Result of FASTA (ccds) for pF1KA1003
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KA1003, 913 aa
  1>>>pF1KA1003 913 - 913 aa - 913 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.4162+/-0.000918; mu= 12.0490+/- 0.056
 mean_var=141.1164+/-28.552, 0's: 0 Z-trim(111.4): 93  B-trim: 53 in 1/50
 Lambda= 0.107966
 statistics sampled from 12251 (12344) to 12251 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.722), E-opt: 0.2 (0.379), width:  16
 Scan time:  3.770

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS43892.1 USP20 gene_id:10868|Hs108|chr9         ( 914) 6255 986.4       0
CCDS679.1 USP33 gene_id:23032|Hs108|chr1           ( 911) 3097 494.5 3.6e-139
CCDS678.1 USP33 gene_id:23032|Hs108|chr1           ( 942) 3097 494.6 3.7e-139
CCDS680.1 USP33 gene_id:23032|Hs108|chr1           ( 828) 2314 372.6 1.7e-102
CCDS58370.1 USP3 gene_id:9960|Hs108|chr15          ( 476)  424 78.0 4.7e-14
CCDS32265.1 USP3 gene_id:9960|Hs108|chr15          ( 520)  424 78.0   5e-14
CCDS58189.1 USP2 gene_id:9099|Hs108|chr11          ( 362)  394 73.3 9.6e-13
CCDS8423.1 USP2 gene_id:9099|Hs108|chr11           ( 396)  394 73.3   1e-12
CCDS8422.1 USP2 gene_id:9099|Hs108|chr11           ( 605)  394 73.4 1.4e-12
CCDS61632.1 USP8 gene_id:9101|Hs108|chr15          (1012)  384 72.0 6.4e-12
CCDS10137.1 USP8 gene_id:9101|Hs108|chr15          (1118)  384 72.0 6.9e-12
CCDS2794.1 USP4 gene_id:7375|Hs108|chr3            ( 916)  370 69.8 2.7e-11
CCDS2793.1 USP4 gene_id:7375|Hs108|chr3            ( 963)  370 69.8 2.8e-11


>>CCDS43892.1 USP20 gene_id:10868|Hs108|chr9              (914 aa)
 initn: 3838 init1: 3838 opt: 6255  Z-score: 5270.3  bits: 986.4 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 6255; 99.8% identity (99.9% similar) in 914 aa overlap (1-913:1-914)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA1 MGDSRDLCPHLDSIGEVTKEDLLLKSKGTCQSCGVTGPNLWACLQVACPYVGCGESFADH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MGDSRDLCPHLDSIGEVTKEDLLLKSKGTCQSCGVTGPNLWACLQVACPYVGCGESFADH
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KA1 STIHAQAKKHNLTVNLTTFRLWCYACEKEVFLEQRLAAPLLGSSSKFSEQDSPPPSHPLK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 STIHAQAKKHNLTVNLTTFRLWCYACEKEVFLEQRLAAPLLGSSSKFSEQDSPPPSHPLK
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KA1 AVPIAVADEGESESEDDDLKPRGLTGMKNLGNSCYMNAALQALSNCPPLTQFFLECGGLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 AVPIAVADEGESESEDDDLKPRGLTGMKNLGNSCYMNAALQALSNCPPLTQFFLECGGLV
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KA1 RTDKKPALCKSYQKLVSEVWHKKRPSYVVPTSLSHGIKLVNPMFRGYAQQDTQEFLRCLM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 RTDKKPALCKSYQKLVSEVWHKKRPSYVVPTSLSHGIKLVNPMFRGYAQQDTQEFLRCLM
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KA1 DQLHEELKEPVVATVALTEARDSDSSDTDEKREGDRSPSEDEFLSCDSSSDRGEGDGQGR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 DQLHEELKEPVVATVALTEARDSDSSDTDEKREGDRSPSEDEFLSCDSSSDRGEGDGQGR
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350          
pF1KA1 GGGSSQAETELLIPDEAGRVISEKERMKDRKFSWGQQRTNSEQVDEDADVDTAMAALD-Q
       :::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :
CCDS43 GGGSSQAETELLIPDEAGRAISEKERMKDRKFSWGQQRTNSEQVDEDADVDTAMAALDDQ
              310       320       330       340       350       360

     360       370       380       390       400       410         
pF1KA1 PAEAQPPSPRSSSPCRTPEPDNDAHLRSSSRPCSPVHHHEGHAKLSSSPPRASPVRMAPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 PAEAQPPSPRSSSPCRTPEPDNDAHLRSSSRPCSPVHHHEGHAKLSSSPPRASPVRMAPS
              370       380       390       400       410       420

     420       430       440       450       460       470         
pF1KA1 YVLKKAQVLSAGSRRRKEQRYRSVISDIFDGSILSLVQCLTCDRVSTTVETFQDLSLPIP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 YVLKKAQVLSAGSRRRKEQRYRSVISDIFDGSILSLVQCLTCDRVSTTVETFQDLSLPIP
              430       440       450       460       470       480

