Result of FASTA (ccds) for pF1KA1161
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KA1161, 680 aa
  1>>>pF1KA1161 680 - 680 aa - 680 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7719+/-0.000877; mu= 16.3650+/- 0.052
 mean_var=63.1345+/-13.083, 0's: 0 Z-trim(105.5): 17  B-trim: 212 in 1/48
 Lambda= 0.161414
 statistics sampled from 8437 (8449) to 8437 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.63), E-opt: 0.2 (0.26), width:  16
 Scan time:  2.600

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS78391.1 KIAA1161 gene_id:57462|Hs108|chr9      ( 714) 4681 1099.1       0
CCDS32760.1 GAA gene_id:2548|Hs108|chr17           ( 952)  269 71.7 5.5e-12
CCDS60817.1 GANAB gene_id:23193|Hs108|chr11        ( 847)  258 69.1 2.9e-11
CCDS60818.1 GANAB gene_id:23193|Hs108|chr11        ( 852)  258 69.1 2.9e-11
CCDS8026.1 GANAB gene_id:23193|Hs108|chr11         ( 944)  258 69.1 3.2e-11
CCDS41656.1 GANAB gene_id:23193|Hs108|chr11        ( 966)  258 69.1 3.3e-11


>>CCDS78391.1 KIAA1161 gene_id:57462|Hs108|chr9           (714 aa)
 initn: 4681 init1: 4681 opt: 4681  Z-score: 5883.4  bits: 1099.1 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 4681; 99.9% identity (100.0% similar) in 680 aa overlap (1-680:35-714)

                                             10        20        30
pF1KA1                               MYTFLPDNFSPAKPKPSKELKPLLGSAVLG
                                     ::::::::::::::::::.:::::::::::
CCDS78 PQEKSQAYPRRRRPGCYAYRQNPEAIAAAAMYTFLPDNFSPAKPKPSKDLKPLLGSAVLG
           10        20        30        40        50        60    

               40        50        60        70        80        90
pF1KA1 LLLVLAAVVAWCYYSVSLRKAERLRAELLDLKAGGFSIRNQKGEQVFRLAFRSGALDLDS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 LLLVLAAVVAWCYYSVSLRKAERLRAELLDLKAGGFSIRNQKGEQVFRLAFRSGALDLDS
           70        80        90       100       110       120    

              100       110       120       130       140       150
pF1KA1 CSRDGALLGCSLTADGLPLHFFIQTVRPKDTVMCYRVRWEEAAPGRAVEHAMFLGDAAAH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 CSRDGALLGCSLTADGLPLHFFIQTVRPKDTVMCYRVRWEEAAPGRAVEHAMFLGDAAAH
          130       140       150       160       170       180    

              160       170       180       190       200       210
pF1KA1 WYGGAEMRTQHWPIRLDGQQEPQPFVTSDVYSSDAAFGGILERYWLSSRAAAIKVNDSVP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 WYGGAEMRTQHWPIRLDGQQEPQPFVTSDVYSSDAAFGGILERYWLSSRAAAIKVNDSVP
          190       200       210       220       230       240    

              220       230       240       250       260       270
pF1KA1 FHLGWNSTERSLRLQARYHDTPYKPPAGRAAAPELSYRVCVGSDVTSIHKYMVRRYFNKP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 FHLGWNSTERSLRLQARYHDTPYKPPAGRAAAPELSYRVCVGSDVTSIHKYMVRRYFNKP
          250       260       270       280       290       300    

              280       290       300       310       320       330
pF1KA1 SRVPAPEAFRDPIWSTWALYGRAVDQDKVLRFAQQIRLHHFNSSHLEIDDMYTPAYGDFD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 SRVPAPEAFRDPIWSTWALYGRAVDQDKVLRFAQQIRLHHFNSSHLEIDDMYTPAYGDFD
          310       320       330       340       350       360    

              340       350       360       370       380       390
pF1KA1 FDEVKFPNASDMFRRLRDAGFRVTLWVHPFVNYNSSRFGEGVERELFVREPTGRLPALVR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 FDEVKFPNASDMFRRLRDAGFRVTLWVHPFVNYNSSRFGEGVERELFVREPTGRLPALVR
          370       380       390       400       410       420    

              400       410       420       430       440       450
pF1KA1 WWNGIGAVLDFTHPKARDWFQGHLRRLRSRYSVASFKFDAGEVSYLPRDFSTYRPLPDPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 WWNGIGAVLDFTHPKARDWFQGHLRRLRSRYSVASFKFDAGEVSYLPRDFSTYRPLPDPS
          430       440       450       460       470       480    

