Result of FASTA (omim) for pF1KA0721
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KA0721, 414 aa
  1>>>pF1KA0721 414 - 414 aa - 414 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0975+/-0.000334; mu= 9.7272+/- 0.021
 mean_var=135.8401+/-27.850, 0's: 0 Z-trim(118.7): 33  B-trim: 112 in 1/58
 Lambda= 0.110042
 statistics sampled from 31856 (31889) to 31856 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.729), E-opt: 0.2 (0.374), width:  16
 Scan time:  6.310

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_003300 (OMIM: 604714,608800) testis-specific Y- ( 437) 1049 177.9 4.4e-44
NP_071400 (OMIM: 300564) testis-specific Y-encoded ( 693)  893 153.2 1.8e-36
XP_006724655 (OMIM: 300564) PREDICTED: testis-spec ( 694)  893 153.2 1.8e-36
NP_277047 (OMIM: 614721) testis-specific Y-encoded ( 417)  784 135.8   2e-31
NP_003299 (OMIM: 480100) testis-specific Y-encoded ( 308)  607 107.6 4.5e-23
NP_001307893 (OMIM: 480100) testis-specific Y-enco ( 221)  565 100.8 3.5e-21
NP_001184171 (OMIM: 480100) testis-specific Y-enco ( 294)  532 95.7 1.7e-19
NP_003002 (OMIM: 600960) protein SET isoform 2 [Ho ( 277)  528 95.0 2.5e-19
XP_016870505 (OMIM: 600960) PREDICTED: protein SET ( 296)  528 95.0 2.6e-19
NP_001234930 (OMIM: 600960) protein SET isoform 4  ( 266)  527 94.8 2.7e-19
NP_001234929 (OMIM: 600960) protein SET isoform 3  ( 268)  520 93.7 5.8e-19
NP_001116293 (OMIM: 600960) protein SET isoform 1  ( 290)  520 93.7 6.2e-19
XP_016870504 (OMIM: 600960) PREDICTED: protein SET ( 309)  520 93.8 6.5e-19
XP_016870502 (OMIM: 600960) PREDICTED: protein SET ( 309)  520 93.8 6.5e-19
XP_016870503 (OMIM: 600960) PREDICTED: protein SET ( 309)  520 93.8 6.5e-19
XP_016885216 (OMIM: 300564) PREDICTED: testis-spec ( 737)  484 88.3 6.7e-17
XP_016885215 (OMIM: 300564) PREDICTED: testis-spec ( 738)  484 88.3 6.7e-17
XP_016885553 (OMIM: 480100) PREDICTED: testis-spec ( 288)  418 77.6 4.6e-14
NP_004529 (OMIM: 300117) nucleosome assembly prote ( 506)  198 42.8  0.0023


>>NP_003300 (OMIM: 604714,608800) testis-specific Y-enco  (437 aa)
 initn: 1057 init1: 731 opt: 1049  Z-score: 912.3  bits: 177.9 E(85289): 4.4e-44
Smith-Waterman score: 1342; 53.6% identity (70.2% similar) in 446 aa overlap (1-414:1-437)

               10        20        30        40        50          
pF1KA0 MSGLDGGNKLPLAQTGGLAAPDHASGDPDRDQCQGLREETEATQVMANTGGGSLETVA--
       :::::: ..    :: ..   :.. .: :  :   ::...:::::::. : :. ::::  
NP_003 MSGLDGVKRTTPLQTHSIIISDQVPSDQDAHQYLRLRDQSEATQVMAEPGEGGSETVALP
               10        20        30        40        50        60

             60        70        80        90       100       110  
pF1KA0 ------EGGASQDPVDCGPALRVPVAGSRGGAATKAGQEDAPPSTKGLEAASAAEAADSS
             :::. :: .  : . .. :.:.:: .: :::::.. : ..:: :::.. ::: :
NP_003 PPPPSEEGGVPQDAAGRGGTPQIRVVGGRGHVAIKAGQEEGQPPAEGLAAASVVMAADRS
               70        80        90       100       110       120

            120       130       140       150          160         
pF1KA0 QKNGCQLGEPRGPAGQKALEACGAGGLGSQMIPGKKAK--EVTTKKRA-ISAAVE-----
        :.: : ::       :::: :::   .:..  : .:.  :: : : : .::::      
NP_003 LKKGVQGGE-------KALEICGAQRSASELTAGAEAEAEEVKTGKCATVSAAVAERESA
                     130       140       150       160       170   

