Result of FASTA (ccds) for pF1KA0417
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KA0417, 675 aa
  1>>>pF1KA0417 675 - 675 aa - 675 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9530+/-0.00106; mu= 15.5461+/- 0.064
 mean_var=63.2073+/-12.507, 0's: 0 Z-trim(102.7): 37  B-trim: 0 in 0/50
 Lambda= 0.161321
 statistics sampled from 7066 (7078) to 7066 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.582), E-opt: 0.2 (0.217), width:  16
 Scan time:  2.710

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS41569.1 HSPA12A gene_id:259217|Hs108|chr10     ( 675) 4437 1041.8       0
CCDS81511.1 HSPA12A gene_id:259217|Hs108|chr10     ( 692) 4346 1020.7       0
CCDS13061.1 HSPA12B gene_id:116835|Hs108|chr20     ( 686) 2889 681.6  1e-195
CCDS82596.1 HSPA12B gene_id:116835|Hs108|chr20     ( 600) 2687 634.5 1.3e-181


>>CCDS41569.1 HSPA12A gene_id:259217|Hs108|chr10          (675 aa)
 initn: 4437 init1: 4437 opt: 4437  Z-score: 5574.5  bits: 1041.8 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 4437; 100.0% identity (100.0% similar) in 675 aa overlap (1-675:1-675)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA0 MADKEAGGSDGPRETAPTSAYSSPARSLGDTGITPLSPSHIVNDTDSNVSEQQSFLVVVA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 MADKEAGGSDGPRETAPTSAYSSPARSLGDTGITPLSPSHIVNDTDSNVSEQQSFLVVVA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KA0 VDFGTTSSGYAYSFTKEPECIHVMRRWEGGDPGVSNQKTPTTILLTPERKFHSFGYAARD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 VDFGTTSSGYAYSFTKEPECIHVMRRWEGGDPGVSNQKTPTTILLTPERKFHSFGYAARD
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KA0 FYHDLDPNEAKQWLYLEKFKMKLHTTGDLTMDTDLTAANGKKVKALEIFAYALQYFKEQA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 FYHDLDPNEAKQWLYLEKFKMKLHTTGDLTMDTDLTAANGKKVKALEIFAYALQYFKEQA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KA0 LKELSDQAGSEFENSDVRWVITVPAIWKQPAKQFMRQAAYQAGLASPENSEQLIIALEPE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LKELSDQAGSEFENSDVRWVITVPAIWKQPAKQFMRQAAYQAGLASPENSEQLIIALEPE
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KA0 AASIYCRKLRLHQMIELSSKAAVNGYSGSDTVGAGFTQAKEHIRRNRQSRTFLVENVIGE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 AASIYCRKLRLHQMIELSSKAAVNGYSGSDTVGAGFTQAKEHIRRNRQSRTFLVENVIGE
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KA0 IWSELEEGDKYVVVDSGGGTVDLTVHQIRLPEGHLKELYKATGGPYGSLGVDYEFEKLLY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 IWSELEEGDKYVVVDSGGGTVDLTVHQIRLPEGHLKELYKATGGPYGSLGVDYEFEKLLY
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KA0 KIFGEDFIEQFKIKRPAAWVDLMIAFESRKRAAAPDRTNPLNITLPFSFIDYYKKFRGHS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 KIFGEDFIEQFKIKRPAAWVDLMIAFESRKRAAAPDRTNPLNITLPFSFIDYYKKFRGHS
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KA0 VEHALRKSNVDFVKWSSQGMLRMSPDAMNALFKPTIDSIIEHLRDLFQKPEVSTVKFLFL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 VEHALRKSNVDFVKWSSQGMLRMSPDAMNALFKPTIDSIIEHLRDLFQKPEVSTVKFLFL
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KA0 VGGFAEAPLLQQAVQAAFGDQCRIIIPQDVGLTILKGAVLFGLDPAVIKVRRSPLTYGVG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 VGGFAEAPLLQQAVQAAFGDQCRIIIPQDVGLTILKGAVLFGLDPAVIKVRRSPLTYGVG
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KA0 VLNRYVEGKHPPEKLLVKDGTRWCTDVFDKFISADQSVALGELVKRSYTPAKPSQLVIVI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 VLNRYVEGKHPPEKLLVKDGTRWCTDVFDKFISADQSVALGELVKRSYTPAKPSQLVIVI
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KA0 NIYSSEHDNVSFITDPGVKKCGTLRLDLTGTSGTAVPARREIQTLMQFGDTEIKATAIDI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 NIYSSEHDNVSFITDPGVKKCGTLRLDLTGTSGTAVPARREIQTLMQFGDTEIKATAIDI
              610       620       630       640       650       660