              460       470       480       490       500       510
pF1KA1 VWSRRYTEMALPFFSLAEVRVGYQSQNISCFFRLVDRDSVWGYDLGLRSLIPAVLTVSML
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 VWSRRYTEMALPFFSLAEVRVGYQSQNISCFFRLVDRDSVWGYDLGLRSLIPAVLTVSML
          490       500       510       520       530       540    

              520       530       540       550       560       570
pF1KA1 GYPFILPDMVGGNAVPQRTAGGDVPERELYIRWLEVAAFMPAMQFSIPPWRYDAEVVAIA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 GYPFILPDMVGGNAVPQRTAGGDVPERELYIRWLEVAAFMPAMQFSIPPWRYDAEVVAIA
          550       560       570       580       590       600    

              580       590       600       610       620       630
pF1KA1 QKFAALRASLVAPLLLELAGEVTDTGDPIVRPLWWIAPGDETAHRIDSQFLIGDTLLVAP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 QKFAALRASLVAPLLLELAGEVTDTGDPIVRPLWWIAPGDETAHRIDSQFLIGDTLLVAP
          610       620       630       640       650       660    

              640       650       660       670       680
pF1KA1 VLEPGKQERDVYLPAGKWRSYKGELFDKTPVLLTDYPVDLDEIAYFTWAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 VLEPGKQERDVYLPAGKWRSYKGELFDKTPVLLTDYPVDLDEIAYFTWAS
          670       680       690       700       710    

>>CCDS32760.1 GAA gene_id:2548|Hs108|chr17                (952 aa)
 initn: 193 init1: 112 opt: 269  Z-score: 328.6  bits: 71.7 E(32554): 5.5e-12
Smith-Waterman score: 355; 23.8% identity (51.0% similar) in 504 aa overlap (208-648:294-772)

       180       190       200       210          220       230    
pF1KA1 SDVYSSDAAFGGILERYWLSSRAAAIKVNDSVPFHLGWN---STERSLRLQARYHDTPYK
                                     : ::.:. .   :..  . :..   :.  .
CCDS32 LSPLMLSTSWTRITLWNRDLAPTPGANLYGSHPFYLALEDGGSAHGVFLLNSNAMDVVLQ
           270       280       290       300       310       320   

             240       250       260       270       280           
pF1KA1 P-PA--GRAAAPELSYRVCVGSDVTSIHKYMVRRYFNKPSRVPAPEAFRDPIWST-----
       : ::   :...  :.  . .: .  :.    :..:..    :  :  :  : :.      
CCDS32 PSPALSWRSTGGILDVYIFLGPEPKSV----VQQYLD---VVGYP--FMPPYWGLGFHLC
           330       340       350              360         370    

         290       300       310       320        330       340    
pF1KA1 -WALYGRAVDQDKVLRFAQQIRLHHFNSSHLEIDDM-YTPAYGDFDFDEVKFPNASDMFR
        :.  . :. .. :    ...   ::    .. .:. :  .  :: :..  : .   : .
CCDS32 RWGYSSTAITRQVV----ENMTRAHF-PLDVQWNDLDYMDSRRDFTFNKDGFRDFPAMVQ
          380           390        400       410       420         

          350       360            370       380       390         
pF1KA1 RLRDAGFRVTLWVHPFVNYN----SSR-FGEGVERELFVREPTGRLPALVRWWNGIGAVL
       .:...: :  . : : .. .    : : . ::..: .:. . ::. : . . : :  :  
CCDS32 ELHQGGRRYMMIVDPAISSSGPAGSYRPYDEGLRRGVFITNETGQ-PLIGKVWPGSTAFP
     430       440       450       460       470        480        

     400       410       420       430          440                
pF1KA1 DFTHPKARDWFQGHLRRLRSRYSVASFKFDAGEVSYLPR---DFSTYRPLPDP-------
       :::.: :  :..  . .....    .. .: .: : . :   :      : .:       
CCDS32 DFTNPTALAWWEDMVAEFHDQVPFDGMWIDMNEPSNFIRGSEDGCPNNELENPPYVPGVV
      490       500       510       520       530       540        

            450       460            470       480                 
pF1KA1 -------SVWSRRYTEMALPF-----FSLAEVRVGYQSQNISCFFR--LVDRDS------
              .. .  .  ..  .     ..:.:. .....   .   :  ...:..      
CCDS32 GGTLQAATICASSHQFLSTHYNLHNLYGLTEAIASHRALVKARGTRPFVISRSTFAGHGR
      550       560       570       580       590       600        