              170       180                   190       200        
pF1KA0 ---KEGEA-GAAMEEKKVVQK------------EKKVAGGVKEETRPRAPKINNCMDSLE
          ::: :   .:::.  :..            : ..   ..::  :   .    :: ::
NP_003 EVVKEGLAEKEVMEEQMEVEEQPPEGEEIEVAEEDRLEEEAREEEGPWPLHEALRMDPLE
           180       190       200       210       220       230   

      210       220       230       240       250       260        
pF1KA0 AIDQELSNVNAQADRAFLQLERKFGRMRRLHMQRRSFIIQNIPGFWVTAFRNHPQLSPMI
       ::. ::..::::::::: :::.::::::: ...::..:::::::::.:::::::::: ::
NP_003 AIQLELDTVNAQADRAFQQLEHKFGRMRRHYLERRNYIIQNIPGFWMTAFRNHPQLSAMI
           240       250       260       270       280       290   

      270       280       290       300       310       320        
pF1KA0 SGQDEDMLRYMINLEVEELKHPRAGCKFKFIFQGNPYFRNEGLVKEYERRSSGRVVSLST
        ::: .::::. ::::.::.:::.::::::.:. ::::::. .::::: :::::::::::
NP_003 RGQDAEMLRYITNLEVKELRHPRTGCKFKFFFRRNPYFRNKLIVKEYEVRSSGRVVSLST
           300       310       320       330       340       350   

      330       340       350       360       370       380        
pF1KA0 PIRWHRGQDPQAHIHRNREGNTIPSFFNWFSDHSLLEFDRIAEIIKGELWPNPLQYYLMG
       :: :.::..::. :.::..   : :::.::::::: : :.:::::: .::::::::::. 
NP_003 PIIWRRGHEPQSFIRRNQD--LICSFFTWFSDHSLPESDKIAEIIKEDLWPNPLQYYLLR
           360       370         380       390       400       410 

      390       400       410    
pF1KA0 EGPRRGIRGPPRQPVESARSFRFQSG
       :: ::. : : :.:::  : : ::::
NP_003 EGVRRARRRPLREPVEIPRPFGFQSG
             420       430       

>>NP_071400 (OMIM: 300564) testis-specific Y-encoded-lik  (693 aa)
 initn: 871 init1: 549 opt: 893  Z-score: 775.7  bits: 153.2 E(85289): 1.8e-36
Smith-Waterman score: 893; 42.5% identity (67.8% similar) in 369 aa overlap (28-392:40-402)

                  10        20        30        40        50       
pF1KA0    MSGLDGGNKLPLAQTGGLAAPDHASGDPDRDQCQGLREETEATQVMANTGGGSLETV
                                     :  .:   :.:::::.::.:.  : .:  .
NP_071 AKTRRLSSSESPQRDPPPPPPPPPLLRLPLPPPQQRPRLQEETEAAQVLADMRGVGLGPA
      10        20        30        40        50        60         

        60        70        80           90       100       110    
pF1KA0 AEGGASQDPVDCGPALRVPVAGSR--GGAAT-KAGQEDAPPSTKGLEAASAAEAADSSQK
                .. :      . :..  :  .: ..:  .::: :..:::  . ::. .: .
NP_071 LPPPPPYVILEEGGIRAYFTLGAECPGWDSTIESGYGEAPPPTESLEALPTPEASGGSLE
      70        80        90       100       110       120         

          120       130       140       150       160       170    
pF1KA0 NGCQLGEPRGPAGQKALEACGAGGLGSQMIPGKKAKEVTTKKRAISAAVEKEGEAGAAME
          :. .  . .:. :::.:.: : . : .   :.::    .  : .  : : :  .   
NP_071 IDFQVVQSSSFGGEGALETCSAVGWAPQRLVDPKSKE----EAIIIVEDEDEDERESMRS
     130       140       150       160           170       180     

          180       190        200       210       220       230   
pF1KA0 EKKVVQKEKKVAGGVKEETRPR-APKINNCMDSLEAIDQELSNVNAQADRAFLQLERKFG
        ..  .....    ::.:.: : : .... ...:: :. .:  :: .: .:::.:.::: 
NP_071 SRRRRRRRRRKQRKVKRESRERNAERMESILQALEDIQLDLEAVNIKAGKAFLRLKRKFI
         190       200       210       220       230       240     