     480       490       500       510       520       530         
pF1KA1 GKEDLAKLHSAIYQNVPAKPGACGDSYAAQGWLAFIVEYIRRFVVSCTPSWFWGPVVTLE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 GKEDLAKLHSAIYQNVPAKPGACGDSYAAQGWLAFIVEYIRRFVVSCTPSWFWGPVVTLE
              490       500       510       520       530       540

     540       550       560       570       580       590         
pF1KA1 DCLAAFFAADELKGDNMYSCERCKKLRNGVKYCKVLRLPEILCIHLKRFRHEVMYSFKIN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 DCLAAFFAADELKGDNMYSCERCKKLRNGVKYCKVLRLPEILCIHLKRFRHEVMYSFKIN
              550       560       570       580       590       600

     600       610       620       630       640       650         
pF1KA1 SHVSFPLEGLDLRPFLAKECTSQITTYDLLSVICHHGTAGSGHYIAYCQNVINGQWYEFD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 SHVSFPLEGLDLRPFLAKECTSQITTYDLLSVICHHGTAGSGHYIAYCQNVINGQWYEFD
              610       620       630       640       650       660

     660       670       680       690       700       710         
pF1KA1 DQYVTEVHETVVQNAEGYVLFYRKSSEEAMRERQQVVSLAAMREPSLLRFYVSREWLNKF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 DQYVTEVHETVVQNAEGYVLFYRKSSEEAMRERQQVVSLAAMREPSLLRFYVSREWLNKF
              670       680       690       700       710       720

     720       730       740       750       760       770         
pF1KA1 NTFAEPGPITNQTFLCSHGGIPPHKYHYIDDLVVILPQNVWEHLYNRFGGGPAVNHLYVC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 NTFAEPGPITNQTFLCSHGGIPPHKYHYIDDLVVILPQNVWEHLYNRFGGGPAVNHLYVC
              730       740       750       760       770       780

     780       790       800       810       820       830         
pF1KA1 SICQVEIEALAKRRRIEIDTFIKLNKAFQAEESPGVIYCISMQWFREWEAFVKGKDNEPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 SICQVEIEALAKRRRIEIDTFIKLNKAFQAEESPGVIYCISMQWFREWEAFVKGKDNEPP
              790       800       810       820       830       840

     840       850       860       870       880       890         
pF1KA1 GPIDNSRIAQVKGSGHVQLKQGADYGQISEETWTYLNSLYGGGPEIAIRQSVAQPLGPEN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 GPIDNSRIAQVKGSGHVQLKQGADYGQISEETWTYLNSLYGGGPEIAIRQSVAQPLGPEN
              850       860       870       880       890       900

     900       910   
pF1KA1 LHGEQKIEAETRAV
       ::::::::::::::
CCDS43 LHGEQKIEAETRAV
              910    

>>CCDS679.1 USP33 gene_id:23032|Hs108|chr1                (911 aa)
 initn: 2668 init1: 2470 opt: 3097  Z-score: 2611.9  bits: 494.5 E(32554): 3.6e-139
Smith-Waterman score: 3772; 60.1% identity (81.7% similar) in 928 aa overlap (1-913:1-911)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA1 MGDSRDLCPHLDSIGEVTKEDLLLKSKGTCQSCGVTGPNLWACLQVACPYVGCGESFADH
       :.  :. ::::::.::.:::::. :: ::::.: : ::::::::.  : ::::::: .::
CCDS67 MSAFRNHCPHLDSVGEITKEDLIQKSLGTCQDCKVQGPNLWACLENRCSYVGCGESQVDH
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90           100          110   
pF1KA1 STIHAQAKKHNLTVNLTTFRLWCYACEKEVFLEQRLAA----PLLGSSSKFSE---QDSP
       ::::.:  :: :::::::.:.::::: :::::...:..    : . .  ...:   ::  
CCDS67 STIHSQETKHYLTVNLTTLRVWCYACSKEVFLDRKLGTQPSLPHVRQPHQIQENSVQDFK
               70        80        90       100       110       120

           120        130        140       150       160       170 
pF1KA1 PPSHPLKAVP-IAVADEGESES-EDDDLKPRGLTGMKNLGNSCYMNAALQALSNCPPLTQ
        ::.    .: .:: :. . :. :.:.:. :::::.::.::.::::::::::::::::::
CCDS67 IPSNTTLKTPLVAVFDDLDIEADEEDELRARGLTGLKNIGNTCYMNAALQALSNCPPLTQ
              130       140       150       160       170       180

             180       190       200       210       220       230 
pF1KA1 FFLECGGLVRTDKKPALCKSYQKLVSEVWHKKRPSYVVPTSLSHGIKLVNPMFRGYAQQD
       :::.::::.:::::::.:::: ::..:.:::.::. ::::.: .::: ::: ::::.:::
CCDS67 FFLDCGGLARTDKKPAICKSYLKLMTELWHKSRPGSVVPTTLFQGIKTVNPTFRGYSQQD
              190       200       210       220       230       240

             240       250       260       270       280           
pF1KA1 TQEFLRCLMDQLHEELKEPVVATVALTEARDSDSSDTDEKREGDRSPSEDEFLSCDS--S
       .::::::::: ::::::: :. .      .: ..  :.:  : :.: :. .: ::.:  .
CCDS67 AQEFLRCLMDLLHEELKEQVMEV-----EEDPQTITTEETMEEDKSQSDVDFQSCESCSN
              250       260            270       280       290     