             490       500       510       520       530       540 
pF1KA1 --------VWGYDLGLRSLIPAVLTVSMLGYPFILPDMVGGNAVPQRTAGGDVPERELYI
               ::.    : : .: .:  ..:: :..  :. :          :.. : :: .
CCDS32 YAGHWTGDVWSSWEQLASSVPEILQFNLLGVPLVGADVCG--------FLGNTSE-ELCV
      610       620       630       640               650          

             550              560       570       580       590    
pF1KA1 RWLEVAAFMPAMQ-----FSIP--PWRYDAEVVAIAQKFAALRASLVAPLLLELAGEVTD
       :: ...::.: :.     .:.:  :. ..  .    .:  .:: .:. : :  :  ..  
CCDS32 RWTQLGAFYPFMRNHNSLLSLPQEPYSFSEPAQQAMRKALTLRYALL-PHLYTLFHQAHV
     660       670       680       690       700        710        

          600       610       620       630       640       650    
pF1KA1 TGDPIVRPLWWIAPGDETAHRIDSQFLIGDTLLVAPVLEPGKQERDVYLPAGKWRSYKGE
       .:. ..:::.   : : ..  .: :.: :..::..:::. :: :   :.: : :      
CCDS32 AGETVARPLFLEFPKDSSTWTVDHQLLWGEALLITPVLQAGKAEVTGYFPLGTWYDLQTV
      720       730       740       750       760       770        

          660       670       680                                  
pF1KA1 LFDKTPVLLTDYPVDLDEIAYFTWAS                                  
                                                                   
CCDS32 PVEALGSLPPPPAAPREPAIHSEGQWVTLPAPLDTINVHLRAGYIIPLQGPGLTTTESRQ
      780       790       800       810       820       830        

>>CCDS60817.1 GANAB gene_id:23193|Hs108|chr11             (847 aa)
 initn: 223 init1: 167 opt: 258  Z-score: 315.7  bits: 69.1 E(32554): 2.9e-11
Smith-Waterman score: 326; 26.0% identity (48.3% similar) in 416 aa overlap (295-668:308-705)

          270       280       290       300       310       320    
pF1KA1 RYFNKPSRVPAPEAFRDPIWSTWALYGRAVDQDKVLRFAQQIRLHHFNSSHLEIDDMYTP
                                     :.  ::.  : .  :..  . . .:  .. 
CCDS60 VFRQYASLTGTQALPPLFSLGYHQSRWNYRDEADVLEVDQGFDDHNLPCDVIWLDIEHAD
       280       290       300       310       320       330       

          330       340       350       360        370        380  
pF1KA1 AYGDFDFDEVKFPNASDMFRRLRDAGFRVTLWVHPFVNYNSS-RFGEGVERE-LFVREPT
       .   : .:  .::.   :..:: .   ...  : : .. .:. :  : ..   :.:.   
CCDS60 GKRYFTWDPSRFPQPRTMLERLASKRRKLVAIVDPHIKVDSGYRVHEELRNLGLYVKTRD
       340       350       360       370       380       390       

            390        400       410       420                 430 
pF1KA1 GRLPALVRW-WNGIGAVLDFTHPKARDWFQGHLRRLRSRYSVASF----------KFDAG
       :       : : : ..  :::.:  : :. . .     . :. ..           :.. 
CCDS60 GS--DYEGWCWPGSAGYPDFTNPTMRAWWANMFSYDNYEGSAPNLFVWNDMNEPSVFNGP
         400       410       420       430       440       450     

                           440       450       460       470       
pF1KA1 EVSYLP----------RD----FSTYRPLPDPSVWSRRYTEMALPFFSLAEVRVGYQSQN
       ::..:           ::    .. :  .   .   .:   :  ::       .:  :: 
CCDS60 EVTMLKDAQHYGGWEHRDVHNIYGLYVHMATADGLRQRSGGMERPFVLARAFFAG--SQR
         460       470       480       490       500       510     

       480       490       500       510       520       530       
pF1KA1 ISCFFRLVDRDSVWGYDLGLRSLIPAVLTVSMLGYPFILPDMVGGNAVPQRTAGGDVPER
       ..  .   :  . : .   :.  ::  :.....:  :   : :::            :: 
CCDS60 FGAVWTG-DNTAEWDH---LKISIPMCLSLGLVGLSFCGAD-VGGFF--------KNPEP
           520           530       540       550                560