              670     
pF1KA0 ATSKSVKVGIDFLNY
       :::::::::::::::
CCDS41 ATSKSVKVGIDFLNY
              670     

>>CCDS81511.1 HSPA12A gene_id:259217|Hs108|chr10          (692 aa)
 initn: 4346 init1: 4346 opt: 4346  Z-score: 5459.8  bits: 1020.7 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 4346; 100.0% identity (100.0% similar) in 662 aa overlap (14-675:31-692)

                                10        20        30        40   
pF1KA0                  MADKEAGGSDGPRETAPTSAYSSPARSLGDTGITPLSPSHIVN
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 MMESVGVYGFCGCKAKNKMKCDSRWEIAASETAPTSAYSSPARSLGDTGITPLSPSHIVN
               10        20        30        40        50        60

            50        60        70        80        90       100   
pF1KA0 DTDSNVSEQQSFLVVVAVDFGTTSSGYAYSFTKEPECIHVMRRWEGGDPGVSNQKTPTTI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 DTDSNVSEQQSFLVVVAVDFGTTSSGYAYSFTKEPECIHVMRRWEGGDPGVSNQKTPTTI
               70        80        90       100       110       120

           110       120       130       140       150       160   
pF1KA0 LLTPERKFHSFGYAARDFYHDLDPNEAKQWLYLEKFKMKLHTTGDLTMDTDLTAANGKKV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 LLTPERKFHSFGYAARDFYHDLDPNEAKQWLYLEKFKMKLHTTGDLTMDTDLTAANGKKV
              130       140       150       160       170       180

           170       180       190       200       210       220   
pF1KA0 KALEIFAYALQYFKEQALKELSDQAGSEFENSDVRWVITVPAIWKQPAKQFMRQAAYQAG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 KALEIFAYALQYFKEQALKELSDQAGSEFENSDVRWVITVPAIWKQPAKQFMRQAAYQAG
              190       200       210       220       230       240

           230       240       250       260       270       280   
pF1KA0 LASPENSEQLIIALEPEAASIYCRKLRLHQMIELSSKAAVNGYSGSDTVGAGFTQAKEHI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 LASPENSEQLIIALEPEAASIYCRKLRLHQMIELSSKAAVNGYSGSDTVGAGFTQAKEHI
              250       260       270       280       290       300

           290       300       310       320       330       340   
pF1KA0 RRNRQSRTFLVENVIGEIWSELEEGDKYVVVDSGGGTVDLTVHQIRLPEGHLKELYKATG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 RRNRQSRTFLVENVIGEIWSELEEGDKYVVVDSGGGTVDLTVHQIRLPEGHLKELYKATG
              310       320       330       340       350       360

           350       360       370       380       390       400   
pF1KA0 GPYGSLGVDYEFEKLLYKIFGEDFIEQFKIKRPAAWVDLMIAFESRKRAAAPDRTNPLNI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 GPYGSLGVDYEFEKLLYKIFGEDFIEQFKIKRPAAWVDLMIAFESRKRAAAPDRTNPLNI
              370       380       390       400       410       420

           410       420       430       440       450       460   
pF1KA0 TLPFSFIDYYKKFRGHSVEHALRKSNVDFVKWSSQGMLRMSPDAMNALFKPTIDSIIEHL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 TLPFSFIDYYKKFRGHSVEHALRKSNVDFVKWSSQGMLRMSPDAMNALFKPTIDSIIEHL
              430       440       450       460       470       480

           470       480       490       500       510       520   
pF1KA0 RDLFQKPEVSTVKFLFLVGGFAEAPLLQQAVQAAFGDQCRIIIPQDVGLTILKGAVLFGL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 RDLFQKPEVSTVKFLFLVGGFAEAPLLQQAVQAAFGDQCRIIIPQDVGLTILKGAVLFGL
              490       500       510       520       530       540

           530       540       550       560       570       580   
pF1KA0 DPAVIKVRRSPLTYGVGVLNRYVEGKHPPEKLLVKDGTRWCTDVFDKFISADQSVALGEL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 DPAVIKVRRSPLTYGVGVLNRYVEGKHPPEKLLVKDGTRWCTDVFDKFISADQSVALGEL
              550       560       570       580       590       600