     290       300       310       320       330       340         
pF1KA1 SDRGEGDGQGRGGGSSQAETELLIPDEAGRVISEKERMKDRKFSWGQQRTNSEQVDEDAD
       :::.:... .:  . .. :: .:: :. .     :. .:. :.    ...:::  . : :
CCDS67 SDRAENENGSRCFSEDNNETTMLIQDDENNSEMSKDWQKE-KMCNKINKVNSEG-EFDKD
         300       310       320       330        340        350   

     350       360       370       380       390       400         
pF1KA1 VDTAMAALDQPAEAQPPSPRSSSPCRTPEPDNDAHLRSSSRPCSPVHHHEG-HAKLSSSP
        :.   ..:   .    . . .   :. :  .:.:  . : : . .  .:: . .::.::
CCDS67 RDSISETVDLNNQE---TVKVQIHSRASEYITDVHSNDLSTP-QILPSNEGVNPRLSASP
           360          370       380       390        400         

      410         420       430        440       450       460     
pF1KA1 PRASPVR--MAPSYVLKKAQVLSAGSRRRKE-QRYRSVISDIFDGSILSLVQCLTCDRVS
       :... .   .:: .  ::::  ::. .:.:. ..:::::::::::.:.: ::::::::::
CCDS67 PKSGNLWPGLAPPH--KKAQ--SASPKRKKQHKKYRSVISDIFDGTIISSVQCLTCDRVS
     410       420           430       440       450       460     

         470       480       490       500       510       520     
pF1KA1 TTVETFQDLSLPIPGKEDLAKLHSAIYQNVPAKPGACGDSYAAQGWLAFIVEYIRRFVVS
       .:.:::::::::::::::::::::. . .  .: :.::..:: :::.::..::..:::::
CCDS67 VTLETFQDLSLPIPGKEDLAKLHSSSHPTSIVKAGSCGEAYAPQGWIAFFMEYVKRFVVS
         470       480       490       500       510       520     

         530       540       550       560       570       580     
pF1KA1 CTPSWFWGPVVTLEDCLAAFFAADELKGDNMYSCERCKKLRNGVKYCKVLRLPEILCIHL
       :.:::::::::::.:::::::: ::::::::::::.:::::::::.:::  .::::::::
CCDS67 CVPSWFWGPVVTLQDCLAAFFARDELKGDNMYSCEKCKKLRNGVKFCKVQNFPEILCIHL
         530       540       550       560       570       580     

         590       600       610       620       630       640     
pF1KA1 KRFRHEVMYSFKINSHVSFPLEGLDLRPFLAKECTSQITTYDLLSVICHHGTAGSGHYIA
       ::::::.:.: ::..:::::::::::.:::::.  .::.::::::::::::::.::::::
CCDS67 KRFRHELMFSTKISTHVSFPLEGLDLQPFLAKDSPAQIVTYDLLSVICHHGTASSGHYIA
         590       600       610       620       630       640     

         650       660       670       680       690       700     
pF1KA1 YCQNVINGQWYEFDDQYVTEVHETVVQNAEGYVLFYRKSSEEAMRERQQVVSLAAMREPS
       ::.: .:. ::::::: :::: :..:::::.::::::::::::..::... .:  . :::
CCDS67 YCRNNLNNLWYEFDDQSVTEVSESTVQNAEAYVLFYRKSSEEAQKERRRISNLLNIMEPS
         650       660       670       680       690       700     

         710       720       730       740       750       760     
pF1KA1 LLRFYVSREWLNKFNTFAEPGPITNQTFLCSHGGIPPHKYHYIDDLVVILPQNVWEHLYN
       ::.::.::.:::::.::::::::.:. ::: :::.::.:  ::.:::..::::.:..::.
CCDS67 LLQFYISRQWLNKFKTFAEPGPISNNDFLCIHGGVPPRKAGYIEDLVLMLPQNIWDNLYS
         710       720       730       740       750       760     

         770       780       790       800       810       820     
pF1KA1 RFGGGPAVNHLYVCSICQVEIEALAKRRRIEIDTFIKLNKAFQAEESPGVIYCISMQWFR
       :.::::::::::.:  ::.: : . :::. :.. ::.::.::: :.::...:::::::::
CCDS67 RYGGGPAVNHLYICHTCQIEAEKIEKRRKTELEIFIRLNRAFQKEDSPATFYCISMQWFR
         770       780       790       800       810       820     

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pF1KA1 EWEAFVKGKDNEPPGPIDNSRIAQVKGSGHVQLKQGADYGQISEETWTYLNSLYGGGPEI
       :::.::::::..:::::::..:: .:  :.:.:.:::: ::::::::..:.:.::::::.
CCDS67 EWESFVKGKDGDPPGPIDNTKIAVTK-CGNVMLRQGADSGQISEETWNFLQSIYGGGPEV
         830       840       850        860       870       880    

         890       900       910   
pF1KA1 AIRQSVAQPLGPENLHGEQKIEAETRAV
        .:  :.. . :. :..:.:::.:::..
CCDS67 ILRPPVVH-VDPDILQAEEKIEVETRSL
          890        900       910 