       540       550              560       570       580       590
pF1KA1 ELYIRWLEVAAFMPAMQFSI-------PPWRYDAEVVAIAQKFAALRASLVAPLLLELAG
       :: .:: ...:..: ..           ::   ..   : .   . : ::. :.   :  
CCDS60 ELLVRWYQMGAYQPFFRAHAHLDTGRREPWLLPSQHNDIIRDALGQRYSLL-PFWYTLLY
              570       580       590       600       610          

              600       610       620       630       640          
pF1KA1 EVTDTGDPIVRPLWWIAPGDETAHRIDSQFLIGDTLLVAPVLEPGKQERDVYLPA-GK-W
       ..   : :..::::   : : :.  ::.:.:.::.::: :: . : .  .::::. :. :
CCDS60 QAHREGIPVMRPLWVQYPQDVTTFNIDDQYLLGDALLVHPVSDSGAHGVQVYLPGQGEVW
     620       630       640       650       660       670         

         650          660       670       680                      
pF1KA1 ---RSYKGELFDKT---PVLLTDYPVDLDEIAYFTWAS                      
          .::. .   .:   :: :.. ::                                  
CCDS60 YDIQSYQKHHGPQTLYLPVTLSSIPVFQRGGTIVPRWMRVRRSSECMKDDPITLFVALSP
     680       690       700       710       720       730         

>>CCDS60818.1 GANAB gene_id:23193|Hs108|chr11             (852 aa)
 initn: 223 init1: 167 opt: 258  Z-score: 315.6  bits: 69.1 E(32554): 2.9e-11
Smith-Waterman score: 326; 26.0% identity (48.3% similar) in 416 aa overlap (295-668:313-710)

          270       280       290       300       310       320    
pF1KA1 RYFNKPSRVPAPEAFRDPIWSTWALYGRAVDQDKVLRFAQQIRLHHFNSSHLEIDDMYTP
                                     :.  ::.  : .  :..  . . .:  .. 
CCDS60 VFRQYASLTGTQALPPLFSLGYHQSRWNYRDEADVLEVDQGFDDHNLPCDVIWLDIEHAD
            290       300       310       320       330       340  

          330       340       350       360        370        380  
pF1KA1 AYGDFDFDEVKFPNASDMFRRLRDAGFRVTLWVHPFVNYNSS-RFGEGVERE-LFVREPT
       .   : .:  .::.   :..:: .   ...  : : .. .:. :  : ..   :.:.   
CCDS60 GKRYFTWDPSRFPQPRTMLERLASKRRKLVAIVDPHIKVDSGYRVHEELRNLGLYVKTRD
            350       360       370       380       390       400  

            390        400       410       420                 430 
pF1KA1 GRLPALVRW-WNGIGAVLDFTHPKARDWFQGHLRRLRSRYSVASF----------KFDAG
       :       : : : ..  :::.:  : :. . .     . :. ..           :.. 
CCDS60 GS--DYEGWCWPGSAGYPDFTNPTMRAWWANMFSYDNYEGSAPNLFVWNDMNEPSVFNGP
              410       420       430       440       450       460

                           440       450       460       470       
pF1KA1 EVSYLP----------RD----FSTYRPLPDPSVWSRRYTEMALPFFSLAEVRVGYQSQN
       ::..:           ::    .. :  .   .   .:   :  ::       .:  :: 
CCDS60 EVTMLKDAQHYGGWEHRDVHNIYGLYVHMATADGLRQRSGGMERPFVLARAFFAG--SQR
              470       480       490       500       510          

       480       490       500       510       520       530       
pF1KA1 ISCFFRLVDRDSVWGYDLGLRSLIPAVLTVSMLGYPFILPDMVGGNAVPQRTAGGDVPER
       ..  .   :  . : .   :.  ::  :.....:  :   : :::            :: 
CCDS60 FGAVWTG-DNTAEWDH---LKISIPMCLSLGLVGLSFCGAD-VGGFF--------KNPEP
      520        530          540       550        560             

       540       550              560       570       580       590
pF1KA1 ELYIRWLEVAAFMPAMQFSI-------PPWRYDAEVVAIAQKFAALRASLVAPLLLELAG
       :: .:: ...:..: ..           ::   ..   : .   . : ::. :.   :  
CCDS60 ELLVRWYQMGAYQPFFRAHAHLDTGRREPWLLPSQHNDIIRDALGQRYSLL-PFWYTLLY
         570       580       590       600       610        620    

