seq1 = pF1KA0682.tfa, 2880 bp
seq2 = pF1KA0682/gi568815586r_113723227.tfa (gi568815586r:113723227_114062415), 339189 bp

>pF1KA0682 2880
>gi568815586r:113723227_114062415 (Chr12)

(complement)

1-36  (96189-96224)   100% ->
37-219  (100002-100184)   100% ->
220-339  (102238-102357)   100% ->
340-378  (102513-102551)   100% ->
379-571  (103012-103204)   99% ->
572-840  (104366-104634)   99% ->
841-921  (107205-107285)   100% ->
922-1000  (109826-109904)   100% ->
1001-1072  (112262-112333)   100% ->
1073-1276  (113380-113583)   99% ->
1277-1407  (114952-115082)   100% ->
1408-1529  (115941-116062)   100% ->
1530-1626  (116492-116588)   98% ->
1627-1737  (119982-120092)   100% ->
1738-1938  (122256-122456)   98% ->
1939-2068  (125280-125409)   99% ->
2069-2244  (135187-135362)   100% ->
2245-2305  (137659-137719)   100% ->
2306-2385  (141726-141805)   100% ->
2386-2441  (143969-144024)   100% ->
2442-2558  (147331-147447)   100% ->
2559-2664  (203520-203625)   100% ->
2665-2785  (217628-217748)   100% ->
2786-2880  (239095-239189)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGCGACTGATCGTGAAGAATCTCCCGAATGGG         ATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
  96189 ATGTCGCGACTGATCGTGAAGAATCTCCCGAATGGGGTG...TAGATGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGAGGAGCGTTTCAGGCAGCTGTTTGCCGCCTTCGGCACGCTGACAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100007 GGAGGAGCGTTTCAGGCAGCTGTTTGCCGCCTTCGGCACGCTGACAGACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCAGCCTGAAGTTCACCAAAGATGGCAAGTTCCGCAAGTTTGGTTTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100057 GCAGCCTGAAGTTCACCAAAGATGGCAAGTTCCGCAAGTTTGGTTTTATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCTTCAAGTCCGAGGAAGAGGCCCAGAAGGCACAGAAGCATTTCAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100107 GGCTTCAAGTCCGAGGAAGAGGCCCAGAAGGCACAGAAGCATTTCAACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAGCTTCATCGACACATCCCGGATCACA         GTGGAGTTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100157 GAGCTTCATCGACACATCCCGGATCACAGTG...CAGGTGGAGTTCTGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGTCATTCGGGGACCCGGCCAAACCCAGAGCCTGGAGCAAACATGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102251 AGTCATTCGGGGACCCGGCCAAACCCAGAGCCTGGAGCAAACATGCCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAACCAAGCCAGCCCAAGCAGCCTCCAAAAGACTCTACTACTCCAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102301 AAACCAAGCCAGCCCAAGCAGCCTCCAAAAGACTCTACTACTCCAGAAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TAAGAAA         GATGAGAAGAAGAAAAAGGTGGCAGGTCAACTGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102351 TAAGAAAGTA...CAGGATGAGAAGAAGAAAAAGGTGGCAGGTCAACTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGAAG         CTGAAGGAGGATACAGAGTTCCAGGAGTTTCTGTCA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102547 AGAAGGTG...CAGCTGAAGGAGGATACAGAGTTCCAGGAGTTTCTGTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GTTCATCGGAGGCGGGCGCAGGCAGCCACTTGGGCGAATGATGGCCTGGA