           240       250       260       270       280       290   
pF1KA0 RMRRLHMQRRSFIIQNIPGFWVTAFRNHPQLSPMISGQDEDMLRYMINLEVEELKHPRAG
       .:::  ..::..:::.:::::: :: :::..: .:. .:::..::. ::.:..:.:   :
NP_071 QMRRPFLERRDLIIQHIPGFWVKAFLNHPRISILINRRDEDIFRYLTNLQVQDLRHISMG
         250       260       270       280       290       300     

           300       310       320       330       340       350   
pF1KA0 CKFKFIFQGNPYFRNEGLVKEYERRSSGRVVSLSTPIRWHRGQDPQAHIHRNREGNTIPS
        :.:. :: :::: :  .:::..:  :::.:: ::::::::::.:::. : :....   :
NP_071 YKMKLYFQTNPYFTNMVIVKEFQRNRSGRLVSHSTPIRWHRGQEPQARRHGNQDAS--HS
         310       320       330       340       350       360     

           360       370       380       390       400       410   
pF1KA0 FFNWFSDHSLLEFDRIAEIIKGELWPNPLQYYLMGEGPRRGIRGPPRQPVESARSFRFQS
       ::.:::.::: : ::::::::..:: :::.:::  .: :                     
NP_071 FFSWFSNHSLPEADRIAEIIKNDLWVNPLRYYLRERGSRIKRKKQEMKKRKTRGRCEVVI
           370       380       390       400       410       420   

                                                                   
pF1KA0 G                                                           
                                                                   
NP_071 MEDAPDYYAVEDIFSEISDIDETIHDIKISDFMETTDYFETTDNEITDINENICDSENPD
           430       440       450       460       470       480   

>>XP_006724655 (OMIM: 300564) PREDICTED: testis-specific  (694 aa)
 initn: 871 init1: 549 opt: 893  Z-score: 775.7  bits: 153.2 E(85289): 1.8e-36
Smith-Waterman score: 893; 42.5% identity (67.8% similar) in 369 aa overlap (28-392:40-402)

                  10        20        30        40        50       
pF1KA0    MSGLDGGNKLPLAQTGGLAAPDHASGDPDRDQCQGLREETEATQVMANTGGGSLETV
                                     :  .:   :.:::::.::.:.  : .:  .
XP_006 AKTRRLSSSESPQRDPPPPPPPPPLLRLPLPPPQQRPRLQEETEAAQVLADMRGVGLGPA
      10        20        30        40        50        60         

        60        70        80           90       100       110    
pF1KA0 AEGGASQDPVDCGPALRVPVAGSR--GGAAT-KAGQEDAPPSTKGLEAASAAEAADSSQK
                .. :      . :..  :  .: ..:  .::: :..:::  . ::. .: .
XP_006 LPPPPPYVILEEGGIRAYFTLGAECPGWDSTIESGYGEAPPPTESLEALPTPEASGGSLE
      70        80        90       100       110       120         

          120       130       140       150       160       170    
pF1KA0 NGCQLGEPRGPAGQKALEACGAGGLGSQMIPGKKAKEVTTKKRAISAAVEKEGEAGAAME
          :. .  . .:. :::.:.: : . : .   :.::    .  : .  : : :  .   
XP_006 IDFQVVQSSSFGGEGALETCSAVGWAPQRLVDPKSKE----EAIIIVEDEDEDERESMRS
     130       140       150       160           170       180     

          180       190        200       210       220       230   
pF1KA0 EKKVVQKEKKVAGGVKEETRPR-APKINNCMDSLEAIDQELSNVNAQADRAFLQLERKFG
        ..  .....    ::.:.: : : .... ...:: :. .:  :: .: .:::.:.::: 
XP_006 SRRRRRRRRRKQRKVKRESRERNAERMESILQALEDIQLDLEAVNIKAGKAFLRLKRKFI
         190       200       210       220       230       240     

           240       250       260       270       280       290   
pF1KA0 RMRRLHMQRRSFIIQNIPGFWVTAFRNHPQLSPMISGQDEDMLRYMINLEVEELKHPRAG
       .:::  ..::..:::.:::::: :: :::..: .:. .:::..::. ::.:..:.:   :
XP_006 QMRRPFLERRDLIIQHIPGFWVKAFLNHPRISILINRRDEDIFRYLTNLQVQDLRHISMG
         250       260       270       280       290       300     