              600       610       620       630       640          
pF1KA1 EVTDTGDPIVRPLWWIAPGDETAHRIDSQFLIGDTLLVAPVLEPGKQERDVYLPA-GK-W
       ..   : :..::::   : : :.  ::.:.:.::.::: :: . : .  .::::. :. :
CCDS60 QAHREGIPVMRPLWVQYPQDVTTFNIDDQYLLGDALLVHPVSDSGAHGVQVYLPGQGEVW
          630       640       650       660       670       680    

         650          660       670       680                      
pF1KA1 ---RSYKGELFDKT---PVLLTDYPVDLDEIAYFTWAS                      
          .::. .   .:   :: :.. ::                                  
CCDS60 YDIQSYQKHHGPQTLYLPVTLSSIPVFQRGGTIVPRWMRVRRSSECMKDDPITLFVALSP
          690       700       710       720       730       740    

>>CCDS8026.1 GANAB gene_id:23193|Hs108|chr11              (944 aa)
 initn: 223 init1: 167 opt: 258  Z-score: 314.9  bits: 69.1 E(32554): 3.2e-11
Smith-Waterman score: 326; 26.0% identity (48.3% similar) in 416 aa overlap (295-668:405-802)

          270       280       290       300       310       320    
pF1KA1 RYFNKPSRVPAPEAFRDPIWSTWALYGRAVDQDKVLRFAQQIRLHHFNSSHLEIDDMYTP
                                     :.  ::.  : .  :..  . . .:  .. 
CCDS80 VFRQYASLTGTQALPPLFSLGYHQSRWNYRDEADVLEVDQGFDDHNLPCDVIWLDIEHAD
          380       390       400       410       420       430    

          330       340       350       360        370        380  
pF1KA1 AYGDFDFDEVKFPNASDMFRRLRDAGFRVTLWVHPFVNYNSS-RFGEGVERE-LFVREPT
       .   : .:  .::.   :..:: .   ...  : : .. .:. :  : ..   :.:.   
CCDS80 GKRYFTWDPSRFPQPRTMLERLASKRRKLVAIVDPHIKVDSGYRVHEELRNLGLYVKTRD
          440       450       460       470       480       490    

            390        400       410       420                 430 
pF1KA1 GRLPALVRW-WNGIGAVLDFTHPKARDWFQGHLRRLRSRYSVASF----------KFDAG
       :       : : : ..  :::.:  : :. . .     . :. ..           :.. 
CCDS80 GS--DYEGWCWPGSAGYPDFTNPTMRAWWANMFSYDNYEGSAPNLFVWNDMNEPSVFNGP
            500       510       520       530       540       550  

                           440       450       460       470       
pF1KA1 EVSYLP----------RD----FSTYRPLPDPSVWSRRYTEMALPFFSLAEVRVGYQSQN
       ::..:           ::    .. :  .   .   .:   :  ::       .:  :: 
CCDS80 EVTMLKDAQHYGGWEHRDVHNIYGLYVHMATADGLRQRSGGMERPFVLARAFFAG--SQR
            560       570       580       590       600         610

       480       490       500       510       520       530       
pF1KA1 ISCFFRLVDRDSVWGYDLGLRSLIPAVLTVSMLGYPFILPDMVGGNAVPQRTAGGDVPER
       ..  .   :  . : .   :.  ::  :.....:  :   : :::            :: 
CCDS80 FGAVWTG-DNTAEWDH---LKISIPMCLSLGLVGLSFCGAD-VGGFF--------KNPEP
               620          630       640        650               

       540       550              560       570       580       590
pF1KA1 ELYIRWLEVAAFMPAMQFSI-------PPWRYDAEVVAIAQKFAALRASLVAPLLLELAG
       :: .:: ...:..: ..           ::   ..   : .   . : ::. :.   :  
CCDS80 ELLVRWYQMGAYQPFFRAHAHLDTGRREPWLLPSQHNDIIRDALGQRYSLL-PFWYTLLY
       660       670       680       690       700        710      

              600       610       620       630       640          
pF1KA1 EVTDTGDPIVRPLWWIAPGDETAHRIDSQFLIGDTLLVAPVLEPGKQERDVYLPA-GK-W
       ..   : :..::::   : : :.  ::.:.:.::.::: :: . : .  .::::. :. :
CCDS80 QAHREGIPVMRPLWVQYPQDVTTFNIDDQYLLGDALLVHPVSDSGAHGVQVYLPGQGEVW
        720       730       740       750       760       770      