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                                     :.  :. ::::::.::.:::::. :: :::
CCDS67 TGSNSHITILTLKVLPHFESLGKQEKIPNKMSAFRNHCPHLDSVGEITKEDLIQKSLGTC
              10        20        30        40        50        60 

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pF1KA1 QSCGVTGPNLWACLQVACPYVGCGESFADHSTIHAQAKKHNLTVNLTTFRLWCYACEKEV
       :.: : ::::::::.  : ::::::: .::::::.:  :: :::::::.:.::::: :::
CCDS67 QDCKVQGPNLWACLENRCSYVGCGESQVDHSTIHSQETKHYLTVNLTTLRVWCYACSKEV
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pF1KA1 FLEQRLAA----PLLGSSSKFSE---QDSPPPSHPLKAVP-IAVADEGESES-EDDDLKP
       ::...:..    : . .  ...:   ::   ::.    .: .:: :. . :. :.:.:. 
CCDS67 FLDRKLGTQPSLPHVRQPHQIQENSVQDFKIPSNTTLKTPLVAVFDDLDIEADEEDELRA
             130       140       150       160       170       180 

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pF1KA1 RGLTGMKNLGNSCYMNAALQALSNCPPLTQFFLECGGLVRTDKKPALCKSYQKLVSEVWH
       :::::.::.::.:::::::::::::::::::::.::::.:::::::.:::: ::..:.::
CCDS67 RGLTGLKNIGNTCYMNAALQALSNCPPLTQFFLDCGGLARTDKKPAICKSYLKLMTELWH
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pF1KA1 KKRPSYVVPTSLSHGIKLVNPMFRGYAQQDTQEFLRCLMDQLHEELKEPVVATVALTEAR
       :.::. ::::.: .::: ::: ::::.:::.::::::::: ::::::: :. .      .
CCDS67 KSRPGSVVPTTLFQGIKTVNPTFRGYSQQDAQEFLRCLMDLLHEELKEQVMEV-----EE
             250       260       270       280       290           

             270       280         290       300       310         
pF1KA1 DSDSSDTDEKREGDRSPSEDEFLSCDS--SSDRGEGDGQGRGGGSSQAETELLIPDEAGR
       : ..  :.:  : :.: :. .: ::.:  .:::.:... .:  . .. :: .:: :. . 
CCDS67 DPQTITTEETMEEDKSQSDVDFQSCESCSNSDRAENENGSRCFSEDNNETTMLIQDDENN
        300       310       320       330       340       350      

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pF1KA1 VISEKERMKDRKFSWGQQRTNSEQVDEDADVDTAMAALDQPAEAQPPSPRSSSPCRTPEP
           :. .:. :.    ...:::  . : : :.   ..:   .    . . .   :. : 
CCDS67 SEMSKDWQKE-KMCNKINKVNSEG-EFDKDRDSISETVDLNNQE---TVKVQIHSRASEY
        360        370        380       390          400       410 

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pF1KA1 DNDAHLRSSSRPCSPVHHHEG-HAKLSSSPPRASPVR--MAPSYVLKKAQVLSAGSRRRK
        .:.:  . : : . .  .:: . .::.:::... .   .:: .  ::::  ::. .:.:
CCDS67 ITDVHSNDLSTP-QILPSNEGVNPRLSASPPKSGNLWPGLAPPH--KKAQ--SASPKRKK
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pF1KA1 E-QRYRSVISDIFDGSILSLVQCLTCDRVSTTVETFQDLSLPIPGKEDLAKLHSAIYQNV
       . ..:::::::::::.:.: ::::::::::.:.:::::::::::::::::::::. . . 
CCDS67 QHKKYRSVISDIFDGTIISSVQCLTCDRVSVTLETFQDLSLPIPGKEDLAKLHSSSHPTS
        470       480       490       500       510       520      

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pF1KA1 PAKPGACGDSYAAQGWLAFIVEYIRRFVVSCTPSWFWGPVVTLEDCLAAFFAADELKGDN
        .: :.::..:: :::.::..::..::::::.:::::::::::.:::::::: :::::::
CCDS67 IVKAGSCGEAYAPQGWIAFFMEYVKRFVVSCVPSWFWGPVVTLQDCLAAFFARDELKGDN
        530       540       550       560       570       580      

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pF1KA1 MYSCERCKKLRNGVKYCKVLRLPEILCIHLKRFRHEVMYSFKINSHVSFPLEGLDLRPFL
       :::::.:::::::::.:::  .::::::::::::::.:.: ::..:::::::::::.:::
CCDS67 MYSCEKCKKLRNGVKFCKVQNFPEILCIHLKRFRHELMFSTKISTHVSFPLEGLDLQPFL
        590       600       610       620       630       640      