           300       310       320       330       340       350   
pF1KA0 CKFKFIFQGNPYFRNEGLVKEYERRSSGRVVSLSTPIRWHRGQDPQAHIHRNREGNTIPS
        :.:. :: :::: :  .:::..:  :::.:: ::::::::::.:::. : :....   :
XP_006 YKMKLYFQTNPYFTNMVIVKEFQRNRSGRLVSHSTPIRWHRGQEPQARRHGNQDAS--HS
         310       320       330       340       350       360     

           360       370       380       390       400       410   
pF1KA0 FFNWFSDHSLLEFDRIAEIIKGELWPNPLQYYLMGEGPRRGIRGPPRQPVESARSFRFQS
       ::.:::.::: : ::::::::..:: :::.:::  .: :                     
XP_006 FFSWFSNHSLPEADRIAEIIKNDLWVNPLRYYLRERGSRIKRKKQEMKKRKTRGRCEVVI
           370       380       390       400       410       420   

                                                                   
pF1KA0 G                                                           
                                                                   
XP_006 MEDAPDYYAVEDIFSEISDIDETIHDIKISDFMETTDYFETTDNEITDINENICDSENPD
           430       440       450       460       470       480   

>>NP_277047 (OMIM: 614721) testis-specific Y-encoded-lik  (417 aa)
 initn: 1034 init1: 523 opt: 784  Z-score: 685.3  bits: 135.8 E(85289): 2e-31
Smith-Waterman score: 1008; 43.3% identity (67.2% similar) in 439 aa overlap (1-413:1-416)

               10                20        30        40        50  
pF1KA0 MSGLDGGNKLPLAQTGGLA--------APDHASGDPDRDQCQGLREETEATQVMANTGGG
       ::: . : :   :.. : .        ::: :  ::: .: :.: :.:.:.::.:..: :
NP_277 MSGRSRGRKSSRAKNRGKGRAKARVRPAPDDAPRDPDPSQYQSLGEDTQAAQVQAGAGWG
               10        20        30        40        50        60

                     60        70        80        90       100    
pF1KA0 SLETVA--------EGGASQDPVDCGPALRVPVAGSRGGAATKAGQEDAPPSTKGLEAAS
       .::..:        : .: . :.::: :::. .::..: ::.. :   :   .. : : .
NP_277 GLEAAASAQLLRLGEEAACRLPLDCGLALRARAAGDHGQAAARPGPGKAASLSERLAADT
               70        80        90       100       110       120

          110          120       130       140       150       160 
pF1KA0 AAEAADSS---QKNGCQLGEPRGPAGQKALEACGAGGLGSQMIPGKKAKEVTTKKRAISA
       .  .. ..    ::. ..:. :::::.:: :.:...: : :.: : . :.        .:
NP_277 VFVGTAGTVGRPKNAPRVGNRRGPAGKKAPETCSTAGRGPQVIAGGRQKK--------GA
              130       140       150       160       170          

             170       180       190       200       210       220 
pF1KA0 AVEKEGEAGAAMEEKKVVQKEKKVAGGVKEETRPRAPKINNCMDSLEAIDQELSNVNAQA
       :   :. . .: :::    ::.. ::     . :  :  .. ::.:: .. .: :.::::
NP_277 A--GENTSVSAGEEK----KEERDAG-----SGP--PATEGSMDTLENVQLKLENMNAQA
              180           190              200       210         

             230       240       250       260       270       280 
pF1KA0 DRAFLQLERKFGRMRRLHMQRRSFIIQNIPGFWVTAFRNHPQLSPMISGQDEDMLRYMIN
       :::.:.: ::::..:  :..::. .::::::::  ::.:::::. ....:....: :. .
NP_277 DRAYLRLSRKFGQLRLQHLERRNHLIQNIPGFWGQAFQNHPQLASFLNSQEKEVLSYLNS
     220       230       240       250       260       270         

             290       300       310       320       330       340 
pF1KA0 LEVEELKHPRAGCKFKFIFQGNPYFRNEGLVKEYERRSSGRVVSLSTPIRWHRGQDPQAH
       ::::::   : : :.:: :. ::::.:. :.:::    ::.::: ::::.:  :.: :. 
NP_277 LEVEELGLARLGYKIKFYFDRNPYFQNKVLIKEYGCGPSGQVVSRSTPIQWLPGHDLQSL
     280       290       300       310       320       330         