         650          660       670       680                      
pF1KA1 ---RSYKGELFDKT---PVLLTDYPVDLDEIAYFTWAS                      
          .::. .   .:   :: :.. ::                                  
CCDS80 YDIQSYQKHHGPQTLYLPVTLSSIPVFQRGGTIVPRWMRVRRSSECMKDDPITLFVALSP
        780       790       800       810       820       830      

>>CCDS41656.1 GANAB gene_id:23193|Hs108|chr11             (966 aa)
 initn: 223 init1: 167 opt: 258  Z-score: 314.7  bits: 69.1 E(32554): 3.3e-11
Smith-Waterman score: 326; 26.0% identity (48.3% similar) in 416 aa overlap (295-668:427-824)

          270       280       290       300       310       320    
pF1KA1 RYFNKPSRVPAPEAFRDPIWSTWALYGRAVDQDKVLRFAQQIRLHHFNSSHLEIDDMYTP
                                     :.  ::.  : .  :..  . . .:  .. 
CCDS41 VFRQYASLTGTQALPPLFSLGYHQSRWNYRDEADVLEVDQGFDDHNLPCDVIWLDIEHAD
        400       410       420       430       440       450      

          330       340       350       360        370        380  
pF1KA1 AYGDFDFDEVKFPNASDMFRRLRDAGFRVTLWVHPFVNYNSS-RFGEGVERE-LFVREPT
       .   : .:  .::.   :..:: .   ...  : : .. .:. :  : ..   :.:.   
CCDS41 GKRYFTWDPSRFPQPRTMLERLASKRRKLVAIVDPHIKVDSGYRVHEELRNLGLYVKTRD
        460       470       480       490       500       510      

            390        400       410       420                 430 
pF1KA1 GRLPALVRW-WNGIGAVLDFTHPKARDWFQGHLRRLRSRYSVASF----------KFDAG
       :       : : : ..  :::.:  : :. . .     . :. ..           :.. 
CCDS41 GS--DYEGWCWPGSAGYPDFTNPTMRAWWANMFSYDNYEGSAPNLFVWNDMNEPSVFNGP
          520       530       540       550       560       570    

                           440       450       460       470       
pF1KA1 EVSYLP----------RD----FSTYRPLPDPSVWSRRYTEMALPFFSLAEVRVGYQSQN
       ::..:           ::    .. :  .   .   .:   :  ::       .:  :: 
CCDS41 EVTMLKDAQHYGGWEHRDVHNIYGLYVHMATADGLRQRSGGMERPFVLARAFFAG--SQR
          580       590       600       610       620         630  

       480       490       500       510       520       530       
pF1KA1 ISCFFRLVDRDSVWGYDLGLRSLIPAVLTVSMLGYPFILPDMVGGNAVPQRTAGGDVPER
       ..  .   :  . : .   :.  ::  :.....:  :   : :::            :: 
CCDS41 FGAVWTG-DNTAEWDH---LKISIPMCLSLGLVGLSFCGAD-VGGFF--------KNPEP
             640          650       660        670                 

       540       550              560       570       580       590
pF1KA1 ELYIRWLEVAAFMPAMQFSI-------PPWRYDAEVVAIAQKFAALRASLVAPLLLELAG
       :: .:: ...:..: ..           ::   ..   : .   . : ::. :.   :  
CCDS41 ELLVRWYQMGAYQPFFRAHAHLDTGRREPWLLPSQHNDIIRDALGQRYSLL-PFWYTLLY
     680       690       700       710       720       730         

              600       610       620       630       640          
pF1KA1 EVTDTGDPIVRPLWWIAPGDETAHRIDSQFLIGDTLLVAPVLEPGKQERDVYLPA-GK-W
       ..   : :..::::   : : :.  ::.:.:.::.::: :: . : .  .::::. :. :
CCDS41 QAHREGIPVMRPLWVQYPQDVTTFNIDDQYLLGDALLVHPVSDSGAHGVQVYLPGQGEVW
      740       750       760       770       780       790        

         650          660       670       680                      
pF1KA1 ---RSYKGELFDKT---PVLLTDYPVDLDEIAYFTWAS                      
          .::. .   .:   :: :.. ::                                  
CCDS41 YDIQSYQKHHGPQTLYLPVTLSSIPVFQRGGTIVPRWMRVRRSSECMKDDPITLFVALSP
      800       810       820       830       840       850        




680 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Wed Nov  2 20:40:23 2016 done: Wed Nov  2 20:40:24 2016
 Total Scan time:  2.600 Total Display time:  0.080

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com