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pF1KA1 AKECTSQITTYDLLSVICHHGTAGSGHYIAYCQNVINGQWYEFDDQYVTEVHETVVQNAE
       ::.  .::.::::::::::::::.::::::::.: .:. ::::::: :::: :..:::::
CCDS67 AKDSPAQIVTYDLLSVICHHGTASSGHYIAYCRNNLNNLWYEFDDQSVTEVSESTVQNAE
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pF1KA1 GYVLFYRKSSEEAMRERQQVVSLAAMREPSLLRFYVSREWLNKFNTFAEPGPITNQTFLC
       .::::::::::::..::... .:  . :::::.::.::.:::::.::::::::.:. :::
CCDS67 AYVLFYRKSSEEAQKERRRISNLLNIMEPSLLQFYISRQWLNKFKTFAEPGPISNNDFLC
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pF1KA1 SHGGIPPHKYHYIDDLVVILPQNVWEHLYNRFGGGPAVNHLYVCSICQVEIEALAKRRRI
        :::.::.:  ::.:::..::::.:..::.:.::::::::::.:  ::.: : . :::. 
CCDS67 IHGGVPPRKAGYIEDLVLMLPQNIWDNLYSRYGGGPAVNHLYICHTCQIEAEKIEKRRKT
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pF1KA1 EIDTFIKLNKAFQAEESPGVIYCISMQWFREWEAFVKGKDNEPPGPIDNSRIAQVKGSGH
       :.. ::.::.::: :.::...::::::::::::.::::::..:::::::..:: .:  :.
CCDS67 ELEIFIRLNRAFQKEDSPATFYCISMQWFREWESFVKGKDGDPPGPIDNTKIAVTK-CGN
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pF1KA1 VQLKQGADYGQISEETWTYLNSLYGGGPEIAIRQSVAQPLGPENLHGEQKIEAETRAV
       :.:.:::: ::::::::..:.:.::::::. .:  :.. . :. :..:.:::.:::..
CCDS67 VMLRQGADSGQISEETWNFLQSIYGGGPEVILRPPVVH-VDPDILQAEEKIEVETRSL
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>>CCDS680.1 USP33 gene_id:23032|Hs108|chr1                (828 aa)
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pF1KA1                               MGDSRDLCPHLDSIGEVTKEDLLLKSKGTC
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CCDS68 TGSNSHITILTLKVLPHFESLGKQEKIPNKMSAFRNHCPHLDSVGEITKEDLIQKSLGTC
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pF1KA1 QSCGVTGPNLWACLQVACPYVGCGESFADHSTIHAQAKKHNLTVNLTTFRLWCYACEKEV
       :.: : ::::::::.  : ::::::: .::::::.:  :: :::::::.:.::::: :::
CCDS68 QDCKVQGPNLWACLENRCSYVGCGESQVDHSTIHSQETKHYLTVNLTTLRVWCYACSKEV
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pF1KA1 FLEQRLAA----PLLGSSSKFSE---QDSPPPSHPLKAVP-IAVADEGESES-EDDDLKP
       ::...:..    : . .  ...:   ::   ::.    .: .:: :. . :. :.:.:. 
CCDS68 FLDRKLGTQPSLPHVRQPHQIQENSVQDFKIPSNTTLKTPLVAVFDDLDIEADEEDELRA
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pF1KA1 RGLTGMKNLGNSCYMNAALQALSNCPPLTQFFLECGGLVRTDKKPALCKSYQKLVSEVWH
       :::::.::.::.:::::::::::::::::::::.::::.:::::::.:::: ::..:.::
CCDS68 RGLTGLKNIGNTCYMNAALQALSNCPPLTQFFLDCGGLARTDKKPAICKSYLKLMTELWH
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pF1KA1 KKRPSYVVPTSLSHGIKLVNPMFRGYAQQDTQEFLRCLMDQLHEELKEPVVATVALTEAR
       :.::. ::::.: .::: ::: ::::.:::.::::::::: ::::::: :. .      .
CCDS68 KSRPGSVVPTTLFQGIKTVNPTFRGYSQQDAQEFLRCLMDLLHEELKEQVMEV-----EE
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pF1KA1 DSDSSDTDEKREGDRSPSEDEFLSCDS--SSDRGEGDGQGRGGGSSQAETELLIPDEAGR
       : ..  :.:  : :.: :. .: ::.:  .:::.:... .:  . .. :: .:: :. . 
CCDS68 DPQTITTEETMEEDKSQSDVDFQSCESCSNSDRAENENGSRCFSEDNNETTMLIQDDENN
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pF1KA1 VISEKERMKDRKFSWGQQRTNSEQVDEDADVDTAMAALDQPAEAQPPSPRSSSPCRTPEP
           :. .:. :.    ...:::  . : : :.   ..:   .    . . .   :. : 
CCDS68 SEMSKDWQKE-KMCNKINKVNSEG-EFDKDRDSISETVDLNNQE---TVKVQIHSRASEY
        360        370        380       390          400       410 

     380       390       400        410         420       430      
pF1KA1 DNDAHLRSSSRPCSPVHHHEG-HAKLSSSPPRASPVR--MAPSYVLKKAQVLSAGSRRRK
        .:.:  . : : . .  .:: . .::.:::... .   .:: .  ::::  ::. .:.:
CCDS68 ITDVHSNDLSTP-QILPSNEGVNPRLSASPPKSGNLWPGLAPPH--KKAQ--SASPKRKK
             420        430       440       450           460      