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103048 GTTCATCAGAGGCGGGCGCAGGCAGCCACTTGGGCGAATGATGGCCTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGCTGAGCCCTCGAAAGGGAAGAGCAAGCCGGCCAGTGACTACCTGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103098 TGCTGAGCCCTCGAAAGGGAAGAGCAAGCCGGCCAGTGACTACCTGAACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCGACTCCGATTCTGGGCAGGAGAGTGAGGAGGAGGGAGCCGGGGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103148 TCGACTCCGATTCTGGGCAGGAGAGTGAGGAGGAGGGAGCCGGGGAGGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTGGAAG         AAGAGGCAAGCCTCGAACCAAAGGCAGCTGTGCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103198 CTGGAAGGTG...CAGAAGAGGCAAGCCTCGAACCAAAGGCAGCTGTGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GAAGGAGCTGTCGGACATGGATTACCTGAAATCCAAGATGGTGAAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104400 GAAGGAGCTGTCGGACATGGATTACCTGAAATCCAAGATGGTGAAGGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGTCGTCCTCTTCCTCGGAGGAAGAGGAAAGTGAAGATGAAGCCGTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104450 GGTCGTCCTCTTCCTCGGAGGAAGAGGAAAGTGAAGATGAAGCCGTGCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TGTGATGAAGGGAGTGAGGCCGAGGAAGAGGATTCCTCCGCCACCCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104500 TGTGATGAAGGGAGTGAGGCCGAGGAAGAGGATTCCTCCGCCACCCCAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCTGCAGGAAAGAGACAGCAGGGGTGCAGGCCAAGAGCAAGGGATGCCAG
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 104550 CCTGCAGGAAAGAGACAGCAAGGGTGCAGGCCAAGAGCAAGGGATGCCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTGGGAAAAAGAGACCACCGGAGGCCAGAGCCGAG         ACAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 104600 CTGGGAAAAAGAGACCACCGGAGGCCAGAGCCGAGGTG...CAGACAGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AAACCAGCAAACCAGAAGGAACCCACCACCTGCCACACCGTGAAGCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107211 AAACCAGCAAACCAGAAGGAACCCACCACCTGCCACACCGTGAAGCTGCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGGAGCCCCGTTCAATGTCACAGAG         AAAAATGTTATGGAAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 107261 GGGAGCCCCGTTCAATGTCACAGAGGTA...CAGAAAAATGTTATGGAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCCTGGCACCCCTGAAACCAGTGGCCATTCGAATTGTGAGAAACGCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109842 TCCTGGCACCCCTGAAACCAGTGGCCATTCGAATTGTGAGAAACGCTCAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GGGAATAAAACAG         GATACATCTTTGTGGATTTCAGCAATGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 109892 GGGAATAAAACAGGTA...CAGGATACATCTTTGTGGATTTCAGCAATGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AGAGGAAGTGAAGCAAGCTCTGAAATGCAACCGGGAGTACATGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 112290 AGAGGAAGTGAAGCAAGCTCTGAAATGCAACCGGGAGTACATGGGTA...

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1073    GTGGGCGCTACATCGAGGTGTTCAGGGAAAAGAACGTCCCCACCACC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113377 CAGGTGGGCGCTACATCGAGGTGTTCAGGGAAAAGAACGTCCCCACCACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AAGGGTGCACCAAAGAATACCACCAAATCCTGGCAAGGCCGGATACTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113427 AAGGGTGCACCAAAGAATACCACCAAATCCTGGCAAGGCCGGATACTCGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GGAGAACGAAGAGGAGGAGGACCTGGCCGAATCCGGAAGGCTCTTTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113477 GGAGAACGAAGAGGAGGAGGACCTGGCCGAATCCGGAAGGCTCTTTGTAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GGAACCTGCCCTACACCAGCACCGAGGAGGATCTGGAGAAGCTCTTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113527 GGAACCTGCCCTACACCAGCACCGAGGAGGATCTGGAGAAGCTCTTCTCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AAATACG         GTCCCCTGTCTGAGCTCCACTACCCCATCGACAG