             350       360       370       380       390           
pF1KA0 IHRNREGNTIPSFFNWFSDHSLLEFDRIAEIIKGELWPNPLQYYLMGEGPR-------RG
        . : :.:   :::.:::.:: .: :.:.:::. ::::::::.::..:: :       .:
NP_277 SQGNPENNR--SFFGWFSNHSSIESDKIVEIINEELWPNPLQFYLLSEGARVEKGKEKEG
     340         350       360       370       380       390       

          400       410    
pF1KA0 IRGPPRQPVESARSFRFQSG
        .:: .::.:...    :: 
NP_277 RQGPGKQPMETTQPGVSQSN
       400       410       

>>NP_003299 (OMIM: 480100) testis-specific Y-encoded pro  (308 aa)
 initn: 536 init1: 399 opt: 607  Z-score: 535.2  bits: 107.6 E(85289): 4.5e-23
Smith-Waterman score: 607; 38.6% identity (66.7% similar) in 264 aa overlap (131-394:42-297)

              110       120       130       140       150       160
pF1KA0 EAASAAEAADSSQKNGCQLGEPRGPAGQKALEACGAGGLGSQMIPGKKAKEVTTKKRAIS
                                     .::   :. : .   .  ..:..     : 
NP_003 PERLRQGFCGVGRAAQALVCASAKEGTAFRMEAVQEGAAGVESEQAALGEEAVLLLDDIM
              20        30        40        50        60        70 

              170       180       190       200       210       220
pF1KA0 AAVEKEGEAGAAMEEKKVVQKEKKVAGGVKEETRPRAPKINNCMDSLEAIDQELSNVNAQ
       : ::  .:  . .:... .:. .... :    :   ::      . : :.. ::  ::::
NP_003 AEVEVVAEEEGLVERREEAQRAQQAVPGPGPMTPESAP------EELLAVQVELEPVNAQ
              80        90       100             110       120     

              230       240       250       260       270       280
pF1KA0 ADRAFLQLERKFGRMRRLHMQRRSFIIQNIPGFWVTAFRNHPQLSPMISGQDEDMLRYMI
       : .:: . ..:. : :. :..::. .::..::::.... ::::.: .:. .::::: ::.
NP_003 ARKAFSRQREKMERRRKPHLDRRGAVIQSVPGFWANVIANHPQMSALITDEDEDMLSYMV
         130       140       150       160       170       180     

              290       300       310       320       330       340
pF1KA0 NLEVEELKHPRAGCKFKFIFQGNPYFRNEGLVKEYERRSSGRVVSLSTPIRWHRGQDPQA
       .::: : :::   ::. ..:..::::.:. ..:::    .   .: ::::.:.   : ..
NP_003 SLEVGEEKHPVHLCKIMLFFRSNPYFQNKVITKEYLVNITEYRASHSTPIEWY--PDYEV
         190       200       210       220       230         240   

              350       360       370       380       390       400
pF1KA0 HIHRNREGNTIPSFFNWFSDHSLLEFDRIAEIIKGELWPNPLQYYLMGEGPRRGIRGPPR
       . .: :. :.  .::::::::..   ..::::.  .:: ::::::   . :..:      
NP_003 EAYRRRHHNSSLNFFNWFSDHNFAGSNKIAEILCKDLWRNPLQYYKRMKPPEEGTETSGD
           250       260       270       280       290       300   

              410    
pF1KA0 QPVESARSFRFQSG
                     
NP_003 SQLLS         
                     

>>NP_001307893 (OMIM: 480100) testis-specific Y-encoded   (221 aa)
 initn: 536 init1: 399 opt: 565  Z-score: 501.2  bits: 100.8 E(85289): 3.5e-21
Smith-Waterman score: 565; 46.2% identity (74.2% similar) in 182 aa overlap (213-394:31-210)

            190       200       210       220       230       240  
pF1KA0 KKVAGGVKEETRPRAPKINNCMDSLEAIDQELSNVNAQADRAFLQLERKFGRMRRLHMQR
                                     ::  ::::: .:: . ..:. : :. :..:
NP_001 MRPEGSLTYRVPERLRQGFCGVGRAAQALVELEPVNAQARKAFSRQREKMERRRKPHLDR
               10        20        30        40        50        60