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pF1KA1 E-QRYRSVISDIFDGSILSLVQCLTCDRVSTTVETFQDLSLPIPGKEDLAKLHSAIYQNV
       . ..:::::::::::.:.: ::::::::::.:.:::::::::::::::::::::. . . 
CCDS68 QHKKYRSVISDIFDGTIISSVQCLTCDRVSVTLETFQDLSLPIPGKEDLAKLHSSSHPTS
        470       480       490       500       510       520      

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pF1KA1 PAKPGACGDSYAAQGWLAFIVEYIRRFVVSCTPSWFWGPVVTLEDCLAAFFAADELKGDN
        .: :.::..:: :::.::..::..        ::::::::::.:::::::: :::::::
CCDS68 IVKAGSCGEAYAPQGWIAFFMEYVK--------SWFWGPVVTLQDCLAAFFARDELKGDN
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pF1KA1 MYSCERCKKLRNGVKYCKVLRLPEILCIHLKRFRHEVMYSFKINSHVSFPLEGLDLRPFL
       :::::.:::::::::.:::  .::::::::::::::.:.: ::..:::::::::::.:::
CCDS68 MYSCEKCKKLRNGVKFCKVQNFPEILCIHLKRFRHELMFSTKISTHVSFPLEGLDLQPFL
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pF1KA1 AKECTSQITTYDLLSVICHHGTAGSGHYIAYCQNVINGQWYEFDDQYVTEVHETVVQNAE
       ::.  .::.::::::::::::::.::::::::.: .:. ::::::: :::: :..:::::
CCDS68 AKDSPAQIVTYDLLSVICHHGTASSGHYIAYCRNNLNNLWYEFDDQSVTEVSESTVQNAE
      640       650       660       670       680       690        

         680       690       700       710       720       730     
pF1KA1 GYVLFYRKSSEEAMRERQQVVSLAAMREPSLLRFYVSREWLNKFNTFAEPGPITNQTFLC
       .::::::::::::..::... .:  . :::::.::.::.:::::.::::::::.:. :::
CCDS68 AYVLFYRKSSEEAQKERRRISNLLNIMEPSLLQFYISRQWLNKFKTFAEPGPISNNDFLC
      700       710       720       730       740       750        

         740       750       760       770       780       790     
pF1KA1 SHGGIPPHKYHYIDDLVVILPQNVWEHLYNRFGGGPAVNHLYVCSICQVEIEALAKRRRI
        :::.::.:  ::.:::..::::.:..::.:.::::::::::.:  ::.: : . :::. 
CCDS68 IHGGVPPRKAGYIEDLVLMLPQNIWDNLYSRYGGGPAVNHLYICHTCQIEAEKIEKRRKT
      760       770       780       790       800       810        

         800       810       820       830       840       850     
pF1KA1 EIDTFIKLNKAFQAEESPGVIYCISMQWFREWEAFVKGKDNEPPGPIDNSRIAQVKGSGH
       :.. ::...:                                                  
CCDS68 ELEIFIRVKK                                                  
      820                                                          

>>CCDS58370.1 USP3 gene_id:9960|Hs108|chr15               (476 aa)
 initn: 642 init1: 257 opt: 424  Z-score: 365.9  bits: 78.0 E(32554): 4.7e-14
Smith-Waterman score: 437; 31.4% identity (57.8% similar) in 277 aa overlap (419-692:242-475)

      390       400       410       420       430       440        
pF1KA1 SRPCSPVHHHEGHAKLSSSPPRASPVRMAPSYVLKKAQVLSAGSRRRKEQRYRSVISDIF
                                     : .:.. ..::: : .   .   .:.. ::
CCDS58 YQQQDAHEFMRYLLDHLHLELQGGFNGVSRSAILQENSTLSA-SNKCCINGASTVVTAIF
             220       230       240       250        260       270

      450       460       470       480       490       500        
pF1KA1 DGSILSLVQCLTCDRVSTTVETFQDLSLPIPGKEDLAKLHSAIYQNVPAKPGACGDSYAA
        : . . :.:: :   :   . : :::: ::..  . . .:   .:              
CCDS58 GGILQNEVNCLICGTESRKFDPFLDLSLDIPSQ--FRSKRSKNQEN--------------
              280       290       300         310                  

      510       520       530       540       550       560        
pF1KA1 QGWLAFIVEYIRRFVVSCTPSWFWGPVVTLEDCLAAFFAADELKGDNMYSCERCKKLRNG
                               ::: .:.::: .:   .::   ..: :..::: ...
CCDS58 ------------------------GPVCSLRDCLRSFTDLEELDETELYMCHKCKKKQKS
                                  320       330       340       350

      570       580       590       600       610       620        
pF1KA1 VKYCKVLRLPEILCIHLKRFRHEVMYSFKINSHVSFPLEGLDLRPFLAKECTS--QITTY
       .:   . .::..::.:::::.  ..   :....: :::.:::.. .: .  .:  .   :
CCDS58 TKKFWIQKLPKVLCLHLKRFHWTAYLRNKVDTYVEFPLRGLDMKCYLLEPENSGPESCLY
              360       370       380       390       400       410

