEQAVTEMISEESGKGLRRPHCTVEEGVQKEEREKYRKLLERLKESGHGNSVCPVTSNYH
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KA1 SSQRSQMDTLKTKGWGEEQNHGVKTTQFVPKQYRLVETRGPLCSLRSEKRCSKGKITDTE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 SSQRSQMDTLKTKGWGEEQNHGVKTTQFVPKQYRLVETRGPLCSLRSEKRCSKGKITDTE
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KA1 KMVGIRFENESRRGYQLEPDLSEEVSARLRLGSGSNGLLRRKVSIIETKEKNCSGKERDR
        :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 TMVGIRFENESRRGYQLEPDLSEEVSARLRLGSGSNGLLRRKVSIIETKEKNCSGKERDR
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KA1 RTDDLLELTEDMEKEISNALGHGPQDEILSSAFKLRITRGDIQTLKNYHWLNDEVINFYM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 RTDDLLELTEDMEKEISNALGHGPQDEILSSAFKLRITRGDIQTLKNYHWLNDEVINFYM
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KA1 NLLVERNKKQGYPALHVFSTFFYPKLKSGGYQAVKRWTKGVNLFEQEIILVPIHRKVHWS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 NLLVERNKKQGYPALHVFSTFFYPKLKSGGYQAVKRWTKGVNLFEQEIILVPIHRKVHWS
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KA1 LVVIDLRKKCLKYLDSMGQKGHRICEILLQYLQDESKTKRNSDLNLLEWTHHSMKPHEIP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LVVIDLRKKCLKYLDSMGQKGHRICEILLQYLQDESKTKRNSDLNLLEWTHHSMKPHEIP
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580         
pF1KA1 QQLNGSDCGMFTCKYADYISRDKPITFTQHQMPLFRKKMVWEILHQQLL
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 QQLNGSDCGMFTCKYADYISRDKPITFTQHQMPLFRKKMVWEILHQQLL
              550       560       570       580         

>>CCDS44868.2 SENP1 gene_id:29843|Hs108|chr12             (644 aa)
 initn: 1047 init1: 975 opt: 1001  Z-score: 1109.3  bits: 215.4 E(32554): 1.8e-55
Smith-Waterman score: 1001; 48.1% identity (76.6% similar) in 308 aa overlap (282-589:345-644)

             260       270       280       290       300       310 
pF1KA1 TKGWGEEQNHGVKTTQFVPKQYRLVETRGPLCSLRSEKRCSKGKITDTEKMVGIRFENES
                                     : :. . .   . .  . .: ......:. 
CCDS44 SDSVILLKVKDSQTPTPSSTFFQAELWIKELTSVYDSRARERLRQIEEQKALALQLQNQ-
          320       330       340       350       360       370    

             320       330       340       350       360       370 
pF1KA1 RRGYQLEPDLSEEVSARLRLGSGSNGLLRRKVSIIETKEKNCSGKERDRRTDDLLELTED
        :  . : .. . :  .::.       :.... .  ..: . .:..     :.. :.::.
CCDS44 -RLQEREHSVHDSVELHLRVP------LEKEIPVTVVQETQKKGHKLTDSEDEFPEITEE
            380       390             400       410       420      

             380       390       400       410       420       430 
pF1KA1 MEKEISNALGHGPQDEILSSAFKLRITRGDIQTLKNYHWLNDEVINFYMNLLVERNKKQG
       :::::.:.. .: :::.:: ::.: ::: :::::.. .:::::.::::::.:.::.:..:
CCDS44 MEKEIKNVFRNGNQDEVLSEAFRLTITRKDIQTLNHLNWLNDEIINFYMNMLMERSKEKG
        430       440       450       460       470       480      

             440       450       460       470       480       490 
pF1KA1 YPALHVFSTFFYPKLKSGGYQAVKRWTKGVNLFEQEIILVPIHRKVHWSLVVIDLRKKCL
        :..:.:.:::. :::..:::::::::: :..:  .:.:::::  ::: :.:.:.::: .
CCDS44 LPSVHAFNTFFFTKLKTAGYQAVKRWTKKVDVFSVDILLVPIHLGVHWCLAVVDFRKKNI
        490       500       510       520       530       540      

             500       510       520       530       540       550 
pF1KA1 KYLDSMGQKGHRICEILLQYLQDESKTKRNSDLNLLEWTHHSMKPHEIPQQLNGSDCGMF
        : ::::  ... :.::::::..::  :. ....   :   : : .:::::.::::::::
CCDS44 TYYDSMGGINNEACRILLQYLKQESIDKKRKEFDTNGWQLFSKKSQEIPQQMNGSDCGMF
        550       560       570       580       590       600      

             560       570       580         
pF1KA1 TCKYADYISRDKPITFTQHQMPLFRKKMVWEILHQQLL
       .::::: :..:.::.:::..:: :::.:::::::..::
CCDS44 ACKYADCITKDRPINFTQQHMPYFRKRMVWEILHRKLL
        610       620       630       640    

>>CCDS73958.1 SENP3 gene_id:26168|Hs108|chr17             (574 aa)
 initn: 494 init1: 293 opt: 494  Z-score: 548.1  bits: 111.4 E(32554): 3.3e-24
Smith-Waterman score: 494; 34.1% identity (69.4% similar) in 229 aa overlap (361-588:356-572)