            250       260       270       280       290       300  
pF1KA0 RSFIIQNIPGFWVTAFRNHPQLSPMISGQDEDMLRYMINLEVEELKHPRAGCKFKFIFQG
       :. .::..::::.... ::::.: .:. .::::: ::..::: : :::   ::. ..:..
NP_001 RGAVIQSVPGFWANVIANHPQMSALITDEDEDMLSYMVSLEVGEEKHPVHLCKIMLFFRS
               70        80        90       100       110       120

            310       320       330       340       350       360  
pF1KA0 NPYFRNEGLVKEYERRSSGRVVSLSTPIRWHRGQDPQAHIHRNREGNTIPSFFNWFSDHS
       ::::.:. ..:::    .   .: ::::.:.   : ... .: :. :.  .::::::::.
NP_001 NPYFQNKVITKEYLVNITEYRASHSTPIEWY--PDYEVEAYRRRHHNSSLNFFNWFSDHN
              130       140       150         160       170        

            370       380       390       400       410    
pF1KA0 LLEFDRIAEIIKGELWPNPLQYYLMGEGPRRGIRGPPRQPVESARSFRFQSG
       .   ..::::.  .:: ::::::   . :..:                    
NP_001 FAGSNKIAEILCKDLWRNPLQYYKRMKPPEEGTETSGDSQLLS         
      180       190       200       210       220          

>>NP_001184171 (OMIM: 480100) testis-specific Y-encoded   (294 aa)
 initn: 470 init1: 399 opt: 532  Z-score: 471.2  bits: 95.7 E(85289): 1.7e-19
Smith-Waterman score: 532; 37.8% identity (66.4% similar) in 241 aa overlap (131-371:42-274)

              110       120       130       140       150       160
pF1KA0 EAASAAEAADSSQKNGCQLGEPRGPAGQKALEACGAGGLGSQMIPGKKAKEVTTKKRAIS
                                     .::   :. : .   .  ..:..     : 
NP_001 PERLRQGFCGVGRAAQALVCASAKEGTAFRMEAVQEGAAGVESEQAALGEEAVLLLDDIM
              20        30        40        50        60        70 

              170       180       190       200       210       220
pF1KA0 AAVEKEGEAGAAMEEKKVVQKEKKVAGGVKEETRPRAPKINNCMDSLEAIDQELSNVNAQ
       : ::  .:  . .:... .:. .... :    :   ::      . : :.. ::  ::::
NP_001 AEVEVVAEEEGLVERREEAQRAQQAVPGPGPMTPESAP------EELLAVQVELEPVNAQ
              80        90       100             110       120     

              230       240       250       260       270       280
pF1KA0 ADRAFLQLERKFGRMRRLHMQRRSFIIQNIPGFWVTAFRNHPQLSPMISGQDEDMLRYMI
       : .:: . ..:. : :. :..::. .::..::::.... ::::.: .:. .::::: ::.
NP_001 ARKAFSRQREKMERRRKPHLDRRGAVIQSVPGFWANVIANHPQMSALITDEDEDMLSYMV
         130       140       150       160       170       180     

              290       300       310       320       330       340
pF1KA0 NLEVEELKHPRAGCKFKFIFQGNPYFRNEGLVKEYERRSSGRVVSLSTPIRWHRGQDPQA
       .::: : :::   ::. ..:..::::.:. ..:::    .   .: ::::.:.   : ..
NP_001 SLEVGEEKHPVHLCKIMLFFRSNPYFQNKVITKEYLVNITEYRASHSTPIEWY--PDYEV
         190       200       210       220       230         240   

              350       360       370       380       390       400
pF1KA0 HIHRNREGNTIPSFFNWFSDHSLLEFDRIAEIIKGELWPNPLQYYLMGEGPRRGIRGPPR
       . .: :. :.  .::::::::..   ..:::                             
NP_001 EAYRRRHHNSSLNFFNWFSDHNFAGSNKIAESPDRSYVRTCGAIPCNTTRG         
           250       260       270       280       290             

              410    
pF1KA0 QPVESARSFRFQSG

>>NP_003002 (OMIM: 600960) protein SET isoform 2 [Homo s  (277 aa)
 initn: 494 init1: 341 opt: 528  Z-score: 468.1  bits: 95.0 E(85289): 2.5e-19
Smith-Waterman score: 528; 37.2% identity (68.8% similar) in 218 aa overlap (177-387:7-222)