        630        640       650       660       670       680     
pF1KA1 DLLSVICHHGTA-GSGHYIAYCQNVINGQWYEFDDQYVTEVHETVVQNAEGYVLFYRKSS
       :: .:. :::.. ::::: ::  .  .:.:..:.:. :: . : .: .:..:.::: . .
CCDS58 DLAAVVVHHGSGVGSGHYTAYATH--EGRWFHFNDSTVTLTDEETVVKAKAYILFYVEHQ
              420       430         440       450       460        

         690       700       710       720       730       740     
pF1KA1 EEAMRERQQVVSLAAMREPSLLRFYVSREWLNKFNTFAEPGPITNQTFLCSHGGIPPHKY
        .:  ..                                                     
CCDS58 AKAGSDKL                                                    
      470                                                          

>>CCDS32265.1 USP3 gene_id:9960|Hs108|chr15               (520 aa)
 initn: 642 init1: 257 opt: 424  Z-score: 365.3  bits: 78.0 E(32554): 5e-14
Smith-Waterman score: 437; 31.4% identity (57.8% similar) in 277 aa overlap (419-692:286-519)

      390       400       410       420       430       440        
pF1KA1 SRPCSPVHHHEGHAKLSSSPPRASPVRMAPSYVLKKAQVLSAGSRRRKEQRYRSVISDIF
                                     : .:.. ..::: : .   .   .:.. ::
CCDS32 YQQQDAHEFMRYLLDHLHLELQGGFNGVSRSAILQENSTLSA-SNKCCINGASTVVTAIF
         260       270       280       290        300       310    

      450       460       470       480       490       500        
pF1KA1 DGSILSLVQCLTCDRVSTTVETFQDLSLPIPGKEDLAKLHSAIYQNVPAKPGACGDSYAA
        : . . :.:: :   :   . : :::: ::..  . . .:   .:              
CCDS32 GGILQNEVNCLICGTESRKFDPFLDLSLDIPSQ--FRSKRSKNQEN--------------
          320       330       340         350                      

      510       520       530       540       550       560        
pF1KA1 QGWLAFIVEYIRRFVVSCTPSWFWGPVVTLEDCLAAFFAADELKGDNMYSCERCKKLRNG
                               ::: .:.::: .:   .::   ..: :..::: ...
CCDS32 ------------------------GPVCSLRDCLRSFTDLEELDETELYMCHKCKKKQKS
                              360       370       380       390    

      570       580       590       600       610       620        
pF1KA1 VKYCKVLRLPEILCIHLKRFRHEVMYSFKINSHVSFPLEGLDLRPFLAKECTS--QITTY
       .:   . .::..::.:::::.  ..   :....: :::.:::.. .: .  .:  .   :
CCDS32 TKKFWIQKLPKVLCLHLKRFHWTAYLRNKVDTYVEFPLRGLDMKCYLLEPENSGPESCLY
          400       410       420       430       440       450    

        630        640       650       660       670       680     
pF1KA1 DLLSVICHHGTA-GSGHYIAYCQNVINGQWYEFDDQYVTEVHETVVQNAEGYVLFYRKSS
       :: .:. :::.. ::::: ::  .  .:.:..:.:. :: . : .: .:..:.::: . .
CCDS32 DLAAVVVHHGSGVGSGHYTAYATH--EGRWFHFNDSTVTLTDEETVVKAKAYILFYVEHQ
          460       470         480       490       500       510  

         690       700       710       720       730       740     
pF1KA1 EEAMRERQQVVSLAAMREPSLLRFYVSREWLNKFNTFAEPGPITNQTFLCSHGGIPPHKY
        .:  ..                                                     
CCDS32 AKAGSDKL                                                    
            520                                                    

>>CCDS58189.1 USP2 gene_id:9099|Hs108|chr11               (362 aa)
 initn: 740 init1: 225 opt: 394  Z-score: 342.3  bits: 73.3 E(32554): 9.6e-13
Smith-Waterman score: 405; 32.5% identity (54.8% similar) in 252 aa overlap (434-685:158-357)

           410       420       430       440       450       460   
pF1KA1 LSSSPPRASPVRMAPSYVLKKAQVLSAGSRRRKEQRYRSVISDIFDGSILSLVQCLTCDR
                                     :.  .:  : :.:.: :.. : . :  :  
CCDS58 NEVNRVTLRPKSNPENLDHLPDDEKGRQMWRKYLEREDSRIGDLFVGQLKSSLTCTDCGY
       130       140       150       160       170       180       

           470       480       490       500       510       520   
pF1KA1 VSTTVETFQDLSLPIPGKEDLAKLHSAIYQNVPAKPGACGDSYAAQGWLAFIVEYIRRFV
        ::. . : ::::::                            : .:.            
CCDS58 CSTVFDPFWDLSLPI----------------------------AKRGY------------
       190       200                                               

           530       540       550       560       570       580   
pF1KA1 VSCTPSWFWGPVVTLEDCLAAFFAADELKGDNMYSCERCKKLRNGVKYCKVLRLPEILCI
                 : ::: ::.  :   : : ::.  .: ::.  .  .:  .. :.:.:: .
CCDS58 ----------PEVTLMDCMRLFTKEDVLDGDEKPTCCRCRGRKRCIKKFSIQRFPKILVL
                 210       220       230       240       250       