              340       350       360       370       380       390
pF1KA1 LGSGSNGLLRRKVSIIETKEKNCSGKERDRRTDDLLELTEDMEKEISNALGHGPQDEILS
                                     :   .:.: .....  .::. .:     . 
CCDS73 QTYGSLIPLSTDEVVEKLEDIFQQEFSTPSRKGLVLQLIQSYQRMPGNAMVRG-----FR
         330       340       350       360       370            380

               400       410       420       430       440         
pF1KA1 SAFKLRI-TRGDIQTLKNYHWLNDEVINFYMNLLVERNKKQGYPALHVFSTFFYPKLKSG
        :.: .. :  :. :: . .::::.:.:.: .:...   ..    .: :..::: ::.. 
CCDS73 VAYKRHVLTMDDLGTLYGQNWLNDQVMNMYGDLVMDTVPEK----VHFFNSFFYDKLRTK
              390       400       410       420           430      

     450       460       470       480       490       500         
pF1KA1 GYQAVKRWTKGVNLFEQEIILVPIHRKVHWSLVVIDLRKKCLKYLDSMGQKGHRICEILL
       ::..::::::.:..:..:..:.::: .:::::. .:.:.. . :.::.   ..:  . . 
CCDS73 GYDGVKRWTKNVDIFNKELLLIPIHLEVHWSLISVDVRRRTITYFDSQRTLNRRCPKHIA
        440       450       460       470       480       490      

     510       520       530       540       550       560         
pF1KA1 QYLQDESKTKRNSDLNLLEWTHHSMKPHEIPQQLNGSDCGMFTCKYADYISRDKPITFTQ
       .::: :.  :   :..   :  ...   .. .: : :::: :. .:  ... ..:..:::
CCDS73 KYLQAEAVKKDRLDFHQ-GW--KGYFKMNVARQNNDSDCGAFVLQYCKHLALSQPFSFTQ
        500       510          520       530       540       550   

     570       580          
pF1KA1 HQMPLFRKKMVWEILHQQLL 
       ..:: .:...  :. : .:  
CCDS73 QDMPKLRRQIYKELCHCKLTV
           560       570    

>>CCDS3322.1 SENP5 gene_id:205564|Hs108|chr3              (755 aa)
 initn: 443 init1: 250 opt: 488  Z-score: 539.5  bits: 110.2 E(32554): 9.9e-24
Smith-Waterman score: 488; 30.6% identity (63.9% similar) in 291 aa overlap (304-589:475-754)

           280       290       300       310          320       330
pF1KA1 RLVETRGPLCSLRSEKRCSKGKITDTEKMVGIRFENE---SRRGYQLEPDLSEEVSARLR
                                     :...::.   .. . .  :  .:..:. : 
CCDS33 DGSLKQSILSSELLDHPYCKSPLEAPLVCSGLKLENQVGGGKNSQKASPVDDEQLSVCL-
          450       460       470       480       490       500    

               340       350       360       370       380         
pF1KA1 LGSGS-NGLLRRKVSIIETKEKNCSGKERDRRTDDLLELTEDMEKEISNALGHGPQDEIL
         ::  . ....  :..  .::.  :. .:  ..:. .    ...::.:  ..  . .. 
CCDS33 --SGFLDEVMKKYGSLVPLSEKEVLGRLKDVFNEDFSNRKPFINREITNYRARHQKCNFR
             510       520       530       540       550       560 

     390       400       410       420       430       440         
pF1KA1 SSAFKLRITRGDIQTLKNYHWLNDEVINFYMNLLVERNKKQGYPALHVFSTFFYPKLKSG
           :  .   :. :: . .::::.:::.: .:...    .    .: :..::. .: . 
CCDS33 IFYNKHMLDMDDLATLDGQNWLNDQVINMYGELIMDAVPDK----VHFFNSFFHRQLVTK
             570       580       590       600           610       

     450       460       470       480       490       500         
pF1KA1 GYQAVKRWTKGVNLFEQEIILVPIHRKVHWSLVVIDLRKKCLKYLDSMGQKGHRIC-EIL
       ::..:::::: :.::.. ..:.::: .:::::... : .. ... ::.: .  ..: : .
CCDS33 GYNGVKRWTKKVDLFKKSLLLIPIHLEVHWSLITVTLSNRIISFYDSQGIH-FKFCVENI
       620       630       640       650       660        670      

      510       520       530       540       550       560        
pF1KA1 LQYLQDESKTKRNSDLNLLEWTHHSMKPHEIPQQLNGSDCGMFTCKYADYISRDKPITFT
        .::  :.. :   .. :  :     :   :::: : ::::.:. .:   .. ..:. :.
CCDS33 RKYLLTEAREKNRPEF-LQGWQTAVTK--CIPQQKNDSDCGVFVLQYCKCLALEQPFQFS
        680       690        700         710       720       730   

      570       580          
pF1KA1 QHQMPLFRKKMVWEILHQQLL 
       :..::  ::..  :. . .:. 
CCDS33 QEDMPRVRKRIYKELCECRLMD
           740       750     




589 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Wed Nov  2 20:58:53 2016 done: Wed Nov  2 20:58:54 2016
 Total Scan time:  2.710 Total Display time:  0.010

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com