           590       600       610       620       630       640   
pF1KA0 VKRSYTPAKPSQLVIVINIYSSEHDNVSFITDPGVKKCGTLRLDLTGTSGTAVPARREIQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 VKRSYTPAKPSQLVIVINIYSSEHDNVSFITDPGVKKCGTLRLDLTGTSGTAVPARREIQ
              610       620       630       640       650       660

           650       660       670     
pF1KA0 TLMQFGDTEIKATAIDIATSKSVKVGIDFLNY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 TLMQFGDTEIKATAIDIATSKSVKVGIDFLNY
              670       680       690  

>>CCDS13061.1 HSPA12B gene_id:116835|Hs108|chr20          (686 aa)
 initn: 2830 init1: 1044 opt: 2889  Z-score: 3627.3  bits: 681.6 E(32554): 1e-195
Smith-Waterman score: 2889; 63.1% identity (85.8% similar) in 675 aa overlap (8-674:15-685)

                      10        20        30        40        50   
pF1KA0        MADKEAGGSDGPRETAPTSAYSSPARSLGDTGITPLSPSHIVNDTDSNVSEQQ
                     ::.  :  .: :  .:: :.  . ::.::.::.     .  . .: 
CCDS13 MLAVPEMGLQGLYIGSSPERSPVP-SPPGSP-RTQESCGIAPLTPSQ-SPKPEVRAPQQA
               10        20         30         40         50       

            60        70        80        90       100       110   
pF1KA0 SFLVVVAVDFGTTSSGYAYSFTKEPECIHVMRRWEGGDPGVSNQKTPTTILLTPERKFHS
       :: ::::.::::::::::.::...:: ::.::.::::::::..::::: .:::::  :::
CCDS13 SFSVVVAIDFGTTSSGYAFSFASDPEAIHMMRKWEGGDPGVAHQKTPTCLLLTPEGAFHS
        60        70        80        90       100       110       

           120       130       140       150       160       170   
pF1KA0 FGYAARDFYHDLDPNEAKQWLYLEKFKMKLHTTGDLTMDTDLTAANGKKVKALEIFAYAL
       :::.:::.::::::.::..:::.::::::.:.. :::. :.: :.::: . :::.::.::
CCDS13 FGYTARDYYHDLDPEEARDWLYFEKFKMKIHSATDLTLKTQLEAVNGKTMPALEVFAHAL
       120       130       140       150       160       170       

           180       190       200       210       220       230   
pF1KA0 QYFKEQALKELSDQAGSEFENSDVRWVITVPAIWKQPAKQFMRQAAYQAGLASPENSEQL
       ..:.:.::.:: .:. :  :.. ::::.:::::::::::::::.::: :::.: ::.:::
CCDS13 RFFREHALQELREQSPSLPEKDTVRWVLTVPAIWKQPAKQFMREAAYLAGLVSRENAEQL
       180       190       200       210       220       230       

           240       250       260       270        280       290  
pF1KA0 IIALEPEAASIYCRKLRLHQMIELSSKAAVNGYSGSD-TVGAGFTQAKEHIRRNRQSRTF
       .:::::::::.:::::::::...::..:  .:  :   .. ..: ::.:..::.:.::::
CCDS13 LIALEPEAASVYCRKLRLHQLLDLSGRAPGGGRLGERRSIDSSFRQAREQLRRSRHSRTF
       240       250       260       270       280       290       

            300       310       320       330       340       350  
pF1KA0 LVENVIGEIWSELEEGDKYVVVDSGGGTVDLTVHQIRLPEGHLKELYKATGGPYGSLGVD
       :::. .::.:.:.. ::.:::.: :::::::::::.. :.: :::::::.:::::..:::
CCDS13 LVESGVGELWAEMQAGDRYVVADCGGGTVDLTVHQLEQPHGTLKELYKASGGPYGAVGVD
       300       310       320       330       340       350       

            360       370       380       390       400       410  
pF1KA0 YEFEKLLYKIFGEDFIEQFKIKRPAAWVDLMIAFESRKRAAAPDRTNPLNITLPFSFIDY
         ::.:: .:::::::  :: .:::::::: ::::.:::.:.: :.. :::.:::::::.
CCDS13 LAFEQLLCRIFGEDFIATFKRQRPAAWVDLTIAFEARKRTAGPHRAGALNISLPFSFIDF
       360       370       380       390       400       410       

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       :.: :::.:: :::.:.:.::::::::::::: .::: ::.::...::.:.. :. .:::
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       . ::.:::::::::. .::.:::::.: .  :...:.::::::::::::::  :.:..::
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       .:.:  ..::.:    ... :::::::.:::.: :.:        :.: : :.::::.. 
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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