           590       600       610       620       630       640   
pF1KA1 HLKRFRHEVMYSFKINSHVSFPLEGLDLRPFLAKECTSQITTYDLLSVICHHGTAGSGHY
       ::::: .  . . :... :.:::. :::: : :.: :.. ..:.: .:  : ::. .:::
CCDS58 HLKRFSESRIRTSKLTTFVNFPLRDLDLREF-ASENTNH-AVYNLYAVSNHSGTTMGGHY
       260       270       280        290        300       310     

           650       660       670       680       690       700   
pF1KA1 IAYCQNVINGQWYEFDDQYVTEVHETVVQNAEGYVLFYRKSSEEAMRERQQVVSLAAMRE
        :::..  .:.:. :.:. :: .  . :.....:.:::. .:                  
CCDS58 TAYCRSPGTGEWHTFNDSSVTPMSSSQVRTSDAYLLFYELASPPSRM             
         320       330       340       350       360               

           710       720       730       740       750       760   
pF1KA1 PSLLRFYVSREWLNKFNTFAEPGPITNQTFLCSHGGIPPHKYHYIDDLVVILPQNVWEHL

>>CCDS8423.1 USP2 gene_id:9099|Hs108|chr11                (396 aa)
 initn: 736 init1: 225 opt: 394  Z-score: 341.7  bits: 73.3 E(32554): 1e-12
Smith-Waterman score: 405; 32.5% identity (54.8% similar) in 252 aa overlap (434-685:192-391)

           410       420       430       440       450       460   
pF1KA1 LSSSPPRASPVRMAPSYVLKKAQVLSAGSRRRKEQRYRSVISDIFDGSILSLVQCLTCDR
                                     :.  .:  : :.:.: :.. : . :  :  
CCDS84 NEVNRVTLRPKSNPENLDHLPDDEKGRQMWRKYLEREDSRIGDLFVGQLKSSLTCTDCGY
             170       180       190       200       210       220 

           470       480       490       500       510       520   
pF1KA1 VSTTVETFQDLSLPIPGKEDLAKLHSAIYQNVPAKPGACGDSYAAQGWLAFIVEYIRRFV
        ::. . : ::::::                            : .:.            
CCDS84 CSTVFDPFWDLSLPI----------------------------AKRGY------------
             230                                   240             

           530       540       550       560       570       580   
pF1KA1 VSCTPSWFWGPVVTLEDCLAAFFAADELKGDNMYSCERCKKLRNGVKYCKVLRLPEILCI
                 : ::: ::.  :   : : ::.  .: ::.  .  .:  .. :.:.:: .
CCDS84 ----------PEVTLMDCMRLFTKEDVLDGDEKPTCCRCRGRKRCIKKFSIQRFPKILVL
                       250       260       270       280       290 

           590       600       610       620       630       640   
pF1KA1 HLKRFRHEVMYSFKINSHVSFPLEGLDLRPFLAKECTSQITTYDLLSVICHHGTAGSGHY
       ::::: .  . . :... :.:::. :::: : :.: :.. ..:.: .:  : ::. .:::
CCDS84 HLKRFSESRIRTSKLTTFVNFPLRDLDLREF-ASENTNH-AVYNLYAVSNHSGTTMGGHY
             300       310       320         330       340         

           650       660       670       680       690       700   
pF1KA1 IAYCQNVINGQWYEFDDQYVTEVHETVVQNAEGYVLFYRKSSEEAMRERQQVVSLAAMRE
        :::..  .:.:. :.:. :: .  . :.....:.:::. .:                  
CCDS84 TAYCRSPGTGEWHTFNDSSVTPMSSSQVRTSDAYLLFYELASPPSRM             
     350       360       370       380       390                   

           710       720       730       740       750       760   
pF1KA1 PSLLRFYVSREWLNKFNTFAEPGPITNQTFLCSHGGIPPHKYHYIDDLVVILPQNVWEHL

>>CCDS8422.1 USP2 gene_id:9099|Hs108|chr11                (605 aa)
 initn: 736 init1: 225 opt: 394  Z-score: 339.1  bits: 73.4 E(32554): 1.4e-12
Smith-Waterman score: 405; 32.5% identity (54.8% similar) in 252 aa overlap (434-685:401-600)

           410       420       430       440       450       460   
pF1KA1 LSSSPPRASPVRMAPSYVLKKAQVLSAGSRRRKEQRYRSVISDIFDGSILSLVQCLTCDR
                                     :.  .:  : :.:.: :.. : . :  :  
CCDS84 NEVNRVTLRPKSNPENLDHLPDDEKGRQMWRKYLEREDSRIGDLFVGQLKSSLTCTDCGY
              380       390       400       410       420       430

           470       480       490       500       510       520   
pF1KA1 VSTTVETFQDLSLPIPGKEDLAKLHSAIYQNVPAKPGACGDSYAAQGWLAFIVEYIRRFV
        ::. . : ::::::                            : .:.            
CCDS84 CSTVFDPFWDLSLPI----------------------------AKRGY------------
              440                                   450            

           530       540       550       560       570       580   
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       ::::: .  . . :... :.:::. :::: : :.: :.. ..:.: .:  : ::. .:::
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