        150       160       170       180       190       200      
pF1KA0 KKAKEVTTKKRAISAAVEKEGEAGAAMEEKKVVQKEKKVAGGVKEETRPRAPKINNCMDS
                                     :: .:: .      .::  .  .  . .. 
NP_003                         MSAPAAKVSKKELNSNHDGADETSEKEQQ--EAIEH
                                       10        20          30    

        210       220       230       240       250       260      
pF1KA0 LEAIDQELSNVNAQADRAFLQLERKFGRMRRLHMQRRSFIIQNIPGFWVTAFRNHPQLSP
       .. ...:.. .: ::.. .:..:.:....:.  .:.:: .: .::.::::.: ::::.: 
NP_003 IDEVQNEIDRLNEQASEEILKVEQKYNKLRQPFFQKRSELIAKIPNFWVTTFVNHPQVSA
           40        50        60        70        80        90    

        270       280       290       300       310       320      
pF1KA0 MISGQDEDMLRYMINLEVEELKHPRAGCKFKFIFQGNPYFRNEGLVKEYERRSSGRVVSL
       ... .::. :.:.  .:: :..  ..: .. : :. ::::.:. : ::..   ::   : 
NP_003 LLGEEDEEALHYLTRVEVTEFEDIKSGYRIDFYFDENPYFENKVLSKEFHLNESGDPSSK
          100       110       120       130       140       150    

        330              340       350       360       370         
pF1KA0 STPIRWHRGQD-------PQAHIHRNREGNTIPSFFNWFSDHSLLEFDRIAEIIKGELWP
       :: :.:. :.:        : .  :.:. .   :::.::.:::    :...:.:: ..::
NP_003 STEIKWKSGKDLTKRSSQTQNKASRKRQHEEPESFFTWFTDHSDAGADELGEVIKDDIWP
          160       170       180       190       200       210    

     380       390       400       410                             
pF1KA0 NPLQYYLMGEGPRRGIRGPPRQPVESARSFRFQSG                         
       :::::::.                                                    
NP_003 NPLQYYLVPDMDDEEGEGEEDDDDDEEEEGLEDIDEEGDEDEGEEDEDDDEGEEGEEDEG
          220       230       240       250       260       270    

>>XP_016870505 (OMIM: 600960) PREDICTED: protein SET iso  (296 aa)
 initn: 494 init1: 341 opt: 528  Z-score: 467.7  bits: 95.0 E(85289): 2.6e-19
Smith-Waterman score: 528; 37.2% identity (68.8% similar) in 218 aa overlap (177-387:7-222)

        150       160       170       180       190       200      
pF1KA0 KKAKEVTTKKRAISAAVEKEGEAGAAMEEKKVVQKEKKVAGGVKEETRPRAPKINNCMDS
                                     :: .:: .      .::  .  .  . .. 
XP_016                         MSAPAAKVSKKELNSNHDGADETSEKEQQ--EAIEH
                                       10        20          30    

        210       220       230       240       250       260      
pF1KA0 LEAIDQELSNVNAQADRAFLQLERKFGRMRRLHMQRRSFIIQNIPGFWVTAFRNHPQLSP
       .. ...:.. .: ::.. .:..:.:....:.  .:.:: .: .::.::::.: ::::.: 
XP_016 IDEVQNEIDRLNEQASEEILKVEQKYNKLRQPFFQKRSELIAKIPNFWVTTFVNHPQVSA
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pF1KA0 MISGQDEDMLRYMINLEVEELKHPRAGCKFKFIFQGNPYFRNEGLVKEYERRSSGRVVSL
       ... .::. :.:.  .:: :..  ..: .. : :. ::::.:. : ::..   ::   : 
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       :: :.:. :.:        : .  :.:. .   :::.::.:::    :...:.:: ..::
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       :::::::.                                                    
XP_016 NPLQYYLVPDMDDEEGEGEEDDDDDEEEEGLEDIDEEGDEDEGEEDEDDDEGEEGEVKEN
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>>NP_001234930 (OMIM: 600960) protein SET isoform 4 [Hom  (266 aa)
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       .. .:..:.:....:.  .:.:: .: .::.::::.: ::::.: ... .::. :.:.  
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       .:: :..  ..: .. : :. ::::.:. : ::..   ::   : :: :.:. :.:    
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414 residues in 1 query   sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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