        ||||| |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113577 AAATATGGTA...CAGGTCCCCTGTCTGAGCTCCACTACCCCATCGACAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CCTGACCAAGAAACCCAAGGGTTTTGCATTCATCACCTTCATGTTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114986 CCTGACCAAGAAACCCAAGGGTTTTGCATTCATCACCTTCATGTTCCCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AGCACGCTGTGAAGGCCTACTCGGAGGTGGACGGGCAGGTATTCCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 115036 AGCACGCTGTGAAGGCCTACTCGGAGGTGGACGGGCAGGTATTCCAGGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1408       GGCAGGATGCTCCACGTGTTACCATCTACCATCAAGAAGGAAGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115086 ...CAGGGCAGGATGCTCCACGTGTTACCATCTACCATCAAGAAGGAAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CAGCGAGGATGCCAGTGCCCTGGGATCGTCGTCCTACAAGAAGAAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115985 CAGCGAGGATGCCAGTGCCCTGGGATCGTCGTCCTACAAGAAGAAGAAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 AGGCCCAGGACAAAGCCAACAGTGCCAG         CTCTCACAACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 116035 AGGCCCAGGACAAAGCCAACAGTGCCAGGTC...TAGCTCTCACAACTGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 AACACACTATTCATGGGGCCGAATGCCGTGGCCGATGCCATCGCACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116505 AACACACTATTCATGGGGCCGAATGCCGTGGCCGATGCCATCGCACAGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GTACAACGCCACCAAAAGTCAAGTGTTTGACCAC         GAGACCA
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 116555 GTACAACGCCACCAAGAGTCAAGTGTTTGACCACGTG...CAGGAGACCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 AGGGCAGCGTGGCCGTGCGCGTGGCTCTGGGGGAAACCCAGCTCGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119989 AGGGCAGCGTGGCCGTGCGCGTGGCTCTGGGGGAAACCCAGCTCGTCCAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GAAGTGCGGCGTTTTCTCATAGACAACGGGGTCAGCCTGGATTCCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120039 GAAGTGCGGCGTTTTCTCATAGACAACGGGGTCAGCCTGGATTCCTTCAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 CCAG         GCTGCAGCAGAGCGAAGCAAGACTGTGATTCTGGTCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120089 CCAGGTG...CAGGCTGCAGCAGAGCGAAGCAAGACTGTGATTCTGGTCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 AGAACCTCCCGGCAGGCACCCTGGCGGCCGAGCTGCAGGAGACCTTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 122293 AGAACCTCCCGGCAGGCACCCTGGCGGCCCAGCTGCAGGAGACCTTCGGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 CGTTTTGGCAGCCTGGGCCGCGTGCTGCTGCCAGAGGGCGGAACCACTGC
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 122343 CATTTTGGCAGCCTGGGCCGCGTGCTGCTGCCAGAGGGCGGAATCACTGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 CATCGTGGAGTTCCTGGAGCCCCTGGAGGCCCGCAAGGCCTTCAGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122393 CATCGTGGAGTTCCTGGAGCCCCTGGAGGCCCGCAAGGCCTTCAGGCATC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 TGGCCTATTCCAAG         TTCCATCATGTCCCCCTCTATCTGGAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 122443 TGGCCTATTCCAAGGTA...CAGTTCCATCATGTCCCCCTCTATCTGGAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 TGGGCTCCAGTTGGCGTCTTCTCCAGCGCAGCCCCACAGAAGAAAAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 125307 TGGGCTCCAGTTGGCGTCTTCTCCAGCACAGCCCCACAGAAGAAAAAGCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 CCAAGACACACCTTCAGAACCCATGGAAAAGGACCCAGCAGAGCCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125357 CCAAGACACACCTTCAGAACCCATGGAAAAGGACCCAGCAGAGCCAGAAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 CAG         TGCCTGATGGCGAAACCCCAGAAGATGAAAATCCAACA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125407 CAGGTA...CAGTGCCTGATGGCGAAACCCCAGAAGATGAAAATCCAACA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 GAGGAAGGAGCAGACAACTCTTCAGCAAAGATGGAAGAGGAGGAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135225 GAGGAAGGAGCAGACAACTCTTCAGCAAAGATGGAAGAGGAGGAGGAGGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 AGAGGAAGAAGAAGAAGAGAGCCTCCCAGGATGTACTCTGTTTATTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135275 AGAGGAAGAAGAAGAAGAGAGCCTCCCAGGATGTACTCTGTTTATTAAGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 ATCTCAATTTTGACACAACAGAAGAGAAGCTGAAGGAA         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 135325 ATCTCAATTTTGACACAACAGAAGAGAAGCTGAAGGAAGTG...CAGGTG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 TTTTCAAAAGTGGGGACAGTGAAGAGCTGCTCCATCTCCAAGAAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137662 TTTTCAAAAGTGGGGACAGTGAAGAGCTGCTCCATCTCCAAGAAGAAGAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 CAAAGCAG         GAGTGCTCCTTTCCATGGGGTTTGGATTTGTGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 137712 CAAAGCAGGTA...CAGGAGTGCTCCTTTCCATGGGGTTTGGATTTGTGG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2339 AATACAGGAAGCCGGAGCAAGCCCAGAAAGCTCTCAAGCAGCTCCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 141759 AATACAGGAAGCCGGAGCAAGCCCAGAAAGCTCTCAAGCAGCTCCAGGTA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2386       GGTCACGTCGTGGACGGCCACAAGCTGGAAGTGAGGATCTCGGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141809 ...TAGGGTCACGTCGTGGACGGCCACAAGCTGGAAGTGAGGATCTCGGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2430 ACGAGCCACTAA         GCCAGCCGTGACATTGGCTCGGAAGAAAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 144013 ACGAGCCACTAAGTG...CAGGCCAGCCGTGACATTGGCTCGGAAGAAAC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2471 AAGTTCCCAGAAAGCAGACCACCTCCAAGATCCTGGTGCGGAACATCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147360 AAGTTCCCAGAAAGCAGACCACCTCCAAGATCCTGGTGCGGAACATCCCC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2521 TTCCAGGCCCACAGCCGGGAGATCCGAGAGCTCTTCAG         CAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 147410 TTCCAGGCCCACAGCCGGGAGATCCGAGAGCTCTTCAGGTG...TAGCAC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2562 CTTTGGGGAGTTGAAGACGGTCCGCCTGCCAAAGAAGATGACTGGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203523 CTTTGGGGAGTTGAAGACGGTCCGCCTGCCAAAGAAGATGACTGGGACAG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2612 GCACACACAGAGGCTTCGGCTTTGTGGACTTCCTCACCAAGCAGGATGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203573 GCACACACAGAGGCTTCGGCTTTGTGGACTTCCTCACCAAGCAGGATGCG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2662 AAG         AGAGCCTTCAACGCCCTGTGTCACAGCACCCACTTGTA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203623 AAGGTG...CAGAGAGCCTTCAACGCCCTGTGTCACAGCACCCACTTGTA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2703 CGGGCGGAGGCTGGTGCTGGAGTGGGCCGACTCCGAGGTGACCCTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217666 CGGGCGGAGGCTGGTGCTGGAGTGGGCCGACTCCGAGGTGACCCTGCAGG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2753 CCCTGCGGCGGAAGACGGCCGCTCACTTTCACG         AGCCCCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 217716 CCCTGCGGCGGAAGACGGCCGCTCACTTTCACGGTA...CAGAGCCCCCG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2794 AAGAAAAAGCGGTCTGTGGTGTTGGACGAGATCCTGGAGCAGCTGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239103 AAGAAAAAGCGGTCTGTGGTGTTGGACGAGATCCTGGAGCAGCTGGAAGG

   3050     .    :    .    :    .    :    .
   2844 CAGTGACAGCGACAGCGAGGAGCAGACCCTTCAGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239153 CAGTGACAGCGACAGCGAGGAGCAGACCCTTCAGCTG